SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_012675616.1 NCBI__GCF_000021565.1:WP_012675616.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8rplB Amp-forming acetyl-coa synthetase from chloroflexota bacterium with bound acetyl amp (see paper)
50% identity, 97% coverage: 14:629/633 of query aligns to 5:630/630 of 8rplB

query
sites
8rplB

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binding [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate: G391 (= G390), E392 (= E391), P393 (= P392), T416 (= T415), W417 (= W416), W418 (= W417), Q419 (= Q418), T420 (= T419), D502 (= D501), R517 (= R516), K523 (≠ N522), R528 (= R527)
binding magnesium ion: V539 (= V538), H541 (= H540)

Q8ZKF6 Acetyl-coenzyme A synthetase; AcCoA synthetase; Acs; Acetate--CoA ligase; Acyl-activating enzyme; EC 6.2.1.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
52% identity, 97% coverage: 19:633/633 of query aligns to 10:634/652 of Q8ZKF6

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sites
Q8ZKF6

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R194 (≠ K200) mutation to A: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 2-fold increase in the affinity for ATP and 3-fold reduction for CoA.; mutation to E: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 2-fold increase in the affinity for ATP and 2-fold reduction for CoA.
T311 (= T314) binding CoA
N335 (≠ D338) binding CoA
A357 (= A360) mutation to V: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 3-fold increase in the affinity for ATP and 3-fold reduction for CoA.
D517 (= D518) mutation to G: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 2-fold increase in the affinity for ATP and 10-fold reduction for CoA.; mutation to P: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 3-fold reduction in the affinity for ATP and 4.5-fold reduction for CoA.
S523 (= S524) binding CoA
G524 (= G525) mutation to L: No acetyl-coenzyme A synthetase activity.; mutation to S: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. Almost the same affinity as the wild-type for ATP, but 9-fold reduction in the affinity for CoA.
R526 (= R527) mutation to A: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 3-fold increase in the affinity for ATP and 4-fold reduction for CoA.
R584 (= R585) binding CoA; mutation to A: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 2-fold increase in the affinity for ATP and 7-fold reduction for CoA.; mutation to E: Results in a 2-fold reduction in the catalytic efficiency for both ATP and CoA. 3-fold increase in the affinity for ATP and 8-fold reduction for CoA.
K609 (= K610) modified: N6-acetyllysine; by Pat; mutation to A: No acetyl-coenzyme A synthetase activity.

5jrhA Crystal structure of salmonella enterica acetyl-coa synthetase (acs) in complex with camp and coenzyme a (see paper)
52% identity, 97% coverage: 19:633/633 of query aligns to 6:627/640 of 5jrhA

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5jrhA

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active site: T260 (= T267), T412 (= T419), E413 (= E420), N517 (= N522), R522 (= R527), K605 (= K610)
binding (r,r)-2,3-butanediol: W93 (≠ Y104), E140 (= E150), G169 (≠ M179), K266 (= K273), P267 (= P274)
binding adenosine-3',5'-cyclic-monophosphate: G383 (= G390), E384 (= E391), P385 (= P392), T408 (= T415), W409 (= W416), W410 (= W417), Q411 (= Q418), T412 (= T419), D496 (= D501), I508 (= I513), N517 (= N522), R522 (= R527)
binding coenzyme a: F159 (≠ Y169), G160 (≠ A170), G161 (= G171), R187 (= R197), S519 (= S524), R580 (= R585), P585 (≠ S590)
binding magnesium ion: V533 (= V538), H535 (= H540), I538 (≠ V543)

2p20A Acetyl-coa synthetase, r584a mutation (see paper)
51% identity, 97% coverage: 19:633/633 of query aligns to 6:628/641 of 2p20A

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2p20A

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P27550 Acetyl-coenzyme A synthetase; AcCoA synthetase; Acs; Acetate--CoA ligase; Acyl-activating enzyme; EC 6.2.1.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
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P27550

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2p2fA

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active site: T259 (= T267), T411 (= T419), E412 (= E420), N516 (= N522), R521 (= R527), K604 (= K610)
binding adenosine monophosphate: G382 (= G390), E383 (= E391), P384 (= P392), T407 (= T415), W408 (= W416), W409 (= W417), Q410 (= Q418), T411 (= T419), D495 (= D501), I507 (= I513), R510 (= R516), N516 (= N522), R521 (= R527)
binding coenzyme a: F158 (≠ Y169), R186 (= R197), W304 (= W312), T306 (= T314), P329 (= P337), A352 (= A360), A355 (= A363), S518 (= S524), R579 (= R585), P584 (≠ S590)

Q89WV5 Acetyl-coenzyme A synthetase; AcCoA synthetase; Acs; Acetate--CoA ligase; Acyl-activating enzyme; EC 6.2.1.1 from Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (see paper)
50% identity, 98% coverage: 14:633/633 of query aligns to 4:631/648 of Q89WV5

query
sites
Q89WV5

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1pg3A Acetyl coa synthetase, acetylated on lys609 (see paper)
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1pg3A

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Q9NUB1 Acetyl-coenzyme A synthetase 2-like, mitochondrial; Acetate--CoA ligase 2; Acetyl-CoA synthetase 2; AceCS2; Acyl-CoA synthetase short-chain family member 1; Propionate--CoA ligase; EC 6.2.1.1; EC 6.2.1.17 from Homo sapiens (Human) (see 3 papers)
48% identity, 95% coverage: 32:633/633 of query aligns to 57:667/689 of Q9NUB1

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sites
Q9NUB1

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V488 (≠ E458) to M: in dbSNP:rs6050249
K642 (= K610) modified: N6-acetyllysine; mutation to Q: Loss of activity.

Sites not aligning to the query:

1:37 modified: transit peptide, Mitochondrion

Q99NB1 Acetyl-coenzyme A synthetase 2-like, mitochondrial; Acetate--CoA ligase 2; Acetyl-CoA synthetase 2; AceCS2; Acyl-CoA synthetase short-chain family member 1; Propionate--CoA ligase; EC 6.2.1.1; EC 6.2.1.17 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
48% identity, 95% coverage: 32:633/633 of query aligns to 50:660/682 of Q99NB1

query
sites
Q99NB1

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K635 (= K610) modified: N6-acetyllysine

P9WQD1 Acetyl-coenzyme A synthetase; AcCoA synthetase; Acs; Acetate--CoA ligase; Acyl-activating enzyme; EC 6.2.1.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
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P9WQD1

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K617 (= K610) modified: N6-acetyllysine; mutation to R: Complete loss of acetyl-coenzyme A synthetase activity.

P52910 Acetyl-coenzyme A synthetase 2; Acetate--CoA ligase 2; Acyl-activating enzyme 2; EC 6.2.1.1 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
47% identity, 95% coverage: 31:633/633 of query aligns to 38:662/683 of P52910

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P52910

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K506 (≠ T491) modified: Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in ubiquitin)

P78773 Probable acetyl-coenzyme A synthetase; Acetate--CoA ligase; Acyl-activating enzyme; EC 6.2.1.1 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
46% identity, 98% coverage: 15:633/633 of query aligns to 11:643/662 of P78773

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P78773

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T596 (≠ E587) modified: Phosphothreonine

8sf3A Crystal structure of acetyl-coenzyme a synthetase from leishmania infantum (amp, acetate and coa bound)
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8u2rA Crystal structure of acetyl-coenzyme a synthetase from leishmania infantum (ethyl amp bound)
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8u2rA

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binding 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine: I323 (= I313), G400 (= G390), E401 (= E391), P402 (= P392), T425 (= T415), W426 (= W416), W427 (= W417), Q428 (= Q418), T429 (= T419), D513 (= D501), I525 (= I513), R528 (= R516), R539 (= R527)

7kdnA Crystal structure of acetyl-coa synthetase in complex with adenosine- 5'-propylphosphate from aspergillus fumigatus
47% identity, 96% coverage: 8:617/633 of query aligns to 2:619/622 of 7kdnA

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7kdnA

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8w0cA Crystal structure of acetyl-coa synthetase 2 from candida albicans in complex with a cyclopentyl ester amp inhibitor
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8w0cA

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8w0dA Crystal structure of acetyl-coa synthetase 2 from candida albicans in complex with an isopropyl amp ester inhibitor
46% identity, 95% coverage: 31:633/633 of query aligns to 35:649/666 of 8w0dA

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8w0dA

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8v4rA Crystal structure of acetyl-coa synthetase 2 in complex with amp and coa from candida albicans
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8v4rA

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Query Sequence

>WP_012675616.1 NCBI__GCF_000021565.1:WP_012675616.1
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KWEKIREWEFPNYRWFIGGKLNITYNCLDRHVKNGKRNKVAYIYTNEDNEEIKITYGELL
ELVNKIANGLKSLGVEKGDRVVIYMPLVIEQLATMLACARIGAIHSVVYAGFSANALKMR
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DKLPKTRSGKIMRRVLKARELGMPLGDISTLED

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory