SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012331049.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012331049.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A812 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB; EC 3.6.4.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
64% identity, 91% coverage: 14:331/348 of query aligns to 16:333/336 of P0A812

query
sites
P0A812
E
 
E
D
 
D
D
 
V
I
 
A
D
 
D
A
 
R
S
x
A
I
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
E
D
 
E
F
 
Y
T
 
V
G
 
G
Q
 
Q
R
 
P
A
 
Q
A
 
V
R
 
R
A
 
S
N
 
Q
L
 
M
G
 
E
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
L
T
 
R
G
 
G
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
L
L
 
L
F
 
I
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
N
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
R
S
 
T
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
M
L
 
L
T
 
T
N
 
N
L
 
L
E
 
E
E
 
P
R
 
H
D
 
D
V
 
V
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
A
 
V
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
S
V
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
S
L
 
L
T
 
T
T
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
E
F
 
F
Y
|
Y
A
 
Q
V
 
V
D
 
P
E
 
D
L
 
L
E
 
Q
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
A
 
S
R
 
R
G
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
F
L
 
M
G
 
G
I
 
L
G
 
E
M
 
M
A
 
S
A
 
D
D
 
D
G
 
G
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
E
V
 
V
E
 
K
E
 
H
A
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
I
T
 
S
R
 
A
A
 
D
I
 
I
A
 
A
D
 
A
R
 
Q
A
|
A
L
 
L
R
 
D
L
 
M
L
 
L
D
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
D
T
 
Y
M
 
M
D
 
D
R
 
R
K
 
K
Y
 
L
L
 
L
G
 
L
L
 
A
I
 
V
A
 
I
R
 
D
S
 
K
Y
 
F
G
 
F
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
D
T
 
N
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
S
 
G
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
E
A
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
V
I
 
L
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
V
 
L
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
M
L
 
A
T
 
T
P
 
T
H
 
R
A
 
A
F
 
W
R
 
N
H
 
H
L
 
F
G
 
G
L
 
I
P
 
T
E
 
P
P
 
P

7x5bA Crystal structure of ruvb (see paper)
62% identity, 90% coverage: 20:333/348 of query aligns to 2:310/312 of 7x5bA

query
sites
7x5bA
S
 
A
I
 
I
R
|
R
P
|
P
L
 
L
S
 
K
L
 
L
S
 
A
D
 
D
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
P
A
 
S
A
 
V
R
 
R
A
 
E
N
 
Q
L
 
M
G
 
E
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
H
A
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
G
T
 
R
G
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
T
L
 
L
F
 
I
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
 
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
I
R
 
K
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
L
 
L
T
 
T
N
 
N
L
 
L
E
 
E
E
 
A
R
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
F
 
F
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
A
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
R
S
 
S
V
 
I
K
 
K
I
 
L
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
T
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
E
F
 
F
Y
|
Y
A
 
N
V
 
V
D
 
E
E
 
D
L
 
L
E
 
A
A
 
T
I
|
I
V
 
V
A
 
S
R
 
R
G
 
S
A
 
A
R
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
E
M
 
I
A
 
E
A
 
P
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
E
V
 
V
E
 
R
E
 
G
A
 
Q
G
 
G
T
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
L
L
 
L
D
 
D
V
 
V
D
 
D
A
 
E
A
 
R
G
 
G
L
 
F
D
 
D
T
 
H
M
 
L
D
 
D
R
 
R
K
 
R
Y
 
L
L
 
L
G
 
L
L
 
T
I
 
M
A
 
I
R
 
D
S
 
K
Y
 
F
G
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
I
E
 
D
T
 
N
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
H
A
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
V
I
 
L
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
V
 
I
Q
 
M
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
V
T
 
T
P
 
R
H
 
H
A
 
A
F
 
Y
R
 
L
H
 
H
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
N
E
 
I
P
 
P
S
 
K
R
 
R

7x7pM Cryoem structure of dsdna-ruvb-ruva domain3 complex (see paper)
62% identity, 90% coverage: 20:331/348 of query aligns to 2:309/309 of 7x7pM

query
sites
7x7pM
S
 
A
I
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
L
S
 
K
L
 
L
S
 
A
D
 
D
F
 
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
P
A
 
S
A
 
V
R
 
R
A
 
E
N
 
Q
L
 
M
G
 
E
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
H
A
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
G
T
 
R
G
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
T
L
 
L
F
 
I
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
I
R
 
K
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
L
 
L
T
 
T
N
 
N
L
 
L
E
 
E
E
 
A
R
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
F
 
F
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
A
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
S
V
 
I
K
 
K
I
 
L
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
T
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
E
F
 
F
Y
 
Y
A
 
N
V
 
V
D
 
E
E
 
D
L
 
L
E
 
A
A
 
T
I
 
I
V
 
V
A
 
S
R
 
R
G
 
S
A
 
A
R
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
E
M
 
I
A
 
E
A
 
P
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
E
V
 
V
E
 
R
E
 
G
A
 
Q
G
 
G
T
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
L
L
 
L
D
 
D
V
 
V
D
 
D
A
 
E
A
 
R
G
 
G
L
 
F
D
 
D
T
 
H
M
 
L
D
 
D
R
 
R
K
 
R
Y
 
L
L
 
L
G
 
L
L
 
T
I
 
M
A
 
I
R
 
D
S
 
K
Y
 
F
G
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
|
V
G
|
G
V
 
I
E
 
D
T
x
N
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
H
A
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
V
I
 
L
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
V
 
I
Q
 
M
R
|
R
T
|
T
P
|
P
R
 
R
G
 
G
R
|
R
L
 
V
L
 
V
T
 
T
P
 
R
H
 
H
A
 
A
F
 
Y
R
 
L
H
 
H
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
N
E
 
I
P
 
P

Q56313 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB; EC 3.6.4.- from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
52% identity, 93% coverage: 7:331/348 of query aligns to 4:329/334 of Q56313

query
sites
Q56313
L
x
F
L
|
L
T
|
T
P
|
P
E
|
E
R
|
R
R
x
T
E
x
V
D
x
Y
D
|
D
I
x
S
D
x
G
A
x
V
S
x
Q
-
x
F
I
x
L
R
|
R
P
|
P
L
x
K
S
|
S
L
|
L
S
x
D
D
x
E
F
|
F
T
x
I
G
|
G
Q
|
Q
R
x
E
A
x
N
A
x
V
R
x
K
A
x
K
N
x
K
L
|
L
G
x
S
V
x
L
F
x
A
I
x
L
E
|
E
A
|
A
A
|
A
R
x
K
R
x
M
T
x
R
G
|
G
Q
x
E
A
x
V
L
|
L
D
|
D
H
|
H
V
|
V
L
|
L
F
x
L
V
x
A
G
|
G
P
|
P
P
|
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
|
L
A
|
A
Q
x
H
I
|
I
V
x
I
A
|
A
R
x
S
E
|
E
L
|
L
G
x
Q
V
x
T
N
|
N
F
x
I
R
x
H
S
x
V
T
|
T
S
|
S
G
|
G
P
|
P
V
|
V
I
x
L
A
x
V
K
|
K
A
x
Q
G
|
G
D
|
D
L
x
M
A
|
A
A
|
A
Q
x
I
L
|
L
T
|
T
N
x
S
L
|
L
E
|
E
E
x
R
R
x
G
D
|
D
V
|
V
L
|
L
F
|
F
I
|
I
D
|
D
E
|
E
I
|
I
H
|
H
R
|
R
L
|
L
S
x
N
P
x
K
A
|
A
V
|
V
E
|
E
E
|
E
I
x
L
L
|
L
Y
|
Y
P
x
S
A
|
A
M
x
I
E
|
E
D
|
D
Y
x
F
Q
|
Q
L
x
I
D
|
D
L
x
I
I
x
M
I
|
I
G
|
G
E
x
K
G
|
G
P
|
P
A
x
S
A
|
A
R
x
K
S
|
S
V
x
I
K
x
R
I
|
I
E
x
D
L
x
I
P
x
Q
R
x
P
F
|
F
T
|
T
L
|
L
V
|
V
A
x
G
A
|
A
T
|
T
T
|
T
R
|
R
A
x
S
G
|
G
L
|
L
L
|
L
T
x
S
T
x
S
P
|
P
L
|
L
R
|
R
D
x
S
R
|
R
F
|
F
G
|
G
I
|
I
P
x
I
I
x
L
R
x
E
L
|
L
E
x
D
F
|
F
Y
|
Y
A
x
T
V
|
V
D
x
K
E
|
E
L
|
L
E
x
K
A
x
E
I
|
I
V
x
I
A
x
K
R
|
R
G
x
A
A
|
A
R
x
S
V
x
L
L
x
M
G
x
D
I
x
V
G
x
E
M
x
I
A
x
E
A
x
D
D
x
A
G
x
A
A
|
A
N
x
E
E
x
M
I
|
I
A
|
A
R
x
K
R
|
R
A
x
S
R
|
R
G
|
G
T
|
T
P
|
P
R
|
R
I
|
I
A
|
A
G
x
I
R
|
R
L
|
L
L
x
T
R
x
K
R
|
R
V
|
V
R
|
R
D
|
D
F
x
M
A
x
L
I
x
T
V
|
V
E
x
V
E
x
K
A
|
A
G
x
D
T
x
R
V
x
I
T
x
N
R
x
T
A
x
D
I
|
I
A
x
V
D
x
L
R
x
K
A
x
T
L
x
M
R
x
E
L
x
V
L
|
L
D
x
N
V
x
I
D
|
D
A
x
D
A
x
E
G
|
G
L
|
L
D
|
D
T
x
E
M
x
F
D
|
D
R
|
R
K
|
K
Y
x
I
L
|
L
G
x
K
L
x
T
I
|
I
A
x
I
R
x
E
S
x
I
Y
|
Y
G
x
R
G
|
G
G
|
G
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
x
L
E
x
N
T
x
A
I
x
L
A
|
A
A
|
A
A
x
S
L
|
L
S
x
G
E
x
V
P
x
E
R
x
A
D
|
D
A
x
T
I
x
L
E
x
S
E
|
E
I
x
V
I
x
Y
E
|
E
P
|
P
Y
|
Y
L
|
L
L
|
L
Q
|
Q
Q
x
A
G
|
G
F
|
F
V
x
L
Q
x
A
R
|
R
T
|
T
P
|
P
R
|
R
G
|
G
R
|
R
L
x
I
L
x
V
T
|
T
P
x
E
H
x
K
A
|
A
F
x
Y
R
x
K
H
|
H
L
|
L
G
x
K
L
x
Y
P
x
E
E
x
V
P
|
P

Sites not aligning to the query:

Q5M2B1 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB; EC 3.6.4.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
51% identity, 90% coverage: 14:327/348 of query aligns to 13:326/333 of Q5M2B1

query
sites
Q5M2B1
E
|
E
D
x
E
D
x
Y
I
x
V
D
x
E
A
x
R
S
x
T
I
x
L
R
|
R
P
|
P
L
x
Q
S
x
Y
L
x
F
S
x
K
D
x
E
F
x
Y
T
x
I
G
|
G
Q
|
Q
R
x
D
A
x
K
A
x
V
R
x
K
A
x
D
N
x
Q
L
|
L
G
x
K
V
x
I
F
|
F
I
|
I
E
|
E
A
|
A
A
|
A
R
x
K
R
x
L
T
x
R
G
x
D
Q
x
E
A
|
A
L
|
L
D
|
D
H
|
H
V
x
T
L
|
L
F
x
L
V
x
F
G
|
G
P
|
P
P
|
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
x
M
A
|
A
Q
x
F
I
x
V
V
x
I
A
|
A
R
x
N
E
|
E
L
x
M
G
|
G
V
|
V
N
|
N
F
x
L
R
x
K
S
x
Q
T
|
T
S
|
S
G
|
G
P
|
P
V
x
A
I
|
I
A
x
E
K
|
K
A
|
A
G
|
G
D
|
D
L
|
L
A
x
V
A
|
A
Q
x
I
L
|
L
T
x
N
N
x
D
L
|
L
E
|
E
E
x
P
R
x
G
D
|
D
V
x
I
L
|
L
F
|
F
I
|
I
D
|
D
E
|
E
I
|
I
H
|
H
R
|
R
L
x
M
S
x
P
P
x
M
A
|
A
V
|
V
E
|
E
E
|
E
I
x
V
L
|
L
Y
|
Y
P
x
S
A
|
A
M
|
M
E
|
E
D
|
D
Y
|
Y
Q
x
Y
L
x
I
D
|
D
L
x
I
I
x
M
I
|
I
G
|
G
E
x
A
G
|
G
P
x
E
A
x
T
A
x
S
R
|
R
S
|
S
V
|
V
K
x
H
I
x
L
E
x
D
L
|
L
P
|
P
R
x
P
F
|
F
T
|
T
L
|
L
V
|
V
A
x
G
A
|
A
T
|
T
T
|
T
R
|
R
A
|
A
G
|
G
L
x
M
L
|
L
T
x
S
T
x
N
P
|
P
L
|
L
R
|
R
D
x
A
R
|
R
F
|
F
G
|
G
I
|
I
P
x
N
I
x
G
R
x
H
L
x
M
E
|
E
F
x
Y
Y
|
Y
A
x
E
V
x
L
D
x
P
E
x
D
L
|
L
E
x
T
A
x
E
I
|
I
V
|
V
A
x
E
R
|
R
G
x
T
A
x
S
R
x
E
V
x
I
L
x
F
G
x
E
I
x
M
G
x
T
M
x
I
A
x
T
A
x
P
D
x
E
G
x
A
A
|
A
N
x
L
E
|
E
I
x
L
A
|
A
R
|
R
R
|
R
A
x
S
R
|
R
G
|
G
T
|
T
P
|
P
R
|
R
I
|
I
A
|
A
G
x
N
R
|
R
L
|
L
L
|
L
R
x
K
R
|
R
V
|
V
R
|
R
D
|
D
F
x
Y
A
|
A
I
x
Q
V
x
I
E
x
M
E
x
G
A
x
D
G
|
G
T
x
V
V
x
I
T
x
D
R
x
D
A
x
K
I
|
I
A
|
A
D
|
D
R
x
Q
A
|
A
L
|
L
R
x
T
L
x
M
L
|
L
D
|
D
V
 
V
D
 
D
A
x
H
A
x
E
G
|
G
L
|
L
D
|
D
T
x
Y
M
x
V
D
|
D
R
x
Q
K
|
K
Y
x
I
L
|
L
G
x
R
L
x
T
I
x
M
A
x
I
R
x
E
S
x
M
Y
|
Y
G
|
G
G
|
G
G
|
G
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
x
L
E
x
G
T
|
T
I
x
L
A
x
S
A
x
V
A
x
N
L
x
I
S
x
A
E
|
E
P
x
E
R
|
R
D
x
E
A
x
T
I
x
V
E
|
E
E
x
D
I
x
M
I
x
Y
E
|
E
P
|
P
Y
|
Y
L
|
L
L
x
I
Q
|
Q
Q
x
K
G
|
G
F
|
F
V
x
I
Q
x
M
R
|
R
T
|
T
P
x
R
R
x
T
G
|
G
R
|
R
L
x
V
L
x
A
T
|
T
P
x
A
H
x
K
A
|
A
F
x
Y
R
x
E
H
|
H
L
x
M
G
|
G

Sites not aligning to the query:

7pblB Ruvab branch migration motor complexed to the holliday junction - ruvb aaa+ state s1 [t2 dataset] (see paper)
52% identity, 89% coverage: 20:327/348 of query aligns to 1:308/312 of 7pblB

query
sites
7pblB
S
 
T
I
x
L
R
|
R
P
|
P
L
 
Q
S
 
Y
L
 
F
S
 
K
D
 
E
F
x
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
D
A
 
K
A
 
V
R
 
K
A
 
D
N
 
Q
L
 
L
G
 
K
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
L
T
 
R
G
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
T
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
 
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
M
A
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
N
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
K
S
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
V
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
N
N
 
D
L
 
L
E
 
E
E
 
P
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
M
S
 
P
P
 
M
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
Y
L
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
A
G
 
G
P
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
H
I
 
L
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
S
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
N
I
 
G
R
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
Y
Y
|
Y
A
 
E
V
 
L
D
 
P
E
 
D
L
 
L
E
 
T
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
G
 
T
A
 
S
R
 
E
V
 
I
L
 
F
G
 
E
I
 
M
G
 
T
M
 
I
A
 
T
A
 
P
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
I
 
Q
V
 
I
E
 
M
E
 
G
A
 
D
G
 
G
T
 
V
V
 
I
T
 
D
R
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
T
L
 
M
L
 
L
D
 
D
V
 
V
D
 
D
A
 
H
A
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
Y
M
 
V
D
 
D
R
 
Q
K
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
R
L
 
T
I
 
M
A
 
I
R
 
E
S
 
M
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
I
S
 
A
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
E
A
 
T
I
 
V
E
 
E
E
 
D
I
 
M
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Q
 
M
R
 
R
T
 
T
P
x
R
R
 
T
G
 
G
R
|
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
A
H
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
E
H
 
H
L
 
M
G
 
G

7pblA Ruvab branch migration motor complexed to the holliday junction - ruvb aaa+ state s1 [t2 dataset] (see paper)
52% identity, 89% coverage: 20:327/348 of query aligns to 1:308/312 of 7pblA

query
sites
7pblA
S
 
T
I
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
Q
S
 
Y
L
 
F
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
D
A
 
K
A
 
V
R
 
K
A
 
D
N
 
Q
L
 
L
G
 
K
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
L
T
 
R
G
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
T
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
 
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
M
A
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
N
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
K
S
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
V
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
N
N
 
D
L
 
L
E
 
E
E
 
P
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
M
S
 
P
P
 
M
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
Y
L
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
A
G
 
G
P
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
H
I
 
L
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
S
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
N
I
 
G
R
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
E
V
 
L
D
 
P
E
 
D
L
 
L
E
 
T
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
G
 
T
A
 
S
R
 
E
V
 
I
L
 
F
G
 
E
I
 
M
G
 
T
M
 
I
A
 
T
A
 
P
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
I
 
Q
V
 
I
E
 
M
E
 
G
A
 
D
G
 
G
T
 
V
V
 
I
T
 
D
R
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
T
L
 
M
L
 
L
D
 
D
V
 
V
D
 
D
A
 
H
A
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
Y
M
 
V
D
 
D
R
 
Q
K
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
R
L
 
T
I
 
M
A
 
I
R
 
E
S
 
M
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
I
S
 
A
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
E
A
 
T
I
 
V
E
 
E
E
 
D
I
 
M
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Q
 
M
R
 
R
T
 
T
P
 
R
R
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
A
H
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
E
H
 
H
L
 
M
G
 
G

7pblD Ruvab branch migration motor complexed to the holliday junction - ruvb aaa+ state s1 [t2 dataset] (see paper)
52% identity, 89% coverage: 20:327/348 of query aligns to 1:308/313 of 7pblD

query
sites
7pblD
S
 
T
I
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
Q
S
 
Y
L
 
F
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
D
A
 
K
A
 
V
R
 
K
A
 
D
N
 
Q
L
 
L
G
 
K
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
L
T
 
R
G
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
T
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
 
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
 
T
L
 
M
A
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
N
E
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
K
S
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
V
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
N
N
 
D
L
 
L
E
 
E
E
 
P
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
M
S
 
P
P
 
M
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
Y
L
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
A
G
 
G
P
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
H
I
 
L
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
S
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
N
I
 
G
R
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
Y
Y
|
Y
A
 
E
V
 
L
D
 
P
E
 
D
L
 
L
E
 
T
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
G
 
T
A
 
S
R
 
E
V
 
I
L
 
F
G
 
E
I
 
M
G
 
T
M
 
I
A
 
T
A
 
P
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
I
 
Q
V
 
I
E
 
M
E
 
G
A
 
D
G
 
G
T
 
V
V
 
I
T
 
D
R
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
T
L
 
M
L
 
L
D
 
D
V
 
V
D
 
D
A
 
H
A
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
Y
M
 
V
D
 
D
R
 
Q
K
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
R
L
 
T
I
 
M
A
 
I
R
 
E
S
 
M
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
I
S
 
A
E
 
E
P
 
E
R
 
R
D
 
E
A
 
T
I
 
V
E
 
E
E
 
D
I
 
M
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
I
Q
 
M
R
 
R
T
 
T
P
 
R
R
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
A
H
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
E
H
 
H
L
 
M
G
 
G

Q5SL87 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB; EC 3.6.4.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
55% identity, 90% coverage: 18:331/348 of query aligns to 3:317/324 of Q5SL87

query
sites
Q5SL87
D
|
D
A
x
L
S
x
A
I
x
L
R
|
R
P
|
P
L
x
K
S
x
T
L
|
L
S
x
D
D
x
E
F
x
Y
T
x
I
G
|
G
Q
|
Q
R
x
E
A
x
R
A
x
L
R
x
K
A
x
Q
N
x
K
L
|
L
G
x
R
V
|
V
F
x
Y
I
x
L
E
|
E
A
|
A
A
|
A
R
x
K
R
x
A
T
x
R
G
x
K
Q
x
E
A
x
P
L
|
L
D
x
E
H
|
H
V
x
L
L
|
L
F
x
L
V
x
F
G
|
G
P
|
P
P
|
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
|
L
A
|
A
Q
x
H
I
x
V
V
x
I
A
|
A
R
x
H
E
|
E
L
|
L
G
|
G
V
|
V
N
|
N
F
x
L
R
|
R
S
x
V
T
|
T
S
|
S
G
|
G
P
|
P
V
x
A
I
|
I
A
x
E
K
|
K
A
x
P
G
|
G
D
|
D
L
|
L
A
|
A
A
|
A
Q
x
I
L
|
L
T
x
A
N
|
N
-
x
S
L
|
L
E
|
E
E
|
E
R
x
G
D
|
D
V
x
I
L
|
L
F
|
F
I
|
I
D
|
D
E
|
E
I
|
I
H
|
H
R
|
R
L
|
L
S
|
S
P
x
R
A
x
Q
V
x
A
E
|
E
E
|
E
I
x
H
L
|
L
Y
|
Y
P
|
P
A
|
A
M
|
M
E
|
E
D
|
D
Y
x
F
Q
x
V
L
x
M
D
|
D
L
x
I
I
x
V
I
|
I
G
|
G
E
x
Q
G
|
G
P
|
P
A
|
A
A
|
A
R
|
R
S
x
T
V
x
I
K
x
R
I
x
L
E
|
E
L
|
L
P
|
P
R
|
R
F
|
F
T
|
T
L
|
L
V
x
I
A
x
G
A
|
A
T
|
T
T
|
T
R
|
R
A
x
P
G
|
G
L
|
L
L
x
I
T
|
T
T
x
A
P
|
P
L
|
L
R
x
L
D
x
S
R
|
R
F
|
F
G
|
G
I
|
I
P
x
V
I
x
E
R
x
H
L
|
L
E
|
E
F
x
Y
Y
|
Y
A
x
T
V
x
P
D
x
E
E
|
E
L
|
L
E
x
A
A
x
Q
I
x
G
V
|
V
A
x
M
R
|
R
G
x
D
A
|
A
R
|
R
V
x
L
L
|
L
G
|
G
I
x
V
G
x
R
M
x
I
A
x
T
A
x
E
D
x
E
G
x
A
A
|
A
N
x
L
E
|
E
I
|
I
A
x
G
R
|
R
R
|
R
A
x
S
R
|
R
G
|
G
T
|
T
P
x
M
R
|
R
I
x
V
A
|
A
G
x
K
R
|
R
L
|
L
L
x
F
R
|
R
R
|
R
V
|
V
R
|
R
D
|
D
F
|
F
A
|
A
I
x
Q
V
|
V
E
x
A
E
x
G
A
x
E
G
x
E
T
x
V
V
x
I
T
|
T
R
|
R
A
x
E
I
x
R
A
|
A
D
x
L
R
x
E
A
|
A
L
|
L
R
x
A
L
x
A
L
|
L
D
x
G
V
 
L
D
 
D
A
x
E
A
x
L
G
|
G
L
|
L
D
x
E
T
x
K
M
x
R
D
|
D
R
|
R
K
x
E
Y
x
I
L
|
L
G
x
E
L
x
V
I
x
L
A
x
I
R
x
L
S
x
R
Y
x
F
G
|
G
G
|
G
G
|
G
P
|
P
V
|
V
G
|
G
V
x
L
E
x
A
T
|
T
I
x
L
A
|
A
A
x
T
A
|
A
L
|
L
S
|
S
E
|
E
P
x
D
R
x
P
D
x
G
A
x
T
I
x
L
E
|
E
E
|
E
I
x
V
I
x
H
E
|
E
P
|
P
Y
|
Y
L
|
L
L
x
I
Q
x
R
Q
|
Q
G
|
G
F
x
L
V
x
L
Q
x
K
R
|
R
T
|
T
P
|
P
R
|
R
G
|
G
R
|
R
L
x
V
L
x
A
T
|
T
P
x
E
H
x
L
A
|
A
F
x
Y
R
|
R
H
|
H
L
|
L
G
|
G
L
x
Y
P
|
P
E
x
P
P
|
P

Sites not aligning to the query:

8efyA Structure of double homo-hexameric aaa+ atpase ruvb motors
55% identity, 90% coverage: 20:331/348 of query aligns to 1:313/313 of 8efyA

query
sites
8efyA
S
 
A
I
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
K
S
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
R
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
N
 
K
L
 
L
G
 
R
V
 
V
F
 
Y
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
A
T
 
R
G
 
K
Q
 
E
A
 
P
L
 
L
D
 
E
H
 
H
V
 
L
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
 
K
T
 
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
R
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
A
N
 
N
-
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
|
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
R
A
 
Q
V
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
H
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
|
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
I
I
 
V
I
 
I
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
T
V
 
I
K
 
R
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
R
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
I
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
L
D
 
S
R
|
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
E
R
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
T
V
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
Q
I
 
G
V
 
V
A
 
M
R
 
R
G
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
R
M
 
I
A
 
T
A
 
E
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
x
M
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
F
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
V
 
V
E
 
A
E
 
G
A
 
E
G
 
E
T
 
V
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
L
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
A
L
 
L
D
 
G
V
 
L
D
 
D
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
E
T
 
K
M
 
R
D
 
D
R
 
R
K
 
E
Y
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
I
R
 
L
S
 
R
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
A
T
|
T
I
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
D
R
 
P
D
 
G
A
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
V
I
 
H
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
R
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
R
T
 
T
P
|
P
R
|
R
G
 
G
R
|
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
E
H
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
E
 
P
P
 
P

8efvA Structure of single homo-hexameric holliday junction atp-dependent DNA helicase ruvb motor
55% identity, 90% coverage: 20:331/348 of query aligns to 1:313/313 of 8efvA

query
sites
8efvA
S
 
A
I
 
L
R
|
R
P
|
P
L
 
K
S
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
R
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
N
 
K
L
 
L
G
 
R
V
 
V
F
 
Y
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
A
T
 
R
G
 
K
Q
 
E
A
 
P
L
 
L
D
 
E
H
 
H
V
 
L
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
 
K
T
 
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
R
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
A
N
 
N
-
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
x
R
A
 
Q
V
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
H
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
|
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
I
I
 
V
I
 
I
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
T
V
 
I
K
 
R
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
R
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
I
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
L
D
 
S
R
|
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
E
R
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
T
V
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
Q
I
 
G
V
 
V
A
 
M
R
 
R
G
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
R
M
 
I
A
 
T
A
 
E
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
M
R
|
R
I
 
V
A
 
A
G
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
F
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
V
 
V
E
 
A
E
 
G
A
 
E
G
 
E
T
 
V
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
L
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
A
L
 
L
D
 
G
V
 
L
D
 
D
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
E
T
 
K
M
 
R
D
 
D
R
 
R
K
 
E
Y
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
I
R
 
L
S
 
R
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
|
V
G
 
G
V
x
L
E
 
A
T
|
T
I
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
D
R
 
P
D
 
G
A
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
V
I
 
H
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
R
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
R
T
 
T
P
|
P
R
|
R
G
 
G
R
|
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
E
H
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
E
 
P
P
 
P

1ixsB Structure of ruvb complexed with ruva domain iii (see paper)
55% identity, 90% coverage: 20:331/348 of query aligns to 2:314/315 of 1ixsB

query
sites
1ixsB
S
 
A
I
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
K
S
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
R
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
N
 
K
L
 
L
G
 
R
V
 
V
F
 
Y
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
A
T
 
R
G
 
K
Q
 
E
A
 
P
L
 
L
D
 
E
H
 
H
V
 
L
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
R
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
A
N
 
N
-
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
R
A
 
Q
V
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
H
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
I
I
 
V
I
 
I
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
T
V
 
I
K
 
R
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
R
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
|
T
R
 
R
A
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
I
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
L
D
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
E
R
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
T
V
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
Q
I
 
G
V
 
V
A
 
M
R
 
R
G
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
R
M
 
I
A
 
T
A
 
E
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
x
M
R
|
R
I
 
V
A
 
A
G
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
F
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
V
 
V
E
 
A
E
 
G
A
 
E
G
 
E
T
 
V
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
L
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
A
L
 
L
D
 
G
V
 
L
D
 
D
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
E
T
 
K
M
 
R
D
 
D
R
 
R
K
 
E
Y
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
I
R
 
L
S
 
R
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
T
I
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
D
R
 
P
D
 
G
A
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
V
I
 
H
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
R
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
A
T
 
T
P
 
E
H
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
E
 
P
P
 
P

1hqcA Structure of ruvb from thermus thermophilus hb8 (see paper)
55% identity, 90% coverage: 20:331/348 of query aligns to 1:313/314 of 1hqcA

query
sites
1hqcA
S
 
A
I
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
K
S
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
R
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
N
 
K
L
 
L
G
 
R
V
 
V
F
 
Y
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
A
T
 
R
G
 
K
Q
 
E
A
 
P
L
 
L
D
 
E
H
 
H
V
 
L
L
 
L
F
 
L
V
 
F
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
N
 
N
F
 
L
R
 
R
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
A
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
A
N
 
N
-
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
R
A
 
Q
V
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
H
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
I
I
 
V
I
 
I
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
R
 
R
S
 
T
V
 
I
K
 
R
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
R
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
|
T
R
 
R
A
 
P
G
 
G
L
 
L
L
 
I
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
L
D
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
V
I
 
E
R
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
T
V
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
Q
I
 
G
V
 
V
A
 
M
R
 
R
G
 
D
A
 
A
R
 
R
V
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
R
M
 
I
A
 
T
A
 
E
D
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
M
R
|
R
I
 
V
A
 
A
G
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
F
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
Q
V
 
V
E
 
A
E
 
G
A
 
E
G
 
E
T
 
V
V
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
L
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
A
L
 
L
D
 
G
V
 
L
D
 
D
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
E
T
 
K
M
 
R
D
 
D
R
 
R
K
 
E
Y
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
I
R
 
L
S
 
R
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
T
I
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
D
R
 
P
D
 
G
A
 
T
I
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
V
I
 
H
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
Q
 
R
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
P
T
 
T
P
 
E
H
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
E
 
P
P
 
P

3pfiA 2.7 angstrom resolution crystal structure of a probable holliday junction DNA helicase (ruvb) from campylobacter jejuni subsp. Jejuni nctc 11168 in complex with adenosine-5'-diphosphate
51% identity, 89% coverage: 21:328/348 of query aligns to 1:298/301 of 3pfiA

query
sites
3pfiA
I
 
L
R
|
R
P
|
P
L
 
S
S
 
N
L
 
F
S
 
D
D
 
G
F
x
Y
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
S
A
 
I
R
 
K
A
 
K
N
 
N
L
 
L
G
 
N
V
 
V
F
 
F
I
 
I
E
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
K
T
 
R
G
 
N
Q
 
E
A
 
C
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
I
L
 
L
F
 
F
V
 
S
G
 
G
P
 
P
P
 
A
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
S
R
 
Y
E
 
E
L
 
M
G
 
S
V
 
A
N
 
N
F
 
I
R
 
K
S
 
T
T
 
T
S
 
A
G
 
A
P
 
P
V
 
M
I
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
L
 
L
E
 
S
E
 
E
R
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
A
 
A
V
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
D
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
A
R
 
Q
S
 
T
V
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
D
L
 
L
P
 
P
R
 
K
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
|
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
L
T
 
S
T
 
N
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
M
P
 
Q
I
 
F
R
 
R
L
 
L
E
 
E
F
 
F
Y
|
Y
A
 
K
V
 
D
D
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
L
I
|
I
V
 
L
A
 
Q
R
 
K
G
 
A
A
 
A
R
 
L
V
 
K
L
 
L
G
 
N
I
 
K
G
 
T
M
 
C
A
 
E
A
 
E
D
 
K
G
 
A
A
 
A
N
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
S
T
 
T
P
|
P
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
x
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
D
V
 
V
E
 
N
E
 
D
A
 
E
G
 
E
T
 
I
V
 
I
T
 
T
R
 
E
A
 
K
I
 
R
A
 
A
D
 
N
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
S
L
 
L
D
 
G
V
 
V
D
 
N
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
F
D
 
D
T
 
A
M
 
M
D
 
D
R
 
L
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
G
 
E
L
 
L
I
 
L
A
 
T
R
 
A
S
 
A
Y
 
-
G
 
K
G
 
Q
G
 
K
P
 
P
V
 
I
G
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
P
 
D
R
 
E
D
 
N
A
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
V
I
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
Q
 
N
G
 
G
F
 
Y
V
 
I
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
P
 
A
R
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
A
T
 
S
P
 
A
H
 
K
A
 
S
F
 
Y
R
 
S
H
 
A
L
 
L
G
 
K
L
 
L

1in5A Thermogota maritima ruvb a156s mutant (see paper)
50% identity, 89% coverage: 21:331/348 of query aligns to 3:301/301 of 1in5A

query
sites
1in5A
I
 
L
R
|
R
P
|
P
L
 
K
S
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
|
F
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
N
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
K
L
 
L
G
 
S
V
 
L
F
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
M
T
 
R
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
A
G
 
G
P
 
P
P
|
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
Q
V
 
T
N
 
N
F
 
I
R
 
H
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
R
R
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
L
L
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
A
M
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
M
I
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
D
L
 
I
P
 
Q
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
S
T
 
T
T
|
T
R
 
R
A
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
S
T
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
I
I
 
L
R
 
E
L
 
L
E
 
D
F
 
F
Y
|
Y
A
 
T
V
 
V
D
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
K
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
K
R
 
R
G
 
A
A
 
A
R
 
S
V
 
L
L
 
M
G
 
D
I
 
V
G
 
E
M
 
I
A
 
E
A
 
D
D
 
A
G
 
A
A
 
A
N
 
E
E
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
K
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
 
I
R
 
R
L
 
L
L
 
T
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
M
A
 
L
I
 
T
V
 
V
E
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
R
V
 
I
T
 
N
R
 
T
A
 
D
I
 
I
A
 
V
D
 
L
R
 
K
A
 
T
L
 
M
R
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
N
V
 
I
D
 
D
A
 
D
A
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
E
M
 
F
D
 
D
R
 
R
K
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
K
L
 
T
I
 
I
A
 
I
R
 
E
S
 
I
Y
 
Y
G
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
N
T
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
G
E
 
V
P
 
E
R
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
L
E
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
L
Q
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
V
T
 
T
P
 
E
H
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
K
L
 
Y
P
 
E
E
 
V
P
 
P

1j7kA Thermotoga maritima ruvb p216g mutant (see paper)
50% identity, 89% coverage: 21:331/348 of query aligns to 1:299/299 of 1j7kA

query
sites
1j7kA
I
x
L
R
|
R
P
 
P
L
 
K
S
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
E
F
|
F
T
x
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
E
A
 
N
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
K
L
 
L
G
 
S
V
 
L
F
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
R
 
M
T
 
R
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
D
 
D
H
 
H
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
A
G
 
G
P
 
P
P
|
P
G
|
G
L
|
L
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
I
V
 
I
A
 
A
R
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
Q
V
 
T
N
 
N
F
 
I
R
 
H
S
 
V
T
 
T
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
R
R
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
L
L
 
L
Y
 
Y
P
 
S
A
 
A
M
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
I
I
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
D
L
 
I
P
 
Q
R
 
P
F
 
F
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
T
|
T
R
 
R
A
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
S
T
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
I
P
 
I
I
 
L
R
 
E
L
 
L
E
 
D
F
 
F
Y
|
Y
A
 
T
V
 
V
D
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
K
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
K
R
 
R
G
 
A
A
 
A
R
 
S
V
 
L
L
 
M
G
 
D
I
 
V
G
 
E
M
 
I
A
 
E
A
 
D
D
 
A
G
 
A
A
 
A
N
 
E
E
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
K
R
 
R
A
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
x
G
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
x
I
R
 
R
L
 
L
L
 
T
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
D
F
 
M
A
 
L
I
 
T
V
 
V
E
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
R
V
 
I
T
 
N
R
 
T
A
 
D
I
 
I
A
 
V
D
 
L
R
 
K
A
 
T
L
 
M
R
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
N
V
 
I
D
 
D
A
 
D
A
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
E
M
 
F
D
 
D
R
 
R
K
 
K
Y
 
I
L
 
L
G
 
K
L
 
T
I
 
I
A
 
I
R
 
E
S
 
I
Y
 
Y
G
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
N
T
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
G
E
 
V
P
 
E
R
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
L
E
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
L
Q
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
V
T
 
T
P
 
E
H
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
K
L
 
Y
P
 
E
E
 
V
P
 
P

3pvsD Structure and biochemical activities of escherichia coli mgsa (see paper)
32% identity, 40% coverage: 19:158/348 of query aligns to 5:139/424 of 3pvsD

query
sites
3pvsD
A
 
A
S
 
R
I
 
M
R
 
R
P
 
P
L
 
E
S
 
N
L
 
L
S
 
A
D
 
Q
F
 
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
-
 
H
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
K
N
 
P
L
 
L
G
 
P
V
 
R
F
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
G
R
 
H
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
H
H
 
S
V
 
M
L
 
I
F
 
L
V
 
W
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
x
T
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
Y
L
 
A
G
 
N
V
 
A
N
 
D
F
 
V
R
 
E
S
 
R
T
 
I
S
 
S
G
 
A
P
 
V
V
 
T
-
 
S
-
 
G
-
 
V
-
 
K
-
 
E
I
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
A
G
 
I
D
 
E
L
 
R
A
 
A
A
 
R
Q
 
Q
L
 
N
T
 
R
N
 
N
L
 
A
E
 
G
E
 
R
R
 
R
D
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
V
H
 
H
R
 
R
L
 
F
S
 
N
P
 
K
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
E
 
D
I
 
A
L
 
F
Y
 
L
P
 
P
A
 
H
M
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
G
Q
 
T
L
 
I
D
 
T
L
 
F
I
 
I
I
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
G
V
 
A
K
 
T
I
 
T
E
 
E
L
 
N
P
 
P
R
 
S
F
 
F
T
 
E
L
 
L
V
 
N
A
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P0AAZ4 Replication-associated recombination protein A from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 40% coverage: 19:158/348 of query aligns to 18:152/447 of P0AAZ4

query
sites
P0AAZ4
A
 
A
S
 
R
I
 
M
R
 
R
P
 
P
L
 
E
S
 
N
L
 
L
S
 
A
D
 
Q
F
 
Y
T
 
I
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
-
 
H
-
 
L
-
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
K
N
 
P
L
 
L
G
 
P
V
 
R
F
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
G
R
 
H
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
H
H
 
S
V
 
M
L
 
I
F
 
L
V
 
W
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
G
L
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
Y
L
 
A
G
 
N
V
 
A
N
 
D
F
 
V
R
 
E
S
 
R
T
 
I
S
 
S
G
 
A
P
 
V
V
 
T
-
 
S
-
 
G
-
 
V
-
 
K
-
 
E
I
 
I
A
 
R
K
 
E
A
 
A
G
 
I
D
 
E
L
 
R
A
 
A
A
 
R
Q
 
Q
L
 
N
T
 
R
N
 
N
L
 
A
E
 
G
E
 
R
R
 
R
D
 
T
V
 
I
L
 
L
F
 
F
I
 
V
D
 
D
E
 
E
I
 
V
H
 
H
R
 
R
L
 
F
S
 
N
P
 
K
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
E
 
D
I
 
A
L
 
F
Y
 
L
P
 
P
A
 
H
M
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
G
Q
 
T
L
 
I
D
 
T
L
 
F
I
 
I
I
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
G
V
 
A
K
 
T
I
 
T
E
 
E
L
 
N
P
 
P
R
 
S
F
 
F
T
 
E
L
 
L
V
 
N
A
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7kslC Substrate-free human mitochondrial lonp1 (see paper)
25% identity, 89% coverage: 28:337/348 of query aligns to 70:398/489 of 7kslC

query
sites
7kslC
D
 
D
F
 
H
T
 
Y
G
 
G
Q
 
M
R
 
E
A
 
D
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
R
L
 
I
G
 
L
V
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
A
A
 
V
A
 
S
R
 
Q
R
 
L
T
 
R
G
 
G
Q
 
S
A
 
T
L
 
Q
D
 
G
H
 
K
V
 
I
L
 
L
-
 
C
F
 
F
V
 
Y
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
x
V
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
x
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
I
 
S
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
A
L
 
L
G
 
N
V
 
R
N
 
E
-
 
Y
F
 
F
R
 
R
S
 
F
T
 
S
S
 
V
G
 
G
P
 
G
V
 
M
-
 
T
-
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
E
A
 
I
G
 
G
D
 
K
L
 
I
A
 
I
A
 
Q
Q
 
C
L
 
L
T
 
K
N
 
K
L
 
T
E
 
K
-
 
T
E
 
E
R
 
N
D
 
P
V
 
L
L
 
I
F
 
L
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
V
H
 
D
R
 
K
L
 
I
-
 
P
S
 
S
P
 
S
A
 
A
V
 
L
E
 
L
E
 
E
I
 
L
L
 
L
Y
 
D
P
 
P
A
 
E
M
 
Q
E
 
N
D
 
A
Y
 
N
Q
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
H
I
 
Y
I
 
L
G
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
D
V
 
V
K
 
P
I
 
V
E
 
D
L
 
L
P
 
S
R
 
K
F
 
V
T
 
L
L
 
F
V
 
I
A
 
C
A
 
T
T
 
A
T
 
N
R
 
V
A
 
T
G
 
D
L
 
T
L
 
I
T
 
P
T
 
E
P
 
P
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
M
G
 
E
I
 
M
P
 
-
I
 
I
R
 
N
L
 
V
E
 
S
F
 
G
Y
 
Y
A
 
V
V
 
A
D
 
Q
E
 
E
L
 
K
E
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
A
A
 
E
R
 
R
-
x
Y
-
 
L
-
 
V
-
 
P
G
 
Q
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
G
 
-
I
 
C
G
 
G
M
 
L
A
 
D
A
 
E
D
 
S
G
 
S
A
 
S
N
 
D
E
 
V
I
 
L
A
 
T
R
 
L
R
 
L
A
 
I
R
 
K
G
 
Q
T
 
Y
P
 
C
R
 
R
I
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
V
R
 
R
D
 
N
F
 
L
A
 
Q
I
 
-
V
 
-
E
 
K
E
 
Q
A
 
V
G
 
E
T
 
K
V
 
V
T
 
L
R
 
R
A
 
K
I
 
S
A
 
A
D
 
Y
R
 
K
A
 
I
L
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
Q
D
 
D
V
 
F
D
 
V
A
 
G
A
 
K
G
 
P
L
 
V
D
 
F
T
 
T
M
 
V
D
 
E
R
 
R
K
 
M
Y
 
Y
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
V
L
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
A
A
 
W
R
 
T
S
 
A
Y
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
S
P
 
T
V
 
L
G
 
F
V
 
V
E
 
E
T
 
T
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
S
L
 
L
S
 
R
E
 
R
P
 
P
R
 
Q
D
 
D
A
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
G
-
 
Q
I
 
L
E
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
M
E
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
I
P
 
A
Y
 
Y
L
 
T
L
 
F
Q
 
A
Q
 
R
G
 
A
F
 
F
-
 
L
V
 
M
Q
 
Q
R
 
H
T
 
A
P
 
P
-
 
A
R
 
N
G
 
D
R
 
Y
L
 
L
L
 
V
T
 
T
P
 
S
H
 
H
A
 
I
F
 
-
R
 
-
H
 
H
L
 
L
G
 
H
L
 
V
P
 
P
E
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
T
P
 
P
S
 
K
R
 
D
D
 
G
P
 
P
A
 
S
A
 
A

5vc7A Vcp like atpase from t. Acidophilum (vat) - conformation 1 (see paper)
39% identity, 20% coverage: 56:123/348 of query aligns to 45:120/544 of 5vc7A

query
sites
5vc7A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
V
 
Y
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
|
G
L
x
T
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
x
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
I
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
N
E
 
E
L
 
S
G
 
G
V
 
A
N
 
N
F
 
F
R
 
L
S
 
S
T
 
I
S
 
N
G
 
G
P
 
P
-
 
E
V
 
I
I
 
M
A
 
S
K
 
K
A
 
Y
G
 
Y
D
 
G
L
 
Q
A
 
S
A
 
E
Q
 
Q
-
 
K
-
 
L
-
 
R
-
 
E
-
 
I
L
 
F
T
 
S
N
 
K
L
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
T
-
 
A
-
 
P
D
 
S
V
 
I
L
 
I
F
 
F
I
 
I
D
|
D
E
 
E
I
 
I
H
 
D
R
 
S
L
 
I
S
 
A
P
 
P
A
 
K
V
 
R
E
 
E
E
 
E
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012331049.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012331049.1
MSNPRPLLTPERREDDIDASIRPLSLSDFTGQRAARANLGVFIEAARRTGQALDHVLFVG
PPGLGKTTLAQIVARELGVNFRSTSGPVIAKAGDLAAQLTNLEERDVLFIDEIHRLSPAV
EEILYPAMEDYQLDLIIGEGPAARSVKIELPRFTLVAATTRAGLLTTPLRDRFGIPIRLE
FYAVDELEAIVARGARVLGIGMAADGANEIARRARGTPRIAGRLLRRVRDFAIVEEAGTV
TRAIADRALRLLDVDAAGLDTMDRKYLGLIARSYGGGPVGVETIAAALSEPRDAIEEIIE
PYLLQQGFVQRTPRGRLLTPHAFRHLGLPEPSRDPAAQFGLFGGDEDV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory