SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012706828.1 NCBI__GCF_000018545.1:WP_012706828.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4wzzA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentas (cphy_0583, target efi- 511148) with bound l-rhamnose
36% identity, 93% coverage: 23:329/329 of query aligns to 1:321/321 of 4wzzA

query
sites
4wzzA
H
 
Y
A
 
A
E
 
T
N
 
T
K
 
A
K
 
T
I
 
Y
A
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
K
|
K
A
 
S
L
 
A
G
 
G
I
x
N
G
 
P
F
x
Y
F
 
N
E
 
Q
A
 
K
A
 
E
N
 
S
K
 
E
G
 
G
A
 
Y
Q
 
K
E
 
Q
A
 
V
A
 
I
K
 
E
E
 
A
L
 
N
G
 
G
D
 
G
V
 
K
E
 
C
I
 
V
I
 
I
Y
 
Q
T
 
E
G
 
-
P
 
P
T
 
K
S
 
S
T
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
G
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
T
V
 
C
I
 
I
N
 
N
S
 
N
L
 
A
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
C
I
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
N
 
N
D
 
D
T
 
T
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
T
K
 
E
A
 
A
M
 
K
D
 
N
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
H
V
 
V
I
 
L
S
 
S
W
 
L
D
|
D
S
 
S
G
 
A
V
 
T
A
 
N
K
 
A
E
 
N
G
 
S
R
 
R
L
 
K
M
 
V
H
 
F
L
 
V
N
 
N
P
 
Q
S
 
A
S
 
G
S
 
T
P
 
T
L
 
Q
I
 
I
G
 
A
N
 
Q
M
 
A
I
 
L
I
 
M
K
 
D
L
 
A
A
 
I
A
 
L
D
 
D
N
 
I
L
 
S
P
 
G
E
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
W
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
S
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
A
T
 
T
N
|
N
Q
 
Q
N
 
N
T
 
A
W
 
W
I
 
I
A
 
D
E
 
G
M
 
M
K
 
K
K
 
T
V
 
V
Q
 
M
V
 
Q
N
 
D
-
 
S
-
 
K
Y
 
Y
K
 
S
G
 
K
I
 
L
N
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
G
T
 
V
V
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
D
|
D
L
 
E
A
 
Y
D
 
Q
K
 
A
S
 
S
Y
 
C
R
 
D
E
 
Q
T
 
T
Q
 
E
G
 
A
L
 
I
I
 
L
Q
 
A
S
 
A
H
 
D
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
V
I
 
I
I
 
C
A
 
A
P
 
P
T
|
T
S
x
T
I
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
V
V
 
L
T
 
Q
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
L
I
 
S
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
K
V
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
M
 
M
A
 
A
G
 
D
H
 
Y
V
 
I
K
 
G
S
 
D
G
 
D
A
 
D
S
 
Q
K
 
H
S
 
S
F
 
C
A
 
P
-
 
Y
-
 
M
-
 
F
I
 
L
W
|
W
N
 
N
P
 
P
I
 
I
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
N
S
 
L
A
 
A
T
 
A
M
 
Y
I
 
A
A
 
S
Y
 
I
D
 
S
I
 
L
I
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
T
-
 
I
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
D
E
 
Q
A
 
S
K
 
F
P
 
T
G
 
V
A
 
P
E
 
D
L
 
K
K
 
T
M
 
L
G
 
G
R
 
D
M
 
N
G
 
G
T
 
S
V
 
Y
K
 
K
L
 
I
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
A
D
 
D
D
 
G
N
 
G
N
 
T
E
 
E
G
 
I
A
 
I
M
 
L
A
 
G
D
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
K
Y
 
F
D
 
E
A
 
P
S
 
S
N
 
N
V
 
I
E
 
A
E
 
E
F
 
W
A
 
A
K
 
K
I
 
V
F
 
Y

1tjyA Crystal structure of salmonella typhimurium ai-2 receptor lsrb in complex with r-thmf (see paper)
35% identity, 86% coverage: 27:308/329 of query aligns to 4:285/316 of 1tjyA

query
sites
1tjyA
K
 
E
K
 
R
I
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
V
 
P
K
|
K
A
 
L
L
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
E
 
T
A
 
S
A
 
G
N
 
G
K
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
I
E
 
D
I
 
V
I
 
T
Y
 
Y
T
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
S
 
E
T
 
P
T
 
S
A
 
V
E
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
L
I
 
V
N
 
N
S
 
N
L
 
F
I
 
V
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
I
V
 
V
S
 
S
A
 
A
N
 
V
D
 
S
T
 
P
D
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
I
 
L
S
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
T
A
 
K
K
 
P
E
 
E
G
 
C
R
 
R
L
 
S
M
 
Y
H
 
Y
L
 
I
N
 
N
P
 
Q
S
 
G
S
 
T
S
 
P
P
 
K
L
 
Q
I
 
L
G
 
G
N
 
S
M
 
M
I
 
L
I
 
V
K
 
E
L
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
H
N
 
Q
L
 
V
-
 
D
P
 
K
E
 
E
G
 
K
G
 
A
D
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
S
 
S
A
 
P
T
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
A
 
K
E
 
E
M
 
A
K
 
K
-
 
A
K
 
K
V
 
I
Q
 
S
V
 
Q
N
 
E
Y
 
H
K
 
P
G
 
G
I
 
W
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
V
 
Q
Y
 
F
G
 
G
D
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
A
D
 
T
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
R
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
I
I
 
I
Q
 
K
S
 
A
H
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
S
x
A
I
 
N
G
 
A
I
 
L
V
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
T
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
-
K
 
K
I
 
R
G
 
N
Q
 
N
I
 
L
N
 
A
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
L
 
T
P
 
P
S
 
N
E
 
V
M
 
M
A
 
R
G
 
P
H
 
Y
V
 
V
K
 
Q
S
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
V
K
 
K
S
 
E
F
 
F
A
 
G
I
 
L
W
|
W
N
 
D
P
 
V
I
 
V
D
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
S
 
I
A
 
S
T
 
V
M
 
Y
I
 
V
A
 
A
Y
 
N
D
 
A
I
 
L
I
 
L
N
 
K
G
 
N
A
 
M
E
 
P
A
 
M
K
 
N
P
 
V
G
 
G
A
 
D
E
 
S
L
 
L
K
 
D
M
 
I
G
 
P
R
 
G
M
 
I
G
 
G
T
 
K
V
 
V
K
 
T
L
 
V
D
 
S
D
 
P
N
 
N
N
 
S
E
 
E

3t95A Crystal structure of lsrb from yersinia pestis complexed with autoinducer-2 (see paper)
34% identity, 85% coverage: 27:306/329 of query aligns to 2:281/314 of 3t95A

query
sites
3t95A
K
 
E
K
 
R
I
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
V
 
P
K
|
K
A
 
L
L
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
E
 
T
A
 
S
A
 
G
N
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
E
 
D
A
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
D
I
 
V
I
 
T
Y
 
Y
T
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
S
 
E
T
 
P
T
 
S
A
 
V
E
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
L
I
 
I
N
 
N
S
 
N
L
 
F
I
 
V
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
Y
D
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
V
V
 
V
S
 
S
A
 
A
N
 
V
D
 
S
T
 
P
D
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
I
 
L
S
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
T
A
 
K
K
 
P
E
 
E
G
 
C
R
 
R
L
 
S
M
 
V
H
 
Y
L
 
I
N
 
N
P
 
Q
S
 
G
S
 
T
S
 
P
P
 
N
L
 
Q
I
 
L
G
 
G
N
 
S
M
 
M
I
 
L
I
 
V
K
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
N
N
 
Q
L
 
V
-
 
K
P
 
K
E
 
E
G
 
Q
G
 
A
D
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
S
 
S
A
 
P
T
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
A
 
N
E
 
E
-
 
A
M
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
I
Q
 
Q
V
 
Q
N
 
E
Y
 
H
K
 
P
G
 
G
I
 
W
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
V
 
Q
Y
 
F
G
 
G
D
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
A
D
 
T
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
R
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
I
I
 
L
Q
 
K
S
 
A
H
 
Y
P
 
A
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
S
x
A
I
 
N
G
 
A
I
 
L
V
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
T
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
-
K
 
K
I
 
R
G
 
A
Q
 
N
I
 
V
N
 
A
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
L
 
T
P
 
P
S
 
N
E
 
V
M
 
M
A
 
R
G
 
P
H
 
Y
V
 
V
K
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
V
K
 
K
S
 
E
F
 
F
A
 
G
I
 
L
W
|
W
N
 
D
P
 
V
I
 
V
D
 
N
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
S
 
I
A
 
S
T
 
V
M
 
Y
I
 
V
A
 
A
Y
 
N
D
 
E
I
 
M
I
 
L
N
 
K
G
 
K
A
 
G
E
 
D
A
 
L
K
 
N
P
 
V
G
 
G
A
 
D
E
 
K
L
 
I
K
 
D
M
 
I
G
 
P
R
 
N
M
 
I
G
 
G
T
 
V
V
 
V
K
 
E
L
 
V
D
 
S
D
 
P
N
 
N

4pz0A The crystal structure of a solute binding protein from bacillus anthracis str. Ames in complex with quorum-sensing signal autoinducer-2 (ai-2)
30% identity, 88% coverage: 20:307/329 of query aligns to 1:289/321 of 4pz0A

query
sites
4pz0A
N
 
D
A
 
K
A
 
K
H
 
K
A
 
A
E
 
D
N
 
D
K
 
V
K
 
K
I
 
F
A
 
A
L
 
F
V
 
I
V
 
P
K
|
K
A
 
L
L
 
T
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
|
F
F
 
F
E
 
T
A
 
S
A
 
G
N
 
G
K
 
E
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
E
 
E
A
 
M
A
 
G
K
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
Q
I
 
V
I
 
K
Y
 
Y
T
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
S
S
 
E
T
 
A
T
 
S
A
 
V
E
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
E
 
K
V
 
Y
I
 
I
N
 
N
S
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
K
 
N
V
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
L
A
 
M
V
 
V
S
 
S
A
 
S
N
 
T
D
 
S
T
 
V
D
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
S
P
 
Q
A
 
S
L
 
L
K
 
Q
K
 
R
A
 
A
M
 
K
D
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
L
S
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
V
A
 
N
K
 
P
E
 
K
G
 
D
R
 
R
L
 
S
M
 
F
H
 
Y
L
 
I
N
 
S
P
 
Q
S
 
G
S
 
T
S
 
P
P
 
D
L
 
Q
I
 
L
G
 
A
N
 
N
M
 
L
I
 
L
I
 
I
K
 
E
L
 
M
A
 
T
A
 
S
D
 
K
N
 
Q
L
 
I
P
 
G
E
 
D
G
 
K
G
 
G
D
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
S
 
S
A
 
P
T
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
A
 
T
E
 
K
M
 
A
K
 
K
K
 
E
-
 
I
V
 
I
Q
 
K
V
 
E
N
 
K
Y
 
Y
K
 
P
G
 
N
I
 
W
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
V
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
D
 
E
D
 
N
L
 
N
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
R
 
S
E
 
V
T
 
G
Q
 
E
G
 
N
L
 
I
I
 
L
Q
 
K
S
 
T
H
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
A
I
 
V
I
 
I
A
 
C
P
|
P
T
x
D
S
x
A
I
 
T
G
 
A
I
 
L
V
 
P
A
 
A
A
 
M
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
T
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
K
K
 
M
I
 
D
G
 
K
Q
 
K
I
 
V
N
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
S
L
 
T
P
 
P
S
 
N
E
 
V
M
 
M
A
 
R
G
 
D
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
S
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
V
K
 
Q
S
 
Q
F
 
F
A
 
G
I
 
L
W
|
W
N
 
D
P
 
V
I
 
K
D
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
A
S
 
L
A
 
A
T
 
T
M
 
Y
I
 
V
A
 
A
Y
 
N
D
 
E
I
 
I
-
 
V
I
 
V
N
 
K
G
 
G
A
 
K
E
 
K
A
 
L
K
 
K
P
 
V
G
 
G
A
 
D
E
 
S
L
 
F
K
 
E
M
 
V
G
 
K
R
 
G
M
 
I
G
 
G
T
 
K
V
 
V
K
 
K
L
 
V
D
 
E
D
 
P
N
 
N
N
 
S

3ejwA Crystal structure of the sinorhizobium meliloti ai-2 receptor, smlsrb (see paper)
32% identity, 85% coverage: 28:306/329 of query aligns to 3:282/315 of 3ejwA

query
sites
3ejwA
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
V
 
P
K
|
K
A
 
L
L
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
E
 
T
A
 
S
A
 
G
N
 
G
K
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
G
K
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
G
D
 
-
V
 
A
E
 
K
I
 
V
I
 
T
Y
 
Y
T
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
S
 
E
T
 
P
T
 
S
A
 
V
E
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
F
I
 
I
N
 
N
S
 
N
L
 
F
I
 
V
A
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
Y
D
 
N
A
 
A
I
 
L
A
 
I
V
 
V
S
 
S
A
 
S
N
 
V
D
 
S
T
 
P
D
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
L
V
 
V
I
 
M
S
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
V
A
 
N
K
 
P
E
 
D
G
 
C
R
 
R
L
 
S
M
 
Y
H
 
Y
L
 
I
N
 
N
P
 
Q
S
 
G
S
 
T
S
 
P
P
 
E
L
 
Q
I
 
L
G
 
G
N
 
G
M
 
L
I
 
L
I
 
V
K
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
E
N
 
G
L
 
V
-
 
K
P
 
K
E
 
E
G
 
K
G
 
A
D
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
S
 
S
A
 
P
T
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
-
 
A
T
x
W
W
 
A
I
 
E
A
 
A
E
 
A
M
 
K
K
 
A
K
 
K
V
 
I
Q
 
A
V
 
K
N
 
E
Y
 
H
K
 
P
G
 
G
I
 
W
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
V
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
D
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
A
D
 
Q
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
R
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
S
L
 
I
I
 
L
Q
 
Q
S
 
T
H
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
S
x
A
I
 
N
G
 
A
I
 
L
V
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
T
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
K
K
 
R
I
 
A
G
 
E
Q
 
G
I
 
V
N
 
T
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
L
 
T
P
 
P
S
 
N
E
 
V
M
 
M
A
 
R
G
 
P
H
 
Y
V
 
I
K
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
I
K
 
Q
S
 
R
F
 
F
A
 
G
I
 
L
W
|
W
N
 
D
P
 
V
I
 
T
D
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
S
 
I
A
 
S
T
 
V
M
 
F
I
 
V
A
 
A
Y
 
D
D
 
H
I
 
V
I
 
L
N
 
K
G
 
N
A
 
G
E
 
P
A
 
M
K
 
K
P
 
V
G
 
G
A
 
E
E
 
K
L
 
L
K
 
E
M
 
I
G
 
P
R
 
G
M
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
V
D
 
S
D
 
A
N
 
N

6dspA Lsrb from clostridium saccharobutylicum in complex with ai-2 (see paper)
28% identity, 84% coverage: 29:303/329 of query aligns to 3:288/326 of 6dspA

query
sites
6dspA
I
 
V
A
 
T
L
 
F
V
 
I
V
 
P
K
|
K
A
 
L
L
 
T
G
 
G
I
 
N
G
 
A
F
|
F
F
|
F
E
 
E
A
 
S
A
 
A
N
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
A
 
Y
A
 
S
K
 
E
E
 
Q
L
 
W
G
 
G
D
 
-
V
 
F
E
 
K
I
 
V
I
 
D
Y
 
Y
T
 
E
G
 
G
P
 
D
T
 
A
S
 
N
T
 
A
T
 
S
A
 
A
E
 
A
G
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
S
V
 
V
I
 
I
N
 
N
S
 
K
L
 
A
I
 
V
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
V
 
T
D
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
C
V
 
L
S
 
S
A
 
S
N
 
V
D
 
D
T
 
A
D
 
A
A
 
G
L
 
V
V
 
K
P
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
A
M
 
A
D
 
D
R
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
T
V
 
V
I
 
T
S
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
V
A
 
D
K
 
P
E
 
S
G
 
V
R
 
R
L
 
K
M
 
V
H
 
M
L
 
V
N
 
S
P
 
Q
S
 
G
S
 
T
S
 
P
P
 
E
L
 
Q
I
 
L
G
 
G
N
 
Q
M
 
M
I
 
L
I
 
V
K
 
Q
L
 
M
A
 
G
A
 
Y
D
 
D
N
 
S
L
 
L
P
 
K
E
 
E
G
 
R
G
 
G
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
I
D
 
K
V
 
Y
A
 
C
V
 
W
L
 
H
S
 
Y
A
 
S
S
 
N
A
 
A
T
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
S
W
|
W
I
 
Q
A
 
V
E
 
E
M
 
G
K
 
E
K
 
K
-
 
Y
V
 
I
Q
 
K
V
 
S
N
 
K
Y
 
Y
K
 
P
G
 
N
I
 
W
N
 
Q
V
 
N
V
 
V
A
 
A
-
 
P
-
 
D
T
 
N
V
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
D
 
N
D
 
Q
L
 
D
A
 
A
D
 
E
K
 
Q
S
 
A
Y
 
I
R
 
S
E
 
V
T
 
G
Q
 
E
G
 
S
L
 
I
I
 
L
Q
 
S
S
 
A
H
 
H
P
 
S
N
 
D
L
 
I
K
 
D
A
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
C
P
 
N
T
x
D
S
|
S
I
 
T
G
 
A
I
 
L
V
 
P
A
 
G
A
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
T
 
Q
D
 
N
A
 
K
G
 
G
K
 
L
I
 
T
G
 
A
Q
 
K
-
 
N
I
 
V
N
 
T
V
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
A
L
 
S
P
 
P
S
 
N
E
 
S
M
 
M
A
 
K
G
 
Q
H
 
Y
V
 
C
K
 
N
S
 
D
G
 
G
A
 
I
S
 
L
K
 
T
S
 
R
F
 
W
A
 
G
I
 
L
W
|
W
N
 
D
P
 
C
I
 
G
D
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
A
S
 
M
A
 
G
T
 
C
M
 
Y
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
D
 
Y
I
 
I
I
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
N
E
 
S
A
 
V
K
 
K
P
 
V
G
 
G
A
 
D
E
 
K
L
 
I
K
 
E
M
 
I
G
 
P
R
 
T
M
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
V

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
30% identity, 78% coverage: 32:289/329 of query aligns to 11:269/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
V
 
V
V
 
I
K
 
P
A
x
K
L
 
V
G
 
A
I
 
V
G
 
P
F
|
F
F
 
F
E
 
D
A
 
D
A
 
C
N
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
K
I
 
Y
I
 
Q
Y
 
W
T
 
V
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
S
 
N
T
 
T
T
 
Q
A
 
G
E
 
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
V
E
 
Q
V
 
I
I
 
I
N
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
K
 
H
V
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
S
A
 
V
N
 
N
D
 
E
T
 
P
D
 
K
A
 
S
L
 
V
V
 
E
P
 
S
A
 
V
L
 
M
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
E
D
 
Q
R
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
T
W
 
Y
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
S
A
 
P
K
 
K
E
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
S
M
 
M
H
 
Y
L
 
I
N
 
G
P
 
-
S
 
T
S
 
N
S
 
N
P
 
E
L
 
Q
I
 
A
G
 
G
N
 
A
M
 
T
I
 
M
I
 
A
K
 
E
L
 
T
A
 
M
A
 
G
D
 
K
N
 
A
L
 
L
P
 
N
E
 
G
G
 
Q
G
 
G
D
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
S
 
Q
A
 
L
T
 
G
A
 
A
T
 
V
N
|
N
Q
 
L
N
 
N
T
 
E
W
x
R
I
 
I
A
 
A
E
 
G
M
 
I
K
 
K
K
 
K
V
 
G
Q
 
L
V
 
A
N
 
K
Y
 
Y
K
 
P
G
 
G
I
 
I
N
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
E
T
 
T
V
 
Q
Y
 
G
G
 
T
D
 
D
D
 
D
L
 
D
A
 
L
D
 
A
K
 
R
S
 
G
Y
 
V
R
 
S
E
 
V
T
 
V
Q
 
E
G
 
T
L
 
T
I
 
L
Q
 
R
S
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
S
S
x
Q
I
 
V
G
 
G
I
 
G
V
 
P
A
 
A
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
V
V
 
L
T
 
N
-
 
T
-
 
R
D
 
E
A
 
F
G
 
G
K
 
A
I
 
M
-
 
K
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
N
 
E
V
 
V
T
 
L
G
 
A
L
 
F
-
x
D
G
 
D
L
 
L
P
 
P
S
 
D
E
 
T
M
 
L
A
 
K
G
 
G
H
 
-
V
 
L
K
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
Y
S
 
I
K
 
Q
S
 
G
F
 
I
A
 
M
I
 
V
W
x
Q
N
 
R
P
 
P
I
 
V
D
 
T
L
 
M
G
 
G
Y
 
S
S
 
L
A
 
A
T
 
V
M
 
D
I
 
H
A
 
L
Y
 
V
D
 
A
I
 
Q
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
A
 
G
K
 
Q
P
 
P

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
24% identity, 73% coverage: 40:279/329 of query aligns to 14:250/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
F
 
Y
F
 
W
E
 
S
A
 
Q
A
 
V
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
D
I
 
T
I
 
K
Y
 
F
T
 
F
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
S
 
K
T
 
E
T
 
D
A
 
I
E
 
N
G
 
A
Q
 
Q
I
 
L
E
 
Q
V
 
M
I
 
L
N
 
E
S
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
N
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
T
 
P
D
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
T
W
 
L
D
|
D
S
 
T
G
 
D
V
 
S
A
 
P
K
 
D
E
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
M
 
V
H
 
Y
L
 
I
N
 
G
P
 
T
S
 
D
S
 
N
-
 
Y
-
 
Q
S
 
A
P
 
G
L
 
Y
I
 
T
G
 
A
N
 
G
M
 
L
I
 
I
I
 
M
K
 
K
L
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
E
N
 
L
L
 
L
P
 
G
E
 
G
G
 
K
G
 
G
D
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
I
L
 
G
S
 
T
A
 
G
S
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
M
N
|
N
Q
 
S
N
 
L
T
 
Q
W
x
R
I
 
I
A
 
Q
E
 
G
M
 
F
K
 
K
K
 
D
V
 
A
Q
 
-
V
 
I
N
 
K
Y
 
D
K
 
S
G
 
E
I
 
I
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
D
T
 
I
V
 
L
Y
 
N
G
 
D
D
 
E
D
x
E
L
 
D
A
 
G
D
 
A
K
 
R
S
 
A
Y
 
V
R
 
S
E
 
L
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
L
 
A
I
 
L
Q
 
N
S
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
F
I
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
Y
S
x
A
I
 
Y
G
 
N
I
 
G
V
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
L
A
 
V
V
 
V
T
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
V
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
C
L
 
F
G
x
D
L
 
T
P
 
T
S
 
P
E
 
D
M
 
I
A
 
L
G
 
Q
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
V
S
 
I
K
 
Q
S
 
A
F
 
T
A
 
M
I
 
G
W
x
Q
N
 
R
P
 
P
I
 
Y
D
 
M
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
L
A
 
S
T
 
V
M
 
T
I
 
V
A
 
L
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
24% identity, 73% coverage: 40:279/329 of query aligns to 14:250/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
F
 
Y
F
x
W
E
 
S
A
 
Q
A
 
V
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
D
I
 
T
I
 
K
Y
 
F
T
 
F
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
S
 
K
T
 
C
T
 
D
A
 
I
E
 
N
G
 
A
Q
 
Q
I
 
L
E
 
Q
V
 
M
I
 
L
N
 
E
S
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
N
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
T
 
P
D
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
E
R
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
T
W
 
L
D
|
D
S
 
T
G
 
D
V
 
S
A
 
P
K
 
D
E
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
M
 
V
H
 
Y
L
 
I
N
 
G
P
 
T
S
 
D
S
 
N
-
 
Y
-
 
Q
S
 
A
P
 
G
L
 
Y
I
 
T
G
 
A
N
 
G
M
 
L
I
 
I
I
 
M
K
 
K
L
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
E
N
 
L
L
 
L
P
 
G
E
 
G
G
 
K
G
 
G
D
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
I
L
 
G
S
 
T
A
 
G
S
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
M
N
|
N
Q
 
S
N
 
L
T
 
Q
W
x
R
I
 
I
A
 
Q
E
 
G
M
 
F
K
 
K
K
 
D
V
 
A
Q
 
-
V
 
I
N
 
K
Y
 
D
K
 
S
G
 
E
I
 
I
N
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
D
T
 
I
V
 
L
Y
 
N
G
 
D
D
 
C
D
x
E
L
 
D
A
 
G
D
 
A
K
 
R
S
 
A
Y
 
V
R
 
S
E
 
L
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
L
 
A
I
 
L
Q
 
N
S
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
F
I
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
Y
S
x
A
I
 
Y
G
 
N
I
 
G
V
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
L
A
 
V
V
 
V
T
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
V
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
C
L
 
F
G
x
D
L
 
T
P
 
T
S
 
P
E
 
D
M
 
I
A
 
L
G
 
Q
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
V
S
 
I
K
 
Q
S
 
A
F
 
T
A
 
M
I
 
G
W
x
Q
N
 
R
P
 
P
I
 
Y
D
 
M
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
L
A
 
S
T
 
V
M
 
T
I
 
V
A
 
L
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
22% identity, 78% coverage: 31:286/329 of query aligns to 6:259/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
L
 
L
V
 
V
V
 
P
K
x
E
A
 
E
L
 
L
G
 
D
I
x
N
G
 
D
F
x
Y
F
 
W
E
 
R
A
 
L
A
 
V
N
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
E
Y
 
Y
T
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
R
S
 
Q
T
 
A
T
 
N
A
 
I
E
 
D
G
 
E
Q
 
H
I
 
L
E
 
R
V
 
I
I
 
L
N
 
K
S
 
K
L
 
A
I
 
A
A
 
A
Q
 
A
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
T
S
 
Q
A
 
G
N
 
L
D
 
T
T
 
E
D
 
A
A
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
M
 
T
D
 
D
R
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
T
W
 
I
D
|
D
S
 
T
G
 
D
V
 
A
A
 
P
K
 
T
E
 
S
G
 
R
R
 
R
L
 
V
M
 
A
H
 
Y
L
 
V
N
 
G
P
 
-
S
 
T
S
 
D
S
 
N
P
 
Y
L
 
Y
I
 
A
G
 
G
N
 
F
M
 
L
I
 
A
I
 
G
K
 
R
L
 
A
A
 
L
A
 
A
D
 
E
N
 
D
L
 
T
P
 
K
E
 
G
G
 
K
G
 
A
D
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
S
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
A
N
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
L
W
x
R
I
 
V
A
 
R
E
 
G
M
 
F
K
 
E
K
 
D
V
 
A
Q
 
V
V
 
R
N
 
Q
Y
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
I
N
 
R
V
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
S
-
 
H
V
x
I
Y
 
T
G
 
R
D
 
V
D
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
E
K
 
K
S
 
A
Y
 
Y
R
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
G
 
T
L
 
I
I
 
L
Q
 
K
S
 
K
H
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
N
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
G
P
 
T
T
x
S
S
x
A
I
 
L
G
 
D
I
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
V
V
 
V
T
 
E
D
 
Q
A
 
F
G
 
H
K
 
R
I
 
E
G
 
Q
Q
 
K
I
 
T
N
 
Y
V
 
I
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
L
 
T
P
 
L
S
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
I
G
 
R
H
 
Y
V
 
L
K
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
T
S
 
I
K
 
A
S
 
A
F
 
T
A
 
V
I
 
V
W
x
Q
N
 
E
P
 
P
I
 
Y
D
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
A
 
A
T
 
V
M
 
K
I
 
M
A
 
M
Y
 
A
D
 
E
I
 
I
I
 
V
N
 
A
G
 
G
A
 
K
E
 
D

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
22% identity, 80% coverage: 25:286/329 of query aligns to 5:264/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
E
 
E
N
 
A
K
 
Y
K
 
H
I
 
F
A
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
P
K
x
E
A
 
E
L
 
L
G
 
D
I
x
N
G
 
D
F
x
Y
F
x
W
E
 
R
A
 
L
A
 
V
N
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
E
Y
 
Y
T
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
R
S
 
Q
T
 
A
T
 
N
A
 
I
E
 
D
G
 
E
Q
 
H
I
 
L
E
 
R
V
 
I
I
 
L
N
 
K
S
 
K
L
 
A
I
 
A
A
 
A
Q
 
A
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
T
S
 
Q
A
 
G
N
 
L
D
 
T
T
 
E
D
 
A
A
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
M
 
T
D
 
D
R
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
T
W
 
I
D
|
D
S
 
T
G
 
D
V
 
A
A
 
P
K
 
T
E
 
S
G
 
R
R
 
R
L
 
V
M
 
A
H
 
Y
L
 
V
N
 
G
P
 
-
S
 
T
S
 
D
S
 
N
P
 
Y
L
 
Y
I
 
A
G
 
G
N
 
F
M
 
L
I
 
A
I
 
G
K
 
R
L
 
A
A
 
L
A
 
A
D
 
E
N
 
D
L
 
T
P
 
K
E
 
G
G
 
K
G
 
A
D
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
S
 
S
A
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
A
N
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
L
W
x
R
I
 
V
A
 
R
E
 
G
M
 
F
K
 
E
K
 
D
V
 
A
Q
 
V
V
 
R
N
 
Q
Y
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
I
N
 
R
V
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
S
-
 
H
V
x
I
Y
 
T
G
 
R
D
 
V
D
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
E
K
 
K
S
 
A
Y
 
Y
R
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
G
 
T
L
 
I
I
 
L
Q
 
K
S
 
K
H
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
N
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
G
P
 
T
T
x
S
S
x
A
I
 
L
G
 
D
I
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
V
V
 
V
T
 
E
D
 
Q
A
 
F
G
 
H
K
 
R
I
 
E
G
 
Q
Q
 
K
I
 
T
N
 
Y
V
 
I
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
L
 
T
P
 
L
S
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
I
G
 
R
H
 
Y
V
 
L
K
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
T
S
 
I
K
 
A
S
 
A
F
 
T
A
 
V
I
 
V
W
x
Q
N
 
E
P
 
P
I
 
Y
D
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
A
 
A
T
 
V
M
 
K
I
 
M
A
 
M
Y
 
A
D
 
E
I
 
I
I
 
V
N
 
A
G
 
G
A
 
K
E
 
D

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
29% identity, 79% coverage: 25:284/329 of query aligns to 3:272/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
E
 
E
N
 
N
K
 
K
K
 
K
-
 
F
-
 
R
I
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
I
V
 
P
K
 
G
A
 
L
L
 
T
G
 
T
I
x
D
G
 
A
F
|
F
F
 
Y
E
 
I
A
 
T
A
 
M
N
 
H
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
A
L
 
I
G
 
G
D
 
A
V
 
Q
E
 
I
I
 
I
I
 
F
Y
 
Q
T
 
G
G
 
A
P
 
P
T
 
D
S
 
F
T
 
N
T
 
P
A
 
V
E
 
T
G
 
-
Q
 
Q
I
 
V
E
 
P
V
 
V
I
 
L
N
 
D
S
 
A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
P
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
V
 
I
S
 
A
A
 
P
N
 
T
D
 
D
T
 
T
D
 
T
A
 
Q
L
 
L
V
 
V
P
 
Q
A
 
P
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
A
D
 
D
R
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
M
I
 
I
S
 
T
W
 
V
D
|
D
S
 
T
G
 
F
V
 
I
A
 
G
K
 
T
E
 
G
G
 
D
R
 
Y
L
 
Q
M
 
T
H
 
G
L
 
A
N
 
G
P
 
D
S
 
G
S
 
D
S
 
F
P
 
P
L
 
L
I
 
S
G
 
-
N
 
-
M
 
-
I
 
-
I
 
-
K
 
Y
L
 
I
A
 
A
A
 
S
D
 
D
N
 
N
L
 
V
P
 
-
E
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
I
A
 
A
V
 
A
L
 
R
S
 
S
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
Y
-
 
V
-
 
S
-
 
N
-
 
V
-
 
K
-
 
P
-
 
G
A
 
V
S
 
S
A
x
T
T
 
T
A
 
D
T
 
Q
N
x
R
Q
 
E
N
 
Q
T
 
G
W
 
F
I
 
K
A
 
S
E
 
E
M
 
M
K
 
A
K
 
K
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
N
 
-
Y
 
H
K
 
P
G
 
G
I
 
I
N
 
T
V
 
V
V
 
L
A
 
E
T
 
T
V
 
Q
Y
 
F
G
 
N
D
 
D
D
 
N
L
 
D
A
 
A
D
 
N
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
R
 
S
E
 
Q
T
 
L
Q
 
Q
G
 
A
L
 
V
I
 
Y
Q
 
A
S
 
R
H
 
N
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
A
A
 
G
I
 
V
I
 
F
A
 
G
P
 
A
T
x
N
S
x
L
I
 
F
G
 
S
I
 
G
V
 
L
A
 
G
A
 
S
A
 
A
Q
 
N
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
S
G
 
G
Q
 
T
I
 
I
N
 
K
V
 
V
T
 
V
G
 
A
L
 
F
G
x
D
L
 
A
P
 
P
S
 
G
E
 
S
M
 
V
A
 
V
G
 
D
H
 
N
V
 
L
K
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
L
S
 
I
K
 
-
S
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
I
-
 
A
W
x
Q
N
 
H
P
 
P
I
 
A
D
 
E
L
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
Y
A
 
G
T
 
V
M
 
I
I
 
S
A
 
A
Y
 
Y
D
 
A
I
 
H
I
 
L
N
 
T
G
 
G

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
28% identity, 70% coverage: 28:257/329 of query aligns to 4:238/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
L
V
 
M
K
|
K
A
 
T
L
 
L
G
 
S
I
x
N
G
 
E
F
x
Y
F
 
F
E
 
I
A
 
S
A
 
M
N
 
R
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
A
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
D
D
 
I
V
 
D
E
 
L
I
 
I
I
 
V
Y
 
Q
T
 
V
G
 
A
P
 
E
T
 
K
S
 
E
T
 
D
T
 
S
A
 
T
E
 
E
G
 
Q
Q
 
L
I
 
V
E
 
G
V
 
L
I
 
V
N
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
I
V
 
V
S
 
T
A
 
P
N
 
N
D
 
D
T
 
S
D
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
M
 
E
D
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
S
 
D
W
 
L
D
|
D
S
 
V
G
 
R
V
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
A
 
A
K
 
A
E
 
E
G
 
A
R
 
A
L
 
G
M
 
L
H
 
K
L
 
F
N
 
N
P
 
Y
S
 
V
S
 
G
S
 
V
P
 
D
L
 
N
I
 
F
-
 
N
-
 
G
G
 
G
N
 
Y
M
 
L
I
 
E
I
 
A
K
 
K
L
 
N
A
 
L
A
 
A
D
 
E
N
 
A
L
 
I
P
 
G
E
 
K
G
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
E
A
 
G
S
 
I
A
 
P
T
 
G
A
 
V
T
 
D
N
|
N
Q
 
G
N
 
E
T
 
Q
W
x
R
I
 
K
A
 
G
E
 
G
M
 
A
K
 
L
K
 
K
V
 
A
Q
 
F
V
 
A
N
 
E
Y
 
Y
K
 
P
G
 
D
I
 
I
N
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
Q
Y
 
S
G
 
A
D
 
N
D
x
W
L
 
E
A
 
T
D
 
E
K
 
Q
S
 
A
Y
 
L
R
 
N
E
 
V
T
 
T
Q
 
T
G
 
N
L
 
I
I
 
L
Q
 
T
S
 
A
H
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
N
A
 
G
I
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
A
T
 
N
S
 
D
I
 
N
G
 
M
I
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
A
A
 
V
Q
 
T
A
 
A
V
 
V
T
 
E
D
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
I
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
L
V
 
V
T
 
S
G
 
G
L
 
Y
-
x
D
G
 
G
L
 
I
P
 
P
S
 
L
E
 
A
M
 
I
A
 
E
G
 
-
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
S
 
Q
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
25% identity, 74% coverage: 28:271/329 of query aligns to 2:248/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
K
 
E
I
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
I
V
 
V
K
|
K
A
 
T
L
 
V
G
 
N
I
 
S
G
 
T
F
 
F
F
x
W
E
 
Q
A
 
N
A
 
V
N
 
Q
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
E
 
A
A
 
A
A
 
I
K
 
G
E
 
K
L
 
Q
G
 
K
D
 
A
V
 
H
E
 
T
I
 
I
I
 
T
Y
 
F
T
 
Q
G
 
G
P
 
P
T
 
A
S
 
A
T
x
E
T
 
S
A
 
A
-
 
I
E
 
A
G
 
D
Q
 
Q
I
 
V
E
 
N
V
 
M
I
 
V
N
 
E
S
 
N
L
 
A
I
 
V
A
 
N
Q
 
R
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
T
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
W
D
 
E
R
 
A
G
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
I
W
 
I
D
|
D
S
 
S
G
 
M
V
 
L
A
 
S
K
 
K
E
 
D
G
 
A
R
 
E
L
 
K
M
 
Y
H
 
Y
-
 
Q
-
 
A
L
 
F
N
 
L
P
 
A
S
 
T
S
 
D
S
 
N
P
 
K
L
 
A
I
 
A
G
 
G
N
 
E
M
 
L
I
 
A
I
 
A
K
 
K
L
 
A
A
 
M
A
 
I
D
 
Q
N
 
K
L
 
V
P
 
G
E
 
T
G
 
E
G
 
G
D
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
S
 
S
A
 
Y
S
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
T
 
G
N
 
S
Q
 
E
N
 
I
T
 
G
W
x
R
I
 
V
A
 
G
E
 
G
M
 
F
K
 
T
K
 
D
-
 
Y
V
 
I
Q
x
K
V
 
A
N
 
N
Y
x
S
K
 
K
G
 
-
I
 
L
N
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
G
T
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
D
 
Q
D
 
S
L
 
Q
A
 
M
D
 
A
K
 
T
S
 
A
Y
 
L
R
x
N
E
 
Q
T
 
T
Q
 
T
G
x
D
L
 
V
I
 
L
Q
 
A
S
 
A
H
 
N
P
 
A
N
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
F
A
 
G
-
 
A
-
x
N
-
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
M
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
V
 
I
T
 
K
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
N
 
V
V
 
A
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
L
 
G
P
 
N
S
 
Q
E
 
D
M
 
L
A
 
Q
G
 
E
H
 
F
V
 
V
K
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
T
S
 
L
K
 
E
S
 
A
F
 
T
A
 
V
I
 
V
W
x
Q
N
 
G
P
 
S
I
 
Y
D
 
Q
L
 
M
G
 
G

4ry8B Crystal structure of 5-methylthioribose transporter solute binding protein tlet_1677 from thermotoga lettingae tmo target efi-511109 in complex with 5-methylthioribose
29% identity, 69% coverage: 23:249/329 of query aligns to 6:229/321 of 4ry8B

query
sites
4ry8B
H
 
N
A
 
P
E
 
K
N
 
N
K
 
V
K
 
R
I
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
-
K
 
R
A
 
E
L
 
V
G
 
G
I
 
E
G
 
G
-
 
S
F
|
F
F
 
F
E
 
E
A
 
R
A
 
Y
N
 
L
K
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
E
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
T
I
 
L
I
 
L
Y
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
E
T
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
H
G
 
G
Q
 
D
-
 
M
-
 
A
-
 
R
-
 
M
I
 
V
E
 
T
V
 
M
I
 
I
N
 
E
S
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
T
Q
 
Q
K
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
I
V
 
I
S
 
D
A
x
H
N
 
G
D
 
R
T
 
P
D
 
D
A
 
P
L
 
L
V
 
M
P
 
P
A
 
K
L
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
M
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
I
 
I
K
 
R
V
 
V
I
 
V
S
 
T
W
 
F
D
|
D
S
 
L
G
 
-
V
 
V
A
 
V
K
 
D
E
 
D
G
 
N
R
 
R
L
 
V
M
 
P
H
 
E
L
 
I
N
 
E
P
 
-
S
x
Q
S
 
D
S
 
D
P
 
L
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
Y
M
 
L
I
 
I
I
 
S
K
 
K
L
 
Q
A
 
L
A
 
A
D
 
V
N
 
D
L
 
F
P
 
A
E
 
G
G
 
N
G
 
A
D
 
N
V
 
V
A
 
I
V
 
Y
L
 
V
S
 
N
A
 
V
S
 
G
A
 
G
T
x
F
A
 
A
-
x
P
-
 
L
-
 
D
T
 
K
N
x
R
Q
 
D
N
 
K
T
 
M
W
 
W
I
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
K
 
Q
K
 
I
V
 
I
Q
 
K
V
 
W
N
 
R
Y
 
F
K
 
P
G
 
G
I
 
I
N
 
K
V
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
K
-
 
I
-
 
G
-
 
A
V
 
V
Y
 
T
G
 
G
D
 
S
D
 
T
L
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
T
S
 
Q
Y
 
T
R
 
R
E
 
-
T
 
M
Q
 
E
G
 
A
L
 
A
I
 
M
Q
 
K
S
 
E
H
 
K
P
 
P
N
 
E
L
 
A
K
 
N
A
 
A
I
 
V
I
 
L
A
 
A
P
 
M
T
x
W
S
 
D
I
 
E
G
 
F
I
 
A
V
 
K
A
 
G
A
 
A
A
 
V
Q
 
R
A
 
A
V
 
I
T
 
M
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
S
G
 
D
Q
 
Q
I
 
F
N
 
K
V
 
V
T
 
Y
G
 
S
L
 
V
G
x
D
L
 
V
P
 
T
S
 
T
E
 
E

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
24% identity, 70% coverage: 28:257/329 of query aligns to 3:235/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
I
 
M
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
I
K
 
S
A
 
T
L
 
L
G
 
N
I
x
N
G
 
P
F
x
W
F
|
F
E
 
V
A
 
V
A
 
L
N
 
A
K
 
E
G
 
T
A
 
A
Q
 
K
E
 
Q
A
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
D
 
Y
V
 
E
E
 
A
I
 
T
I
 
I
Y
 
F
T
 
D
G
 
S
P
 
Q
T
 
N
S
 
D
T
 
T
T
 
A
A
 
K
E
 
E
G
 
S
Q
 
A
I
 
-
E
 
-
V
 
H
I
 
F
N
 
D
S
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
I
V
 
F
S
 
N
A
 
P
N
 
T
D
 
D
T
 
A
D
 
D
A
 
G
L
 
S
V
 
I
P
 
A
A
 
N
L
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
K
D
 
E
R
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
F
S
 
C
W
 
V
D
|
D
S
x
R
G
 
G
V
 
I
A
 
N
K
 
A
E
 
R
G
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
A
R
 
Q
L
 
I
M
 
Y
H
 
S
L
 
D
N
 
N
P
 
Y
S
 
Y
S
 
G
S
 
G
P
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
N
 
E
M
 
Y
I
 
F
I
 
V
K
 
K
L
 
F
A
 
L
A
 
K
D
 
E
N
 
K
L
 
Y
P
 
P
E
 
D
G
 
A
G
 
K
D
 
E
V
 
I
A
 
P
V
 
Y
L
 
A
S
 
E
A
 
L
S
 
L
A
 
G
T
 
I
A
 
L
T
 
S
N
 
A
Q
 
Q
N
 
P
T
 
T
W
 
W
I
 
D
A
x
R
E
 
S
-
 
N
-
 
G
M
 
F
K
 
H
K
 
S
V
 
V
Q
 
V
V
 
D
N
 
Q
Y
 
Y
K
 
P
G
 
E
I
 
F
N
 
K
V
 
M
V
 
V
A
 
A
T
 
Q
V
 
Q
Y
 
S
G
 
A
D
 
E
D
x
F
L
 
D
A
 
R
D
 
D
K
 
T
S
 
A
Y
 
Y
R
 
K
E
 
V
T
 
T
Q
 
E
G
 
Q
L
 
I
I
 
L
Q
 
Q
S
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
E
L
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
W
A
 
C
P
 
G
T
x
N
S
 
D
I
 
A
G
 
M
I
 
A
V
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
M
Q
 
K
A
 
A
V
 
C
T
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
I
 
T
G
 
-
Q
 
D
I
 
I
N
 
Y
V
 
I
T
 
F
G
 
G
L
 
F
G
x
D
L
 
G
P
 
A
S
 
E
E
 
D
M
 
V
A
 
I
G
 
N
H
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
27% identity, 84% coverage: 30:306/329 of query aligns to 5:283/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
|
K
A
 
T
L
 
L
G
 
S
I
x
N
G
 
P
F
|
F
F
x
W
E
 
V
A
 
D
A
 
M
N
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
D
 
V
V
 
S
E
 
V
I
 
D
I
 
I
Y
 
F
T
 
A
G
 
S
P
 
P
T
 
S
S
 
E
T
 
G
T
 
D
A
 
F
E
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
I
 
L
E
 
Q
V
 
L
I
 
F
N
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
Q
 
K
K
 
K
V
 
Y
D
 
K
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
S
 
A
A
 
P
N
 
L
D
 
S
T
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
Q
R
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
W
 
L
D
|
D
-
x
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
G
A
 
N
K
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
F
L
 
V
M
 
T
H
 
T
L
 
D
N
 
N
P
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
G
P
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
N
 
D
M
 
F
I
 
I
I
 
I
-
 
N
K
 
K
L
 
L
A
 
G
A
 
A
D
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
E
A
 
G
S
 
K
A
 
A
T
 
G
-
 
N
-
 
A
-
x
S
-
 
G
A
 
E
T
 
A
N
x
R
Q
 
R
N
 
N
T
 
G
W
 
A
I
 
T
A
 
E
E
 
A
M
 
F
K
 
K
K
 
K
V
 
A
Q
 
N
V
 
-
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
G
 
Q
I
 
I
N
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
Q
Y
 
P
G
 
A
D
 
D
D
 
W
L
 
D
A
 
R
D
 
I
K
 
K
S
 
A
Y
 
L
R
 
D
E
 
V
T
 
A
Q
 
T
G
 
N
L
 
V
I
 
L
Q
 
Q
S
 
R
H
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
C
P
 
A
T
x
N
S
 
D
I
 
T
G
 
M
I
 
A
V
 
M
A
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
T
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
L
V
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
T
-
x
D
G
 
G
L
 
I
P
 
P
S
 
-
E
 
E
M
 
A
A
 
R
G
 
K
H
 
M
V
 
V
K
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
S
 
M
K
 
T
S
 
A
F
 
T
A
 
V
I
 
A
W
x
Q
N
 
N
P
 
P
I
 
A
D
 
D
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
S
 
T
A
 
G
T
 
L
M
 
K
I
 
L
A
 
M
Y
 
V
D
 
D
I
 
-
I
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
A
A
 
A
K
 
K
P
 
T
G
 
G
A
 
K
E
 
V
L
 
I
K
 
P
M
 
L
G
 
E
R
 
K
M
 
T
G
 
P
T
 
E
V
 
F
K
 
K
L
 
L
D
 
V
D
 
D
N
 
S

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
27% identity, 84% coverage: 30:306/329 of query aligns to 5:283/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
A
 
A
L
 
V
V
 
V
V
 
L
K
 
K
A
 
T
L
 
L
G
 
S
I
x
N
G
 
P
F
|
F
F
 
W
E
 
V
A
 
D
A
 
M
N
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
D
 
V
V
 
S
E
 
V
I
 
D
I
 
I
Y
 
F
T
 
A
G
 
S
P
 
P
T
 
S
S
 
E
T
 
G
T
 
D
A
 
F
E
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
I
 
L
E
 
Q
V
 
L
I
 
F
N
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
Q
 
K
K
 
K
V
 
Y
D
 
K
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
S
 
A
A
 
P
N
 
L
D
 
S
T
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
L
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
Q
R
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
Y
V
 
L
I
 
V
S
 
N
W
 
L
D
|
D
-
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
G
A
 
N
K
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
F
L
 
V
M
 
T
H
 
T
L
 
D
N
 
N
P
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
G
P
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
N
 
D
M
 
F
I
 
I
I
 
I
-
 
N
K
 
K
L
 
L
A
 
G
A
 
A
D
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
E
A
 
G
S
 
K
A
 
A
T
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
A
 
E
T
 
A
N
x
R
Q
 
R
N
 
N
T
 
G
W
 
A
I
 
T
A
 
E
E
 
A
M
 
F
K
 
K
K
 
K
V
 
A
Q
 
N
V
 
-
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
G
 
Q
I
 
I
N
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
Q
Y
 
P
G
 
A
D
 
D
D
x
W
L
 
D
A
 
R
D
 
I
K
 
K
S
 
A
Y
 
L
R
 
D
E
 
V
T
 
A
Q
 
T
G
 
N
L
 
V
I
 
L
Q
 
Q
S
 
R
H
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
C
P
 
A
T
x
N
S
 
D
I
 
T
G
 
M
I
 
A
V
 
M
A
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
T
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
I
 
V
N
 
L
V
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
T
-
x
D
G
 
G
L
 
I
P
 
P
S
 
-
E
 
E
M
 
A
A
 
R
G
 
K
H
 
M
V
 
V
K
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
S
 
M
K
 
T
S
 
A
F
 
T
A
 
V
I
 
A
W
x
Q
N
 
N
P
 
P
I
 
A
D
 
D
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
S
 
T
A
 
G
T
 
L
M
 
K
I
 
L
A
 
M
Y
 
V
D
 
D
I
 
-
I
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
A
A
 
A
K
 
K
P
 
T
G
 
G
A
 
K
E
 
V
L
 
I
K
 
P
M
 
L
G
 
E
R
 
K
M
 
T
G
 
P
T
 
E
V
 
F
K
 
K
L
 
L
D
 
V
D
 
D
N
 
S

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
26% identity, 77% coverage: 37:290/329 of query aligns to 18:268/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
G
 
G
I
 
I
G
 
D
F
 
Y
F
x
W
E
 
K
A
 
Y
A
 
C
N
 
F
K
 
E
G
 
G
A
 
F
Q
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
I
G
 
G
D
 
-
V
 
V
E
 
T
I
 
A
I
 
K
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
P
 
Q
T
 
T
S
 
D
T
 
T
T
 
D
A
 
V
E
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
V
I
 
L
N
 
E
S
 
Q
L
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
P
D
 
K
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
V
D
 
N
T
 
S
D
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
A
P
 
D
A
 
T
L
 
I
K
 
N
K
 
S
A
 
A
M
 
I
D
 
E
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
I
 
V
S
 
C
W
 
F
D
|
D
S
 
S
G
 
D
V
 
S
A
 
P
K
 
T
E
 
S
G
 
N
R
 
R
L
 
S
M
 
A
H
 
Y
L
 
L
-
 
G
-
 
T
-
 
G
N
 
N
P
 
Y
S
 
A
S
 
A
S
 
G
P
 
Q
L
 
K
I
 
A
G
 
A
N
 
E
M
 
F
I
 
L
I
 
V
K
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
V
P
 
N
E
 
Y
G
 
K
G
 
G
D
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
Y
A
 
T
S
 
V
A
 
G
T
 
A
A
 
E
T
x
N
N
 
S
Q
 
E
N
 
S
T
x
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
-
 
F
-
 
E
-
 
D
W
 
W
I
 
C
A
 
K
-
 
Q
-
 
N
-
 
A
-
 
P
E
 
E
M
 
V
K
 
S
K
 
L
V
 
V
Q
 
K
V
 
V
N
 
N
Y
 
D
K
 
A
G
 
G
I
 
D
N
 
T
V
 
T
V
 
V
A
 
A
T
 
-
V
 
-
Y
 
-
G
 
A
D
 
D
D
 
N
L
 
L
A
 
A
D
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
-
R
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
G
 
A
L
 
A
I
 
L
Q
 
Q
S
 
A
H
 
N
P
 
D
N
 
D
L
 
I
K
 
V
A
 
G
I
 
V
I
 
F
A
 
C
P
 
V
T
x
D
S
x
G
I
x
V
G
 
A
I
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
G
A
 
P
Q
 
T
A
 
A
V
 
V
T
 
A
D
 
E
A
 
S
G
 
K
K
 
K
I
 
-
G
 
-
Q
 
D
I
 
L
N
 
R
V
 
V
T
 
L
G
 
A
L
 
F
G
x
D
L
 
V
P
 
D
S
 
V
E
 
T
M
 
V
A
 
L
G
 
D
H
 
K
V
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
E
S
 
I
K
 
D
S
 
G
F
 
T
A
 
V
I
 
A
W
x
Q
N
 
G
P
 
M
I
 
Y
D
 
N
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
S
 
W
A
 
S
T
 
L
M
 
M
I
 
M
A
 
L
Y
 
Y
D
 
T
I
 
E
I
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
L
E
 
S
A
 
S
K
 
K
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
27% identity, 82% coverage: 27:295/329 of query aligns to 1:267/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
K
 
K
K
 
T
I
 
I
A
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
I
K
 
S
A
 
T
L
 
L
G
 
N
I
x
N
G
 
P
F
|
F
F
|
F
E
 
V
A
 
T
A
 
L
N
 
K
K
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
E
 
E
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
Y
V
 
K
E
 
I
I
 
I
I
 
V
Y
 
E
T
 
D
G
 
S
P
 
Q
T
 
N
S
 
D
T
 
S
T
 
S
A
 
K
E
 
E
G
 
-
Q
 
-
I
 
L
E
 
S
V
 
N
I
 
V
N
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
P
N
 
V
D
 
D
T
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
M
 
N
D
 
S
R
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
T
W
 
I
D
|
D
S
x
R
G
 
S
V
 
A
A
 
N
K
 
G
E
 
G
G
 
D
R
 
V
L
 
V
M
 
C
H
 
H
L
 
I
N
 
-
P
 
A
S
 
S
S
 
D
S
 
N
P
 
V
L
 
K
I
 
G
G
 
G
N
 
E
M
 
M
I
 
A
I
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
I
A
 
A
D
 
K
N
 
A
L
 
L
P
 
K
E
 
G
G
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
V
V
 
E
L
 
L
S
 
E
A
 
G
S
 
I
A
 
P
T
 
G
A
 
A
T
 
S
N
x
A
Q
 
A
N
 
R
T
 
D
W
x
R
I
 
G
A
 
K
E
 
G
M
 
F
K
 
D
K
 
E
V
 
A
Q
 
I
V
 
A
N
 
K
Y
 
Y
K
 
P
G
 
D
I
 
I
N
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
K
V
 
Q
Y
 
A
G
 
A
D
 
D
D
x
F
L
 
D
A
 
R
D
 
S
K
 
K
S
 
G
Y
 
L
R
 
S
E
 
V
T
 
M
Q
 
E
G
 
N
L
 
I
I
 
L
Q
 
Q
S
 
A
H
 
Q
P
 
P
N
 
K
L
 
I
K
 
D
A
 
A
I
 
V
I
 
F
A
 
A
P
 
Q
T
x
N
S
 
D
I
 
E
G
 
M
I
 
A
V
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
I
Q
 
K
A
 
A
V
 
I
T
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
I
 
Q
G
 
G
Q
 
I
I
 
I
N
 
-
V
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
x
D
L
 
G
P
 
T
S
 
E
E
 
D
M
 
A
A
 
L
G
 
K
H
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
K
S
 
M
K
 
A
S
 
A
F
 
T
A
 
I
I
 
A
W
x
Q
N
 
Q
P
 
P
I
 
A
D
 
L
L
 
M
G
 
G
Y
 
S
S
 
L
A
 
G
T
 
V
M
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
D
D
 
K
I
 
Y
I
 
L
N
 
K
G
 
G
A
 
-
E
 
E
A
 
K
K
 
I
P
 
P
G
 
N
-
 
F
-
 
I
-
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
K
M
 
L

Query Sequence

>WP_012706828.1 NCBI__GCF_000018545.1:WP_012706828.1
MKILKSLMVTAAVAAALMANAAHAENKKIALVVKALGIGFFEAANKGAQEAAKELGDVEI
IYTGPTSTTAEGQIEVINSLIAQKVDAIAVSANDTDALVPALKKAMDRGIKVISWDSGVA
KEGRLMHLNPSSSPLIGNMIIKLAADNLPEGGDVAVLSASATATNQNTWIAEMKKVQVNY
KGINVVATVYGDDLADKSYRETQGLIQSHPNLKAIIAPTSIGIVAAAQAVTDAGKIGQIN
VTGLGLPSEMAGHVKSGASKSFAIWNPIDLGYSATMIAYDIINGAEAKPGAELKMGRMGT
VKLDDNNEGAMADPFVYDASNVEEFAKIF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory