SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012568239.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568239.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

1nsjA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase from thermotoga maritima (see paper)
40% identity, 99% coverage: 3:214/214 of query aligns to 2:205/205 of 1nsjA

query
sites
1nsjA
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
K
 
K
I
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
N
 
T
R
 
N
P
 
L
D
 
E
A
 
D
L
 
A
A
 
L
A
 
F
A
 
S
V
 
V
A
 
E
G
 
S
G
 
G
A
 
A
R
 
D
Y
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
F
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
E
 
P
R
 
K
S
 
S
P
 
K
R
 
R
H
 
Y
V
 
I
A
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
D
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
I
A
 
S
R
 
V
Q
 
E
V
 
L
P
 
P
T
 
P
G
 
F
V
 
V
R
 
F
V
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
V
F
 
F
V
 
V
D
 
N
P
 
E
D
 
E
A
 
P
L
 
E
M
 
K
L
 
I
E
 
L
R
 
D
V
 
V
L
 
A
G
 
S
S
 
Y
V
 
V
P
 
Q
L
 
L
D
 
N
L
 
A
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
P
P
 
I
E
 
E
R
 
L
V
 
C
A
 
R
A
 
K
V
 
I
R
 
-
A
 
-
A
 
A
H
 
E
G
 
R
I
 
I
E
 
L
V
 
V
M
 
I
K
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
N
A
 
E
A
 
R
D
 
D
L
 
M
D
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
N
Y
 
Y
E
 
R
G
 
E
A
 
F
C
 
P
D
 
-
R
 
-
L
 
I
L
 
L
F
 
L
D
|
D
A
 
T
K
 
K
A
 
T
P
 
P
K
 
E
G
 
Y
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
G
|
G
G
 
G
N
 
S
G
 
G
L
 
K
S
 
T
F
 
F
D
 
D
W
 
W
T
 
S
L
 
L
-
 
I
L
 
L
A
 
P
G
 
Y
R
 
R
T
 
D
W
 
R
A
 
F
R
 
R
P
 
Y
W
 
L
M
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
P
G
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
R
E
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
D
A
 
V
T
 
V
G
 
R
A
 
P
T
 
F
A
 
A
V
 
V
D
 
D
V
|
V
S
|
S
S
|
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E
D
 
A
R
 
F
P
 
P
G
 
G
H
 
K
K
 
K
D
 
D
P
 
H
A
 
D
L
 
S
V
 
I
A
 
K
G
 
M
F
 
F
L
 
I
A
 
K
C
 
N
A
 
A
A
 
K
A
 
G
L
 
L

1lbmA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase (prai) in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5- phosphate (rcdrp) (see paper)
38% identity, 99% coverage: 3:214/214 of query aligns to 2:194/194 of 1lbmA

query
sites
1lbmA
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
K
 
K
I
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
N
 
T
R
 
N
P
 
L
D
 
E
A
 
D
L
 
A
A
 
L
A
 
F
A
 
S
V
 
V
A
 
E
G
 
S
G
 
G
A
 
A
R
 
D
Y
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
F
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
E
 
P
R
 
K
S
|
S
P
 
K
R
|
R
H
 
Y
V
 
I
A
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
D
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
I
A
 
S
R
 
V
Q
 
E
V
 
L
P
 
P
T
 
P
G
 
F
V
 
V
R
 
F
V
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
V
F
 
F
V
 
V
D
 
N
P
 
E
D
 
E
A
 
P
L
 
E
M
 
K
L
 
I
E
 
L
R
 
D
V
 
V
L
 
A
G
 
S
S
 
Y
V
 
V
P
 
Q
L
 
L
D
 
N
L
 
A
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
P
P
 
I
E
 
E
R
 
L
V
 
C
A
 
R
A
 
K
V
 
I
R
 
-
A
 
-
A
 
A
H
 
E
G
 
R
I
 
I
E
 
L
V
 
V
M
 
I
K
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
N
A
 
E
A
 
R
D
 
D
L
 
M
D
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
N
Y
 
Y
E
 
R
G
 
E
A
 
F
C
 
P
D
 
-
R
 
-
L
 
I
L
 
L
F
 
L
D
|
D
A
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
T
F
 
F
D
 
D
W
 
W
T
 
S
L
 
L
-
 
I
L
 
L
A
 
P
G
 
Y
R
 
R
T
 
D
W
 
R
A
 
F
R
 
R
P
 
Y
W
 
L
M
 
V
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
L
 
L
N
 
N
A
 
P
G
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
R
E
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
D
A
 
V
T
 
V
G
 
R
A
 
P
T
 
F
A
 
A
V
 
V
D
|
D
V
 
V
S
|
S
S
|
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E
D
 
A
R
 
F
P
 
P
G
 
G
H
 
K
K
 
K
D
 
D
P
 
H
A
 
D
L
 
S
V
 
I
A
 
K
G
 
M
F
 
F
L
 
I
A
 
K
C
 
N
A
 
A
A
 
K
A
 
G
L
 
L

1piiA Three-dimensional structure of the bifunctional enzyme phosphoribosylanthranilate isomerase: indoleglycerolphosphate synthase from escherichia coli refined at 2.0 angstroms resolution (see paper)
33% identity, 94% coverage: 6:206/214 of query aligns to 258:444/452 of 1piiA

query
sites
1piiA
K
 
K
I
 
V
C
|
C
G
 
G
I
 
L
N
 
T
R
 
R
P
 
G
D
 
Q
A
 
D
L
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
Y
A
 
D
G
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
I
Y
 
Y
V
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
I
F
 
F
Y
 
V
E
 
A
R
 
T
S
 
S
P
 
P
R
 
R
H
 
C
V
 
V
A
 
N
P
 
V
E
 
E
L
 
Q
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
V
A
 
M
R
 
A
Q
 
A
V
 
A
P
 
P
T
 
-
G
 
-
V
 
L
R
 
Q
V
 
Y
V
 
V
G
 
G
L
 
V
F
 
F
V
 
R
D
 
N
P
 
H
D
 
D
A
 
I
L
 
A
M
 
D
L
 
V
E
 
V
R
 
D
V
 
K
L
 
A
G
 
K
S
 
V
V
 
L
P
 
S
L
 
L
D
 
A
L
 
A
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
N
E
 
E
T
 
E
P
 
Q
E
 
L
R
 
Y
V
 
I
A
 
D
A
 
T
V
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
-
 
L
-
 
P
H
 
A
G
 
H
I
 
V
E
 
A
V
 
I
M
 
W
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
S
V
 
V
A
 
G
G
 
E
A
 
T
A
 
L
D
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
P
A
 
A
A
 
R
Y
 
E
E
 
F
G
 
Q
A
 
H
C
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
Y
L
 
V
F
 
L
D
|
D
A
 
N
K
 
G
A
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
S
G
|
G
L
 
Q
S
 
R
F
 
F
D
 
D
W
 
W
T
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
G
R
 
Q
T
 
S
W
 
L
A
 
G
R
 
N
P
 
V
W
 
-
M
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
|
G
L
 
L
N
 
G
A
 
A
G
 
D
N
 
N
L
 
C
A
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
A
R
 
Q
A
 
-
T
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
F
S
x
N
S
|
S
G
 
A
V
 
V
E
 
E
D
 
S
R
 
Q
P
 
P
G
 
G
H
 
I
K
 
K
D
 
D
P
 
A
A
 
R
L
 
L
V
 
L
A
 
A
G
 
S

Sites not aligning to the query:

7etyA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1- deoxyribulose 5-phosphate (rcdrp) (see paper)
32% identity, 88% coverage: 6:193/214 of query aligns to 259:440/470 of 7etyA

query
sites
7etyA
K
 
K
I
 
V
C
|
C
G
 
G
I
 
L
N
 
T
R
 
S
P
 
P
D
 
S
A
 
A
L
 
A
A
 
Q
A
 
T
A
 
A
V
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
V
Y
 
Y
V
 
G
G
 
G
L
 
L
V
x
I
F
 
F
Y
 
E
E
 
E
R
 
A
S
|
S
P
 
P
R
|
R
H
 
N
V
 
V
A
 
S
P
 
R
E
 
E
L
 
T
A
 
L
A
 
Q
E
 
K
L
 
I
A
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
N
-
 
L
R
 
R
Q
 
Y
V
 
V
P
 
A
T
 
V
G
 
S
V
x
R
R
 
R
V
 
T
V
 
S
G
 
G
L
 
-
F
 
Y
V
 
K
D
 
D
P
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
M
 
L
L
 
V
E
 
D
R
 
G
V
 
I
L
 
F
G
 
A
S
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
V
Q
 
Q
L
 
I
H
|
H
G
 
A
-
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
D
-
 
S
-
 
V
E
 
E
E
 
A
T
 
E
P
 
K
E
 
A
R
 
L
V
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
E
H
 
V
G
 
G
-
 
P
-
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
V
M
 
W
K
 
R
A
 
A
V
 
I
K
 
S
V
 
M
A
 
S
G
 
S
A
 
P
A
 
L
D
 
G
L
 
A
D
 
E
R
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
V
E
 
E
G
 
G
A
 
D
C
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
L
L
 
I
F
 
L
D
|
D
A
 
A
K
 
H
A
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
E
G
|
G
G
|
G
N
 
S
G
|
G
L
 
E
S
 
V
F
 
F
D
 
D
W
 
W
T
 
A
L
 
T
L
 
V
A
 
P
G
 
A
R
 
A
T
 
V
W
 
K
A
 
A
R
 
K
P
 
S
W
 
-
M
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
|
G
L
 
I
N
 
S
A
 
P
G
 
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
-
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
G
V
 
L
D
|
D
V
 
I
S
x
N
S
|
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7etxA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum (see paper)
32% identity, 88% coverage: 6:193/214 of query aligns to 261:442/472 of 7etxA

query
sites
7etxA
K
 
K
I
 
V
C
 
C
G
 
G
I
 
L
N
 
T
R
 
S
P
 
P
D
 
S
A
 
A
L
 
A
A
 
Q
A
 
T
A
 
A
V
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
V
Y
 
Y
V
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
I
F
 
F
Y
 
E
E
 
E
R
 
A
S
 
S
P
 
P
R
 
R
H
 
N
V
 
V
A
 
S
P
 
R
E
 
E
L
 
T
A
 
L
A
 
Q
E
 
K
L
 
I
A
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
N
-
 
L
R
 
R
Q
 
Y
V
 
V
P
 
A
T
 
V
G
 
S
V
 
R
R
 
R
V
 
T
V
 
S
G
 
G
L
 
-
F
 
Y
V
 
K
D
 
D
P
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
M
 
L
L
 
V
E
 
D
R
 
G
V
 
I
L
 
F
G
 
A
S
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
V
Q
 
Q
L
 
I
H
 
H
G
x
A
-
 
P
-
x
L
-
 
Q
-
 
D
-
 
S
-
 
V
E
 
E
E
 
A
T
 
E
P
 
K
E
 
A
R
 
L
V
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
E
H
 
V
G
 
G
-
 
P
-
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
V
M
 
W
K
x
R
A
|
A
V
 
I
K
x
S
V
 
M
A
 
S
G
 
S
A
 
P
A
 
L
D
 
G
L
 
A
D
 
E
R
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Y
 
V
E
 
E
G
 
G
A
 
D
C
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
L
L
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
H
A
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
E
G
 
G
G
 
G
N
 
S
G
 
G
L
 
E
S
 
V
F
 
F
D
 
D
W
 
W
T
 
A
L
 
T
L
 
V
A
 
P
G
 
A
R
 
A
T
 
V
W
 
K
A
 
A
R
 
K
P
 
S
W
 
-
M
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
I
N
 
S
A
 
P
G
 
D
N
 
N
L
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
-
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
I
S
 
N
S
 
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012568239.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568239.1
MPVQVKICGINRPDALAAAVAGGARYVGLVFYERSPRHVAPELAAELARQVPTGVRVVGL
FVDPDALMLERVLGSVPLDLIQLHGEETPERVAAVRAAHGIEVMKAVKVAGAADLDRAAA
YEGACDRLLFDAKAPKGVAALPGGNGLSFDWTLLAGRTWARPWMLSGGLNAGNLAEAVRA
TGATAVDVSSGVEDRPGHKDPALVAGFLACAAAL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory