SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012409012.1 NCBI__GCF_000020025.1:WP_012409012.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6xxyA Crystal structure of haemophilus influenzae 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with o-isobutenyl oxalylhydroxamate. (see paper)
41% identity, 94% coverage: 8:347/363 of query aligns to 3:358/358 of 6xxyA

query
sites
6xxyA
S
 
S
Y
 
Y
R
 
N
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
E
 
A
A
 
E
S
 
A
L
 
I
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
N
H
 
R
V
 
V
A
 
Q
K
 
E
I
 
K
Q
 
F
G
 
G
F
 
F
T
 
K
L
 
L
Q
 
N
V
 
F
D
 
N
Y
 
E
G
 
F
W
 
F
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
C
G
 
G
S
 
Y
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
A
 
E
T
 
T
T
 
L
E
 
K
L
 
G
C
 
C
D
 
D
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
x
S
V
|
V
-
x
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
P
S
x
E
Q
 
R
G
 
G
G
 
A
L
|
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
H
F
 
F
D
 
K
F
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
L
V
 
Y
N
 
K
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
K
K
 
F
S
 
C
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
A
E
 
D
-
 
I
K
 
A
I
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
F
D
 
D
I
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
E
S
 
G
D
 
D
E
 
G
R
 
V
G
 
Q
N
 
T
Y
 
K
G
 
A
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
K
E
 
Y
E
 
E
I
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
M
Y
 
K
R
 
R
R
 
N
G
 
K
L
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
x
V
L
 
L
-
 
Q
P
 
S
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
T
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
E
 
M
A
 
A
T
 
K
K
 
D
F
 
Y
P
 
P
N
 
E
V
 
V
I
 
T
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
I
L
x
Y
V
 
I
D
|
D
N
|
N
L
 
A
A
 
T
M
|
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
K
N
 
S
P
 
P
Q
 
E
R
 
S
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
A
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
x
M
G
|
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
N
A
 
E
N
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
E
|
E
A
 
P
I
 
A
H
x
G
G
|
G
T
x
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
T
 
Q
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
R
-
 
Y
Q
 
S
W
 
F
G
 
N
E
 
L
V
 
N
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
D
Q
 
A
I
 
I
I
 
E
A
 
S
A
 
A
Q
 
V
D
 
Q
R
 
K
I
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
S
G
 
G
Y
 
H
R
 
R
T
 
T
A
 
A
D
|
D
L
 
L
F
 
-
T
 
-
Q
 
A
G
 
D
E
 
D
E
 
S
I
 
T
L
 
P
V
 
V
N
 
S
T
 
T
A
 
A
T
 
E
L
 
M
V
 
G
D
 
T
L
 
L
L
 
I
L
 
T
E
 
Q
E
 
A
L
 
I

3vkzA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella oneidensis mr-1 at atmospheric pressure (see paper)
43% identity, 88% coverage: 7:327/363 of query aligns to 1:339/364 of 3vkzA

query
sites
3vkzA
A
 
S
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
E
 
A
A
 
E
S
 
A
L
 
R
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
H
 
A
V
 
V
A
 
E
K
 
A
I
 
R
Q
 
F
G
 
G
F
 
L
T
 
N
L
 
I
Q
 
E
V
 
Y
D
 
T
Y
 
E
G
 
Y
W
 
D
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
I
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
N
L
 
H
G
 
G
S
 
C
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
T
 
T
T
 
L
E
 
K
L
 
G
C
 
C
D
 
E
G
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
Q
-
 
P
S
 
E
Q
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
|
R
K
 
G
H
 
H
F
 
F
D
 
E
F
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
L
V
 
H
N
 
D
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
H
K
 
M
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
S
E
 
D
-
 
I
K
 
S
I
 
A
Q
 
R
G
 
G
L
 
F
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
K
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
Q
S
 
G
D
 
E
E
 
G
R
 
E
G
 
S
N
 
E
Y
 
E
G
 
A
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
R
E
 
R
E
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
I
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
A
-
 
C
H
 
S
L
 
V
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
Q
L
 
V
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
V
K
 
D
F
 
F
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
I
L
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
L
L
 
R
N
 
R
P
 
P
Q
 
D
R
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
I
G
 
A
A
 
M
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
M
N
 
N
A
 
S
N
 
T
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
T
 
Q
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
L
Q
 
R
Q
 
H
-
 
S
W
 
L
G
 
K
E
 
Q
V
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
S
Q
 
A
I
 
I
I
 
E
A
 
R
A
 
A
Q
 
V
D
 
T
R
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
T
 
T
A
 
G
D
 
E
L
 
L
F
 
L
T
 
S

3vmkA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella benthica db21 mt-2 (see paper)
42% identity, 89% coverage: 7:330/363 of query aligns to 7:348/369 of 3vmkA

query
sites
3vmkA
A
 
S
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
E
 
A
A
 
E
S
 
A
L
 
R
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
A
H
 
A
V
 
V
A
 
E
K
 
K
I
 
-
Q
 
-
G
 
R
F
 
F
T
 
D
L
 
L
Q
 
S
V
 
I
D
 
E
Y
 
Y
G
 
S
W
 
E
-
 
Y
-
 
D
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
N
L
 
H
G
 
G
S
 
C
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
T
 
T
T
 
L
E
 
K
L
 
G
C
 
C
D
 
E
G
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
H
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
S
 
E
Q
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
|
R
K
 
G
H
 
H
F
 
F
D
 
E
F
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
M
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
L
V
 
H
N
 
P
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
H
K
 
M
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
S
E
 
D
-
 
I
K
 
S
I
 
E
Q
 
K
G
 
G
L
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
K
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
Q
S
 
G
D
 
E
E
 
G
R
 
E
G
 
N
N
 
E
Y
 
E
G
 
A
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
R
E
 
K
E
 
E
I
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
I
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
|
N
A
 
V
L
 
L
P
 
A
-
 
C
H
 
S
L
 
V
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
K
K
 
D
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
I
L
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
L
L
 
R
N
 
R
P
 
P
Q
 
N
R
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
V
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
I
G
 
A
A
 
M
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
A
S
 
S
A
 
I
S
 
S
L
 
M
N
 
N
A
 
S
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
M
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
V
G
 
A
T
 
Q
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
Q
 
R
Q
 
H
W
 
S
G
 
L
E
 
K
V
 
L
Q
 
E
-
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
Q
 
A
I
 
I
I
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
V
D
 
S
R
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
S
K
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
T
 
T
A
 
C
D
 
E
L
 
L
F
 
L
T
 
P
Q
 
A
G
 
S
E
 
E

Q9SA14 3-isopropylmalate dehydrogenase 3, chloroplastic; 3-IPM-DH 3; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 3; Beta-IPM dehydrogenase 3; Isopropylmalate dehydrogenase 3; AtIMD3; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
41% identity, 90% coverage: 6:333/363 of query aligns to 41:385/404 of Q9SA14

query
sites
Q9SA14
K
 
K
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
N
I
 
I
V
 
T
A
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
I
E
 
S
A
 
V
S
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
H
 
K
V
 
A
A
 
G
K
 
F
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
T
 
E
L
 
F
Q
 
D
V
 
F
D
 
Q
Y
 
E
G
 
M
W
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
V
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
S
E
 
T
L
 
A
C
 
A
D
 
K
G
 
Q
A
 
S
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
M
G
 
G
L
 
L
L
|
L
E
 
N
L
 
I
R
 
R
K
 
R
H
 
D
F
 
L
D
 
N
F
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
V
V
 
L
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
K
E
 
E
K
 
V
I
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
M
L
 
M
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
I
S
 
T
S
 
I
D
 
N
E
 
E
R
 
N
G
 
G
N
 
E
-
 
E
Y
 
V
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
I
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
E
 
H
E
 
E
I
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
K
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
 
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
D
P
 
A
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
R
V
 
V
Q
 
T
E
 
A
E
 
L
A
 
A
T
 
S
K
 
E
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
E
N
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
K
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
M
I
 
I
I
 
E
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
D
 
V
R
 
D
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
K
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
Y
T
 
S
Q
 
P
G
 
G
E
 
N
E
 
K
I
 
L
L
 
V

P93832 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic; 3-IPM-DH 2; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 2; Beta-IPM dehydrogenase 2; Isopropylmalate dehydrogenase 2; AtIMD2; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
40% identity, 91% coverage: 3:333/363 of query aligns to 37:384/405 of P93832

query
sites
P93832
S
 
S
L
 
P
S
 
G
K
 
K
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
V
 
T
A
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
I
S
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
H
 
Q
V
 
A
A
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
F
 
V
T
 
E
L
 
F
Q
 
N
V
 
F
D
 
R
Y
 
E
G
 
M
W
 
P
L
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
V
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
I
E
 
S
L
 
A
C
 
A
D
 
K
G
 
E
A
 
S
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
x
I
-
x
G
-
x
G
-
x
Y
-
x
K
-
x
W
-
x
D
-
x
N
-
x
N
-
x
E
-
x
K
-
x
H
-
x
L
-
x
R
S
x
P
Q
x
E
G
 
K
G
 
G
L
|
L
L
|
L
E
 
Q
L
 
I
R
|
R
K
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
K
F
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
V
V
 
L
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
R
E
 
E
K
 
V
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
M
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
I
S
 
K
S
 
T
D
 
N
E
 
E
R
 
N
G
 
G
N
 
E
-
 
E
Y
 
V
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
E
 
H
E
 
E
I
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
K
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
|
N
A
x
V
L
 
L
-
 
E
P
 
A
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
R
V
 
V
Q
 
T
E
 
A
E
 
L
A
 
A
T
 
S
K
 
E
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
|
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
S
A
 
D
N
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
|
E
A
x
P
I
|
I
H
|
H
G
|
G
T
x
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
|
A
G
|
G
L
x
Q
G
x
D
I
x
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
K
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
D
 
L
R
 
V
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
Y
T
 
S
Q
 
A
G
 
G
E
 
T
E
 
K
I
 
L
L
 
V

5j32A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with isopropylmalate (see paper)
40% identity, 90% coverage: 6:333/363 of query aligns to 10:354/369 of 5j32A

query
sites
5j32A
K
 
K
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
V
 
T
A
 
L
I
x
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
I
S
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
H
 
Q
V
 
A
A
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
F
 
V
T
 
E
L
 
F
Q
 
N
V
 
F
D
 
R
Y
 
E
G
 
M
W
 
P
L
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
V
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
I
E
 
S
L
 
A
C
 
A
D
 
K
G
 
E
A
 
S
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
N
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
I
R
|
R
K
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
K
F
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
V
V
 
L
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
R
E
 
E
K
 
V
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
M
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
I
S
 
K
S
 
T
D
 
N
E
 
E
R
 
N
G
 
G
N
 
E
-
 
E
Y
 
V
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
E
 
H
E
 
E
I
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
K
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
E
P
 
A
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
R
V
 
V
Q
 
T
E
 
A
E
 
L
A
 
A
T
 
S
K
 
E
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
S
A
 
D
N
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
K
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
D
 
L
R
 
V
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
Y
T
 
S
Q
 
A
G
 
G
E
 
T
E
 
K
I
 
L
L
 
V

4iwhA Crystal structure of a 3-isopropylmalate dehydrogenase from burkholderia pseudomallei
41% identity, 93% coverage: 10:347/363 of query aligns to 5:358/358 of 4iwhA

query
sites
4iwhA
R
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
A
 
E
S
 
A
L
 
V
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
N
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
K
L
 
F
Q
 
E
V
 
L
D
 
E
Y
 
H
G
 
A
W
 
P
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
G
F
 
Y
E
 
E
Q
 
A
L
 
S
G
 
G
S
 
H
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
T
 
T
T
 
L
E
 
A
L
 
L
C
 
A
D
 
K
G
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
H
F
 
L
D
 
E
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
I
S
 
C
V
 
Y
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
K
 
L
I
 
V
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
N
S
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
-
 
P
-
 
R
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
A
-
 
A
P
 
P
S
 
D
G
 
G
R
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
G
E
 
E
R
 
R
G
 
-
N
 
-
Y
 
E
G
 
G
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
E
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
Q
Q
 
A
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
K
R
 
R
R
 
A
G
 
K
L
 
K
L
 
L
T
 
L
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
S
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
H
 
T
L
 
S
H
 
Q
W
 
F
T
 
W
R
 
R
L
 
D
V
 
V
Q
 
M
E
 
I
E
 
D
A
 
V
T
 
S
K
 
K
-
 
E
F
 
Y
P
 
A
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
A
L
 
K
N
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
D
A
 
K
N
 
N
G
 
N
F
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
S
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
R
Q
 
Y
Q
 
S
W
 
L
G
 
N
E
 
R
V
 
A
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
R
A
 
A
Q
 
V
D
 
K
R
 
T
I
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
A
T
 
T
Q
 
P
G
 
G
E
 
C
E
 
R
I
 
-
L
 
Q
V
 
V
N
 
G
T
 
T
A
 
A
T
 
A
L
 
M
V
 
G
D
 
D
L
 
A
L
 
V
L
 
V
E
 
A
E
 
A
L
 
L

5j33A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with NAD+ (see paper)
40% identity, 90% coverage: 9:333/363 of query aligns to 3:344/360 of 5j33A

query
sites
5j33A
Y
 
Y
R
 
T
I
 
I
V
 
T
A
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
I
S
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
H
 
Q
V
 
A
A
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
F
 
V
T
 
E
L
 
F
Q
 
N
V
 
F
D
 
R
Y
 
E
G
 
M
W
 
P
L
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
V
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
I
E
 
S
L
 
A
C
 
A
D
 
K
G
 
E
A
 
S
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
x
I
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
N
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
x
E
G
 
K
G
 
G
L
|
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
K
F
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
V
V
 
L
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
R
E
 
E
K
 
V
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
M
I
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
I
S
 
K
S
 
T
D
 
N
E
 
E
R
 
N
G
 
G
N
 
E
-
 
E
Y
 
V
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
E
 
H
E
 
E
I
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
K
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
E
P
 
A
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
R
V
 
V
Q
 
T
E
 
A
E
 
L
A
 
A
T
 
S
K
 
E
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
|
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
S
A
 
D
N
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
|
E
A
 
P
I
 
I
H
|
H
G
|
G
T
x
S
A
|
A
P
 
P
D
 
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
K
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
D
 
L
R
 
V
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
|
D
L
 
I
F
 
Y
T
 
S
Q
 
A
G
 
G
E
 
T
E
 
K
I
 
L
L
 
V

4xxvA Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase from burkholderia thailandensis in complex with NAD
41% identity, 93% coverage: 10:347/363 of query aligns to 3:356/356 of 4xxvA

query
sites
4xxvA
R
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
A
 
E
S
 
A
L
 
V
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
N
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
K
L
 
F
Q
 
E
V
 
L
D
 
E
Y
 
H
G
 
A
W
 
P
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
G
F
 
Y
E
 
E
Q
 
A
L
 
S
G
 
G
S
 
H
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
T
 
T
T
 
L
E
 
A
L
 
L
C
 
A
D
 
K
G
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
H
F
 
L
D
 
E
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
I
S
 
C
V
 
Y
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
K
 
L
I
 
V
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
N
S
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
-
 
P
-
 
R
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
A
-
 
A
P
 
P
S
 
D
G
 
G
R
 
P
S
 
F
S
 
A
D
 
G
E
 
E
R
 
R
G
 
-
N
 
-
Y
 
E
G
 
G
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
E
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
Q
Q
 
A
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
K
R
 
R
R
 
A
G
 
K
L
 
K
L
 
L
T
 
L
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
S
N
|
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
H
 
T
L
 
S
H
 
Q
W
 
F
T
 
W
R
 
R
L
 
D
V
 
V
Q
 
M
E
 
I
E
 
D
A
 
V
T
 
S
K
 
K
-
 
E
F
 
Y
P
 
A
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
x
Y
V
 
V
D
|
D
N
|
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
A
L
 
K
N
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
D
A
 
K
N
 
N
G
 
N
F
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
S
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
R
Q
 
Y
Q
 
S
W
 
L
G
 
N
E
 
R
V
 
A
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
R
A
 
A
Q
 
V
D
 
K
R
 
T
I
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
A
T
 
T
Q
 
P
G
 
G
E
 
C
E
 
R
I
 
-
L
 
Q
V
 
V
N
 
G
T
 
T
A
 
A
T
 
A
L
 
M
V
 
G
D
 
D
L
 
A
L
 
V
L
 
V
E
 
A
E
 
A
L
 
L

Q9FMT1 3-isopropylmalate dehydrogenase 1, chloroplastic; 3-IPM-DH 1; AtIMDH1; IMDH 1; Beta-IPM dehydrogenase 1; Isopropylmalate dehydrogenase 1; AtIMD1; Methylthioalkylmalate dehydrogenase 1; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
40% identity, 91% coverage: 3:333/363 of query aligns to 41:388/409 of Q9FMT1

query
sites
Q9FMT1
S
 
S
L
 
P
S
 
G
K
 
K
A
 
K
S
 
R
Y
 
Y
R
 
N
I
 
I
V
 
A
A
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
I
E
 
S
A
 
V
S
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
H
 
K
V
 
A
A
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
E
L
 
F
Q
 
D
V
 
F
D
 
K
Y
 
E
G
 
M
W
 
P
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
V
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
F
E
 
T
L
 
A
C
 
A
D
 
K
G
 
L
A
 
S
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
L
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
M
G
 
A
L
 
L
L
x
F
E
 
Y
L
 
L
R
 
R
K
 
R
H
 
D
F
 
L
D
 
K
F
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
T
S
 
V
V
 
L
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
V
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
K
E
 
E
K
 
V
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
M
L
 
M
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
I
S
 
T
S
 
I
D
 
N
E
 
E
R
 
N
G
 
G
N
 
E
-
 
E
Y
 
V
G
 
G
Y
 
V
H
 
S
T
 
T
M
 
E
R
 
I
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
E
 
H
E
 
E
I
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
K
L
 
L
T
x
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
 
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
D
P
 
A
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
R
V
 
V
Q
 
T
E
 
A
E
 
L
A
 
A
T
 
S
K
 
E
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
R
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
E
N
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
-
 
I
L
 
L
G
 
S
A
 
A
C
 
A
V
 
M
L
 
L
M
 
L
L
 
K
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
I
I
 
E
A
 
D
A
 
A
Q
 
V
D
 
V
R
 
D
I
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
K
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
I
F
 
Y
T
 
S
Q
 
P
G
 
G
E
 
N
E
 
K
I
 
L
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Q56268 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Acidithiobacillus ferrooxidans (Thiobacillus ferrooxidans) (see paper)
41% identity, 90% coverage: 10:337/363 of query aligns to 3:345/358 of Q56268

query
sites
Q56268
R
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
I
I
 
F
P
 
A
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
R
K
 
Q
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
H
 
A
V
 
V
A
 
D
K
 
Q
I
 
A
Q
 
A
G
 
H
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
R
V
 
C
D
 
T
Y
 
E
G
 
G
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
A
L
 
S
G
 
D
S
 
D
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
A
 
A
T
 
S
T
 
L
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
D
 
M
G
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
W
-
 
D
-
 
A
-
 
Y
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
|
R
K
 
K
H
 
G
F
 
L
D
 
D
F
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
A
R
 
Q
S
 
I
V
 
F
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
L
I
 
V
Q
 
R
G
 
D
L
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
L
S
 
E
S
 
V
D
 
I
E
 
D
R
 
G
G
 
K
N
 
R
Y
 
R
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
M
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
D
D
 
E
E
 
D
E
 
E
I
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
R
Q
 
A
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
Q
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
 
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
H
 
T
L
 
T
H
 
R
-
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
R
K
 
D
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
R
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
R
N
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
E
G
 
G
F
 
R
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
V
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
R
Q
 
H
W
 
S
G
 
L
E
 
N
V
 
A
Q
 
E
A
 
P
-
 
W
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
I
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
V
D
 
Q
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
D
K
 
Q
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
D
 
D
L
 
I
F
 
A
T
 
A
Q
 
P
G
 
G
E
 
T
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
G
N
 
T
T
 
K
A
 
A

1a05A Crystal structure of the complex of 3-isopropylmalate dehydrogenase from thiobacillus ferrooxidans with 3-isopropylmalate (see paper)
41% identity, 90% coverage: 10:337/363 of query aligns to 3:345/357 of 1a05A

query
sites
1a05A
R
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
I
I
 
F
P
 
A
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
R
K
 
Q
I
 
V
L
 
L
Q
 
D
H
 
A
V
 
V
A
 
D
K
 
Q
I
 
A
Q
 
A
G
 
H
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
R
V
 
C
D
 
T
Y
 
E
G
 
G
W
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
Q
 
A
L
 
S
G
 
D
S
 
D
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
A
 
A
T
 
S
T
 
L
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
D
 
M
G
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
I
F
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
W
-
 
D
-
 
A
-
 
Y
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
|
R
K
 
K
H
 
G
F
 
L
D
 
D
F
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
A
R
 
Q
S
 
I
V
 
F
N
 
P
S
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
A
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
L
I
 
V
Q
 
R
G
 
D
L
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
L
S
 
E
S
 
V
D
 
I
E
 
D
R
 
G
G
 
K
N
 
R
Y
 
R
G
 
G
Y
 
F
H
 
N
T
 
T
M
 
M
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
D
D
 
E
E
 
D
E
 
E
I
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
R
Q
 
A
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
Q
L
 
L
T
 
C
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
H
 
T
L
 
T
H
 
R
-
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
V
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
R
K
 
D
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
R
V
 
L
E
 
S
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
R
N
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
A
G
 
S
A
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
E
G
 
G
F
 
R
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
L
G
 
A
T
 
T
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
V
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
R
Q
 
H
W
 
S
G
 
L
E
 
N
V
 
A
Q
 
E
A
 
P
-
 
W
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
I
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
V
D
 
Q
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
D
K
 
Q
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
D
 
D
L
 
I
F
 
A
T
 
A
Q
 
P
G
 
G
E
 
T
E
 
P
I
 
V
L
 
I
V
 
G
N
 
T
T
 
K
A
 
A

1cnzA 3-isopropylmalate dehydrogenase (ipmdh) from salmonella typhimurium (see paper)
42% identity, 88% coverage: 8:325/363 of query aligns to 4:339/363 of 1cnzA

query
sites
1cnzA
S
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
E
 
A
A
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
M
Q
 
D
H
 
A
V
 
V
A
 
R
K
 
S
I
 
R
Q
 
F
G
 
D
F
 
M
T
 
R
L
 
I
Q
 
T
V
 
T
D
 
S
Y
 
H
G
 
Y
W
 
D
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
I
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
N
L
 
H
G
 
G
S
 
H
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
K
A
 
A
T
 
T
T
 
V
E
 
E
L
 
G
C
 
C
D
 
E
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
S
 
E
Q
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
H
F
 
F
D
 
K
F
 
L
F
 
F
C
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
L
V
 
Y
N
 
Q
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
A
K
 
F
S
 
C
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
A
E
 
D
-
 
I
K
 
A
I
 
A
Q
 
N
G
 
G
L
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
E
S
 
G
D
 
S
E
 
G
R
 
Q
G
 
Y
N
 
E
Y
 
K
G
 
A
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
R
E
 
F
E
 
E
I
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
I
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
R
L
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
I
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
Q
P
 
S
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
D
E
 
V
A
 
A
T
 
K
K
 
T
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
A
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
K
N
 
D
P
 
P
Q
 
S
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
C
G
 
A
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
N
A
 
E
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
N
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
T
 
Q
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
L
V
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
Q
 
R
Q
 
Y
W
 
S
G
 
L
E
 
D
V
 
A
Q
 
N
-
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
Q
 
A
I
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
A
Q
 
I
D
 
N
R
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
E
G
 
G
Y
 
V
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
L

P37412 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
42% identity, 88% coverage: 8:325/363 of query aligns to 4:339/363 of P37412

query
sites
P37412
S
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
M
E
 
A
A
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
M
Q
 
D
H
 
A
V
 
V
A
 
R
K
 
S
I
 
R
Q
 
F
G
 
D
F
 
M
T
 
R
L
 
I
Q
 
T
V
 
T
D
 
S
Y
 
H
G
 
Y
W
 
D
L
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
I
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
N
L
 
H
G
 
G
S
 
H
Y
 
P
F
 
L
P
 
P
Q
 
K
A
 
A
T
 
T
T
 
V
E
 
E
L
 
G
C
 
C
D
 
E
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
S
-
 
Q
-
 
P
S
 
E
Q
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
P
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
H
F
 
F
D
 
K
F
 
L
F
 
F
C
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
L
V
 
Y
N
 
Q
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
A
K
 
F
S
 
C
S
 
P
L
 
L
R
 
R
P
 
A
E
 
D
-
 
I
K
 
A
I
 
A
Q
 
N
G
 
G
L
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
Q
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
E
S
 
G
D
 
S
E
 
G
R
 
Q
G
 
Y
N
 
E
Y
 
K
G
 
A
Y
 
F
H
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
R
E
 
F
E
 
E
I
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
I
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
R
L
 
K
L
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
I
H
 
D
K
 
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
-
 
Q
P
 
S
H
 
S
L
 
I
H
 
L
W
 
W
T
 
R
R
 
E
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
D
E
 
V
A
 
A
T
 
K
K
 
T
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
E
V
 
L
E
 
A
P
 
H
M
 
M
L
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
L
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
I
L
 
K
N
 
D
P
 
P
Q
 
S
R
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
E
G
 
C
G
 
A
A
 
M
L
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
N
A
 
E
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
A
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
N
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
A
T
 
Q
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
L
V
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
Q
 
R
Q
 
Y
W
 
S
G
 
L
E
 
D
V
 
A
Q
 
N
-
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
Q
 
A
I
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
A
Q
 
I
D
 
N
R
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
E
G
 
G
Y
 
V
R
 
R
T
 
T
A
 
G
D
 
D
L
 
L

2y42D Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with nadh and mn (see paper)
40% identity, 83% coverage: 8:308/363 of query aligns to 1:312/355 of 2y42D

query
sites
2y42D
S
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
R
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
Y
D
 
E
Y
 
V
G
 
F
W
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
A
L
 
F
G
 
G
S
 
E
Y
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
T
 
T
T
 
R
E
 
K
L
 
G
C
 
V
D
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
E
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
x
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
R
-
 
K
-
 
I
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
S
F
 
Q
D
 
D
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
V
V
 
F
N
 
P
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
R
K
 
L
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
I
I
 
A
Q
 
R
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
M
S
 
S
S
 
E
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
A
Y
 
W
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
H
L
 
V
T
 
V
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
-
 
V
H
 
G
L
 
E
H
 
F
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
G
T
 
R
K
 
G
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
Q
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
A
L
 
M
A
 
A
M
 
M
Q
 
H
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
A
G
 
S
A
 
V
L
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
R
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
V
H
|
H
G
|
G
T
 
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
E
Q
 
H
-
 
A
W
 
F
G
 
G
E
 
L
V
 
V
Q
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
K
I
 
V

2y41A Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with ipm and mn (see paper)
40% identity, 83% coverage: 8:308/363 of query aligns to 1:312/346 of 2y41A

query
sites
2y41A
S
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
R
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
Y
D
 
E
Y
 
V
G
 
F
W
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
A
L
 
F
G
 
G
S
 
E
Y
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
T
 
T
T
 
R
E
 
K
L
 
G
C
 
V
D
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
E
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
R
-
 
K
-
 
I
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
L
R
|
R
K
 
K
H
 
S
F
 
Q
D
 
D
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
V
V
 
F
N
 
P
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
R
K
 
L
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
I
I
 
A
Q
 
R
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
M
S
 
S
S
 
E
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
A
Y
 
W
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
H
L
 
V
T
 
V
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
-
 
V
H
 
G
L
 
E
H
 
F
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
G
T
 
R
K
 
G
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
Q
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
A
L
 
M
A
 
A
M
 
M
Q
 
H
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
A
G
 
S
A
 
V
L
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
R
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
V
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
E
Q
 
H
-
 
A
W
 
F
G
 
G
E
 
L
V
 
V
Q
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
K
I
 
V

2ztwA Structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with the inhibitor and NAD+ (see paper)
40% identity, 82% coverage: 10:308/363 of query aligns to 2:311/345 of 2ztwA

query
sites
2ztwA
R
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
R
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
Y
D
 
E
Y
 
V
G
 
F
W
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
A
L
 
F
G
 
G
S
 
E
Y
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
T
 
T
T
 
R
E
 
K
L
 
G
C
 
V
D
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
E
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
R
-
 
K
-
 
I
-
 
R
S
 
P
Q
 
E
G
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
S
F
 
Q
D
 
D
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
V
V
 
F
N
 
P
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
R
K
 
L
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
I
I
 
A
Q
 
R
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
M
S
 
S
S
 
E
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
A
Y
 
W
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
H
L
 
V
T
 
V
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
-
 
V
H
 
G
L
 
E
H
 
F
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
x
G
T
 
R
K
 
G
F
x
Y
P
 
P
N
 
D
V
|
V
I
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
Q
L
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
A
L
 
M
A
 
A
M
 
M
Q
 
H
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
A
G
 
S
A
 
V
L
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
R
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
V
H
|
H
G
|
G
T
 
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
E
Q
 
H
-
 
A
W
 
F
G
 
G
E
 
L
V
 
V
Q
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
K
I
 
V

Q5SIY4 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
40% identity, 82% coverage: 10:308/363 of query aligns to 2:311/345 of Q5SIY4

query
sites
Q5SIY4
R
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
T
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
R
H
 
A
V
 
L
A
 
D
K
 
E
I
 
A
Q
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
Y
D
 
E
Y
 
V
G
 
F
W
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
G
T
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
D
Q
 
A
L
 
F
G
 
G
S
 
E
Y
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
T
 
T
T
 
R
E
 
K
L
 
G
C
 
V
D
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
E
G
 
A
I
 
V
V
 
L
F
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
-
 
G
-
x
G
-
x
P
-
x
K
-
x
W
-
x
D
-
x
G
-
x
L
-
x
P
-
x
R
-
x
K
-
x
I
-
x
R
S
x
P
Q
x
E
G
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
L
R
 
R
K
 
K
H
 
S
F
 
Q
D
 
D
F
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
A
R
 
K
S
 
V
V
 
F
N
 
P
S
 
G
L
 
L
L
 
E
H
 
R
K
 
L
S
 
S
S
 
P
L
 
L
R
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
I
I
 
A
Q
 
R
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
T
S
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
-
 
E
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
M
S
 
S
S
 
E
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
A
Y
 
W
H
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
S
D
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
V
R
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
K
 
V
A
 
A
L
 
F
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
K
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
H
L
 
V
T
 
V
V
 
S
A
 
V
H
 
D
K
 
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
E
-
 
V
H
 
G
L
 
E
H
 
F
W
 
W
T
 
R
R
 
K
L
 
T
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
G
T
 
R
K
 
G
F
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
V
I
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
H
M
 
Q
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
N
 
A
L
 
M
A
 
A
M
 
M
Q
 
H
M
 
L
V
 
V
L
 
R
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
A
G
 
S
A
 
V
L
 
L
V
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
N
 
G
A
 
-
N
 
R
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
 
V
H
 
H
G
|
G
T
x
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
|
A
G
|
G
L
x
K
G
|
G
I
|
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
E
Q
 
H
-
 
A
W
 
F
G
 
G
E
 
L
V
 
V
Q
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
K
I
 
V

4yb4A Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from thermus thermophilus in complex with homoisocitrate, magnesium ion (ii) and nadh
37% identity, 88% coverage: 8:325/363 of query aligns to 1:313/333 of 4yb4A

query
sites
4yb4A
S
 
A
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
V
 
C
A
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
H
E
 
E
V
 
V
V
 
I
E
 
P
A
 
A
S
 
A
L
 
R
K
 
R
I
 
V
L
 
L
Q
 
E
H
 
A
V
 
T
A
 
G
K
 
L
I
 
P
Q
 
L
G
 
E
F
 
F
T
 
-
L
 
V
Q
 
E
V
 
A
D
 
E
Y
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
A
 
T
F
 
F
E
 
E
Q
 
R
L
 
R
G
 
G
S
 
T
Y
 
S
F
 
V
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
V
E
 
E
L
 
K
C
 
I
D
 
L
G
 
S
A
 
C
D
 
H
G
 
A
I
 
T
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
A
V
x
A
S
x
T
Q
x
S
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
K
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
F
-
 
F
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
x
R
E
 
Y
L
 
L
R
|
R
K
 
R
H
 
R
F
 
L
D
 
D
F
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
V
R
|
R
P
 
P
I
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
H
 
A
K
 
K
S
 
S
S
 
R
L
 
P
R
 
V
P
 
P
E
 
G
K
 
S
I
 
R
Q
 
P
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
N
V
 
T
S
 
E
G
 
G
I
 
L
Y
|
Y
F
 
V
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
S
 
E
D
 
Q
E
 
E
R
 
R
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
-
Y
 
-
H
 
-
T
 
-
M
 
-
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
L
D
 
D
E
 
V
E
 
A
I
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
S
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
G
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
R
Q
 
I
A
 
A
Q
 
E
Y
 
G
R
 
R
-
 
P
R
 
R
G
 
K
L
 
T
L
 
L
T
 
H
V
 
I
A
 
A
H
 
H
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
T
H
 
Q
-
 
G
-
 
L
W
 
F
T
 
L
R
 
D
L
 
T
V
 
V
Q
 
K
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
K
K
 
D
F
 
F
P
 
P
N
 
L
V
 
V
I
 
N
V
 
V
E
 
Q
P
 
D
M
 
I
L
x
I
V
 
V
D
|
D
N
|
N
L
 
C
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
M
N
 
R
P
 
P
Q
 
E
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
G
I
x
L
G
 
G
L
 
L
L
 
A
G
 
P
S
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
I
N
 
G
A
 
-
N
 
D
G
 
T
F
 
T
G
 
A
L
 
V
Y
 
F
E
|
E
A
 
P
I
 
V
H
|
H
G
|
G
T
x
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
D
Q
 
Y
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
V
I
 
E
A
 
K
A
 
A
Q
 
V
D
 
D
R
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
R
G
 
G
Y
 
P
R
 
R
T
 
T
A
 
P
D
|
D
L
 
L

3asjB Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase in complex with a designed inhibitor (see paper)
37% identity, 88% coverage: 8:325/363 of query aligns to 1:313/333 of 3asjB

query
sites
3asjB
S
 
A
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
V
 
C
A
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
E
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
H
E
 
E
V
 
V
V
 
I
E
 
P
A
 
A
S
 
A
L
 
R
K
 
R
I
 
V
L
 
L
Q
 
E
H
 
A
V
 
T
A
 
G
K
 
L
I
 
P
Q
 
L
G
 
E
F
 
F
T
 
-
L
 
V
Q
 
E
V
 
A
D
 
E
Y
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
A
 
T
F
 
F
E
 
E
Q
 
R
L
 
R
G
 
G
S
 
T
Y
 
S
F
 
V
P
 
P
Q
 
E
A
 
E
T
 
T
T
 
V
E
 
E
L
 
K
C
 
I
D
 
L
G
 
S
A
 
C
D
 
H
G
 
A
I
 
T
V
 
L
F
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
T
Q
 
S
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
K
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
F
-
 
F
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
x
R
E
 
Y
L
 
L
R
 
R
K
 
R
H
 
R
F
 
L
D
 
D
F
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
V
R
|
R
P
 
P
I
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
H
 
A
K
 
K
S
 
S
S
 
R
L
 
P
R
 
V
P
 
P
E
 
G
K
 
S
I
 
R
Q
 
P
G
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
L
L
 
V
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
N
V
 
T
S
 
E
G
 
G
I
 
L
Y
|
Y
F
 
V
G
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
S
 
E
D
 
Q
E
 
E
R
 
R
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
-
Y
 
-
H
 
-
T
 
-
M
 
-
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
L
D
 
D
E
 
V
E
 
A
I
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
S
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
G
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
R
Q
 
I
A
 
A
Q
 
E
Y
 
G
R
 
R
-
 
P
R
 
R
G
 
K
L
 
T
L
 
L
T
 
H
V
 
I
A
 
A
H
 
H
K
|
K
E
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
L
L
 
T
H
 
Q
-
 
G
-
 
L
W
 
F
T
 
L
R
 
D
L
 
T
V
 
V
Q
 
K
E
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
K
K
 
D
F
 
F
P
 
P
N
 
L
V
 
V
I
 
N
V
 
V
E
 
Q
P
 
D
M
 
I
L
 
I
V
 
V
D
|
D
N
 
N
L
 
C
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
M
 
L
V
 
V
L
 
M
N
 
R
P
 
P
Q
 
E
R
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
G
I
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
A
G
 
P
S
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
I
N
 
G
A
 
-
N
 
D
G
 
T
F
 
T
G
 
A
L
 
V
Y
 
F
E
 
E
A
 
P
I
x
V
H
 
H
G
 
G
T
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
T
G
 
A
T
 
A
L
 
I
G
 
L
A
 
S
C
 
A
V
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
Q
 
D
Q
 
Y
W
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
I
 
V
I
 
E
A
 
K
A
 
A
Q
 
V
D
 
D
R
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
E
K
 
R
G
 
G
Y
 
P
R
 
R
T
 
T
A
 
P
D
 
D
L
 
L

Query Sequence

>WP_012409012.1 NCBI__GCF_000020025.1:WP_012409012.1
MESLSKASYRIVAIPGEGIGPEVVEASLKILQHVAKIQGFTLQVDYGWLGATAFEQLGSY
FPQATTELCDGADGIVFGAVSQGGLLELRKHFDFFCNLRPIRSVNSLLHKSSLRPEKIQG
LDILIVRELVSGIYFGPSGRSSDERGNYGYHTMRYYDEEIRRIARKALEQAQYRRGLLTV
AHKENALPHLHWTRLVQEEATKFPNVIVEPMLVDNLAMQMVLNPQRFDVILASNLFGDIL
SDIGGALVGSIGLLGSASLNANGFGLYEAIHGTAPDIAGLGIANPLGTLGACVLMLQQWG
EVQAAQQIIAAQDRILAKGYRTADLFTQGEEILVNTATLVDLLLEELSVVQHSQLGVLHE
SRK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory