SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012589888.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012589888.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
60% identity, 97% coverage: 7:296/298 of query aligns to 2:292/292 of Q07607

query
sites
Q07607
F
 
F
R
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
A
D
 
D
G
 
D
K
 
R
F
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
A
F
 
L
R
 
H
A
 
D
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
S
 
E
G
 
G
T
 
S
H
 
F
G
 
G
V
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
K
A
 
S
E
 
E
H
 
H
R
 
E
D
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
E
A
 
I
C
 
T
V
 
I
K
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
A
L
 
F
S
 
V
R
 
R
Y
 
H
A
 
A
E
 
Q
S
 
N
V
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
D
D
 
A
A
 
A
V
 
S
G
 
T
I
 
I
P
 
P
I
 
I
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
P
 
P
P
 
G
R
 
R
S
 
S
V
 
A
V
 
I
D
 
E
V
 
I
S
 
H
V
 
V
D
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
A
R
 
R
L
 
I
Y
 
F
E
 
E
-
 
D
L
 
C
P
 
P
N
 
N
I
 
V
V
 
K
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
L
R
 
R
T
 
P
A
 
S
Q
 
L
Q
 
E
R
 
R
Q
 
M
A
 
A
L
 
C
G
 
G
P
 
E
D
 
D
F
 
F
I
 
N
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
G
T
 
T
A
 
A
V
 
L
A
 
G
V
 
Y
M
 
M
A
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
C
 
C
I
 
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
A
L
 
L
C
 
C
A
 
A
E
 
D
M
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
A
 
A
C
 
C
L
 
L
S
 
N
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
L
N
 
Q
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
A
G
 
G
P
 
A
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
I
 
M
T
 
R
E
 
G
E
 
D
L
 
L
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
V
K
 
T
A
 
I
S
 
S
A
 
P
H
 
S
I
 
F
H
 
Q
A
 
E
P
 
E
I
 
I
R
 
D
A
 
D
A
 
A
L
 
M
A
 
R
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
L
V
 
L

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
56% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:293/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
F
 
F
R
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
T
D
 
D
-
 
N
G
 
G
K
 
A
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
Q
T
 
A
F
 
F
R
 
A
A
 
A
L
 
H
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
Q
I
 
I
E
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
S
H
 
N
G
 
G
V
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
|
S
P
|
P
T
 
T
L
|
L
S
 
S
H
 
H
A
 
D
E
 
E
H
|
H
R
 
K
D
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
E
A
 
L
C
 
C
V
 
I
K
 
E
E
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
|
N
N
 
N
T
 
T
R
 
D
E
|
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
L
Y
 
H
A
 
A
E
 
Q
S
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
S
A
 
A
I
 
V
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
V
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
I
 
I
P
 
P
P
 
P
R
|
R
S
 
S
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
M
S
 
S
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
M
K
 
G
R
 
A
L
 
L
Y
 
V
E
 
K
L
 
A
-
 
H
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
K
L
 
L
A
 
D
R
 
R
T
 
V
A
 
S
Q
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
I
A
 
S
L
 
C
G
 
G
P
 
K
D
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
L
A
 
G
V
 
F
M
 
N
A
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
H
 
V
G
 
G
C
 
C
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
S
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
L
C
 
C
A
 
S
E
 
E
M
 
F
Q
 
Q
E
 
A
A
 
A
C
 
M
L
 
L
S
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
E
I
 
Y
N
 
Q
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
F
 
F
L
 
M
E
 
E
P
 
P
N
 
G
P
 
V
A
 
C
G
 
G
P
 
T
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
K
L
 
T
G
 
R
K
 
G
I
 
C
T
 
N
E
 
R
E
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
S
P
 
P
M
 
L
L
 
M
K
 
S
A
 
T
-
 
L
S
 
E
A
 
P
H
 
A
I
 
T
H
 
E
A
 
A
P
 
A
I
 
I
R
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
M

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
56% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:293/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
F
 
F
R
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
T
D
 
D
-
 
N
G
 
G
K
 
S
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
K
T
 
A
F
 
F
R
 
A
A
 
A
L
 
H
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
Q
I
 
I
E
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
S
H
 
N
G
 
G
V
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
T
 
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
|
P
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
H
A
 
D
E
 
E
H
|
H
R
 
K
D
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
E
A
 
L
C
 
C
V
 
I
K
 
E
E
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
|
N
N
 
N
T
 
T
R
 
D
E
|
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
L
Y
 
H
A
 
A
E
 
Q
S
 
E
V
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
S
A
 
A
I
 
V
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
V
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
P
 
P
P
 
P
R
 
R
S
 
S
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
M
S
 
S
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
M
K
 
G
R
 
A
L
 
L
Y
 
V
E
 
K
L
 
A
-
 
H
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
K
L
 
L
A
 
D
R
 
R
T
 
V
A
 
S
Q
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
I
A
 
S
L
 
C
G
 
G
P
 
K
D
 
D
F
 
F
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
G
T
 
T
A
 
A
V
 
L
A
 
G
V
 
F
M
 
N
A
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
H
 
V
G
 
G
C
 
C
I
 
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
L
C
 
C
A
 
S
E
 
E
M
 
F
Q
 
Q
E
 
A
A
 
A
C
 
M
L
 
L
S
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
E
I
 
Y
N
 
Q
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
F
 
F
L
 
M
E
 
E
P
 
P
N
 
G
P
 
V
A
 
C
G
 
G
P
 
T
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
K
L
 
T
G
 
R
K
 
G
I
 
G
T
 
N
E
 
R
E
 
R
L
 
V
R
 
R
Q
 
S
P
 
P
M
 
L
L
 
M
K
 
S
A
 
T
-
 
L
S
 
E
A
 
P
H
 
A
I
 
T
H
 
E
A
 
A
P
 
A
I
 
I
R
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
M

7mjfA Crystal structure of candidatus liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
53% identity, 97% coverage: 7:294/298 of query aligns to 2:293/296 of 7mjfA

query
sites
7mjfA
F
 
F
R
 
Q
G
 
R
S
 
S
I
 
I
T
 
P
A
|
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
-
 
T
K
 
K
D
 
D
G
 
N
K
 
L
F
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
D
T
 
S
F
 
F
R
 
V
A
 
D
L
 
H
I
 
I
D
 
E
W
 
W
Q
 
Q
I
 
I
E
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
S
H
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
C
D
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
E
A
 
L
C
 
C
V
 
V
K
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
 
N
N
 
N
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
S
 
N
V
 
T
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
N
Q
 
K
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
L
L
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
G
A
 
S
I
 
I
N
 
A
D
 
N
A
 
A
V
 
V
G
 
S
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
Y
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
I
 
N
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
V
V
 
I
D
 
E
V
 
M
S
 
D
V
 
V
D
 
D
T
 
T
L
 
M
K
 
A
R
 
E
L
 
L
Y
 
V
E
 
K
-
 
T
L
 
Y
P
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
R
L
 
I
A
 
E
R
 
L
T
 
A
A
 
S
Q
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
I
A
 
A
L
 
C
G
 
G
P
 
S
D
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
|
G
E
 
D
D
 
D
L
 
S
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
G
V
 
F
M
 
N
A
 
V
L
 
H
G
 
G
G
 
G
H
 
V
G
 
G
C
 
C
I
 
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
I
C
 
C
A
 
A
E
 
E
M
 
F
Q
 
Q
E
 
K
A
 
A
C
 
I
L
 
S
S
 
E
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
A
 
R
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
E
I
 
Y
N
 
Q
D
 
D
R
 
K
L
 
L
S
 
F
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
I
E
 
E
P
 
P
N
 
S
P
 
I
A
 
S
G
 
S
P
 
V
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
-
 
N
I
 
V
T
 
S
E
 
L
E
 
V
L
 
V
R
 
R
Q
 
A
P
 
P
M
 
M
L
 
V
K
 
S
A
 
I
-
 
L
S
 
E
A
 
K
H
 
E
I
 
T
H
 
M
A
 
F
P
 
A
I
 
I
R
 
D
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
D
H
 
H
A
 
I
G
 
G
V
 
L

7lvlA Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (s)- lysine from candidatus liberibacter solanacearum
53% identity, 97% coverage: 7:294/298 of query aligns to 2:293/296 of 7lvlA

query
sites
7lvlA
F
 
F
R
 
Q
G
 
R
S
 
S
I
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
-
 
T
K
 
K
D
 
D
G
 
N
K
 
L
F
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
D
T
 
S
F
 
F
R
 
V
A
 
D
L
 
H
I
 
I
D
 
E
W
 
W
Q
 
Q
I
 
I
E
 
S
S
 
E
G
 
G
T
 
S
H
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
|
S
P
x
S
T
 
T
L
|
L
S
 
S
H
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
C
D
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
E
A
 
L
C
 
C
V
 
V
K
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
 
N
N
 
N
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
S
 
N
V
 
T
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
N
Q
 
K
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
L
L
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
G
A
 
S
I
 
I
N
 
A
D
 
N
A
 
A
V
 
V
G
 
S
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
Y
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
I
 
N
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
V
V
 
I
D
 
E
V
 
M
S
 
D
V
 
V
D
 
D
T
 
T
L
 
M
K
 
A
R
 
E
L
 
L
Y
 
V
E
 
K
-
 
T
L
 
Y
P
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
R
L
 
I
A
 
E
R
 
L
T
 
A
A
 
S
Q
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
I
A
 
A
L
 
C
G
 
G
P
 
S
D
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
S
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
G
V
 
F
M
 
N
A
 
V
L
 
H
G
 
G
G
 
G
H
 
V
G
 
G
C
 
C
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
I
C
 
C
A
 
A
E
 
E
M
 
F
Q
 
Q
E
 
K
A
 
A
C
 
I
L
 
S
S
 
E
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
A
 
R
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
E
I
 
Y
N
 
Q
D
 
D
R
 
K
L
 
L
S
 
F
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
I
E
 
E
P
 
P
N
 
S
P
 
I
A
 
S
G
 
S
P
 
V
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
-
 
N
I
 
V
T
 
S
E
 
L
E
 
V
L
 
V
R
 
R
Q
 
A
P
 
P
M
 
M
L
 
V
K
 
S
A
 
I
-
 
L
S
 
E
A
 
K
H
 
E
I
 
T
H
 
M
A
 
F
P
 
A
I
 
I
R
 
D
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
D
H
 
H
A
 
I
G
 
G
V
 
L

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
x
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
|
N
I
x
V
P
|
P
P
 
G
R
|
R
S
x
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
|
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
x
S
T
 
T
L
|
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
|
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
|
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
|
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:291/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
F
 
I
R
 
Q
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
G
F
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
W
Q
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
S
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
A
P
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
M
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
K
A
 
E
C
 
I
V
 
I
K
 
R
E
 
V
A
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
D
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
S
 
S
V
 
N
D
 
D
T
 
T
L
 
A
K
 
V
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
P
R
 
R
T
 
G
A
 
K
Q
 
A
Q
 
L
R
 
I
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
G
D
 
K
F
 
M
I
 
A
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
W
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
H
 
D
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
E
M
 
V
Q
 
C
E
 
A
A
 
V
C
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
K
K
 
T
I
 
L
N
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
S
 
A
P
 
N
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
I
L
 
L
F
|
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
|
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
D
E
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
P
A
 
L
S
 
A
A
 
E
H
 
Q
I
 
Y
H
 
R
A
 
E
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
I

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
48% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 3:293/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
F
 
F
R
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
K
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
K
 
N
F
 
V
D
 
C
E
 
R
A
 
A
T
 
S
F
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
Y
Q
 
H
I
 
V
E
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
T
H
 
S
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
S
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
N
H
|
H
A
 
D
E
 
E
H
 
H
R
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
M
A
 
M
C
 
T
V
 
L
K
 
D
E
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
|
N
N
 
A
T
 
T
R
 
A
E
|
E
A
 
A
I
 
I
E
 
S
L
 
L
S
 
T
R
 
Q
Y
 
R
A
 
F
E
 
N
S
 
D
V
 
S
G
 
G
A
 
I
D
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
I
 
T
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
I
 
L
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
L
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
K
L
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
T
R
 
R
T
 
V
A
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
S
P
 
D
D
 
D
F
 
F
I
 
V
Q
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
D
V
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
R
L
 
D
C
 
M
A
 
A
E
 
Q
M
 
M
Q
 
C
E
 
K
A
 
L
C
 
A
L
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
R
K
 
V
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
L
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
L
I
 
V
-
 
A
T
 
T
E
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
T
K
 
P
A
 
I
S
 
T
A
 
D
H
 
S
I
 
G
H
 
R
A
 
E
P
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
48% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:292/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
F
 
F
R
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
K
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
K
 
N
F
 
V
D
 
C
E
 
R
A
 
A
T
 
S
F
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
Y
Q
 
H
I
 
V
E
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
T
H
 
S
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
S
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
N
H
|
H
A
 
D
E
 
E
H
|
H
R
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
M
A
 
M
C
 
T
V
 
L
K
 
D
E
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
|
N
N
 
A
T
 
T
R
 
A
E
|
E
A
 
A
I
 
I
E
 
S
L
 
L
S
 
T
R
 
Q
Y
 
R
A
 
F
E
 
N
S
 
D
V
 
S
G
 
G
A
 
I
D
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
I
 
T
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
I
 
L
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
L
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
K
L
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
T
R
 
R
T
 
V
A
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
S
P
 
D
D
 
D
F
 
F
I
 
V
Q
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
D
V
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
R
L
 
D
C
 
M
A
 
A
E
 
Q
M
 
M
Q
 
C
E
 
K
A
 
L
C
 
A
L
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
R
K
 
V
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
L
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
L
I
 
V
-
 
A
T
 
T
E
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
T
K
 
P
A
 
I
S
 
T
A
 
D
H
 
S
I
 
G
H
 
R
A
 
E
P
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
48% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:292/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
F
 
F
R
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
K
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
K
 
N
F
 
V
D
 
C
E
 
R
A
 
A
T
 
S
F
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
Y
Q
 
H
I
 
V
E
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
T
H
 
S
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
S
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
N
H
 
H
A
 
D
E
 
E
H
 
H
R
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
M
A
 
M
C
 
T
V
 
L
K
 
D
E
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
A
T
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
S
L
 
L
S
 
T
R
 
Q
Y
 
R
A
 
F
E
 
N
S
 
D
V
 
S
G
 
G
A
 
I
D
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
I
 
T
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
I
 
L
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
L
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
K
L
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
T
R
 
R
T
 
V
A
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
S
P
 
D
D
 
D
F
 
F
I
 
V
Q
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
D
V
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
|
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
R
L
 
D
C
 
M
A
 
A
E
 
Q
M
 
M
Q
 
C
E
 
K
A
 
L
C
 
A
L
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
R
K
 
V
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
L
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
L
I
 
V
-
 
A
T
 
T
E
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
T
K
 
P
A
 
I
S
 
T
A
 
D
H
 
S
I
 
G
H
 
R
A
 
E
P
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L

3i7sA Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site. (see paper)
47% identity, 97% coverage: 7:295/298 of query aligns to 2:292/292 of 3i7sA

query
sites
3i7sA
F
 
F
R
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
|
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
K
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
K
 
N
F
 
V
D
 
C
E
 
R
A
 
A
T
 
S
F
 
L
R
 
K
A
 
K
L
 
L
I
 
I
D
 
D
W
 
Y
Q
 
H
I
 
V
E
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
T
H
 
S
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
S
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
N
H
 
H
A
 
D
E
 
E
H
 
H
R
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
M
A
 
M
C
 
T
V
 
L
K
 
D
E
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
A
T
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
S
L
 
L
S
 
T
R
 
Q
Y
 
R
A
 
F
E
 
N
S
 
D
V
 
S
G
 
G
A
 
I
D
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
I
 
T
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
H
V
 
T
G
 
D
I
 
L
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
S
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
L
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
A
E
 
K
L
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
x
R
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
T
R
 
R
T
 
V
A
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
L
 
V
G
 
S
P
 
D
D
 
D
F
 
F
I
 
V
Q
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
D
V
 
F
M
 
M
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
R
L
 
D
C
 
M
A
 
A
E
 
Q
M
 
M
Q
 
C
E
 
K
A
 
L
C
 
A
L
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
R
K
 
V
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
K
L
 
L
F
 
F
L
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
C
A
 
K
A
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
L
I
 
V
-
 
A
T
 
T
E
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
T
K
 
P
A
 
I
S
 
T
A
 
D
H
 
S
I
 
G
H
 
R
A
 
E
P
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L

3s8hA Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3- hydroxypropanoic acid(hpa)at 2.70 a resolution
48% identity, 96% coverage: 9:295/298 of query aligns to 4:291/292 of 3s8hA

query
sites
3s8hA
G
 
G
S
 
S
I
 
M
T
 
V
A
|
A
L
|
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
D
-
 
A
D
 
Q
G
 
G
K
 
R
F
 
L
D
 
D
E
 
W
A
 
D
T
 
S
F
 
L
R
 
A
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
F
Q
 
H
I
 
L
E
 
Q
S
 
D
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
A
V
 
I
S
x
V
P
 
A
A
 
V
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
E
 
E
S
 
S
P
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
D
H
 
V
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
I
D
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
R
A
 
R
C
 
V
V
 
V
K
 
D
E
 
Q
A
 
V
A
 
K
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
A
L
 
L
S
 
T
R
 
E
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
S
V
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
C
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
M
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
R
A
 
H
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
S
V
 
C
D
 
D
V
 
M
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
E
R
 
R
L
 
L
Y
 
S
E
 
K
L
 
V
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
T
 
A
A
 
K
Q
 
E
Q
 
V
R
 
I
Q
 
E
A
 
R
L
 
V
G
 
G
P
 
K
D
 
D
F
 
F
I
 
L
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
K
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
D
M
 
L
Q
 
C
E
 
A
A
 
A
C
 
A
L
 
M
S
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
A
A
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
I
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
P
E
 
E
E
 
G
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
W
A
 
L
S
 
S
A
 
P
H
 
H
I
 
C
H
 
H
A
 
D
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
M
A
 
R
H
 
Q
A
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
L

3puoA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa(psdhdps)complexed with l-lysine at 2.65a resolution (see paper)
48% identity, 96% coverage: 9:295/298 of query aligns to 4:291/292 of 3puoA

query
sites
3puoA
G
 
G
S
 
S
I
 
M
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
D
-
 
A
D
 
Q
G
 
G
K
 
R
F
 
L
D
 
D
E
 
W
A
 
D
T
 
S
F
 
L
R
 
A
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
D
W
 
F
Q
 
H
I
 
L
E
 
Q
S
 
D
G
 
G
T
 
T
H
 
N
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
|
S
P
x
A
T
 
T
L
|
L
S
x
D
H
x
V
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
I
D
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
R
A
 
R
C
 
V
V
 
V
K
 
D
E
 
Q
A
 
V
A
 
K
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
A
L
 
L
S
 
T
R
 
E
Y
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
S
V
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
C
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
M
Y
 
Y
L
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
R
A
 
H
I
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
S
V
 
C
D
 
D
V
 
M
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
V
K
 
E
R
 
R
L
 
L
Y
 
S
E
 
K
L
 
V
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
I
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
T
 
A
A
 
K
Q
 
E
Q
 
V
R
 
I
Q
 
E
A
 
R
L
 
V
G
 
G
P
 
K
D
 
D
F
 
F
I
 
L
Q
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
K
G
 
G
C
 
N
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
A
C
 
M
A
 
S
E
 
D
M
 
L
Q
 
C
E
 
A
A
 
A
C
 
A
L
 
M
S
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
A
A
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
M
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
I
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
P
E
 
E
E
 
G
L
x
I
R
 
R
Q
x
L
P
 
P
M
x
L
L
x
T
K
 
W
A
 
L
S
 
S
A
 
P
H
 
H
I
 
C
H
 
H
A
 
D
P
 
P
I
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
M
A
 
R
H
 
Q
A
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
L

4pfmA Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
44% identity, 97% coverage: 7:296/298 of query aligns to 3:294/295 of 4pfmA

query
sites
4pfmA
F
 
I
R
 
N
G
 
G
S
 
S
I
 
I
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
L
K
 
N
-
 
S
D
 
D
G
 
G
K
 
T
F
 
V
D
 
D
E
 
Y
A
 
T
T
 
S
F
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
Y
Q
 
H
I
 
I
E
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
T
H
 
D
G
 
A
V
 
I
S
 
V
P
 
A
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
|
S
P
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
P
H
 
I
A
 
S
E
 
E
H
|
H
R
 
I
D
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
G
A
 
Q
C
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
F
A
 
A
A
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
A
 
N
G
 
G
S
 
A
N
|
N
N
 
A
T
 
T
R
 
A
E
|
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
K
Y
 
A
A
 
Q
E
 
N
S
 
K
V
 
L
G
 
G
A
 
V
D
 
A
G
 
A
L
 
M
L
 
L
I
 
G
V
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
S
Q
 
P
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
I
L
 
A
H
 
H
Y
 
Y
K
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
A
D
 
A
A
 
S
V
 
T
G
 
D
I
 
I
P
 
P
I
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
A
V
 
V
D
 
D
V
 
M
S
 
L
V
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
I
K
 
A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
V
E
 
E
L
 
V
P
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
D
A
 
A
T
 
T
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
A
R
 
R
T
 
V
A
 
K
Q
 
Q
Q
 
L
R
 
R
Q
 
D
A
 
L
L
 
C
G
 
G
P
 
N
D
 
D
F
 
F
I
 
L
Q
 
L
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
A
T
 
T
A
 
A
V
 
R
A
 
E
V
 
F
M
 
L
A
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
D
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
A
S
 
N
N
 
N
I
 
I
A
 
V
P
 
P
K
 
K
L
 
L
C
 
F
A
 
K
E
 
L
M
 
M
Q
 
C
E
 
D
A
 
A
C
 
A
L
 
L
S
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
T
A
 
Q
R
 
A
A
 
A
L
 
M
K
 
A
I
 
A
N
 
E
D
 
D
R
 
Q
L
 
I
S
 
K
P
 
G
L
 
L
H
 
F
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
V
K
 
K
Y
 
W
A
 
A
L
 
A
A
 
H
A
 
K
L
 
M
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
S
E
 
Q
-
 
G
E
 
D
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
T
K
 
E
A
 
L
S
 
S
A
 
T
H
 
E
I
 
F
H
 
H
A
 
G
P
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
M
A
 
K
H
 
N
A
 
A
G
 
R
V
 
I
L
 
E
V
 
V

4m19A Dihydrodipicolinate synthase from c. Jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site (see paper)
45% identity, 94% coverage: 9:289/298 of query aligns to 6:288/296 of 4m19A

query
sites
4m19A
G
 
G
S
 
A
I
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
K
D
 
N
G
 
G
K
 
K
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
Q
T
 
S
F
 
Y
R
 
A
A
 
R
L
 
L
I
 
I
D
 
K
W
 
R
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
S
 
N
G
 
G
T
 
I
H
 
D
G
 
A
V
 
V
S
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
|
S
P
x
A
T
 
T
L
|
L
S
 
T
H
|
H
A
 
E
E
 
E
H
|
H
R
 
R
D
 
T
V
 
C
I
 
I
A
 
E
A
 
I
C
 
A
V
 
V
K
 
E
E
 
T
A
 
C
A
 
K
G
 
G
-
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
|
N
N
 
A
T
 
T
R
 
H
E
|
E
A
 
A
I
 
V
E
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
S
 
E
V
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
I
 
S
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
Q
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
E
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
Q
A
 
S
V
 
V
G
 
D
I
 
I
P
 
P
I
 
V
I
 
L
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
E
V
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
I
K
 
I
R
 
K
L
 
L
Y
 
F
-
 
R
E
 
D
L
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
D
R
 
K
T
 
C
A
 
V
Q
 
-
Q
 
D
R
 
L
Q
 
L
A
 
A
L
 
H
G
 
E
P
 
P
D
 
R
F
 
M
I
 
M
Q
 
L
L
 
I
S
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
A
T
 
I
A
 
N
V
 
Y
A
 
P
V
 
I
M
 
L
A
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
H
 
K
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
S
N
 
N
I
 
L
A
 
L
P
 
P
K
 
D
L
 
M
C
 
I
A
 
S
E
 
A
M
 
L
Q
 
T
E
 
H
A
 
F
C
 
A
L
 
L
S
 
D
G
 
E
D
 
N
F
 
Y
A
 
K
R
 
E
A
 
A
L
 
K
K
 
K
I
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
E
L
 
L
S
 
Y
P
 
N
L
 
I
H
 
N
Q
 
K
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
I
K
 
K
Y
 
T
A
 
A
L
 
M
A
 
Y
A
 
L
L
 
A
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
E
E
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
C
K
 
S
A
 
P
S
 
S
A
 
K
H
 
E
I
 
N
H
 
F
A
 
A
P
 
K
I
 
I
R
 
E
A
 
E
A
 
V
L
 
M

6u01B Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84d mutant with pyruvate bound in the active site (see paper)
44% identity, 94% coverage: 9:289/298 of query aligns to 6:288/296 of 6u01B

query
sites
6u01B
G
 
G
S
 
A
I
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
K
 
K
D
 
N
G
 
G
K
 
K
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
Q
T
 
S
F
 
Y
R
 
A
A
 
R
L
 
L
I
 
I
D
 
K
W
 
R
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
S
 
N
G
 
G
T
 
I
H
 
D
G
 
A
V
 
V
S
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
S
 
S
P
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
T
H
 
H
A
 
E
E
 
E
H
 
H
R
 
R
D
 
T
V
 
C
I
 
I
A
 
E
A
 
I
C
 
A
V
 
V
K
 
E
E
 
T
A
 
C
A
 
K
G
 
G
-
 
T
R
 
K
V
 
V
P
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
 
D
N
 
A
T
 
T
R
 
H
E
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
K
Y
 
F
A
 
A
E
 
K
S
 
E
V
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
I
 
S
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
E
 
Q
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
E
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
A
D
 
Q
A
 
S
V
 
V
G
 
D
I
 
I
P
 
P
I
 
V
I
 
L
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
G
R
|
R
S
 
T
V
 
G
V
 
C
D
 
E
V
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
I
K
 
I
R
 
K
L
 
L
Y
 
F
-
 
R
E
 
D
L
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
E
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
D
R
 
K
T
 
C
A
 
V
Q
 
-
Q
 
D
R
 
L
Q
 
L
A
 
A
L
 
H
G
 
E
P
 
P
D
 
R
F
 
M
I
 
M
Q
 
L
L
 
I
S
|
S
G
 
G
E
|
E
D
|
D
L
 
A
T
 
I
A
x
N
V
 
Y
A
 
P
V
 
I
M
 
L
A
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
H
 
K
G
 
G
C
 
V
I
|
I
S
 
S
V
 
V
T
 
T
S
 
S
N
 
N
I
 
L
A
 
L
P
 
P
K
 
D
L
 
M
C
 
I
A
 
S
E
 
A
M
 
L
Q
 
T
E
 
H
A
 
F
C
 
A
L
 
L
S
 
D
G
 
E
D
 
N
F
 
Y
A
 
K
R
 
E
A
 
A
L
 
K
K
 
K
I
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
E
L
 
L
S
 
Y
P
 
N
L
 
I
H
 
N
Q
 
K
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
A
 
I
G
 
P
P
 
I
K
 
K
Y
 
T
A
 
A
L
 
M
A
 
Y
A
 
L
L
 
A
G
 
G
K
 
L
I
 
I
T
 
E
E
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
Q
 
L
P
 
P
M
 
L
L
 
C
K
 
S
A
 
P
S
 
S
A
 
K
H
 
E
I
 
N
H
 
F
A
 
A
P
 
K
I
 
I
R
 
E
A
 
E
A
 
V
L
 
M

Query Sequence

>WP_012589888.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012589888.1
MTKNPAFRGSITALVTPFKDGKFDEATFRALIDWQIESGTHGVSPAGTTGESPTLSHAEH
RDVIAACVKEAAGRVPVIAGAGSNNTREAIELSRYAESVGADGLLIVAPYYNKPSQEGLY
LHYKAINDAVGIPIIVYNIPPRSVVDVSVDTLKRLYELPNIVGVKDATGNLARTAQQRQA
LGPDFIQLSGEDLTAVAVMALGGHGCISVTSNIAPKLCAEMQEACLSGDFARALKINDRL
SPLHQALFLEPNPAGPKYALAALGKITEELRQPMLKASAHIHAPIRAALAHAGVLVDA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory