SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012408002.1 NCBI__GCF_000020025.1:WP_012408002.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3pg9A Thermotoga maritima dah7p synthase in complex with inhibitor (see paper)
50% identity, 92% coverage: 1:335/366 of query aligns to 1:326/338 of 3pg9A

query
sites
3pg9A
M
|
M
I
 
I
I
 
V
I
 
V
L
 
L
K
 
K
N
 
P
G
 
G
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
E
 
D
I
 
I
T
 
R
R
 
K
I
 
V
S
 
V
Q
 
K
E
 
-
L
 
L
S
 
A
E
 
E
T
 
S
W
 
Y
K
 
N
V
 
L
T
 
K
V
 
C
E
 
H
K
 
I
S
|
S
I
 
K
G
|
G
T
x
Q
H
x
E
K
x
R
V
 
T
V
|
V
L
 
I
G
|
G
L
x
I
I
|
I
G
|
G
D
 
D
T
 
D
T
 
R
S
 
Y
I
 
V
-
 
V
-
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
F
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
P
 
D
W
 
C
I
 
V
E
 
E
Q
 
S
V
 
V
L
 
V
R
 
R
V
 
V
Q
x
L
Q
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
K
R
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
E
 
E
F
 
F
R
 
-
H
 
H
G
 
P
E
 
E
A
 
D
S
 
T
E
 
V
V
 
I
V
 
D
V
 
L
P
 
-
T
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
G
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
I
G
 
G
E
 
N
H
 
G
H
 
Y
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
G
E
 
R
A
 
E
M
 
M
I
 
L
V
 
M
E
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
H
R
 
F
V
 
L
K
 
S
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
K
T
 
Y
G
 
G
L
 
M
G
 
Y
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
A
M
 
L
D
 
G
A
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
P
A
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
A
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
S
K
 
K
V
 
A
G
 
G
A
 
S
Q
 
Y
D
 
N
K
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
F
S
 
M
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
E
E
 
E
W
 
F
L
 
L
M
 
L
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
A
A
 
N
S
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
T
N
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
-
K
 
K
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
I
R
 
R
S
 
K
L
 
E
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
L
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
G
 
S
T
 
G
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
D
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
S
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
A
D
 
H
S
 
G
L
 
I
M
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
P
 
K
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
D
P
 
F
D
 
E
K
 
L
F
 
F
D
 
K
R
 
E
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
M
 
M

1rzmA Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahps) from thermotoga maritima complexed with cd2+, pep and e4p (see paper)
50% identity, 92% coverage: 1:335/366 of query aligns to 1:326/338 of 1rzmA

query
sites
1rzmA
M
 
M
I
 
I
I
 
V
I
 
V
L
 
L
K
 
K
N
 
P
G
 
G
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
E
 
D
I
 
I
T
 
R
R
 
K
I
 
V
S
 
V
Q
 
K
E
 
-
L
 
L
S
 
A
E
 
E
T
 
S
W
 
Y
K
 
N
V
 
L
T
 
K
V
 
C
E
 
H
K
 
I
S
 
S
I
 
K
G
 
G
T
 
Q
H
 
E
K
 
R
V
 
T
V
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
D
T
 
R
S
 
Y
I
 
V
-
 
V
-
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
F
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
P
 
D
W
 
C
I
 
V
E
 
E
Q
 
S
V
 
V
L
 
V
R
 
R
V
 
V
Q
 
L
Q
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
K
R
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
E
 
E
F
 
F
R
 
-
H
 
H
G
 
P
E
 
E
A
 
D
S
 
T
E
 
V
V
 
I
V
 
D
V
 
L
P
 
-
T
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
G
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
I
G
 
G
E
 
N
H
 
G
H
 
Y
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
G
E
 
R
A
 
E
M
 
M
I
 
L
V
 
M
E
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
H
R
 
F
V
 
L
K
 
S
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
|
K
P
|
P
R
|
R
T
|
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
K
T
 
Y
G
 
G
L
 
M
G
 
Y
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
A
M
 
L
D
 
G
A
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
P
A
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
|
R
N
 
N
M
 
A
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
S
K
 
K
V
 
A
G
 
G
A
 
S
Q
 
Y
D
 
N
K
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
F
S
 
M
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
E
E
 
E
W
 
F
L
 
L
M
 
L
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
A
A
 
N
S
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
T
N
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
-
K
 
K
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
I
R
 
R
S
 
K
L
 
E
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
L
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
S
T
 
G
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
D
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
S
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
A
D
 
H
S
 
G
L
 
I
M
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
P
 
K
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
D
P
 
F
D
 
E
K
 
L
F
 
F
D
 
K
R
 
E
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
M
 
M

4grsA Crystal structure of a chimeric dah7ps (see paper)
49% identity, 93% coverage: 1:339/366 of query aligns to 1:330/333 of 4grsA

query
sites
4grsA
M
|
M
I
 
I
I
 
V
I
 
V
L
 
L
K
 
K
N
 
P
G
 
G
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
E
 
D
I
 
I
T
 
R
R
 
K
I
 
V
S
 
V
Q
 
K
E
 
-
L
 
L
S
 
A
E
 
E
T
 
S
W
 
Y
K
 
N
V
 
L
T
 
K
V
 
C
E
 
H
K
 
I
S
|
S
I
 
K
G
|
G
T
 
Q
H
x
E
K
x
R
V
 
T
V
|
V
L
 
I
G
|
G
L
x
I
I
|
I
G
|
G
D
 
D
T
x
D
T
 
R
S
 
Y
I
 
V
-
 
V
-
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
F
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
E
Y
 
S
S
 
L
P
 
D
W
 
C
I
 
V
E
 
E
Q
 
S
V
 
V
L
 
V
R
 
R
V
 
V
Q
 
L
Q
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
K
R
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
E
 
E
F
 
F
R
 
-
H
 
H
G
 
P
E
 
E
A
 
D
S
 
T
E
 
V
V
 
I
V
 
D
V
 
L
P
 
-
T
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
G
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
I
G
 
G
E
 
N
H
 
G
H
 
Y
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
R
A
 
D
M
 
Q
I
 
I
V
 
M
E
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
F
V
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
V
I
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
A
 
R
D
 
H
L
 
V
S
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
R
 
K
T
 
Y
A
 
S
D
 
D
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
S
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
D
 
E
K
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
S
 
G
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
E
 
E
W
 
L
L
 
L
M
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
T
K
 
A
Y
 
-
A
 
T
R
 
R
N
 
F
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
E
L
 
L
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
S
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
I
M
 
M
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
T
 
T
P
 
F
D
 
D
K
 
D
F
 
F
D
 
L
R
 
Q
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
E
 
E
M
 
L
S
 
E
I
 
A
I
 
L
G
 
G

1zcoB Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
55% identity, 67% coverage: 94:339/366 of query aligns to 17:259/262 of 1zcoB

query
sites
1zcoB
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
G
H
 
-
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
R
A
 
E
M
 
Q
I
 
I
V
 
M
E
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
F
V
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
V
I
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
A
 
R
D
 
H
L
 
V
S
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
R
 
K
T
 
Y
A
 
S
D
 
D
I
 
I
I
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
M
 
S
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
D
 
E
K
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
S
 
G
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
E
 
E
W
 
L
L
 
L
M
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
T
K
 
A
Y
 
-
A
 
T
R
 
R
N
 
F
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
E
L
 
L
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
S
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
I
M
 
M
I
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
T
 
T
P
 
F
D
 
D
K
 
D
F
 
F
D
 
L
R
 
Q
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
E
 
E
M
 
L
S
 
E
I
 
A
I
 
L
G
 
G

1zcoA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
55% identity, 67% coverage: 94:339/366 of query aligns to 17:259/262 of 1zcoA

query
sites
1zcoA
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
G
H
 
-
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
R
A
 
E
M
 
Q
I
 
I
V
 
M
E
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
F
V
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
V
I
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
A
 
R
D
 
H
L
 
V
S
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
R
 
K
T
 
Y
A
 
S
D
 
D
I
 
I
I
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
M
 
S
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
D
 
E
K
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
S
 
G
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
E
 
E
W
 
L
L
 
L
M
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
T
K
 
A
Y
 
-
A
 
T
R
 
R
N
 
F
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
E
L
 
L
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
S
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
I
M
 
M
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
T
 
T
P
 
F
D
 
D
K
 
D
F
 
F
D
 
L
R
 
Q
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
E
 
E
M
 
L
S
 
E
I
 
A
I
 
L
G
 
G

4c1kA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
55% identity, 67% coverage: 94:339/366 of query aligns to 17:259/262 of 4c1kA

query
sites
4c1kA
D
 
D
V
 
V
Y
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
G
H
 
-
P
 
-
I
 
F
V
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
R
A
 
D
M
 
Q
I
 
I
V
 
M
E
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
F
V
 
L
K
 
A
A
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
S
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
V
I
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
A
 
R
D
 
H
L
 
V
S
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
R
 
K
T
 
Y
A
 
S
D
 
D
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
N
 
N
M
 
S
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
D
 
E
K
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
S
 
G
A
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
E
 
E
W
 
L
L
 
L
M
 
Y
A
 
S
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
T
K
 
A
Y
 
-
A
 
T
R
 
R
N
 
F
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
E
L
 
L
T
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
S
Y
 
L
V
 
V
P
 
I
S
 
P
M
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
I
M
 
M
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
T
 
T
P
 
F
D
 
D
K
 
D
F
 
F
D
 
L
R
 
Q
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
E
 
E
M
 
L
S
 
E
I
 
A
I
 
L
G
 
G

3tfcA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e in complex with phosphoenolpyruvate (see paper)
49% identity, 67% coverage: 88:331/366 of query aligns to 99:333/343 of 3tfcA

query
sites
3tfcA
V
 
L
P
 
P
T
 
I
P
 
G
N
 
N
G
 
G
D
 
E
V
 
P
Y
 
V
F
 
F
G
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
F
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
S
E
 
Y
A
 
E
M
 
Q
I
 
V
V
 
A
E
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
L
K
 
K
F
 
L
L
 
I
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
E
A
 
G
L
 
L
D
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
A
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
V
V
 
I
T
 
S
E
 
E
L
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
I
S
 
E
A
 
V
V
 
A
A
 
L
R
 
D
T
 
Y
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
M
 
M
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
R
Q
 
V
D
 
D
K
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
L
S
 
S
A
 
A
T
 
T
I
 
I
D
 
E
E
 
E
W
 
F
L
 
I
M
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
G
N
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
G
 
-
K
 
K
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
L
R
 
K
S
 
K
L
 
E
T
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
K
E
 
D
Y
 
L
V
 
L
P
 
L
S
 
P
M
 
C
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
E
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
M
I
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
A
K
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
T
 
D
P
 
I
D
 
P
K
 
E
F
 
F
D
 
E
R
 
E
L
 
F

3nvtA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e (see paper)
49% identity, 67% coverage: 88:331/366 of query aligns to 100:334/345 of 3nvtA

query
sites
3nvtA
V
 
L
P
 
P
T
 
I
P
 
G
N
 
N
G
 
G
D
 
E
V
 
P
Y
 
V
F
 
F
G
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
F
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
S
E
 
Y
A
 
E
M
 
Q
I
 
V
V
 
A
E
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
L
K
 
K
F
 
L
L
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
E
A
 
G
L
 
L
D
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
A
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
D
A
 
E
T
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
V
V
 
I
T
 
S
E
 
E
L
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
I
S
 
E
A
 
V
V
 
A
A
 
L
R
 
D
T
 
Y
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
M
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
R
Q
 
V
D
 
D
K
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
L
S
 
S
A
 
A
T
 
T
I
 
I
D
 
E
E
 
E
W
 
F
L
 
I
M
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
G
N
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
G
 
-
K
 
K
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
L
R
 
K
S
 
K
L
 
E
T
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
K
E
 
D
Y
 
L
V
 
L
P
 
L
S
 
P
M
 
C
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
E
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
M
I
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
A
K
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
T
 
D
P
 
I
D
 
P
K
 
E
F
 
F
D
 
E
R
 
E
L
 
F

5j6fA Crystal structure of dah7ps-cm complex from geobacillus sp. With prephenate (see paper)
48% identity, 67% coverage: 92:335/366 of query aligns to 114:348/352 of 5j6fA

query
sites
5j6fA
N
 
D
G
 
G
D
 
N
V
 
Q
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
E
 
-
H
 
-
H
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
M
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
A
V
 
V
E
 
E
N
 
S
E
 
Y
A
 
E
M
 
Q
I
 
V
V
 
A
E
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
R
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
V
S
 
E
A
 
G
L
 
L
D
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
A
 
R
A
 
I
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
F
G
 
D
L
 
L
G
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
S
E
 
E
L
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
I
S
 
E
A
 
I
V
 
A
A
 
L
R
 
D
T
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
M
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
Q
Q
 
V
D
 
N
K
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
L
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
D
 
E
E
 
E
W
 
F
L
 
I
M
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
G
N
 
Q
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
G
 
-
K
 
R
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
L
R
 
K
S
 
K
L
 
E
T
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
F
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
D
Y
 
L
V
 
L
P
 
I
S
 
P
M
 
C
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
M
I
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
A
K
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
T
 
D
P
 
I
D
 
A
K
 
Q
F
 
F
D
 
N
R
 
E
L
 
F
V
 
M
Q
 
E
E
 
E
M
 
V

Sites not aligning to the query:

1vs1D Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahp synthase) from aeropyrum pernix in complex with mn2+ and pep
52% identity, 72% coverage: 71:335/366 of query aligns to 5:265/271 of 1vs1D

query
sites
1vs1D
F
 
F
K
 
K
R
 
G
V
 
V
S
 
K
R
 
L
E
 
A
F
 
L
R
 
K
H
 
S
G
 
E
E
 
E
A
 
R
S
 
R
E
 
E
V
 
T
V
 
V
V
 
V
P
 
E
T
 
V
P
 
E
N
 
G
G
 
V
D
 
R
V
 
I
Y
 
G
F
 
G
G
 
G
E
 
S
H
 
K
H
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
A
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
S
E
 
W
A
 
E
M
 
Q
I
 
V
V
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
L
R
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
H
F
 
M
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
E
A
 
G
L
 
L
D
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
R
A
 
A
R
 
G
E
 
D
A
 
E
T
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
P
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
E
L
 
V
M
 
L
D
 
D
A
 
P
A
 
R
D
 
H
L
 
V
S
 
E
A
 
T
V
 
V
A
 
S
R
 
R
T
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
M
I
 
L
Q
|
Q
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
M
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
P
L
 
L
L
 
L
K
 
R
K
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
R
Q
 
S
D
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
M
 
F
S
 
G
A
 
N
T
 
T
I
 
V
D
 
E
E
 
E
W
 
L
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
L
A
 
L
S
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
W
N
 
Q
V
 
V
I
 
V
L
 
L
C
 
V
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
F
D
 
E
G
 
-
K
 
P
Y
 
S
A
 
T
R
 
R
N
 
F
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
V
S
 
A
V
 
A
L
 
V
P
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
K
S
 
E
L
 
A
T
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
I
I
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
S
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
A
M
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
L
M
 
I
I
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
E
K
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
K
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
G
K
 
E
F
 
F
D
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
M
Q
 
G
E
 
E
M
 
L

P39912 Protein AroA(G); EC 2.5.1.54; EC 5.4.99.5 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
48% identity, 64% coverage: 106:341/366 of query aligns to 122:356/358 of P39912

query
sites
P39912
V
 
I
A
 
V
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
V
E
 
E
N
 
S
E
 
Y
A
 
E
M
 
Q
I
 
V
V
 
A
E
 
E
T
 
V
A
 
A
K
 
A
R
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
E
 
V
S
 
E
A
 
G
L
 
L
D
 
Q
L
 
I
L
 
L
A
 
K
A
 
R
A
 
V
R
 
A
E
 
D
A
 
E
T
 
F
G
 
D
L
 
L
G
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
S
E
 
E
L
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
A
 
A
D
 
H
L
 
I
S
 
E
A
 
E
V
 
A
A
 
L
R
 
D
T
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
M
 
M
H
 
Q
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
D
 
K
K
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
L
S
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
I
D
 
S
E
 
E
W
 
F
L
 
I
M
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
M
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
D
N
 
Q
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
G
 
-
K
 
T
Y
 
A
A
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
V
 
A
L
 
V
P
 
P
V
 
I
L
 
L
R
 
K
S
 
Q
L
 
E
T
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
F
I
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
 
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
R
E
 
D
Y
 
L
V
 
L
P
 
L
S
 
P
M
 
T
A
 
A
I
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
M
I
 
A
E
 
E
V
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
S
K
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
S
P
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
T
 
A
P
 
I
D
 
P
K
 
E
F
 
F
D
 
E
R
 
K
L
 
W
V
 
L
Q
 
N
E
 
E
M
 
L
S
 
K
I
 
P
I
 
M
G
 
V
K
 
K
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1pe1A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga (see paper)
28% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 4:254/258 of 1pe1A

query
sites
1pe1A
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
 
K
P
 
A
-
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
x
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
T
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

1pcwA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor (see paper)
28% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:253/257 of 1pcwA

query
sites
1pcwA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
 
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
x
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
T
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

1pckA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep (see paper)
28% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:254/258 of 1pckA

query
sites
1pckA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

3e12A Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p (see paper)
28% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:254/258 of 3e12A

query
sites
3e12A
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
G
 
G
T
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
|
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

1jcxA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium (see paper)
28% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:251/255 of 1jcxA

query
sites
1jcxA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
V
-
x
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
x
F
I
 
M
E
|
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

3e0iA Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep (see paper)
27% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:259/263 of 3e0iA

query
sites
3e0iA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
 
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
x
K
-
x
S
-
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
|
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

2a21A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep, po4, and zn2+ (see paper)
27% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:259/263 of 2a21A

query
sites
2a21A
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
 
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
x
S
-
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
|
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

1jcyA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with r5p, pep and cadmium (see paper)
27% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:259/263 of 1jcyA

query
sites
1jcyA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
V
-
x
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
x
S
-
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

1fwwA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium (see paper)
27% identity, 66% coverage: 103:345/366 of query aligns to 3:259/263 of 1fwwA

query
sites
1fwwA
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
A
V
 
I
E
 
E
N
 
S
E
 
E
A
 
E
M
 
L
I
 
L
V
 
L
E
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
S
A
 
E
K
 
K
F
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
V
L
 
F
R
x
K
G
 
S
G
 
S
A
 
F
Y
 
D
K
|
K
P
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
P
 
I
Y
 
H
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
Y
 
H
G
 
G
-
 
L
E
 
E
S
 
Y
A
 
G
L
 
V
D
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
A
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
L
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
A
 
W
D
 
Q
L
 
A
S
 
E
A
 
P
V
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
Q
|
Q
I
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
M
 
C
H
 
R
N
 
Q
F
 
T
S
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
L
K
 
A
V
 
A
G
 
A
A
 
K
Q
 
T
D
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
L
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
M
 
Q
S
 
F
A
 
L
T
 
A
I
 
P
D
 
W
E
 
D
W
 
T
L
 
K
M
 
N
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
L
 
K
A
 
F
S
 
G
G
 
G
N
 
A
P
 
K
N
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
I
 
T
R
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
G
G
 
-
K
 
-
Y
 
Y
A
 
N
R
 
N
N
 
L
T
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
F
S
 
R
V
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
M
R
 
K
S
 
Q
L
 
W
T
 
A
H
 
K
L
 
-
P
 
-
I
 
V
M
 
I
I
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
x
S
-
 
G
G
 
G
R
 
M
S
 
R
E
 
E
Y
 
F
V
 
I
P
 
F
S
 
P
M
 
L
A
 
I
I
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
C
D
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
T
 
P
P
 
L
D
 
S
K
 
Q
F
 
L
D
 
E
R
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
E
E
 
A
M
 
I
S
 
L
I
 
E
I
 
I
G
 
R
K
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
S
R
 
K
W
 
Y

Query Sequence

>WP_012408002.1 NCBI__GCF_000020025.1:WP_012408002.1
MIIILKNGTPAEEITRISQELSETWKVTVEKSIGTHKVVLGLIGDTTSIDKLQIQEYSPW
IEQVLRVQQPFKRVSREFRHGEASEVVVPTPNGDVYFGEHHPIVVVAGPCSVENEAMIVE
TAKRVKAAGAKFLRGGAYKPRTSPYAFQGYGESALDLLAAAREATGLGIVTELMDAADLS
AVARTADIIQIGARNMHNFSLLKKVGAQDKPVLLKRGMSATIDEWLMAAEYILASGNPNV
ILCERGIRTFDGKYARNTLDLSVLPVLRSLTHLPIMIDPSHGTGRSEYVPSMAIAAIAAG
TDSLMIEVHPNPAKALSDGPQSLTPDKFDRLVQEMSIIGKVVDRWSTPTFDSINDNRILF
APELSK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory