SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012334052.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012334052.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

P07623 Homoserine O-succinyltransferase; HST; Homoserine transsuccinylase; HTS; EC 2.3.1.46 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
30% identity, 89% coverage: 24:304/315 of query aligns to 36:295/309 of P07623

query
sites
P07623
L
 
L
T
 
K
V
 
V
G
 
L
L
 
I
L
 
L
N
 
N
N
 
L
M
 
M
P
 
P
D
x
K
A
x
K
A
 
I
L
 
-
A
 
-
A
 
E
T
 
T
D
 
E
R
 
N
Q
 
Q
F
 
F
S
 
L
A
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
S
R
 
N
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
E
 
D
V
 
I
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
R
F
 
I
H
 
D
L
 
S
P
 
R
E
 
E
I
 
S
A
 
R
R
 
N
G
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
-
R
 
-
D
 
E
M
 
H
L
 
L
A
 
N
P
 
N
L
 
F
S
 
Y
A
x
C
P
 
N
A
 
F
D
 
E
A
 
D
L
 
I
E
 
Q
G
 
D
A
 
Q
G
 
N
L
 
F
D
 
D
A
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
C
 
A
E
 
P
P
 
L
R
 
G
A
 
L
A
 
V
D
 
E
L
 
F
R
 
N
D
 
D
E
 
V
P
 
A
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
A
 
Q
L
 
I
A
 
K
G
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
E
W
 
W
A
 
S
R
 
K
D
 
D
H
 
H
T
 
V
V
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
F
S
 
V
C
|
C
L
 
W
A
 
A
A
 
V
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
N
H
 
I
L
 
L
D
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
P
R
x
K
R
 
Q
R
 
T
M
 
R
A
 
T
R
 
E
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
G
I
 
V
F
 
Y
A
 
E
C
 
H
R
 
H
P
 
I
V
 
L
A
 
H
A
 
P
H
 
H
P
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
T
-
 
R
G
 
G
M
 
F
P
 
D
A
 
D
V
 
S
L
 
F
P
 
L
V
 
A
P
 
P
H
 
H
S
 
S
R
|
R
W
 
Y
N
 
A
D
 
D
L
 
F
A
 
P
E
 
A
A
 
A
D
 
L
L
 
I
-
 
R
A
 
D
A
 
Y
S
 
T
G
 
D
Y
 
L
H
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
A
R
 
E
S
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
G
G
 
D
V
 
A
D
 
Y
L
 
L
F
 
F
V
 
A
K
 
S
P
 
K
E
 
D
R
 
K
S
 
R
L
 
-
L
 
I
V
 
A
F
 
F
L
 
V
Q
 
T
G
 
G
H
|
H
P
 
P
E
|
E
Y
|
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
Q
S
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
Q
E
|
E
Y
 
F
R
 
F
R
|
R
D
 
D
L
 
V
K
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
A
A
 
G
E
 
L
P
 
D
P
 
P
D
 
D
R
 
V
P
 
P
V
 
Y
H
 
N
Y
 
Y
F
 
F
D
 
P
P
 
-
E
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
A
 
H
G
 
N
E
 
D
P
 
P
S
 
Q
C
 
N
A
 
T
P
 
P
P
 
R
A
 
A
A
 
-
P
 
-
A
 
S
W
 
W
P
 
R
P
 
S
V
 
H
A
 
G
A
 
N
Q
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
T
N
 
N
W
 
W
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
V
 
Y
A
 
V
T
 
Y
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

Q72X44 Homoserine O-acetyltransferase; HAT; Homoserine transacetylase; HTA; EC 2.3.1.31 from Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (see paper)
27% identity, 88% coverage: 24:299/315 of query aligns to 36:290/301 of Q72X44

query
sites
Q72X44
L
 
L
T
 
K
V
 
I
G
 
A
L
 
I
L
 
L
N
 
N
N
 
L
M
 
M
P
 
P
D
 
T
A
x
K
A
 
Q
L
 
-
A
 
-
A
 
E
T
 
T
D
 
E
R
 
A
Q
 
Q
F
 
L
S
 
L
A
 
R
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
N
E
 
T
V
 
P
R
 
L
L
 
Q
L
 
L
R
 
D
F
 
V
H
 
H
L
 
L
-
 
L
-
 
H
-
 
M
-
 
E
P
 
S
E
 
H
I
 
L
A
 
S
R
 
R
G
 
N
P
 
V
E
 
-
A
 
A
R
 
Q
D
 
E
M
 
H
L
 
L
A
 
T
P
 
S
L
 
F
S
 
Y
A
 
K
P
 
T
A
 
F
D
 
R
A
 
D
L
 
I
E
 
E
G
 
N
A
 
E
G
 
K
L
 
F
D
 
D
A
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
I
T
 
T
G
 
G
C
 
A
E
 
P
P
 
V
R
x
E
A
 
T
A
 
L
D
 
S
L
 
F
R
 
E
D
 
E
E
 
V
P
 
D
Y
 
Y
W
 
W
P
 
E
A
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
M
D
 
E
W
 
Y
A
 
S
R
 
K
D
 
T
H
 
N
T
 
V
V
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
H
S
 
I
C
|
C
L
 
W
A
 
G
A
 
A
H
 
Q
A
 
A
A
 
G
V
 
L
L
 
Y
H
 
H
L
 
H
D
 
Y
G
 
G
I
 
V
A
 
Q
R
 
K
R
 
Y
R
 
P
M
 
L
A
 
K
R
 
E
K
|
K
R
 
M
S
 
F
G
 
G
I
 
V
F
 
F
A
 
E
C
 
H
R
 
E
P
 
V
V
 
R
A
 
E
A
 
Q
H
 
H
-
 
V
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
M
 
F
P
 
D
A
 
E
V
 
L
L
 
F
P
 
F
V
 
A
P
 
P
H
 
H
S
|
S
R
 
R
W
 
H
N
 
T
D
 
E
L
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
S
D
 
D
L
 
I
-
 
R
A
 
E
A
 
V
S
 
K
G
 
E
Y
 
L
H
 
T
V
 
L
L
 
L
T
 
A
R
 
N
S
 
S
D
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
H
L
 
L
F
 
V
V
 
I
K
 
G
P
 
Q
E
 
E
R
 
-
S
 
G
L
 
R
L
 
Q
V
 
V
F
 
F
L
 
A
Q
 
L
G
 
G
H
|
H
P
 
S
E
|
E
Y
 
Y
D
 
S
P
 
C
D
 
D
S
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
Q
E
 
E
Y
 
Y
R
 
E
R
|
R
D
 
D
L
 
-
K
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
R
E
 
D
R
 
K
A
 
G
E
 
L
P
 
N
P
 
I
D
 
D
R
 
V
P
 
P
V
 
K
H
 
N
Y
 
Y
F
 
F
D
 
K
P
 
H
E
 
D
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
N
P
 
P
S
 
N
C
 
E
A
 
K
P
 
P
P
 
L
A
 
V
A
 
-
P
 
-
A
 
R
W
 
W
P
 
R
P
 
S
V
 
H
A
 
G
A
 
N
Q
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
S
N
 
N
W
 
W
L
 
L
S
 
N

2vdjA Crystal structure of homoserine o-acetyltransferase (meta) from bacillus cereus with homoserine (see paper)
27% identity, 88% coverage: 24:299/315 of query aligns to 20:262/268 of 2vdjA

query
sites
2vdjA
L
 
L
T
 
K
V
 
I
G
 
A
L
 
I
L
 
L
N
 
N
N
 
L
M
 
M
P
 
P
D
 
T
A
 
K
A
 
Q
L
 
-
A
 
-
A
 
E
T
 
T
D
 
E
R
 
A
Q
 
Q
F
 
L
S
 
L
A
 
R
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
N
E
 
T
V
 
P
R
 
L
L
 
Q
L
 
L
R
 
D
F
 
V
H
 
H
L
 
L
P
 
L
E
 
H
I
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
M
 
M
L
 
E
A
 
S
P
 
S
L
 
F
S
 
Y
A
 
K
P
 
T
A
 
F
D
 
R
A
 
D
L
 
I
E
 
E
G
 
N
A
 
E
G
 
K
L
 
F
D
 
D
A
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
I
T
 
T
G
 
G
C
 
A
E
 
P
P
 
V
R
 
E
A
 
T
A
 
L
D
 
S
L
 
F
R
 
E
D
 
E
E
 
V
P
 
D
Y
 
Y
W
 
W
P
 
E
A
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
M
D
 
E
W
 
Y
A
 
S
R
 
K
D
 
T
H
 
N
T
 
V
V
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
H
S
 
I
C
 
C
L
 
W
A
 
G
A
 
A
H
 
Q
A
 
A
A
 
G
V
 
L
L
 
Y
H
 
H
L
 
H
D
 
Y
G
 
G
I
 
V
A
 
Q
R
 
K
R
 
Y
R
 
P
M
 
L
A
 
K
R
 
E
K
 
K
R
 
M
S
 
F
G
 
G
I
 
V
F
 
F
A
 
E
C
 
H
R
 
E
P
 
V
V
 
R
A
 
E
A
 
Q
H
 
H
-
 
V
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
M
 
F
P
 
D
A
 
E
V
 
L
L
 
F
P
 
F
V
 
A
P
 
V
H
 
H
S
|
S
R
 
R
W
 
H
N
 
T
D
 
E
L
 
V
A
 
R
E
 
E
A
 
S
D
 
D
L
 
I
-
 
R
A
 
E
A
 
V
S
 
K
G
 
E
Y
 
L
H
 
T
V
 
L
L
 
L
T
 
A
R
 
N
S
 
S
D
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
H
L
 
L
F
 
V
V
 
I
K
 
G
P
 
Q
E
 
E
R
 
-
S
 
G
L
 
R
L
 
Q
V
 
V
F
 
F
L
 
A
Q
 
L
G
 
G
H
|
H
P
 
S
E
 
E
Y
 
Y
D
 
S
P
 
C
D
 
D
S
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
Q
E
|
E
Y
 
Y
R
 
E
R
|
R
D
 
D
L
 
-
K
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
R
E
 
D
R
 
K
A
 
G
E
 
L
P
 
N
P
 
I
D
 
D
R
 
V
P
 
P
V
 
K
H
 
N
Y
 
Y
F
 
F
D
 
K
P
 
H
E
 
D
I
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
N
P
 
P
S
 
N
C
 
E
A
 
K
P
 
P
P
 
L
A
 
V
A
 
-
P
 
-
A
 
R
W
 
W
P
 
R
P
 
S
V
 
H
A
 
G
A
 
N
Q
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
S
N
 
N
W
 
W
L
 
L
S
 
N

Query Sequence

>WP_012334052.1 NCBI__GCF_000019365.1:WP_012334052.1
MLKPATPPLARAGRPRPAAPRDRLTVGLLNNMPDAALAATDRQFSALLGREVRLLRFHLP
EIARGPEARDMLAPLSAPADALEGAGLDALIVTGCEPRAADLRDEPYWPALAGVIDWARD
HTVSTLFSCLAAHAAVLHLDGIARRRMARKRSGIFACRPVAAHPLLAGMPAVLPVPHSRW
NDLAEADLAASGYHVLTRSDEAGVDLFVKPERSLLVFLQGHPEYDPDSLAREYRRDLKRF
GRGERAEPPDRPVHYFDPEIEAALDDHARGGWAGEPSCAPPAAPAWPPVAAQLFRNWLSL
VATRRGARAGAAAAP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory