SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012569198.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012569198.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

4wjiA Crystal structure of cyclohexadienyl dehydrogenase from sinorhizobium meliloti in complex with NADP and tyrosine
63% identity, 98% coverage: 7:295/296 of query aligns to 4:291/293 of 4wjiA

query
sites
4wjiA
F
 
F
P
 
Q
R
 
T
V
 
I
A
 
A
V
 
L
I
 
I
G
|
G
L
 
I
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
S
S
 
S
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
D
L
 
I
R
 
R
A
 
-
D
 
E
P
 
K
T
 
Q
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
I
V
 
V
A
 
V
A
 
T
D
x
T
R
|
R
S
|
S
A
 
E
A
 
A
V
x
T
C
 
L
A
 
K
R
 
R
V
 
A
L
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
Y
E
 
T
T
 
L
D
 
S
P
 
A
A
 
A
C
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
x
S
V
|
V
P
|
P
I
 
V
G
 
G
A
|
A
C
 
S
A
 
G
D
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
E
I
 
I
G
 
A
P
 
A
H
 
H
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
I
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
V
 
T
K
 
K
Q
 
G
A
 
S
V
 
V
I
 
I
R
 
A
D
 
Q
V
 
M
A
 
A
P
 
P
Q
 
H
V
 
L
P
 
P
D
 
K
G
 
D
V
 
V
H
 
H
F
 
F
V
 
V
P
 
P
G
 
G
H
|
H
P
 
P
I
 
I
A
|
A
G
 
G
T
|
T
E
 
E
H
 
H
S
|
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
D
 
G
L
 
L
F
 
F
R
 
R
G
 
G
R
 
R
W
 
W
C
 
C
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
P
P
 
A
G
 
G
T
 
T
D
 
D
P
 
E
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
A
K
 
R
V
 
L
V
 
R
E
 
L
L
 
F
W
 
W
R
 
E
R
 
T
A
 
L
G
 
G
S
 
S
M
 
M
I
 
V
E
 
D
V
 
E
M
 
M
E
 
D
P
 
P
G
 
K
H
 
H
H
 
H
D
 
D
R
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
I
 
I
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
T
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
T
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
E
E
 
T
H
 
V
L
 
T
K
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
K
F
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
|
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
T
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
V
F
 
C
L
 
L
N
 
H
N
 
N
R
 
K
E
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
E
 
E
I
 
M
I
 
L
Q
 
A
R
 
R
F
 
F
T
 
S
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
W
 
W
G
 
G
E
 
D
A
 
G
E
 
D
T
 
K
L
 
L
E
 
F
H
 
D
L
 
L
F
 
F
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
D
 
A
I
 
I
R
 
R
R
 
R
G
 
S
I
 
I
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
G
Q
 
Q

3ggpA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus in complex with hydroxyphenyl propionate and NAD+ (see paper)
36% identity, 96% coverage: 9:292/296 of query aligns to 7:286/286 of 3ggpA

query
sites
3ggpA
R
 
N
V
 
V
A
 
L
V
 
I
I
 
V
G
 
G
L
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
R
 
K
V
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
R
D
 
-
P
 
S
T
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
Y
D
|
D
R
x
I
S
 
N
A
 
P
A
 
E
V
x
S
C
 
I
A
 
S
R
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
I
D
 
D
R
 
E
A
 
G
E
 
T
T
 
T
D
 
S
P
 
I
A
 
A
C
 
K
A
 
V
V
 
E
A
 
D
G
 
F
A
 
S
-
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
 
V
G
 
R
A
x
T
C
 
F
A
 
R
D
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
K
I
 
L
G
 
S
P
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
G
A
 
K
V
 
L
I
 
V
R
 
Y
D
 
D
V
 
L
A
 
E
P
 
N
Q
 
I
V
 
L
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
K
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
D
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
P
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
K
A
 
K
A
 
R
V
 
L
E
 
K
K
 
L
V
 
V
V
 
K
E
 
R
L
 
V
W
 
W
R
 
E
R
 
D
A
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
Y
M
 
M
E
 
S
P
 
P
G
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
T
 
I
D
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
H
L
 
M
K
 
S
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
R
 
K
F
 
Y
S
 
P
A
 
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
F
 
F
L
 
L
N
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
A
 
N
V
 
V
L
 
M
E
 
K
I
 
A
I
 
I
Q
 
E
R
 
G
F
 
F
T
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
T
 
N
A
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
-
 
V
R
 
R
W
 
E
G
 
A
E
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
L
L
 
V
E
 
E
H
 
Y
L
 
L
F
 
-
T
 
-
R
 
K
T
 
E
R
 
V
D
 
K
I
 
I
R
 
K
R
 
R
G
 
M
I
 
E
I
 
I
D
 
D

3gggD The crystal structure of a. Aeolicus prephenate dehydrogenase in complex with tyrosine and NAD+ (see paper)
36% identity, 92% coverage: 9:279/296 of query aligns to 15:283/293 of 3gggD

query
sites
3gggD
R
 
N
V
 
V
A
 
L
V
 
I
I
 
V
G
 
G
L
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
R
 
K
V
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
R
D
 
-
P
 
S
T
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
Y
D
|
D
R
x
I
S
 
N
A
 
P
A
 
E
V
x
S
C
 
I
A
 
S
R
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
I
D
 
D
R
 
E
A
 
G
E
 
T
T
 
T
D
 
S
P
 
I
A
 
A
C
 
K
A
 
V
V
 
E
A
 
D
G
 
F
A
 
S
-
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
x
V
G
 
R
A
x
T
C
 
F
A
 
R
D
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
K
I
 
L
G
 
S
P
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
G
A
 
K
V
 
L
I
 
V
R
 
Y
D
 
D
V
 
L
A
 
E
P
 
N
Q
 
I
V
 
L
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
K
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
D
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
P
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
K
A
 
K
A
 
R
V
 
L
E
 
K
K
 
L
V
 
V
V
 
K
E
 
R
L
 
V
W
 
W
R
 
E
R
 
D
A
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
Y
M
 
M
E
 
S
P
 
P
G
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
T
 
I
D
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
H
L
 
M
K
 
S
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
R
 
K
F
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
I
M
 
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
F
 
F
L
 
L
N
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
A
 
N
V
 
V
L
 
M
E
 
K
I
 
A
I
 
I
Q
 
E
R
 
G
F
 
F
T
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
T
 
N
A
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
-
 
V
R
 
R
W
 
E
G
 
A
E
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
L
L
 
V
E
 
E
H
 
Y
L
 
L

3ggoA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus with hpp and nadh (see paper)
36% identity, 92% coverage: 9:279/296 of query aligns to 7:275/285 of 3ggoA

query
sites
3ggoA
R
 
N
V
 
V
A
 
L
V
 
I
I
 
V
G
 
G
L
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
R
 
K
V
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
R
D
 
-
P
 
S
T
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
Y
D
|
D
R
x
I
S
 
N
A
 
P
A
 
E
V
x
S
C
 
I
A
 
S
R
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
I
D
 
D
R
 
E
A
 
G
E
 
T
T
 
T
D
 
S
P
 
I
A
 
A
C
 
K
A
 
V
V
 
E
A
 
D
G
 
F
A
 
S
-
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
 
V
G
 
R
A
x
T
C
 
F
A
 
R
D
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
K
I
 
L
G
 
S
P
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
G
A
 
K
V
 
L
I
 
V
R
 
Y
D
 
D
V
 
L
A
 
E
P
 
N
Q
 
I
V
 
L
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
K
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
|
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
D
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
P
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
P
 
K
A
 
K
A
 
R
V
 
L
E
 
K
K
 
L
V
 
V
V
 
K
E
 
R
L
 
V
W
 
W
R
 
E
R
 
D
A
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
Y
M
 
M
E
 
S
P
 
P
G
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
T
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
T
 
I
D
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
H
L
 
M
K
 
S
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
R
 
K
F
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
F
 
F
L
 
L
N
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
A
 
N
V
 
V
L
 
M
E
 
K
I
 
A
I
 
I
Q
 
E
R
 
G
F
 
F
T
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
T
 
N
A
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
-
 
V
R
 
R
W
 
E
G
 
A
E
 
E
A
 
E
E
 
E
T
 
L
L
 
V
E
 
E
H
 
Y
L
 
L

5uyyA Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with l-tyrosine (see paper)
31% identity, 95% coverage: 8:287/296 of query aligns to 10:287/373 of 5uyyA

query
sites
5uyyA
P
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
T
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
L
V
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
K
D
 
D
P
 
H
T
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
-
E
 
-
L
 
I
V
 
T
A
 
G
A
 
Y
D
 
D
R
 
I
S
 
F
A
 
Q
A
 
E
V
 
Q
C
 
V
A
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
A
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
I
E
 
A
T
 
V
D
 
D
P
 
L
A
 
Q
C
 
H
A
 
A
V
 
C
A
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
I
 
V
L
 
F
A
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
V
G
 
E
A
 
E
C
 
T
A
 
K
D
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
H
A
 
K
I
 
L
G
 
A
P
 
S
-
 
F
H
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
S
 
S
V
 
T
K
 
K
Q
 
G
A
 
S
V
 
I
I
 
M
R
 
N
D
 
E
V
 
A
A
 
E
P
 
A
Q
 
L
V
 
F
P
 
S
D
 
K
G
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
H
 
K
S
 
T
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
A
 
A
D
 
H
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
x
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
M
P
 
H
G
 
H
T
 
V
D
 
P
P
 
N
A
 
E
A
 
H
V
 
V
E
 
E
K
 
E
V
 
L
V
 
K
E
 
D
L
 
W
W
 
L
R
 
K
R
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
H
I
 
F
E
 
L
V
 
V
M
 
L
E
 
N
P
 
T
G
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
-
T
 
-
I
 
-
V
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
Q
L
 
V
E
 
E
E
 
K
H
 
H
L
 
A
K
 
G
S
 
D
E
 
N
-
 
P
-
 
L
V
 
I
I
 
H
R
 
Q
F
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
V
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
I
 
I
F
 
V
L
 
K
N
 
Q
N
 
N
R
 
R
E
 
E
A
 
H
V
 
L
L
 
M
E
 
V
I
 
L
I
 
L
Q
 
K
R
 
E
F
 
W
T
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
T
 
E
A
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
E
 
D
A
 
A
E
 
G
T
 
E
L
 
I
E
 
Q
H
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
D
 
E
I
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

6u60B Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with NAD and l-tyrosine (see paper)
31% identity, 95% coverage: 8:287/296 of query aligns to 2:279/365 of 6u60B

query
sites
6u60B
P
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
T
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
L
V
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
K
D
 
D
P
 
H
T
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
-
E
 
-
L
 
I
V
 
T
A
 
G
A
 
Y
D
|
D
R
x
I
S
 
F
A
 
Q
A
 
E
V
 
Q
C
 
V
A
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
A
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
I
E
 
A
T
 
V
D
 
D
P
 
L
A
 
Q
C
 
H
A
 
A
V
 
C
A
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
I
 
V
L
 
F
A
|
A
V
 
S
P
|
P
I
 
V
G
 
E
A
x
E
C
 
T
A
 
K
D
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
H
A
 
K
I
 
L
G
 
A
P
 
S
-
 
F
H
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
V
 
T
K
 
K
Q
 
G
A
 
S
V
 
I
I
 
M
R
 
N
D
 
E
V
 
A
A
 
E
P
 
A
Q
 
L
V
 
F
P
 
S
D
 
K
G
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
H
x
K
S
 
T
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
A
 
A
D
 
H
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
M
P
 
H
G
 
H
T
 
V
D
 
P
P
 
N
A
 
E
A
 
H
V
 
V
E
 
E
K
 
E
V
 
L
V
 
K
E
 
D
L
 
W
W
 
L
R
 
K
R
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
H
I
 
F
E
 
L
V
 
V
M
 
L
E
 
N
P
 
T
G
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
T
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
-
T
 
-
I
 
-
V
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
Q
L
 
V
E
 
E
E
 
K
H
 
H
L
 
A
K
 
G
S
 
D
E
 
N
-
 
P
-
 
L
V
 
I
I
 
H
R
 
Q
F
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
V
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
I
 
I
F
 
V
L
 
K
N
 
Q
N
 
N
R
 
R
E
 
E
A
 
H
V
 
L
L
 
M
E
 
V
I
 
L
I
 
L
Q
 
K
R
 
E
F
 
W
T
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
T
 
E
A
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
E
 
D
A
 
A
E
 
G
T
 
E
L
 
I
E
 
Q
H
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
D
 
E
I
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3b1fA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from streptococcus mutans (see paper)
34% identity, 95% coverage: 10:290/296 of query aligns to 9:285/286 of 3b1fA

query
sites
3b1fA
V
 
I
A
 
Y
V
 
I
I
 
A
G
 
G
L
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
L
V
 
G
L
 
I
R
 
K
A
 
R
D
 
D
-
 
H
P
 
P
T
 
H
L
 
Y
A
 
-
G
 
-
E
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
G
A
 
Y
D
x
N
R
|
R
S
 
S
A
 
D
A
 
R
V
 
S
C
 
R
A
 
D
R
 
I
V
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
A
E
 
T
T
 
A
D
 
D
P
 
F
A
 
K
C
 
V
A
 
F
V
 
A
A
 
A
G
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
P
|
P
I
 
I
G
 
K
A
x
K
C
 
T
A
 
I
D
 
D
L
 
F
A
 
I
A
 
K
A
 
I
I
 
L
G
 
A
P
 
D
-
 
L
H
 
D
L
 
L
K
 
K
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
x
A
G
 
G
S
|
S
V
 
T
K
 
K
Q
 
Y
A
 
E
V
 
I
I
 
V
R
 
R
D
 
A
V
 
A
A
 
E
P
 
Y
Q
 
Y
V
 
L
P
 
K
D
 
D
G
 
K
-
 
P
V
 
V
H
 
Q
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
S
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
-
T
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
S
G
 
G
P
 
A
D
 
V
A
 
A
G
 
A
F
 
N
A
 
V
D
 
N
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
Y
C
 
Y
I
 
I
L
 
F
T
 
S
P
 
P
P
 
S
P
 
C
G
 
L
T
 
T
D
 
K
P
 
P
A
 
N
A
 
T
V
 
I
E
 
P
K
 
A
V
 
L
V
 
Q
E
 
D
L
 
L
W
 
L
R
 
S
R
 
G
A
 
L
G
 
H
S
 
A
M
 
R
I
 
Y
E
 
V
V
 
E
M
 
I
E
 
D
P
 
A
G
 
A
H
 
E
H
 
H
D
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
T
A
 
S
I
 
Q
T
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
S
T
 
S
I
 
L
V
 
M
G
 
K
T
 
Q
A
 
A
T
 
G
D
 
D
L
 
F
E
 
S
E
 
E
H
 
-
L
 
-
K
 
S
S
 
H
E
 
E
V
 
M
I
 
T
R
 
K
-
 
H
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
M
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
E
S
 
S
D
 
E
P
 
P
V
 
G
M
|
M
W
 
W
R
 
T
D
 
S
I
 
I
F
 
L
L
 
L
N
 
T
N
 
N
R
 
Q
E
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
D
I
 
R
I
 
I
Q
 
E
R
 
N
F
 
F
T
 
K
E
 
Q
D
 
R
L
 
L
T
 
D
A
 
E
L
 
V
Q
 
S
R
 
N
A
 
L
I
 
I
R
 
K
W
 
A
G
 
R
E
 
D
A
 
E
E
 
N
T
 
A
L
 
I
E
 
W
H
 
A
L
 
F
F
 
F
T
 
N
R
 
Q
T
 
S
R
 
R
D
 
Q
I
 
I
R
 
R
R
 
K
G
 
N
I
 
M

2f1kA Crystal structure of synechocystis arogenate dehydrogenase (see paper)
31% identity, 96% coverage: 9:292/296 of query aligns to 2:279/279 of 2f1kA

query
sites
2f1kA
R
 
K
V
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
V
G
|
G
L
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
R
 
G
V
 
D
L
 
L
R
 
R
A
 
R
D
 
R
P
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
G
G
 
H
E
 
Y
L
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
V
D
x
S
R
|
R
S
x
Q
A
 
Q
A
 
S
V
x
T
C
 
C
A
 
E
R
 
K
V
 
A
L
 
V
E
 
E
L
 
R
G
 
Q
L
 
L
A
 
V
D
 
D
R
 
E
A
 
A
E
 
G
T
 
Q
D
 
D
P
 
L
A
 
S
C
 
L
A
 
-
V
 
L
A
 
Q
G
 
T
A
 
A
D
 
K
L
 
I
V
 
I
I
 
F
L
 
L
A
 
C
V
x
T
P
|
P
I
 
I
G
 
Q
A
 
L
C
 
I
A
 
L
D
 
P
L
 
T
A
 
L
A
 
E
A
 
K
I
 
L
G
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
T
A
 
A
I
 
I
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
x
A
S
|
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
T
A
 
A
V
 
-
I
 
I
R
 
A
D
 
E
V
 
P
A
 
A
P
 
S
Q
 
Q
V
 
L
P
 
W
D
 
S
G
 
G
V
 
-
H
 
-
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
A
H
 
A
S
x
Q
G
|
G
P
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
A
F
 
E
A
 
E
D
 
N
L
 
L
F
 
F
R
 
V
G
 
N
R
 
A
W
 
P
C
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
E
A
 
Q
V
 
L
E
 
A
K
 
C
V
 
L
V
 
R
E
 
S
L
 
V
W
 
L
R
 
E
R
 
P
A
 
L
G
 
G
S
 
V
M
 
K
I
 
I
E
 
Y
V
 
L
M
 
C
E
 
T
P
 
P
G
 
A
H
 
D
H
 
H
D
 
D
R
 
Q
V
 
A
L
 
V
A
 
A
I
 
W
T
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
V
L
 
M
I
 
V
A
 
S
Y
 
A
T
 
A
I
 
L
V
 
I
-
 
Q
G
 
A
T
 
C
A
 
A
T
 
G
D
 
E
L
 
K
E
 
D
E
 
G
H
 
D
L
 
I
K
 
L
S
 
K
E
 
L
V
 
A
I
 
Q
R
 
N
F
 
L
S
 
A
A
 
S
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
T
T
 
S
R
 
R
I
 
V
A
 
G
A
 
G
S
 
G
D
 
N
P
 
P
V
 
E
M
 
L
W
 
G
R
 
T
D
 
M
I
 
M
F
 
A
L
 
T
N
 
Y
N
 
N
R
 
Q
E
 
R
A
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
K
I
 
S
I
 
L
Q
 
Q
R
 
D
F
 
Y
T
 
R
E
 
Q
D
 
H
L
 
L
T
 
D
A
 
Q
L
 
L
Q
 
I
R
 
T
A
 
L
I
 
I
R
 
S
W
 
N
G
 
Q
E
 
Q
A
 
W
E
 
P
T
 
E
L
 
L
E
 
H
H
 
R
L
 
L
F
 
L
T
 
Q
R
 
Q
T
 
T
R
 
N
D
 
G
I
 
D
R
 
R
R
 
D
G
 
K
I
 
Y
I
 
V
D
 
E

Query Sequence

>WP_012569198.1 NCBI__GCF_000016185.1:WP_012569198.1
MTAPPLFPRVAVIGLGLIGSSLARVLRADPTLAGELVAADRSAAVCARVLELGLADRAET
DPACAVAGADLVILAVPIGACADLAAAIGPHLKPGAILTDVGSVKQAVIRDVAPQVPDGV
HFVPGHPIAGTEHSGPDAGFADLFRGRWCILTPPPGTDPAAVEKVVELWRRAGSMIEVME
PGHHDRVLAITSHLPHLIAYTIVGTATDLEEHLKSEVIRFSASGFRDFTRIAASDPVMWR
DIFLNNREAVLEIIQRFTEDLTALQRAIRWGEAETLEHLFTRTRDIRRGIIDARQA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory