SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012278143.1 NCBI__GCF_000019185.1:WP_012278143.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6m3sB Dimeric isocitrate dehydrogenase from xanthomonas campestris pv. Campestris 8004
63% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 6:338/338 of 6m3sB

query
sites
6m3sB
R
 
Q
T
 
T
I
 
I
T
 
T
V
 
V
I
 
I
P
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
M
D
 
D
S
 
A
A
 
T
L
 
L
K
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
A
A
 
L
G
 
Q
C
 
A
D
 
G
F
 
L
E
 
T
Y
 
Y
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
H
 
H
G
 
G
E
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
R
 
S
T
 
T
L
 
L
E
 
A
L
 
S
I
 
I
E
 
T
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
V
T
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
S
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
F
T
 
S
S
|
S
I
 
I
N
|
N
V
 
V
S
 
A
L
 
M
R
|
R
K
 
R
Q
 
K
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
L
 
K
S
 
S
F
 
F
K
 
P
G
 
N
T
 
T
Q
 
K
A
 
S
R
 
R
Y
 
F
-
 
A
D
 
D
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
I
T
 
T
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
A
Y
|
Y
S
 
L
G
 
S
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
T
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
V
A
 
S
T
 
G
S
 
A
I
 
R
I
 
V
T
 
T
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
A
 
S
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
T
 
V
T
 
R
F
 
Y
A
 
A
Y
 
F
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
A
E
 
T
G
 
G
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
I
K
 
K
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
R
E
 
D
V
 
V
S
 
A
L
 
T
R
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
I
 
I
T
 
E
T
 
F
E
 
Q
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
D
|
D
A
 
N
T
 
T
C
 
C
M
 
M
K
 
Q
L
 
L
V
 
V
M
 
M
N
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
I
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
N
 
G
L
 
K
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
C
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
G
S
 
A
I
 
A
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
E
 
D
Y
 
H
L
 
I
G
 
G
M
 
Q
S
 
P
D
 
Q
K
 
N
A
 
A
E
 
E
L
 
R
I
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
I
T
 
V
A
 
A
V
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
A
G
 
K
D
 
D
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
H
 
G
G
 
N
T
 
T
T
 
M
D
 
G
F
 
F
T
 
A
Q
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
S
R
 
R
L
 
L

6lkyA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from methylococcus capsulatus
53% identity, 98% coverage: 6:335/336 of query aligns to 4:337/339 of 6lkyA

query
sites
6lkyA
I
 
I
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
S
I
 
I
I
 
V
D
 
D
S
 
A
A
 
A
L
 
V
K
 
K
I
 
V
L
 
I
D
 
E
K
 
A
A
 
T
G
 
G
C
 
V
D
 
Q
F
 
V
E
 
Q
Y
 
W
E
 
D
F
 
T
A
 
Q
D
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
M
V
 
A
A
 
A
L
 
V
E
 
E
K
 
K
H
 
F
G
 
G
E
 
T
L
 
P
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
D
L
 
S
I
 
I
E
 
R
K
 
A
N
 
N
R
 
R
I
 
I
T
 
C
L
 
F
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
E
 
G
G
 
G
F
 
Y
T
 
R
S
 
S
I
 
V
N
|
N
V
 
V
S
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
Q
Q
 
A
F
 
L
S
 
N
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
A
L
 
I
S
 
S
F
 
F
K
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
D
A
 
T
R
 
A
Y
 
F
D
 
S
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
L
I
 
V
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
L
Y
|
Y
S
 
A
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
-
 
F
-
 
I
T
 
K
V
 
V
S
 
D
D
 
E
D
 
E
G
 
K
A
 
I
T
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
T
 
I
S
 
A
I
 
V
I
 
V
T
 
T
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
A
 
S
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
T
 
I
T
 
R
F
 
Y
A
 
A
Y
 
F
E
 
D
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
R
E
 
A
G
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
L
K
 
K
S
 
C
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
E
V
 
I
A
 
G
R
 
R
E
 
E
V
 
I
S
 
A
L
 
K
R
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
T
 
E
T
 
F
E
 
D
E
 
D
M
 
R
I
 
I
V
 
V
D
|
D
A
 
A
T
 
C
C
 
S
M
 
M
K
 
Q
L
 
M
V
 
V
M
 
M
N
 
Q
P
 
P
E
 
Q
N
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
L
A
 
T
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
T
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
D
K
 
K
N
 
G
L
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
M
V
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
G
I
 
A
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
Y
 
H
L
 
I
G
 
G
M
 
E
S
 
P
D
 
D
K
 
A
A
 
A
E
 
R
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
R
A
 
A
I
 
V
T
 
R
A
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
E
 
D
G
 
G
D
 
R
R
 
S
T
 
V
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
A
-
 
K
-
 
D
G
 
S
T
 
P
H
 
C
G
 
G
T
 
T
T
 
A
D
 
Q
F
 
M
T
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
I
I
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
V

Q9D6R2 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial; Isocitric dehydrogenase subunit alpha; NAD(+)-specific ICDH subunit alpha; EC 1.1.1.41 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
47% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 32:362/366 of Q9D6R2

query
sites
Q9D6R2
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
S
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
G
H
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
P
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
G
 
A
E
 
A
G
 
G
F
 
H
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
E
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
 
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
N
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
|
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
 
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
K
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

P50213 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial; Isocitric dehydrogenase subunit alpha; NAD(+)-specific ICDH subunit alpha; EC 1.1.1.41 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 32:362/366 of P50213

query
sites
P50213
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
G
H
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
G
 
A
E
 
A
G
 
G
F
 
H
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
|
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
|
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
x
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
x
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
x
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
|
N
I
 
I
M
|
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
x
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
x
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
|
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
x
M
M
 
M
L
 
L
E
x
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

6kdeA Crystal structure of the alpha beta heterodimer of human idh3 in complex with ca(2+) (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 3:333/336 of 6kdeA

query
sites
6kdeA
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
G
H
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
I
G
 
A
E
 
A
G
 
G
F
 
H
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

6kdyA Crystal structure of the alpha bata heterodimer of human idh3 in complex with NAD. (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 3:333/335 of 6kdyA

query
sites
6kdyA
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
G
H
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
K
T
|
T
P
 
P
V
 
I
G
 
A
E
 
A
G
 
G
F
 
H
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
|
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
x
T
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

5yvtA Crystal structure of the alpha gamma heterodimer of human idh3 in complex with mg(2+) and nadh (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 2:330/332 of 5yvtA

query
sites
5yvtA
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
G
H
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
T
 
K
T
|
T
P
 
P
V
 
I
G
 
A
E
 
A
G
 
-
F
 
-
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
|
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
|
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
|
E
A
 
S
V
|
V
H
|
H
G
|
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

8grdA Crystal structure of a constitutively active mutant of the alpha beta heterodimer of human idh3 in complex with adp and mg (see paper)
47% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 2:323/325 of 8grdA

query
sites
8grdA
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
-
H
 
-
G
 
G
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
G
A
 
V
T
 
V
A
 
A
E
 
-
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
 
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
x
Y
V
 
L
D
 
D
A
x
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

6l59A Crystal structure of the alpha gamma heterodimer of human idh3 in complex with cit, mg and atp binding at allosteric site and mg, atp binding at active site. (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 2:321/325 of 6l59A

query
sites
6l59A
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
-
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
x
T
A
|
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

5greA Crystal structure of the alpha gamma heterodimer of human idh3 in complex with mg(2+), citrate and adp (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:335/336 of query aligns to 2:322/325 of 5greA

query
sites
5greA
R
 
Q
T
 
T
I
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
A
S
 
A
A
 
V
L
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
I
E
 
Q
Y
 
W
E
 
E
F
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
R
G
 
N
L
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
K
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
W
L
 
M
L
 
I
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
T
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
S
I
 
M
E
 
D
K
 
K
N
 
N
R
 
K
I
 
M
T
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
P
S
 
S
I
 
M
N
 
N
V
 
L
S
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
C
L
 
V
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
Q
 
K
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
D
 
T
N
 
D
I
 
V
D
 
N
I
 
I
I
 
V
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
V
V
 
I
S
 
V
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
E
Q
 
G
G
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
R
I
 
I
T
 
A
T
 
E
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
N
E
 
N
G
 
H
R
 
R
K
 
S
K
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
R
S
 
M
T
 
S
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
V
 
K
A
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
E
R
 
S
Y
 
C
P
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
K
T
 
F
E
 
N
E
 
E
M
 
M
I
 
Y
V
 
L
D
|
D
A
 
T
T
 
V
C
 
C
M
 
L
K
 
N
L
 
M
V
 
V
M
 
Q
N
 
D
P
 
P
E
 
S
N
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
M
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
V
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
A
D
 
N
A
 
G
-
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
S
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
D
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
F
D
 
D
K
 
H
A
 
A
E
 
A
L
 
R
I
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
F
A
 
A
V
 
T
I
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
D
 
K
R
 
S
T
 
L
T
 
T
R
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
N
H
 
A
G
 
K
T
 
C
T
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
C
E
 
R
R
 
R
L
 
V

2d1cA Crystal structure of tt0538 protein from thermus thermophilus hb8
48% identity, 99% coverage: 3:335/336 of query aligns to 18:354/495 of 2d1cA

query
sites
2d1cA
K
 
R
R
 
K
T
 
L
I
 
I
T
 
T
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
C
I
 
V
D
 
E
S
 
A
A
 
T
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
L
D
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
K
C
 
A
D
 
P
F
 
L
E
 
A
Y
 
Y
E
 
E
F
 
V
A
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
A
V
 
S
A
 
V
L
 
F
E
 
R
K
 
R
H
 
G
-
 
I
G
 
A
E
 
S
L
 
G
L
 
V
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
T
 
T
L
 
I
E
 
E
L
 
S
I
 
I
E
 
R
K
 
K
N
 
T
R
 
R
I
 
V
T
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
x
E
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
E
 
Y
G
 
G
F
 
E
T
 
K
S
 
S
I
 
A
N
|
N
V
 
V
S
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
L
F
 
F
S
 
E
L
 
T
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
S
 
E
F
 
F
K
 
P
G
 
N
T
 
V
Q
 
P
A
 
T
R
 
P
Y
 
Y
-
 
A
-
 
G
D
 
R
N
 
G
I
 
I
D
 
D
I
 
L
I
 
V
T
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
V
E
 
E
G
 
D
M
 
L
Y
|
Y
S
 
A
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
M
V
 
Q
S
 
T
D
 
P
D
 
-
G
 
-
A
 
S
T
 
V
A
 
A
E
 
Q
A
 
T
T
 
L
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
S
R
 
W
Q
 
K
G
 
G
A
 
S
E
 
E
Q
 
K
I
 
I
T
 
V
T
 
R
F
 
F
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
A
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
H
I
 
C
V
 
A
H
 
T
K
|
K
A
 
S
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
S
 
L
T
 
A
S
 
E
G
 
G
L
 
T
F
 
L
L
 
K
K
 
R
V
 
A
A
 
F
R
 
E
E
 
Q
V
 
V
S
 
A
L
 
Q
R
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
T
 
E
T
 
A
E
 
V
E
 
H
M
 
I
I
|
I
V
 
V
D
|
D
A
x
N
T
 
A
C
 
A
M
 
H
K
x
Q
L
 
L
V
 
V
M
 
K
N
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
F
 
F
D
 
E
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
M
F
 
N
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
T
A
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
G
 
G
L
|
L
G
|
G
M
 
F
A
 
A
P
 
P
G
 
S
A
 
A
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
E
A
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
V
A
x
I
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
Y
L
 
L
G
 
E
M
 
E
S
 
F
D
 
A
K
 
T
A
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
I
R
 
E
A
 
N
A
 
A
I
 
L
T
 
L
A
 
Y
V
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
R
R
 
V
T
 
L
T
 
T
R
 
G
D
|
D
L
 
V
G
 
V
G
 
G
T
 
Y
H
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
A
G
 
K
T
 
T
T
 
T
D
 
E
F
 
Y
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
V
 
I
I
 
I
E
 
Q
R
 
N
L
 
L

3blwF Yeast isocitrate dehydrogenase with citrate and amp bound in the regulatory subunits (see paper)
44% identity, 99% coverage: 3:335/336 of query aligns to 18:347/347 of 3blwF

query
sites
3blwF
K
 
K
R
 
Y
T
 
T
I
 
V
T
 
S
V
 
F
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
E
I
 
I
I
 
S
D
 
K
S
 
S
A
 
V
L
 
K
K
 
K
I
 
I
L
 
F
D
 
S
K
 
A
A
 
A
G
 
N
C
 
V
D
 
P
F
 
I
E
 
E
Y
 
W
E
 
E
F
 
S
A
 
C
D
 
D
A
 
V
G
 
S
L
 
P
V
 
I
A
 
F
L
 
V
E
 
N
K
 
G
H
 
L
G
 
-
E
 
T
L
 
T
L
 
I
P
 
P
Q
 
D
R
 
P
T
 
A
L
 
V
E
 
Q
L
 
S
I
 
I
E
 
T
K
 
K
N
 
N
R
 
L
I
 
V
T
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
H
T
 
R
S
 
S
I
 
L
N
 
N
V
 
L
S
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
S
 
G
L
 
L
Y
 
F
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
A
L
 
K
S
 
S
F
 
I
K
 
E
G
 
G
T
 
F
Q
 
K
A
 
T
R
 
T
Y
 
Y
D
 
E
N
 
N
I
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
V
T
 
L
V
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
E
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
E
Q
 
H
T
 
I
V
 
V
S
 
C
D
 
P
D
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
V
A
 
V
E
 
Q
A
 
S
T
 
I
S
 
K
I
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
Q
 
D
G
 
A
A
 
S
E
 
E
Q
 
R
I
 
V
T
 
I
T
 
R
F
 
Y
A
 
A
Y
 
F
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
K
 
A
E
 
I
G
 
G
R
 
R
K
 
P
K
 
R
V
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
V
H
 
H
K
|
K
A
 
S
N
x
T
I
 
I
M
 
Q
K
 
R
S
 
L
T
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
V
K
 
N
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
E
V
 
L
S
 
S
L
 
K
R
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
L
T
 
T
T
 
L
E
 
E
E
 
T
M
 
E
I
 
L
V
 
I
D
|
D
A
 
N
T
 
S
C
 
V
M
 
L
K
 
K
L
 
V
V
 
V
M
 
T
N
 
N
P
 
P
E
 
S
N
 
A
F
 
Y
D
 
T
-
 
D
-
 
A
V
 
V
I
 
S
V
 
V
T
 
C
T
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
N
A
 
S
G
 
G
L
 
L
-
 
S
V
 
A
G
 
G
G
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
S
A
 
A
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
H
D
 
K
A
 
I
A
 
S
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
N
 
D
L
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
S
S
 
S
I
 
V
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
N
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
T
D
 
N
K
 
H
A
 
A
E
 
D
L
 
Q
I
 
I
R
 
Q
A
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
L
A
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
A
E
 
S
G
 
G
-
 
P
D
 
E
R
 
N
T
 
R
T
 
T
R
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
A
G
 
G
T
 
T
H
 
A
G
 
T
T
 
T
T
 
S
D
 
S
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
I
 
I
E
 
K
R
 
R
L
 
L

4yb4A Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from thermus thermophilus in complex with homoisocitrate, magnesium ion (ii) and nadh
45% identity, 98% coverage: 6:335/336 of query aligns to 4:330/333 of 4yb4A

query
sites
4yb4A
I
 
I
T
 
C
V
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
H
S
 
E
I
 
V
I
 
I
D
 
P
S
 
A
A
 
A
L
 
R
K
 
R
I
 
V
L
 
L
D
 
E
K
 
A
A
 
T
G
 
G
C
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
E
Y
 
F
E
 
V
F
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
W
V
 
E
A
 
T
L
 
F
E
 
E
K
 
R
H
 
R
G
 
G
E
 
T
L
 
S
L
 
V
P
 
P
Q
 
E
R
 
E
T
 
T
L
 
V
E
 
E
L
 
K
I
 
I
E
 
L
K
 
S
N
 
C
R
 
H
I
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
F
G
 
G
P
 
A
L
x
A
T
|
T
T
x
S
P
 
P
V
 
T
G
 
R
E
 
K
-
 
V
-
 
P
G
 
G
F
 
F
T
 
F
S
 
G
I
 
A
N
 
I
V
x
R
S
 
Y
L
 
L
R
|
R
K
 
R
Q
 
R
F
 
L
S
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
L
 
K
S
 
S
F
 
R
K
 
P
G
 
V
T
 
P
Q
 
G
A
 
S
R
 
R
Y
 
-
D
 
P
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
V
T
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
T
E
 
E
G
 
G
M
 
L
Y
|
Y
S
 
V
G
 
E
L
 
Q
G
 
E
Q
 
R
T
 
R
V
 
Y
S
 
L
D
 
D
D
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
V
A
 
A
E
 
I
A
 
A
T
 
D
S
 
A
I
 
V
I
 
I
T
 
S
R
 
K
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
T
 
G
T
 
R
F
 
A
A
 
A
Y
 
L
E
 
R
L
 
I
A
 
A
R
 
E
K
 
G
E
 
R
G
 
P
R
 
R
K
 
K
K
 
T
V
 
L
T
 
H
I
 
I
V
 
A
H
 
H
K
|
K
A
 
A
N
 
N
I
 
V
M
 
L
K
 
P
S
 
L
T
 
T
S
 
Q
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
D
V
 
T
A
 
V
R
 
K
E
 
E
V
 
V
S
 
A
L
 
K
R
 
D
Y
 
F
P
 
P
D
 
L
I
 
V
T
 
N
T
 
V
E
 
Q
E
 
D
M
 
I
I
|
I
V
 
V
D
|
D
A
x
N
T
 
C
C
 
A
M
 
M
K
 
Q
L
 
L
V
 
V
M
 
M
N
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
C
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
L
|
L
G
 
G
M
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
G
 
G
R
 
D
D
 
T
A
 
T
A
 
A
I
 
V
F
 
F
E
|
E
A
 
P
V
 
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
G
L
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
S
 
A
V
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
S
S
 
A
I
 
A
Q
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
D
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
M
 
E
S
 
K
D
 
E
K
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
R
I
 
V
R
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
V
T
 
D
A
 
L
V
 
V
I
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
D
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
P
R
 
-
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
D
H
 
A
G
 
T
T
 
T
T
 
E
D
 
A
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
I
 
V
E
 
E
R
 
A
L
 
L

3asjB Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase in complex with a designed inhibitor (see paper)
45% identity, 98% coverage: 6:335/336 of query aligns to 4:330/333 of 3asjB

query
sites
3asjB
I
 
I
T
 
C
V
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
H
S
 
E
I
 
V
I
 
I
D
 
P
S
 
A
A
 
A
L
 
R
K
 
R
I
 
V
L
 
L
D
 
E
K
 
A
A
 
T
G
 
G
C
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
E
Y
 
F
E
 
V
F
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
W
V
 
E
A
 
T
L
 
F
E
 
E
K
 
R
H
 
R
G
 
G
E
 
T
L
 
S
L
 
V
P
 
P
Q
 
E
R
 
E
T
 
T
L
 
V
E
 
E
L
 
K
I
 
I
E
 
L
K
 
S
N
 
C
R
 
H