SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012332324.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012332324.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4wj4A Crystal structure of non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase from pseudomonas aeruginosa complexed with tRNA(asn) and aspartic acid (see paper)
46% identity, 98% coverage: 5:597/604 of query aligns to 2:583/585 of 4wj4A

query
sites
4wj4A
R
 
R
T
 
S
H
 
H
T
 
Y
C
 
C
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
P
 
E
S
 
S
D
 
L
V
 
D
G
 
G
A
 
Q
T
 
E
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
C
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
H
R
|
R
V
 
R
R
|
R
D
|
D
H
|
H
G
|
G
G
|
G
V
|
V
L
 
I
F
|
F
I
 
L
D
 
D
L
 
V
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
A
Q
|
Q
C
 
V
V
 
V
V
 
F
D
 
D
A
 
P
D
 
D
S
 
R
A
 
A
-
 
E
A
 
T
F
 
F
R
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
D
A
 
R
V
 
V
R
|
R
S
 
S
E
 
E
W
 
F
V
 
V
I
 
V
R
 
K
V
 
I
D
 
T
G
 
G
R
 
K
V
 
V
R
|
R
R
 
L
R
 
R
P
|
P
E
 
E
G
 
G
T
x
A
E
 
R
N
|
N
A
 
P
D
 
N
L
 
M
P
 
A
T
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
I
E
|
E
L
 
V
Y
 
L
I
 
G
T
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
E
x
T
L
 
P
P
|
P
M
 
F
P
 
P
V
 
L
F
x
D
G
x
E
E
 
Y
L
 
S
D
|
D
Y
 
V
P
 
G
E
 
E
E
|
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
L
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
M
H
 
A
A
 
A
N
 
K
I
 
L
M
 
K
K
 
L
R
 
R
G
 
A
A
 
R
I
 
I
I
 
T
D
 
S
S
 
S
L
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
Y
M
 
L
R
 
D
E
 
D
G
 
N
G
 
G
F
 
F
F
 
L
E
 
D
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
T
 
G
A
 
R
S
 
P
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
|
A
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
T
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
K
 
H
F
 
F
Y
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
x
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
K
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
|
D
A
 
L
R
|
R
A
|
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
M
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
L
T
 
D
Q
 
E
E
 
S
D
 
D
V
 
I
F
 
I
Q
 
G
A
 
I
V
 
T
E
 
E
P
 
K
V
 
M
L
 
V
R
 
R
G
 
Q
V
 
L
F
 
F
E
 
K
E
 
E
F
 
V
A
 
L
E
 
D
G
 
V
W
 
E
R
 
-
V
 
-
T
 
F
G
 
D
T
 
E
F
 
F
P
 
P
R
 
H
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
D
E
 
Q
F
 
L
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
E
V
 
V
T
 
E
F
 
F
N
 
K
A
 
V
F
 
F
K
 
S
S
 
G
V
 
P
I
 
A
R
 
N
-
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
V
 
R
V
 
V
R
 
A
A
 
A
I
 
L
P
 
R
A
 
V
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
A
A
 
S
Q
 
M
P
 
P
R
 
R
S
 
S
F
 
Q
F
 
I
D
 
D
R
 
D
L
 
Y
N
 
T
N
 
K
W
 
F
A
 
V
R
 
G
G
 
I
E
x
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
-
 
K
V
 
V
F
 
N
E
 
E
E
 
R
E
 
A
G
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
E
S
 
G
G
 
L
R
 
Q
G
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
V
K
 
K
F
 
F
V
 
I
P
 
P
P
 
E
E
 
A
V
 
N
Q
 
L
A
 
N
A
 
V
I
 
I
A
 
L
A
 
D
K
 
R
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
V
A
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
I
V
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
A
G
 
D
V
 
K
E
 
A
A
 
K
K
 
I
A
 
V
A
 
C
G
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
I
R
 
K
I
 
V
G
 
G
D
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
L
T
 
L
D
 
T
K
 
R
D
 
-
Q
 
E
F
 
W
A
 
A
F
 
P
C
 
M
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
W
 
E
N
 
N
E
 
-
D
 
D
E
 
D
K
 
G
R
 
S
I
 
L
D
 
S
F
x
A
S
 
L
H
|
H
N
x
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
K
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
C
D
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
E
A
 
L
E
 
E
T
 
A
I
 
N
L
 
P
G
 
G
I
 
A
K
 
A
A
 
L
F
 
S
Q
 
R
-
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
T
E
|
E
L
 
L
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
K
D
 
S
V
 
M
M
 
Q
E
 
Q
K
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
V
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
D
R
 
E
E
 
A
V
 
E
L
 
Q
E
 
E
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
x
L
A
 
A
P
 
F
G
 
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
A
P
 
S
N
 
S
I
 
I
R
|
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
x
T
Q
|
Q
R
x
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
L
 
V
M
 
M
M
 
T
G
 
Q
A
 
A
P
 
P
S
 
G
E
 
S
V
 
V
T
 
D
P
 
G
K
 
K
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
I
 
I
R
 
R
L
 
L

4wj3M Crystal structure of the asparagine transamidosome from pseudomonas aeruginosa (see paper)
46% identity, 98% coverage: 5:597/604 of query aligns to 2:583/589 of 4wj3M

query
sites
4wj3M
R
 
R
T
 
S
H
 
H
T
 
Y
C
 
C
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
P
 
E
S
 
S
D
 
L
V
 
D
G
 
G
A
 
Q
T
 
E
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
C
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
H
R
 
R
V
 
R
R
|
R
D
|
D
H
|
H
G
 
G
G
|
G
V
|
V
L
 
I
F
|
F
I
 
L
D
 
D
L
 
V
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
A
Q
|
Q
C
 
V
V
 
V
V
 
F
D
 
D
A
 
P
D
 
D
S
 
R
A
 
A
-
 
E
A
 
T
F
 
F
R
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
D
A
 
R
V
 
V
R
|
R
S
 
S
E
 
E
W
 
F
V
 
V
I
 
V
R
 
K
V
 
I
D
 
T
G
 
G
R
 
K
V
 
V
R
|
R
R
 
L
R
|
R
P
 
P
E
 
E
G
 
G
T
x
A
E
 
R
N
|
N
A
 
P
D
 
N
L
 
M
P
 
A
T
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
I
E
|
E
L
 
V
Y
 
L
I
 
G
T
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
E
x
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
L
F
x
D
G
 
E
E
 
Y
L
 
S
D
 
D
Y
x
V
P
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
L
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
M
H
 
A
A
 
A
N
 
K
I
 
L
M
 
K
K
 
L
R
 
R
G
 
A
A
 
R
I
 
I
I
 
T
D
 
S
S
 
S
L
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
Y
M
 
L
R
 
D
E
 
D
G
 
N
G
 
G
F
 
F
F
 
L
E
 
D
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
T
 
G
A
 
R
S
 
P
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
T
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
K
 
H
F
 
F
Y
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
K
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
M
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
L
T
 
D
Q
 
E
E
 
S
D
 
D
V
 
I
F
 
I
Q
 
G
A
 
I
V
 
T
E
 
E
P
 
K
V
 
M
L
 
V
R
 
R
G
 
Q
V
 
L
F
 
F
E
 
K
E
 
E
F
 
V
A
 
L
E
 
D
G
 
V
W
 
E
R
 
-
V
 
-
T
 
F
G
 
D
T
 
E
F
 
F
P
 
P
R
 
H
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
D
E
 
Q
F
 
L
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
E
V
 
V
T
 
E
F
 
F
N
 
K
A
 
V
F
 
F
K
 
S
S
 
G
V
 
P
I
 
A
R
 
N
-
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
V
 
R
V
 
V
R
 
A
A
 
A
I
 
L
P
 
R
A
 
V
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
A
A
 
S
Q
 
M
P
 
P
R
 
R
S
 
S
F
 
Q
F
 
I
D
 
D
R
 
D
L
 
Y
N
 
T
N
 
K
W
 
F
A
 
V
R
 
G
G
 
I
E
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
-
 
K
V
 
V
F
 
N
E
 
E
E
 
R
E
 
A
G
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
E
S
 
G
G
 
L
R
 
Q
G
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
V
K
 
K
F
 
F
V
 
I
P
 
P
P
 
E
E
 
A
V
 
N
Q
 
L
A
 
N
A
 
V
I
 
I
A
 
L
A
 
D
K
 
R
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
V
A
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
I
V
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
A
G
 
D
V
 
K
E
 
A
A
 
K
K
 
I
A
 
V
A
 
C
G
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
I
R
 
K
I
 
V
G
 
G
D
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
L
T
 
L
D
 
T
K
 
R
D
 
-
Q
 
E
F
 
W
A
 
A
F
 
P
C
 
M
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
W
 
E
N
 
N
E
 
-
D
 
D
E
 
D
K
 
G
R
 
S
I
 
L
D
 
S
F
 
A
S
 
L
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
K
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
C
D
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
E
A
 
L
E
 
E
T
 
A
I
 
N
L
 
P
G
 
G
I
 
A
K
 
A
A
 
L
F
 
S
Q
 
R
-
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
T
E
|
E
L
 
L
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
K
D
 
S
V
 
M
M
 
Q
E
 
Q
K
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
V
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
D
R
 
E
E
 
A
V
 
E
L
 
Q
E
 
E
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
F
G
 
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
A
P
 
S
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
T
Q
 
Q
R
 
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
L
 
V
M
 
M
M
 
T
G
 
Q
A
 
A
P
 
P
S
 
G
E
 
S
V
 
V
T
 
D
P
 
G
K
 
K
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
I
 
I
R
 
R
L
 
L

Q51422 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase; Aspartyl-tRNA synthetase; AspRS; Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase; ND-AspRS; EC 6.1.1.23 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
46% identity, 98% coverage: 5:597/604 of query aligns to 3:584/591 of Q51422

query
sites
Q51422
R
 
R
T
 
S
H
 
H
T
 
Y
C
 
C
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
P
 
E
S
 
S
D
 
L
V
 
D
G
 
G
A
 
Q
T
 
E
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
C
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
H
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
|
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
V
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
A
Q
 
Q
C
 
V
V
 
V
V
 
F
D
 
D
A
 
P
D
 
D
S
 
R
A
 
A
-
 
E
A
 
T
F
 
F
R
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
D
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
S
E
 
E
W
 
F
V
 
V
I
 
V
R
 
K
V
 
I
D
 
T
G
 
G
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
|
G
T
 
A
E
 
R
N
 
N
A
 
P
D
 
N
L
 
M
P
 
A
T
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
I
E
 
E
L
 
V
Y
 
L
I
 
G
T
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
L
F
 
D
G
 
E
E
 
Y
L
 
S
D
 
D
Y
 
V
P
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
L
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
M
H
 
A
A
 
A
N
 
K
I
 
L
M
 
K
K
 
L
R
 
R
G
 
A
A
 
R
I
 
I
I
 
T
D
 
S
S
 
S
L
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
Y
M
 
L
R
 
D
E
 
D
G
 
N
G
 
G
F
 
F
F
 
L
E
 
D
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
T
 
G
A
 
R
S
 
P
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
T
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
K
 
H
F
 
F
Y
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
K
C
 
C
F
 
F
R
 
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
M
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
L
T
 
D
Q
 
E
E
 
S
D
 
D
V
 
I
F
 
I
Q
 
G
A
 
I
V
 
T
E
 
E
P
 
K
V
 
M
L
 
V
R
 
R
G
 
Q
V
 
L
F
 
F
E
 
K
E
 
E
F
 
V
A
 
L
E
 
D
G
 
V
W
 
E
R
 
-
V
 
-
T
 
F
G
 
D
T
 
E
F
 
F
P
 
P
R
 
H
I
 
M
P
 
P
Y
 
F
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
D
E
 
Q
F
 
L
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
E
V
 
V
T
 
E
F
 
F
N
 
K
A
 
V
F
 
F
K
 
S
S
 
G
V
 
P
I
 
A
R
 
N
-
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
V
 
R
V
 
V
R
 
A
A
 
A
I
 
L
P
 
R
A
 
V
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
A
A
 
S
Q
 
M
P
 
P
R
 
R
S
 
S
F
 
Q
F
 
I
D
 
D
R
 
D
L
 
Y
N
 
T
N
 
K
W
 
F
A
 
V
R
 
G
G
 
I
E
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
-
 
K
V
 
V
F
 
N
E
 
E
E
 
R
E
 
A
G
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
E
S
 
G
G
 
L
R
 
Q
G
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
V
K
 
K
F
 
F
V
 
I
P
 
P
P
 
E
E
 
A
V
 
N
Q
 
L
A
 
N
A
 
V
I
 
I
A
 
L
A
 
D
K
 
R
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
V
A
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
I
V
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
A
G
 
D
V
 
K
E
 
A
A
 
K
K
 
I
A
 
V
A
 
C
G
 
D
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
I
R
 
K
I
 
V
G
 
G
D
 
H
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
L
T
 
L
D
 
T
K
 
R
D
 
-
Q
 
E
F
 
W
A
 
A
F
 
P
C
 
M
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
W
 
E
N
 
N
E
 
-
D
 
D
E
 
D
K
 
G
R
 
S
I
 
L
D
 
S
F
 
A
S
 
L
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
K
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
C
D
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
E
A
 
L
E
 
E
T
 
A
I
 
N
L
 
P
G
 
G
I
 
A
K
 
A
A
 
L
F
 
S
Q
 
R
-
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
T
E
 
E
L
 
L
S
 
G
S
 
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
K
D
 
S
V
 
M
M
 
Q
E
 
Q
K
 
A
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
V
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
D
R
 
E
E
 
A
V
 
E
L
 
Q
E
 
E
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
F
G
 
G
V
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
A
P
 
S
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
T
Q
 
Q
R
 
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
L
 
V
M
 
M
M
 
T
G
 
Q
A
 
A
P
 
P
S
 
G
E
 
S
V
 
V
T
 
D
P
 
G
K
 
K
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
I
 
I
R
 
R
L
 
L

P56459 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase; Aspartyl-tRNA synthetase; AspRS; Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase; ND-AspRS; EC 6.1.1.23 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
42% identity, 98% coverage: 5:597/604 of query aligns to 2:575/577 of P56459

query
sites
P56459
R
 
R
T
 
S
H
 
H
T
 
F
C
 
C
G
 
T
A
 
E
L
 
I
R
 
S
P
 
E
S
 
K
D
 
D
V
 
V
G
 
G
A
 
K
T
 
I
V
 
V
R
 
K
L
 
V
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
C
H
 
N
R
 
T
V
 
Y
R
 
R
D
 
D
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
K
Y
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
C
D
 
D
A
 
P
D
 
S
S
 
S
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
R
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
L
A
 
E
V
 
V
R
 
R
S
 
S
E
 
E
W
 
F
V
 
V
I
 
L
R
 
V
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
G
E
 
A
G
 
G
T
x
L
E
 
E
N
 
N
A
 
P
D
 
K
L
|
L
P
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
K
V
 
I
E
 
E
L
 
I
Y
 
V
I
 
L
T
 
E
D
 
E
L
 
L
E
 
I
V
 
I
L
 
E
G
 
N
Q
 
K
A
 
S
V
 
A
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
I
P
 
E
V
 
I
F
 
-
G
 
G
E
 
N
L
 
K
D
 
H
Y
 
V
P
 
N
E
 
E
E
 
D
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
S
E
 
P
K
 
N
L
 
S
H
 
Y
A
 
E
N
 
I
I
 
F
M
 
K
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
L
S
 
I
L
 
T
R
 
R
R
 
N
R
 
T
M
 
L
R
 
A
E
 
Q
G
 
K
G
 
G
F
 
F
F
 
L
E
 
E
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
T
 
S
A
 
K
S
 
T
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
V
H
 
H
P
 
E
G
 
G
K
 
E
F
 
F
Y
 
F
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
M
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
 
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
A
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
C
T
 
D
Q
 
E
E
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
M
Q
 
G
A
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
D
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
G
 
E
V
 
I
F
 
F
E
 
K
E
 
-
F
 
-
A
 
A
E
 
V
G
 
G
W
 
H
R
 
T
V
 
I
T
 
S
G
 
K
T
 
P
F
 
F
P
 
K
R
 
R
I
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
N
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
E
L
 
L
I
 
P
I
 
L
V
 
I
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
D
E
 
C
F
 
F
-
 
R
-
 
D
S
 
S
A
 
S
E
 
N
A
 
A
V
 
I
T
 
F
F
 
S
N
 
N
A
 
T
F
 
A
K
 
K
S
 
D
V
 
-
I
 
-
R
 
P
A
 
K
G
 
N
G
 
K
V
 
R
V
 
I
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
N
A
 
V
P
 
K
G
 
G
A
 
A
G
 
D
A
 
A
Q
 
L
-
 
F
P
 
S
R
 
R
S
 
S
F
 
V
F
 
L
D
 
K
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
F
A
 
V
R
 
R
G
 
Q
E
 
F
G
 
G
A
 
A
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
L
V
 
Q
F
 
I
E
 
K
E
 
E
E
 
D
G
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
E
G
 
I
R
 
K
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
V
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
S
P
 
E
E
 
K
V
 
G
Q
 
L
A
 
K
A
 
N
I
 
I
A
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
T
G
 
D
L
 
A
K
 
Q
A
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
I
V
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
D
E
 
K
A
 
K
K
 
I
A
 
V
A
 
L
G
 
D
L
 
Y
A
 
M
G
 
G
K
 
R
A
 
L
R
 
R
I
 
L
R
 
K
I
 
V
G
 
A
D
 
E
D
 
T
L
 
L
G
 
D
L
 
L
T
 
I
D
 
D
K
 
K
D
 
D
Q
 
A
F
 
L
A
 
N
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
N
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
W
 
K
N
 
T
E
 
E
D
 
N
E
 
G
K
 
Y
R
 
H
I
 
A
D
 
-
F
 
-
S
 
A
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
M
P
 
P
N
 
K
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
N
A
 
I
D
 
E
A
 
C
E
 
E
T
 
D
I
 
I
L
 
E
G
 
E
I
 
V
K
 
E
A
 
A
F
 
H
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
G
S
 
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
K
P
 
E
D
 
E
V
 
M
M
 
Q
E
 
K
K
 
K
A
 
V
F
 
F
A
 
E
I
 
K
A
 
I
G
 
N
Y
 
I
G
 
H
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
A
E
 
Q
Q
 
K
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
F
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
F
A
 
A
P
 
I
G
 
G
V
 
F
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
K
E
 
S
P
 
H
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
T
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
E
 
S
D
 
C
L
 
L
M
 
L
M
 
T
G
 
N
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
I
T
 
N
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
I
 
I
R
 
R
L
 
L

4rmfA Biochemical and structural characterization of mycobacterial aspartyl- tRNA synthetase asps, a promising tb drug target (see paper)
44% identity, 97% coverage: 5:592/604 of query aligns to 2:577/579 of 4rmfA

query
sites
4rmfA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
A
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
A
D
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
T
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
A
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
I
F
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
A
Y
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
Q
C
 
-
V
 
V
V
 
V
D
 
F
A
 
R
D
 
E
S
 
G
A
 
D
A
 
V
F
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
R
V
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
E
W
 
F
V
 
C
I
 
V
R
 
A
V
 
V
D
 
T
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
E
R
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
N
A
 
P
D
 
E
L
 
I
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
Q
V
 
I
E
 
E
L
 
V
Y
 
N
I
 
A
T
 
T
D
 
E
L
 
L
E
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
A
 
S
V
 
A
E
 
P
L
 
L
P
 
P
M
 
F
P
 
Q
V
 
L
F
 
-
G
 
-
E
 
D
L
 
E
D
 
Q
Y
 
A
P
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
K
 
G
L
 
P
H
 
G
A
 
N
N
 
A
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
K
I
 
V
I
 
N
D
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
R
R
 
S
R
 
V
M
 
L
R
 
A
E
 
E
G
 
H
G
 
D
F
 
F
F
 
V
E
 
E
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
T
L
 
L
T
 
T
A
 
R
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
Q
P
 
P
G
 
G
K
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
Y
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
F
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
M
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
A
E
 
D
D
 
D
V
 
V
F
 
I
Q
 
A
A
 
I
V
 
S
E
 
E
P
 
Q
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
W
E
 
A
E
 
T
F
 
I
A
 
-
E
 
-
G
 
G
W
 
Y
R
 
D
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
L
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
I
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
E
V
 
C
T
 
T
Q
 
E
E
 
Y
F
 
F
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
D
V
 
T
T
 
T
F
 
F
N
 
R
A
 
V
F
 
F
K
 
Q
S
 
A
V
 
P
I
 
Y
R
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
V
R
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
V
A
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
G
G
 
A
A
 
S
Q
 
Q
P
 
P
R
 
R
S
 
R
F
 
T
F
 
L
D
 
D
R
 
G
L
 
W
N
 
Q
N
 
E
W
 
F
A
 
A
R
 
K
G
 
Q
E
 
R
G
 
G
A
 
H
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
V
V
 
L
F
 
V
E
 
G
E
 
E
E
 
D
G
 
G
G
 
T
V
 
L
L
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
N
V
 
L
P
 
S
P
 
D
E
 
A
V
 
E
Q
 
R
A
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
A
 
A
K
 
H
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
N
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
C
V
 
I
F
 
F
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
A
A
 
K
K
 
G
A
 
A
A
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
T
R
 
R
I
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
A
D
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
D
L
 
L
T
 
I
D
 
D
K
 
P
D
 
N
Q
 
A
F
 
W
A
 
A
F
 
F
C
 
T
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
-
 
A
W
 
A
N
 
D
E
 
E
D
 
A
E
 
T
K
 
A
R
 
A
I
 
G
D
 
D
F
 
V
S
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
W
-
 
T
-
 
A
-
 
M
H
|
H
N
 
H
P
 
A
F
 
F
S
 
T
M
 
A
P
 
P
N
 
K
Y
 
P
D
 
D
H
 
S
D
 
V
G
 
D
F
 
T
L
 
F
G
 
D
L
 
S
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
N
A
 
A
E
 
L
T
 
S
I
 
D
L
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
A
Y
 
Y
D
|
D
I
 
I
V
 
V
C
 
C
N
 
N
G
 
G
I
 
N
E
|
E
L
 
I
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
R
P
 
R
D
 
D
V
 
I
M
 
Q
E
 
E
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
A
I
 
M
A
 
M
G
 
G
Y
 
I
G
 
D
R
 
H
E
 
D
V
 
E
L
 
A
E
 
Q
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
F
R
 
S
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
F
G
 
G
V
 
W
D
 
D
R
|
R
I
 
I
V
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
A
H
 
G
E
 
V
P
 
D
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
S
Q
 
G
R
 
G
A
 
G
E
 
V
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
A
E
 
P
V
 
I
T
 
T
P
 
P
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
R
 
K
E
 
E

4o2dA Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from mycobacterium smegmatis with bound aspartic acid (see paper)
44% identity, 98% coverage: 5:595/604 of query aligns to 3:579/580 of 4o2dA

query
sites
4o2dA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
A
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
A
D
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
T
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
A
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
I
F
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
A
Y
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
Q
C
 
-
V
 
V
V
 
V
D
 
F
A
 
R
D
 
E
S
 
G
A
 
D
A
 
V
F
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
R
V
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
E
W
 
F
V
 
C
I
 
V
R
 
A
V
 
V
D
 
T
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
E
R
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
N
A
 
P
D
 
E
L
 
I
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
Q
V
 
I
E
 
E
L
 
V
Y
 
N
I
 
A
T
 
T
D
 
E
L
 
L
E
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
A
 
S
V
 
A
E
 
P
L
 
L
P
 
P
M
 
F
P
 
Q
V
 
L
F
 
-
G
 
-
E
 
D
L
 
E
D
 
Q
Y
 
A
P
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
K
 
G
L
 
P
H
 
G
A
 
N
N
 
A
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
K
I
 
V
I
 
N
D
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
R
R
 
S
R
 
V
M
 
L
R
 
A
E
 
E
G
 
H
G
 
D
F
 
F
F
 
V
E
 
E
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
T
L
 
L
T
 
T
A
 
R
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
Q
P
 
P
G
 
G
K
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
x
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
Y
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
-
R
 
-
A
 
F
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
M
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
A
E
 
D
D
 
D
V
 
V
F
 
I
Q
 
A
A
 
I
V
 
S
E
 
E
P
 
Q
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
W
E
 
A
E
 
T
F
 
I
A
 
-
E
 
-
G
 
G
W
 
Y
R
 
D
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
L
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
I
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
E
V
 
C
T
 
T
Q
 
E
E
 
Y
F
 
F
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
D
V
 
T
T
 
T
F
 
F
N
 
R
A
 
V
F
 
F
K
 
Q
S
 
A
V
 
P
I
 
Y
R
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
V
R
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
V
A
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
G
G
 
A
A
 
S
Q
 
Q
P
 
P
R
 
R
S
 
R
F
 
T
F
 
L
D
 
D
R
 
G
L
 
W
N
 
Q
N
 
E
W
 
F
A
 
A
R
 
K
G
 
Q
E
 
R
G
 
G
A
 
H
P
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
V
V
 
L
F
 
V
E
 
G
E
 
E
E
 
D
G
 
G
G
 
T
V
 
L
L
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
N
V
 
L
P
 
S
P
 
D
E
 
A
V
 
E
Q
 
R
A
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
A
 
A
K
 
H
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
N
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
C
V
 
I
F
 
F
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
A
A
 
K
K
 
G
A
 
A
A
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
T
R
 
R
I
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
A
D
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
D
L
 
L
T
 
I
D
 
D
K
 
P
D
 
N
Q
 
A
F
 
W
A
 
A
F
 
F
C
 
T
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
-
 
A
W
 
A
N
 
D
E
 
E
D
 
A
E
 
T
K
 
A
R
 
A
I
 
G
D
 
D
F
 
V
S
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
W
-
 
T
-
 
A
-
 
M
H
|
H
N
x
H
P
 
A
F
 
F
S
 
T
M
 
A
P
 
P
N
 
K
Y
 
P
D
 
D
H
 
S
D
 
V
G
 
D
F
 
T
L
 
F
G
 
D
L
 
S
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
N
A
 
A
E
 
L
T
 
S
I
 
D
L
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
C
 
C
N
 
N
G
 
G
I
 
N
E
|
E
L
 
I
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
R
P
 
R
D
 
D
V
 
I
M
 
Q
E
 
E
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
A
I
 
M
A
 
M
G
 
G
Y
 
I
G
 
D
R
 
H
E
 
D
V
 
E
L
 
A
E
 
Q
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
F
R
 
S
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
F
G
 
G
V
 
W
D
 
D
R
|
R
I
 
I
V
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
A
H
 
G
E
 
V
P
 
D
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
S
Q
 
G
R
 
G
A
 
G
E
 
V
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
A
E
 
P
V
 
I
T
 
T
P
 
P
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
R
 
K
E
 
E
L
 
S
H
 
G
I
 
I

1c0aA Crystal structure of the e. Coli aspartyl-tRNA synthetase : trnaasp : aspartyl-adenylate complex (see paper)
42% identity, 98% coverage: 5:597/604 of query aligns to 2:583/585 of 1c0aA

query
sites
1c0aA
R
 
R
T
 
T
H
 
E
T
 
Y
C
 
C
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
R
 
R
P
 
L
S
 
S
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
Q
T
 
Q
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
C
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
|
R
V
 
R
R
|
R
D
|
D
H
x
L
G
|
G
G
x
S
V
x
L
L
 
I
F
|
F
I
 
I
D
 
D
L
 
M
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
T
 
V
Q
|
Q
C
 
V
V
x
F
V
 
F
D
|
D
A
x
P
D
 
D
S
 
R
A
 
A
-
 
D
A
 
A
F
 
L
R
 
K
A
 
L
A
 
A
E
 
S
A
 
E
V
 
L
R
|
R
S
 
N
E
 
E
W
 
F
V
 
C
I
 
I
R
 
Q
V
 
V
D
 
T
G
 
G
R
 
T
V
 
V
R
|
R
R
 
A
R
|
R
P
 
D
E
 
E
G
 
K
T
x
N
E
 
I
N
|
N
A
 
R
D
 
D
L
x
M
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
E
V
 
I
E
|
E
L
 
V
Y
 
L
I
 
A
T
 
S
D
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
I
L
 
I
G
 
N
Q
 
R
A
 
A
V
 
D
E
 
V
L
 
L
P
|
P
M
 
L
P
x
D
V
 
-
F
 
-
G
 
S
E
x
N
L
x
H
D
 
V
Y
x
N
P
x
T
E
 
E
E
|
E
T
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
M
H
 
A
A
 
Q
N
 
R
I
 
L
M
 
K
K
 
T
R
 
R
G
 
A
A
 
K
I
 
I
I
 
T
D
 
S
S
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
R
R
 
F
M
 
M
R
 
D
E
 
D
G
 
H
G
 
G
F
 
F
F
 
L
E
 
D
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
A
S
x
T
P
|
P
E
|
E
G
|
G
A
|
A
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
V
H
 
H
P
 
K
G
 
G
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
x
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
M
A
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
V
P
 
K
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
|
D
A
 
L
R
|
R
A
|
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
M
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
M
T
 
T
Q
 
A
E
 
P
D
 
Q
V
 
V
F
 
R
Q
 
E
A
 
V
V
 
M
E
 
E
P
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
R
G
 
H
V
 
L
F
 
W
E
 
L
E
 
E
F
 
-
A
 
V
E
 
K
G
 
G
W
 
V
R
 
D
V
 
L
T
 
-
G
 
G
T
 
D
F
 
F
P
 
P
R
 
V
I
 
M
P
 
T
Y
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
R
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
N
P
 
P
L
 
M
I
 
E
I
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
V
T
 
A
Q
 
D
E
 
L
F
 
L
S
 
-
A
 
-
E
 
K
A
 
S
V
 
V
T
 
E
F
|
F
N
 
A
A
x
V
F
 
F
K
 
A
S
 
G
V
 
P
I
 
A
R
 
N
-
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
V
 
R
V
 
V
R
 
A
A
 
A
I
 
L
P
 
R
A
 
V
P
 
P
G
 
G
A
 
G
G
 
A
A
 
S
Q
 
L
P
 
T
R
 
R
S
 
K
F
 
Q
F
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
Y
N
 
G
N
 
N
W
 
F
A
 
V
R
 
K
G
x
I
E
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
x
K
G
|
G
L
 
L
G
x
A
Y
 
Y
I
 
I
V
 
K
F
 
V
E
 
N
E
 
E
E
 
R
G
 
A
G
 
K
V
 
G
L
 
L
S
 
E
G
 
G
-
 
I
R
 
N
G
 
S
P
 
P
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
N
P
 
A
E
 
E
V
 
I
Q
 
I
A
 
E
A
 
D
I
 
I
A
 
L
A
 
D
K
 
R
A
 
T
G
 
A
L
 
A
K
 
Q
A
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
M
V
 
I
F
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
A
G
 
D
V
 
N
E
 
K
A
 
K
K
 
I
A
 
V
A
 
A
G
 
D
L
 
A
A
 
M
G
 
G
K
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
L
R
 
K
I
 
V
G
 
G
D
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
E
D
 
S
Q
 
K
F
 
W
A
 
A
F
 
P
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
I
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
M
Y
 
F
E
 
E
W
 
-
N
 
D
E
 
D
D
 
G
E
 
E
K
 
G
R
 
G
I
 
L
D
 
T
F
 
A
S
 
M
H
|
H
N
x
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
K
Y
 
D
D
 
M
H
 
T
D
 
A
G
 
A
F
 
E
L
 
L
G
 
K
L
 
A
D
 
A
P
 
P
A
 
E
D
 
N
A
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
V
A
 
A
F
 
N
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
V
C
 
I
N
 
N
G
 
G
I
 
Y
E
|
E
L
x
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
V
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
N
P
 
G
D
 
D
V
 
M
M
 
Q
E
 
Q
K
 
T
A
 
V
F
 
F
A
 
G
I
 
I
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
N
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
Y
G
 
G
A
 
T
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
A
G
 
G
I
x
L
A
|
A
P
 
F
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
T
M
 
M
L
 
L
L
 
L
C
 
T
H
 
G
E
 
T
P
 
D
N
 
N
I
 
I
R
|
R
E
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
x
T
Q
x
T
R
x
A
A
 
A
E
 
A
D
 
C
L
 
L
M
 
M
M
 
T
G
 
E
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
F
V
 
A
T
 
N
P
 
P
K
 
T
Q
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
H
 
S
I
 
I
R
 
Q
L
 
V

5w25A Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from mycobacterium tuberculosis complexed with l-aspartic acid
43% identity, 97% coverage: 5:592/604 of query aligns to 4:582/583 of 5w25A

query
sites
5w25A
R
 
R
T
 
S
H
 
H
T
 
A
C
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
G
D
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
Q
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
A
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
I
F
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
A
Y
 
S
G
 
G
V
 
I
T
 
A
Q
 
Q
C
 
V
V
 
V
V
 
F
-
 
R
-
 
D
D
 
P
A
 
Q
D
 
D
S
 
T
A
 
E
A
 
V
F
 
L
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
E
 
H
A
 
R
V
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
E
W
 
F
V
 
C
I
 
V
R
 
S
V
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
E
R
 
I
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
G
T
 
N
E
 
A
N
 
N
A
 
P
D
 
E
L
 
I
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
V
Y
 
N
I
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
L
E
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
A
 
C
V
 
A
E
 
P
L
 
L
P
 
P
M
 
F
P
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
E
 
Q
L
 
L
D
 
D
Y
 
E
P
 
P
-
 
A
-
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
D
K
 
D
L
 
P
H
 
A
A
 
A
N
 
A
I
 
I
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
R
I
 
V
I
 
N
D
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
R
R
 
A
R
 
V
M
 
L
R
 
A
E
 
R
G
 
H
G
x
D
F
 
F
F
 
V
E
 
E
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
T
L
 
I
T
 
T
A
 
R
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
G
K
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
|
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
Y
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
F
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
M
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
D
Q
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
I
F
 
I
Q
 
A
A
 
I
V
 
S
E
 
E
P
 
E
V
 
V
L
 
L
R
 
T
G
 
E
V
 
L
F
 
W
E
 
A
E
 
L
F
 
I
A
 
-
E
 
-
G
 
G
W
 
Y
R
 
R
V
 
I
T
 
P
G
 
T
T
 
P
F
 
I
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
T
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
E
V
 
C
T
 
T
Q
 
D
E
 
F
F
 
F
S
 
S
A
 
-
E
 
-
A
 
D
V
 
T
T
 
T
F
 
F
N
 
R
A
 
V
F
 
F
K
 
Q
S
 
A
V
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
P
V
 
Y
V
 
V
R
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
V
A
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
G
G
 
A
A
 
S
Q
 
Q
P
 
P
R
 
R
S
 
R
F
 
T
F
 
L
D
 
D
R
 
G
L
 
W
N
 
Q
N
 
D
W
 
W
A
 
A
R
 
K
G
 
Q
E
 
R
G
 
G
A
 
H
P
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
I
 
V
V
 
L
F
 
V
E
 
A
E
 
E
E
 
D
G
 
G
G
 
T
V
 
L
L
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
N
V
 
L
P
 
T
P
 
E
E
 
A
V
 
E
Q
 
R
A
 
T
A
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
D
K
 
H
A
 
V
G
 
G
L
 
A
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
C
V
 
I
F
 
F
F
 
F
A
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
V
A
 
K
K
 
S
A
 
S
A
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
A
R
 
R
I
 
V
R
 
E
I
 
I
G
 
A
D
 
N
D
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
I
D
 
D
K
 
P
D
 
D
Q
 
A
F
 
W
A
 
A
F
 
F
C
 
V
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
P
P
 
P
M
 
L
Y
 
F
E
 
E
W
 
P
N
 
A
E
 
D
D
 
E
E
 
A
K
 
T
R
 
A
I
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
W
D
 
T
F
 
A
S
 
V
H
|
H
N
x
H
P
 
A
F
 
F
S
 
T
M
 
A
P
 
P
N
 
K
Y
 
P
D
 
E
H
 
W
D
 
E
G
 
D
F
 
R
L
 
I
G
 
E
L
 
S
D
 
D
P
 
T
A
 
G
D
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
S
I
 
V
K
 
L
A
 
A
F
 
D
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
C
 
C
N
 
N
G
 
G
I
 
H
E
|
E
L
 
I
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
V
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
R
P
 
R
D
 
D
V
 
I
M
 
Q
E
 
E
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
A
I
 
V
A
 
M
G
 
G
Y
 
L
G
 
D
R
 
K
E
 
A
V
 
E
L
 
A
E
 
E
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
L
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
F
R
 
M
M
 
F
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
F
G
 
G
V
 
W
D
 
D
R
|
R
I
 
T
V
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
A
H
 
G
E
 
M
P
 
D
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
T
Q
 
G
R
 
G
A
 
G
E
 
V
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
A
E
 
P
V
 
I
T
 
T
P
 
A
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
R
 
K
E
 
E

6sjcB Structure of t. Thermophilus asprs in complex with 5'-o-(n-(l- aspartyl)-sulfamoyl)adenosine (see paper)
44% identity, 99% coverage: 5:600/604 of query aligns to 4:581/581 of 6sjcB

query
sites
6sjcB
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
D
E
 
E
D
 
E
E
 
E
K
 
E
R
 
A
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
x
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L
R
 
M
L
 
V
N
 
V
L
 
R
P
 
P

1g51B Aspartyl tRNA synthetase from thermus thermophilus at 2.4 a resolution (see paper)
44% identity, 99% coverage: 5:600/604 of query aligns to 3:580/580 of 1g51B

query
sites
1g51B
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
x
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
|
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
x
Q
G
|
G
L
|
L
G
x
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
x
V
A
|
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
D
E
 
E
D
 
E
E
 
E
K
 
E
R
 
A
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
|
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
 
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L
R
 
M
L
 
V
N
 
V
L
 
R
P
 
P

1g51A Aspartyl tRNA synthetase from thermus thermophilus at 2.4 a resolution (see paper)
44% identity, 99% coverage: 5:600/604 of query aligns to 3:580/580 of 1g51A

query
sites
1g51A
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
D
E
 
E
D
 
E
E
 
E
K
 
E
R
 
A
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
|
H
N
x
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
 
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L
R
 
M
L
 
V
N
 
V
L
 
R
P
 
P

1efwA Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from thermus thermophilus complexed to trnaasp from escherichia coli (see paper)
44% identity, 99% coverage: 5:600/604 of query aligns to 3:580/580 of 1efwA

query
sites
1efwA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
|
R
V
 
R
R
|
R
D
|
D
H
x
L
G
|
G
G
|
G
V
x
L
L
 
I
F
|
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
|
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
x
H
A
x
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
|
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
|
R
P
 
P
E
|
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
|
N
A
 
P
D
x
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
|
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
x
T
L
 
P
P
|
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
|
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
x
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
D
E
 
E
D
 
E
E
 
E
K
 
E
R
 
A
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
 
V
S
 
G
S
x
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
W
G
 
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L
R
 
M
L
 
V
N
 
V
L
 
R
P
 
P

6hhxA Structure of t. Thermophilus asprs in complex with 5'-o-(n-(l- aspartyl)-sulfamoyl)cytidine (see paper)
44% identity, 98% coverage: 5:595/604 of query aligns to 4:571/574 of 6hhxA

query
sites
6hhxA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
A
E
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
|
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
x
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L

6hhwA Structure of t. Thermophilus asprs in complex with 5'-o-(n-(l- aspartyl)-sulfamoyl)uridine (see paper)
44% identity, 98% coverage: 5:595/604 of query aligns to 4:571/574 of 6hhwA

query
sites
6hhwA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
|
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
A
E
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
|
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
x
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L

6hhvA Structure of t. Thermophilus asprs in complex with 5'-o-(n-(l- aspartyl)-sulfamoyl)n3-methyluridine (see paper)
44% identity, 98% coverage: 5:595/604 of query aligns to 4:571/574 of 6hhvA

query
sites
6hhvA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
-
E
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
A
E
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
|
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
x
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
|
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L

7ap4A Thermus thermophilus aspartyl-tRNA synthetase in complex with compound asps7hmdda (see paper)
44% identity, 98% coverage: 5:595/604 of query aligns to 4:570/573 of 7ap4A

query
sites
7ap4A
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
E
S
 
T
D
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
E
T
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
N
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
L
V
 
V
V
 
A
D
 
H
A
 
P
D
 
A
S
 
S
A
 
P
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
P
E
 
E
W
 
W
V
 
V
I
 
V
R
 
R
V
 
A
D
 
K
G
 
G
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
-
T
 
-
E
 
P
N
 
N
A
 
P
D
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
V
Y
 
E
I
 
L
T
 
S
D
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
K
E
 
T
L
 
P
P
 
P
M
 
F
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
G
F
 
E
G
 
E
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Y
 
A
P
 
S
E
 
E
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
R
K
 
R
L
 
M
H
 
Q
A
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
H
A
 
R
I
 
V
I
 
I
D
 
K
S
 
A
L
 
I
R
 
W
R
 
D
R
 
F
M
 
L
R
 
D
E
 
R
G
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
Q
F
 
V
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
K
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
 
-
G
 
-
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
R
 
R
L
 
H
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
L
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
M
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
F
R
|
R
D
 
D
E
 
E
D
 
D
A
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
D
F
|
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
F
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
R
V
 
L
L
 
M
R
 
A
G
 
H
V
 
V
F
 
F
E
 
R
E
 
E
F
 
-
A
 
A
E
 
L
G
 
G
W
 
V
R
 
E
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
R
I
 
L
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
L
I
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
E
V
 
V
T
 
G
Q
 
P
E
 
L
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
E
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
S
A
 
G
F
 
F
K
 
R
S
 
-
V
 
V
I
 
F
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
G
 
E
V
 
S
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
L
P
 
A
A
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
G
 
L
A
 
S
Q
 
-
P
 
-
R
 
R
S
 
K
F
 
E
F
 
V
D
 
A
R
 
E
L
 
L
N
 
E
N
 
E
W
 
V
A
 
A
R
 
K
G
 
R
E
 
H
G
 
K
A
 
A
P
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
I
 
A
V
 
R
F
 
V
E
 
E
E
 
E
E
 
-
G
 
G
G
 
G
V
 
F
L
 
S
S
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
-
P
 
-
I
 
V
A
 
A
K
 
K
F
 
F
V
 
L
P
 
E
P
 
P
E
 
-
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
L
A
 
Q
K
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
A
K
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
V
 
L
F
 
L
F
 
F
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
P
E
 
R
A
 
K
K
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
L
 
A
A
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
V
R
 
R
I
 
L
R
 
R
I
 
A
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
K
D
 
-
K
 
R
D
 
E
Q
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
L
E
 
E
W
 
W
N
 
D
E
 
A
D
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
W
D
 
T
F
 
Y
S
 
M
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
S
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
E
H
 
D
D
 
L
G
 
P
F
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
G
D
 
R
A
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
R
A
 
A
F
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
V
E
|
E
L
 
V
S
x
G
S
x
G
G
|
G
A
 
S
I
 
I
R
|
R
N
 
I
H
 
H
R
 
D
P
 
P
D
 
R
V
 
L
M
 
Q
E
 
A
K
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
R
I
 
L
A
 
L
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
F
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
E
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
|
I
A
|
A
P
 
W
G
|
G
V
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
M
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
N
Q
 
K
R
 
E
A
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
P
M
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
P
V
 
V
T
 
P
P
 
E
K
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
G
I
 
L

Q6PI48 Aspartate--tRNA ligase, mitochondrial; Aspartyl-tRNA synthetase; AspRS; EC 6.1.1.12 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
35% identity, 99% coverage: 5:603/604 of query aligns to 50:639/645 of Q6PI48

query
sites
Q6PI48
R
 
R
T
 
T
H
 
N
T
 
T
C
 
C
G
 
G
A
 
E
L
 
L
R
|
R
P
 
S
S
 
S
D
 
H
V
 
L
G
 
G
A
 
Q
T
 
E
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
C
G
 
G
W
 
W
C
 
I
H
 
Q
R
 
Y
V
 
R
R
 
R
D
 
Q
H
 
N
G
 
T
G
 
-
V
 
-
L
 
-
F
 
F
I
 
L
D
 
V
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
F
Y
 
D
G
 
G
V
 
L
T
 
V
Q
 
Q
C
 
V
V
 
I
V
 
I
D
 
P
A
 
Q
D
 
D
S
 
E
A
 
S
A
 
A
F
 
A
R
 
S
A
 
V
A
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
L
R
 
C
S
 
E
-
 
A
-
 
P
-
 
V
E
 
E
W
 
S
V
 
V
I
 
V
R
 
Q
V
 
V
D
 
S
G
 
G
R
 
T
V
 
V
R
 
I
R
 
S
R
 
R
P
 
P
E
 
A
G
 
G
T
 
Q
E
 
E
N
 
N
A
 
P
D
 
K
L
 
M
P
 
P
T
|
T
G
 
G
A
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
I
Y
 
K
I
 
V
T
 
K
D
 
T
L
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
L
G
 
N
Q
 
A
A
 
C
V
 
K
E
 
K
L
 
L
P
 
P
M
 
F
P
 
E
V
 
I
F
 
K
G
 
N
E
 
F
L
 
V
D
 
K
Y
 
K
P
 
T
E
 
E
E
 
A
T
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
Q
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
S
E
 
F
K
 
Q
L
 
M
H
x
Q
A
 
Y
N
 
N
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
Q
I
 
M
I
 
V
D
 
M
S
 
K
L
 
M
R
 
R
R
 
E
R
 
Y
M
 
L
R
 
C
E
 
N
-
 
L
G
 
H
G
 
G
F
 
F
F
 
V
E
 
D
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
T
L
 
L
T
 
F
A
 
K
S
 
R
S
 
T
P
 
P
E
 
G
G
 
G
A
 
A
R
 
K
D
 
E
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
-
H
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
A
 
S
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
P
x
R
C
 
C
F
 
Y
R
 
R
D
 
D
E
 
E
D
 
G
A
 
S
R
 
R
A
 
P
D
 
D
R
 
R
S
 
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
D
Q
 
Q
E
 
T
D
 
G
V
 
I
F
 
Q
Q
 
S
A
 
L
V
 
I
E
 
E
P
 
G
V
 
L
L
 
L
R
 
Q
G
 
Y
V
 
S
F
 
W
E
 
P
E
 
N
F
 
D
A
 
K
E
 
D
G
 
P
W
 
-
R
 
-
V
 
V
T
 
V
G
 
V
T
 
P
F
 
F
P
 
P
R
 
T
I
 
M
P
 
T
Y
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
V
M
 
L
L
 
A
K
 
T
Y
 
Y
G
 
G
V
 
T
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
T
R
 
R
N
 
F
P
x
G
L
 
M
I
 
K
I
 
I
V
 
I
D
 
D
V
 
I
T
 
S
Q
 
D
E
 
V
F
 
F
S
 
R
A
 
N
E
 
T
A
 
E
V
 
I
T
 
G
F
 
F
N
 
L
A
 
Q
F
 
-
K
 
D
S
 
A
V
 
L
I
 
S
R
 
K
A
 
P
G
 
H
G
 
G
V
 
T
V
 
V
R
 
K
A
 
A
I
 
I
P
 
C
A
 
I
P
 
P
-
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
K
A
 
Y
Q
 
L
P
 
K
R
 
R
S
 
K
F
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
S
L
 
I
N
 
R
N
 
N
W
 
F
A
 
A
R
 
A
G
 
D
E
 
H
G
 
F
A
 
N
P
 
Q
G
 
E
L
 
I
G
 
L
Y
 
P
I
 
V
V
 
F
F
 
L
E
 
N
E
 
A
E
 
N
G
 
R
G
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
N
G
 
W
R
 
N
G
 
S
P
 
P
I
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
V
 
I
P
 
M
P
 
E
E
 
S
V
 
Q
Q
 
R
A
 
L
A
 
E
I
 
L
A
 
I
A
 
R
K
 
L
A
 
M
G
 
E
L
 
T
K
 
Q
A
 
E
G
 
E
D
 
D
A
 
V
V
 
V
F
 
L
F
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
E
E
 
H
A
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
C
G
 
S
L
 
L
A
 
L
G
 
G
K
 
K
A
 
L
R
 
R
I
 
L
R
 
E
I
 
C
G
 
A
D
 
D
D
 
L
L
 
L
G
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
G
-
 
V
-
 
V
L
 
L
T
 
R
D
 
D
K
 
P
D
 
T
Q
 
L
F
 
F
A
 
S
F
 
F
C
 
L
W
 
W
I
 
V
T
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
M
 
L
Y
 
F
E
 
L
W
 
P
N
 
K
E
 
E
D
 
E
E
 
N
K
 
P
R
 
R
-
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
S
S
 
A
H
 
H
N
 
H
P
 
P
F
 
F
S
 
T
M
 
A
P
 
P
N
 
H
Y
 
P
D
 
S
H
 
D
D
 
I
G
 
H
F
 
L
L
 
L
G
 
Y
L
 
T
D
 
E
P
 
P
A
 
K
D
 
K
A
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
R
A
 
S
F
 
Q
Q
 
H
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
C
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
N
E
 
E
L
 
I
S
 
G
S
 
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
R
 
R
N
 
I
H
 
H
R
 
N
P
 
A
D
 
E
V
 
L
M
 
-
E
 
-
K
 
Q
A
 
R
F
 
Y
A
 
I
I
 
L
A
 
A
G
 
T
Y
 
L
G
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
D
L
 
V
E
 
K
Q
 
M
K
 
-
F
 
L
G
 
S
G
 
H
M
 
L
L
 
L
N
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
D
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
P
 
P
P
 
P
H
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
L
G
 
G
V
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
M
 
C
L
 
L
L
 
V
C
 
T
H
 
G
E
 
S
P
 
P
N
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
P
M
 
K
N
 
S
Q
 
F
R
 
R
A
 
G
E
 
H
D
 
D
L
|
L
M
 
M
M
 
S
G
 
N
A
 
T
P
 
P
S
 
D
E
 
S
V
 
V
T
 
P
P
 
P
K
 
E
Q
 
E
L
|
L
R
 
K
E
 
P
L
 
Y
H
 
H
I
 
I
R
 
R
L
 
V
N
 
S
L
 
K
P
 
P
D
 
T
R
 
D
S
 
S

Sites not aligning to the query:

4o2dB Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from mycobacterium smegmatis with bound aspartic acid (see paper)
49% identity, 55% coverage: 5:336/604 of query aligns to 3:326/515 of 4o2dB

query
sites
4o2dB
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
A
C
 
A
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
A
D
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
T
V
 
V
R
 
T
L
 
L
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
A
R
 
R
V
 
R
R
 
R
D
 
D
H
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
I
F
 
F
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
D
 
D
H
 
A
Y
 
S
G
 
G
V
 
V
T
 
S
Q
 
Q
C
 
-
V
 
V
V
 
V
D
 
F
A
 
R
D
 
E
S
 
G
A
 
D
A
 
V
F
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
H
A
 
R
V
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
E
W
 
F
V
 
C
I
 
V
R
 
A
V
 
V
D
 
T
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
E
R
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
G
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
N
A
 
P
D
 
E
L
 
I
P
 
P
T
 
T
G
 
G
A
 
Q
V
 
I
E
 
E
L
 
V
Y
 
N
I
 
A
T
 
T
D
 
E
L
 
L
E
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
A
 
S
V
 
A
E
 
P
L
 
L
P
 
P
M
 
F
P
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
E
 
Q
L
 
L
D
 
D
Y
 
E
P
 
Q
-
 
A
-
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
K
Y
 
Y
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
K
 
G
L
 
P
H
 
G
A
 
N
N
 
A
I
 
L
M
 
R
K
 
L
R
 
R
G
 
S
A
 
K
I
 
V
I
 
N
D
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
R
R
 
S
R
 
V
M
 
L
R
 
A
E
 
E
G
 
H
G
 
D
F
 
F
F
 
V
E
 
E
F
 
I
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
T
L
 
L
T
 
T
A
 
R
S
 
S
S
 
T
P
 
P
E
|
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
Q
P
 
P
G
 
G
K
 
S
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
x
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
M
 
M
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
M
D
 
E
R
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
P
 
R
C
 
C
F
 
Y
R
|
R
D
 
D
E
|
E
D
 
D
A
 
-
R
 
-
A
 
F
D
 
D
R
|
R
S
x
Q
P
 
P
G
 
-
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
Q
|
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
M
E
 
E
M
 
M
S
 
S
F
 
F
V
 
V
T
 
E
Q
 
A
E
 
D
D
 
D
V
 
V
F
 
I
Q
 
A
A
 
I
V
 
S
E
 
E
P
 
Q
V
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
V
F
 
W
E
 
A
E
 
T
F
 
I
A
 
-
E
 
-
G
 
G
W
 
Y
R
 
D
V
 
L
T
 
P
G
 
L
T
 
P
F
 
L
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
S
Y
 
Y
A
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
L
 
R
K
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
S
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
F
P
 
G
L
 
I
I
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
E
V
 
C
T
 
T
Q
 
E
E
 
Y
F
 
F
S
 
P
A
 
Y
E
 
V
A
 
G
V
 
A
T
 
V
F
 
V
N
 
M
A
 
P
F
 
W
K
 
Q
S
 
E
V
 
F
I
 
A
R
 
K
A
 
Q
G
 
R
G
 
G
V
 
F
V
 
F
R
 
A
A
 
A
I
 
G
P
 
P
A
 
A
P
 
K
G
 
G
A
 
A
G
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3nemB Aspartyl-tRNA synthetase complexed with aspartyl adenylate (see paper)
32% identity, 41% coverage: 4:248/604 of query aligns to 2:241/438 of 3nemB

query
sites
3nemB
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
S
G
 
S
A
 
E
L
 
I
R
 
T
P
 
E
S
 
E
D
 
L
V
 
N
G
 
G
A
 
Q
T
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
V
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
W
R
 
E
V
 
V
R
 
K
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
I
L
 
K
F
 
F
I
 
L
D
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
D
G
 
G
V
 
I
T
 
V
Q
 
Q
C
 
I
V
 
T
V
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
K
D
 
K
A
 
V
D
 
D
S
 
P
A
 
E
A
 
L
F
 
F
R
 
K
A
 
L
A
 
I
E
 
P
A
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
S
E
 
E
W
 
D
V
 
V
I
 
V
R
 
A
V
 
V
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
N
R
 
F
R
 
T
P
 
P
E
 
K
G
 
A
T
 
K
E
 
-
N
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
L
A
 
G
V
 
F
E
 
E
L
 
I
Y
 
L
I
 
P
T
 
E
D
 
K
L
 
I
E
 
V
V
 
V
L
 
L
G
 
N
Q
 
R
A
 
A
V
 
-
E
 
E
L
 
T
P
 
P
M
 
L
P
 
P
V
 
L
-
 
D
-
 
P
F
 
T
G
 
G
E
 
K
L
 
V
D
 
K
Y
 
A
P
 
E
E
 
L
E
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
D
Y
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
V
H
 
M
A
 
A
N
 
I
I
 
F
M
 
K
K
 
I
R
 
R
G
 
S
A
 
S
I
 
V
I
 
F
D
 
K
S
 
A
L
 
V
R
 
R
R
 
D
R
 
F
M
 
F
R
 
H
E
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
F
 
I
E
 
E
F
 
I
Q
 
H
T
 
T
P
 
P
I
 
K
L
 
I
T
 
I
A
 
A
S
 
T
S
 
A
P
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
-
V
 
-
P
 
-
S
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
F
P
 
P
G
 
M
K
 
K
F
 
Y
Y
 
F
A
 
E
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
F
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
L
F
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
L
 
I
T
 
M
M
 
M
I
 
A
A
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
V
F
 
Y
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
P
 
P
C
 
I
F
 
F
R
|
R
D
 
A
E
|
E
D
 
E
A
 
H
R
 
N
A
 
T
D
 
T
R
|
R
S
x
H
P
x
L
G
 
N
E
 
E
F
 
A
Y
 
W
Q
 
S
L
 
I
D
 
D
I
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
T
 
E
Q
 
D
E
 
E
D
 
E

Sites not aligning to the query:

3nemA Aspartyl-tRNA synthetase complexed with aspartyl adenylate (see paper)
32% identity, 41% coverage: 4:248/604 of query aligns to 2:241/438 of 3nemA

query
sites
3nemA
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
H
 
H
T
 
Y
C
 
S
G
 
S
A
 
E
L
 
I
R
 
T
P
 
E
S
 
E
D
 
L
V
 
N
G
 
G
A
 
Q
T
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
V
S
 
A
G
 
G
W
 
W
C
 
V
H
 
W
R
 
E
V
 
V
R
 
K
D
 
D
H
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
I
L
 
K
F
 
F
I
 
L
D
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
H
 
R
Y
 
D
G
 
G
V
 
I
T
 
V
Q
 
Q
C
 
I
V
 
T
V
 
A
-
 
P
-
 
K
-
 
K
D
 
K
A
 
V
D
 
D
S
 
P
A
 
E
A
 
L
F
 
F
R
 
K
A
 
L
A
 
I
E
 
P
A
 
K
V
 
L
R
 
R
S
 
S
E
 
E
W
 
D
V
 
V
I
 
V
R
 
A
V
 
V
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
V
R
 
N
R
 
F
R
 
T
P
 
P
E
 
K
G
 
A
T
 
K
E
 
-
N
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
L
A
 
G
V
 
F
E
 
E
L
 
I
Y
 
L
I
 
P
T
 
E
D
 
K
L
 
I
E
 
V
V
 
V
L
 
L
G
 
N
Q
 
R
A
 
A
V
 
-
E
 
E
L
 
T
P
 
P
M
 
L
P
 
P
V
 
L
-
 
D
-
 
P
F
 
T
G
 
G
E
 
K
L
 
V
D
 
K
Y
 
A
P
 
E
E
 
L
E
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
D
Y
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
P
K
 
E
L
 
V
H
 
M
A
 
A
N
 
I
I
 
F
M
 
K
K
 
I
R
 
R
G
 
S
A
 
S
I
 
V
I
 
F
D
 
K
S
 
A
L
 
V
R
 
R
R
 
D
R
 
F
M
 
F
R
 
H
E
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
F
 
I
E
 
E
F
 
I
Q
 
H
T
 
T
P
 
P
I
 
K
L
 
I
T
 
I
A
 
A
S
 
T
S
 
A
P
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
G
R
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
-
V
 
-
P
 
-
S
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
F
P
 
P
G
 
M
K
 
K
F
 
Y
Y
 
F
A
 
E
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
F
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
|
Q
Q
 
L
F
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
L
 
I
T
 
M
M
 
M
I
 
A
A
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
R
 
R
Y
 
V
F
 
Y
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
P
 
P
C
 
I
F
 
F
R
|
R
D
 
A
E
|
E
D
 
E
A
 
H
R
 
N
A
 
T
D
 
T
R
|
R
S
x
H
P
x
L
G
 
N
E
 
E
F
 
A
Y
 
W
Q
 
S
L
 
I
D
 
D
I
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
T
 
E
Q
 
D
E
 
E
D
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012332324.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012332324.1
MHRYRTHTCGALRPSDVGATVRLSGWCHRVRDHGGVLFIDLRDHYGVTQCVVDADSAAFR
AAEAVRSEWVIRVDGRVRRRPEGTENADLPTGAVELYITDLEVLGQAVELPMPVFGELDY
PEETRLRYRFLDLRREKLHANIMKRGAIIDSLRRRMREGGFFEFQTPILTASSPEGARDF
LVPSRLHPGKFYALPQAPQQFKQLTMIAGFDRYFQIAPCFRDEDARADRSPGEFYQLDIE
MSFVTQEDVFQAVEPVLRGVFEEFAEGWRVTGTFPRIPYAEAMLKYGVDKPDLRNPLIIV
DVTQEFSAEAVTFNAFKSVIRAGGVVRAIPAPGAGAQPRSFFDRLNNWARGEGAPGLGYI
VFEEEGGVLSGRGPIAKFVPPEVQAAIAAKAGLKAGDAVFFAAGVEAKAAGLAGKARIRI
GDDLGLTDKDQFAFCWITDFPMYEWNEDEKRIDFSHNPFSMPNYDHDGFLGLDPADAETI
LGIKAFQYDIVCNGIELSSGAIRNHRPDVMEKAFAIAGYGREVLEQKFGGMLNALRMGAP
PHGGIAPGVDRIVMLLCHEPNIREVVLFPMNQRAEDLMMGAPSEVTPKQLRELHIRLNLP
DRSA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory