SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012591530.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012591530.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:257/280 of query aligns to 2:250/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
P
 
Q
R
 
L
A
 
Y
F
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
W
 
F
P
 
P
I
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
I
 
V
I
 
F
H
 
Q
N
 
N
Y
 
A
W
 
L
L
 
I
H
 
R
Q
 
Y
L
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
A
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
I
A
 
N
P
 
P
P
 
E
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
K
F
 
A
A
 
F
Q
 
E
N
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
G
 
I
N
|
N
V
 
V
T
 
T
L
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
I
F
 
I
G
 
P
L
 
L
V
 
L
A
 
D
E
 
Y
A
 
V
T
 
E
H
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
E
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
K
I
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
W
E
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
K
E
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
G
 
-
W
 
-
E
 
E
A
 
V
I
 
K
P
 
E
G
 
K
E
 
S
A
 
I
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
K
R
 
E
G
 
G
R
 
A
S
 
K
V
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
K
A
 
E
R
 
K
A
 
A
E
 
I
A
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
H
 
K
F
 
F
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
V
G
 
N
D
 
S
A
 
P
P
 
E
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
W
 
-
R
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
T
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
K
 
K
G
 
D
Q
 
E
P
 
D
P
 
P
L
 
E
D
 
I
L
 
F
D
 
N
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
P
 
K
Q
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
V
 
V
H
 
V
D
 
D
I
 
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
A
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
V
 
L
A
 
L
P
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
|
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
P
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:257/280 of query aligns to 2:250/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
P
 
Q
R
 
L
A
 
Y
F
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
W
 
F
P
 
P
I
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
I
 
V
I
 
F
H
 
Q
N
 
N
Y
 
A
W
 
L
L
 
I
H
 
R
Q
 
Y
L
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
A
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
I
A
 
N
P
 
P
P
 
E
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
K
F
 
A
A
 
F
Q
 
E
N
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
G
 
I
N
|
N
V
 
V
T
|
T
L
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
I
F
 
I
G
 
P
L
 
L
V
 
L
A
 
D
E
 
Y
A
 
V
T
 
E
H
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
E
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
K
I
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
W
E
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
K
E
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
G
 
-
W
 
-
E
 
E
A
 
V
I
 
K
P
 
E
G
 
K
E
 
S
A
 
I
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
K
R
 
E
G
 
G
R
 
A
S
 
K
V
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
K
A
 
E
R
x
K
A
 
A
E
 
I
A
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
H
 
K
F
 
F
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
V
G
 
N
D
 
S
A
 
P
P
 
E
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
W
 
-
R
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
T
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
K
 
K
G
 
D
Q
 
E
P
 
D
P
 
P
L
 
E
D
 
I
L
 
F
D
 
N
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
P
 
K
Q
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
V
 
V
H
 
V
D
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
A
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
V
 
L
A
 
L
P
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
|
M
L
|
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
P
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:257/280 of query aligns to 2:250/269 of O67049

query
sites
O67049
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
P
 
Q
R
 
L
A
 
Y
F
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
W
 
F
P
 
P
I
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
I
 
V
I
 
F
H
 
Q
N
 
N
Y
 
A
W
 
L
L
 
I
H
 
R
Q
 
Y
L
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
A
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
I
A
 
N
P
 
P
P
 
E
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
K
F
 
A
A
 
F
Q
 
E
N
 
G
L
 
F
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
G
 
I
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
I
F
 
I
G
 
P
L
 
L
V
 
L
A
 
D
E
 
Y
A
 
V
T
 
E
H
x
D
S
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
E
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
K
I
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
W
E
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
K
E
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
G
 
-
W
 
-
E
 
E
A
 
V
I
 
K
P
 
E
G
 
K
E
 
S
A
 
I
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
K
R
 
E
G
 
G
R
 
A
S
 
K
V
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
E
R
 
K
A
 
A
E
 
I
A
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
H
 
K
F
 
F
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
V
G
 
N
D
 
S
A
 
P
P
 
E
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
W
 
-
R
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
T
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
V
G
 
G
M
 
L
K
 
K
G
 
D
Q
 
K
P
 
D
P
 
P
L
 
E
D
 
I
L
 
F
D
 
N
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
L
 
I
P
 
K
Q
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
V
 
V
H
 
V
D
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
A
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
V
 
L
A
 
F
P
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
P
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
32% identity, 91% coverage: 10:264/280 of query aligns to 5:254/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
V
 
V
V
 
I
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
I
 
L
I
 
M
H
 
H
N
 
H
Y
 
A
W
 
N
L
 
F
H
 
Q
Q
 
S
L
 
L
G
 
N
L
 
L
A
 
E
G
 
N
R
 
T
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
N
V
 
V
A
 
P
P
 
V
P
 
N
D
 
Q
F
 
F
A
 
Q
D
 
D
F
 
I
A
 
K
Q
 
K
N
 
I
L
 
I
A
 
S
A
 
E
R
 
K
G
 
S
F
 
I
V
 
D
G
 
G
G
 
F
N
 
N
V
 
V
T
|
T
L
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
Q
 
E
N
 
R
A
 
I
F
 
I
G
 
P
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
D
A
 
I
T
 
N
H
 
E
S
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
S
L
 
V
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
L
I
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
W
Y
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
C
 
N
A
 
G
L
 
L
D
 
K
E
 
Q
A
 
I
A
 
Y
P
 
E
G
 
G
W
 
I
E
 
E
A
 
-
I
 
-
P
 
D
G
 
A
E
 
Y
A
 
I
V
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
A
A
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
Y
D
 
K
R
 
I
G
 
V
R
 
R
-
 
P
S
 
T
V
 
L
V
 
T
L
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
M
A
 
S
R
 
R
A
 
F
E
 
N
A
 
N
I
 
W
A
 
S
A
 
L
H
 
N
F
 
I
G
 
N
D
 
K
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
I
D
 
N
W
 
L
R
 
S
D
 
H
L
 
A
P
 
E
A
 
S
A
 
H
L
 
L
K
 
D
T
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
P
L
 
A
G
 
G
M
 
M
K
 
N
G
 
G
Q
 
N
P
 
T
P
 
D
L
 
S
D
 
V
L
 
I
D
 
S
V
 
L
A
 
N
L
 
R
L
 
L
P
 
A
Q
 
S
D
 
H
A
 
T
V
 
L
V
 
V
H
 
S
D
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
A
 
P
L
 
I
L
 
L
R
 
I
A
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
R
 
R
G
 
G
L
 
N
R
 
P
V
 
I
A
 
Y
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
L
 
F
L
 
V
H
 
H
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
A
 
N
T
 
L
R
 
E
P
 
P
K
 
D
V
 
I

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
34% identity, 94% coverage: 1:264/280 of query aligns to 2:269/282 of Q58484

query
sites
Q58484
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
K
A
 
T
P
 
K
R
 
V
A
 
I
F
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
I
 
I
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
A
W
 
A
L
 
F
H
 
K
Q
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
D
V
 
V
A
 
L
P
 
P
P
 
E
D
 
N
F
 
L
A
 
K
D
 
Y
F
 
V
A
 
I
Q
 
D
N
 
G
L
 
A
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
Q
 
I
N
 
E
A
 
I
F
 
M
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
H
 
K
S
 
D
A
 
A
R
 
Q
R
 
L
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
W
 
K
I
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
C
 
M
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
G
 
-
W
 
-
E
 
-
A
 
R
I
 
V
P
 
K
G
 
D
E
 
K
A
 
N
V
 
I
V
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
x
A
G
|
G
A
x
G
A
|
A
R
 
A
A
 
R
I
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
F
L
 
E
I
 
L
D
 
A
R
 
K
G
 
D
R
 
N
S
 
N
V
 
I
V
 
I
L
 
I
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
V
A
x
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
F
 
F
G
 
G
D
 
E
A
 
E
P
 
V
K
 
K
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
F
R
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
D
A
 
V
A
 
D
L
 
L
K
 
D
T
 
G
A
 
V
G
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
 
P
L
 
I
G
 
G
M
|
M
K
 
-
G
 
-
Q
 
Y
P
 
P
P
 
N
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
E
V
 
P
A
 
I
L
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
K
L
 
L
P
 
R
Q
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
V
 
V
H
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
R
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
I
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
E
P
 
P
K
 
N
V
 
I

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 94% coverage: 1:264/280 of query aligns to 7:274/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
K
A
 
T
P
 
K
R
 
V
A
 
I
F
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
x
E
H
|
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
I
 
I
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
A
W
 
A
L
 
F
H
 
K
Q
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
D
V
 
V
A
 
L
P
 
P
P
 
E
D
 
N
F
 
L
A
 
K
D
 
Y
F
 
V
A
 
I
Q
 
D
N
 
G
L
 
A
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
x
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
I
N
 
E
A
 
I
F
 
M
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
H
 
K
S
 
D
A
 
A
R
 
Q
R
 
L
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
W
 
K
I
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
C
 
M
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
G
 
-
W
 
-
E
 
-
A
 
R
I
 
V
P
 
K
G
 
D
E
 
K
A
 
N
V
 
I
V
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
 
A
G
|
G
A
x
G
A
|
A
R
 
A
A
 
R
I
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
F
L
 
E
I
 
L
D
 
A
R
 
K
G
 
D
R
 
N
S
 
N
V
 
I
V
 
I
L
 
I
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
A
 
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
F
 
F
G
 
G
D
 
E
A
 
E
P
 
V
K
 
K
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
F
R
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
D
A
 
V
A
 
D
L
 
L
K
 
D
T
 
G
A
 
V
G
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
K
 
-
G
 
-
Q
 
Y
P
 
P
P
 
N
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
E
V
 
P
A
 
I
L
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
K
L
 
L
P
 
R
Q
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
V
 
V
H
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
R
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
I
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
E
P
 
P
K
 
N
V
 
I

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 94% coverage: 1:264/280 of query aligns to 7:274/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
M
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
K
A
 
T
P
 
K
R
 
V
A
 
I
F
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
I
 
I
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
A
W
 
A
L
 
F
H
 
K
Q
 
D
L
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
N
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
D
V
 
V
A
 
L
P
 
P
P
 
E
D
 
N
F
 
L
A
 
K
D
 
Y
F
 
V
A
 
I
Q
 
D
N
 
G
L
 
A
A
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
I
N
 
E
A
 
I
F
 
M
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
E
A
 
I
T
 
D
H
 
K
S
 
D
A
 
A
R
 
Q
R
 
L
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
W
 
K
I
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
A
Y
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
C
 
M
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
G
 
-
W
 
-
E
 
-
A
 
R
I
 
V
P
 
K
G
 
D
E
 
K
A
 
N
V
 
I
V
 
V
L
 
I
G
 
Y
A
x
G
G
 
A
G
 
G
A
 
G
A
|
A
R
 
A
A
 
R
I
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
F
L
 
E
I
 
L
D
 
A
R
 
K
G
 
D
R
 
N
S
 
N
V
 
I
V
 
I
L
 
I
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
A
 
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
F
 
F
G
 
G
D
 
E
A
 
E
P
 
V
K
 
K
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
F
R
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
D
A
 
V
A
 
D
L
 
L
K
 
D
T
 
G
A
 
V
G
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
K
 
-
G
 
-
Q
 
Y
P
 
P
P
 
N
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
E
V
 
P
A
 
I
L
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
K
L
 
L
P
 
R
Q
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
V
 
V
H
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
R
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
V
 
T
A
 
I
P
 
N
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
V
R
 
E
P
 
P
K
 
N
V
 
I

1nytA Shikimate dehydrogenase aroe complexed with NADP+ (see paper)
36% identity, 94% coverage: 10:273/280 of query aligns to 6:268/271 of 1nytA

query
sites
1nytA
V
 
V
V
 
F
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
F
I
 
I
H
 
H
N
 
Q
Y
 
Q
W
 
F
L
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
G
 
N
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
P
Y
 
Y
E
 
G
A
 
R
V
 
V
A
 
L
V
 
A
A
 
P
P
 
I
P
 
N
D
 
D
F
 
F
A
 
I
D
 
N
F
 
T
A
 
L
Q
 
N
N
 
A
L
 
F
A
 
F
A
 
S
R
 
A
G
 
G
F
 
G
V
 
K
G
 
G
G
 
A
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
R
V
 
A
A
 
D
E
 
E
A
 
L
T
 
T
H
 
E
S
 
R
A
 
A
R
 
A
R
 
L
L
 
A
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
W
 
M
-
 
R
I
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
L
C
 
S
A
 
D
L
 
L
D
 
E
E
 
R
A
 
L
A
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
R
P
 
P
G
 
G
W
 
L
E
 
R
A
 
I
I
 
L
P
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
S
R
 
L
G
 
D
R
 
C
S
 
A
V
 
V
V
 
T
L
 
I
A
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
A
 
S
R
|
R
A
 
A
E
 
E
A
 
E
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
L
F
 
F
G
 
A
D
 
H
A
 
T
P
 
G
K
 
S
V
 
I
I
 
Q
D
 
A
W
 
L
R
 
S
D
 
M
L
 
D
P
 
E
A
 
L
A
 
E
L
 
G
K
 
H
T
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
|
S
L
x
S
G
 
G
M
 
I
K
 
S
G
 
G
Q
 
D
P
 
I
P
 
P
L
 
-
D
 
A
L
 
I
D
 
P
V
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
I
P
 
H
Q
 
P
D
 
G
A
 
I
V
 
Y
V
 
C
H
 
Y
D
 
D
I
x
M
V
 
F
Y
 
Y
F
 
Q
P
 
K
L
 
G
E
 
K
T
 
T
A
 
P
L
 
F
L
 
L
R
 
A
A
 
W
A
 
C
R
 
E
A
 
Q
R
 
R
G
 
G
-
 
S
L
 
K
R
 
R
V
 
N
A
 
A
P
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
V
H
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
H
A
 
A
F
 
F
A
 
L
R
 
L
W
 
W
F
 
H
A
 
G
T
 
V
R
 
L
P
 
P
K
 
D
V
 
V
T
 
E
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
K
R
 
Q
L
 
L
V
 
Q
E
 
E

P15770 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 94% coverage: 10:273/280 of query aligns to 6:268/272 of P15770

query
sites
P15770
V
 
V
V
 
F
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
F
I
 
I
H
 
H
N
 
Q
Y
 
Q
W
 
F
L
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
G
 
N
L
 
I
A
 
E
G
 
H
R
 
P
Y
 
Y
E
 
G
A
 
R
V
 
V
A
 
L
V
 
A
A
 
P
P
 
I
P
 
N
D
 
D
F
 
F
A
 
I
D
 
N
F
 
T
A
 
L
Q
 
N
N
 
A
L
 
F
A
 
F
A
 
S
R
 
A
G
 
G
F
 
G
V
 
K
G
 
G
G
 
A
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
R
V
 
A
A
 
D
E
 
E
A
 
L
T
 
T
H
 
E
S
 
R
A
 
A
R
 
A
R
 
L
L
 
A
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
W
 
M
-
 
R
I
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
L
C
 
S
A
 
D
L
 
L
D
 
E
E
 
R
A
 
L
A
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
R
P
 
P
G
 
G
W
 
L
E
 
R
A
 
I
I
 
L
P
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
L
L
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
S
R
 
L
G
 
D
R
 
C
S
 
A
V
 
V
V
 
T
L
 
I
A
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
V
A
x
S
R
|
R
A
 
A
E
 
E
A
 
E
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
L
F
 
F
G
 
A
D
 
H
A
 
T
P
 
G
K
 
S
V
 
I
I
 
Q
D
 
A
W
 
L
R
 
S
D
 
M
L
 
D
P
 
E
A
 
L
A
 
E
L
 
G
K
 
H
T
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
S
G
 
G
M
 
I
K
 
S
G
 
G
Q
 
D
P
 
I
P
 
P
L
 
A
D
 
-
L
 
I
D
 
P
V
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
I
P
 
H
Q
 
P
D
 
G
A
 
I
V
 
Y
V
 
C
H
 
Y
D
 
D
I
x
M
V
 
F
Y
 
Y
F
 
Q
P
 
K
L
 
G
E
 
K
T
 
T
A
 
P
L
 
F
L
 
L
R
 
A
A
 
W
A
 
C
R
 
E
A
 
Q
R
 
R
G
 
G
-
 
S
L
 
K
R
 
R
V
 
N
A
 
A
P
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
H
A
 
A
F
 
F
A
 
L
R
 
L
W
 
W
F
 
H
A
 
G
T
 
V
R
 
L
P
 
P
K
 
D
V
 
V
T
 
E
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
K
R
 
Q
L
 
L
V
 
Q
E
 
E

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
32% identity, 91% coverage: 10:264/280 of query aligns to 5:245/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
V
 
V
V
 
I
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
I
 
L
I
 
M
H
 
H
N
 
H
Y
 
A
W
 
N
L
 
F
H
 
Q
Q
 
S
L
 
L
G
 
N
L
 
L
A
 
E
G
 
N
R
 
T
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
N
V
 
V
A
 
P
P
 
V
P
 
N
D
 
Q
F
 
F
A
 
Q
D
 
D
F
 
I
A
 
K
Q
 
K
N
 
I
L
 
I
A
 
S
A
 
E
R
 
K
G
 
S
F
 
I
V
 
D
G
 
G
G
 
F
N
|
N
V
 
V
T
|
T
L
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
E
N
 
R
A
 
I
F
 
I
G
 
P
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
D
A
 
I
T
 
N
H
 
E
S
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
S
L
 
V
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
L
I
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
W
Y
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
C
 
N
A
 
G
L
 
L
D
 
K
E
 
Q
A
 
I
A
 
Y
P
 
E
G
 
G
W
 
I
E
 
E
A
 
-
I
 
-
P
 
D
G
 
A
E
 
Y
A
 
I
V
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
A
A
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
Y
D
 
K
R
 
I
G
 
V
R
 
R
-
 
P
S
 
T
V
 
L
V
 
T
L
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
M
A
 
S
R
 
R
A
 
F
E
 
N
A
 
N
I
 
W
A
 
S
A
 
L
H
 
N
F
 
I
G
 
N
D
 
K
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
I
D
 
N
W
 
L
R
 
S
D
 
H
L
 
A
P
 
E
A
 
S
A
 
H
L
 
L
K
 
D
T
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
-
L
 
-
G
 
-
M
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
P
 
P
P
 
V
L
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
N
V
 
-
A
 
-
L
 
R
L
 
L
P
 
A
Q
 
S
D
 
H
A
 
T
V
 
L
V
 
V
H
 
S
D
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
A
 
P
L
 
I
L
 
L
R
 
I
A
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
R
 
R
G
 
G
L
 
N
R
 
P
V
 
I
A
 
Y
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
L
x
F
L
 
V
H
 
H
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
A
 
N
T
 
L
R
 
E
P
 
P
K
 
D
V
 
I

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
33% identity, 97% coverage: 10:280/280 of query aligns to 10:278/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
V
 
V
V
 
F
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
N
H
 
H
S
|
S
R
x
K
S
|
S
P
 
P
I
 
F
I
 
I
H
 
H
N
 
T
Y
 
L
W
 
F
L
 
A
H
 
R
Q
 
Q
L
 
T
G
 
Q
L
 
Q
A
 
S
G
 
M
R
 
I
Y
 
Y
E
 
T
A
 
A
V
 
Q
A
 
C
V
 
V
A
 
P
P
 
V
P
 
D
D
 
G
F
 
F
A
 
T
D
 
E
F
 
A
A
 
A
Q
 
K
N
 
H
L
 
F
A
 
F
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
G
 
C
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
A
F
 
Y
G
 
R
L
 
F
V
 
A
A
 
D
E
 
R
A
 
L
T
 
T
H
 
E
S
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
W
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
I
Y
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
-
C
 
-
A
 
-
L
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
L
A
 
L
P
 
A
G
 
Q
W
 
Q
E
 
V
A
 
L
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
A
A
 
T
V
 
I
V
 
L
L
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
R
 
Q
G
 
Q
-
 
P
R
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
T
L
 
V
A
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
F
A
|
A
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
I
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
A
 
A
H
 
A
F
 
Y
G
 
G
D
 
E
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
K
W
 
A
R
 
Q
D
 
A
L
 
F
P
 
E
A
 
Q
A
 
L
L
 
K
K
 
Q
T
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
K
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
L
P
 
P
L
 
A
D
 
-
L
 
I
D
 
D
V
 
P
A
 
V
L
 
I
L
 
F
P
 
S
Q
 
S
D
 
R
A
 
S
V
 
V
V
 
C
H
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
M
Y
 
Y
F
 
G
P
 
K
L
 
G
E
 
Y
T
 
T
A
 
V
L
 
F
L
 
N
R
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
R
 
H
G
 
G
L
 
C
-
 
A
R
 
Q
V
 
A
A
 
I
P
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
A
 
G
T
 
L
R
 
R
P
 
P
K
 
G
V
 
-
T
 
T
P
 
K
E
 
Q
L
 
I
R
 
L
R
 
R
L
 
E
V
 
L
E
 
R
A
 
K
D
 
N
I
 
L
E
 
E
K
 
G
A
 
A
L
 
L

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
34% identity, 94% coverage: 10:273/280 of query aligns to 6:271/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
V
 
V
V
 
F
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
N
H
 
H
S
|
S
R
 
K
S
|
S
P
 
P
I
 
F
I
 
I
H
 
H
N
 
T
Y
 
L
W
 
F
L
 
A
H
 
R
Q
 
Q
L
 
T
G
 
Q
L
 
Q
A
 
S
G
 
M
R
 
I
Y
 
Y
E
 
T
A
 
A
V
 
Q
A
 
C
V
 
V
A
 
P
P
 
V
P
 
D
D
 
G
F
 
F
A
 
T
D
 
E
F
 
A
A
 
A
Q
 
K
N
 
H
L
 
F
A
 
F
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
G
 
C
N
|
N
V
 
V
T
|
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
A
F
 
Y
G
 
R
L
 
F
V
 
A
A
 
D
E
 
R
A
 
L
T
 
T
H
 
E
S
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
W
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
I
Y
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
-
C
 
-
A
 
-
L
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
L
A
 
L
P
 
A
G
 
Q
W
 
Q
E
 
V
A
 
L
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
A
A
 
T
V
 
I
V
 
L
L
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
R
 
Q
G
 
Q
-
 
P
R
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
T
L
 
V
A
 
T
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
F
A
 
A
R
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
I
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
A
 
A
H
 
A
F
 
Y
G
 
G
D
 
E
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
K
W
 
A
R
 
Q
D
 
A
L
 
F
P
 
E
A
 
Q
A
 
L
L
 
K
K
 
Q
T
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
K
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
L
P
 
P
L
 
A
D
 
-
L
 
I
D
 
D
V
 
P
A
 
V
L
 
I
L
 
F
P
 
S
Q
 
S
D
 
R
A
 
S
V
 
V
V
 
C
H
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
M
Y
 
Y
F
 
G
P
 
K
L
 
G
E
 
Y
T
 
T
A
 
V
L
 
F
L
 
N
R
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
R
 
H
G
 
G
L
 
C
-
 
A
R
 
Q
V
 
A
A
 
I
P
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
A
 
G
T
 
L
R
 
R
P
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
K
K
 
Q
V
 
I
T
 
L
P
 
R
E
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
K
L
 
N
V
 
L
E
 
E

2ev9B Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP(h) and shikimate (see paper)
41% identity, 91% coverage: 7:262/280 of query aligns to 3:248/263 of 2ev9B

query
sites
2ev9B
R
 
R
A
 
F
F
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
A
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
I
 
A
I
 
M
H
 
H
N
 
A
Y
 
F
W
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
V
 
W
A
 
D
V
 
T
A
 
-
P
 
P
P
 
L
D
 
E
F
 
A
A
 
L
D
 
P
F
 
G
A
 
R
Q
 
L
N
 
K
L
 
E
A
 
V
A
 
R
R
 
R
G
 
A
F
 
F
V
 
R
G
 
G
G
 
V
N
|
N
V
 
L
T
|
T
L
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
N
 
A
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
H
V
 
L
A
 
D
E
 
W
A
 
V
T
 
S
H
 
P
S
 
E
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
L
I
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
A
E
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
A
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
G
E
 
I
A
 
P
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
P
A
 
A
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
A
A
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
R
D
 
E
R
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
E
V
 
V
V
 
W
L
 
V
A
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
P
A
 
Q
R
 
R
A
 
A
E
 
L
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
-
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
L
R
 
R
D
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
L
A
 
E
A
 
K
L
 
A
K
 
R
T
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
R
L
 
V
G
 
G
M
 
L
K
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
D
 
P
L
 
L
D
 
P
V
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
F
P
 
P
Q
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
V
 
A
H
 
V
D
 
D
I
 
L
V
 
V
Y
 
Y
F
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
A
 
R
L
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
V
 
V
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
A
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
R
R
 
L
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
L
R
 
L
P
 
P

Q5SJF8 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
41% identity, 91% coverage: 7:262/280 of query aligns to 3:248/263 of Q5SJF8

query
sites
Q5SJF8
R
 
R
A
 
F
F
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
A
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
I
 
A
I
 
M
H
 
H
N
 
A
Y
 
F
W
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
V
 
W
A
 
D
V
 
T
A
 
-
P
 
P
P
 
L
D
 
E
F
 
A
A
 
L
D
 
P
F
 
G
A
 
R
Q
 
L
N
 
K
L
 
E
A
 
V
A
 
R
R
 
R
G
 
A
F
 
F
V
 
R
G
 
G
G
 
V
N
 
N
V
 
L
T
|
T
L
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
N
 
A
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
H
V
 
L
A
 
D
E
 
W
A
 
V
T
 
S
H
 
P
S
 
E
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
L
I
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
A
E
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
A
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
G
E
 
I
A
 
P
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
P
A
 
A
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
A
A
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
R
D
 
E
R
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
E
V
 
V
V
 
W
L
 
V
A
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
P
A
x
Q
R
|
R
A
 
A
E
 
L
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
-
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
L
R
 
R
D
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
L
A
 
E
A
 
K
L
 
A
K
 
R
T
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
R
L
 
V
G
 
G
M
 
L
K
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
D
 
P
L
 
L
D
 
P
V
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
F
P
 
P
Q
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
V
 
A
H
 
V
D
 
D
I
x
L
V
 
V
Y
|
Y
F
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
A
 
R
L
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
V
 
V
A
 
Q
P
 
T
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
A
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
R
R
 
L
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
L
R
 
L
P
 
P

2cy0A Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP (see paper)
41% identity, 91% coverage: 7:262/280 of query aligns to 3:248/262 of 2cy0A

query
sites
2cy0A
R
 
R
A
 
F
F
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
W
 
H
P
 
P
I
 
V
A
 
A
H
 
H
S
 
S
R
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
A
I
 
M
H
 
H
N
 
A
Y
 
F
W
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
G
R
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
V
 
W
A
 
D
V
 
T
A
 
-
P
 
P
P
 
L
D
 
E
F
 
A
A
 
L
D
 
P
F
 
G
A
 
R
Q
 
L
N
 
K
L
 
E
A
 
V
A
 
R
R
 
R
G
 
A
F
 
F
V
 
R
G
 
G
G
 
V
N
 
N
V
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
N
 
A
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
H
V
 
L
A
 
D
E
 
W
A
 
V
T
 
S
H
 
P
S
 
E
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
L
 
I
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
W
 
L
I
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
S
 
A
E
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
C
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
A
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
G
E
 
I
A
 
P
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
P
A
 
A
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
A
A
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
R
D
 
E
R
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
E
V
 
V
V
 
W
L
 
V
A
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
P
A
 
Q
R
|
R
A
 
A
E
 
L
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
-
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
L
R
 
R
D
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
L
A
 
E
A
 
K
L
 
A
K
 
R
T
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
x
R
L
x
V
G
 
G
M
 
L
K
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
D
 
P
L
 
L
D
 
P
V
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
F
P
 
P
Q
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
V
 
A
H
 
V
D
 
D
I
x
L
V
 
V
Y
 
Y
F
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
A
 
R
L
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
V
 
V
A
 
Q
P
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
|
L
L
 
A
H
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
R
R
 
L
W
 
W
F
 
T
A
 
G
T
 
L
R
 
L
P
 
P

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
33% identity, 89% coverage: 10:257/280 of query aligns to 18:276/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
V
 
L
V
 
I
G
 
A
W
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
 
S
R
 
L
S
 
S
P
 
P
I
 
T
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
E
W
 
A
L
 
F
H
 
A
Q
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
P
 
K
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
V
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
F
A
 
R
A
 
A
R
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
G
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
L
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
Q
 
T
N
 
N
A
 
I
F
 
H
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
H
 
P
S
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
L
L
 
V
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
W
 
V
I
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
Y
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
C
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
H
E
 
D
A
 
I
I
 
I
P
 
G
G
 
K
E
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
A
R
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
C
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
L
 
A
I
 
L
D
 
D
R
 
G
G
 
V
R
 
K
S
 
E
V
 
I
V
 
S
L
 
I
A
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
K
-
x
D
-
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
A
 
K
R
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
S
H
 
K
F
 
T
G
 
D
D
 
C
A
 
K
P
 
A
K
 
Q
V
 
L
I
 
F
D
 
D
W
 
I
R
 
E
D
 
D
-
 
H
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
R
A
 
K
A
 
E
L
 
I
K
 
A
T
 
E
A
 
S
G
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
x
G
L
x
V
G
 
G
M
|
M
K
 
K
G
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
P
L
x
F
D
 
E
L
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
D
 
E
A
 
L
V
 
I
V
 
V
H
 
S
D
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
V
 
T
A
 
L
P
 
N
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
H
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
E
R
 
I
W
 
W

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
33% identity, 89% coverage: 10:257/280 of query aligns to 18:276/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
V
 
L
V
 
I
G
 
A
W
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
I
 
T
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
E
W
 
A
L
 
F
H
 
A
Q
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
P
 
K
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
V
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
F
A
 
R
A
 
A
R
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
G
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
L
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
Q
 
T
N
 
N
A
 
I
F
 
H
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
H
 
P
S
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
L
L
 
V
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
W
 
V
I
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
Y
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
C
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
H
E
 
D
A
 
I
I
 
I
P
 
G
G
 
K
E
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
L
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
C
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
L
 
A
I
 
L
D
 
D
R
 
G
G
 
V
R
 
K
S
 
E
V
 
I
V
 
S
L
 
I
A
 
F
N
|
N
R
|
R
T
x
K
-
x
D
-
 
D
-
 
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
A
 
K
R
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
S
H
 
K
F
 
T
G
 
D
D
 
C
A
 
K
P
 
A
K
 
Q
V
 
L
I
 
F
D
 
D
W
 
I
R
 
E
D
 
D
-
 
H
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
R
A
 
K
A
 
E
L
 
I
K
 
A
T
 
E
A
 
S
G
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
G
L
 
V
G
 
G
M
|
M
K
 
K
G
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
P
L
 
F
D
 
E
L
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
D
 
E
A
 
L
V
 
I
V
 
V
H
 
S
D
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
V
 
T
A
 
L
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
M
L
 
L
H
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
E
R
 
I
W
 
W

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
33% identity, 89% coverage: 10:257/280 of query aligns to 15:273/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
V
 
L
V
 
I
G
 
A
W
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
I
 
T
I
 
M
H
 
H
N
 
N
Y
 
E
W
 
A
L
 
F
H
 
A
Q
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
D
G
 
Y
R
 
V
Y
 
Y
E
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
P
 
K
D
 
E
F
 
L
A
 
K
D
 
D
F
 
V
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
F
A
 
R
A
 
A
R
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
G
 
W
N
|
N
V
 
V
T
x
S
L
x
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
Q
 
T
N
 
N
A
 
I
F
 
H
G
 
K
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
E
 
K
A
 
L
T
 
S
H
 
P
S
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
L
L
 
V
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
W
 
V
I
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
Y
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
S
 
G
E
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
C
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
H
E
 
D
A
 
I
I
 
I
P
 
G
G
 
K
E
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
A
R
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
C
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
L
 
A
I
 
L
D
 
D
R
 
G
G
 
V
R
 
K
S
 
E
V
 
I
V
 
S
L
 
I
A
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
K
-
x
D
-
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
A
 
K
R
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
S
H
 
K
F
 
T
G
 
D
D
 
C
A
 
K
P
 
A
K
 
Q
V
 
L
I
 
F
D
 
D
W
 
I
R
 
E
D
 
D
-
 
H
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
R
A
 
K
A
 
E
L
 
I
K
 
A
T
 
E
A
 
S
G
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
 
G
L
x
V
G
 
G
M
|
M
K
 
K
G
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
P
L
x
F
D
 
E
L
 
G
D
 
E
V
 
-
A
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
D
 
E
A
 
L
V
 
I
V
 
V
H
 
S
D
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
V
 
T
A
 
L
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
P
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
E
R
 
I
W
 
W

3sefA 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
33% identity, 94% coverage: 10:273/280 of query aligns to 6:267/268 of 3sefA

query
sites
3sefA
V
 
V
V
 
F
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
-
A
 
-
H
 
-
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
F
I
 
I
H
 
H
N
 
T
Y
 
L
W
 
F
L
 
A
H
 
R
Q
 
Q
L
 
T
G
 
Q
L
 
Q
A
 
S
G
 
M
R
 
I
Y
 
Y
E
 
T
A
 
A
V
 
Q
A
 
C
V
 
V
A
 
-
P
 
P
P
 
D
D
 
G
F
 
F
A
 
T
D
 
E
F
 
A
A
 
A
Q
 
K
N
 
H
L
 
F
A
 
F
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
G
 
C
N
 
N
V
 
V
T
 
T
L
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
E
A
 
A
F
 
Y
G
 
R
L
 
F
V
 
A
A
 
D
E
 
R
A
 
L
T
 
T
H
 
E
S
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
E
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
W
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
I
Y
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
-
C
 
-
A
 
-
L
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
L
A
 
L
P
 
A
G
 
Q
W
 
Q
E
 
V
A
 
L
I
 
L
P
 
K
G
 
G
E
 
A
A
 
T
V
 
I
V
 
L
L
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
|
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
R
 
Q
G
 
Q
-
 
P
R
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
T
L
 
V
A
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
F
A
 
A
R
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
I
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
A
 
A
H
 
A
F
 
Y
G
 
G
D
 
E
A
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
K
W
 
A
R
 
Q
D
 
A
L
 
F
P
 
E
A
 
Q
A
 
L
L
 
K
K
 
Q
T
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
S
T
|
T
S
|
S
L
x
A
G
 
S
M
 
L
K
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
L
P
 
P
L
 
A
D
 
-
L
 
I
D
 
D
V
 
P
A
 
V
L
 
I
L
 
F
P
 
S
Q
 
S
D
 
R
A
 
S
V
 
V
V
 
C
H
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
x
M
Y
 
Y
F
 
G
P
 
K
L
 
G
E
 
Y
T
 
T
A
 
V
L
 
F
L
 
N
R
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
R
 
H
G
 
G
L
 
C
-
 
A
R
 
Q
V
 
A
A
 
I
P
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
E
A
 
S
F
 
F
A
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
A
 
G
T
 
L
R
 
R
P
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
K
K
 
Q
V
 
I
T
 
L
P
 
R
E
 
E
L
 
L
R
 
R
R
 
K
L
 
N
V
 
L
E
 
E

P43876 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see paper)
32% identity, 95% coverage: 10:274/280 of query aligns to 6:270/272 of P43876

query
sites
P43876
V
 
V
V
 
W
G
 
G
W
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
I
 
L
I
 
I
H
 
Q
N
 
N
Y
 
K
W
 
L
L
 
A
H
 
A
Q
 
Q
L
 
T
G
 
H
L
 
Q
A
 
T
G
 
M
R
 
E
Y
 
Y
E
 
I
A
 
A
V
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
K
P
 
L
P
 
G
D
 
D
F
 
L
A
 
D
D
 
A
F
 
F
A
 
E
Q
 
Q
N
 
Q
L
 
L
A
 
L
A
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
E
R
 
E
G
 
G
F
 
A
V
 
K
G
 
G
G
 
C
N
 
N
V
 
I
T
 
T
L
 
S
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
R
A
 
A
F
 
Y
G
 
Q
L
 
L
V
 
A
A
 
D
E
 
E
A
 
Y
T
 
S
H
 
Q
S
 
R
A
 
A
R
 
K
R
 
L
L
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
C
N
 
N
T
 
T
L
 
L
W
 
K
-
 
K
I
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
G
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
I
G
 
G
F
 
L
L
 
V
C
 
T
A
 
D
L
 
L
D
 
Q
E
 
R
A
 
L
A
 
-
P
 
-
G
 
N
W
 
W
E
 
L
A
 
R
I
 
P
P
 
N
G
 
Q
E
 
H
A
 
V
V
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
T
R
 
K
A
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
R
 
A
G
 
Q
R
 
Q
S
 
N
V
 
I
V
 
V
L
 
L
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
F
A
x
S
R
x
K
A
 
T
E
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
R
F
 
F
G
 
Q
D
 
P
A
 
Y
P
 
G
K
 
N
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
I
 
V
D
 
S
W
 
M
R
 
D
D
 
S
L
 
I
P
 
P
A
 
-
A
 
-
L
 
L
K
 
Q
T
 
T
A
 
Y
G
 
D
L
 
L
L
 
V
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
|
S
L
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
S
G
 
G
Q
 
G
P
 
T
P
 
A
L
 
-
D
 
S
L
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
E
L
 
I
L
 
L
P
 
K
Q
 
L
D
 
G
A
 
S
V
 
A
V
 
F
H
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
Q
Y
 
Y
F
 
A
P
 
K
-
 
G
L
 
T
E
 
D
T
 
T
A
 
P
L
 
F
L
 
I
R
 
A
A
 
L
A
 
C
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
T
R
 
N
V
 
V
A
 
S
P
 
D
G
 
G
L
 
F
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
P
 
H
A
 
S
F
 
F
A
 
H
R
 
L
W
 
W
F
 
R
A
 
G
T
 
V
R
 
M
P
 
P
K
 
D
V
 
F
T
 
V
P
 
S
E
 
V
L
 
Y
R
 
E
R
 
Q
L
 
L
V
 
K
E
 
K
A
 
A

Query Sequence

>WP_012591530.1 NCBI__GCF_000021745.1:WP_012591530.1
MNAAAPRAFVVGWPIAHSRSPIIHNYWLHQLGLAGRYEAVAVAPPDFADFAQNLAARGFV
GGNVTLPHKQNAFGLVAEATHSARRLEAVNTLWIEDGRLYGDNTDSEGFLCALDEAAPGW
EAIPGEAVVLGAGGAARAIVAALIDRGRSVVLANRTRARAEAIAAHFGDAPKVIDWRDLP
AALKTAGLLVNTTSLGMKGQPPLDLDVALLPQDAVVHDIVYFPLETALLRAARARGLRVA
PGLGMLLHQAAPAFARWFATRPKVTPELRRLVEADIEKAL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory