SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012542912.1 NCBI__GCF_000025465.1:WP_012542912.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P00547 Homoserine kinase; HK; HSK; EC 2.7.1.39 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
89% identity, 100% coverage: 1:308/309 of query aligns to 1:308/310 of P00547

query
sites
P00547
M
 
M
V
 
V
K
 
K
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
S
 
S
S
 
S
A
 
A
N
 
N
M
 
M
S
 
S
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
T
 
T
P
 
P
V
 
V
D
 
D
G
 
G
T
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
E
Q
 
T
F
 
F
S
 
S
L
 
L
H
 
N
N
 
N
L
 
L
G
 
G
R
 
R
F
 
F
A
 
A
S
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
T
 
S
A
 
E
P
 
P
Q
 
R
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
C
 
C
W
 
W
E
 
E
S
 
R
F
 
F
C
 
C
Q
 
Q
E
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
V
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
E
K
 
K
N
 
N
M
 
M
P
 
P
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
A
C
 
C
S
 
S
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
M
A
 
A
M
 
M
N
 
N
E
 
E
F
 
H
C
 
C
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
D
T
 
T
R
 
R
M
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
M
 
M
G
 
G
E
 
E
M
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
H
|
H
Y
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
C
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
M
 
M
I
 
I
E
 
E
E
 
E
N
 
N
G
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
G
 
G
F
 
F
D
 
D
E
 
E
W
 
W
L
 
L
W
 
W
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
S
 
S
T
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
C
 
C
I
 
I
A
 
A
H
|
H
G
 
G
R
 
R
H
|
H
L
 
L
A
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
I
H
 
H
A
 
A
C
 
C
Y
 
Y
T
 
S
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
|
R
T
 
E
K
 
R
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
F
 
F
S
 
R
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
T
 
V
M
 
A
E
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
A
 
A
C
 
S
G
 
G
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
L
F
 
F
A
 
A
L
 
L
C
 
C
D
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
D
 
D
W
 
W
L
 
L
G
 
G
A
 
K
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
H
 
H
I
 
I
C
 
C
R
 
R
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
L

Q8L7R2 Homoserine kinase; Protein DOWNY MILDEW RESISTANT 1; EC 2.7.1.39 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:308/309 of query aligns to 54:365/370 of Q8L7R2

query
sites
Q8L7R2
V
 
V
K
 
K
V
 
T
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
A
S
 
T
S
 
V
A
 
A
N
 
N
M
 
L
S
 
G
V
 
P
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
C
A
 
A
V
 
V
T
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
D
G
 
G
T
 
-
L
 
-
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
H
V
 
V
T
 
T
V
 
L
E
 
R
A
 
V
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
R
A
 
A
E
 
G
Q
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
I
H
 
S
N
 
E
L
 
I
G
 
T
R
 
G
F
 
T
A
 
T
S
 
T
K
 
K
L
 
L
P
 
S
T
 
T
A
 
N
P
 
P
Q
 
L
E
 
R
N
 
N
I
 
C
V
 
A
Y
x
G
Q
 
I
C
 
A
W
 
A
E
 
I
S
 
A
F
 
T
C
 
M
Q
 
K
E
 
M
I
 
L
G
 
G
-
 
I
K
 
R
T
 
S
V
 
V
P
 
G
V
 
L
T
 
S
M
 
L
T
 
D
L
 
L
E
 
H
K
 
K
N
 
G
M
 
L
P
 
P
I
 
L
G
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
A
C
 
A
S
 
S
V
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
A
V
 
V
A
 
A
M
 
V
N
 
N
E
 
E
F
 
I
C
 
F
G
 
G
K
 
R
P
 
K
L
 
L
N
 
G
E
 
S
T
 
D
R
 
Q
M
 
L
L
 
V
A
 
L
L
 
A
M
x
G
G
 
L
E
 
E
M
 
S
E
 
E
G
 
A
R
 
K
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
-
I
 
Y
H
 
H
Y
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
M
G
 
G
G
|
G
M
 
F
Q
 
V
L
 
L
M
 
I
-
 
R
-
 
N
I
 
Y
E
 
E
E
 
P
N
 
L
G
 
D
I
 
L
I
 
K
S
 
P
Q
 
L
Q
 
R
V
 
F
P
 
P
G
 
S
F
 
D
D
 
K
E
 
D
W
 
L
L
 
F
W
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
V
Y
 
S
P
 
P
G
 
D
I
 
F
K
 
E
V
 
A
S
 
P
T
 
T
A
 
K
E
 
K
A
x
M
R
 
R
A
 
A
I
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
Y
 
I
R
 
P
R
 
M
Q
 
V
D
 
H
C
 
H
I
 
V
A
 
W
H
 
N
G
 
S
R
 
S
H
 
Q
L
 
A
A
 
A
G
 
A
F
 
L
I
 
V
H
 
A
A
|
A
C
 
V
Y
 
L
T
 
E
R
 
G
Q
 
D
P
 
A
Q
 
V
L
 
M
A
 
L
A
 
G
K
 
K
-
 
A
L
 
L
M
 
S
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
I
A
 
V
E
 
E
P
 
P
Y
 
T
R
 
R
T
 
A
K
 
P
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
G
F
 
M
S
 
E
E
 
A
A
 
V
R
 
K
Q
 
K
A
 
A
T
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
A
 
G
C
 
C
G
 
T
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
A
F
 
V
A
 
A
L
 
V
C
 
I
D
 
D
K
 
S
P
 
E
D
 
E
T
 
K
A
 
G
Q
 
Q
R
 
V
V
 
I
A
 
G
D
 
E
W
 
K
L
 
M
G
 
V
A
 
E
H
 
A
Y
 
F
L
 
W
Q
 
K
-
 
V
-
 
G
N
 
H
Q
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
V
V
 
A
H
 
S
I
 
V
C
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
D
T
 
N
A
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1h74B Crystal structure of homoserine kinase complexed with ile (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:287/309 of query aligns to 3:281/296 of 1h74B

query
sites
1h74B
V
 
V
K
 
R
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
C
S
 
T
S
 
S
A
|
A
N
|
N
M
 
L
S
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
L
A
 
C
V
 
L
T
 
K
-
 
E
P
 
P
V
 
Y
D
 
D
G
 
V
T
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
E
 
D
Q
 
D
F
 
K
S
 
E
L
 
I
H
 
I
N
 
-
L
 
I
G
 
E
R
 
V
F
 
D
A
 
D
S
 
K
K
 
N
L
 
I
P
 
P
T
 
T
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
E
 
K
N
|
N
I
x
V
V
 
A
Y
 
G
Q
 
I
C
 
V
W
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
M
C
 
I
Q
 
D
E
 
D
I
 
F
G
 
N
K
 
I
T
 
G
V
 
K
P
 
G
V
 
V
T
 
K
M
 
I
T
 
T
L
 
I
E
 
K
K
|
K
N
 
G
M
 
V
P
 
K
I
x
A
G
|
G
S
 
S
G
|
G
L
 
L
G
|
G
S
|
S
S
|
S
A
 
A
C
 
A
S
|
S
V
 
S
V
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
M
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
F
G
 
K
K
 
L
P
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
D
L
 
Y
M
 
A
G
 
S
E
 
Y
M
 
G
E
|
E
G
 
L
R
 
A
I
x
S
S
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
K
H
|
H
Y
 
A
D
|
D
N
|
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
F
Q
 
T
L
 
M
M
 
V
I
 
T
E
 
N
E
 
Y
N
 
E
G
 
P
I
 
L
I
 
E
S
 
V
Q
 
L
Q
 
H
V
 
I
P
 
P
G
 
I
F
 
D
D
 
F
E
 
K
W
 
L
L
 
D
W
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
I
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
S
V
 
I
S
 
N
T
|
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
R
|
R
A
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
K
Q
 
A
Y
 
V
R
 
G
R
 
L
Q
 
K
D
 
D
C
 
L
I
 
V
A
 
N
H
 
N
G
 
V
R
 
G
H
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
M
I
 
V
H
 
Y
A
 
A
C
 
L
Y
 
Y
T
 
N
R
 
K
Q
 
D
P
 
K
Q
 
S
L
 
L
A
 
F
A
 
G
K
 
R
-
 
Y
L
 
M
M
 
M
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
V
A
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
V
R
|
R
T
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
N
F
 
Y
S
 
F
E
 
K
A
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
-
M
 
-
E
 
E
I
 
V
G
 
K
A
 
D
Q
 
K
A
 
V
C
 
Y
G
 
G
-
 
I
-
 
T
I
 
I
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
S
L
 
I
F
 
I
A
 
A
L
 
F
C
 
P
D
 
-
K
 
K
P
 
E
D
 
E
T
 
F
A
 
I
Q
 
D
R
 
E
V
 
V
A
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
G
 
R
A
 
D
H
 
Y
Y
 
Y

1h74A Crystal structure of homoserine kinase complexed with ile (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:287/309 of query aligns to 3:281/296 of 1h74A

query
sites
1h74A
V
 
V
K
 
R
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
C
S
 
T
S
 
S
A
 
A
N
|
N
M
 
L
S
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
D
|
D
V
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
L
A
 
C
V
 
L
T
 
K
-
 
E
P
 
P
V
 
Y
D
 
D
G
 
V
T
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
E
 
D
Q
 
D
F
 
K
S
 
E
L
 
I
H
 
I
N
 
-
L
 
I
G
 
E
R
 
V
F
 
D
A
 
D
S
 
K
K
 
N
L
x
I
P
 
P
T
 
T
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
E
 
K
N
|
N
I
x
V
V
 
A
Y
 
G
Q
 
I
C
 
V
W
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
M
C
 
I
Q
 
D
E
 
D
I
 
F
G
 
N
K
 
I
T
 
G
V
 
K
P
 
G
V
 
V
T
 
K
M
 
I
T
 
T
L
 
I
E
 
K
K
|
K
N
 
G
M
 
V
P
 
K
I
x
A
G
|
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
|
S
S
|
S
A
 
A
C
 
A
S
|
S
V
 
S
V
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
M
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
F
G
 
K
K
 
L
P
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
D
L
 
Y
M
 
A
G
 
S
E
 
Y
M
 
G
E
|
E
G
 
L
R
 
A
I
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
K
H
|
H
Y
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
F
Q
 
T
L
 
M
M
 
V
I
 
T
E
 
N
E
 
Y
N
 
E
G
 
P
I
 
L
I
 
E
S
 
V
Q
 
L
Q
 
H
V
 
I
P
 
P
G
 
I
F
 
D
D
 
F
E
 
K
W
 
L
L
 
D
W
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
I
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
S
V
 
I
S
 
N
T
|
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
R
|
R
A
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
K
Q
 
A
Y
 
V
R
 
G
R
 
L
Q
 
K
D
 
D
C
 
L
I
 
V
A
 
N
H
 
N
G
 
V
R
 
G
H
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
M
I
 
V
H
 
Y
A
 
A
C
 
L
Y
 
Y
T
 
N
R
 
K
Q
 
D
P
 
K
Q
 
S
L
 
L
A
 
F
A
 
G
K
 
R
-
 
Y
L
 
M
M
 
M
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
V
A
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
V
R
|
R
T
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
N
F
 
Y
S
 
F
E
 
K
A
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
-
M
 
-
E
 
E
I
 
V
G
 
K
A
 
D
Q
 
K
A
 
V
C
 
Y
G
 
G
-
 
I
-
 
T
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
S
L
 
I
F
 
I
A
 
A
L
 
F
C
 
P
D
 
-
K
 
K
P
 
E
D
 
E
T
 
F
A
 
I
Q
 
D
R
 
E
V
 
V
A
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
G
 
R
A
 
D
H
 
Y
Y
 
Y

1h73A Crystal structure of homoserine kinase complexed with threonine (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:287/309 of query aligns to 3:281/296 of 1h73A

query
sites
1h73A
V
 
V
K
 
R
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
C
S
 
T
S
 
S
A
 
A
N
|
N
M
 
L
S
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
L
A
 
C
V
 
L
T
 
K
-
 
E
P
 
P
V
 
Y
D
 
D
G
 
V
T
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
E
 
D
Q
 
D
F
 
K
S
 
E
L
 
I
H
 
I
N
 
-
L
 
I
G
 
E
R
 
V
F
 
D
A
 
D
S
 
K
K
 
N
L
x
I
P
 
P
T
 
T
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
E
 
K
N
|
N
I
x
V
V
 
A
Y
 
G
Q
 
I
C
 
V
W
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
M
C
 
I
Q
 
D
E
 
D
I
 
F
G
 
N
K
 
I
T
 
G
V
 
K
P
 
G
V
 
V
T
 
K
M
 
I
T
 
T
L
 
I
E
 
K
K
|
K
N
 
G
M
 
V
P
 
K
I
x
A
G
|
G
S
 
S
G
|
G
L
|
L
G
|
G
S
|
S
S
|
S
A
 
A
C
 
A
S
|
S
V
 
S
V
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
M
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
F
G
 
K
K
 
L
P
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
D
L
 
Y
M
 
A
G
 
S
E
 
Y
M
 
G
E
|
E
G
 
L
R
 
A
I
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
K
H
 
H
Y
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
F
Q
 
T
L
 
M
M
 
V
I
 
T
E
 
N
E
 
Y
N
 
E
G
 
P
I
 
L
I
 
E
S
 
V
Q
 
L
Q
 
H
V
 
I
P
 
P
G
 
I
F
 
D
D
 
F
E
 
K
W
 
L
L
 
D
W
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
I
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
S
V
 
I
S
 
N
T
|
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
R
|
R
A
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
K
Q
 
A
Y
 
V
R
 
G
R
 
L
Q
 
K
D
 
D
C
 
L
I
 
V
A
 
N
H
 
N
G
 
V
R
 
G
H
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
M
I
 
V
H
 
Y
A
 
A
C
 
L
Y
 
Y
T
 
N
R
 
K
Q
 
D
P
 
K
Q
 
S
L
 
L
A
 
F
A
 
G
K
 
R
-
 
Y
L
 
M
M
 
M
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
V
A
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
V
R
|
R
T
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
N
F
 
Y
S
 
F
E
 
K
A
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
-
M
 
-
E
 
E
I
 
V
G
 
K
A
 
D
Q
 
K
A
 
V
C
 
Y
G
 
G
-
 
I
-
 
T
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
S
L
 
I
F
 
I
A
 
A
L
 
F
C
 
P
D
 
-
K
 
K
P
 
E
D
 
E
T
 
F
A
 
I
Q
 
D
R
 
E
V
 
V
A
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
G
 
R
A
 
D
H
 
Y
Y
 
Y

1h72C Crystal structure of homoserine kinase complexed with hse (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:287/309 of query aligns to 3:281/296 of 1h72C

query
sites
1h72C
V
 
V
K
 
R
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
C
S
 
T
S
 
S
A
 
A
N
|
N
M
 
L
S
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
D
|
D
V
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
L
A
 
C
V
 
L
T
 
K
-
 
E
P
 
P
V
 
Y
D
 
D
G
 
V
T
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
E
 
D
Q
 
D
F
 
K
S
 
E
L
 
I
H
 
I
N
 
-
L
 
I
G
 
E
R
 
V
F
 
D
A
 
D
S
 
K
K
 
N
L
x
I
P
 
P
T
 
T
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
E
 
K
N
|
N
I
x
V
V
 
A
Y
 
G
Q
 
I
C
 
V
W
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
M
C
 
I
Q
 
D
E
 
D
I
 
F
G
 
N
K
 
I
T
 
G
V
 
K
P
 
G
V
 
V
T
 
K
M
 
I
T
 
T
L
 
I
E
 
K
K
|
K
N
 
G
M
 
V
P
 
K
I
x
A
G
|
G
S
 
S
G
|
G
L
|
L
G
|
G
S
|
S
S
|
S
A
 
A
C
 
A
S
|
S
V
 
S
V
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
M
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
F
G
 
K
K
 
L
P
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
D
L
 
Y
M
 
A
G
 
S
E
 
Y
M
 
G
E
|
E
G
 
L
R
 
A
I
x
S
S
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
K
H
 
H
Y
 
A
D
|
D
N
|
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
F
Q
 
T
L
 
M
M
 
V
I
 
T
E
 
N
E
 
Y
N
 
E
G
 
P
I
 
L
I
 
E
S
 
V
Q
 
L
Q
 
H
V
 
I
P
 
P
G
 
I
F
 
D
D
 
F
E
 
K
W
 
L
L
 
D
W
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
I
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
S
V
 
I
S
 
N
T
|
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
R
|
R
A
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
K
Q
 
A
Y
 
V
R
 
G
R
 
L
Q
 
K
D
 
D
C
 
L
I
 
V
A
 
N
H
 
N
G
 
V
R
 
G
H
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
M
I
 
V
H
 
Y
A
 
A
C
 
L
Y
 
Y
T
 
N
R
 
K
Q
 
D
P
 
K
Q
 
S
L
 
L
A
 
F
A
 
G
K
 
R
-
 
Y
L
 
M
M
 
M
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
V
A
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
V
R
|
R
T
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
N
F
 
Y
S
 
F
E
 
K
A
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
-
M
 
-
E
 
E
I
 
V
G
 
K
A
 
D
Q
 
K
A
 
V
C
 
Y
G
 
G
-
 
I
-
 
T
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
|
S
G
 
G
P
 
P
T
 
S
L
 
I
F
 
I
A
 
A
L
 
F
C
 
P
D
 
-
K
 
K
P
 
E
D
 
E
T
 
F
A
 
I
Q
 
D
R
 
E
V
 
V
A
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
G
 
R
A
 
D
H
 
Y
Y
 
Y

1fwkA Crystal structure of homoserine kinase complexed with adp (see paper)
30% identity, 93% coverage: 2:287/309 of query aligns to 3:281/296 of 1fwkA

query
sites
1fwkA
V
 
V
K
 
R
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
C
S
 
T
S
 
S
A
 
A
N
 
N
M
 
L
S
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
L
A
 
C
V
 
L
T
 
K
-
 
E
P
 
P
V
 
Y
D
 
D
G
 
V
T
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
I
T
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
E
 
D
Q
 
D
F
 
K
S
 
E
L
 
I
H
 
I
N
 
-
L
 
I
G
 
E
R
 
V
F
 
D
A
 
D
S
 
K
K
 
N
L
x
I
P
 
P
T
 
T
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
E
 
K
N
|
N
I
x
V
V
 
A
Y
 
G
Q
 
I
C
 
V
W
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
M
C
 
I
Q
 
D
E
 
D
I
 
F
G
 
N
K
 
I
T
 
G
V
 
K
P
 
G
V
 
V
T
 
K
M
 
I
T
 
T
L
 
I
E
 
K
K
|
K
N
 
G
M
 
V
P
 
K
I
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
|
S
S
|
S
A
 
A
C
 
A
S
|
S
V
 
S
V
 
A
A
 
G
A
 
T
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
M
 
I
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
F
G
 
K
K
 
L
P
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
D
L
 
Y
M
 
A
G
 
S
E
 
Y
M
 
G
E
|
E
G
 
L
R
 
A
I
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
K
H
 
H
Y
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
F
Q
 
T
L
 
M
M
 
V
I
 
T
E
 
N
E
 
Y
N
 
E
G
 
P
I
 
L
I
 
E
S
 
V
Q
 
L
Q
 
H
V
 
I
P
 
P
G
 
I
F
 
D
D
 
F
E
 
K
W
 
L
L
 
D
W
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
I
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
S
V
 
I
S
 
N
T
|
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
K
Q
 
A
Y
 
V
R
 
G
R
 
L
Q
 
K
D
 
D
C
 
L
I
 
V
A
 
N
H
 
N
G
 
V
R
 
G
H
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
M
I
 
V
H
 
Y
A
 
A
C
 
L
Y
 
Y
T
 
N
R
 
K
Q
 
D
P
 
K
Q
 
S
L
 
L
A
 
F
A
 
G
K
 
R
-
 
Y
L
 
M
M
 
M
K
 
S
D
 
D
V
 
K
I
 
V
A
 
I
E
 
E
P
 
P
Y
 
V
R
 
R
T
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
N
F
 
Y
S
 
F
E
 
K
A
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
-
M
 
-
E
 
E
I
 
V
G
 
K
A
 
D
Q
 
K
A
 
V
C
 
Y
G
 
G
-
 
I
-
 
T
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
S
L
 
I
F
 
I
A
 
A
L
 
F
C
 
P
D
 
-
K
 
K
P
 
E
D
 
E
T
 
F
A
 
I
Q
 
D
R
 
E
V
 
V
A
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
G
 
R
A
 
D
H
 
Y
Y
 
Y

3pyfA Mycobacterium tuberculosis 4-diphosphocytidyl-2-c-methyl-d-erythritol kinase (ispe) in complex with amp-pnp
27% identity, 90% coverage: 32:308/309 of query aligns to 36:296/296 of 3pyfA

query
sites
3pyfA
L
 
L
G
 
V
D
 
D
N
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
N
A
 
A
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
E
F
 
G
A
 
A
S
 
D
K
 
Q
L
|
L
P
 
P
T
 
T
A
 
-
P
 
D
Q
 
E
E
 
R
N
|
N
I
x
L
V
 
A
Y
 
W
Q
 
Q
C
 
A
W
 
A
E
 
E
S
 
L
F
 
M
C
 
A
Q
 
E
E
 
H
I
 
V
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
P
 
D
V
 
V
T
 
S
M
 
I
T
 
M
L
 
I
E
 
D
K
 
K
N
 
S
M
 
I
P
 
P
I
x
V
G
x
A
S
 
G
G
|
G
L
 
M
G
x
A
S
x
G
S
x
G
A
 
S
C
 
A
S
 
D
V
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
M
 
M
N
 
N
E
 
S
F
 
L
-
 
W
-
 
E
C
 
L
G
 
N
K
 
V
P
 
P
L
 
R
N
 
R
E
 
D
T
 
L
R
 
R
M
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
A
R
 
R
I
 
L
S
 
G
G
 
S
S
x
D
I
 
V
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
P
C
 
F
Y
 
A
L
 
L
G
 
H
G
 
G
M
 
G
Q
 
T
L
 
A
M
 
L
I
 
G
E
 
T
E
 
G
N
 
R
G
 
G
I
 
E
I
 
E
S
 
L
Q
 
A
Q
 
T
V
 
V
P
 
L
G
 
S
F
 
R
D
 
N
E
 
T
W
 
F
L
 
H
W
 
W
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
P
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
A
 
S
R
 
G
A
 
L
I
 
L
L
 
T
P
 
S
A
 
A
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
N
R
 
E
Q
 
L
D
 
D
C
 
R
I
 
L
A
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
H
 
E
L
 
V
A
 
G
G
 
D
-
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
P
F
 
V
I
 
L
H
 
A
A
 
A
C
 
L
Y
 
A
T
 
A
R
 
G
Q
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
K
 
P
L
 
L
M
 
L
K
 
G
D
 
N
V
 
E
I
 
M
A
 
-
E
 
Q
P
 
A
Y
 
A
R
 
A
T
 
V
K
 
S
L
 
L
L
 
D
P
 
P
G
 
A
F
 
L
S
 
A
E
 
R
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
A
 
A
T
 
G
M
 
V
E
 
E
I
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
C
 
G
G
 
I
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
C
F
 
A
A
 
F
L
 
L
C
 
C
D
 
T
K
 
S
P
 
A
D
 
S
T
 
S
A
 
A
Q
 
I
R
 
D
V
 
V
A
 
G
D
 
A
W
 
Q
L
 
L
G
 
-
A
 
-
H
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
N
 
S
Q
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
V
V
 
C
H
 
R
I
 
T
C
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
A
T
 
T
A
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3pygA Mycobacterium tuberculosis 4-diphosphocytidyl-2-c-methyl-d-erythritol kinase (ispe) in complex with adp
27% identity, 90% coverage: 32:308/309 of query aligns to 37:297/298 of 3pygA

query
sites
3pygA
L
 
L
G
 
V
D
 
D
N
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
N
A
 
A
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
E
F
 
G
A
 
A
S
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
-
P
 
D
Q
 
E
E
 
R
N
 
N
I
 
L
V
 
A
Y
 
W
Q
 
Q
C
 
A
W
 
A
E
 
E
S
 
L
F
 
M
C
 
A
Q
 
E
E
 
H
I
 
V
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
P
 
D
V
 
V
T
 
S
M
 
I
T
 
M
L
 
I
E
 
D
K
 
K
N
 
S
M
 
I
P
 
P
I
x
V
G
x
A
S
 
G
G
|
G
L
x
M
G
x
A
S
x
G
S
x
G
A
 
S
C
 
A
S
 
D
V
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
M
 
M
N
 
N
E
 
S
F
 
L
-
 
W
-
 
E
C
 
L
G
 
N
K
 
V
P
 
P
L
 
R
N
 
R
E
 
D
T
 
L
R
 
R
M
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
A
R
 
R
I
 
L
S
 
G
G
 
S
S
x
D
I
 
V
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
P
C
 
F
Y
 
A
L
 
L
G
 
H
G
 
G
M
 
G
Q
 
T
L
 
A
M
 
L
I
 
G
E
 
T
E
 
G
N
 
R
G
 
G
I
 
E
I
 
E
S
 
L
Q
 
A
Q
 
T
V
 
V
P
 
L
G
 
S
F
 
R
D
 
N
E
 
T
W
 
F
L
 
H
W
 
W
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
P
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
A
 
S
R
 
G
A
 
L
I
 
L
L
 
T
P
 
S
A
 
A
Q
 
V
Y
 
Y
R
 
N
R
 
E
Q
 
L
D
 
D
C
 
R
I
 
L
A
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
H
 
E
L
 
V
A
 
G
G
 
D
-
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
P
F
 
V
I
 
L
H
 
A
A
 
A
C
 
L
Y
 
A
T
 
A
R
 
G
Q
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
K
 
P
L
 
L
M
 
L
K
 
G
D
 
N
V
 
E
I
 
M
A
 
-
E
 
Q
P
 
A
Y
 
A
R
 
A
T
 
V
K
 
S
L
 
L
L
 
D
P
 
P
G
 
A
F
 
L
S
 
A
E
 
R
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
A
 
A
T
 
G
M
 
V
E
 
E
I
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
C
 
G
G
 
I
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
C
F
 
A
A
 
F
L
 
L
C
 
C
D
 
T
K
 
S
P
 
A
D
 
S
T
 
S
A
 
A
Q
 
I
R
 
D
V
 
V
A
 
G
D
 
A
W
 
Q
L
 
L
G
 
-
A
 
-
H
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
N
 
S
Q
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
V
V
 
C
H
 
R
I
 
T
C
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
A
T
 
T
A
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3pyeA Mycobacterium tuberculosis 4-diphosphocytidyl-2-c-methyl-d-erythritol kinase (ispe) in complex with cdpme
27% identity, 90% coverage: 32:308/309 of query aligns to 40:300/301 of 3pyeA

query
sites
3pyeA
L
 
L
G
 
V
D
 
D
N
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
N
A
 
A
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
E
F
 
G
A
 
A
S
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
-
P
 
D
Q
 
E
E
 
R
N
 
N
I
 
L
V
 
A
Y
 
W
Q
 
Q
C
 
A
W
 
A
E
 
E
S
 
L
F
 
M
C
 
A
Q
 
E
E
 
H
I
 
V
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
P
 
D
V
 
V
T
 
S
M
 
I
T
 
M
L
 
I
E
 
D
K
 
K
N
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
A
S
 
G
S
 
G
A
 
S
C
 
A
S
 
D
V
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
M
 
M
N
 
N
E
 
S
F
 
L
-
 
W
-
 
E
C
 
L
G
 
N
K
 
V
P
 
P
L
 
R
N
 
R
E
 
D
T
 
L
R
 
R
M
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
A
R
 
R
I
 
L
S
 
G
G
 
S
S
x
D
I
 
V
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
N
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
P
C
 
F
Y
 
A
L
 
L
G
 
H
G
 
G
M
 
G
Q
 
T
L
 
A
M
 
L
I
 
G
E
 
T
E
 
G
N
 
R
G
 
G
I
 
E
I
 
E
S
 
L
Q
 
A
Q
 
T
V
 
V
P
 
L
G
 
S
F
 
R
D
 
N
E
 
T
W
 
F
L
 
H
W
 
W
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
P
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
A
 
S
R
 
G
A
 
L
I
 
L
L
 
T
P
 
S
A
 
A
Q
 
V
Y
|
Y
R
 
N
R
 
E
Q
 
L
D
 
D
C
 
R
I
 
L
A
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
H
 
E
L
 
V
A
 
G
G
 
D
-
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
P
F
 
V
I
 
L
H
 
A
A
 
A
C
 
L
Y
 
A
T
 
A
R
 
G
Q
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
K
 
P
L
 
L
M
 
L
K
 
G
D
 
N
V
 
E
I
 
M
A
 
-
E
 
Q
P
 
A
Y
 
A
R
 
A
T
 
V
K
 
S
L
 
L
L
 
D
P
 
P
G
 
A
F
 
L
S
 
A
E
 
R
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
A
 
A
T
 
G
M
 
V
E
 
E
I
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
C
 
G
G
 
I
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
C
F
 
A
A
 
F
L
 
L
C
 
C
D
 
T
K
 
S
P
 
A
D
 
S
T
 
S
A
 
A
Q
 
I
R
 
D
V
 
V
A
 
G
D
 
A
W
 
Q
L
 
L
G
 
-
A
 
-
H
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
N
 
S
Q
 
G
E
 
A
G
 
G
F
 
V
V
 
C
H
 
R
I
 
T
C
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
A
T
 
T
A
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4dxlA Crystal structure of ispe (4-diphosphocytidyl-2-c-methyl-d-erythritol kinase) from mycobacterium abscessus, bound to cmp and atp (see paper)
25% identity, 81% coverage: 32:280/309 of query aligns to 44:279/304 of 4dxlA

query
sites
4dxlA
L
 
L
G
 
A
D
 
D
N
 
D
V
 
V
T
 
T
V
 
V
E
 
R
A
 
D
A
 
A
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
I
H
 
D
N
 
V
L
 
V
G
 
G
R
 
Q
F
 
G
A
 
E
S
 
G
K
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
-
P
 
D
Q
 
E
E
 
R
N
|
N
I
x
L
V
 
A
Y
 
W
Q
 
Q
C
 
A
W
 
A
E
 
E
S
 
L
F
 
F
C
 
A
Q
 
D
E
 
H
I
 
V
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
P
 
D
V
 
V
T
 
S
M
 
I
T
 
F
L
 
I
E
 
N
K
|
K
N
 
D
M
 
I
P
 
P
I
x
V
G
x
A
S
 
G
G
|
G
L
 
M
G
x
A
S
x
G
S
x
G
A
 
S
C
 
A
S
x
D
V
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
M
 
M
N
 
N
E
 
E
F
 
L
-
 
W
-
 
H
C
 
A
G
 
G
K
 
V
P
 
P
L
 
R
N
 
R
E
 
D
T
 
L
R
 
H
M
 
H
L
 
L
A
 
A
L
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
-
S
 
-
I
 
A
H
 
Q
Y
 
L
D
 
G
N
x
S
V
x
D
A
 
V
P
 
P
C
 
F
Y
 
A
L
 
L
G
 
H
G
 
G
M
 
G
Q
 
T
L
 
A
M
 
L
I
 
G
E
 
T
E
 
G
N
x
R
G
 
G
I
 
E
I
 
Q
S
 
L
Q
 
A
Q
 
T
V
 
V
P
 
L
G
 
A
F
 
R
D
 
N
E
 
V
W
 
F
L
 
H
W
 
W
V
 
V
L
 
F
A
 
A
Y
 
F
P
 
A
G
 
D
I
 
G
K
 
G
V
 
L
S
 
A
T
|
T
A
 
P
E
 
Q
A
 
V
R
x
F
A
 
K
I
 
E
L
 
I
P
 
D
A
 
R
Q
 
L
Y
 
R
R
 
E
R
 
N
Q
 
G
D
 
D
C
 
P
-
 
P
-
 
R
I
 
L
A
 
A
H
 
E
G
 
A
R
 
D
H
 
E
L
 
L
A
 
L
G
 
G
F
 
A
I
 
L
H
 
A
A
 
A
C
 
G
Y
 
D
T
 
A
R
 
R
Q
 
R
-
 
L
-
 
A
P
 
P
Q
 
L
L
 
L
A
 
G
A
 
N
K
 
E
L
 
L
M
 
Q
K
 
A
D
 
A
V
 
A
I
 
V
A
 
S
E
 
-
P
 
-
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
L
L
 
N
P
 
P
G
 
E
F
 
L
S
 
R
E
 
R
A
 
T
R
 
L
Q
 
R
A
 
A
T
 
G
M
 
E
E
 
S
I
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
C
 
G
G
 
I
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
C
F
 
A
A
 
F
L
 
L
C
 
C
D
 
T
K
 
S
P
 
A
D
 
D
T
 
D
A
 
A
Q
 
V
R
 
Q
V
 
V
A
 
S

Sites not aligning to the query:

2vf3A Aquifex aeolicus ispe in complex with ligand (see paper)
22% identity, 92% coverage: 1:284/309 of query aligns to 2:261/269 of 2vf3A

query
sites
2vf3A
M
 
M
V
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
A
S
 
-
S
 
-
A
 
-
N
x
K
M
 
I
S
x
N
V
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
W
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
V
 
P
T
 
S
P
 
G
V
x
Y
D
x
H
G
 
E
T
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
L
D
x
Y
N
 
Q
V
 
E
T
 
I
V
 
P
E
 
F
A
 
Y
A
 
D
E
 
E
Q
 
I
F
 
Y
S
 
I
L
 
R
H
 
E
N
 
G
L
 
V
G
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
E
S
 
T
K
 
N
L
 
I
P
 
G
T
 
I
A
 
P
P
 
Q
Q
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
L
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
C
 
G
W
 
L
E
 
R
S
 
E
F
 
F
C
 
E
Q
 
R
E
 
I
I
 
T
G
 
G
K
 
I
T
 
E
V
 
I
P
 
N
V
 
Y
T
 
S
M
 
I
T
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
K
N
 
N
M
 
I
P
 
P
I
 
P
G
|
G
S
 
A
G
|
G
L
 
L
G
|
G
S
 
G
S
x
G
A
 
S
C
 
S
S
 
N
V
 
L
V
 
A
A
 
V
A
 
V
L
 
L
V
 
K
A
 
K
M
 
V
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
L
G
 
G
K
 
S
P
 
P
L
 
L
N
 
S
E
 
E
T
 
E
R
 
E
M
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
M
 
V
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
S
 
S
I
 
I
H
 
S
Y
 
A
D
|
D
N
 
-
V
 
-
A
 
A
P
 
P
C
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
 
L
G
 
G
M
 
K
Q
 
S
L
 
A
M
 
I
I
 
G
E
 
R
E
 
G
N
x
K
G
 
G
I
 
E
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
Q
 
P
V
 
V
P
 
E
G
 
T
F
 
E
D
 
I
E
 
S
W
 
G
L
 
K
W
 
I
V
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
I
P
 
P
G
 
Q
I
 
V
K
 
S
V
 
S
S
 
S
T
|
T
A
 
G
E
 
R
A
 
V
R
x
Y
A
 
S
I
 
S
L
 
L
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
C
 
H
I
 
F
A
 
V
H
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
Y
L
 
A
A
 
E
G
 
E
F
 
K
I
 
I
H
 
Q
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
T
 
S
R
 
G
Q
 
E
P
 
V
Q
 
E
L
 
E
A
 
I
A
 
E
K
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
A
A
 
R
E
 
E
P
 
L
Y
 
Y
R
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
G
 
E
F
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
V
R
 
Y
Q
 
R
A
 
F
T
 
V
M
 
E
E
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
F
Q
 
K
A
 
P
C
 
F
G
 
-
I
 
V
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
V
F
 
Y
A
 
F
L
 
F
C
 
G
D
 
G
K
 
A
P
 
S
D
 
E
T
 
E
A
 
L
Q
 
K
R
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
K
W
 
M
L
 
R
G
 
G

2v34A Ispe in complex with cytidine and ligand (see paper)
22% identity, 92% coverage: 1:284/309 of query aligns to 2:261/269 of 2v34A

query
sites
2v34A
M
 
M
V
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
A
S
 
-
S
 
-
A
 
-
N
x
K
M
 
I
S
 
N
V
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
W
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
V
 
P
T
 
S
P
 
G
V
x
Y
D
x
H
G
 
E
T
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
L
D
 
Y
N
 
Q
V
 
E
T
 
I
V
 
P
E
 
F
A
 
Y
A
 
D
E
 
E
Q
 
I
F
 
Y
S
 
I
L
 
R
H
 
E
N
 
G
L
 
V
G
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
E
S
 
T
K
 
N
L
 
I
P
 
G
T
 
I
A
 
P
P
 
Q
Q
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
L
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
C
 
G
W
 
L
E
 
R
S
 
E
F
 
F
C
 
E
Q
 
R
E
 
I
I
 
T
G
 
G
K
 
I
T
 
E
V
 
I
P
 
N
V
 
Y
T
 
S
M
 
I
T
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
K
N
 
N
M
 
I
P
 
P
I
 
P
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
G
S
 
G
A
 
S
C
 
S
S
 
N
V
 
L
V
 
A
A
 
V
A
 
V
L
 
L
V
 
K
A
 
K
M
 
V
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
L
G
 
G
K
 
S
P
 
P
L
 
L
N
 
S
E
 
E
T
 
E
R
 
E
M
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
M
 
V
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
S
 
S
I
 
I
H
 
S
Y
 
A
D
|
D
N
 
-
V
 
-
A
 
A
P
 
P
C
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
 
L
G
 
G
M
 
K
Q
 
S
L
 
A
M
 
I
I
 
G
E
 
R
E
 
G
N
x
K
G
 
G
I
 
E
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
Q
 
P
V
 
V
P
 
E
G
 
T
F
 
E
D
 
I
E
 
S
W
 
G
L
 
K
W
 
I
V
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
I
P
 
P
G
 
Q
I
 
V
K
 
S
V
 
S
S
 
S
T
 
T
A
 
G
E
 
R
A
 
V
R
x
Y
A
 
S
I
 
S
L
 
L
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
C
 
H
I
 
F
A
 
V
H
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
Y
L
 
A
A
 
E
G
 
E
F
 
K
I
 
I
H
 
Q
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
T
 
S
R
 
G
Q
 
E
P
 
V
Q
 
E
L
 
E
A
 
I
A
 
E
K
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
A
A
 
R
E
 
E
P
 
L
Y
 
Y
R
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
G
 
E
F
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
V
R
 
Y
Q
 
R
A
 
F
T
 
V
M
 
E
E
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
F
Q
 
K
A
 
P
C
 
F
G
 
-
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
V
F
 
Y
A
 
F
L
 
F
C
 
G
D
 
G
K
 
A
P
 
S
D
 
E
T
 
E
A
 
L
Q
 
K
R
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
K
W
 
M
L
 
R
G
 
G

2v2zA Ispe in complex with adp and cdpme (see paper)
22% identity, 92% coverage: 1:284/309 of query aligns to 2:261/269 of 2v2zA

query
sites
2v2zA
M
 
M
V
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
A
S
 
-
S
 
-
A
 
-
N
x
K
M
 
I
S
x
N
V
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
W
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
V
 
P
T
 
S
P
 
G
V
x
Y
D
x
H
G
 
E
T
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
L
D
 
Y
N
 
Q
V
 
E
T
 
I
V
 
P
E
 
F
A
 
Y
A
 
D
E
 
E
Q
 
I
F
 
Y
S
 
I
L
 
R
H
 
E
N
 
G
L
 
V
G
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
E
S
 
T
K
 
N
L
 
I
P
 
G
T
x
I
A
 
P
P
 
Q
Q
 
E
E
 
E
N
|
N
I
x
L
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
C
 
G
W
 
L
E
 
R
S
 
E
F
 
F
C
 
E
Q
 
R
E
 
I
I
 
T
G
 
G
K
 
I
T
 
E
V
 
I
P
 
N
V
 
Y
T
 
S
M
 
I
T
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
|
K
N
 
N
M
 
I
P
 
P
I
x
P
G
|
G
S
 
A
G
|
G
L
 
L
G
|
G
S
 
G
S
x
G
A
 
S
C
 
S
S
x
N
V
 
L
V
 
A
A
 
V
A
 
V
L
 
L
V
 
K
A
 
K
M
 
V
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
L
G
 
G
K
 
S
P
 
P
L
 
L
N
 
S
E
 
E
T
 
E
R
 
E
M
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
M
 
V
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
S
 
S
I
 
I
H
x
S
Y
x
A
D
|
D
N
 
-
V
 
-
A
 
A
P
 
P
C
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
 
L
G
 
G
M
 
K
Q
 
S
L
 
A
M
 
I
I
 
G
E
 
R
E
 
G
N
x
K
G
 
G
I
 
E
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
Q
 
P
V
 
V
P
 
E
G
 
T
F
 
E
D
 
I
E
 
S
W
 
G
L
 
K
W
 
I
V
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
I
P
 
P
G
 
Q
I
 
V
K
 
S
V
 
S
S
 
S
T
|
T
A
 
G
E
 
R
A
 
V
R
x
Y
A
 
S
I
 
S
L
 
L
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
C
 
H
I
 
F
A
 
V
H
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
Y
L
 
A
A
 
E
G
 
E
F
 
K
I
 
I
H
 
Q
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
T
 
S
R
 
G
Q
 
E
P
 
V
Q
 
E
L
 
E
A
 
I
A
 
E
K
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
A
A
 
R
E
 
E
P
 
L
Y
 
Y
R
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
G
 
E
F
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
V
R
 
Y
Q
 
R
A
 
F
T
 
V
M
 
E
E
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
F
Q
 
K
A
 
P
C
 
F
G
 
-
I
 
V
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
V
F
 
Y
A
 
F
L
 
F
C
 
G
D
 
G
K
 
A
P
 
S
D
 
E
T
 
E
A
 
L
Q
 
K
R
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
K
W
 
M
L
 
R
G
 
G

2v8pA Ispe in complex with adp and cdp (see paper)
22% identity, 92% coverage: 1:284/309 of query aligns to 3:262/270 of 2v8pA

query
sites
2v8pA
M
 
M
V
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
A
S
 
-
S
 
-
A
 
-
N
x
K
M
 
I
S
 
N
V
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
W
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
V
 
P
T
 
S
P
 
G
V
x
Y
D
x
H
G
 
E
T
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
L
D
 
Y
N
 
Q
V
 
E
T
 
I
V
 
P
E
 
F
A
 
Y
A
 
D
E
 
E
Q
 
I
F
 
Y
S
 
I
L
 
R
H
 
E
N
 
G
L
 
V
G
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
E
S
 
T
K
 
N
L
 
I
P
 
G
T
x
I
A
 
P
P
 
Q
Q
 
E
E
 
E
N
|
N
I
x
L
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
C
 
G
W
 
L
E
 
R
S
 
E
F
 
F
C
 
E
Q
 
R
E
 
I
I
 
T
G
 
G
K
 
I
T
 
E
V
 
I
P
 
N
V
 
Y
T
 
S
M
 
I
T
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
|
K
N
 
N
M
 
I
P
 
P
I
x
P
G
|
G
S
 
A
G
|
G
L
 
L
G
|
G
S
 
G
S
x
G
A
 
S
C
 
S
S
x
N
V
 
L
V
 
A
A
 
V
A
 
V
L
 
L
V
 
K
A
 
K
M
 
V
N
 
N
E
 
E
F
 
L
C
 
L
G
 
G
K
 
S
P
 
P
L
 
L
N
 
S
E
 
E
T
 
E
R
 
E
M
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
M
 
V
G
 
-
E
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
G
 
G
S
 
S
I
 
I
H
 
S
Y
 
A
D
|
D
N
 
-
V
 
-
A
 
A
P
 
P
C
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
 
L
G
 
G
M
 
K
Q
 
S
L
 
A
M
 
I
I
 
G
E
 
R
E
 
G
N
 
K
G
 
G
I
 
E
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
Q
 
P
V
 
V
P
 
E
G
 
T
F
 
E
D
 
I
E
 
S
W
 
G
L
 
K
W
 
I
V
 
T
L
 
L
A
 
V
Y
 
I
P
 
P
G
 
Q
I
 
V
K
 
S
V
 
S
S
 
S
T
 
T
A
x
G
E
 
R
A
 
V
R
x
Y
A
 
S
I
 
S
L
 
L
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
C
 
H
I
 
F
A
 
V
H
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
Y
L
 
A
A
 
E
G
 
E
F
 
K
I
 
I
H
 
Q
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
T
 
S
R
 
G
Q
 
E
P
 
V
Q
 
E
L
 
E
A
 
I
A
 
E
K
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
A
A
 
R
E
 
E
P
 
L
Y
 
Y
R
 
-
T
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
G
 
E
F
 
I
S
 
N
E
 
E
A
 
V
R
 
Y
Q
 
R
A
 
F
T
 
V
M
 
E
E
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
F
Q
 
K
A
 
P
C
 
F
G
 
-
I
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
V
F
 
Y
A
 
F
L
 
F
C
 
G
D
 
G
K
 
A
P
 
S
D
 
E
T
 
E
A
 
L
Q
 
K
R
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
K
W
 
M
L
 
R
G
 
G

2v34B Ispe in complex with cytidine and ligand (see paper)
22% identity, 92% coverage: 1:284/309 of query aligns to 3:262/270 of 2v34B

query
sites
2v34B
M
 
M
V
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
A
S
 
-
S
 
-
A
 
-
N
x
K
M
 
I
S
 
N
V
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
W
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
V
 
P
T
 
S
P
 
G
V
x
Y
D
x
H
G
 
E
T
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
L
D
 
Y
N
 
Q
V
 
E
T
 
I
V
 
P
E
 
F
A
 
Y
A
 
D
E
 
E
Q
 
I
F
 
Y
S
 
I
L
 
R
H
 
E
N
 
G
L
 
V
G
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
E
S
 
T
K
 
N
L
 
I
P
 
G
T
 
I
A
 
P
P
 
Q
Q
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
L
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
K
C
 
G
W
 
L
E
 
R
S
 
E
F
 
F
C
 
E
Q
 
R
E
 
I
I
 
T
G
 
G
K
 
I
T