SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012465441.1 NCBI__GCF_000020465.1:WP_012465441.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1bxrA Structure of carbamoyl phosphate synthetase complexed with the atp analog amppnp (see paper)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1073 of 1bxrA

query
sites
1bxrA
M
 
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
x
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
x
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
x
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
E
C
 
S
L
|
L
V
x
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
|
M
G
|
G
V
 
I
H
|
H
T
|
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
|
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
 
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
|
R
V
 
V
S
 
S
R
|
R
S
|
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
|
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
x
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

P00968 Carbamoyl phosphate synthase large chain; Carbamoyl phosphate synthetase ammonia chain; EC 6.3.4.16; EC 6.3.5.5 from Escherichia coli (strain K12) (see 6 papers)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1073 of P00968

query
sites
P00968
M
|
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
 
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
 
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
|
E
C
 
S
L
|
L
V
 
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
 
M
G
|
G
V
x
I
H
|
H
T
 
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
 
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
S
R
 
R
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
 
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1t36A Crystal structure of e. Coli carbamoyl phosphate synthetase small subunit mutant c248d complexed with uridine 5'-monophosphate (see paper)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1058 of 1t36A

query
sites
1t36A
M
 
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
x
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
x
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
x
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
|
E
C
 
S
L
|
L
V
x
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
|
M
G
|
G
V
x
I
H
|
H
T
 
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
|
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
|
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
|
R
V
 
V
S
 
S
R
|
R
S
|
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
|
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
x
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1c3oA Crystal structure of the carbamoyl phosphate synthetase: small subunit mutant c269s with bound glutamine (see paper)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1058 of 1c3oA

query
sites
1c3oA
M
 
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
x
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
x
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
x
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
E
C
 
S
L
|
L
V
x
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
|
M
G
|
G
V
 
I
H
|
H
T
|
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
|
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
|
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
|
R
V
 
V
S
 
S
R
|
R
S
|
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
|
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
x
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1a9xA Carbamoyl phosphate synthetase: caught in the act of glutamine hydrolysis (see paper)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1058 of 1a9xA

query
sites
1a9xA
M
 
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
N
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
x
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
x
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
x
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
E
C
 
S
L
|
L
V
 
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
|
M
G
|
G
V
x
I
H
|
H
T
|
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
|
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
|
R
V
 
V
S
 
S
R
|
R
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
|
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
x
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1ce8A Carbamoyl phosphate synthetase from escherichis coli with complexed with the allosteric ligand imp (see paper)
63% identity, 99% coverage: 1:488/495 of query aligns to 1:479/1058 of 1ce8A

query
sites
1ce8A
M
 
M
P
 
P
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
S
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
L
 
N
V
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
P
 
P
I
 
I
T
 
H
P
 
W
E
 
E
Y
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
A
V
 
L
T
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
Q
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
E
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
T
L
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
|
R
E
 
R
F
 
R
F
 
F
S
 
D
D
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
A
R
 
H
N
 
T
E
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
A
E
 
D
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
C
V
x
I
I
 
I
R
|
R
P
 
P
S
 
S
F
 
F
T
 
T
L
x
M
G
|
G
G
|
G
T
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
R
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
D
E
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
S
x
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
E
C
 
S
L
|
L
V
x
I
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
|
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
M
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
K
A
 
N
D
 
D
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
A
M
|
M
G
|
G
V
x
I
H
|
H
T
 
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
K
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
 
R
D
 
N
A
 
A
S
 
S
I
 
M
R
 
A
I
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
|
N
I
 
V
Q
|
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
V
 
V
I
|
I
E
|
E
M
 
M
N
|
N
P
 
P
R
|
R
V
 
V
S
 
S
R
|
R
S
|
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
M
N
 
N
D
|
D
I
 
I
T
 
T
K
 
G
S
 
G
-
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
A
N
 
G
V
 
A
D
 
N
A
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
T
V
x
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
Q
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
V
G
 
G
R
 
A
A
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
P
K
 
K
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
S
M
 
L
T
 
D
Q
 
D
Q
 
P
Q
 
E
K
 
A
M
 
L
F
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
R
E
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
V
 
D
P
 
A
K
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
W
Y
 
Y
L
 
I
R
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
G
V
 
V
H
 
F
Q
 
N
S
 
L
T
 
T
K
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
V
N
 
Q
I
 
I
R
 
E
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
R
F
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
L
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Q42601 Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain, chloroplastic; CPS; CPSase; Ammonium-dependent carbamoyl phosphate synthetase; Arginine-specific carbamoyl phosphate synthetase, ammonia chain; Glutamine-dependent carbamoyl phosphate synthetase; Protein VENOSA 3; EC 6.3.4.16; EC 6.3.5.5 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
62% identity, 98% coverage: 3:485/495 of query aligns to 94:567/1187 of Q42601

query
sites
Q42601
K
 
K
R
 
R
E
 
T
D
 
D
I
 
L
Q
 
K
S
 
K
I
 
I
L
 
M
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
C
 
C
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
E
V
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
I
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
M
 
M
T
 
T
D
 
D
I
x
P
E
 
E
M
 
T
A
 
A
D
 
N
A
 
R
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
E
 
A
P
 
P
I
 
M
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Y
 
L
V
 
V
R
 
E
K
 
Q
I
 
V
I
 
I
E
 
E
K
 
K
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
T
M
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
G
 
G
I
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
N
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
 
E
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
K
K
 
K
A
 
A
E
 
E
N
 
D
R
 
R
E
 
E
F
 
L
F
 
F
S
 
K
D
 
D
A
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
N
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
K
M
 
T
A
 
P
K
 
P
G
 
S
F
 
G
F
 
I
V
 
G
R
 
T
N
 
T
E
 
L
K
 
D
E
 
E
A
 
C
R
 
F
E
 
D
A
 
I
L
 
A
E
 
E
E
 
K
I
 
I
G
 
G
-
 
E
L
 
F
P
 
P
I
 
L
V
 
I
I
 
I
R
 
R
P
 
P
S
 
A
F
 
F
T
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
I
A
 
A
E
 
Y
T
 
N
K
 
K
S
 
E
D
 
E
Y
 
F
Y
 
E
E
 
S
A
 
I
V
 
C
R
 
K
R
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
A
S
 
S
P
 
A
I
 
T
S
 
S
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
E
 
E
E
 
K
C
 
S
L
 
L
V
 
L
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
 
E
F
 
Y
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
V
I
 
M
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
C
 
C
S
 
S
I
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
I
D
 
D
P
 
P
M
 
M
G
 
G
V
 
V
H
 
H
T
 
T
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
T
D
 
D
R
 
R
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
Y
S
 
S
I
 
I
R
 
A
I
 
I
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
C
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
N
I
 
V
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
I
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
V
N
 
D
G
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
M
V
 
I
I
 
I
E
 
E
M
 
M
N
 
N
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
S
R
 
R
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
P
 
P
I
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
M
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
S
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
I
 
I
L
 
P
N
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
R
S
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
A
S
 
S
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
C
 
V
V
 
V
V
 
T
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
F
D
 
A
F
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
K
 
P
N
 
G
V
 
S
D
 
Q
A
 
P
R
 
L
L
 
L
G
 
T
V
 
T
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
S
M
 
M
A
 
A
F
 
L
G
 
G
R
 
R
N
 
T
F
 
F
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
S
L
 
L
E
 
E
I
 
C
G
 
G
R
 
F
A
 
S
G
 
G
L
 
W
G
 
G
A
 
C
D
 
A
G
 
K
K
 
-
D
 
-
I
 
-
M
 
I
N
 
K
V
 
E
V
 
L
D
 
D
M
 
W
T
 
D
Q
 
W
Q
 
D
Q
 
Q
K
 
L
M
 
K
F
 
Y
A
 
S
K
 
-
E
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
I
 
L
K
 
R
V
 
V
P
 
P
K
 
N
A
 
P
D
 
D
R
 
R
M
 
I
F
 
H
Y
 
A
L
 
I
R
 
Y
Y
 
A
A
 
A
F
 
M
Q
 
K
A
 
K
G
 
G
A
 
M
T
 
K
V
 
I
D
 
D
E
 
E
V
 
I
H
 
Y
Q
 
E
S
 
L
T
 
S
K
 
M
I
 
V
D
 
D
P
 
K
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
T
N
 
Q
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
D
F
 
V
E
 
E
A
 
Q
E
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P03965 Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain; CPS; CPSase; CPSase-arg; Ammonium-dependent carbamoyl phosphate synthetase; Arginine-specific carbamoyl phosphate synthetase, ammonia chain; Carbamoyl phosphate synthase A; CPS-A; Glutamine-dependent carbamoyl phosphate synthetase; EC 6.3.4.16; EC 6.3.5.5 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
46% identity, 98% coverage: 5:491/495 of query aligns to 26:495/1118 of P03965

query
sites
P03965
E
 
E
D
 
G
I
 
V
Q
 
N
S
 
S
I
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
G
I
 
L
V
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
G
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
D
G
 
N
Y
 
K
R
 
F
V
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
P
N
 
N
P
 
I
A
 
A
T
 
T
I
 
N
M
 
Q
T
 
T
D
 
S
I
 
H
E
 
S
M
 
L
A
 
A
D
 
D
A
 
K
T
 
I
Y
 
Y
I
 
Y
E
 
L
P
 
P
I
 
V
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Y
 
Y
V
 
I
R
 
T
K
 
Y
I
 
I
I
 
I
E
 
E
K
 
L
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
I
L
 
L
P
 
L
T
 
T
M
 
F
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
G
V
 
V
T
 
A
L
 
L
A
 
D
E
 
E
S
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
L
E
 
A
R
 
K
N
 
Y
G
 
N
V
 
V
E
 
K
L
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
K
A
 
T
I
 
L
R
 
I
K
 
T
A
 
S
E
 
E
N
 
D
R
 
R
E
 
D
F
 
L
F
 
F
S
 
A
D
 
S
A
 
A
M
 
L
K
 
K
K
 
D
I
 
I
G
 
N
L
 
I
E
 
P
M
 
I
A
 
A
K
 
E
G
 
S
F
 
F
F
 
A
V
 
C
R
 
E
N
 
T
E
 
V
K
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
E
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
E
E
 
R
I
 
V
G
 
K
L
 
Y
P
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
V
R
 
R
P
 
S
S
 
A
F
 
Y
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
G
G
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
N
T
 
N
K
 
A
S
 
S
D
 
E
Y
 
M
Y
 
K
E
 
E
A
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
Q
G
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
L
S
 
A
P
 
P
I
 
-
S
 
-
E
 
Q
V
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
E
 
K
C
 
S
L
|
L
V
 
K
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
 
E
F
 
V
E
 
E
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
R
A
 
V
D
 
G
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
T
V
 
V
C
 
C
S
 
N
I
 
M
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
P
M
 
L
G
 
G
V
 
V
H
|
H
T
 
T
G
 
G
D
|
D
S
 
S
I
 
M
T
 
V
V
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
S
D
 
D
R
 
E
Q
 
E
Y
 
F
Q
 
H
V
 
M
L
 
L
R
 
R
D
 
S
A
 
A
S
 
A
I
 
I
R
 
K
I
 
I
I
 
I
R
 
R
E
 
H
I
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
-
T
 
I
G
 
G
G
 
E
S
 
C
N
 
N
I
 
V
Q
 
Q
F
 
Y
A
 
A
I
 
L
N
 
Q
P
 
P
E
 
D
N
 
G
G
 
L
R
 
D
I
 
Y
V
 
R
V
 
V
I
|
I
E
 
E
M
 
V
N
 
N
P
 
A
R
 
R
V
 
L
S
 
S
R
 
R
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
P
 
P
I
 
L
A
 
A
K
 
Y
V
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
I
A
 
G
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
D
 
P
E
 
E
I
 
L
L
 
P
N
 
N
D
 
P
I
 
I
T
 
T
K
 
K
S
 
T
T
 
T
P
 
V
A
 
A
S
 
N
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
L
D
 
D
Y
 
Y
C
 
I
V
 
V
V
 
A
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
K
W
 
W
D
 
D
F
 
L
E
 
S
K
 
K
F
 
F
K
 
Q
N
 
Y
V
 
V
D
 
D
A
 
R
R
 
S
L
 
I
G
 
G
V
 
S
Q
 
S
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
N
F
 
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
Q
L
 
V
E
 
D
I
 
P
G
 
S
R
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
F
G
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
-
Q
 
Q
Q
 
G
Q
 
S
K
 
T
M
 
E
F
 
F
A
 
G
K
 
D
E
 
Q
D
 
-
I
 
L
L
 
D
E
 
E
K
 
A
I
 
L
K
 
R
V
 
T
P
 
P
K
 
T
A
 
D
D
 
R
R
 
R
M
 
V
F
 
L
Y
 
A
L
 
I
R
 
G
Y
 
Q
A
 
A
F
 
L
-
 
I
Q
 
H
A
 
E
G
 
N
A
 
Y
T
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
R
V
 
V
H
 
N
Q
 
E
S
 
L
T
 
S
K
 
K
I
 
I
D
 
D
P
 
K
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
Y
N
 
K
I
 
C
R
 
M
Q
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
N
F
 
I
E
 
Y
A
 
K
E
 
E
L
 
L
R
 
E
E
 
S
L
 
V
A
 
K
A
 
S
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P05990 Multifunctional protein r; Protein rudimentary; EC 6.3.5.5; EC 3.5.1.2; EC 6.3.4.16; EC 2.1.3.2; EC 3.5.2.3 from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (see 2 papers)
44% identity, 98% coverage: 1:485/495 of query aligns to 402:865/2224 of P05990

query
sites
P05990
M
 
M
P
 
P
K
 
R
R
 
K
E
 
-
D
 
-
I
 
-
Q
 
-
S
 
-
I
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
G
I
 
L
V
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
C
 
G
E
 
E
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
C
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
M
K
 
R
E
 
E
D
 
S
G
 
N
Y
 
I
R
 
Q
V
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
I
N
 
N
S
 
P
N
 
N
P
 
I
A
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
Q
T
 
T
D
 
S
I
 
K
E
 
G
M
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
K
T
 
C
Y
 
Y
I
 
F
E
 
L
P
 
P
I
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
H
Y
 
Y
V
 
V
R
 
E
K
 
Q
I
 
V
I
 
I
E
 
K
K
 
S
E
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
V
L
 
L
P
 
L
T
 
T
M
 
F
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
C
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
L
 
L
A
 
E
E
 
R
S
 
A
G
 
G
I
 
V
L
 
F
E
 
S
R
 
K
N
 
Y
G
 
N
V
 
V
E
 
R
L
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
Q
A
 
S
I
 
I
R
 
I
K
 
E
A
 
T
E
 
E
N
 
D
R
 
R
E
 
K
F
 
L
F
 
F
S
 
A
D
 
E
A
 
R
M
 
V
K
 
N
K
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
E
E
 
Q
M
 
V
A
 
A
K
 
P
G
 
S
F
 
E
F
 
A
V
 
V
R
 
Y
N
 
S
E
 
V
K
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
L
E
 
D
A
 
A
L
 
A
E
 
S
E
 
R
I
 
L
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
I
 
V
V
 
M
I
 
A
R
 
R
P
 
A
S
 
A
F
 
F
T
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
G
G
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
N
T
 
N
K
 
E
S
 
E
D
 
E
Y
 
L
Y
 
Q
E
 
S
A
 
L
V
 
A
R
 
Q
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
H
S
 
S
P
 
-
I
 
-
S
 
S
E
 
Q
V
 
L
L
 
I
V
 
V
E
 
D
E
 
K
C
 
S
L
 
L
V
 
K
G
 
G
W
 
W
K
 
K
E
 
E
F
 
V
E
 
E
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
A
A
 
Y
D
 
N
N
 
N
V
 
C
I
 
I
I
 
T
V
 
V
C
 
C
S
 
N
I
 
M
E
 
E
N
 
N
V
 
F
D
 
D
P
 
P
M
 
L
G
 
G
V
 
I
H
 
H
T
 
T
G
 
G
D
 
E
S
 
S
I
 
I
T
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
T
 
S
D
 
D
R
 
R
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
M
L
 
L
R
 
R
D
 
S
A
 
T
S
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
V
I
 
I
R
 
R
E
 
H
I
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
-
T
 
V
G
 
G
G
 
E
S
 
C
N
 
N
I
 
I
Q
 
Q
F
 
Y
A
 
A
I
 
L
N
 
C
P
 
P
E
 
H
N
 
S
G
 
E
R
 
Q
I
 
Y
V
 
Y
V
 
I
I
 
I
E
 
E
M
 
V
N
 
N
P
 
A
R
 
R
V
 
L
S
 
S
R
 
R
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
P
 
P
I
 
L
A
 
A
K
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
L
G
 
G
Y
 
L
T
 
P
L
 
L
D
 
P
E
 
D
I
 
I
L
 
K
N
 
N
D
 
S
I
 
V
T
 
T
K
 
G
S
 
N
T
 
T
P
 
T
A
 
A
S
 
C
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
S
I
 
L
D
 
D
Y
 
Y
C
 
C
V
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
R
W
 
W
D
 
D
F
 
L
E
 
A
K
 
K
F
 
F
K
 
V
N
 
R
V
 
V
D
 
S
A
 
K
R
 
H
L
 
I
G
 
G
V
 
S
Q
 
S
M
 
M
K
 
K
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
I
G
 
G
R