SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012565383.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012565383.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2r0nA The effect of a glu370asp mutation in glutaryl-coa dehydrogenase on proton transfer to the dienolate intermediate (see paper)
72% identity, 95% coverage: 19:403/404 of query aligns to 2:388/390 of 2r0nA

query
sites
2r0nA
F
 
F
R
 
D
W
 
W
E
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
V
L
 
L
D
 
E
D
 
E
Q
 
Q
L
 
L
S
 
T
E
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
I
M
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
D
S
 
T
A
 
F
R
 
R
A
 
T
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
Q
D
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
P
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
L
A
 
A
F
 
N
R
 
R
H
 
N
E
 
E
H
 
V
F
 
F
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
M
 
I
A
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
S
H
 
S
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
|
R
S
|
S
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
|
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
|
P
G
 
S
S
 
S
M
 
M
K
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
H
K
 
Y
V
 
N
A
 
S
G
 
S
G
 
N
-
 
K
-
 
S
W
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
T
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
M
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
R
D
 
C
E
 
E
A
 
D
G
 
G
D
 
C
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
M
A
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
R
I
 
I
E
 
Q
G
 
G
K
 
K
F
 
F
S
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
A
T
 
T
G
 
G
M
 
M
I
 
I
M
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
V
F
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
S
G
 
S
L
 
L
S
x
G
G
 
G
P
 
P
F
|
F
G
 
G
C
 
C
L
|
L
N
|
N
K
 
N
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
S
E
 
E
F
 
F
C
 
C
W
 
L
H
 
H
A
 
T
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
M
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
R
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
L
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
G
 
A
A
 
C
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
Q
G
 
D
T
 
K
W
 
A
A
 
A
P
|
P
E
 
E
A
 
M
I
 
V
S
 
S
L
 
L
M
 
L
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
N
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
Q
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
S
D
 
D
E
 
E
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
I
 
I
R
 
R
H
 
H
V
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
H
D
|
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
|
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F

1sirA The crystal structure and mechanism of human glutaryl-coa dehydrogenase (see paper)
72% identity, 95% coverage: 19:403/404 of query aligns to 2:388/390 of 1sirA

query
sites
1sirA
F
 
F
R
 
D
W
 
W
E
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
V
L
 
L
D
 
E
D
 
E
Q
 
Q
L
 
L
S
 
T
E
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
I
M
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
D
S
 
T
A
 
F
R
 
R
A
 
T
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
Q
D
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
P
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
L
A
 
A
F
 
N
R
 
R
H
 
N
E
 
E
H
 
V
F
 
F
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
M
 
I
A
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
S
H
 
S
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
S
|
S
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
P
G
 
S
S
 
S
M
 
M
K
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
H
K
 
Y
V
 
N
A
 
S
G
 
S
G
 
N
-
 
K
-
 
S
W
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
T
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
M
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
R
D
 
C
E
 
E
A
 
D
G
 
G
D
 
C
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
M
A
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
R
I
 
I
E
 
Q
G
 
G
K
 
K
F
 
F
S
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
A
T
 
T
G
 
G
M
 
M
I
 
I
M
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
V
F
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
S
G
 
S
L
 
L
S
 
G
G
 
G
P
 
P
F
|
F
G
|
G
C
 
C
L
|
L
N
|
N
K
 
N
A
|
A
R
|
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
S
E
 
E
F
 
F
C
 
C
W
 
L
H
 
H
A
 
T
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
M
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
R
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
L
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
G
 
A
A
 
C
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
Q
G
 
D
T
 
K
W
 
A
A
 
A
P
|
P
E
 
E
A
 
M
I
 
V
S
 
S
L
 
L
M
 
L
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
N
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
Q
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
S
D
 
D
E
 
E
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
I
 
I
R
 
R
H
 
H
V
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F

2r0mA The effect of a glu370asp mutation in glutaryl-coa dehydrogenase on proton transfer to the dienolate intermediate (see paper)
72% identity, 95% coverage: 19:403/404 of query aligns to 2:388/390 of 2r0mA

query
sites
2r0mA
F
 
F
R
 
D
W
 
W
E
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
V
L
 
L
D
 
E
D
 
E
Q
 
Q
L
 
L
S
 
T
E
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
I
M
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
D
S
 
T
A
 
F
R
 
R
A
 
T
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
Q
D
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
P
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
L
A
 
A
F
 
N
R
 
R
H
 
N
E
 
E
H
 
V
F
 
F
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
M
 
I
A
 
S
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
S
H
 
S
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
|
L
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
P
G
 
S
S
 
S
M
 
M
K
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
H
K
 
Y
V
 
N
A
 
S
G
 
S
G
 
N
-
 
K
-
 
S
W
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
T
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
M
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
R
D
 
C
E
 
E
A
 
D
G
 
G
D
 
C
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
M
A
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
R
I
 
I
E
 
Q
G
 
G
K
 
K
F
 
F
S
 
S
L
|
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
A
T
 
T
G
 
G
M
 
M
I
 
I
M
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
V
F
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
S
G
 
S
L
 
L
S
 
G
G
 
G
P
 
P
F
 
F
G
 
G
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
N
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
S
E
 
E
F
 
F
C
 
C
W
 
L
H
 
H
A
 
T
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
M
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
R
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
L
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
H
G
 
A
A
 
C
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
Q
G
 
D
T
 
K
W
 
A
A
 
A
P
 
P
E
 
E
A
 
M
I
 
V
S
 
S
L
 
L
M
 
L
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
N
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
Q
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
S
D
 
D
E
 
E
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
I
 
I
R
 
R
H
 
H
V
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
x
D
G
 
G
T
|
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F

3gqtC Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from burkholderia pseudomallei with fragment (1,4-dimethyl-1,2,3,4- tetrahydroquinoxalin-6-yl)methylamine (see paper)
70% identity, 95% coverage: 19:403/404 of query aligns to 3:385/385 of 3gqtC

query
sites
3gqtC
F
 
F
R
 
H
W
 
W
E
 
D
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
E
 
D
E
 
D
E
 
E
R
 
R
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
H
A
 
A
Y
 
Y
C
 
A
Q
 
Q
D
 
G
R
 
K
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
E
H
 
T
F
 
T
H
 
D
R
 
A
E
 
A
I
 
I
M
 
F
A
 
R
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
-
 
P
D
 
E
G
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
A
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
F
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
D
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
W
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
H
G
 
G
S
 
S
D
 
D
P
 
P
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
V
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
P
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
K
-
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
D
G
 
G
-
 
R
-
 
D
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
C
A
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
A
I
 
I
E
 
H
G
 
G
K
|
K
F
 
V
S
 
G
L
|
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
I
T
|
T
G
 
G
M
 
E
I
 
I
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
A
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
H
A
 
V
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
R
G
 
G
P
 
P
F
 
F
G
 
T
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
S
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
F
 
S
C
 
C
W
 
W
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
K
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
L
 
L
A
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
M
L
 
K
D
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
W
 
A
A
 
A
P
 
V
E
 
E
A
 
I
I
 
T
S
 
S
L
 
I
M
 
M
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
S
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
E
Y
 
F
H
 
G
V
 
V
I
 
A
R
 
R
H
 
H
V
 
L
L
 
V
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F

3eonC 2.55a crystal structure of native glutaryl-coa dehydrogenase from burkholderia pseudomallei in complex with a small molecule (see paper)
70% identity, 96% coverage: 17:402/404 of query aligns to 1:382/382 of 3eonC

query
sites
3eonC
S
 
A
P
 
T
F
 
F
R
 
H
W
 
W
E
 
D
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
E
 
D
E
 
D
E
 
E
R
 
R
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
H
A
 
A
Y
 
Y
C
 
A
Q
 
Q
D
 
G
R
 
K
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
E
H
 
T
F
 
T
H
 
D
R
 
A
E
 
A
I
 
I
M
 
F
A
 
R
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
-
 
P
D
 
E
G
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
|
R
S
|
S
A
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
F
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
D
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
W
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
V
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
P
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
M
W
 
W
I
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
K
-
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
D
G
 
G
-
 
R
-
 
D
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
C
A
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
A
I
 
I
E
 
H
G
 
G
K
 
K
F
 
V
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
I
T
 
T
G
 
G
M
 
E
I
 
I
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
A
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
H
A
 
V
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
R
G
 
G
P
 
P
F
 
F
G
 
T
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
S
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
F
 
S
C
 
C
W
 
W
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
K
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
L
 
L
A
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
M
L
 
K
D
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
W
 
A
A
 
A
P
 
V
E
 
E
A
 
I
I
 
T
S
 
S
L
 
I
M
 
M
K
|
K
R
 
R
N
 
N
N
 
S
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
-
A
 
-
D
 
D
E
 
E
Y
 
F
H
 
G
V
 
V
I
 
A
R
 
R
H
 
H
V
 
L
L
 
V
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A

3gncA Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from burkholderia pseudomallei with fragment 6421 (see paper)
70% identity, 96% coverage: 17:402/404 of query aligns to 2:380/380 of 3gncA

query
sites
3gncA
S
 
A
P
 
T
F
 
F
R
 
H
W
 
W
E
 
D
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
E
 
D
E
 
D
E
 
E
R
 
R
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
H
A
 
A
Y
 
Y
C
 
A
Q
 
Q
D
 
G
R
 
K
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
E
H
 
T
F
 
T
H
 
D
R
 
A
E
 
A
I
 
I
M
 
F
A
 
R
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
-
 
P
D
 
E
G
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
|
R
S
|
S
A
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
F
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
D
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
W
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
M
K
 
V
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
P
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
M
W
 
W
I
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
K
-
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
D
G
 
R
D
 
D
-
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
C
A
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
A
I
 
I
E
 
H
G
 
G
K
 
K
F
 
V
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
I
T
 
T
G
 
G
M
 
E
I
 
I
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
A
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
H
A
 
V
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
R
G
 
G
P
 
P
F
 
F
G
 
T
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
S
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
F
 
S
C
 
C
W
 
W
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
K
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
L
 
L
A
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
M
L
 
K
D
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
W
 
A
A
 
A
P
 
V
E
 
E
A
 
I
I
 
T
S
 
S
L
 
I
M
 
M
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
S
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
-
A
 
-
D
 
D
E
 
E
Y
 
F
H
 
G
V
 
V
I
 
A
R
 
R
H
 
H
V
 
L
L
 
V
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
V
V
|
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A

3d6bC 2.2 a crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from burkholderia pseudomallei (see paper)
68% identity, 96% coverage: 17:402/404 of query aligns to 1:377/377 of 3d6bC

query
sites
3d6bC
S
 
A
P
 
T
F
 
F
R
 
H
W
 
W
E
 
D
D
 
D
P
 
P
L
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
E
 
D
E
 
D
E
 
E
R
 
R
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
H
A
 
A
Y
 
Y
C
 
A
Q
 
Q
D
 
G
R
 
K
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
E
 
E
H
 
T
F
 
T
H
 
D
R
 
A
E
 
A
I
 
I
M
 
F
A
 
R
E
 
E
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
I
-
 
P
D
 
E
G
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
S
 
S
A
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
F
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
D
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
W
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
H
G
 
G
S
 
-
D
 
-
P
 
-
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
V
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
P
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
M
W
 
W
I
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
K
-
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
D
G
 
G
-
 
R
-
 
D
D
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
C
A
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
K
 
A
I
 
I
E
 
H
G
 
G
K
 
K
F
 
V
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
I
T
 
T
G
 
G
M
 
E
I
 
I
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
A
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
H
A
 
V
K
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
R
G
 
G
P
 
P
F
 
F
G
 
T
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
S
A
|
A
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
E
F
 
S
C
 
C
W
 
W
H
 
H
A
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
R
Q
 
K
M
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
L
 
L
A
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
M
L
 
K
D
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
W
 
A
A
 
A
P
 
V
E
 
E
A
 
I
I
 
T
S
 
S
L
 
I
M
 
M
K
 
K
R
 
R
N
 
N
N
 
S
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
M
 
M
H
 
L
G
 
G
G
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
Y
 
F
H
 
G
V
 
V
I
 
A
R
 
R
H
 
H
V
 
L
L
 
V
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
D
 
D
V
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A

3sf6A Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from mycobacterium smegmatis (see paper)
50% identity, 95% coverage: 22:403/404 of query aligns to 5:386/387 of 3sf6A

query
sites
3sf6A
E
 
D
D
 
D
P
 
L
L
 
I
R
 
G
L
 
I
D
 
N
D
 
A
Q
 
V
L
 
L
S
 
S
E
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
M
 
E
V
 
I
R
 
R
D
 
D
S
 
T
A
 
V
R
 
R
A
 
S
Y
 
V
C
 
V
Q
 
Q
D
 
R
R
 
R
L
 
I
M
 
K
G
 
P
R
 
H
V
 
I
L
 
A
E
 
S
A
 
W
F
 
Y
R
 
E
H
 
D
-
 
G
E
 
E
H
 
L
F
 
P
H
 
A
R
 
R
E
 
E
I
 
L
M
 
A
A
 
V
E
 
E
M
 
L
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
M
T
 
H
I
 
L
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
M
N
 
S
H
 
A
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
A
A
 
C
R
 
L
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
A
V
 
G
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
I
R
 
R
S
 
S
A
 
L
M
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
G
S
 
S
L
 
L
V
 
A
M
 
M
H
 
Y
P
 
A
I
 
I
H
 
H
A
 
A
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
D
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
D
R
 
Q
W
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
D
L
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
H
L
 
R
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
H
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
P
G
 
A
S
 
G
M
 
M
K
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
T
K
 
R
V
 
S
A
 
G
G
 
D
G
 
D
W
 
W
T
 
I
L
 
L
S
 
T
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
S
I
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
A
V
 
V
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
R
D
 
T
E
 
D
A
 
E
G
 
G
D
 
-
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
V
L
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
T
A
 
A
P
 
N
K
 
T
I
 
I
E
 
K
G
 
S
K
 
K
F
 
M
S
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
T
G
 
S
M
 
E
I
 
L
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
G
V
 
V
F
 
R
V
 
L
P
 
P
E
 
D
E
 
S
N
 
A
L
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
T
G
 
S
L
 
L
S
 
G
G
 
A
P
 
P
F
 
L
G
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
E
A
|
A
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
A
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
R
F
 
D
C
 
C
W
 
L
H
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
L
Q
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
C
D
 
S
R
 
R
Q
 
E
M
 
Q
F
 
F
G
 
D
R
 
R
P
 
P
L
 
I
A
 
G
A
 
G
T
 
F
Q
 
Q
L
 
L
I
 
T
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
T
T
 
L
E
 
E
I
 
Y
A
 
G
L
 
K
G
 
G
L
 
F
Q
 
L
G
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
H
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
Q
L
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
E
W
 
L
A
 
A
P
 
P
E
 
E
A
 
Q
I
 
V
S
 
S
L
 
L
M
 
G
K
 
K
R
 
L
N
 
N
N
 
N
C
 
V
G
 
R
K
 
E
A
 
A
L
 
I
D
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
T
A
 
A
R
 
R
D
 
T
M
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
A
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
T
D
 
G
E
 
E
Y
 
Y
H
 
P
V
 
V
I
 
M
R
 
R
H
 
H
V
 
A
L
 
N
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
x
S
V
 
V
N
 
L
T
|
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
x
M
H
 
H
A
 
T
L
 
L
I
 
I
L
 
I
G
 
G
R
x
Q
A
 
A
Q
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
V
Q
 
G
A
 
A
F
 
F

2ebaA Crystal structure of the putative glutaryl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus
51% identity, 94% coverage: 23:403/404 of query aligns to 3:380/380 of 2ebaA

query
sites
2ebaA
D
 
D
P
 
F
L
 
Y
R
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
D
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
R
 
Q
D
 
K
S
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
R
Y
 
F
C
 
L
Q
 
E
D
 
K
R
 
E
L
 
A
M
 
L
G
 
P
R
 
H
V
 
I
L
 
R
E
 
D
A
 
W
F
 
W
R
 
E
H
 
E
E
 
G
H
 
V
F
 
F
H
 
P
R
 
T
E
 
H
I
 
L
M
 
I
A
 
P
E
 
R
M
 
F
G
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
P
T
 
T
I
 
L
D
 
P
G
 
P
-
 
E
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
S
H
 
S
V
 
A
C
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
C
R
 
Y
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
F
M
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
M
H
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
R
R
 
E
W
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
R
G
 
G
T
 
E
L
 
M
V
 
V
G
 
G
C
 
C
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
x
G
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
P
-
 
Y
G
 
G
S
 
N
M
 
M
K
 
K
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
R
V
 
-
A
 
-
G
 
D
G
 
T
W
 
W
T
 
V
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
 
I
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
N
I
 
L
A
 
A
D
 
H
I
 
L
F
 
A
V
 
V
V
 
I
W
 
W
A
 
A
K
 
K
D
 
D
E
 
E
A
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
V
R
 
L
G
 
G
W
 
F
V
 
L
L
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
Q
A
 
A
P
 
R
K
 
E
I
 
V
E
 
K
G
 
R
K
 
K
F
 
M
S
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
T
G
 
S
M
 
E
I
 
L
M
 
V
M
 
L
D
 
E
E
 
E
V
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
S
N
 
L
L
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
K
G
 
A
P
 
P
F
 
L
G
 
S
C
 
C
L
 
L
N
 
T
K
 
Q
A
|
A
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
W
G
 
G
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
L
E
 
E
F
 
A
C
 
V
W
 
Y
H
 
E
A
 
E
A
 
A
R
 
V
Q
 
A
Y
 
F
T
 
A
L
 
K
D
 
S
R
|
R
Q
 
S
M
 
T
F
 
F
G
 
G
R
 
E
P
 
P
L
|
L
A
 
A
A
 
K
T
x
K
Q
 
Q
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
K
 
A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
M
 
M
Q
 
L
T
 
A
E
 
W
I
 
H
A
 
T
L
 
E
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
G
 
L
A
 
A
L
 
W
A
 
R
L
 
L
G
 
A
R
 
R
M
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
K
W
 
L
A
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
Q
I
 
V
S
 
S
L
 
L
M
 
A
K
 
K
R
 
R
N
 
Q
N
 
N
C
 
V
G
 
W
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
M
A
 
A
R
 
R
D
|
D
M
x
I
H
 
L
G
 
G
G
|
G
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
T
D
 
L
E
 
E
Y
 
Y
H
 
H
V
 
A
I
 
I
R
 
R
H
 
H
V
 
M
L
 
L
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
x
T
V
 
V
N
 
Y
T
|
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
H
D
 
D
V
 
V
H
 
H
A
 
T
L
 
L
I
 
V
L
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
E
Q
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
A
 
A
F
 
F

3swoA Crystal structure of a glutaryl-coa dehydrogenase from mycobacterium smegmatis in complex with fadh2 (see paper)
47% identity, 96% coverage: 17:403/404 of query aligns to 5:387/388 of 3swoA

query
sites
3swoA
S
 
A
P
 
P
F
 
L
R
 
E
W
 
L
E
 
F
D
 
D
P
 
T
L
 
D
R
 
R
L
 
L
D
 
L
D
 
D
Q
 
Q
L
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
D
E
 
E
R
 
R
M
 
D
V
 
I
R
 
A
D
 
A
S
 
T
A
 
V
R
 
R
A
 
Q
Y
 
F
C
 
V
Q
 
D
D
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
K
G
 
P
R
 
N
V
 
V
L
 
E
E
 
G
A
 
W
F
 
F
R
 
E
H
 
S
E
 
A
H
 
T
F
 
L
H
 
P
R
 
S
E
 
E
I
 
L
M
 
A
A
 
K
E
 
E
M
 
F
G
 
G
E
 
N
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
M
T
 
H
I
 
L
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
G
 
G
L
 
T
N
 
N
H
 
A
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
V
 
A
A
 
C
R
 
M
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
A
V
 
G
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
S
 
S
A
 
F
M
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
S
 
G
S
 
S
L
 
L
V
 
S
M
 
M
H
 
F
P
 
S
I
 
I
H
 
Y
A
 
R
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
N
R
 
E
W
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
R
L
 
L
A
 
A
S
 
A
G
 
G
T
 
D
L
 
A
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
F
G
|
G
S
|
S
D
 
N
P
 
P
G
 
A
S
 
G
M
 
M
K
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
R
K
 
R
V
 
D
A
 
G
G
 
S
G
 
D
W
 
W
T
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
N
I
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
F
 
A
V
 
T
V
 
V
W
 
W
A
 
A
K
 
Q
D
 
T
E
 
D
A
 
D
G
 
G
D
 
-
I
 
I
R
 
R
G
 
G
W
 
F
V
 
L
L
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
T
A
 
A
P
 
N
K
 
E
I
 
I
E
 
H
G
 
R
K
 
K
F
 
L
S
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
T
G
 
S
M
 
E
I
 
L
M
 
V
M
 
L
D
 
D
E
 
N
V
 
V
F
 
R
V
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
S
N
 
A
L
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
L
A
 
A
K
 
E
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
 
A
P
 
P
F
 
L
G
 
S
C
 
C
L
 
L
N
 
N
K
 
E
A
|
A
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
A
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
R
F
 
D
C
 
S
W
 
L
H
 
E
A
 
T
A
 
T
R
 
I
Q
 
A
Y
 
Y
T
 
T
L
 
Q
D
 
S
R
|
R
Q
 
E
M
x
V
F
|
F
G
 
D
R
 
K
P
 
P
L
|
L
A
 
S
A
 
N
T
x
Y
Q
 
Q
L
 
L
I
 
T
Q
 
Q
K
 
E
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
N
M
 
M
Q
 
T
T
 
V
E
 
E
I
 
L
A
 
G
L
 
K
G
 
G
L
 
M
Q
 
L
G
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
H
L
 
L
G
 
G
R
 
R
M
 
I
L
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
E
T
 
G
W
 
V
A
 
R
P
 
P
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
S
 
S
L
 
L
M
 
G
K
 
K
R
 
L
N
 
N
N
 
N
C
 
V
G
 
R
K
 
E
A
 
A
L
 
I
D
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
E
A
 
C
R
 
R
D
x
T
M
x
L
H
 
L
G
 
G
G
|
G
N
 
S
G
 
G
I
|
I
A
 
T
D
 
L
E
 
E
Y
 
Y
H
 
S
V
 
P
I
 
L
R
 
R
H
 
H
V
 
A
L
 
N
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
S
V
 
V
N
 
L
T
|
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
x
M
H
 
H
A
 
L
L
 
L
I
 
S
L
 
I
G
 
G
R
x
K
A
 
A
Q
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
K
Q
 
A
A
 
A
F
 
F

Q96329 Acyl-coenzyme A oxidase 4, peroxisomal; AOX 4; G6p; Short-chain acyl-CoA oxidase; AtCX4; AtG6; SAOX; EC 1.3.3.6 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
35% identity, 98% coverage: 8:403/404 of query aligns to 31:428/436 of Q96329

query
sites
Q96329
G
 
A
L
 
F
P
 
P
Q
 
Q
K
 
A
T
 
T
P
 
P
K
 
A
G
 
S
S
 
T
-
 
F
P
 
P
F
 
P
R
 
C
W
 
T
E
 
S
D
 
D
P
 
Y
L
 
Y
R
 
H
L
 
F
D
 
N
D
 
D
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
Q
M
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
K
S
 
K
A
 
V
R
 
R
A
 
E
Y
 
C
C
 
M
Q
 
E
D
 
K
R
 
E
L
 
V
M
 
A
G
 
P
R
 
I
V
 
M
L
 
T
E
 
E
A
 
Y
F
 
W
R
 
E
H
 
K
E
 
A
H
 
E
F
 
F
H
 
P
R
 
F
E
 
H
I
 
I
M
 
T
A
 
P
E
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
A
L
 
M
G
 
G
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
T
 
S
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
S
H
 
I
V
 
T
C
 
A
Y
 
N
G
 
A
L
 
I
V
 
A
A
 
T
R
 
A
E
 
E
V
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
A
G
 
S
Y
 
C
R
 
S
S
 
T
A
 
F
M
 
I
S
 
L
V
 
V
Q
 
H
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
G
M
 
M
H
 
L
P
 
T
I
 
I
H
 
A
A
 
L
Y
 
C
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
S
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
G
 
L
T
 
N
L
 
T
V
 
V
G
 
A
C
 
C
F
x
W
G
x
A
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
N
G
 
G
S
|
S
D
|
D
P
x
A
G
x
S
S
 
G
M
 
L
K
 
G
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
T
K
 
K
V
 
V
A
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
T
 
K
L
 
I
S
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
R
W
 
W
I
 
I
T
x
G
N
 
N
S
 
S
P
 
T
I
 
F
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
L
V
 
I
V
 
I
W
 
F
A
 
A
K
 
R
D
 
N
E
 
T
A
 
T
G
 
T
D
 
N
-
 
Q
I
 
I
R
 
N
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
D
M
 
A
A
 
P
G
 
G
L
 
L
S
 
K
A
 
A
P
 
T
K
 
K
I
 
I
E
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
I
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
S
 
V
V
 
Q
T
 
N
G
 
G
M
 
D
I
 
I
M
 
L
M
 
L
D
 
Q
E
 
N
V
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
D
E
 
E
N
 
D
L
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
V
K
 
N
G
 
S
L
 
F
S
 
Q
G
 
D
P
 
T
F
 
S
G
 
K
C
 
V
L
 
L
N
 
A
K
 
V
A
 
S
R
|
R
Y
 
V
G
 
M
I
 
V
A
 
A
W
 
W
G
 
Q
A
 
P
M
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
S
E
 
M
F
 
G
C
 
I
W
 
Y
H
 
D
A
 
M
A
 
C
R
 
H
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
L
L
 
K
D
 
E
R
|
R
Q
x
K
M
x
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
F
Q
|
Q
L
 
L
I
 
N
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
L
T
 
G
E
 
N
I
 
V
A
 
Q
L
 
A
G
 
M
L
 
F
Q
 
L
G
 
M
A
 
G
L
 
W
A
 
R
L
 
L
G
 
C
R
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
E
A
 
T
G
 
G
T
 
Q
W
 
M
A
 
T
P
 
P
E
 
G
A
 
Q
I
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
G
K
 
K
R
 
A
N
 
W
N
 
I
C
 
S
G
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
R
D
 
E
I
 
T
A
 
A
R
 
S
V
 
L
A
 
G
R
 
R
D
x
E
M
 
L
H
 
L
G
 
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
L
D
 
A
E
 
D
Y
 
F
H
 
L
V
 
V
I
 
A
R
 
K
H
 
A
V
 
F
L
 
C
N
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
P
V
 
I
N
 
Y
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
G
|
G
T
|
T
H
x
Y
D
|
D
V
 
I
H
 
N
A
 
T
L
 
L
I
 
V
L
 
T
G
 
G
R
 
R
A
 
E
Q
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
A
A
 
S
F
|
F

2ix5A Short chain specific acyl-coa oxidase from arabidopsis thaliana, acx4 in complex with acetoacetyl-coa (see paper)
35% identity, 98% coverage: 8:403/404 of query aligns to 15:412/415 of 2ix5A

query
sites
2ix5A
G
 
A
L
 
F
P
 
P
Q
 
Q
K
 
A
T
 
T
P
 
P
K
 
A
G
 
S
S
 
T
-
 
F
P
 
P
F
 
P
R
 
C
W
 
T
E
 
S
D
 
D
P
 
Y
L
 
Y
R
 
H
L
 
F
D
 
N
D
 
D
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
Q
M
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
K
S
 
K
A
 
V
R
 
R
A
 
E
Y
 
C
C
 
M
Q
 
E
D
 
K
R
 
E
L
 
V
M
 
A
G
 
P
R
 
I
V
 
M
L
 
T
E
 
E
A
 
Y
F
 
W
R
 
E
H
 
K
E
 
A
H
 
E
F
 
F
H
 
P
R
 
F
E
 
H
I
 
I
M
 
T
A
 
P
E
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
A
L
 
M
G
 
G
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
T
 
S
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
S
H
 
I
V
 
T
C
 
A
Y
 
N
G
 
A
L
 
I
V
 
A
A
 
T
R
 
A
E
 
E
V
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
A
G
 
S
Y
 
C
R
 
S
S
 
T
A
 
F
M
 
I
S
 
L
V
 
V
Q
 
H
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
G
M
 
M
H
 
L
P
 
T
I
 
I
H
 
A
A
 
L
Y
 
C
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
S
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
G
 
L
T
 
N
L
 
T
V
 
V
G
 
A
C
 
C
F
 
W
G
 
A
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
x
A
G
x
S
S
 
G
M
 
L
K
 
G
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
T
K
 
K
V
 
V
A
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
T
 
K
L
 
I
S
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
R
W
|
W
I
 
I
T
 
G
N
 
N
S
 
S
P
 
T
I
 
F
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
L
V
 
I
V
 
I
W
 
F
A
 
A
K
 
R
D
 
N
E
 
T
A
 
T
G
 
T
D
 
N
-
 
Q
I
 
I
R
 
N
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
D
M
 
A
A
 
P
G
 
G
L
 
L
S
 
K
A
 
A
P
 
T
K
 
K
I
 
I
E
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
I
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
S
 
V
V
 
Q
T
x
N
G
 
G
M
 
D
I
 
I
M
 
L
M
 
L
D
 
Q
E
 
N
V
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
D
E
 
E
N
 
D
L
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
V
K
 
N
G
 
S
L
x
F
S
 
Q
G
 
D
P
 
T
F
 
S
G
 
K
C
 
V
L
|
L
N
 
A
K
 
V
A
x
S
R
|
R
Y
 
V
G
 
M
I
 
V
A
 
A
W
 
W
G
 
Q
A
 
P
M
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
S
E
 
M
F
 
G
C
 
I
W
 
Y
H
 
D
A
 
M
A
 
C
R
 
H
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
L
L
 
K
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
M
 
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
A
P
 
P
L
|
L
A
 
A
A
 
A
T
x
F
Q
 
Q
L
|
L
I
x
N
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
L
T
 
G
E
 
N
I
 
V
A
 
Q
L
 
A
G
 
M
L
 
F
Q
 
L
G
 
M
A
 
G
L
 
W
A
 
R
L
 
L
G
 
C
R
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
E
A
 
T
G
 
G
T
 
Q
W
 
M
A
 
T
P
 
P
E
 
G
A
 
Q
I
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
G
K
 
K
R
 
A
N
 
W
N
 
I
C
 
S
G
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
R
D
 
E
I
 
T
A
 
A
R
 
S
V
 
L
A
 
G
R
 
R
D
x
E
M
x
L
H
 
L
G
|
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
L
D
 
A
E
 
D
Y
 
F
H
 
L
V
 
V
I
 
A
R
 
K
H
 
A
V
 
F
L
 
C
N
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
P
V
 
I
N
 
Y
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
|
G
T
|
T
H
 
Y
D
|
D
V
x
I
H
 
N
A
 
T
L
 
L
I
 
V
L
 
T
G
 
G
R
|
R
A
 
E
Q
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
A
A
 
S
F
 
F

2ix6A Short chain specific acyl-coa oxidase from arabidopsis thaliana, acx4 (see paper)
35% identity, 98% coverage: 8:403/404 of query aligns to 15:412/416 of 2ix6A

query
sites
2ix6A
G
 
A
L
 
F
P
 
P
Q
 
Q
K
 
A
T
 
T
P
 
P
K
 
A
G
 
S
S
 
T
-
 
F
P
 
P
F
 
P
R
 
C
W
 
T
E
 
S
D
 
D
P
 
Y
L
 
Y
R
 
H
L
 
F
D
 
N
D
 
D
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
Q
M
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
K
S
 
K
A
 
V
R
 
R
A
 
E
Y
 
C
C
 
M
Q
 
E
D
 
K
R
 
E
L
 
V
M
 
A
G
 
P
R
 
I
V
 
M
L
 
T
E
 
E
A
 
Y
F
 
W
R
 
E
H
 
K
E
 
A
H
 
E
F
 
F
H
 
P
R
 
F
E
 
H
I
 
I
M
 
T
A
 
P
E
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
A
L
 
M
G
 
G
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
T
 
S
I
 
I
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
P
G
 
G
L
 
L
N
 
S
H
 
I
V
 
T
C
 
A
Y
 
N
G
 
A
L
 
I
V
 
A
A
 
T
R
 
A
E
 
E
V
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
A
G
 
S
Y
 
C
R
 
S
S
 
T
A
 
F
M
 
I
S
 
L
V
 
V
Q
 
H
S
 
S
S
 
S
L
 
L
V
 
G
M
 
M
H
 
L
P
 
T
I
 
I
H
 
A
A
 
L
Y
 
C
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
G
 
S
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
G
 
L
T
 
N
L
 
T
V
 
V
G
 
A
C
 
C
F
 
W
G
 
A
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
A
G
 
S
S
 
G
M
 
L
K
 
G
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
T
K
 
K
V
 
V
A
 
E
G
 
G
G
 
G
W
 
W
T
 
K
L
 
I
S
 
N
G
 
G
S
 
Q
K
 
K
T
 
R
W
|
W
I
 
I
T
 
G
N
 
N
S
 
S
P
 
T
I
 
F
A
 
A
D
 
D
I
 
L
F
 
L
V
 
I
V
 
I
W
 
F
A
 
A
K
 
R
D
 
N
E
 
T
A
 
T
G
 
T
D
 
N
-
 
Q
I
 
I
R
 
N
G
 
G
W
 
F
V
 
I
L
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
D
M
 
A
A
 
P
G
 
G
L
 
L
S
 
K
A
 
A
P
 
T
K
 
K
I
 
I
E
 
P
G
 
N
K
 
K
F
 
I
S
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
S
 
V
V
 
Q
T
x
N
G
 
G
M
 
D
I
 
I
M
 
L
M
 
L
D
 
Q
E
 
N
V
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
D
E
 
E
N
 
D
L
 
R
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
V
K
 
N
G
 
S
L
 
F
S
 
Q
G
 
D
P
 
T
F
 
S
G
 
K
C
 
V
L
 
L
N
 
A
K
 
V
A
x
S
R
 
R
Y
 
V
G
 
M
I
 
V
A
 
A
W
 
W
G
 
Q
A
 
P
M
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
S
E
 
M
F
 
G
C
 
I
W
 
Y
H
 
D
A
 
M
A
 
C
R
 
H
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
L
L
 
K
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
M
 
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
A
P
 
P
L
|
L
A
 
A
A
 
A
T
x
F
Q
 
Q
L
 
L
I
x
N
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
L
T
 
G
E
 
N
I
 
V
A
 
Q
L
 
A
G
 
M
L
 
F
Q
 
L
G
 
M
A
 
G
L
 
W
A
 
R
L
 
L
G
 
C
R
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
E
A
 
T
G
 
G
T
 
Q
W
 
M
A
 
T
P
 
P
E
 
G
A
 
Q
I
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
G
K
 
K
R
 
A
N
 
W
N
 
I
C
 
S
G
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
R
D
 
E
I
 
T
A
 
A
R
 
S
V
 
L
A
 
G
R
 
R
D
x
E
M
x
L
H
 
L
G
 
G
G
|
G
N
 
N
G
 
G
I
|
I
A
 
L
D
 
A
E
 
D
Y
 
F
H
 
L
V
 
V
I
 
A
R
 
K
H
 
A
V
 
F
L
 
C
N
 
D
L
 
L
E
 
E
A
 
P
V
 
I
N
 
Y
T
 
T
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
Y
D
|
D
V
 
I
H
 
N
A
 
T
L
 
L
I
 
V
L
 
T
G
 
G
R
|
R
A
 
E
Q
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Q
 
A
A
 
S
F
 
F

4l1fA Electron transferring flavoprotein of acidaminococcus fermentans: towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation (see paper)
33% identity, 92% coverage: 27:396/404 of query aligns to 1:376/380 of 4l1fA

query
sites
4l1fA
L
 
M
D
 
D
D
 
F
Q
 
N
L
|
L
S
 
T
E
 
E
E
 
D
E
 
Q
R
x
Q
M
 
M
V
 
I
R
 
K
D
 
D
S
 
M
A
 
A
R
 
A
A
 
E
Y
 
F
C
 
A
Q
 
E
D
 
K
R
 
F
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
T
V
 
V
L
 
E
E
 
E
A
 
R
F
 
D
R
 
K
H
 
A
E
 
H
H
 
I
F
 
W
H
 
D
R
 
R
E
 
K
I
 
L
M
 
I
A
 
D
E
 
K
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
A
G
 
G
L
 
F
L
 
C
G
 
G
V
 
I
T
 
C
I
 
F
-
 
P
D
 
E
G
 
E
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
M
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
V
V
 
L
C
 
S
Y
 
Y
G
 
I
L
 
L
V
 
A
A
 
V
R
 
E
E
 
E
V
 
L
E
 
S
R
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
D
G
 
G
Y
 
T
R
 
G
S
 
I
A
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
A
Q
 
N
S
 
V
S
 
S
L
 
L
V
 
C
M
 
A
H
 
T
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
M
Y
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
K
W
 
Y
L
 
L
P
 
A
G
 
P
L
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
T
L
 
H
V
 
V
G
 
G
C
 
A
F
|
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
S
A
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
P
 
A
G
 
S
S
 
A
M
 
Q
K
 
Q
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
V
K
 
L
V
 
K
A
 
G
G
 
D
G
 
K
W
 
Y
T
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
K
I
 
E
A
 
A
D
 
D
I
 
T
F
 
Y
V
 
V
V
 
V
W
 
F
A
 
A
K
 
M
D
 
T
E
 
D
A
 
K
G
 
S
D
 
Q
-
 
G
-
 
V
-
x
H
-
 
G
I
 
I
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
M
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
R
A
 
F
P
 
G
K
 
K
I
 
I
E
 
E
G
 
D
K
 
K
F
 
M
S
 
G
L
 
G
R
 
H
A
 
T
S
 
S
V
 
I
T
 
T
G
 
A
M
 
E
I
 
L
M
 
I
M
 
F
D
 
E
E
 
D
V
 
C
F
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
P
 
K
G
 
E
A
 
G
K
 
E
G
 
G
L
x
F
S
 
K
G
 
I
P
 
A
F
x
M
G
x
E
C
 
T
L
|
L
N
x
D
K
 
G
A
x
G
R
|
R
Y
 
I
G
 
G
I
 
V
A
 
A
W
 
A
G
 
Q
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
E
F
 
G
C
 
A
W
 
L
H
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
T
 
S
L
 
K
D
 
E
R
|
R
Q
 
E
M
x
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
S
L
x
I
A
 
S
A
 
K
T
x
F
Q
 
Q
L
 
A
I
x
L
Q
 
Q
K
 
F
K
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
A
T
 
T
E
 
K
I
 
I
A
 
E
L
 
A
G
 
A
L
 
R
Q
 
Y
G
 
L
A
 
V
L
 
Y
A
 
H
L
 
A
G
 
A
R
 
M
M
 
L
L
 
K
D
 
N
A
 
E
G
 
G
T
 
K
W
 
P
A
 
Y
P
 
S
E
 
E
A
 
A
I
 
A
S
 
A
L
 
M
M
 
A
K
 
K
R
 
C
N
 
F
N
 
A
C
 
S
G
 
D
K
 
V
A
 
A
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
T
R
 
T
V
 
D
A
 
A
R
 
V
D
x
Q
M
x
I
H
 
F
G
 
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
Y
A
 
T
D
 
V
E
 
D
Y
 
Y
H
 
P
V
 
A
I
 
E
R
 
R
H
 
Y
V
 
M
L
 
R
N
 
N
L
 
A
E
 
K
A
x
I
V
 
T
N
 
Q
T
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
|
G
T
|
T
H
 
N
D
x
Q
V
 
V
H
 
M
A
 
R
L
 
I
I
 
V
L
 
T
G
 
S
R
|
R
A
 
A

4n5fA Crystal structure of a putative acyl-coa dehydrogenase with bound fadh2 from burkholderia cenocepacia j2315
34% identity, 91% coverage: 27:395/404 of query aligns to 2:376/378 of 4n5fA

query
sites
4n5fA
L
 
M
D
 
D
D
 
E
Q
 
L
L
 
Y
S
 
T
E
 
E
E
 
D
E
 
Q
R
 
R
M
 
M
V
 
I
R
 
R
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Y
 
F
C
 
A
Q
 
T
D
 
E
R
 
M
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
N
V
 
A
L
 
A
E
 
Q
A
 
W
F
 
D
R
 
H
H
 
D
E
 
A
H
 
H
F
 
L
H
 
P
R
 
D
E
 
A
I
 
I
M
 
V
A
 
A
E
 
Q
M
 
L
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
M
T
 
I
I
 
V
-
 
P
D
 
Q
G
 
E
Y
 
L
G
 
G
C
 
G
A
 
S
G
 
Y
L
 
T
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
M
R
 
E
E
 
E
V
 
V
E
 
A
R
 
A
V
 
G
D
 
D
S
 
A
G
 
A
Y
 
C
R
 
A
S
 
T
A
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
H
S
 
N
S
 
S
L
 
V
V
 
G
M
 
C
H
 
G
P
 
P
I
 
I
H
 
L
A
 
G
Y
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
P
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
W
 
W
L
 
L
P
 
A
G
 
D
L
 
M
A
 
A
S
 
A
G
 
G
T
 
R
L
 
V
V
 
I
G
 
G
C
 
A
F
 
F
G
 
C
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
H
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
E
P
 
A
G
 
N
S
 
N
M
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
E
K
 
L
V
 
R
A
 
D
G
 
G
G
 
Q
W
 
W
T
 
V
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
A
K
 
K
T
 
Q
W
x
F
I
 
V
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
Q
I
 
R
A
 
A
D
 
G
I
 
V
F
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
A
 
A
-
 
M
-
 
T
K
 
D
D
 
P
E
 
E
A
 
A
G
 
G
D
 
K
-
 
R
-
 
G
I
 
I
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
L
L
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
I
A
 
V
P
 
G
K
 
K
I
 
P
E
 
E
G
 
K
K
 
K
F
 
M
S
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
D
T
|
T
G
 
C
M
 
P
I
 
I
M
 
T
M
 
F
D
 
E
E
 
N
V
 
C
F
 
A
V
 
I
P
 
P
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
G
G
 
N
-
 
R
A
 
G
K
 
E
G
 
G
L
 
L
S
 
K
G
 
I
P
 
A
F
 
L
G
 
S
C
 
N
L
 
L
N
 
E
K
 
G
A
x
G
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
A
G
 
Q
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
A
C
 
A
W
 
F
H
 
D
A
 
K
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
A
L
 
G
D
 
E
R
 
R
Q
 
V
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
E
T
 
H
Q
 
Q
L
 
A
I
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
A
T
 
V
E
 
Q
I
 
I
-
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
L
-
 
V
-
 
H
-
 
H
-
 
A
-
 
A
A
 
K
L
 
L
G
 
R
L
 
T
Q
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
P
A
 
C
L
 
L
G
 
S
R
 
E
M
 
A
L
 
S
D
 
Q
A
 
A
G
 
K
T
 
L
W
 
F
A
 
A
P
 
S
E
 
E
A
 
-
I
 
-
S
 
-
L
 
-
M
 
M
K
 
A
R
 
E
N
 
R
N
 
V
C
 
C
G
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
I
D
 
Q
I
 
I
A
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
M
 
-
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
Y
A
 
L
D
 
V
E
 
D
Y
 
Y
H
 
E
V
 
V
I
 
E
R
 
R
H
 
H
V
 
Y
L
 
R
N
 
D
L
 
A
E
 
R
A
 
I
V
 
T
N
 
Q
T
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
 
V
H
 
Q
A
 
R
L
x
M
I
 
V
L
 
I
G
 
A
R
|
R

2dvlA Crystal structure of project tt0160 from thermus thermophilus hb8
35% identity, 90% coverage: 31:395/404 of query aligns to 1:366/370 of 2dvlA

query
sites
2dvlA
L
 
L
S
 
T
E
 
Q
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
M
 
L
V
 
V
R
 
L
D
 
D
S
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
R
Y
 
V
C
 
A
Q
 
R
D
 
E
R
 
V
L
 
L
M
 
Y
G
 
P
R
 
L
V
 
A
L
 
P
E
 
E
A
 
Y
F
 
D
R
 
R
H
 
K
E
 
A
H
 
E
F
 
Y
H
 
P
R
 
W
E
 
P
I
 
Q
M
 
L
A
 
K
E
 
A
M
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
M
T
 
T
I
 
T
-
 
P
D
 
E
G
 
E
Y
 
W
G
 
G
C
 
G
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
S
V
 
V
C
 
T
Y
 
W
G
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
L
R
 
E
E
 
E
V
 
L
E
 
A
R
 
A
V
 
A
D
 
D
S
 
P
G
 
S
Y
 
V
R
 
A
S
 
V
A
 
I
M
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
T
S
 
S
S
 
G
L
 
L
V
 
P
M
 
Q
H
 
Y
P
 
M
I
 
L
H
 
L
A
 
R
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
E
E
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
R
R
 
R
W
 
Y
L
 
L
P
 
V
G
 
P
L
 
L
A
 
A
S
 
R
G
 
G
T
 
E
L
 
W
V
 
I
G
 
G
C
 
A
F
 
F
G
 
C
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
Q
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
A
G
 
K
S
 
S
M
 
L
K
 
R
T
 
A
R
 
E
A
 
A
R
 
R
K
 
R
V
 
V
A
 
K
G
 
G
G
 
G
W
 
F
T
 
V
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
V
K
 
K
T
 
S
W
|
W
I
|
I
T
|
T
N
 
S
S
 
A
P
 
G
I
 
H
A
 
A
D
 
H
I
 
L
F
 
Y
V
 
V
V
 
V
W
 
M
A
 
A
K
 
R
D
 
T
E
 
E
A
 
K
G
 
G
D
 
-
I
 
I
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
L
L
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
G
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
F
P
 
G
K
 
R
I
 
P
E
 
E
G
 
E
K
 
K
F
 
M
S
 
G
L
 
L
R
 
H
A
 
A
S
 
A
V
 
H
T
 
T
G
 
A
M
 
E
I
 
V
M
 
R
M
 
L
D
 
E
E
 
E
V
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
P
 
E
G
 
E
A
 
G
K
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
Y
P
 
A
F
 
L
G
 
A
C
 
G
L
 
L
N
 
D
K
 
S
A
x
G
R
 
R
Y
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
A
W
 
A
G
 
Q
A
 
A
M
 
V
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
G
C
 
A
W
 
F
H
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
Y
 
Y
T
 
A
L
 
E
D
 
E
R
 
R
Q
 
E
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
K
L
 
L
A
 
K
A
 
E
T
 
H
Q
 
Q
L
 
A
I
 
I
Q
 
A
K
 
F
K
 
K
L
 
I
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
H
T
 
V
E
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
A
G
 
A
L
 
R
Q
 
A
G
 
L
A
 
V
L
 
L
A
 
E
L
 
A
G
 
A
R
 
R
M
 
K
L
 
K
D
 
D
A
 
R
G
 
G
T
 
E
W
 
R
A
 
F
P
 
T
E
 
L
A
 
E
I
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
A
K
 
K
R
 
L
N
 
F
N
 
A
C
 
S
G
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
V
D
 
E
I
 
V
A
 
T
R
 
R
V
 
E
A
 
A
R
 
V
D
 
Q
M
 
V
H
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
Y
A
 
H
D
 
R
E
 
D
Y
 
Y
H
 
R
V
 
V
I
 
E
R
 
R
H
 
Y
V
 
Y
L
 
R
N
 
D
L
 
A
E
 
K
A
 
V
V
 
T
N
 
E
T
 
I
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
 
I
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
I
 
V
L
 
I
G
 
A
R
|
R

5lnxD Crystal structure of mmgc, an acyl-coa dehydrogenase from bacillus subtilis.
34% identity, 89% coverage: 36:395/404 of query aligns to 11:370/374 of 5lnxD

query
sites
5lnxD
R
 
K
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
K
Y
 
E
C
 
I
Q
 
A
D
 
P
R
 
-
L
 
-
M
 
A
G
 
A
R
 
E
V
 
I
L
 
M
E
 
E
A
 
-
F
 
-
R
 
K
H
 
T
E
 
D
H
 
E
F
 
F
H
 
P
R
 
F
E
 
Q
I
 
L
M
 
I
A
 
K
E
 
K
M
 
M
G
 
G
E
 
K
L
 
H
G
 
G
L
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
I
T
 
P
I
 
V
-
 
P
D
 
E
G
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
A
G
 
G
L
 
A
N
 
D
H
 
V
V
 
V
C
 
S
Y
 
Y
G
 
I
L
 
L
V
 
A
A
 
I
R
 
H
E
 
E
V
 
I
E
 
S
R
 
R
V
 
I
D
 
S
S
 
A
G
 
A
Y
 
V
R
 
G
S
 
V
A
 
I
M
 
L
S
 
S
V
 
V
Q
 
H
S
 
T
S
 
S
L
 
V
V
 
G
M
 
T
H
 
N
P
 
P
I
 
I
H
 
L
A
 
Y
Y
 
F
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
M
R
 
K
W
 
Y
L
 
I
P
 
P
G
 
N
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
D
L
 
H
V
 
L
G
 
G
C
 
A
F
 
F
G
 
A
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
H
A
 
S
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
I
K
 
K
V
 
K
A
 
N
G
 
G
G
 
K
W
 
Y
T
 
L
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
I
 
I
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
G
I
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
F
 
Y
V
 
I
V
 
T
W
 
F
A
 
A
K
 
L
D
 
T
E
 
A
A
 
P
G
 
D
D
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
H
-
 
G
I
 
I
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
I
L
 
V
E
 
E
K
 
K
G
 
N
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
T
A
 
V
P
 
G
K
 
K
I
 
K
E
 
E
G
 
R
K
 
K
F
 
L
S
 
G
L
 
L
R
 
Y
A
 
G
S
 
S
V
 
N
T
 
T
G
 
T
M
 
E
I
 
L
M
 
I
M
 
F
D
 
D
E
 
N
V
 
A
F
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
P
 
K
G
 
E
A
 
G
K
 
D
G
 
G
L
 
F
S
 
H
G
 
I
P
 
A
F
 
M
G
 
A
C
 
N
L
 
L
N
 
N
K
 
V
A
x
G
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
A
G
 
Q
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
E
F
 
A
C
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
H
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
Y
 
Y
T
 
A
L
 
K
D
 
Q
R
|
R
Q
 
V
M
x
Q
F
|
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
L
x
I
A
 
A
A
 
A
T
x
N
Q
 
Q
L
 
G
I
|
I
Q
 
S
K
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
A
T
 
T
E
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
R
M
 
A
L
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
R
T
 
H
W
 
L
A
 
V
P
 
Y
E
 
H
A
 
A
I
 
A
S
 
D
L
 
L
M
 
H
K
 
N
R
 
R
N
 
L
N
 
N
C
 
C
G
 
G
K
 
K
A
 
E
L
 
A
D
 
S
I
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
Q
-
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
D
A
 
A
R
 
V
D
x
Q
M
x
I
H
 
Y
G
 
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
Y
A
 
M
D
 
K
E
 
D
Y
 
Y
H
 
P
V
 
V
I
 
E
R
 
R
H
 
L
V
 
L
L
 
R
N
 
D
L
 
A
E
 
K
A
 
V
V
 
T
N
 
Q
T
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
N
D
x
E
V
 
I
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
I
 
I
L
 
I
G
 
S
R
x
K

4m9aB Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase from burkholderia thailandensis e264
34% identity, 91% coverage: 28:395/404 of query aligns to 1:374/376 of 4m9aB

query
sites
4m9aB
D
 
D
D
 
D
Q
 
L
L
 
Y
S
 
T
E
 
E
E
 
D
E
 
Q
R
 
R
M
 
M
V
 
I
R
 
L
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Y
 
F
C
 
C
Q
 
A
D
 
E
R
 
V
L
 
L
M
 
A
G
 
P
R
 
N
V
 
A
L
 
A
E
 
Q
A
 
W
F
 
D
R
 
R
H
 
E
E
 
S
H
 
H
F
 
L
H
 
P
R
 
D
E
 
E
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
Q
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
M
T
 
I
I
 
V
D
 
P
G
 
A
-
 
D
Y
 
W
G
 
G
C
 
G
A
 
S
G
 
Y
L
 
T
N
 
D
H
 
Y
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
L
R
 
E
E
 
E
V
 
I
E
 
A
R
 
A
V
 
G
D
 
C
S
 
A
G
 
S
Y
 
C
R
 
A
S
 
T
A
 
L
M
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
H
S
 
N
S
 
S
L
 
V
V
 
G
M
 
C
H
 
G
P
 
P
I
 
V
H
 
L
A
 
N
Y
 
Y
G
 
G
S
 
T
E
 
T
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
R
 
R
W
 
W
L
 
L
P
 
R
G
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
K
L
 
T
V
 
V
G
 
G
C
 
A
F
|
F
G
 
S
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
H
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
E
P
 
A
G
 
H
S
 
N
M
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
R
 
E
K
 
L
V
 
R
A
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
W
T
 
I
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
Q
W
x
F
I
 
V
T
|
T
N
 
N
S
 
G
P
 
A
I
 
R
A
 
A
D
 
G
I
 
L
F
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
A
 
A
K
 
M
D
 
T
E
 
D
A
 
P
G
 
D
D
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
G
I
 
L
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
V
L
 
V
E
 
P
K
 
T
G
 
D
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
I
A
 
V
P
 
G
K
 
K
I
 
P
E
 
E
G
 
K
K
 
K
F
 
M
S
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
D
T
|
T
G
 
C
M
 
P
I
 
I
M
 
T
M
 
L
D
 
E
E
 
N
V
 
C
F
 
A
V
 
I
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
P
 
K
G
 
R
A
 
G
K
 
E
G
 
G
L
 
L
S
 
K
G
 
I
P
 
A
F
 
L
G
 
S
C
 
N
L
 
L
N
 
E
K
 
G
A
x
G
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
A
G
 
Q
A
 
A
M
 
T
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
A
C
 
A
W
 
F
H
 
D
A
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
Q
 
V
M
 
Q
F
 
F
G
 
G
R
 
K
P
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
E
T
 
H
Q
 
Q
L
 
A
I
 
I
Q
 
A
K
 
E
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
N
M
 
M
Q
 
A
T
 
T
E
 
Q
I
 
I
A
 
N
L
 
A
G
 
A
L
 
R
Q
 
L
G
 
L
A
 
T
L
 
H
A
 
H
L
 
A
G
 
A
R
 
R
M
 
L
L
 
R
D
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
L
W
 
P
A
 
C
P
 
L
E
 
S
A
 
E
I
 
A
S
 
S
L
 
Q
M
 
A
K
 
K
R
 
L
N
 
F
N
 
A
C
 
S
G
 
E
K
 
M
A
 
A
L
 
E
D
 
A
I
 
V
A
 
C
R
 
S
V
 
D
A
 
A
R
 
I
D
 
Q
M
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
L
D
 
V
E
 
D
Y
 
Y
H
 
E
V
 
V
I
 
E
R
 
R
H
 
H
V
 
Y
L
 
R
N
 
D
L
 
A
E
 
R
A
 
I
V
 
T
N
 
Q
T
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
 
V
H
 
Q
A
 
R
L
x
M
I
 
V
L
 
I
G
 
A
R
|
R

7szvA Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase from mycobacterium marinum in complex with fda
33% identity, 91% coverage: 31:396/404 of query aligns to 2:369/372 of 7szvA

query
sites
7szvA
L
 
L
S
 
P
E
 
K
E
 
E
E
 
Y
R
 
Q
M
 
D
V
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
T
A
 
V
R
 
A
A
 
D
Y
 
F
C
 
A
Q
 
R
D
 
S
R
 
-
L
 
V
M
 
V
G
 
A
R
 
P
V
 
V
L
 
S
E
 
A
A
 
K
F
 
H
R
 
D
H
 
E
E
 
E
H
 
H
-
 
S
F
 
F
H
 
P
R
 
Y
E
 
E
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
K
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
L
T
 
P
I
 
F
-
 
P
D
 
E
G
 
E
Y
 
Y
G
 
G
C
 
G
A
 
M
G
 
G
L
 
G
N
 
D
H
 
Y
V
 
F
C
 
A
Y
 
L
G
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
L
R
 
E
E
 
E
V
 
L
E
 
G
R
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
Q
G
 
S
Y
 
V
R
 
A
S
 
I
A
 
T
M
 
L
S
 
E
V
 
A
Q
 
G
S
 
V
S
 
G
L
 
L
V
 
G
M
 
A
H
 
M
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
A
 
R
Y
 
F
G
 
G
S
 
N
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
S
R
 
K
W
 
W
L
 
L
P
 
P
G
 
D
L
 
L
A
 
L
S
 
A
G
 
G
T
 
R
L
 
A
V
 
L
G
 
A
C
 
G
F
 
F
G
 
G
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
P
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
T
K
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
R
K
 
L
V
 
D
A
 
G
G
 
G
G
 
E
W
 
W
T
 
V
L
 
V
S
 
N
G
 
G
S
 
S
K
 
K
T
 
Q
W
x
F
I
|
I
T
|
T
N
 
N
S
 
S
P
 
G
I
 
T
A
 
D
D
 
I
I
 
T
F
 
S
V
 
L
V
 
V
W
 
T
A
 
I
K
 
T
D
 
A
E
 
V
A
 
T
G
 
K
D
 
E
I
 
I
R
 
S
G
 
T
W
 
I
V
 
I
L
 
V
E
 
P
K
 
S
G
 
G
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
F
S
 
I
A
 
V
P
 
E
K
 
P
I
 
V
E
 
Y
G
 
N
K
|
K
F
 
V
S
 
G
L
 
W
R
 
N
A
 
A
S
 
S
V
 
D
T
 
T
G
 
H
M
 
P
I
 
L
M
 
S
M
 
F
D
 
D
E
 
D
V
 
A
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
P
 
I
G
 
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
Y
S
 
A
G
 
N
P
 
F
F
 
L
G
 
S
C
 
I
L
 
L
N
 
D
K
 
E
A
 
G
R
 
R
Y
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
W
 
A
G
 
L
A
 
A
M
 
T
G
 
G
A
 
V
A
 
A
E
 
Q
F
 
G
C
 
C
W
 
V
H
 
D
A
 
E
A
 
S
R
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
T
 
A
L
 
K
D
 
E
R
|
R
Q
 
Q
M
x
S
F
 
F
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
I
A
 
G
A
 
S
T
x
Y
Q
 
Q
L
 
A
I
|
I
Q
 
S
K
 
F
K
 
K
L
 
I
A
 
A
D
 
R
M
 
M
Q
 
E
T
 
A
E
 
R
I
 
A
A
 
H
L
 
V
G
 
A
L
 
R
Q
 
T
G
 
A
A
 
Y
L
 
Y
-
 
E
A
 
A
L
 
A
G
 
A
R
 
K
M
 
M
L
 
L
D
 
A
A
 
G
G
 
K
T
 
P
W
 
F
A
 
K
P
 
K
E
 
E
A
 
A
I
 
-
S
 
A
L
 
I
M
 
A
K
 
K
R
 
M
N
 
I
N
 
S
C
 
S
G
 
E
K
 
A
A
 
A
L
 
M
D
 
D
I
 
N
A
 
A
R
 
R
V
 
D
A
 
A
R
 
T
D
x
Q
M
x
V
H
 
H
G
|
G
G
|
G
N
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
M
D
 
N
E
 
E
Y
 
Y
H
 
P
V
 
V
I
 
A
R
 
R
H
 
H
V
 
Y
L
 
R
N
 
D
L
 
S
E
 
K
A
 
I
V
 
L
N
 
E
T
 
I
Y
 
G
E
 
E
G
 
G
T
|
T
H
 
T
D
x
E
V
 
V
H
 
Q
A
 
L
L
 
M
I
 
L
L
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
S

1jqiA Crystal structure of rat short chain acyl-coa dehydrogenase complexed with acetoacetyl-coa (see paper)
32% identity, 90% coverage: 30:394/404 of query aligns to 6:376/384 of 1jqiA

query
sites
1jqiA
Q
 
E
L
 
L
S
 
P
E
 
E
E
 
T
E
 
H
R
 
Q
M
 
M
V
 
L
R
 
R
D
 
Q
S
 
T
A
 
C
R
 
R
A
 
D
Y
 
F
C
 
A
Q
 
E
D
 
K
R
 
E
L
 
L
M
 
V
G
 
P
R
 
I
V
 
A
L
 
A
E
 
Q
A
 
L
F
 
D
R
 
K
H
 
E
E
 
H
H
 
L
F
 
F
H
 
P
R
 
T
E
 
S
I
 
Q
M
 
V
A
 
K
E
 
K
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
M
T
 
D
I
 
V
-
 
P
D
 
E
G
 
E
Y
 
L
G
 
S
C
 
G
A
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
D
H
 
Y
V
 
L
C
 
A
Y
 
Y
G
 
S
L
 
I
V
 
A
A
 
L
R
 
E
E
 
E
V
 
I
E
 
S
R
 
R
V
 
G
D
 
C
S
 
A
G
 
S
Y
 
T
R
 
G
S
 
V
A
 
I
M
 
M
S
 
S
V
 
V
Q
 
N
S
 
N
S
 
S
L
|
L
V
 
Y
M
 
L
H
 
G
P
 
P
I
 
I
H
 
L
A
 
K
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
S
E
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
Q
W
 
W
L
 
I
P
 
T
G
 
P
L
 
F
A
 
T
S
 
N
G
 
G
T
 
D
L
 
K
V
 
I
G
 
G
C
 
C
F
|
F
G
 
A
L
|
L
T
x
S
E
 
E
P
 
P
D
 
G
A
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
P
 
A
G
 
G
S
 
A
M
 
A
K
 
S
T
 
T
R
 
T
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
E
A
 
G
G
 
D
G
 
S
W
 
W
T
 
V
L
 
L
S
 
N
G
 
G
S
 
T
K
 
K
T
 
A
W
|
W
I
 
I
T
|
T
N
 
N
S
 
S
P
 
W
I
 
E
A
 
A
D
 
S
I
 
A
F
 
T
V
 
V
V
 
V
W
 
F
A
 
A
K
 
S
D
 
T
E
 
D
A
 
R
G
 
S
D
 
R
-
 
Q
-
 
N
-
 
K
-
 
G
I
 
I
R
 
S
G
 
A
W
 
F
V
 
L
L
 
V
E
 
P
K
 
M
G
 
P
M
 
T
A
 
P
G
 
G
L
 
L
S
 
T
A
 
L
P
 
G
K
 
K
I
 
K
E
 
E
G
 
D
K
 
K
F
 
L
S
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
S
V
 
S
T
 
T
G
 
A
M
 
N
I
 
L
M
 
I
M
 
F
D
 
E
E
 
D
V
 
C
F
 
R
V
 
I
P
 
P
E
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
M
K
 
-
G
 
G
L
x
F
S
 
K
G
 
I
P
 
A
F
x
M
G
x
Q
C
 
T
L
|
L
N
x
D
K
 
M
A
 
G
R
|
R
Y
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
W
 
S
G
 
Q
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
A
E
 
Q
F
 
A
C
 
S
W
 
L
H
 
D
A
 
C
A
 
A
R
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
T
 
A
L
 
E
D
 
N
R
|
R
Q
 
H
M
 
A
F
|
F
G
 
G
R
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
T
A
 
K
T
x
L
Q
 
Q
L
 
N
I
 
I
Q
 
Q
K
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
M
Q
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
A
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
L
Q
 
E
G
 
S
A
 
A
L
 
R
A
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
W
-
 
R
-
 
A
G
 
A
R
 
M
M
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
N
G
 
K
T
 
K
W
 
P
A
 
F
P
 
T
E
 
K
A
 
E
I
 
S
S
 
A
L
 
M
M
 
A
K
 
K
R
 
L
N
 
A
N
 
A
C
 
S
G
 
E
K
 
A
A
 
A
L
 
T
D
 
A
I
 
I
A
 
S
R
 
H
V
 
Q
A
 
A
R
 
I
D
x
Q
M
x
I
H
 
L
G
 
G
G
|
G
N
 
M
G
 
G
I
 
Y
A
 
V
D
 
T
E
 
E
Y
 
M
H
 
P
V
 
A
I
 
E
R
 
R
H
 
Y
V
 
Y
L
 
R
N
 
D
L
 
A
E
 
R
A
x
I
V
 
T
N
 
E
T
 
I
Y
|
Y
E
|
E
G
|
G
T
|
T
H
 
S
D
x
E
V
x
I
H
 
Q
A
 
R
L
 
L
I
 
V
L
 
I
G
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012565383.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012565383.1
MADVPETGLPQKTPKGSPFRWEDPLRLDDQLSEEERMVRDSARAYCQDRLMGRVLEAFRH
EHFHREIMAEMGELGLLGVTIDGYGCAGLNHVCYGLVAREVERVDSGYRSAMSVQSSLVM
HPIHAYGSEEQRQRWLPGLASGTLVGCFGLTEPDAGSDPGSMKTRARKVAGGWTLSGSKT
WITNSPIADIFVVWAKDEAGDIRGWVLEKGMAGLSAPKIEGKFSLRASVTGMIMMDEVFV
PEENLLPGAKGLSGPFGCLNKARYGIAWGAMGAAEFCWHAARQYTLDRQMFGRPLAATQL
IQKKLADMQTEIALGLQGALALGRMLDAGTWAPEAISLMKRNNCGKALDIARVARDMHGG
NGIADEYHVIRHVLNLEAVNTYEGTHDVHALILGRAQTGLQAFG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory