SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012568438.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568438.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5dn1A Crystal structure of phosphoribosyl isomerase a from streptomyces coelicolor (see paper)
39% identity, 97% coverage: 1:240/247 of query aligns to 4:240/240 of 5dn1A

query
sites
5dn1A
M
 
L
N
 
E
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
V
D
|
D
L
 
V
K
 
R
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
V
R
 
H
G
|
G
D
 
E
M
 
S
D
 
G
Q
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
S
F
 
Y
N
 
G
P
 
S
D
 
-
P
 
P
A
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
S
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
L
H
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
L
|
L
N
 
D
G
 
A
A
 
A
F
|
F
A
 
-
G
 
G
R
 
T
P
 
G
V
 
D
N
 
N
A
 
R
D
 
A
A
 
L
V
 
I
S
 
A
R
 
E
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
R
 
A
V
 
M
T
 
D
I
 
I
P
 
K
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
|
R
D
 
D
M
 
D
A
 
D
T
 
T
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
T
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
L
G
|
G
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
T
P
 
P
D
 
E
L
 
W
V
 
V
K
 
A
D
 
K
A
 
V
C
 
I
R
 
A
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
K
I
 
I
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
R
D
 
G
G
 
T
H
 
T
V
 
L
A
 
R
V
 
G
E
 
R
G
|
G
W
|
W
A
 
-
T
 
-
T
 
T
S
 
R
D
 
D
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
D
 
Y
L
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
D
R
 
R
F
 
L
E
 
N
D
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
A
A
 
R
I
 
Y
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
A
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
E
A
 
L
T
 
L
A
 
K
D
 
N
L
 
V
A
 
C
V
 
A
H
 
A
L
 
T
T
 
D
T
 
R
P
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
G
E
 
L
A
 
V
E
 
P
T
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
R
 
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
K
R
 
A
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
A
T
 
T
A
 
S

P16250 Phosphoribosyl isomerase A; 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase; N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase; PRAI; Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase; EC 5.3.1.16; EC 5.3.1.24 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see paper)
39% identity, 97% coverage: 1:240/247 of query aligns to 4:240/240 of P16250

query
sites
P16250
M
 
L
N
 
E
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
V
D
|
D
L
 
V
K
 
R
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
|
R
L
 
L
L
 
V
R
 
H
G
 
G
D
 
E
M
 
S
D
 
G
Q
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
S
F
 
Y
N
 
G
P
 
S
D
 
-
P
 
P
A
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
S
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
L
H
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
L
 
L
N
 
D
G
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
-
G
 
G
R
 
T
P
 
G
V
 
D
N
 
N
A
 
R
D
 
A
A
 
L
V
 
I
S
 
A
R
 
E
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
R
 
A
V
 
M
T
 
D
I
 
I
P
 
K
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
D
 
D
M
 
D
A
 
D
T
 
T
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
T
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
T
P
 
P
D
 
E
L
 
W
V
 
V
K
 
A
D
 
K
A
 
V
C
 
I
R
 
A
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
K
I
 
I
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
R
D
 
G
G
 
T
H
 
T
V
 
L
A
 
R
V
 
G
E
 
R
G
 
G
W
 
W
A
 
-
T
 
-
T
 
T
S
 
R
D
 
D
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
D
 
Y
L
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
D
R
 
R
F
 
L
E
 
N
D
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
A
A
 
R
I
 
Y
V
 
V
Y
 
V
T
|
T
D
 
D
I
 
I
N
 
A
R
 
K
D
|
D
G
 
G
A
 
T
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
E
A
 
L
T
 
L
A
 
K
D
 
N
L
 
V
A
 
C
V
 
A
H
 
A
L
 
T
T
 
D
T
 
R
P
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
G
E
 
L
A
 
V
E
 
P
T
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
R
 
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
K
R
 
A
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
A
T
 
T
A
 
S

4tx9A Crystal structure of hisap from streptomyces sviceus with degraded profar (see paper)
40% identity, 97% coverage: 1:240/247 of query aligns to 9:245/246 of 4tx9A

query
sites
4tx9A
M
 
L
N
 
E
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
V
D
|
D
L
 
V
K
 
R
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
V
R
 
H
G
|
G
D
 
E
M
 
S
D
 
G
Q
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
S
F
 
Y
N
 
G
P
 
-
D
 
S
P
 
P
A
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
A
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
L
H
 
H
L
 
L
V
|
V
D
 
D
L
|
L
N
 
D
G
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
-
G
 
G
R
 
T
P
 
G
V
 
D
N
 
N
A
 
R
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
R
R
 
Q
I
 
V
L
 
T
E
 
E
R
 
A
V
 
M
T
 
D
I
 
I
P
 
K
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
|
R
D
 
D
M
 
D
A
 
A
T
 
S
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
T
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
L
G
|
G
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
S
P
 
P
D
 
E
L
 
W
V
 
V
K
 
A
D
 
K
A
 
V
C
 
I
R
 
A
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
R
I
 
I
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
R
D
 
G
G
 
T
H
 
T
V
 
L
A
 
K
V
 
G
E
 
R
G
|
G
W
|
W
A
 
-
T
 
-
T
 
T
S
 
S
D
 
E
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
D
 
Y
L
 
E
A
 
A
L
 
L
-
 
E
R
 
R
F
 
L
E
 
D
D
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
A
A
 
R
I
 
Y
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
A
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
E
A
 
L
T
 
L
A
 
R
D
 
N
L
 
V
A
 
C
V
 
A
H
 
A
L
 
T
T
 
D
T
 
R
P
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
E
E
 
L
A
 
V
E
 
P
T
 
L
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
R
 
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
K
R
 
A
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
A
T
 
V
A
 
A

3zs4A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis phosphoribosyl isomerase with bound prfar
37% identity, 95% coverage: 3:237/247 of query aligns to 5:240/244 of 3zs4A

query
sites
3zs4A
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
|
A
I
 
V
D
|
D
L
 
V
K
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
R
|
R
L
 
L
L
 
V
R
 
Q
G
 
G
D
 
K
M
 
A
D
 
G
Q
 
S
A
 
Q
T
 
T
V
 
E
F
 
Y
N
 
G
P
 
S
D
 
A
P
 
V
A
 
D
A
 
A
Q
 
-
A
 
A
A
 
L
A
 
G
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
D
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
I
H
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
L
 
L
N
 
D
G
 
A
A
|
A
F
|
F
A
 
-
G
 
G
R
 
R
P
 
G
V
 
S
N
 
N
A
 
H
D
 
E
A
 
L
V
 
L
S
 
A
R
 
E
I
 
V
L
 
V
E
 
G
R
 
K
V
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
Q
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
|
R
D
 
D
M
 
D
A
 
E
T
 
S
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
V
G
|
G
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
Q
L
 
W
V
 
C
K
 
A
D
 
R
A
 
V
C
 
I
R
 
G
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
Q
I
 
V
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
Q
-
 
I
-
 
I
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
H
A
 
R
V
 
L
E
 
R
G
 
G
W
 
R
A
x
G
T
x
W
T
 
E
S
 
T
D
 
D
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
-
 
W
D
 
D
L
 
V
A
 
L
L
 
E
R
 
R
F
 
L
E
 
D
D
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
S
A
 
R
I
 
F
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
T
R
 
K
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
D
A
 
L
T
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
V
A
 
A
V
 
D
H
 
R
L
 
T
T
 
D
T
 
A
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
|
G
G
|
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
T
E
 
L
A
 
T
E
 
H
T
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
A
I
|
I
V
 
V
G
|
G
R
x
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
R
R
 
R
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A

2y88A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis phosphoribosyl isomerase (variant d11n) with bound prfar (see paper)
37% identity, 95% coverage: 3:237/247 of query aligns to 5:240/244 of 2y88A

query
sites
2y88A
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
|
A
I
 
V
D
x
N
L
 
V
K
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
R
|
R
L
 
L
L
 
V
R
 
Q
G
|
G
D
 
K
M
 
A
D
 
G
Q
 
S
A
 
Q
T
 
T
V
 
E
F
 
Y
N
 
G
P
 
S
D
 
A
P
 
V
A
 
D
A
 
A
Q
 
-
A
 
A
A
 
L
A
 
G
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
D
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
I
H
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
L
|
L
N
 
D
G
 
A
A
|
A
F
 
F
A
 
-
G
 
G
R
 
R
P
 
G
V
 
S
N
 
N
A
 
H
D
 
E
A
 
L
V
 
L
S
 
A
R
 
E
I
 
V
L
 
V
E
 
G
R
 
K
V
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
Q
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
|
G
G
|
G
I
 
I
R
|
R
D
 
D
M
 
D
A
 
E
T
 
S
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
V
G
|
G
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
Q
L
 
W
V
 
C
K
 
A
D
 
R
A
 
V
C
 
I
R
 
G
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
Q
I
 
V
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
Q
-
 
I
-
 
I
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
H
A
 
R
V
 
L
E
 
R
G
 
G
W
 
R
A
x
G
T
x
W
T
 
E
S
 
T
D
 
D
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
-
 
W
D
 
D
L
 
V
A
 
L
L
 
E
R
 
R
F
 
L
E
 
D
D
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
S
A
 
R
I
 
F
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
T
R
 
K
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
D
A
 
L
T
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
V
A
 
A
V
 
D
H
 
R
L
 
T
T
 
D
T
 
A
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
|
G
G
 
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
T
E
 
L
A
 
T
E
 
H
T
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
V
G
|
G
R
x
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
R
R
 
R
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A

2y85A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis phosphoribosyl isomerase with bound rcdrp (see paper)
37% identity, 95% coverage: 3:237/247 of query aligns to 5:231/234 of 2y85A

query
sites
2y85A
I
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
V
D
|
D
L
 
V
K
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
R
L
 
T
L
 
E
R
 
Y
G
 
G
D
 
S
M
 
A
D
 
V
Q
 
D
A
 
A
T
 
-
V
 
-
F
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
A
A
 
L
A
 
G
F
 
W
Q
 
Q
D
 
R
Q
 
D
G
 
G
F
 
A
R
 
E
W
 
W
L
 
I
H
|
H
L
 
L
V
|
V
D
 
D
L
|
L
N
 
D
G
 
A
A
|
A
F
 
F
A
 
-
G
 
G
R
 
R
P
 
G
V
 
S
N
 
N
A
 
H
D
 
E
A
 
L
V
 
L
S
 
A
R
 
E
I
 
V
L
 
V
E
 
G
R
 
K
V
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
Q
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
G
x
S
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
D
 
D
M
 
D
A
 
E
T
 
S
I
 
L
E
 
A
E
 
A
W
 
A
L
 
L
G
 
A
R
 
T
G
 
G
I
 
C
R
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
N
L
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
Q
L
 
W
V
 
C
K
 
A
D
 
R
A
 
V
C
 
I
R
 
G
A
 
E
F
 
H
P
 
G
G
 
D
R
 
Q
I
 
V
C
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
Q
-
 
I
-
 
I
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
H
A
 
R
V
 
L
E
 
R
G
 
G
W
x
R
A
 
G
T
 
W
T
 
E
S
 
T
D
 
D
V
 
G
R
 
G
A
 
D
L
 
L
-
 
W
D
 
D
L
 
V
A
 
L
L
 
E
R
 
R
F
 
L
E
 
D
D
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
C
A
 
S
A
 
R
I
 
F
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
T
R
 
K
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
P
N
 
N
V
 
L
E
 
D
A
 
L
T
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
V
A
 
A
V
 
D
H
 
R
L
 
T
T
 
D
T
 
A
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
|
G
G
|
G
V
 
V
H
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
T
E
 
L
A
 
T
E
 
H
T
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
V
G
|
G
R
x
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
D
 
A
G
 
R
R
 
R
I
 
F
D
 
T
P
 
L
R
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A

Q9X0C7 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase; Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase; EC 5.3.1.16 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
31% identity, 92% coverage: 1:228/247 of query aligns to 1:229/241 of Q9X0C7

query
sites
Q9X0C7
M
 
M
N
 
L
I
 
V
Y
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
I
D
|
D
L
 
L
K
 
F
D
 
R
G
 
G
Q
 
K
A
 
V
V
 
A
R
 
R
L
 
M
L
 
I
R
 
K
G
 
G
D
 
R
M
 
K
D
 
E
Q
 
N
A
 
T
T
 
I
V
 
F
F
 
Y
N
 
E
P
 
K
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
E
A
 
K
F
 
L
Q
 
I
D
 
E
Q
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
T
W
 
L
L
 
I
H
|
H
L
 
V
V
 
V
D
|
D
L
 
L
N
 
S
G
 
N
A
 
A
F
 
I
A
 
E
G
 
N
R
 
S
P
 
G
V
 
E
N
 
N
A
 
L
D
 
P
A
 
V
V
 
L
S
 
E
R
 
K
I
 
L
L
 
S
E
 
E
R
 
F
V
 
A
T
 
E
I
 
-
P
 
H
V
 
I
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
|
R
D
 
S
M
 
L
A
 
D
T
 
Y
I
 
A
E
 
E
E
 
K
W
 
L
L
 
R
G
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
Q
I
 
I
L
 
V
G
 
S
T
 
S
V
 
K
A
 
V
L
 
L
R
 
E
D
 
D
P
 
P
D
 
S
L
 
F
V
 
L
K
 
K
D
 
-
A
 
S
C
 
L
R
 
R
A
 
E
F
 
I
P
 
D
G
 
V
R
 
E
I
 
P
C
 
V
V
 
F
G
 
S
I
 
L
D
|
D
A
 
T
R
 
R
D
 
G
G
 
G
H
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
F
E
 
K
G
 
G
W
 
W
A
 
L
T
 
A
T
 
E
S
 
E
D
 
E
V
 
I
R
 
D
A
 
P
L
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
L
L
 
K
R
 
R
F
 
L
E
 
K
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
V
 
L
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
V
Y
 
H
T
|
T
D
 
E
I
 
I
N
 
E
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
L
G
 
Q
G
 
E
V
 
H
N
 
D
V
 
F
E
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
K
D
 
K
L
 
I
A
 
A
V
 
I
H
 
E
L
 
A
T
 
E
T
 
V
P
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
S
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
H
 
S
A
 
S
L
 
E
S
 
N
D
 
S
L
 
L
-
 
K
L
 
T
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
V
E
 
H
A
 
T
E
 
E
T
 
T
G
 
N
-
 
G
-
 
L
I
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Y
 
L
D
 
E
G
 
G

5abtA S.Enterica hisa mutant d7n, g102a, v106m, d176a
34% identity, 95% coverage: 3:236/247 of query aligns to 2:239/246 of 5abtA

query
sites
5abtA
I
 
I
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
D
x
N
L
 
L
K
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
T
A
 
V
V
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
H
R
 
Q
G
|
G
D
 
D
M
 
Y
D
 
A
Q
 
R
A
 
Q
T
 
R
V
 
D
F
 
Y
N
 
G
P
 
N
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
P
Q
 
R
A
 
L
A
 
Q
A
 
D
F
 
Y
Q
 
A
D
 
A
Q
 
Q
G
 
G
F
 
A
R
 
G
W
 
V
L
 
L
H
 
H
L
 
L
V
|
V
D
 
D
L
|
L
N
 
T
G
 
G
A
 
A
F
 
K
A
 
D
G
 
P
R
 
A
P
 
K
V
 
R
N
 
Q
A
 
I
D
 
P
A
 
L
V
 
I
S
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
V
E
 
A
R
 
G
V
 
V
T
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
V
R
|
R
D
 
T
M
 
E
A
 
E
T
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
A
W
 
L
L
 
L
G
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
V
R
 
A
R
 
R
V
 
V
I
x
V
L
 
I
G
x
A
T
x
S
V
 
T
A
 
A
L
 
M
R
 
K
D
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
V
V
 
V
K
 
K
D
 
G
A
 
W
C
 
F
R
 
E
A
 
R
F
 
F
P
 
G
G
 
A
R
 
Q
-
 
A
I
 
L
C
 
V
V
 
L
G
 
A
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
R
-
 
I
D
 
D
G
 
E
H
 
H
-
 
G
-
 
T
-
 
K
-
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
S
G
|
G
W
|
W
A
 
Q
T
 
E
T
 
N
S
 
S
D
 
G
V
 
V
R
 
S
A
 
L
L
 
E
D
 
Q
L
 
L
A
 
V
L
 
E
R
 
T
F
 
Y
E
 
L
D
 
P
A
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
H
I
 
V
V
 
L
Y
 
C
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
S
R
 
R
D
 
A
G
|
G
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
G
V
 
S
N
 
N
V
 
V
E
 
S
A
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
L
 
V
A
 
C
V
 
A
H
 
R
L
 
Y
T
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
Q
I
 
I
A
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
S
S
|
S
G
|
G
G
 
G
V
 
I
H
 
G
A
 
D
L
 
I
S
 
D
D
 
D
L
 
I
L
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
G
E
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
R
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
 
V
G
|
G
R
|
R
A
 
A
L
 
L
Y
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
K
I
 
F
D
 
T
P
 
V
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
L
 
I

5ab3A S.Enterica hisa mutant d7n, d10g, dup13-15, q24l, g102a (see paper)
32% identity, 95% coverage: 3:236/247 of query aligns to 2:236/241 of 5ab3A

query
sites
5ab3A
I
 
I
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
D
x
N
L
 
L
K
 
I
D
 
G
G
 
G
Q
 
T
A
 
V
V
 
V
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
|
R
-
 
L
-
 
H
-
 
Q
G
 
G
D
 
D
M
x
Y
D
 
A
Q
 
R
A
 
L
T
 
R
V
 
D
F
 
Y
N
 
G
P
 
N
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
P
Q
 
R
A
 
L
A
 
Q
A
 
D
F
 
Y
Q
 
A
D
 
A
Q
 
Q
G
 
G
F
 
A
R
 
G
W
 
V
L
 
L
H
 
H
L
 
L
V
|
V
D
 
D
L
 
L
N
 
T
G
 
G
A
 
A
F
 
K
A
 
D
G
 
P
R
 
A
P
 
K
V
 
R
N
 
Q
A
 
I
D
 
P
A
 
L
V
 
I
S
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
V
E
 
A
R
 
G
V
 
V
T
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
V
R
 
R
D
 
T
M
 
E
A
 
E
T
 
D
I
 
V
E
 
A
E
 
A
W
 
L
L
 
L
G
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
V
R
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
V
L
 
I
G
x
A
T
x
S
V
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
K
D
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
V
V
 
V
K
 
K
D
 
G
A
 
W
C
 
F
R
 
E
A
 
R
F
 
F
P
 
G
G
 
A
R
 
Q
-
 
A
I
 
L
C
 
V
V
 
L
G
x
A
I
 
L
D
|
D
A
 
V
R
 
R
-
 
I
D
 
D
G
 
E
H
 
H
V
 
G
A
 
T
V
 
K
E
 
Q
G
 
-
W
 
-
A
 
V
T
 
A
T
 
V
S
 
S
D
 
G
V
 
V
R
 
S
A
 
L
L
 
E
D
 
Q
L
 
L
A
 
V
L
 
E
R
 
T
F
 
Y
E
 
L
D
 
P
A
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
H
I
 
V
V
 
L
Y
 
C
T
 
T
D
 
D
I
 
I
N
 
S
R
 
R
D
 
D
G
|
G
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
G
V
 
S
N
 
N
V
 
V
E
 
S
A
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
L
 
V
A
 
C
V
 
A
H
 
R
L
 
Y
T
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
Q
I
 
I
A
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
S
S
|
S
G
|
G
G
|
G
V
 
I
H
 
G
A
 
D
L
 
I
S
 
D
D
 
D
L
 
I
L
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
G
E
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
|
G
R
|
R
A
 
A
L
 
L
Y
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
K
I
 
F
D
 
T
P
 
V
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
L
 
I

1h5yB Hisf protein from pyrobaculum aerophilum (see paper)
33% identity, 80% coverage: 1:198/247 of query aligns to 5:206/253 of 1h5yB

query
sites
1h5yB
M
 
L
N
 
R
I
 
I
Y
 
I
P
 
P
A
 
C
I
 
L
D
|
D
L
 
I
K
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
G
A
 
A
V
 
K
R
 
V
L
 
V
L
 
V
R
x
K
G
 
G
D
 
V
M
 
N
D
 
F
Q
 
Q
A
 
G
T
 
I
V
 
R
F
 
E
N
 
V
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
R
F
 
Y
Q
 
E
D
 
E
Q
 
E
G
 
G
F
 
A
R
 
D
W
 
E
L
 
I
H
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
A
F
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
R
P
 
A
V
 
T
N
 
F
A
 
I
D
 
D
A
 
S
V
 
V
S
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
A
V
 
V
T
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
V
R
 
R
D
 
S
M
 
L
A
 
E
T
 
D
I
 
A
E
 
T
E
 
T
W
 
L
L
 
F
G
 
R
R
 
A
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
V
G
x
N
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
R
D
 
N
P
 
P
D
 
Q
L
 
L
V
 
V
K
 
A
D
 
L
A
 
L
C
 
A
R
 
R
A
 
E
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
S
I
 
T
C
 
V
V
 
V
G
x
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
W
D
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
Y
H
 
E
V
 
V
A
 
Y
V
 
V
E
 
K
G
|
G
W
 
G
A
 
R
T
 
E
T
 
A
S
 
T
D
 
G
V
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
V
D
 
K
L
 
W
A
 
A
L
 
K
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
|
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
G
G
 
L
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
V
E
 
E
A
 
L
T
 
I
A
 
R
D
 
R
L
 
V
A
 
A
V
 
D
H
 
S
L
 
V
T
 
R
T
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7ac8A Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. (see paper)
28% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:211/252 of 7ac8A

query
sites
7ac8A
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
C
I
 
L
D
|
D
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
x
L
D
 
D
L
x
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
x
N
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
x
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q9X0C6 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF; IGP synthase cyclase subunit; IGP synthase subunit HisF; ImGP synthase subunit HisF; IGPS subunit HisF; EC 4.3.2.10 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
28% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:211/253 of Q9X0C6

query
sites
Q9X0C6
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
x
C
I
 
L
D
|
D
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
x
K
G
 
G
D
 
T
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
 
L
D
|
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
x
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
|
D
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
x
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

3zr4E Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta-alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex (see paper)
28% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:202/244 of 3zr4E

query
sites
3zr4E
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
C
I
 
L
D
|
D
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
V
V
 
V
R
 
K
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
-
F
 
-
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
 
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
x
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1gpwC Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. (see paper)
28% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:211/253 of 1gpwC

query
sites
1gpwC
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
C
I
 
L
D
x
N
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
x
N
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
|
D
G
|
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7qc8A Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF (see paper)
29% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:211/250 of 7qc8A

query
sites
7qc8A
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
A
I
 
L
D
x
E
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
A
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
x
H
D
 
D
L
x
H
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
 
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

2wjzE Crystal structure of (hish) k181a y138a mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (hish hisf) which displays constitutive glutaminase activity (see paper)
28% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 6:197/237 of 2wjzE

query
sites
2wjzE
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
C
I
 
L
D
|
D
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
A
 
V
V
 
V
R
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
-
F
 
-
N
 
-
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
x
N
T
|
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
|
D
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

5d2tA Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 3 wild type
27% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 4:209/251 of 5d2tA

query
sites
5d2tA
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
I
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
S
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
S
L
 
F
V
x
W
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
x
E
L
 
I
G
 
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
x
Y
I
 
I
D
 
A
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
L
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4ewnD Structure of hisf-d130v+d176v with bound rcdrp (see paper)
27% identity, 83% coverage: 3:206/247 of query aligns to 5:204/243 of 4ewnD

query
sites
4ewnD
I
 
I
Y
 
I
P
 
A
A
 
C
I
 
L
D
 
D
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
T
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
V
L
 
F
V
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
K
A
 
T
F
 
M
A
 
L
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
S
L
 
I
G
 
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
I
D
x
V
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
L
Y
 
L
T
 
T
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
V
G
|
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
|
G
G
|
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6dnjA Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 28 round 5 (see paper)
26% identity, 81% coverage: 6:206/247 of query aligns to 8:210/250 of 6dnjA

query
sites
6dnjA
A
 
A
I
 
L
D
 
I
L
 
M
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
S
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
S
L
 
F
V
x
W
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
R
P
 
K
V
 
T
N
 
M
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
F
Q
 
T
L
 
V
G
|
G
G
|
G
G
 
G
I
 
I
R
 
H
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
 
E
L
 
I
G
x
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
x
Y
I
 
I
D
 
A
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
K
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
L
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
R
G
 
G
V
 
A
H
 
G
A
 
K
L
 
M
S
 
E
D
 
H
L
 
F
L
 
L

3iivB Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series (see paper)
27% identity, 82% coverage: 6:207/247 of query aligns to 9:215/262 of 3iivB

query
sites
3iivB
A
 
A
I
 
L
D
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
L
 
V
R
 
K
G
 
G
D
 
S
M
 
N
D
 
F
Q
 
E
A
 
N
T
 
L
V
 
R
F
 
D
N
 
S
P
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
G
A
 
K
A
 
F
F
 
Y
Q
 
S
D
 
E
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
R
 
D
W
 
E
L
 
L
H
 
S
L
 
F
V
 
W
D
 
D
L
 
I
N
 
T
G
 
A
A
 
S
F
 
V
A
 
E
G
 
K
R
 
K
P
 
T
V
 
M
N
 
-
A
 
L
D
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
Q
V
 
I
T
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
I
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
Y
D
 
D
M
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
A
E
 
S
E
 
E
W
 
L
L
 
I
G
 
L
R
 
R
G
 
G
I
 
A
R
 
D
R
 
K
V
 
V
I
x
E
L
 
I
G
 
N
T
 
T
V
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
N
P
 
P
D
 
S
L
 
L
V
 
I
K
 
T
D
 
Q
A
 
I
C
 
A
R
 
Q
A
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
S
R
 
Q
-
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
G
 
Y
I
 
I
D
 
A
A
 
A
R
 
K
-
 
R
-
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
E
V
 
F
A
 
M
V
 
V
E
 
F
G
 
T
W
 
Y
A
 
S
T
 
G
T
 
T
S
 
K
D
 
N
V
 
T
R
 
G
A
 
I
L
 
L
-
 
L
-
 
R
D
 
D
L
 
W
A
 
V
L
 
V
R
 
E
F
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
G
A
 
E
I
 
I
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
D
 
S
I
 
I
N
 
D
R
 
R
D
 
L
G
 
G
A
 
T
M
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
Y
N
 
D
V
 
T
E
 
E
A
 
M
T
 
I
A
 
R
D
 
F
L
 
V
A
 
R
V
 
P
H
 
L
L
 
T
T
 
T
T
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
R
G
 
G
V
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
E
H
 
H
A
 
F
L
 
L
S
 
E
D
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012568438.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012568438.1
MNIYPAIDLKDGQAVRLLRGDMDQATVFNPDPAAQAAAFQDQGFRWLHLVDLNGAFAGRP
VNADAVSRILERVTIPVQLGGGIRDMATIEEWLGRGIRRVILGTVALRDPDLVKDACRAF
PGRICVGIDARDGHVAVEGWATTSDVRALDLALRFEDAGVAAIVYTDINRDGAMGGVNVE
ATADLAVHLTTPVIASGGVHALSDLLALKAEAETGIEGVIVGRALYDGRIDPRQALALTA
GPEDARC

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory