SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012676652.1 NCBI__GCF_000021565.1:WP_012676652.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q9X112 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-independent methionine synthase; Methionine synthase, vitamin-B12 independent isozyme; EC 2.1.1.14 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see 2 papers)
53% identity, 99% coverage: 3:762/768 of query aligns to 1:732/734 of Q9X112

query
sites
Q9X112
I
 
M
K
 
K
T
 
A
T
 
Y
A
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
N
 
K
R
|
R
E
|
E
L
x
F
K
|
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
D
Y
 
F
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
N
 
T
K
 
E
D
 
E
E
 
Q
M
 
F
Y
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
M
E
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
R
E
 
M
E
 
Y
R
 
M
F
 
V
E
 
E
F
 
N
L
 
Y
K
 
R
K
 
K
G
 
-
D
 
N
L
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
S
N
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
A
I
 
V
P
 
P
D
 
E
R
 
R
F
 
F
R
 
G
N
 
E
I
 
Y
Q
 
R
D
 
G
D
 
-
T
 
L
D
 
S
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
G
E
 
K
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
C
 
L
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
|
K
W
 
F
F
 
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
E
T
 
T
G
 
E
N
 
E
F
 
F
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
K
 
E
N
 
N
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
L
W
 
F
A
 
F
K
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
A
P
 
P
V
 
W
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
G
 
S
K
 
K
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
R
E
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
W
L
 
I
M
 
R
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
P
Y
 
N
D
 
Q
S
 
M
E
 
E
K
 
K
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
L
V
 
L
L
 
E
S
 
S
L
 
L
A
 
V
K
 
S
V
 
V
Y
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
F
K
 
E
E
 
K
L
 
L
Q
 
V
S
 
E
E
 
N
G
 
G
V
 
C
K
 
K
A
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
V
D
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
E
D
 
K
Q
 
A
D
 
H
V
 
W
D
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
E
L
 
L
T
 
S
D
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
F
E
 
P
I
 
L
H
 
T
L
 
V
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
S
N
 
D
F
 
Y
E
 
E
K
 
A
I
 
C
V
 
V
F
 
-
S
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
K
G
 
R
I
 
L
G
 
H
L
 
F
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
S
N
 
N
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
Q
P
 
P
W
 
W
K
 
K
T
 
V
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
S
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
T
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
A
H
 
S
V
 
A
S
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
I
S
 
S
N
 
N
G
 
S
S
 
C
P
 
P
L
 
L
F
 
F
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
L
E
 
E
S
 
L
E
 
E
K
 
N
G
 
N
F
 
-
L
 
L
D
 
P
E
 
G
N
 
G
L
 
L
L
 
K
K
 
E
M
 
K
L
 
L
S
 
A
F
 
F
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
D
I
 
F
I
 
L
N
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
K
-
 
T
-
 
F
E
 
D
V
 
L
P
 
P
D
 
N
Q
 
V
N
 
S
I
 
F
E
 
E
E
 
D
I
 
F
R
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
I
 
V
N
 
D
E
 
L
D
 
Q
V
 
A
K
 
V
R
 
E
S
 
R
V
 
V
K
 
R
E
 
N
I
 
L
E
 
P
S
 
E
I
 
D
E
 
S
I
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
E
D
 
K
D
 
E
F
 
Y
R
 
T
E
 
E
R
 
R
Y
 
D
R
 
R
S
 
I
Q
 
Q
M
 
R
E
 
E
L
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
|
I
G
|
G
S
|
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
K
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
V
 
M
R
 
R
A
 
S
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
R
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
E
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
F
 
F
I
 
I
K
 
K
D
 
E
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
|
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
G
 
A
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
N
G
 
G
F
 
I
A
 
A
F
 
T
T
 
T
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
|
R
C
|
C
V
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
T
V
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
M
N
 
S
W
|
W
S
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
K
 
E
D
 
D
I
 
I
P
 
P
K
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
I
D
|
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
R
 
R
E
|
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
L
 
I
K
 
K
K
 
K
R
 
S
K
 
K
Q
 
W
E
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
R
 
E
W
 
W
A
 
A
V
 
I
K
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
N
L
 
L
T
 
A
N
 
A
H
 
N
T
 
A
V
 
-
K
 
R
K
 
P
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
A
H
|
H
M
 
M
C
|
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
F
 
F
N
 
N
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
M
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
I
 
I
E
|
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
N
F
 
F
-
 
K
N
 
G
Y
 
W
D
 
I
H
 
K
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
I
E
 
N
E
 
E
M
 
M
L
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
V
V
 
L
K
 
R
V
 
V
T
 
L
D
 
P
K
 
K
N
 
E
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
|
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
N
W
 
W
K
 
D
E
 
E
T
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
R
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
E
K
 
K
Y
 
F

1xpgA Crystal structure of t. Maritima cobalamin-independent methionine synthase complexed with zn2+ and methyltetrahydrofolate (see paper)
53% identity, 99% coverage: 4:763/768 of query aligns to 3:734/734 of 1xpgA

query
sites
1xpgA
K
 
K
T
 
A
T
 
Y
A
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
N
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
F
K
|
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
D
Y
 
F
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
N
 
T
K
 
E
D
 
E
E
 
Q
M
 
F
Y
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
M
E
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
R
E
 
M
E
 
Y
R
 
M
F
 
V
E
 
E
F
 
N
L
 
Y
K
 
R
K
 
K
G
 
-
D
 
N
L
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
S
N
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
A
I
 
V
P
 
P
D
 
E
R
 
R
F
 
F
R
 
G
N
 
E
I
 
Y
Q
 
R
D
 
G
D
 
-
T
 
L
D
 
S
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
G
E
 
K
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
C
 
L
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
|
K
W
 
F
F
|
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
E
T
 
T
G
 
E
N
 
E
F
 
F
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
K
 
E
N
 
N
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
L
W
 
F
A
 
F
K
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
A
P
 
P
V
 
W
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
G
 
S
K
 
K
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
R
E
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
W
L
 
I
M
 
R
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
P
Y
 
N
D
 
Q
S
 
M
E
 
E
K
 
K
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
L
V
 
L
L
 
E
S
 
S
L
 
L
A
 
V
K
 
S
V
 
V
Y
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
F
K
 
E
E
 
K
L
 
L
Q
 
V
S
 
E
E
 
N
G
 
G
V
 
C
K
 
K
A
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
V
D
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
E
D
 
K
Q
 
A
D
 
H
V
 
W
D
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
E
L
 
L
T
 
S
D
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
F
E
 
P
I
 
L
H
 
T
L
 
V
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
S
N
 
D
F
 
Y
E
 
E
K
 
A
I
 
C
V
 
V
F
 
-
S
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
K
G
 
R
I
 
L
G
 
H
L
 
F
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
S
N
 
N
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
Q
P
 
P
W
 
W
K
 
K
T
 
V
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
S
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
T
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
A
H
 
S
V
 
A
S
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
I
S
 
S
N
 
N
G
 
S
S
 
C
P
 
P
L
 
L
F
 
F
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
L
E
 
E
S
 
L
E
 
E
K
 
N
G
 
N
F
 
-
L
 
L
D
 
P
E
 
G
N
 
G
L
 
L
L
 
K
K
 
E
M
 
K
L
 
L
S
 
A
F
 
F
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
D
I
 
F
I
 
L
N
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
K
-
 
T
-
 
F
E
 
D
V
 
L
P
 
P
D
 
N
Q
 
V
N
 
S
I
 
F
E
 
E
E
 
D
I
 
F
R
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
I
 
V
N
 
D
E
 
L
D
 
Q
V
 
A
K
 
V
R
 
E
S
 
R
V
 
V
K
 
R
E
 
N
I
 
L
E
 
P
S
 
E
I
 
D
E
 
S
I
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
E
D
 
K
D
 
E
F
 
Y
R
 
T
E
 
E
R
 
R
Y
 
D
R
 
R
S
 
I
Q
 
Q
M
 
R
E
 
E
L
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
I
G
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
K
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
V
 
M
R
 
R
A
 
S
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
R
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
E
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
F
 
F
I
 
I
K
 
K
D
 
E
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
G
 
A
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
N
G
 
G
F
 
I
A
 
A
F
 
T
T
 
T
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
V
 
V
Q
 
L
S
|
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
|
R
C
|
C
V
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
T
V
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
M
N
 
S
W
|
W
S
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
K
 
E
D
 
D
I
 
I
P
 
P
K
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
R
 
R
E
|
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
L
x
I
K
 
K
K
 
K
R
 
S
K
 
K
Q
 
W
E
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
R
 
E
W
 
W
A
 
A
V
 
I
K
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
N
L
 
L
T
 
A
N
 
A
H
 
N
T
 
A
V
 
-
K
 
R
K
 
P
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
A
H
|
H
M
 
M
C
|
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
F
 
F
N
 
N
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
M
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
I
 
I
E
|
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
N
F
 
F
-
 
K
N
 
G
Y
 
W
D
 
I
H
 
K
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
I
E
 
N
E
 
E
M
 
M
L
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
V
V
 
L
K
 
R
V
 
V
T
 
L
D
 
P
K
 
K
N
 
E
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
|
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
N
W
 
W
K
 
D
E
 
E
T
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
R
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
E
K
 
K
Y
 
F
G
 
A

1t7lA Crystal structure of cobalamin-independent methionine synthase from t. Maritima (see paper)
53% identity, 99% coverage: 4:762/768 of query aligns to 3:733/734 of 1t7lA

query
sites
1t7lA
K
 
K
T
 
A
T
 
Y
A
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
N
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
F
K
 
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
D
Y
 
F
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
N
 
T
K
 
E
D
 
E
E
 
Q
M
 
F
Y
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
M
E
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
R
E
 
M
E
 
Y
R
 
M
F
 
V
E
 
E
F
 
N
L
 
Y
K
 
R
K
 
K
G
 
-
D
 
N
L
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
S
N
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
A
I
 
V
P
 
P
D
 
E
R
 
R
F
 
F
R
 
G
N
 
E
I
 
Y
Q
 
R
D
 
G
D
 
-
T
 
L
D
 
S
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
G
E
 
K
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
C
 
L
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
 
K
W
 
F
F
|
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
E
T
 
T
G
 
E
N
 
E
F
 
F
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
K
 
E
N
 
N
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
L
W
 
F
A
 
F
K
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
A
P
 
P
V
 
W
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
Y
 
Y
L
|
L
G
 
S
K
 
K
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
R
E
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
W
L
 
I
M
 
R
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
P
Y
 
N
D
 
Q
S
 
M
E
 
E
K
 
K
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
L
V
 
L
L
 
E
S
 
S
L
 
L
A
 
V
K
 
S
V
 
V
Y
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
F
K
 
E
E
 
K
L
 
L
Q
 
V
S
 
E
E
 
N
G
 
G
V
 
C
K
 
K
A
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
V
D
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
x
C
D
 
D
I
 
L
T
 
E
D
 
K
Q
 
A
D
 
H
V
 
W
D
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
E
L
 
L
T
 
S
D
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
F
E
 
P
I
 
L
H
 
T
L
 
V
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
S
N
 
D
F
 
Y
E
 
E
K
 
A
I
 
C
V
 
V
F
 
-
S
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
K
G
 
R
I
 
L
G
 
H
L
 
F
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
S
N
 
N
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
Q
P
 
P
W
 
W
K
 
K
T
 
V
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
S
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
T
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
A
H
 
S
V
 
A
S
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
I
S
 
S
N
 
N
G
 
S
S
 
C
P
 
P
L
 
L
F
 
F
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
L
E
 
E
S
 
L
E
 
E
K
 
N
G
 
N
F
 
-
L
 
L
D
 
P
E
 
G
N
 
G
L
 
L
L
 
K
K
 
E
M
 
K
L
 
L
S
 
A
F
 
F
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
D
I
 
F
I
 
L
N
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
K
-
 
T
-
 
F
E
 
D
V
 
L
P
 
P
D
 
N
Q
 
V
N
 
S
I
 
F
E
 
E
E
 
D
I
 
F
R
 
A
S
 
-
I
 
-
F
 
-
I
 
V
N
 
D
E
 
L
D
 
Q
V
 
A
K
 
V
R
 
E
S
 
R
V
 
V
K
 
R
E
 
N
I
 
L
E
 
P
S
 
E
I
 
D
E
 
S
I
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
E
D
 
K
D
 
E
F
 
Y
R
 
T
E
 
E
R
 
R
Y
 
D
R
 
R
S
 
I
Q
 
Q
M
 
R
E
 
E
L
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
I
G
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
K
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
V
 
M
R
 
R
A
 
S
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
R
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
E
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
F
 
F
I
 
I
K
 
K
D
 
E
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
G
 
A
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
N
G
 
G
F
 
I
A
 
A
F
 
T
T
 
T
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
 
R
C
 
C
V
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
T
V
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
M
N
 
S
W
 
W
S
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
K
 
E
D
 
D
I
 
I
P
 
P
K
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
R
 
R
E
 
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
L
x
I
K
 
K
K
 
K
R
 
S
K
 
K
Q
 
W
E
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
R
 
E
W
 
W
A
 
A
V
 
I
K
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
N
L
 
L
T
 
A
N
 
A
H
 
N
T
 
A
V
 
-
K
 
R
K
 
P
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
A
H
 
H
M
 
M
C
 
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
F
 
F
N
 
N
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
M
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
N
F
 
F
-
 
K
N
 
G
Y
 
W
D
 
I
H
 
K
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
I
E
 
N
E
 
E
M
 
M
L
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
V
V
 
L
K
 
R
V
 
V
T
 
L
D
 
P
K
 
K
N
 
E
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
 
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
N
W
 
W
K
 
D
E
 
E
T
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
R
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
E
K
 
K
Y
 
F

1xdjA Crystal structure of t. Maritima cobalamin-independent methionine synthase complexed with zn2+ and homocysteine (see paper)
53% identity, 99% coverage: 4:762/768 of query aligns to 2:721/722 of 1xdjA

query
sites
1xdjA
K
 
K
T
 
A
T
 
Y
A
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
N
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
F
K
 
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
D
Y
 
F
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
N
 
T
K
 
E
D
 
E
E
 
Q
M
 
F
Y
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
M
E
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
R
E
 
M
E
 
Y
R
 
M
F
 
V
E
 
E
F
 
N
L
 
Y
K
 
R
K
 
K
G
 
-
D
 
N
L
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
S
N
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
A
I
 
V
P
 
P
D
 
E
R
 
R
F
 
F
R
 
G
N
 
E
I
 
Y
Q
 
R
D
 
G
D
 
-
T
 
L
D
 
S
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
G
E
 
K
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
C
 
L
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
 
K
W
 
F
F
|
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
E
T
 
T
G
 
E
N
 
E
F
 
F
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
K
 
E
N
 
N
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
L
W
 
F
A
 
F
K
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
A
P
 
P
V
 
W
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
G
 
S
K
 
K
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
R
E
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
W
L
 
I
M
 
R
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
P
Y
 
N
D
 
Q
S
 
M
E
 
E
K
 
K
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
L
V
 
L
L
 
E
S
 
S
L
 
L
A
 
V
K
 
S
V
 
V
Y
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
F
K
 
E
E
 
K
L
 
L
Q
 
V
S
 
E
E
 
N
G
 
G
V
 
C
K
 
K
A
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
V
D
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
x
C
D
 
D
I
 
L
T
 
E
D
 
K
Q
 
A
D
 
H
V
 
W
D
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
E
L
 
L
T
 
S
D
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
F
E
 
P
I
 
L
H
 
T
L
 
V
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
S
N
 
D
F
 
Y
E
 
E
K
 
A
I
 
C
V
 
V
F
 
-
S
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
K
G
 
R
I
 
L
G
 
H
L
 
F
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
S
N
 
N
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
Q
P
 
P
W
 
W
K
 
K
T
 
V
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
S
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
T
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
A
H
 
S
V
 
A
S
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
I
S
 
S
N
 
N
G
 
S
S
 
C
P
 
P
L
 
L
F
 
F
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
L
E
 
E
S
 
L
E
 
E
K
 
N
G
 
N
F
 
-
L
 
L
D
 
P
E
 
G
N
 
G
L
 
L
L
 
K
K
 
E
M
 
K
L
 
L
S
 
A
F
 
F
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
D
I
 
F
I
 
L
N
 
E
-
 
F
E
 
E
G
 
D
K
 
F
E
 
A
V
 
V
P
 
D
D
 
L
Q
 
Q
N
 
A
I
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
R
 
R
S
 
N
I
 
-
F
 
-
I
 
-
N
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
-
K
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
-
E
 
-
S
 
-
I
 
-
E
 
S
I
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
E
D
 
K
D
 
E
F
 
Y
R
 
T
E
 
E
R
 
R
Y
 
D
R
 
R
S
 
I
Q
 
Q
M
 
R
E
 
E
L
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
I
G
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
K
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
V
 
M
R
 
R
A
 
S
K
 
K
F
 
Y
R
 
R
R
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
E
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
F
 
F
I
 
I
K
 
K
D
 
E
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
G
 
A
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
N
G
 
G
F
 
I
A
 
A
F
 
T
T
 
T
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
 
R
C
 
C
V
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
T
V
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
M
N
 
S
W
 
W
S
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
K
 
E
D
 
D
I
 
I
P
 
P
K
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
R
 
R
E
 
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
L
 
I
K
 
K
K
 
K
R
 
S
K
 
K
Q
 
W
E
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
R
 
E
W
 
W
A
 
A
V
 
I
K
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
N
L
 
L
T
 
A
N
 
A
H
 
N
T
 
A
V
 
-
K
 
R
K
 
P
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
A
H
|
H
M
 
M
C
|
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
F
 
F
N
 
N
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
M
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
N
F
 
F
-
 
K
N
 
G
Y
 
W
D
 
I
H
 
K
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
I
E
 
N
E
 
E
M
 
M
L
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
V
V
 
L
K
 
R
V
 
V
T
 
L
D
 
P
K
 
K
N
 
E
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
|
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
N
W
 
W
K
 
D
E
 
E
T
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
R
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
E
K
 
K
Y
 
F

3bq5A Crystal structure of t. Maritima cobalamin-independent methionine synthase complexed with zn2+ and homocysteine (monoclinic) (see paper)
52% identity, 98% coverage: 4:759/768 of query aligns to 2:709/709 of 3bq5A

query
sites
3bq5A
K
 
K
T
 
A
T
 
Y
A
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
N
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
F
K
 
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
D
Y
 
F
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
N
 
T
K
 
E
D
 
E
E
 
Q
M
 
F
Y
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
M
E
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
R
E
 
M
E
 
Y
R
 
M
F
 
V
E
 
E
F
 
N
L
 
Y
K
 
R
K
 
K
G
 
-
D
 
N
L
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
I
P
 
P
S
 
S
N
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
S
V
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
A
I
 
V
P
 
P
D
 
E
R
 
R
F
 
F
R
 
G
N
 
E
I
 
Y
Q
 
R
D
 
G
D
 
-
T
 
L
D
 
S
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
G
E
 
K
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
C
 
L
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
 
K
W
 
F
F
 
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
E
T
 
T
G
 
E
N
 
E
F
 
F
R
 
Y
L
 
L
I
 
L
K
 
E
N
 
N
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
L
W
 
F
A
 
F
K
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
A
P
 
P
V
 
W
I
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
G
 
S
K
 
K
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
R
E
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
W
L
 
I
M
 
R
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
P
Y
 
N
D
 
Q
S
 
M
E
 
E
K
 
K
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
L
V
 
L
L
 
E
S
 
S
L
 
L
A
 
V
K
 
S
V
 
V
Y
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
F
K
 
E
E
 
K
L
 
L
Q
 
V
S
 
E
E
 
N
G
 
G
V
 
C
K
 
K
A
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
V
D
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
E
D
 
K
Q
 
A
D
 
H
V
 
W
D
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
I
 
E
L
 
L
T
 
S
D
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
F
E
 
P
I
 
L
H
 
T
L
 
V
H
 
F
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
S
N
 
D
F
 
Y
E
 
E
K
 
A
I
 
C
V
 
V
F
 
-
S
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
K
G
 
R
I
 
L
G
 
H
L
 
F
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
S
N
 
N
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
E
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
E
D
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
Q
P
 
P
W
 
W
K
 
K
T
 
V
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
A
D
 
S
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
T
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
A
H
 
S
V
 
A
S
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
I
 
I
S
 
S
N
 
N
G
 
S
S
 
C
P
 
P
L
 
L
F
 
F
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
L
E
 
E
S
 
L
E
 
E
K
 
N
G
 
N
F
 
-
L
 
L
D
 
P
E
 
G
N
 
G
L
 
L
L
 
K
K
 
E
M
 
K
L
 
L
S
 
A
F
 
F
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
D
I
 
F
I
 
L
N
 
-
E
 
E
G
 
G
K
 
K
-
 
T
-
 
F
E
 
D
V
 
L
P
 
P
D
 
N
Q
 
V
N
 
D
I
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
V
R
 
E
S
 
R
I
 
-
F
 
-
I
 
-
N
 
-
E
 
-
D
 
-
V
 
-
K
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
V
K
 
R
E
 
N
I
 
L
E
 
P
S
 
E
I
 
D
E
 
S
I
 
F
R
 
R
R
 
R
K
 
E
D
 
K
D
 
E
F
 
Y
R
 
T
E
 
E
R
 
R
Y
 
D
R
 
R
S
 
I
Q
 
Q
M
 
R
E
 
E
L
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
I
G
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
K
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
V
 
M
R
 
R
A
 
S
K
 
K
F
 
F
R
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
Y
 
-
E
 
-
S
 
-
F
 
-
I
 
I
K
 
K
D
 
E
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
G
 
A
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
N
G
 
G
F
 
I
A
 
A
F
 
T
T
 
T
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
 
R
C
 
C
V
 
Y
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
T
V
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
M
N
 
S
W
 
W
S
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
K
 
E
D
 
D
I
 
I
P
 
P
K
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
R
 
R
E
 
E
G
 
K
L
 
A
P
 
P
L
 
I
K
 
K
K
 
K
R
 
S
K
 
K
Q
 
W
E
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
R
 
E
W
 
W
A
 
A
V
 
I
K
 
N
A
 
A
F
 
F
R
 
N
L
 
L
T
 
A
N
 
A
H
 
N
T
 
A
V
 
-
K
 
R
K
 
P
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
A
H
|
H
M
 
M
C
|
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
F
 
F
N
 
N
E
 
E
I
 
I
I
 
I
E
 
E
W
 
Y
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
M
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
F
 
F
E
 
E
D
 
N
F
 
F
-
 
K
N
 
G
Y
 
W
D
 
I
H
 
K
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
V
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
A
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
I
E
 
N
E
 
E
M
 
M
L
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
V
V
 
L
K
 
R
V
 
V
T
 
L
D
 
P
K
 
K
N
 
E
L
 
L
I
 
I
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
|
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
N
W
 
W
K
 
D
E
 
E
T
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
R
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
E
L
 
M
R
 
R

P80877 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-independent methionine synthase; Methionine synthase, vitamin-B12 independent isozyme; Superoxide-inducible protein 9; SOI9; EC 2.1.1.14 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
50% identity, 99% coverage: 3:759/768 of query aligns to 4:755/762 of P80877

query
sites
P80877
I
 
I
K
 
K
T
 
T
T
 
S
A
 
N
F
 
L
G
 
G
F
 
F
P
 
P
K
 
R
I
 
I
G
 
G
K
 
L
N
 
N
R
 
R
E
 
E
L
 
W
K
 
K
K
 
K
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
G
 
A
Y
 
Y
W
 
W
K
 
K
G
 
G
E
 
S
I
 
T
N
 
D
K
 
K
D
 
D
E
 
T
M
 
F
Y
 
L
R
 
K
G
 
Q
L
 
I
E
 
D
K
 
E
V
 
L
N
 
F
E
 
L
E
 
S
R
 
A
F
 
V
E
 
K
F
 
T
L
 
Q
K
 
I
K
 
D
G
 
Q
D
 
Q
L
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
V
N
 
S
D
 
D
F
 
F
S
 
T
V
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
F
 
H
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
T
S
 
A
T
 
V
M
 
S
I
 
F
D
 
N
I
 
W
I
 
I
P
 
P
D
 
K
R
 
R
F
 
F
R
 
R
N
 
H
I
 
L
Q
 
T
D
 
D
D
 
A
T
 
T
D
 
D
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
A
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
I
E
 
K
S
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
S
C
 
S
E
 
E
M
 
M
T
 
T
K
 
K
W
 
W
F
 
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
Y
-
 
D
-
 
E
T
 
S
G
 
I
N
 
E
F
 
F
R
 
R
L
 
L
I
 
T
K
 
R
N
 
N
R
 
K
P
 
Q
L
 
L
D
 
E
S
 
D
Y
 
Y
R
 
R
W
 
R
A
 
I
K
 
K
-
 
Q
E
 
E
R
 
Y
G
 
G
I
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
K
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
T
 
T
Y
 
F
V
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
K
 
K
V
 
G
Y
 
Y
E
 
E
R
 
P
Q
 
S
E
 
E
G
 
A
S
 
K
L
 
A
L
 
I
M
 
Q
N
 
K
M
 
-
I
 
-
R
 
-
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
S
 
-
E
 
-
K
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
M
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
R
L
 
L
A
 
V
K
 
P
V
 
L
Y
 
Y
N
 
V
E
 
Q
I
 
L
L
 
L
K
 
K
E
 
E
L
 
L
Q
 
E
S
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
W
V
 
V
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
T
D
 
-
I
 
A
T
 
S
D
 
S
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
R
T
 
G
L
 
A
L
 
K
E
 
E
A
 
L
Y
 
F
R
 
E
I
 
S
L
 
I
T
 
T
D
 
S
G
 
E
I
 
L
D
 
S
K
 
S
T
 
L
E
 
N
I
 
V
H
 
L
L
 
L
H
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
L
 
V
D
 
D
N
 
A
F
 
Y
E
 
E
K
 
E
I
 
L
V
 
I
F
 
-
S
 
S
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
T
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
V
 
V
V
 
H
N
 
D
D
 
K
-
 
G
E
 
R
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
R
 
T
Y
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
P
D
 
T
D
 
D
K
 
K
K
 
V
L
 
L
I
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
D
G
 
G
R
 
R
D
 
N
P
 
I
W
 
W
K
 
K
T
 
A
D
 
D
Y
 
L
R
 
E
K
 
E
V
 
R
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
L
 
V
E
 
L
T
 
D
I
 
I
G
 
L
R
 
S
H
 
I
V
 
A
S
 
K
E
 
V
D
 
D
R
 
E
L
 
L
I
 
W
I
 
I
S
 
Q
N
 
P
G
 
S
S
 
S
P
 
S
L
 
L
F
 
L
H
 
H
L
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
K
E
 
H
S
 
P
E
 
D
K
 
E
G
 
-
F
 
H
L
 
L
D
 
E
E
 
K
N
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
N
M
 
G
L
 
L
S
 
S
F
 
Y
A
 
A
S
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
T
I
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
G
I
 
L
N
 
V
E
 
S
G
 
G
K
 
K
E
 
A
V
 
A
P
 
I
D
 
S
Q
 
E
N
 
E
I
 
I
E
 
Q
E
 
Q
I
 
A
R
 
K
S
 
A
-
 
D
-
 
I
-
 
Q
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
Q
-
 
F
-
 
A
I
 
T
F
 
G
I
 
A
N
 
N
E
 
S
D
 
E
V
 
Q
K
 
K
R
 
K
S
 
E
V
 
L
K
 
E
E
 
Q
I
 
L
E
 
T
S
 
D
I
 
K
E
 
D
I
 
F
R
 
K
R
 
R
K
 
P
D
 
I
D
 
P
F
 
F
R
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
L
R
 
A
S
 
L
Q
 
Q
M
 
N
E
 
E
L
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
K
 
L
F
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
I
G
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
T
 
S
K
 
A
E
 
E
V
 
V
R
 
R
Q
 
S
V
 
A
R
 
R
A
 
Q
K
 
K
F
 
W
R
 
R
R
 
K
G
 
A
E
 
E
I
 
W
T
 
S
E
 
D
A
 
E
E
 
Q
Y
 
Y
E
 
Q
S
 
N
F
 
F
I
 
I
K
 
N
D
 
A
Q
 
E
I
 
T
K
 
K
K
 
R
A
 
W
V
 
I
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
L
G
 
E
L
 
L
D
 
D
V
 
V
F
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
E
R
 
R
T
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
E
 
E
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
K
 
K
M
 
L
E
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
F
T
 
T
K
 
K
N
 
Y
G
 
A
W
 
W
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
R
 
R
C
 
C
V
 
V
R
 
R
P
 
P
P
 
P
I
 
V
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
V
 
V
S
 
E
R
 
F
P
 
I
E
 
E
S
 
P
M
 
M
T
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
D
I
 
T
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
S
K
 
K
P
 
H
V
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
I
 
I
L
 
L
N
 
N
W
 
W
S
 
S
F
 
F
Y
 
P
R
 
R
K
 
N
D
 
D
I
 
I
P
 
S
K
 
R
K
 
K
E
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
A
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
I
 
I
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
L
K
 
K
K
 
T
R
 
R
K
 
D
Q
 
W
E
 
D
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
R
 
T
W
 
W
A
 
A
V
 
A
K
 
E
A
 
A
F
 
F
R
 
R
L
 
L
T
 
T
N
 
T
H
 
S
T
 
S
V
 
V
K
 
K
K
 
N
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
T
 
T
H
 
H
M
 
M
C
 
C
Y
 
Y
S
 
S
E
 
N
F
 
F
N
 
E
E
 
D
I
 
I
I
 
V
E
 
D
W
 
T
I
 
I
Y
 
N
Q
 
D
M
 
L
D
 
D
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
T
I
 
I
E
 
E
A
 
H
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
H
G
 
G
E
 
G
I
 
F
I
 
L
Q
 
D
A
 
Y
F
 
L
E
 
K
D
 
N
F
 
H
N
 
P
Y
 
Y
D
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
H
 
H
S
 
S
P
 
P
R
 
R
I
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
T
E
 
E
E
 
E
M
 
M
L
 
Y
E
 
N
I
 
I
A
 
I
E
 
V
R
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
A
V
 
V
T
x
C
D
 
P
K
 
T
N
 
D
L
 
R
I
 
F
W
 
W
I
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
D
C
 
C
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
D
 
Q
W
 
Q
K
 
E
E
 
E
T
 
T
I
 
V
P
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
E
V
 
A
A
 
A
Q
 
K
I
 
Q
L
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Q8CWX6 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-independent methionine synthase; Methionine synthase, vitamin-B12 independent isozyme; EC 2.1.1.14 from Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (see paper)
47% identity, 99% coverage: 4:763/768 of query aligns to 3:744/745 of Q8CWX6

query
sites
Q8CWX6
K
 
K
T
 
V
T
 
S
A
 
S
F
 
L
G
 
G
F
 
Y
P
 
P
K
 
R
I
 
L
G
 
G
K
 
E
N
 
N
R
 
R
E
 
E
L
 
W
K
 
K
K
 
K
Y
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
A
Y
 
Y
W
 
W
K
 
A
G
 
G
E
 
K
I
 
V
N
 
S
K
 
K
D
 
N
E
 
D
M
 
L
Y
 
F
R
 
A
G
 
G
L
 
-
E
 
-
K
 
-
V
 
A
N
 
K
E
 
E
E
 
L
R
 
R
F
 
L
E
 
D
F
 
F
L
 
L
K
 
K
K
 
K
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
G
 
A
D
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
V
N
 
G
D
 
D
F
 
F
S
 
S
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
F
 
H
I
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
L
S
 
S
T
 
V
M
 
Q
I
 
F
D
 
N
I
 
I
I
 
I
P
 
P
D
 
K
R
 
R
F
 
F
R
 
A
N
 
K
I
 
E
Q
 
P
D
 
I
D
 
D
T
 
I
D
 
D
R
 
L
Y
 
Y
F
 
F
A
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
N
E
 
K
S
 
E
A
 
N
I
 
V
A
 
A
C
 
S
E
 
S
M
 
M
T
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
H
 
H
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
W
T
 
S
G
 
K
N
 
Q
F
 
R
-
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
N
K
 
N
N
 
N
R
 
R
P
 
L
L
 
L
D
 
D
S
 
L
Y
 
Y
R
 
L
W
 
E
A
 
A
K
 
R
E
 
E
R
 
V
-
 
V
G
 
G
I
 
D
E
 
K
T
 
A
K
 
K
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
I
T
 
T
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
A
L
 
L
G
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
M
 
-
N
 
-
M
 
-
I
 
-
R
 
-
S
 
S
Y
 
T
D
 
G
S
 
V
E
 
E
K
 
D
F
 
F
R
 
T
P
 
A
M
 
A
V
 
V
L
 
K
S
 
S
L
 
L
A
 
L
K
 
P
V
 
L
Y
 
Y
N