SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012589734.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012589734.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
37% identity, 56% coverage: 14:260/441 of query aligns to 4:250/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
L
 
F
L
 
L
E
 
V
V
 
V
K
 
E
N
 
G
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
I
Y
|
Y
Q
 
P
T
 
T
G
 
P
S
 
E
G
 
G
E
 
P
Q
x
Y
G
 
-
P
 
-
R
 
T
V
|
V
L
 
L
D
 
D
N
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
S
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
G
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
H
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
I
 
M
V
 
I
S
 
S
G
 
G
L
 
F
V
 
N
R
 
T
P
 
P
A
 
S
S
 
E
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
L
Y
 
L
L
 
Q
G
 
D
A
 
K
P
 
P
V
 
I
E
 
T
G
 
E
P
 
P
V
 
G
D
 
P
G
 
D
V
 
R
A
 
M
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
Y
A
 
C
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
T
 
N
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
Y
L
 
L
G
 
A
L
 
V
R
 
D
A
 
A
R
 
V
K
 
F
A
 
P
P
 
N
R
 
K
E
 
P
E
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
I
-
 
V
-
 
R
K
 
E
A
 
H
I
 
L
D
 
A
L
 
M
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
T
G
 
E
F
 
A
E
 
A
S
 
E
A
 
K
F
 
K
P
 
P
K
 
S
E
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
S
V
 
I
H
 
R
P
 
P
N
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
I
T
 
T
A
 
K
E
 
E
T
 
E
L
 
L
R
 
Q
T
 
E
D
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
Q
L
 
I
W
 
W
V
 
S
E
 
D
G
 
H
R
 
Q
M
 
V
P
 
-
I
 
-
K
 
-
S
 
T
I
 
V
L
 
L
M
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
F
M
 
L
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
M
L
 
M
A
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
G
 
A
R
 
A
I
 
Q
A
 
I
A
 
G
E
 
E
I
 
I
-
 
L
E
 
D
V
 
I
T
 
P
L
 
F
A
 
D
H
 
R
P
 
P
R
 
R
N
 
N
R
 
R
L
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
M
-
 
E
D
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
R
 
Y
Q
 
D
L
 
L
V
 
-
D
 
-
K
 
R
I
 
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
37% identity, 56% coverage: 14:260/441 of query aligns to 2:248/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
L
 
F
L
 
L
E
 
V
V
 
V
K
 
E
N
 
G
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
I
Y
|
Y
Q
 
P
T
 
T
G
 
P
S
 
E
G
 
G
E
 
P
Q
 
Y
G
 
-
P
 
-
R
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
N
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
S
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
G
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
x
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
I
 
M
V
 
I
S
 
S
G
 
G
L
 
F
V
 
N
R
 
T
P
 
P
A
 
S
S
 
E
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
L
Y
 
L
L
 
Q
G
 
D
A
 
K
P
 
P
V
 
I
E
 
T
G
 
E
P
 
P
V
 
G
D
 
P
G
 
D
V
 
R
A
 
M
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
N
F
 
Y
A
 
C
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
T
 
N
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
Y
L
 
L
G
 
A
L
 
V
R
 
D
A
 
A
R
 
V
K
 
F
A
 
P
P
 
N
R
 
K
E
 
P
E
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
I
-
 
V
-
 
R
K
 
E
A
 
H
I
 
L
D
 
A
L
 
M
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
T
G
 
E
F
 
A
E
 
A
S
 
E
A
 
K
F
 
K
P
 
P
K
 
S
E
x
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
S
V
 
I
H
 
R
P
 
P
N
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
I
T
 
T
A
 
K
E
 
E
T
 
E
L
 
L
R
 
Q
T
 
E
D
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
Q
L
 
I
W
 
W
V
 
S
E
 
D
G
 
H
R
 
Q
M
 
V
P
 
-
I
 
-
K
 
-
S
 
T
I
 
V
L
 
L
M
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
F
M
 
L
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
M
L
 
M
A
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
G
 
A
R
 
A
I
 
Q
A
 
I
A
 
G
E
 
E
I
 
I
-
 
L
E
 
D
V
 
I
T
 
P
L
 
F
A
 
D
H
 
R
P
 
P
R
 
R
N
 
N
R
 
R
L
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
M
-
 
E
D
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
R
 
Y
Q
 
D
L
 
L
V
 
-
D
 
-
K
 
R
I
 
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
39% identity, 52% coverage: 36:265/441 of query aligns to 23:256/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
L
 
L
D
 
K
N
 
N
V
 
I
S
 
E
L
 
L
S
 
K
L
 
I
R
 
K
Q
 
Q
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
G
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
H
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
R
P
 
A
A
 
S
S
 
I
G
 
G
E
 
G
V
 
V
S
 
T
Y
 
L
L
 
E
G
 
G
A
 
R
P
 
E
V
 
I
E
 
R
G
 
E
P
 
P
V
 
S
D
 
P
G
 
D
V
 
R
A
 
M
M
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
Y
A
 
S
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
R
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
V
R
 
D
A
 
E
R
 
V
K
 
Y
A
 
Q
P
 
G
R
 
K
E
 
S
E
 
K
A
 
G
R
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
L
 
I
-
 
I
-
 
E
K
 
E
A
 
H
I
 
I
D
 
D
L
 
M
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
R
G
 
L
F
 
A
E
 
A
S
 
N
A
 
K
F
 
R
P
 
P
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
T
H
 
R
P
 
P
N
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
R
E
 
G
T
 
S
L
 
L
R
 
Q
T
 
E
D
 
Q
L
 
L
L
 
M
D
 
K
L
 
I
W
 
C
V
 
N
E
 
E
G
 
H
R
 
Q
M
 
I
P
 
-
I
 
-
K
 
-
S
 
T
I
 
C
L
 
V
M
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
L
M
 
L
C
 
S
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
M
L
 
L
A
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
E
G
 
A
R
 
H
I
 
I
A
 
G
A
 
Q
E
 
I
I
 
L
E
 
E
V
 
V
T
 
P
L
 
I
A
 
S
H
 
R
P
 
P
R
 
R
N
 
Q
R
 
R
L
 
L
D
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
R
 
Y
Q
 
N
L
 
L
V
 
R
D
 
N
K
 
E
I
 
I
Y
 
I
A
 
Y
L
 
F
M
 
L
T
 
N
K
 
Q
R
 
Q
S
 
K

Sites not aligning to the query:

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
38% identity, 52% coverage: 36:265/441 of query aligns to 23:256/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
L
 
L
D
 
K
N
 
N
V
 
I
S
 
E
L
 
L
S
 
K
L
 
I
R
 
K
Q
 
Q
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
G
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
R
P
 
A
A
 
S
S
 
I
G
 
G
E
 
G
V
 
V
S
 
T
Y
 
L
L
 
E
G
 
G
A
 
R
P
 
E
V
 
I
E
 
R
G
 
E
P
 
P
V
 
S
D
 
P
G
 
D
V
 
R
A
 
M
M
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
N
F
 
Y
A
 
S
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
R
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
V
R
 
D
A
 
E
R
 
V
K
 
Y
A
 
Q
P
 
G
R
 
K
E
 
S
E
 
K
A
 
G
R
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
L
 
I
-
 
I
-
 
E
K
 
E
A
 
H
I
 
I
D
 
D
L
 
M
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
R
G
 
L
F
 
A
E
 
A
S
 
N
A
x
K
F
 
R
P
 
P
K
 
S
E
|
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
T
H
 
R
P
 
P
N
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
R
E
 
G
T
 
S
L
 
L
R
 
Q
T
 
E
D
 
Q
L
 
L
L
 
M
D
 
K
L
 
I
W
 
C
V
 
N
E
 
E
G
 
H
R
 
Q
M
 
I
P
 
-
I
 
-
K
 
-
S
 
T
I
 
C
L
 
V
M
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
L
M
 
L
C
 
S
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
V
V
 
M
L
 
L
A
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
E
G
 
A
R
 
H
I
 
I
A
 
G
A
 
Q
E
 
I
I
 
L
E
 
E
V
 
V
T
 
P
L
 
I
A
 
S
H
 
R
P
 
P
R
 
R
N
 
Q
R
 
R
L
 
L
D
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
R
 
Y
Q
 
N
L
 
L
V
 
R
D
 
N
K
 
E
I
 
I
Y
 
I
A
 
Y
L
 
F
M
 
L
T
 
N
K
 
Q
R
 
Q
S
 
K

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
39% identity, 47% coverage: 38:244/441 of query aligns to 44:256/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
N
 
D
V
 
T
S
 
N
L
 
F
S
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
G
 
V
L
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
L
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
L
S
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
I
S
 
F
Y
 
I
L
 
D
G
 
N
A
 
Q
P
 
D
V
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
E
 
Q
G
 
V
P
 
R
V
 
R
D
 
K
G
 
T
V
 
M
A
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
R
 
E
A
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
V
P
 
P
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
R
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
D
L
 
N
I
 
A
G
 
N
L
 
L
D
 
L
G
 
D
F
 
F
E
 
K
S
 
D
A
 
Q
F
 
Y
P
 
P
K
 
K
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
N
H
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
L
T
 
I
A
 
R
E
 
R
T
 
E
L
 
M
R
 
Q
T
 
D
D
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
L
 
L
W
 
Q
V
 
A
E
 
K
G
 
F
R
 
Q
M
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
K
S
 
T
I
 
I
L
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
M
 
I
C
 
G
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
S
 
D
N
 
G
P
 
K
G
 
I
R
 
M
I
 
Q
A
 
I
A
 
G
E
 
T
I
 
G
E
 
E
V
 
E
T
 
I
L
 
L
A
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
39% identity, 47% coverage: 38:244/441 of query aligns to 44:256/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
N
 
D
V
 
T
S
 
N
L
 
F
S
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
G
 
V
L
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
L
S
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
I
S
 
F
Y
 
I
L
 
D
G
 
N
A
 
Q
P
 
D
V
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
E
 
Q
G
 
V
P
 
R
V
 
R
D
 
K
G
 
T
V
 
M
A
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
R
 
E
A
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
V
P
 
P
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
R
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
D
L
 
N
I
 
A
G
 
N
L
 
L
D
 
L
G
 
D
F
 
F
E
 
K
S
 
D
A
 
Q
F
 
Y
P
 
P
K
 
K
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
N
H
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
L
T
 
I
A
 
R
E
 
R
T
 
E
L
 
M
R
 
Q
T
 
D
D
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
L
 
L
W
 
Q
V
 
A
E
 
K
G
 
F
R
 
Q
M
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
K
S
 
T
I
 
I
L
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
M
 
I
C
 
G
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
S
 
D
N
 
G
P
 
K
G
 
I
R
 
M
I
 
Q
A
 
I
A
 
G
E
 
T
I
 
G
E
 
E
V
 
E
T
 
I
L
 
L
A
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N

Sites not aligning to the query:

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
38% identity, 47% coverage: 38:244/441 of query aligns to 44:256/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
N
 
D
V
 
T
S
 
N
L
 
F
S
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
G
 
V
L
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
L
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
L
S
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
I
S
 
F
Y
 
I
L
 
D
G
 
N
A
 
Q
P
 
D
V
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
E
 
Q
G
 
V
P
 
R
V
 
R
D
 
K
G
 
T
V
 
M
A
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
R
 
E
A
 
V
R
 
Q
K
 
N
A
 
V
P
 
P
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
R
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
D
L
 
N
I
 
A
G
 
N
L
 
L
D
 
L
G
 
D
F
 
F
E
 
K
S
 
D
A
 
Q
F
 
Y
P
 
P
K
|
K
E
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
N
H
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
L
T
 
I
A
 
R
E
 
R
T
 
E
L
 
M
R
 
Q
T
 
D
D
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
L
 
L
W
 
Q
V
 
A
E
 
K
G
 
F
R
 
Q
M
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
K
S
 
T
I
 
I
L
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
M
 
I
C
 
G
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
K
S
 
D
N
 
G
P
 
K
G
 
I
R
 
M
I
 
Q
A
 
I
A
 
G
E
 
T
I
 
G
E
 
E
V
 
E
T
 
I
L
 
L
A
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
38% identity, 43% coverage: 36:224/441 of query aligns to 22:216/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
L
 
V
D
 
K
N
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
E
L
 
I
R
 
K
Q
 
D
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
L
G
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
I
 
M
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
R
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
S
 
Y
Y
 
I
L
 
E
G
 
D
A
 
N
P
 
L
V
 
V
E
 
A
G
 
D
P
 
P
V
 
E
D
 
K
G
 
G
V
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
K
A
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
V
P
 
P
R
 
K
E
 
Q
E
 
E
A
 
I
R
 
D
R
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
R
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
T
G
 
E
F
 
L
E
 
L
S
 
N
A
 
R
F
 
K
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
R
H
 
R
P
 
P
N
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
K
T
 
L
A
 
R
E
 
V
T
 
K
L
 
M
R
 
R
T
 
A
D
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
K
L
 
L
W
 
Q
V
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
R
M
 
Q
P
 
L
I
 
G
K
 
V
S
 
T
I
 
T
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
M
 
M
C
 
G
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
A
V
 
V
L
 
M

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
38% identity, 46% coverage: 32:234/441 of query aligns to 29:229/378 of P69874

query
sites
P69874
G
 
G
P
 
K
R
 
E
V
 
V
L
 
I
D
 
P
N
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
I
R
 
N
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
x
F
V
 
L
G
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
I
 
L
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
R
 
T
P
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
V
 
I
-
 
M
-
x
L
-
 
D
-
 
N
-
 
E
S
 
D
Y
 
I
L
 
T
G
 
H
A
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
G
 
N
P
 
R
V
 
Y
D
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
R
 
Q
K
 
K
A
 
T
P
 
P
R
 
A
E
 
A
E
 
E
A
 
I
R
 
T
R
 
P
R
 
R
A
 
V
L
 
M
K
 
E
A
 
A
I
 
L
D
 
R
L
 
M
I
x
V
G
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
T
F
 
F
E
 
A
S
 
Q
A
 
R
F
 
K
P
 
P
K
 
H
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
N
H
 
K
P
 
P
N
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
Y
L
 
K
T
 
L
A
 
R
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
R
 
Q
T
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
A
L
 
L
W
 
-
V
 
-
E
 
Q
G
 
R
R
 
K
M
 
L
P
 
G
I
 
I
K
 
-
S
 
T
I
 
F
L
 
V
M
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
T
M
 
M
C
 
S
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
V
V
 
V
L
 
M
A
 
R
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
E
 
D

Sites not aligning to the query:

1g291 Malk (see paper)
39% identity, 42% coverage: 39:224/441 of query aligns to 22:213/372 of 1g291

query
sites
1g291
V
 
M
S
 
S
L
 
L
S
 
E
L
 
V
R
 
K
Q
 
D
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
M
G
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
I
 
M
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
R
 
E
P
 
P
A
 
S
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
S
 
Y
Y
 
I
L
 
G
G
 
D
A
 
K
P
 
L
V
 
V
E
 
A
G
x
D
P
 
P
V
x
E
D
x
K
G
 
G
V
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
x
K
-
x
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
A
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
K
A
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
V
P
 
P
R
 
R
E
 
Q
E
 
E
A
 
I
R
 
D
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
L
 
R
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
E
L
 
L
I
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
T
G
 
E
F
 
L
E
 
L
S
 
N
A
 
R
F
 
K
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
R
H
 
K
P
 
P
N
 
Q
I
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
K
T
 
L
A
 
R
E
 
V
T
 
R
L
 
M
R
 
R
T
 
A
D
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
K
L
 
L
W
 
Q
V
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
R
M
 
Q
P
 
L
I
 
G
K
 
V
S
 
T
I
 
T
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
M
 
M
C
 
G
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
A
V
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
38% identity, 46% coverage: 32:234/441 of query aligns to 14:214/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
G
 
G
P
x
K
R
 
E
V
 
V
L
 
I
D
 
P
N
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
I
R
 
N
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
L
G
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
C
G
 
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
V
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
R
 
T
P
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
V
 
I
-
 
M
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
E
S
 
D
Y
 
I
L
 
T
G
 
H
A
 
V
P
 
P
V
 
A
E
 
E
G
 
N
P
 
R
V
 
Y
D
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
M
R
 
Q
K
 
K
A
 
T
P
 
P
R
 
A
E
 
A
E
 
E
A
 
I
R
 
T
R
 
P
R
 
R
A
 
V
L
 
M
K
 
E
A
 
A
I
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
V
G
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
T
F
 
F
E
 
A
S
 
Q
A
x
R
F
 
K
P
 
P
K
 
H
E
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
N
H
 
K
P
 
P
N
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
Y
L
 
K
T
 
L
A
 
R
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
R
 
Q
T
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
A
L
 
L
W
 
-
V
 
-
E
 
Q
G
 
R
R
 
K
M
 
L
P
 
G
I
 
I
K
 
-
S
 
T
I
 
F
L
 
V
M
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
T
M
 
M
C
 
S
N
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
V
V
 
V
L
 
M
A
 
R
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
E
 
D

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 54% coverage: 14:252/441 of query aligns to 1:242/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
K
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
T
Q
 
K
H
 
V
Y
 
F
Q
 
H
T
 
Q
G
 
G
S
 
T
G
 
-
E
 
-
Q
 
R
G
 
T
P
 
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
R
 
P
Q
 
A
N
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
I
 
C
V
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
S
 
L
Y
 
V
L
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
V
 
L
E
 
T
G
 
T
P
 
L
V
 
S
D
 
E
G
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
W
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
R
 
D
K
 
N
A
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
K
 
E
A
 
L
I
 
L
D
 
S
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
G
G
 
D
F
 
K
E
 
H
S
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
K
 
S
E
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
P
 
P
N
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
A
T
 
T
A
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
R
 
L
T
 
E
D
 
L
L
 
L
L
 
K
D
 
D
L
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
N
G
 
R
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
L
K
 
-
S
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
I
 
M
E
 
D
E
 
V
A
 
V
V
 
K
L
 
R
M
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
C
I
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
N
 
G
P
 
E
G
 
L
R
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
D
E
 
T
I
 
V
E
 
S
V
 
E
T
 
V
L
 
F
A
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
K
N
 
T
R
 
P
L
 
L
D
 
A
P
 
Q
E
 
K
F
 
F
R
 
I
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
32% identity, 54% coverage: 14:252/441 of query aligns to 2:243/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
K
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
T
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
H
T
x
Q
G
 
G
S
 
T
G
 
-
E
 
-
Q
 
R
G
 
T
P
x
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
R
 
P
Q
 
A
N
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
I
 
C
V
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
S
 
L
Y
 
V
L
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
V
 
L
E
 
T
G
 
T
P
 
L
V
 
S
D
 
E
G
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
W
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
R
 
D
K
 
N
A
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
K
 
E
A
 
L
I
 
L
D
 
S
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
G
G
 
D
F
 
K
E
 
H
S
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
K
 
S
E
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
P
 
P
N
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
A
T
 
T
A
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
R
 
L
T
 
E
D
 
L
L
 
L
L
 
K
D
 
D
L
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
N
G
 
R
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
L
K
 
-
S
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
N
 
E
I
 
M
E
 
D
E
 
V
A
 
V
V
 
K
L
 
R
M
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
C
I
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
N
 
G
P
 
E
G
 
L
R
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
D
E
 
T
I
 
V
E
 
S
V
 
E
T
 
V
L
 
F
A
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
K
N
 
T
R
 
P
L
 
L
D
 
A
P
 
Q
E
 
K
F
 
F
R
 
I
Q
 
Q

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
32% identity, 54% coverage: 14:252/441 of query aligns to 2:243/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
K
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
T
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
H
T
x
Q
G
 
G
S
 
T
G
 
-
E
 
-
Q
 
R
G
 
T
P
 
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
R
 
P
Q
 
A
N
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
A
S
 
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
I
 
C
V
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
S
 
L
Y
 
V
L
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
V
 
L
E
 
T
G
 
T
P
 
L
V
 
S
D
 
E
G
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
W
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
R
 
D
K
 
N
A
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
K
 
E
A
 
L
I
 
L
D
 
S
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
G
G
 
D
F
 
K
E
 
H
S
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
K
 
S
E
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
P
 
P
N
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
A
T
 
T
A
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
R
 
L
T
 
E
D
 
L
L
 
L
L
 
K
D
 
D
L
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
N
G
 
R
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
L
K
 
-
S
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
I
 
M
E
 
D
E
 
V
A
 
V
V
 
K
L
 
R
M
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
C
I
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
N
 
G
P
 
E
G
 
L
R
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
D
E
 
T
I
 
V
E
 
S
V
 
E
T
 
V
L
 
F
A
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
K
N
 
T
R
 
P
L
 
L
D
 
A
P
 
Q
E
 
K
F
 
F
R
 
I
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
32% identity, 54% coverage: 14:252/441 of query aligns to 2:243/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
K
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
T
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
H
T
 
Q
G
 
G
S
 
T
G
 
-
E
 
-
Q
 
R
G
 
T
P
 
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
R
 
P
Q
 
A
N
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
A
S
 
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
I
 
C
V
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
S
 
L
Y
 
V
L
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
V
 
L
E
 
T
G
 
T
P
 
L
V
 
S
D
 
E
G
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
W
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
L
R
 
D
K
 
N
A
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
T
K
 
E
A
 
L
I
 
L
D
 
S
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
G
G
 
D
F
 
K
E
 
H
S
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
K
 
S
E
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
V
 
S
H
 
N
P
 
P
N
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
L
 
A
T
 
T
A
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
R
 
L
T
 
E
D
 
L
L
 
L
L
 
K
D
 
D
L
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
N
G
 
R
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
L
K
 
-
S
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
I
 
M
E
 
D
E
 
V
A
 
V
V
 
K
L
 
R
M
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
C
I
 
V
I
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
N
 
G
P
 
E
G
 
L
R
 
I
I
 
E
A
 
Q
A
 
D
E
 
T
I
 
V
E
 
S
V
 
E
T
 
V
L
 
F
A
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
K
N
 
T
R
 
P
L
 
L
D
 
A
P
 
Q
E
 
K
F
 
F
R
 
I
Q
 
Q

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
36% identity, 48% coverage: 17:226/441 of query aligns to 6:216/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
V
 
V
K
 
K
N
 
N
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
S
 
K
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
P
 
V
R
 
V
V
 
A
L
 
L
D
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
I
S
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
 
R
V
 
F
G
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
V
P
 
P
A
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
V
 
V
S
 
A
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
A
 
K
P
 
L
V
 
I
E
 
V
G
 
P
P
 
P
V
 
E
D
 
D
-
 
R
G
 
K
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
T
F
 
W
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
T
A
 
N
R
 
M
K
 
K
A
 
M
P
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
E
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
K
L
 
I
I
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
G
 
H
F
 
V
E
 
L
S
 
N
A
 
H
F
 
F
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
K
H
 
D
P
 
P
N
 
S
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
R
T
 
M
A
 
R
E
 
D
T
 
S
L
 
A
R
 
R
T
 
A
D
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
V
L
 
K
W
 
E
V
 
V
E
 
Q
G
 
S
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
V
K
 
-
S
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
P
E
 
A
E
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
A
M
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
V
S
 
K

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
36% identity, 48% coverage: 17:226/441 of query aligns to 6:216/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
V
 
V
K
 
K
N
 
N
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
S
 
K
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
P
 
V
R
 
V
V
 
A
L
 
L
D
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
I
S
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
 
R
V
 
F
G
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
V
P
 
P
A
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
V
 
V
S
 
A
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
A
 
K
P
 
L
V
 
I
E
 
V
G
 
P
P
 
P
V
 
E
D
 
D
-
 
R
G
 
K
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
T
F
 
W
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
T
A
 
N
R
 
M
K
 
K
A
 
M
P
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
E
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
K
L
 
I
I
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
G
 
H
F
 
V
E
 
L
S
 
N
A
 
H
F
 
F
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
K
H
 
D
P
 
P
N
 
S
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
R
T
 
M
A
 
R
E
 
D
T
 
S
L
 
A
R
 
R
T
 
A
D
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
V
L
 
K
W
 
E
V
 
V
E
 
Q
G
 
S
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
V
K
 
-
S
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
P
E
 
A
E
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
A
M
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
V
S
 
K

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
36% identity, 48% coverage: 17:226/441 of query aligns to 6:216/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
V
 
V
K
 
K
N
 
N
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
V
Y
x
F
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
S
 
K
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
P
 
V
R
 
V
V
x
A
L
 
L
D
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
I
S
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
 
R
V
 
F
G
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
V
P
 
P
A
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
V
 
V
S
 
A
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
A
 
K
P
 
L
V
 
I
E
 
V
G
 
P
P
 
P
V
 
E
D
 
D
-
 
R
G
 
K
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
T
F
 
W
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
T
A
 
N
R
 
M
K
 
K
A
 
M
P
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
E
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
K
L
 
I
I
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
G
 
H
F
 
V
E
 
L
S
 
N
A
 
H
F
 
F
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
K
H
 
D
P
 
P
N
 
S
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
R
T
 
M
A
 
R
E
 
D
T
 
S
L
 
A
R
 
R
T
 
A
D
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
V
L
 
K
W
 
E
V
 
V
E
 
Q
G
 
S
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
V
K
 
-
S
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
P
E
 
A
E
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
A
M
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
V
S
 
K

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
36% identity, 48% coverage: 17:226/441 of query aligns to 6:216/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
V
 
V
K
 
K
N
 
N
I
 
V
I
 
S
Q
 
K
H
 
V
Y
 
F
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
S
 
K
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
P
 
V
R
 
V
V
 
A
L
 
L
D
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
I
S
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
N
 
G
E
 
E
I
 
R
V
 
F
G
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
R
 
V
P
 
P
A
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
V
 
V
S
 
A
Y
 
S
L
 
N
G
 
G
A
 
K
P
 
L
V
 
I
E
 
V
G
 
P
P
 
P
V
 
E
D
 
D
-
 
R
G
 
K
V
 
I
A
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
T
F
 
W
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
L
 
F
G
 
P
L
 
L
R
 
T
A
 
N
R
 
M
K
 
K
A
 
M
P
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
E
K
 
E
A
 
V
I
 
A
D
 
K
L
 
I
I
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
G
 
H
F
 
V
E
 
L
S
 
N
A
 
H
F
 
F
P
 
P
K
 
R
E
 
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
K
H
 
D
P
 
P
N
 
S
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
R
T
 
M
A
 
R
E
 
D
T
 
S
L
 
A
R
 
R
T
 
A
D
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
V
L
 
K
W
 
E
V
 
V
E
 
Q
G
 
S
R
 
R
M
 
L
P
 
G
I
 
V
K
 
-
S
 
T
I
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
P
E
 
A
E
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
A
M
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
I
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
V
S
 
K

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
37% identity, 48% coverage: 14:223/441 of query aligns to 3:215/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
L
 
L
L
 
I
E
 
S
V
 
L
K
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
F
Q
 
R
H
 
S
Y
 
Y
Q
 
R
T
 
-
G
 
-
S
 
N
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
E
P
 
L
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
K
N
 
N
V
 
I
S
 
N
L
 
L
S
 
E
L
 
V
R
 
N
Q
 
E
N
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
V
G
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
 
T
L
 
L
L
 
M
R
 
N
I
 
T
V
 
I
S
 
G
G
 
M
L
 
L
V
 
D
R
 
T
P
 
P
A
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
Y
S
 
Y
Y
 
L
L
 
E
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
G
P
 
L
V
 
G
D
 
E
G
 
K
-
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
-
 
Q
V
 
I
A
 
G
M
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
F
 
F
A
 
F
L
 
L
F
 
L
P
 
S
W
 
K
L
 
L
T
 
N
V
 
A
L
 
L
A
 
Q
N
 
N
V
 
V
E
 
E
L
 
L
G
 
P
L
 
L
R
 
I
A
 
Y
R
 
A
K
 
G
A
 
V
P
 
S
R
 
S
E
 
S
E
 
K
A
 
R
R
 
R
R
 
K
R
 
L
A
 
A
L
 
E
K
 
E
A
 
Y
I
 
L
D
 
D
L
 
K
I
 
V
G
 
E
L
 
L
D
 
T
G
 
E
F
 
R
E
 
S
S
 
H
A
 
H
F
 
L
P
 
P
K
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
N
H
 
N
P
 
P
N
 
S
I
 
I
L
 
I
L
 
L
M
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
T
L
 
K
T
 
T
A
 
G
E
 
N
T
 
Q
L
 
I
R
 
M
T
 
Q
D
 
L
L
 
L
L
 
V
D
 
D
L
 
L
W
 
N
V
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
-
M
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
K
S
 
T
I
 
I
L
 
I
M
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
I
 
P
E
 
E
E
 
I
A
 
A
V
 
A
L
 
Y
M
 
A
C
 
K
N
 
R
R
 
Q
I
 
I
I
 
V
V
 
I

Query Sequence

>WP_012589734.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012589734.1
MPNAAASLPADAPLLEVKNIIQHYQTGSGEQGPRVLDNVSLSLRQNEIVGLLGRSGCGKS
SLLRIVSGLVRPASGEVSYLGAPVEGPVDGVAMVFQSFALFPWLTVLANVELGLRARKAP
REEARRRALKAIDLIGLDGFESAFPKELSGGMRQRVGFARALVVHPNILLMDEPFSALDV
LTAETLRTDLLDLWVEGRMPIKSILMVTHNIEEAVLMCNRIIVLASNPGRIAAEIEVTLA
HPRNRLDPEFRQLVDKIYALMTKRSETAPGREGAFAGLGVGMSLPLVSTNTIAGMIEEVA
ADPYHGRADLPALADSLQLEIDELFPVGETLQLMRFAELEEGDIRLTPAGTRFADLETDA
RKKLFGDHLVAYVPLAGRIRAVLEERPSHTARAARFLEELEDHMSEDYAAKTLQSVINWG
RYGELFAYDEKAEMFSLENPQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory