SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012673539.1 NCBI__GCF_000021545.1:WP_012673539.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1nsjA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase from thermotoga maritima (see paper)
33% identity, 96% coverage: 3:202/208 of query aligns to 4:203/205 of 1nsjA

query
sites
1nsjA
V
 
V
K
 
K
I
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
A
 
A
K
 
L
E
 
F
I
 
S
S
 
V
Q
 
E
L
 
S
G
 
G
A
 
A
N
 
D
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
 
F
I
 
V
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
K
 
K
S
 
S
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
V
 
I
D
 
S
L
 
P
D
 
E
K
 
D
I
 
A
I
 
R
E
 
R
I
 
I
K
 
S
Q
 
V
S
 
E
L
 
L
N
 
P
E
 
P
S
 
F
T
 
V
K
 
F
L
 
R
V
 
V
V
 
G
V
 
V
V
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
-
 
P
E
 
E
K
 
K
T
 
I
V
 
L
E
 
D
E
 
V
L
 
A
L
 
S
Y
 
Y
I
 
V
A
 
Q
-
 
L
D
 
N
I
 
A
I
 
V
Q
 
Q
F
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
E
E
 
E
D
 
P
Y
 
I
S
 
E
F
 
L
V
 
C
K
 
R
N
 
K
F
 
I
P
 
A
K
 
E
D
 
R
-
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
F
 
V
R
 
G
I
 
V
K
 
S
E
 
N
E
 
E
S
 
R
Q
 
D
I
 
M
K
 
E
Q
 
R
M
 
A
E
 
L
E
 
N
Y
 
Y
M
 
R
K
 
-
D
 
-
D
 
E
Y
 
F
C
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
|
D
T
 
T
Y
 
-
K
 
K
E
 
T
G
 
P
M
 
E
Y
 
Y
G
|
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
E
 
K
T
 
T
I
 
F
D
 
D
I
 
W
Q
 
S
L
 
L
L
 
I
K
 
L
K
 
P
V
 
Y
L
 
R
K
 
D
L
 
R
Y
 
F
D
 
R
K
 
Y
I
 
L
I
 
V
V
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
N
L
 
P
D
 
E
N
 
N
I
 
V
K
 
R
E
 
S
V
 
A
L
 
I
S
 
D
Q
 
V
I
 
V
K
 
R
P
 
P
Y
 
F
G
 
A
V
 
V
D
 
D
A
x
V
S
|
S
S
|
S
K
 
G
L
 
V
E
 
E
I
 
A
K
 
F
P
 
P
G
 
G
I
 
K
K
 
K
D
 
D
I
 
H
S
 
D
K
 
S
V
 
I
K
 
K
Q
 
M
F
 
F
I
 
I
E
 
K
I
 
N
V
 
A
K
 
K

1lbmA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase (prai) in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5- phosphate (rcdrp) (see paper)
30% identity, 96% coverage: 3:202/208 of query aligns to 4:192/194 of 1lbmA

query
sites
1lbmA
V
 
V
K
 
K
I
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
A
 
A
K
 
L
E
 
F
I
 
S
S
 
V
Q
 
E
L
 
S
G
 
G
A
 
A
N
 
D
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
 
F
I
 
V
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
K
 
K
S
|
S
P
 
K
R
|
R
Y
 
Y
V
 
I
D
 
S
L
 
P
D
 
E
K
 
D
I
 
A
I
 
R
E
 
R
I
 
I
K
 
S
Q
 
V
S
 
E
L
 
L
N
 
P
E
 
P
S
 
F
T
 
V
K
 
F
L
 
R
V
 
V
V
 
G
V
 
V
V
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
-
 
P
E
 
E
K
 
K
T
 
I
V
 
L
E
 
D
E
 
V
L
 
A
L
 
S
Y
 
Y
I
 
V
A
 
Q
-
 
L
D
 
N
I
 
A
I
 
V
Q
 
Q
F
 
L
H
|
H
G
 
G
D
 
E
E
 
E
D
 
P
Y
 
I
S
 
E
F
 
L
V
 
C
K
 
R
N
 
K
F
 
I
P
 
A
K
 
E
D
 
R
-
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
F
 
V
R
 
G
I
 
V
K
 
S
E
 
N
E
 
E
S
 
R
Q
 
D
I
 
M
K
 
E
Q
 
R
M
 
A
E
 
L
E
 
N
Y
 
Y
M
 
R
K
 
-
D
 
-
D
 
E
Y
 
F
C
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
|
D
T
 
T
Y
 
F
K
 
-
E
 
-
G
 
-
M
 
-
Y
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
D
I
 
W
Q
 
S
L
 
L
L
 
I
K
 
L
K
 
P
V
 
Y
L
 
R
K
 
D
L
 
R
Y
 
F
D
 
R
K
 
Y
I
 
L
I
 
V
V
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
L
 
L
G
 
N
L
 
P
D
 
E
N
 
N
I
 
V
K
 
R
E
 
S
V
 
A
L
 
I
S
 
D
Q
 
V
I
 
V
K
 
R
P
 
P
Y
 
F
G
 
A
V
 
V
D
|
D
A
 
V
S
|
S
S
|
S
K
 
G
L
 
V
E
 
E
I
 
A
K
 
F
P
 
P
G
 
G
I
 
K
K
 
K
D
 
D
I
 
H
S
 
D
K
 
S
V
 
I
K
 
K
Q
 
M
F
 
F
I
 
I
E
 
K
I
 
N
V
 
A
K
 
K

1piiA Three-dimensional structure of the bifunctional enzyme phosphoribosylanthranilate isomerase: indoleglycerolphosphate synthase from escherichia coli refined at 2.0 angstroms resolution (see paper)
29% identity, 97% coverage: 4:204/208 of query aligns to 258:452/452 of 1piiA

query
sites
1piiA
K
 
K
I
 
V
C
|
C
G
 
G
I
 
L
T
 
T
Q
 
R
P
 
G
Q
 
Q
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
E
 
A
I
 
A
S
 
Y
Q
 
D
L
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
I
Y
 
Y
L
 
G
G
 
G
T
 
L
I
 
I
F
 
F
Y
 
V
P
 
A
K
 
T
S
 
S
P
 
P
R
 
R
Y
 
C
V
 
V
D
 
N
L
 
V
D
 
E
K
 
Q
I
 
A
I
 
Q
E
 
E
I
 
V
K
 
M
Q
 
A
S
 
A
L
 
-
N
 
-
E
 
A
S
 
P
T
 
L
K
 
Q
L
 
Y
V
 
V
V
 
G
V
 
V
V
 
F
V
 
R
N
 
N
Q
 
H
D
 
D
E
 
I
K
 
A
T
 
D
V
 
V
-
 
V
-
 
D
-
 
K
E
 
A
E
 
K
L
 
V
L
 
L
Y
 
S
I
 
L
A
 
A
D
 
-
I
 
A
I
 
V
Q
 
Q
F
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
N
E
 
E
D
 
E
Y
 
Q
S
 
L
F
 
Y
V
 
I
-
 
D
-
 
T
-
 
L
-
 
R
K
 
E
N
 
A
F
 
L
P
 
P
K
 
A
D
 
H
R
 
V
V
 
A
I
 
I
-
 
W
K
 
K
V
 
A
F
 
L
R
 
S
I
 
V
K
 
G
E
 
E
E
 
T
S
 
L
Q
 
P
I
 
A
K
 
R
Q
 
E
M
 
F
E
 
Q
E
 
H
Y
 
V
M
 
-
K
 
-
D
 
D
D
 
K
Y
 
Y
C
 
V
L
 
L
L
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
E
x
D
G
 
N
M
 
G
Y
 
Q
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
|
G
E
 
Q
T
 
R
I
 
F
D
 
D
I
 
W
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
K
 
N
K
 
G
V
 
-
L
 
-
K
 
Q
L
 
S
Y
 
L
D
 
G
K
 
N
I
 
V
I
 
L
V
 
L
S
 
A
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
L
 
A
D
 
D
N
 
N
I
 
C
K
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
-
S
 
A
Q
 
Q
I
 
T
K
 
G
P
 
C
Y
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
D
A
 
F
S
x
N
S
|
S
K
 
A
L
 
V
E
 
E
I
 
S
K
 
Q
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
D
 
D
I
 
A
S
 
R
K
 
L
V
 
L
K
 
A
Q
 
S
F
 
V
I
 
F
E
 
Q
I
 
T
V
 
L
K
 
R
S
 
A
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012673539.1 NCBI__GCF_000021545.1:WP_012673539.1
MIVKICGITQPQQAKEISQLGANYLGTIFYPKSPRYVDLDKIIEIKQSLNESTKLVVVVV
NQDEKTVEELLYIADIIQFHGDEDYSFVKNFPKDRVIKVFRIKEESQIKQMEEYMKDDYC
LLLDTYKEGMYGGTGETIDIQLLKKVLKLYDKIIVSGGLGLDNIKEVLSQIKPYGVDASS
KLEIKPGIKDISKVKQFIEIVKSYESNN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory