SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012568436.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568436.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

1ox5A Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
29% identity, 100% coverage: 1:214/215 of query aligns to 4:215/532 of 1ox5A

query
sites
1ox5A
M
 
M
S
 
P
I
 
V
I
 
V
A
 
H
L
 
V
I
 
I
D
 
D
Y
 
V
G
 
E
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
A
 
L
A
 
T
K
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
H
A
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
I
 
L
A
 
G
A
 
Y
E
 
E
I
 
V
A
 
Q
V
 
L
T
 
V
A
 
K
D
 
S
P
 
P
E
 
K
-
 
D
-
 
F
V
 
N
V
 
I
L
 
S
R
 
G
A
 
T
D
 
S
R
 
R
V
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
G
 
G
D
 
H
C
 
F
R
 
V
R
 
D
G
 
N
L
 
L
A
 
F
A
 
N
V
 
-
P
 
R
G
 
G
M
 
F
I
 
E
A
 
K
A
 
P
L
 
I
E
 
R
E
 
E
T
 
Y
V
 
I
L
 
-
R
 
E
R
 
S
G
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
I
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
M
 
L
A
 
F
R
 
A
T
 
G
G
 
S
L
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
S
E
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
A
 
F
E
 
K
V
 
L
V
 
S
P
 
R
L
 
F
T
 
D
P
 
-
A
 
-
D
 
D
P
 
S
A
 
E
L
 
K
K
 
P
I
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
E
 
S
L
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
C
R
 
I
P
 
P
D
 
S
H
 
E
P
 
N
V
 
L
L
 
F
A
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
P
G
 
Y
T
 
K
H
 
R
A
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
H
 
A
M
 
A
V
 
I
P
 
L
A
 
N
D
 
S
P
 
E
A
 
K
Q
 
K
V
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
W
-
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
P
 
E
-
 
E
V
 
F
A
 
I
A
 
A
V
 
A
V
 
V
G
 
N
R
 
K
D
 
N
T
 
N
L
 
I
V
 
F
G
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
N
L
 
V
I
 
I
A
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

1ox4B Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
29% identity, 100% coverage: 1:214/215 of query aligns to 4:215/538 of 1ox4B

query
sites
1ox4B
M
 
M
S
 
P
I
 
V
I
 
V
A
 
H
L
 
V
I
 
I
D
 
D
Y
 
V
G
 
E
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
A
 
L
A
 
T
K
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
H
A
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
I
 
L
A
 
G
A
 
Y
E
 
E
I
 
V
A
 
Q
V
 
L
T
 
V
A
 
K
D
 
S
P
 
P
E
 
K
-
 
D
-
 
F
V
 
N
V
 
I
L
 
S
R
 
G
A
 
T
D
 
S
R
 
R
V
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
G
 
G
D
 
H
C
 
F
R
 
V
R
 
D
G
 
N
L
 
L
A
 
F
A
 
N
V
 
-
P
 
R
G
 
G
M
 
F
I
 
E
A
 
K
A
 
P
L
 
I
E
 
R
E
 
E
T
 
Y
V
 
I
L
 
-
R
 
E
R
 
S
G
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
I
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
M
 
L
A
 
F
R
 
A
T
 
G
G
 
S
L
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
S
E
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
A
 
F
E
 
K
V
 
L
V
 
S
P
 
R
L
 
F
T
 
D
P
 
-
A
 
-
D
 
D
P
 
S
A
 
E
L
 
K
K
 
P
I
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
E
 
S
L
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
C
R
 
I
P
 
P
D
 
S
H
 
E
P
 
N
V
 
L
L
 
F
A
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
P
G
 
Y
T
 
K
H
 
R
A
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
H
 
A
M
 
A
V
 
I
P
 
L
A
 
N
D
 
S
P
 
E
A
 
K
Q
 
K
V
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
W
-
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
P
 
E
-
 
E
V
 
F
A
 
I
A
 
A
V
 
A
V
 
V
G
 
N
R
 
K
D
 
N
T
 
N
L
 
I
V
 
F
G
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
N
L
 
V
I
 
I
A
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

P33734 Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF; IGP synthase; IGPS; ImGP synthase; EC 4.3.2.10; EC 3.5.1.2 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
29% identity, 100% coverage: 1:214/215 of query aligns to 1:212/552 of P33734

query
sites
P33734
M
 
M
S
 
P
I
 
V
I
 
V
A
 
H
L
 
V
I
 
I
D
 
D
Y
 
V
G
 
E
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
A
 
L
A
 
T
K
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
H
A
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
I
 
L
A
 
G
A
 
Y
E
 
E
I
 
V
A
 
Q
V
 
L
T
 
V
A
 
K
D
 
S
P
 
P
E
 
K
-
 
D
-
 
F
V
 
N
V
 
I
L
 
S
R
 
G
A
 
T
D
 
S
R
 
R
V
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
N
F
 
Y
G
 
G
D
 
H
C
 
F
R
 
V
R
 
D
G
 
N
L
 
L
A
 
F
A
 
N
V
 
-
P
 
R
G
 
G
M
 
F
I
 
E
A
 
K
A
 
P
L
 
I
E
 
R
E
 
E
T
 
Y
V
 
I
L
 
-
R
 
E
R
 
S
G
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
I
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
M
 
L
A
 
F
R
 
A
T
 
G
G
 
S
L
 
V
E
 
E
H
 
S
G
 
P
R
 
K
H
 
S
E
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
N
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
A
 
F
E
 
K
V
 
L
V
 
S
P
 
R
L
 
F
T
 
D
P
 
-
A
 
-
D
 
D
P
 
S
A
 
E
L
 
K
K
 
P
I
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
E
 
S
L
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
C
R
 
I
P
 
P
D
 
S
H
 
E
P
 
N
V
 
L
L
 
F
A
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
D
H
 
P
G
 
Y
T
 
K
H
 
R
A
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
H
 
A
M
 
A
V
 
I
P
 
L
A
 
N
D
 
S
P
 
E
A
 
K
Q
 
K
V
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
W
-
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
K
C
 
A
D
 
K
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
P
 
E
-
 
E
V
 
F
A
 
I
A
 
A
V
 
A
V
 
V
G
 
N
R
 
K
D
 
N
T
 
N
L
 
I
V
 
F
G
 
A
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
N
L
 
V
I
 
I
A
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
S
 
K
W
 
Q
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

7ac8B Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. (see paper)
30% identity, 97% coverage: 4:212/215 of query aligns to 5:197/202 of 7ac8B

query
sites
7ac8B
I
 
I
A
 
G
L
 
I
I
 
I
D
 
S
Y
 
V
G
 
G
S
 
P
G
 
G
N
 
N
L
 
I
R
 
M
S
 
N
A
 
L
A
 
Y
K
 
R
A
 
G
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
S
A
 
E
D
 
N
S
 
F
G
 
E
I
 
D
A
 
V
A
 
S
E
 
-
I
 
I
A
 
E
V
 
L
T
 
V
A
 
E
D
 
S
P
 
P
E
 
R
V
 
N
V
 
D
L
 
L
R
 
-
A
 
Y
D
 
D
R
 
L
V
 
L
V
 
F
L
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
|
G
A
 
H
F
 
F
G
 
G
D
 
E
C
 
G
R
 
M
R
 
R
G
 
R
L
 
L
A
 
R
A
 
E
V
 
-
P
 
N
G
 
D
M
 
L
I
 
I
A
 
D
A
 
F
L
 
V
E
 
R
E
 
K
T
 
H
V
 
V
L
 
-
R
 
E
R
 
D
G
 
E
R
 
R
P
 
Y
F
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
V
C
 
A
I
 
L
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
L
 
L
M
 
L
A
 
F
R
 
E
T
 
E
G
 
S
L
 
E
E
|
E
H
 
A
G
 
P
R
 
G
H
 
V
E
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
S
W
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
G
E
 
N
V
 
V
V
 
V
P
 
K
L
 
L
T
 
R
P
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
S
L
 
R
K
 
R
I
 
L
P
 
P
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
N
 
N
E
 
E
L
 
V
R
 
-
L
 
I
A
 
F
R
 
K
P
 
D
D
 
T
H
 
F
P
 
P
V
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
E
 
-
H
 
-
G
 
N
T
 
G
H
 
Y
A
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
|
V
H
|
H
S
x
T
Y
|
Y
H
 
R
M
 
A
V
 
V
P
 
-
A
 
C
D
 
E
P
 
E
A
 
E
Q
 
H
V
 
V
L
 
L
A
 
G
T
 
T
C
 
T
D
 
E
Y
 
Y
G
 
D
G
 
G
P
 
E
V
 
I
A
 
F
-
 
P
A
 
S
V
 
A
V
 
V
G
 
R
R
 
K
D
 
G
T
 
R
L
 
I
V
 
L
G
 
G
T
 
F
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
S
 
S
Q
 
S
A
 
K
A
 
I
G
 
G
L
 
R
R
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
E
N
 
K
F
 
V
L
 
I
S
 
E

Query Sequence

>WP_012568436.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568436.1
MSIIALIDYGSGNLRSAAKALERAAADSGIAAEIAVTADPEVVLRADRVVLPGVGAFGDC
RRGLAAVPGMIAALEETVLRRGRPFLGICIGMQLMARTGLEHGRHEGLGWLDAEVVPLTP
ADPALKIPHMGWNELRLARPDHPVLAGLEHGTHAYFVHSYHMVPADPAQVLATCDYGGPV
AAVVGRDTLVGTQFHPEKSQAAGLRLIANFLSWRP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory