SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012502633.1 NCBI__GCF_000020505.1:WP_012502633.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9XBQ8 L-lysine 2,3-aminomutase; LAM; KAM; EC 5.4.3.2 from Clostridium subterminale (see paper)
57% identity, 95% coverage: 17:436/440 of query aligns to 11:416/416 of Q9XBQ8

query
sites
Q9XBQ8
E
 
D
T
 
V
T
 
S
P
 
D
S
 
A
D
 
D
W
 
W
S
 
N
D
 
D
W
 
W
R
 
R
W
 
W
Q
 
Q
M
 
V
R
 
R
H
 
N
S
 
R
I
 
I
R
 
E
D
 
T
L
 
V
D
 
E
T
 
E
F
 
L
E
 
K
R
 
K
L
 
Y
L
 
-
D
 
-
I
 
I
T
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
K
E
 
E
Q
 
E
R
 
E
K
 
E
A
 
G
F
 
V
G
 
A
E
 
Q
T
 
C
V
 
V
Q
 
K
K
 
S
F
 
L
P
 
R
M
 
M
S
 
A
T
 
I
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
L
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
P
D
 
N
D
 
D
M
 
-
E
 
P
N
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
F
 
R
L
 
K
Q
 
Q
S
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
T
P
 
A
L
 
L
E
|
E
L
 
L
K
 
N
I
 
K
M
 
A
K
 
A
G
 
A
D
 
D
M
 
L
A
 
E
D
|
D
P
 
P
L
 
L
H
 
H
E
 
E
D
 
D
E
 
T
D
 
D
S
 
S
P
 
P
A
 
V
P
 
P
C
 
G
V
 
L
T
 
T
H
 
H
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
V
 
I
S
 
T
N
 
D
T
 
M
C
 
C
P
 
S
M
 
M
Y
 
Y
C
 
C
R
|
R
H
 
H
C
 
C
T
 
T
R
|
R
K
x
R
R
|
R
K
 
F
V
 
A
G
 
G
D
 
Q
E
 
S
D
 
D
T
 
D
I
 
S
P
 
M
N
 
P
R
 
M
A
 
E
A
 
R
I
 
I
Q
 
D
A
 
K
G
 
A
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
R
 
R
N
 
N
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
D
|
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
D
|
D
P
 
A
F
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
S
D
 
D
E
 
E
M
 
T
L
 
L
D
 
E
W
 
Y
I
 
I
L
 
I
T
 
A
E
 
K
L
 
L
R
 
R
A
 
E
I
 
I
E
 
P
H
 
H
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
T
 
S
R
 
R
T
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
K
H
 
Y
Q
 
H
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
L
N
 
N
T
 
T
H
 
H
F
 
F
N
 
N
H
 
H
P
 
P
R
 
N
E
|
E
M
 
I
T
 
T
Q
 
E
S
 
E
A
 
S
R
 
T
N
 
R
A
 
A
L
 
C
A
 
Q
R
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
T
 
S
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
R
G
 
G
I
 
V
N
 
N
D
 
D
C
 
C
P
 
V
R
 
H
I
 
V
M
 
M
K
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
K
N
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
C
 
C
D
|
D
L
 
L
S
 
S
E
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
E
H
 
H
F
 
F
R
 
R
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
S
K
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
E
S
 
G
L
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
H
T
 
T
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
C
 
C
V
 
V
P
 
P
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
I
 
V
D
|
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
M
P
 
P
N
 
N
Y
 
Y
L
 
V
I
 
I
S
 
S
W
 
Q
S
 
S
T
 
H
N
 
D
K
 
K
V
 
V
V
 
I
L
 
L
R
 
R
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
T
T
 
T
Y
 
Y
K
 
S
E
 
E
P
 
P
D
 
I
S
 
N
Y
 
Y
E
 
T
P
 
P
T
 
G
F
 
C
C
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
N
C
 
C
T
 
D
E
 
V
C
 
C
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
T
D
 
G
A
 
K
E
 
K
Q
 
K
S
 
V
K
 
H
A
 
K
I
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
A
Q
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
-
D
 
-
H
 
N
D
 
G
Q
 
E
T
 
G
I
 
M
S
 
A
L
 
L
I
 
E
P
 
P
S
 
V
S
 
G
N
 
L
A
 
E
R
 
R
H
 
N
K
 
K
R
 
R
R
 
H
K
 
V
G
 
Q
E
 
E

2a5hB 2.1 angstrom x-ray crystal structure of lysine-2,3-aminomutase from clostridium subterminale sb4, with michaelis analog (l-alpha-lysine external aldimine form of pyridoxal-5'-phosphate). (see paper)
57% identity, 95% coverage: 17:432/440 of query aligns to 9:410/410 of 2a5hB

query
sites
2a5hB
E
 
D
T
 
V
T
 
S
P
 
D
S
 
A
D
 
D
W
 
W
S
 
N
D
 
D
W
 
W
R
 
R
W
 
W
Q
 
Q
M
 
V
R
 
R
H
 
N
S
 
R
I
 
I
R
 
E
D
 
T
L
 
V
D
 
E
T
 
E
F
 
L
E
 
K
R
 
K
L
 
Y
L
 
-
D
 
-
I
 
I
T
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
K
E
 
E
Q
 
E
R
 
E
K
 
E
A
 
G
F
 
V
G
 
A
E
 
Q
T
 
C
V
 
V
Q
 
K
K
 
S
F
 
L
P
 
R
M
 
M
S
 
A
T
 
I
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
L
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
P
D
 
N
D
 
D
M
 
-
E
 
P
N
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
F
 
R
L
 
K
Q
 
Q
S
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
T
P
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
K
 
N
I
 
K
M
 
A
K
 
A
G
 
A
D
 
D
M
 
L
A
 
E
D
 
D
P
 
P
L
|
L
H
 
H
E
 
E
D
 
D
E
 
T
D
 
D
S
 
S
P
 
P
A
 
V
P
 
P
C
 
G
V
 
L
T
|
T
H
 
H
R
|
R
Y
|
Y
P
 
P
D
 
D
R
|
R
V
 
V
L
|
L
L
 
L
L
 
L
V
 
I
S
 
T
N
 
D
T
 
M
C
|
C
P
 
S
M
 
M
Y
 
Y
C
|
C
R
 
R
H
|
H
C
|
C
T
|
T
R
|
R
K
 
R
R
 
R
K
 
F
V
 
A
G
 
G
D
 
Q
E
 
S
D
 
D
T
 
D
I
 
S
P
 
M
N
 
P
R
 
M
A
 
E
A
 
R
I
 
I
Q
 
D
A
 
K
G
 
A
I
 
I
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
R
 
R
N
 
N
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
D
 
D
V
 
V
L
|
L
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
D
 
D
P
 
A
F
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
S
D
 
D
E
 
E
M
 
T
L
 
L
D
 
E
W
 
Y
I
 
I
L
 
I
T
 
A
E
 
K
L
 
L
R
 
R
A
 
E
I
 
I
E
 
P
H
 
H
V
 
V
E
 
E
I
 
I
I
 
V
R
|
R
V
 
I
G
|
G
T
 
S
R
|
R
T
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
N
I
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
K
H
 
Y
Q
 
H
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
L
N
 
N
T
 
T
H
|
H
F
 
F
N
 
N
H
 
H
P
 
P
R
 
N
E
 
E
M
 
I
T
 
T
Q
 
E
S
 
E
A
 
S
R
 
T
N
 
R
A
 
A
L
 
C
A
 
Q
R
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
G
N
 
N
Q
|
Q
T
 
S
V
|
V
L
 
L
L
 
L
S
 
R
G
 
G
I
 
V
N
 
N
D
 
D
C
 
C
P
 
V
R
 
H
I
 
V
M
 
M
K
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
K
N
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
L
 
I
Y
|
Y
Q
 
Q
C
|
C
D
|
D
L
 
L
S
 
S
E
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
E
H
 
H
F
 
F
R
 
R
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
S
K
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
E
S
 
G
L
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
H
T
 
T
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
C
 
C
V
 
V
P
 
P
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
I
 
V
D
|
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
K
|
K
I
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
M
P
 
P
N
 
N
Y
 
Y
L
 
V
I
 
I
S
 
S
W
 
Q
S
 
S
T
 
H
N
 
D
K
 
K
V
 
V
V
 
I
L
 
L
R
 
R
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
T
T
 
T
Y
 
Y
K
 
S
E
 
E
P
 
P
D
 
I
S
 
N
Y
 
Y
E
 
T
P
 
P
T
 
G
F
x
C
C
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
N
C
|
C
T
 
D
E
 
V
C
|
C
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
T
D
 
G
A
 
K
E
 
K
Q
 
K
S
 
V
K
 
H
A
 
K
I
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
A
Q
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
-
D
 
-
H
 
N
D
 
G
Q
 
E
T
 
G
I
 
M
S
 
A
L
 
L
I
 
E
P
 
P
S
 
V
S
 
G
N
 
L
A
 
E
R
 
R
H
 
N
K
 
K
R
 
R

O34676 L-lysine 2,3-aminomutase; LAM; KAM; EC 5.4.3.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
51% identity, 94% coverage: 23:435/440 of query aligns to 26:429/471 of O34676

query
sites
O34676
W
 
W
S
 
N
D
 
D
W
 
W
R
 
L
W
 
W
Q
 
Q
M
 
L
R
 
T
H
 
H
S
 
T
I
 
V
R
 
R
D
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
D
F
 
L
E
 
K
R
 
K
L
 
V
L
 
-
D
 
-
I
 
I
T
 
N
L
 
L
S
 
T
D
 
E
E
 
D
Q
 
E
R
 
E
K
 
E
A
 
G
F
 
V
G
 
R
E
 
I
T
 
S
V
 
T
Q
 
K
K
 
T
F
 
I
P
 
P
M
 
L
S
 
N
T
 
I
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
A
S
 
S
L
 
L
I
 
M
N
 
D
T
 
P
D
 
D
D
 
N
M
 
P
E
 
R
N
 
C
D
 
-
P
 
P
V
 
V
F
 
R
L
 
M
Q
 
Q
S
 
S
V
 
V
P
 
P
S
 
L
P
 
S
L
 
E
E
 
E
L
 
M
K
 
H
I
 
K
M
 
T
K
 
K
G
 
Y
D
 
D
M
 
L
A
 
E
D
 
D
P
 
P
L
 
L
H
 
H
E
 
E
D
 
D
E
 
E
D
 
D
S
 
S
P
 
P
A
 
V
P
 
P
C
 
G
V
 
L
T
 
T
H
 
H
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
V
 
V
S
 
T
N
 
N
T
 
Q
C
 
C
P
 
S
M
 
M
Y
 
Y
C
 
C
R
 
R
H
 
Y
C
 
C
T
 
T
R
 
R
K
 
R
R
 
R
K
 
F
V
 
S
G
 
G
D
 
Q
E
 
I
D
 
G
T
 
M
I
 
G
P
 
V
N
 
P
R
 
K
A
 
K
A
 
Q
I
 
L
Q
 
D
A
 
A
G
 
A
I
 
I
D
 
A
Y
 
Y
I
 
I
R
 
R
N
 
E
T
 
T
P
 
P
Q
 
E
V
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
C
L
 
L
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
G
F
 
L
L
 
L
L
 
I
S
 
N
D
 
D
E
 
Q
M
 
I
L
 
L
D
 
E
W
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
K
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
S
I
 
I
E
 
P
H
 
H
V
 
L
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
G
T
 
T
R
 
R
T
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
F
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
H
L
 
L
V
 
C
A
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
K
K
 
K
H
 
Y
Q
 
H
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
L
N
 
N
T
 
T
H
 
H
F
 
F
N
 
N
H
 
T
P
 
S
R
 
I
E
 
E
M
 
M
T
 
T
Q
 
E
S
 
E
A
 
S
R
 
V
N
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
E
R
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
N
V
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
V
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
T
 
A
V
 
V
L
 
V
L
 
L
S
 
A
G
 
G
I
 
I
N
 
N
D
 
D
C
 
S
P
 
V
R
 
P
I
 
I
M
 
M
K
 
K
A
 
K
L
 
L
V
 
M
H
 
H
K
 
D
L
 
L
V
 
V
A
x
K
N
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
C
 
C
D
 
D
L
 
L
S
 
S
E
 
E
G
 
G
L
 
I
S
 
G
H
 
H
F
 
F
R
 
R
T
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
S
K
 
K
G
 
G
I
 
L
E
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
E
S
 
G
L
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
H
T
 
T
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
C
 
A
V
 
V
P
 
P
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
I
 
V
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
K
|
K
I
 
I
P
 
A
V
 
L
M
 
Q
P
 
P
N
 
N
Y
 
Y
L
 
V
I
 
L
S
 
S
W
 
Q
S
 
S
T
 
P
N
 
D
K
|
K
V
 
V
V
 
I
L
 
L
R
 
R
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
T
T
 
S
Y
 
Y
K
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
E
S
 
N
Y
 
Y
E
 
I
P
 
P
T
 
-
F
 
-
C
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
N
C
 
Q
T
 
A
E
 
D
C
 
A
D
 
Y
L
 
F
Q
 
E
L
 
S
N
 
V
F
 
F
-
 
P
E
 
E
D
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
K
S
 
K
K
 
E
A
 
P
I
 
I
G
 
G
V
 
L
Q
 
S
Q
 
A
L
 
I
L
 
F
A
 
A
D
 
D
H
 
K
D
 
E
Q
 
-
T
 
-
I
 
V
S
 
S
L
 
F
I
 
T
P
 
P
S
 
E
S
 
N
N
 
V
A
 
D
R
 
R
H
 
I
K
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
E
G
 
A

Query Sequence

>WP_012502633.1 NCBI__GCF_000020505.1:WP_012502633.1
MTLSLAQKQIIKRIDPETTPSDWSDWRWQMRHSIRDLDTFERLLDITLSDEQRKAFGETV
QKFPMSTTPYYLSLINTDDMENDPVFLQSVPSPLELKIMKGDMADPLHEDEDSPAPCVTH
RYPDRVLLLVSNTCPMYCRHCTRKRKVGDEDTIPNRAAIQAGIDYIRNTPQVRDVLLSGG
DPFLLSDEMLDWILTELRAIEHVEIIRVGTRTPVVLPQRITPELVAILGKHQPVWVNTHF
NHPREMTQSARNALARLADVGVPLGNQTVLLSGINDCPRIMKALVHKLVANRVRPYYLYQ
CDLSEGLSHFRTPVGKGIEILESLIGHTSGFCVPTYVIDAPGGGGKIPVMPNYLISWSTN
KVVLRNYEGVITTYKEPDSYEPTFCDRNCTECDLQLNFEDAEQSKAIGVQQLLADHDQTI
SLIPSSNARHKRRKGEAEEA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory