SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012709577.1 NCBI__GCF_000018545.1:WP_012709577.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6vw7D Formate dehydrogenase fdsabg subcomplex fdsbg from c. Necator - nadh bound (see paper)
70% identity, 97% coverage: 5:508/518 of query aligns to 7:510/514 of 6vw7D

query
sites
6vw7D
I
 
I
Y
 
F
V
 
V
P
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
S
A
 
T
A
 
A
I
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
D
V
 
V
A
 
A
T
 
R
A
 
A
M
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
L
 
E
D
 
H
A
 
V
A
 
R
I
 
I
I
 
V
R
 
R
N
 
N
G
 
G
S
 
S
R
 
R
G
 
G
M
 
M
H
 
F
W
 
W
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
Q
T
 
T
A
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
V
K
 
S
A
 
A
R
 
A
D
 
D
V
 
V
A
 
P
T
 
G
L
 
L
L
 
F
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
A
 
G
A
 
E
H
 
H
P
 
A
L
 
L
C
 
S
L
 
Q
G
 
G
K
 
V
T
 
T
E
 
E
E
 
E
I
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
K
 
K
N
 
Q
Q
 
Q
T
 
E
R
 
R
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
A
R
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
I
T
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
G
 
A
H
 
H
G
 
E
G
 
G
L
 
F
R
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
R
A
 
A
V
 
L
S
 
A
M
 
M
A
 
Q
P
 
P
A
 
A
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
V
 
V
T
 
T
E
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
 
G
A
|
A
G
 
A
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
|
T
V
 
V
L
 
L
E
 
G
A
 
A
Q
 
Q
G
 
S
A
 
A
Q
 
V
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
|
E
G
 
G
D
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
S
D
 
D
R
 
R
M
 
M
I
 
V
M
 
M
E
 
E
G
 
D
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
M
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
E
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
R
 
R
S
 
S
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
M
 
L
S
 
E
A
 
S
A
 
A
I
 
I
E
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
W
L
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
D
V
 
I
L
 
R
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
K
A
 
R
F
 
F
D
 
H
M
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
R
T
 
K
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
|
V
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
V
V
|
V
R
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
|
L
P
 
P
A
 
A
H
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
I
S
|
S
L
 
L
A
 
A
S
 
T
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
M
 
L
D
 
A
K
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
Q
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
G
 
G
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
F
Q
 
Q
I
 
L
A
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
K
 
K
H
 
Q
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
E
 
E
T
 
K
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
V
K
 
D
I
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
R
S
 
S
G
 
G
R
 
R
P
 
A
V
 
I
K
 
R
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
F
 
L
P
 
P
R
 
E
S
 
S
L
 
R
F
 
F
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
L
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
F
D
 
G
G
 
G
L
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
H
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
F
 
F
D
 
D
D
 
E
T
 
T
A
 
V
D
 
D
M
 
M
L
 
A
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
E
 
E
F
 
F
C
 
C
A
 
A
V
 
I
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
S
T
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
E
E
 
Q
P
 
P
E
 
V
K
 
K
N
 
H
R
 
V
E
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
R
D
 
D
L
 
L
C
 
C
N
 
D
T
 
T
M
 
M
K
 
L
F
 
N
G
 
G
S
 
S
L
|
L
C
|
C
A
|
A
L
x
M
G
|
G
G
 
G
F
 
M
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
T
 
N
H
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
F

6tg9B Cryo-em structure of nadh reduced form of NAD+-dependent formate dehydrogenase from rhodobacter capsulatus (see paper)
67% identity, 98% coverage: 3:508/518 of query aligns to 1:492/493 of 6tg9B

query
sites
6tg9B
V
 
M
K
 
K
I
 
I
Y
 
W
V
 
L
P
 
P
R
 
C
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
K
A
 
A
L
 
C
G
 
G
A
 
A
E
 
E
K
 
A
V
 
V
A
 
L
T
 
A
A
 
A
M
 
L
A
 
R
E
 
L
A
 
E
I
 
A
A
 
E
A
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
G
D
 
A
A
 
L
A
 
D
I
 
I
I
 
A
R
 
R
N
 
N
G
 
G
S
 
S
R
 
R
G
 
G
M
 
M
H
 
I
W
 
W
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
A
 
P
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
G
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
V
 
M
K
 
T
A
 
P
R
 
A
D
 
D
V
 
V
A
 
P
T
 
A
L
 
L
L
 
F
E
 
D
A
 
A
G
 
L
L
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
E
A
 
S
H
 
H
P
 
P
L
 
K
C
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
L
T
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
F
K
 
K
N
 
R
Q
 
Q
T
 
T
R
 
R
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
A
R
 
R
C
 
C
G
 
G
V
 
R
T
 
I
D
 
E
P
 
P
L
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
A
D
 
Q
Y
 
F
R
 
A
G
 
A
H
 
A
G
 
E
G
 
G
L
 
W
R
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
R
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
K
M
 
M
A
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
L
E
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
|
R
G
|
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
|
K
W
 
W
K
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
A
E
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
A
 
D
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
C
 
C
N
|
N
A
 
V
D
|
D
E
|
E
G
 
G
D
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
S
F
 
F
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
M
I
 
L
M
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
C
L
 
L
I
 
V
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
H
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
K
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
M
 
M
S
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
A
I
 
M
A
 
A
R
 
K
A
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
P
V
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
E
A
 
A
H
 
-
A
 
G
F
 
F
D
 
E
M
 
M
E
 
E
V
 
V
R
 
R
T
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
T
V
 
V
R
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
|
L
P
 
P
A
 
A
H
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
V
N
|
N
N
|
N
V
 
L
I
 
L
S
|
S
L
 
L
A
 
A
S
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
W
I
 
I
M
 
I
D
 
A
K
 
H
G
 
G
A
 
A
A
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
R
 
E
D
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
M
G
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
I
 
L
Q
 
Q
I
 
I
A
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
V
K
 
K
H
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
E
 
E
T
 
T
A
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
D
I
 
I
G
 
C
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
F
 
H
P
 
P
R
 
V
S
 
S
L
 
D
F
 
Y
D
 
H
T
 
L
P
 
P
F
 
F
D
 
C
Y
 
Y
E
 
E
A
 
Q
F
 
F
A
 
A
A
 
G
K
 
Q
D
 
G
G
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
H
 
H
A
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
V
F
 
H
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
A
M
 
M
E
 
E
F
 
F
C
 
C
A
 
A
V
 
I
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
x
T
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
A
T
 
V
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
I
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
-
E
 
-
P
 
D
E
 
A
K
 
S
N
 
A
R
 
M
E
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
L
C
 
C
N
 
Q
T
 
T
M
 
M
K
|
K
F
 
L
G
 
G
S
 
S
L
|
L
C
|
C
A
 
A
L
 
L
G
|
G
G
 
G
F
 
F
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
T
 
Q
S
 
S
A
 
A
M
 
I
T
 
R
H
 
H
F
 
F
P
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
F

8oh5B Cryo-em structure of the electron bifurcating transhydrogenase stnabc complex from sporomusa ovata (state 2) (see paper)
42% identity, 98% coverage: 3:509/518 of query aligns to 1:510/584 of 8oh5B

query
sites
8oh5B
V
 
M
K
 
K
I
 
V
Y
 
R
V
 
V
P
 
G
R
 
L
D
 
G
A
 
S
A
x
C
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
M
T
 
D
A
 
R
M
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
N
R
 
H
G
 
G
L
 
K
D
 
E
A
 
I
A
 
E
I
 
L
I
 
L
R
 
P
N
 
T
G
 
G
S
x
C
R
 
I
G
 
G
M
 
M
H
x
C
W
 
F
L
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
V
E
 
D
V
 
V
E
 
F
T
 
D
A
 
G
A
 
D
G
 
K
R
 
V
I
 
Y
A
 
S
Y
 
Y
G
 
A
P
 
N
V
 
V
K
 
T
A
 
A
R
 
D
D
 
M
V
 
A
A
 
T
T
 
E
L
 
I
L
 
F
E
 
N
A
 
S
G
 
H
L
 
I
L
 
I
S
 
G
G
 
G
A
 
Q
A
 
P
H
 
L
P
 
T
L
 
Q
C
 
Y
L
 
I
G
 
V
K
 
S
T
 
T
E
 
T
E
 
E
I
 
K
P
 
P
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
L
 
L
K
 
A
N
 
K
Q
 
Q
T
 
V
R
 
R
L
 
I
T
 
A
F
 
L
A
 
R
R
 
N
C
 
C
G
 
G
V
 
V
T
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
E
S
 
N
L
 
V
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
K
G
 
A
H
 
N
G
 
D
G
 
G
L
 
Y
R
 
K
G
 
A
L
 
L
E
 
S
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
K
-
 
E
M
 
M
A
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
E
V
 
I
T
 
K
E
 
V
S
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
|
R
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
W
I
x
F
K
|
K
W
 
W
K
 
N
T
 
A
V
 
A
L
 
R
E
 
Q
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
A
 
E
Q
 
I
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
V
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
V
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
C
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
G
Y
 
H
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
R
M
 
L
S
 
E
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
A
I
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
Q
A
 
R
G
 
N
V
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
M
G
 
G
S
 
T
A
 
N
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
M
E
 
K
V
 
I
R
 
K
T
 
K
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
x
F
V
 
V
C
 
C
G
 
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
M
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
|
K
P
 
P
P
 
P
L
x
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
S
G
 
G
L
 
F
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
N
I
|
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
F
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
W
I
 
I
M
 
M
D
 
Y
K
 
N
G
 
G
A
 
G
A
 
S
Y
 
A
Y
 
Y
R
 
A
D
 
A
F
 
Y
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
V
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
A
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
K
H
 
N
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
E
 
E
T
 
V
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
M
T
 
S
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
Y
K
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
L
S
 
N
G
 
D
R
 
R
P
 
E
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
I
P
 
P
R
 
K
S
 
Q
L
 
L
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
V
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
A
 
S
F
 
I
A
 
N
A
 
K
K
 
T
D
 
G
G
 
A
L
 
I
I
 
M
G
|
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
M
V
 
I
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
T
A
 
T
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
M
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
T
A
 
V
V
 
K
E
 
E
S
 
S
C
|
C
G
|
G
K
 
K
C
|
C
T
 
I
P
 
Y
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
R
G
 
M
V
 
L
E
 
E
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
T
A
 
T
G
 
G
I
 
E
E
 
G
P
 
R
E
 
E
K
 
G
N
 
D
R
 
I
E
 
E
L
 
E
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
S
N
 
I
T
 
S
M
 
I
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
S
L
 
L
C
|
C
A
x
G
L
|
L
G
|
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
T
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
Y
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y
S
 
E

Sites not aligning to the query:

7q4vB Electron bifurcating hydrogenase - hydabc from a. Woodii (see paper)
43% identity, 92% coverage: 35:509/518 of query aligns to 40:525/599 of 7q4vB

query
sites
7q4vB
D
 
E
A
 
V
A
 
E
I
 
V
I
 
V
R
 
T
N
 
T
G
 
G
S
x
C
R
x
F
G
 
G
M
x
L
H
x
C
W
 
E
L
 
L
E
 
G
P
 
P
L
 
V
V
 
V
E
 
I
V
 
V
E
 
Y
T
 
P
A
 
E
A
 
G
G
 
-
R
 
-
I
 
T
A
 
F
Y
 
Y
G
 
S
P
 
R
V
 
V
K
 
E
A
 
A
R
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
P
T
 
E
L
 
M
L
 
V
E
 
E
A
 
E
G
 
H
L
 
L
L
 
V
S
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
I
-
 
Y
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
D
A
 
G
A
 
H
H
 
H
P
 
P
L
 
L
C
 
S
L
 
I
G
 
N
K
 
-
T
 
-
E
 
-
E
 
E
I
 
L
P
 
G
F
 
F
L
 
F
K
 
K
N
 
K
Q
 
Q
T
 
R
R
 
R
L
 
I
T
 
A
F
 
L
A
 
A
R
 
N
C
 
C
G
 
G
V
 
V
T
 
I
D
 
N
P
 
P
L
 
E
S
 
N
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
I
G
 
G
H
 
F
G
 
D
G
 
G
L
 
Y
R
 
L
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
V
V
 
L
-
 
L
S
 
T
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
V
A
 
D
I
 
V
V
 
I
A
 
N
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
 
K
W
 
W
K
 
Q
T
 
F
V
 
A
L
 
H
E
 
D
A
 
A
-
 
V
-
 
S
Q
 
E
G
 
D
A
 
G
Q
 
I
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
A
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
V
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
A
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
I
A
 
A
I
 
V
A
 
N
A
 
R
M
 
L
S
 
Q
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
D
I
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
T
 
E
S
 
N
V
 
I
L
 
F
G
 
E
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
E
V
 
I
R
 
R
T
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
x
F
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
V
 
P
R
 
R
A
 
P
K
 
R
P
 
P
P
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
N
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
Y
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
K
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
E
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
V
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
V
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
N
H
 
N
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
L
E
 
E
T
 
I
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
P
S
 
N
G
 
G
R
 
K
P
 
A
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
L
P
 
P
R
 
E
S
 
S
L
 
L
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
E
F
 
I
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
A
 
N
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
A
D
 
G
G
 
S
L
 
M
I
 
M
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
N
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
T
A
 
Q
V
 
D
E
 
E
S
 
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
P
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
R
G
 
M
V
 
L
E
 
E
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
K
E
 
G
P
 
V
E
 
E
K
 
G
N
 
D
R
 
I
E
 
E
L
 
R
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
A
N
 
V
T
 
G
M
 
I
K
 
K
F
 
S
G
 
S
S
 
A
L
 
L
C
|
C
A
 
G
L
 
L
G
|
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
S
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
F
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y
S
 
E

Sites not aligning to the query:

8a6tB Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from thermoanaerobacter kivui in the reduced state (see paper)
42% identity, 90% coverage: 42:509/518 of query aligns to 81:556/630 of 8a6tB

query
sites
8a6tB
G
 
G
S
x
C
R
 
Q
G
 
G
M
x
F
H
x
C
W
 
A
L
 
Q
E
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
 
T
V
 
I
E
 
E
T
 
P
A
 
L
A
 
G
G
 
-
R
 
-
I
 
V
A
 
F
Y
 
Y
G
 
V
P
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
P
R
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
E
T
 
E
L
 
I
L
 
V
E
 
E
A
 
K
G
 
S
L
 
I
L
 
K
S
 
K
G
 
N
A
 
E
A
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
L
-
 
Y
H
 
H
P
 
D
L
 
P
C
 
A
L
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
T
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
R
E
 
D
E
 
E
I
 
N
P
 
P
F
 
F
L
 
Y
K
 
A
N
 
K
Q
 
Q
T
 
T
R
 
R
L
 
L
T
 
V
F
 
L
A
 
K
R
 
H
C
 
C
G
 
G
V
 
T
T
 
V
D
 
D
P
 
P
L
 
A
S
 
S
L
 
V
D
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
R
 
I
G
 
A
H
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
S
G
 
A
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
T
M
 
M
A
 
D
P
 
R
A
 
K
A
 
Q
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
E
V
 
V
T
 
I
E
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
R
G
|
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
E
K
 
K
W
 
W
K
 
L
T
 
G
V
 
A
L
 
Y
E
 
K
A
 
N
Q
 
Q
G
 
S
A
 
P
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
G
D
 
D
E
|
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
V
M
 
M
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
K
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
M
I
 
I
A
 
G
G
 
A
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
S
T
 
D
K
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
A
 
A
I
 
V
A
 
Q
A
 
M
M
 
L
S
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
C
R
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
T
A
 
G
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
R
M
 
L
E
 
H
V
 
V
R
 
R
T
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
C
 
C
G
 
G
E
 
E
E
x
S
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
T
N
 
Y
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
M
V
 
P
R
 
R
A
 
V
K
x
R
P
 
P
P
 
P
L
x
R
P
x
T
A
x
N
H
 
E
K
 
C
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
E
C
 
M
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
F
A
 
A
S
 
C
V
 
I
P
 
P
V
 
E
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
G
A
 
E
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
I
G
 
G
M
 
T
G
 
P
R
 
T
S
 
S
R
 
T
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
I
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
N
H
 
R
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
E
 
E
T
 
V
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
L
T
 
K
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
I
D
 
F
K
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
A
S
 
N
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
x
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
V
P
 
P
R
 
E
S
 
S
L
 
Q
F
 
L
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
I
D
 
D
Y
 
F
E
 
D
A
 
S
F
 
L
A
 
S
A
 
K
K
 
A
D
 
G
G
 
A
L
 
I
I
 
M
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
V
V
 
V
V
 
V
F
 
V
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
T
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
F
A
 
A
R
 
K
F
 
F
A
 
F
M
 
T
E
 
N
F
 
F
C
 
I
A
 
V
V
 
E
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
 
K
C
|
C
T
 
I
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
S
 
N
T
 
K
R
 
K
G
 
M
V
 
L
E
 
E
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
T
A
 
E
G
 
G
I
 
K
E
 
G
P
 
K
E
 
E
K
 
G
N
 
D
R
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
G
N
 
D
T
 
V
M
 
I
K
 
I
F
 
S
G
 
A
S
 
S
L
 
L
C
|
C
A
x
G
L
|
L
G
|
G
G
 
K
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
S
A
 
T
M
 
I
T
 
K
H
 
H
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y
S
 
E

Sites not aligning to the query:

7p8nB Tmhydabc- t. Maritima hydrogenase with bridge closed (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:508/518 of query aligns to 26:541/613 of 7p8nB

query
sites
7p8nB
V
 
V
K
 
S
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
P
x
C
R
 
V
D
x
G
A
x
T
A
 
G
A
x
C
I
 
T
A
 
A
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
L
K
 
K
V
 
V
A
 
Y
T
 
S
A
 
A
M
 
F
A
 
E
E
 
E
A
 
E
I
 
L
A
 
K
A
 
K
R
 
R
G
 
N
L
 
L
-
 
L
D
 
K
A
 
V
A
 
T
I
 
L
I
 
N
R
 
R
N
 
T
G
 
G
S
x
C
R
x
C
G
|
G
M
x
R
H
x
C
W
 
S
L
 
S
E
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
K
V
 
I
E
 
-
T
 
-
A
 
M
A
 
P
G
 
Y
R
 
R
I
 
F
A
 
F
Y
 
Y
G
 
S
P
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
P
R
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
P
T
 
E
L
 
I
L
 
V
E
 
D
A
 
R
G
 
T
L
 
V
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
F
-
 
L
A
 
T
H
 
D
P
 
P
L
 
L
C
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
K
L
 
V
G
 
P
K
 
R
T
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
T
P
 
T
F
 
L
L
 
F
K
 
K
N
 
N
Q
 
Q
T
 
D
R
 
F
L
 
Y
T
 
I
F
 
M
A
 
E
R
 
A
C
 
I
G
 
G
V
 
E
T
 
S
D
 
E
P
 
C
L
 
D
S
 
S
L
 
I
D
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
I
G
 
A
H
 
R
G
 
S
G
 
G
L
 
Y
R
 
E
G
 
S
L
 
L
E
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
-
 
T
S
 
S
M
 
M
A
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
E
E
 
T
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
|
R
G
|
G
G
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
 
K
W
 
W
K
 
E
T
 
F
V
 
T
L
 
R
E
 
K
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
D
Q
 
I
K
 
K
Y
 
F
I
 
V
V
 
V
C
 
C
N
|
N
A
 
G
D
|
D
E
|
E
G
|
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
N
R
 
R
M
 
T
I
 
L
M
 
L
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
V
I
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
A
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
F
A
 
A
I
 
V
A
 
K
A
 
M
M
 
F
S
 
K
A
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
D
A
 
A
R
 
R
A
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
E
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
T
A
 
G
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
K
T
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
x
F
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
A
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
M
V
x
P
R
 
R
A
 
P
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
L
I
 
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
Y
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
R
I
 
I
M
 
L
D
 
R
K
 
D
G
 
G
A
 
V
A
 
E
Y
 
N
Y
 
Y
R
 
R
D
 
K
F
 
R
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
N
S
 
S
R
 
P
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
M
I
 
F
Q
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
P
V
 
L
K
 
K
H
 
A
G
 
T
G
 
G
L
 
I
Y
 
I
E
 
E
T
 
V
A
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
D
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
N
I
 
I
G
 
C
G
 
G
G
 
G
T
 
F
A
 
V
S
 
E
G
 
G
R
 
E
P
 
E
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
A
Y
 
C
F
 
L
P
 
S
R
 
E
S
 
D
L
 
F
F
 
I
D
 
D
T
 
M
P
 
P
F
 
L
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
A
 
T
F
 
L
A
 
K
A
 
K
K
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
M
I
 
V
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
I
V
 
V
V
 
V
F
 
I
D
 
T
D
 
K
T
 
K
A
 
T
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
E
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
T
A
 
K
V
 
R
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
V
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
S
 
T
T
 
M
R
 
Q
G
 
A
V
 
Y
E
 
N
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
F
A
 
T
A
 
H
G
 
G
I
 
K
E
 
A
P
 
T
E
 
Y
K
 
E
N
 
D
R
 
L
E
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
H
L
 
L
C
 
S
N
 
K
T
 
T
M
 
I
K
 
K
F
 
T
G
 
A
S
 
S
L
|
L
C
|
C
A
x
G
L
|
L
G
|
G
G
 
K
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
I
T
 
L
S
 
S
A
 
T
M
 
L
T
 
K
H
 
L
F
 
F
P
 
R
E
 
E
D
 
E
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

7q4vF Electron bifurcating hydrogenase - hydabc from a. Woodii (see paper)
47% identity, 76% coverage: 117:509/518 of query aligns to 1:396/470 of 7q4vF

query
sites
7q4vF
S
 
N
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
I
G
 
G
H
 
F
G
 
D
G
 
G
L
 
Y
R
 
L
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
V
V
 
L
-
 
L
S
 
T
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
V
A
 
D
I
 
V
V
 
I
A
 
N
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
 
G
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
Q
T
 
F
V
 
A
L
 
H
E
 
D
A
 
A
-
 
V
-
 
S
Q
 
E
G
 
D
A
 
G
Q
 
I
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
A
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
V
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
A
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
I
A
 
A
I
 
V
A
 
N
A
 
R
M
 
L
S
 
Q
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
D
I
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
T
 
E
S
 
N
V
 
I
L
 
F
G
 
E
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
E
V
 
I
R
 
R
T
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
V
 
P
R
 
R
A
 
P
K
x
R
P
 
P
P
 
P
L
x
F
P
 
P
A
 
A
H
 
N
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
L
N
 
N
N
 
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
Y
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
K
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
E
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
V
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
V
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
N
H
 
N
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
L
E
 
E
T
 
I
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
P
S
 
N
G
 
G
R
 
K
P
 
A
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
L
P
 
P
R
 
E
S
 
S
L
 
L
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
E
F
 
I
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
A
 
N
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
A
D
 
G
G
 
S
L
x
M
I
 
M
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
N
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
T
A
 
Q
V
 
D
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
P
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
R
G
 
M
V
 
L
E
 
E
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
K
E
 
G
P
 
V
E
 
E
K
 
G
N
 
D
R
 
I
E
 
E
L
 
R
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
A
N
 
V
T
 
G
M
 
I
K
 
K
F
 
S
G
 
S
S
 
A
L
|
L
C
|
C
A
x
G
L
 
L
G
 
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
S
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
F
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y
S
 
E

Sites not aligning to the query:

7t30B Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn/NAD(h) bound state (see paper)
43% identity, 79% coverage: 101:508/518 of query aligns to 2:410/425 of 7t30B

query
sites
7t30B
N
 
K
Q
 
Q
T
 
H
R
 
R
L
 
I
T
 
V
F
 
L
A
 
S
R
 
N
C
 
C
G
 
G
V
 
Y
T
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
E
S
 
K
L
 
I
D
 
E
D
 
E
Y
 
Y
R
 
I
G
 
A
H
 
R
G
 
D
G
 
G
L
 
Y
R
 
M
G
 
A
L
 
L
E
 
G
K
 
K
A
 
A
V
 
L
-
 
L
S
 
E
M
 
M
A
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
V
V
 
L
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
E
T
x
F
V
 
A
L
 
K
E
 
K
A
 
A
Q
 
S
G
 
G
A
 
D
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
T
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
S
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
G
G
 
A
I
 
Y
A
 
V
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
D
K
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
R
M
 
L
S
 
K
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
A
I
 
Q
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
H
V
 
I
L
 
M
G
 
G
S
 
T
A
 
N
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
H
M
 
L
E
 
H
V
 
L
R
 
K
T
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
 
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
A
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
M
V
 
P
R
 
R
A
 
P
K
x
R
P
 
P
P
 
P
L
x
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
H
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
N
I
 
I
N
 
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
W
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
R
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
D
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
M
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
I
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
T
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
T
H
 
N
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
I
E
 
E
T
 
V
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
I
G
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
K
P
 
E
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
L
P
 
T
R
 
K
S
 
E
L
 
H
F
 
L
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
I
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
S
F
 
L
A
 
T
A
 
A
K
 
A
D
 
G
G
 
A
L
x
I
I
x
M
G
 
G
H
x
S
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
T
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
K
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
E
F
 
F
C
 
T
A
 
Q
V
 
R
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
 
K
C
|
C
T
 
V
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
Q
G
 
M
V
 
L
E
 
L
V
 
M
A
 
L
D
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
x
C
A
 
N
G
 
G
I
 
E
E
 
G
P
 
T
E
 
M
K
 
D
N
 
D
R
 
L
E
 
S
L
 
K
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
A
N
 
H
T
 
M
M
 
V
K
 
K
F
 
E
G
 
T
S
|
S
L
 
L
C
|
C
A
x
G
L
|
L
G
|
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
I
S
 
T
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
Y
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

7t2rB Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn-free apo state (see paper)
43% identity, 79% coverage: 101:508/518 of query aligns to 2:410/425 of 7t2rB

query
sites
7t2rB
N
 
K
Q
 
Q
T
 
H
R
 
R
L
 
I
T
 
V
F
 
L
A
 
S
R
 
N
C
 
C
G
 
G
V
 
Y
T
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
E
S
 
K
L
 
I
D
 
E
D
 
E
Y
 
Y
R
 
I
G
 
A
H
 
R
G
 
D
G
 
G
L
 
Y
R
 
M
G
 
A
L
 
L
E
 
G
K
 
K
A
 
A
V
 
L
-
 
L
S
 
E
M
 
M
A
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
V
V
 
L
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
 
K
W
 
W
K
 
E
T
 
F
V
 
A
L
 
K
E
 
K
A
 
A
Q
 
S
G
 
G
A
 
D
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
I
C
 
C
N
 
N
A
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
T
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
S
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
G
G
 
A
I
 
Y
A
 
V
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
D
K
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
R
M
 
L
S
 
K
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
A
I
 
Q
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
H
V
 
I
L
 
M
G
 
G
S
 
T
A
 
N
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
H
M
 
L
E
 
H
V
 
L
R
 
K
T
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
C
 
C
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
A
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
M
V
x
P
R
 
R
A
 
P
K
 
R
P
 
P
P
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
H
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
N
I
 
I
N
 
N
N
 
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
W
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
R
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
D
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
M
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
I
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
T
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
T
H
 
N
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
I
E
 
E
T
 
V
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
I
G
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
K
P
 
E
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
L
P
 
T
R
 
K
S
 
E
L
 
H
F
 
L
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
I
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
S
F
 
L
A
 
T
A
 
A
K
 
A
D
 
G
G
 
A
L
 
I
I
 
M
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
T
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
x
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
K
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
E
F
 
F
C
 
T
A
 
Q
V
 
R
E
 
E
S
 
S
C
|
C
G
|
G
K
 
K
C
|
C
T
 
V
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
Q
G
 
M
V
 
L
E
 
L
V
 
M
A
 
L
D
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
x
C
A
 
N
G
 
G
I
 
E
E
 
G
P
 
T
E
 
M
K
 
D
N
 
D
R
 
L
E
 
S
L
 
K
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
A
N
 
H
T
 
M
M
 
V
K
 
K
F
 
E
G
 
T
S
 
S
L
 
L
C
|
C
A
 
G
L
 
L
G
|
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
I
S
 
T
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
Y
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

8a5eB Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from acetobacterium woodii in the reduced state (see paper)
47% identity, 71% coverage: 141:509/518 of query aligns to 3:373/447 of 8a5eB

query
sites
8a5eB
I
 
V
V
 
I
A
 
N
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
 
G
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
Q
T
x
F
V
 
A
L
 
H
E
 
D
A
 
A
-
 
V
-
 
S
Q
 
E
G
 
D
A
 
G
Q
 
I
K
 
K
Y
 
Y
I
 
V
V
 
A
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
D
|
D
S
 
P
G
 
G
T
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
D
R
 
R
M
 
S
I
 
V
M
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
A
L
 
V
I
 
I
E
 
E
G
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
I
A
 
A
I
 
V
A
 
N
A
 
R
M
 
L
S
 
Q
A
 
I
A
 
A
I
 
I
E
 
D
I
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
G
T
 
E
S
 
N
V
 
I
L
 
F
G
 
E
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
E
V
 
I
R
 
R
T
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
C
 
C
G
|
G
E
 
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
V
x
P
R
 
R
A
 
P
K
x
R
P
 
P
P
 
P
L
x
F
P
 
P
A
 
A
H
 
N
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
L
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
Y
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
V
 
K
I
 
I
M
 
I
D
 
L
K
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
E
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
S
F
 
V
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
K
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
K
P
 
V
I
 
F
Q
 
A
I
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
K
V
 
I
K
 
N
H
 
N
G
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
L
E
 
E
T
 
I
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
I
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
I
A
 
P
S
 
N
G
 
G
R
 
K
P
 
A
V
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
x
S
G
 
G
A
 
G
Y
 
C
F
 
L
P
 
P
R
 
E
S
 
S
L
 
L
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
E
F
 
I
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
A
 
N
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
A
D
 
G
G
 
S
L
 
M
I
 
M
G
 
G
H
 
S
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
V
F
 
M
D
 
D
D
 
E
T
 
D
A
 
N
D
x
C
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
F
M
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
T
A
 
Q
V
 
D
E
 
E
S
 
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
P
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
T
T
 
K
R
 
R
G
 
M
V
 
L
E
 
E
V
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
K
E
 
G
P
 
V
E
 
E
K
 
G
N
 
D
R
 
I
E
 
E
L
 
R
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
L
C
 
A
N
 
V
T
 
G
M
 
I
K
 
K
F
 
S
G
 
S
S
 
A
L
 
L
C
|
C
A
x
G
L
 
L
G
|
G
G
 
Q
F
 
T
T
 
A
P
 
P
Y
 
N
P
 
P
V
 
V
T
 
L
S
 
S
A
 
T
M
 
I
T
 
R
H
 
F
F
 
F
P
 
R
E
 
D
D
 
E
F
 
Y
S
 
E

Sites not aligning to the query:

4hea1 Crystal structure of the entire respiratory complex i from thermus thermophilus (see paper)
42% identity, 78% coverage: 104:508/518 of query aligns to 14:420/437 of 4hea1

query
sites
4hea1
R
 
R
L
 
T
T
 
L
F
 
Y
A
 
A
R
 
H
C
 
V
G
 
G
V
 
K
T
 
E
D
 
G
P
 
S
L
 
W
S
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
Y
Y
 
Y
R
 
L
G
 
R
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
E
G
 
T
L
 
A
E
 
K
K
 
R
A
 
V
V
 
L
S
 
K
-
 
E
M
 
K
A
 
T
P
 
P
A
 
D
A
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
R
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
S
T
 
F
V
 
M
L
 
P
E
 
K
A
 
D
Q
 
D
G
 
G
A
 
K
Q
 
Q
K
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
 
E
G
 
S
D
 
E
S
 
P
G
 
G
T
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
Y
I
 
I
M
 
L
E
 
E
G
 
D
D
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
I
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
R
A
 
A
T
 
T
K
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
R
H
 
R
A
 
A
I
 
A
A
 
D
A
 
R
M
 
L
S
 
E
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
I
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
L
L
 
F
G
 
G
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
H
V
 
V
R
 
H
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
x
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
 
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
A
L
 
N
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
T
I
 
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
P
 
V
V
 
P
I
 
I
M
 
M
D
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
D
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
Q
F
 
M
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
Q
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
M
I
 
K
P
 
L
I
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
R
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
F
G
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
W
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
P
A
 
L
S
 
E
G
 
-
R
 
-
P
 
P
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
I
Q
 
I
V
 
P
G
 
G
G
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
P
P
 
P
L
 
L
G
 
P
A
 
-
Y
 
-
F
 
F
P
 
T
R
 
E
S
 
E
L
 
V
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
M
D
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
Q
A
 
A
K
 
K
D
 
G
G
 
S
L
 
M
I
 
L
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
G
L
 
V
V
 
I
V
 
L
F
 
I
D
 
P
D
 
E
T
 
R
A
 
V
D
 
S
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
A
A
 
M
R
 
W
F
 
N
A
 
L
M
 
T
E
 
R
F
 
F
C
 
Y
A
 
A
V
 
H
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
|
G
K
|
K
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
-
 
V
S
 
A
T
 
G
R
 
F
G
 
M
V
 
V
E
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
A
R
 
K
I
 
I
A
 
G
A
 
T
G
 
G
I
 
Q
E
 
G
P
 
E
E
 
E
K
 
K
N
 
D
R
 
V
E
 
E
L
 
N
L
 
L
A
 
E
D
 
A
L
 
L
C
 
L
N
 
P
T
 
L
M
 
I
K
 
E
F
 
G
G
 
R
S
 
S
L
x
F
C
|
C
A
 
P
L
|
L
G
 
A
G
 
D
F
 
A
T
 
A
P
 
V
Y
 
W
P
 
P
V
 
V
T
 
K
S
 
G
A
 
S
M
 
L
T
 
R
H
 
H
F
 
F
P
 
K
E
 
D
D
 
Q
F
 
Y

2ybb1 Fitted model for bovine mitochondrial supercomplex i1iii2iv1 by single particle cryo-em (emd-1876) (see paper)
42% identity, 78% coverage: 104:508/518 of query aligns to 14:420/437 of 2ybb1

query
sites
2ybb1
R
 
R
L
 
T
T
 
L
F
 
Y
A
 
A
R
 
H
C
 
V
G
 
G
V
 
K
T
 
E
D
 
G
P
 
S
L
 
W
S
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
Y
Y
 
Y
R
 
L
G
 
R
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
E
G
 
T
L
 
A
E
 
K
K
 
R
A
 
V
V
 
L
S
 
K
-
 
E
M
 
K
A
 
T
P
 
P
A
 
D
A
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
R
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
S
T
x
F
V
 
M
L
 
P
E
 
K
A
 
D
Q
 
D
G
 
G
A
 
K
Q
 
Q
K
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
 
E
G
 
S
D
x
E
S
 
P
G
 
G
T
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
Y
I
 
I
M
 
L
E
 
E
G
 
D
D
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
I
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
R
A
 
A
T
 
T
K
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
R
H
 
R
A
 
A
I
 
A
A
 
D
A
 
R
M
 
L
S
 
E
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
I
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
L
L
 
F
G
 
G
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
H
V
 
V
R
 
H
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
A
L
 
N
V
 
P
R
 
R
A
 
L
K
|
K
P
 
P
P
 
P
L
x
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
T
I
 
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
P
 
V
V
 
P
I
 
I
M
 
M
D
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
D
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
Q
F
 
M
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
Q
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
M
I
 
K
P
 
L
I
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
R
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
F
G
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
W
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
P
A
 
L
S
 
E
G
 
-
R
 
-
P
 
P
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
I
Q
 
I
V
 
P
G
 
G
G
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
P
P
 
P
L
 
L
G
 
P
A
 
-
Y
 
-
F
 
F
P
 
T
R
 
E
S
 
E
L
 
V
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
M
D
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
Q
A
 
A
K
 
K
D
 
G
G
 
S
L
 
M
I
 
L
G
 
G
H
x
T
A
 
G
G
 
G
L
 
V
V
 
I
V
 
L
F
 
I
D
 
P
D
 
E
T
 
R
A
 
V
D
 
S
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
A
A
 
M
R
 
W
F
 
N
A
 
L
M
 
T
E
 
R
F
 
F
C
 
Y
A
 
A
V
 
H
E
 
E
S
|
S
C
|
C
G
 
G
K
|
K
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
-
 
V
S
 
A
T
 
G
R
 
F
G
 
M
V
 
V
E
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
A
R
 
K
I
 
I
A
 
G
A
 
T
G
 
G
I
 
Q
E
 
G
P
 
E
E
 
E
K
 
K
N
 
D
R
 
V
E
 
E
L
 
N
L
 
L
A
 
E
D
 
A
L
 
L
C
 
L
N
 
P
T
 
L
M
 
I
K
 
E
F
 
G
G
 
R
S
 
S
L
x
F
C
|
C
A
x
P
L
|
L
G
x
A
G
 
D
F
 
A
T
 
A
P
 
V
Y
 
W
P
 
P
V
 
V
T
 
K
S
 
G
A
 
S
M
 
L
T
 
R
H
 
H
F
 
F
P
 
K
E
 
D
D
 
Q
F
 
Y

Q56222 NADH-quinone oxidoreductase subunit 1; NADH dehydrogenase I chain 1; NDH-1 subunit 1; EC 7.1.1.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
42% identity, 78% coverage: 104:508/518 of query aligns to 15:421/438 of Q56222

query
sites
Q56222
R
 
R
L
 
T
T
 
L
F
 
Y
A
 
A
R
 
H
C
 
V
G
 
G
V
 
K
T
 
E
D
 
G
P
 
S
L
 
W
S
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
Y
Y
 
Y
R
 
L
G
 
R
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
E
G
 
T
L
 
A
E
 
K
K
 
R
A
 
V
V
 
L
S
 
K
-
 
E
M
 
K
A
 
T
P
 
P
A
 
D
A
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
E
V
 
V
T
 
K
E
 
R
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
L
K
|
K
W
 
W
K
 
S
T
 
F
V
 
M
L
 
P
E
 
K
A
 
D
Q
 
D
G
 
G
A
 
K
Q
 
Q
K
 
H
Y
 
Y
I
 
L
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
|
A
D
|
D
E
|
E
G
x
S
D
 
E
S
 
P
G
 
G
T
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
Y
I
 
I
M
 
L
E
 
E
G
 
D
D
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
M
A
 
I
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
R
A
 
A
T
 
T
K
 
V
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
V
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
R
H
 
R
A
 
A
I
 
A
A
 
D
A
 
R
M
 
L
S
 
E
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
I
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
L
L
 
F
G
 
G
S
 
T
A
 
D
H
 
F
A
 
S
F
 
F
D
 
D
M
 
L
E
 
H
V
 
V
R
 
H
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
x
I
C
|
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
A
L
 
N
V
 
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
Q
K
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
T
I
|
I
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
P
 
V
V
 
P
I
 
I
M
 
M
D
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
D
Y
 
W
Y
 
F
R
 
A
D
 
Q
F
 
M
G
 
G
M
 
T
G
 
E
R
 
Q
S
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
M
I
 
K
P
 
L
I
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
P
V
 
V
K
 
K
H
 
R
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
G
L
 
T
T
 
T
L
 
F
G
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
I
D
 
Y
K
 
E
I
 
W
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
P
A
 
L
S
 
E
G
 
-
R
 
-
P
 
P
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
I
Q
 
I
V
 
P
G
 
G
G
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
P
P
 
P
L
 
L
G
 
P
A
 
-
Y
 
-
F
 
F
P
 
T
R
 
E
S
 
E
L
 
V
F
 
L
D
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
M
D
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
Q
A
 
A
K
 
K
D
 
G
G
 
S
L
 
M
I
 
L
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
G
L
 
V
V
 
I
V
 
L
F
 
I
D
 
P
D
 
E
T
 
R
A
 
V
D
 
S
M
 
M
L
 
V
K
 
D
Q
 
A
A
 
M
R
 
W
F
 
N
A
 
L
M
 
T
E
 
R
F
 
F
C
 
Y
A
 
A
V
 
H
E
 
E
S
 
S
C
|
C
G
 
G
K
 
K
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
E
G
 
G
-
 
V
S
 
A
T
 
G
R
 
F
G
 
M
V
 
V
E
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
A
R
 
K
I
 
I
A
 
G
A
 
T
G
 
G
I
 
Q
E
 
G
P
 
E
E
 
E
K
 
K
N
 
D
R
 
V
E
 
E
L
 
N
L
 
L
A
 
E
D
 
A
L
 
L
C
 
L
N
 
P
T
 
L
M
 
I
K
 
E
F
 
G
G
 
R
S
 
S
L
 
F
C
|
C
A
 
P
L
 
L
G
 
A
G
 
D
F
 
A
T
 
A
P
 
V
Y
 
W
P
 
P
V
 
V
T
 
K
S
 
G
A
 
S
M
 
L
T
 
R
H
 
H
F
 
F
P
 
K
E
 
D
D
 
Q
F
 
Y

6saqB Wild-type nuoef from aquifex aeolicus bound to nadh-oh (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 6:414/419 of 6saqB

query
sites
6saqB
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
S
D
x
E
S
 
P
G
 
G
T
|
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
 
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
x
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
 
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
 
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

8qh7B Crystal structure of respiratory complex i subunits nuoef from aquifex aeolicus bound to reduced 3-acetylpyridine adenine dinucleotide (without reducing agent) (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 5:413/417 of 8qh7B

query
sites
8qh7B
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
S
D
x
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
|
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
|
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

8qg1B Crystal structure of oxidized respiratory complex i subunits nuoef from aquifex aeolicus bound to adp-ribose (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 5:413/417 of 8qg1B

query
sites
8qg1B
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
S
D
 
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
 
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
|
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

8qgwB Crystal structure of oxidized respiratory complex i subunits nuoef from aquifex aeolicus bound to oxidized 3-acetylpyridine adenine dinucleotide (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 5:413/418 of 8qgwB

query
sites
8qgwB
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
|
E
G
 
S
D
 
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
 
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
|
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

6q9cB Crystal structure of aquifex aeolicus nadh-quinone oxidoreductase subunits nuoe and nuof bound to nadh under anaerobic conditions (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 6:414/418 of 6q9cB

query
sites
6q9cB
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
S
D
x
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
 
S
L
x
I
C
|
C
A
x
G
L
|
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

6hl3B Wild-type nuoef from aquifex aeolicus - oxidized form bound to NAD+ (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 5:413/416 of 6hl3B

query
sites
6hl3B
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
F
|
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
|
D
E
|
E
G
 
S
D
x
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
V
x
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
|
K
P
 
P
P
 
P
L
x
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
|
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
|
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

6hl2B Wild-type nuoef from aquifex aeolicus - oxidized form (see paper)
40% identity, 80% coverage: 96:509/518 of query aligns to 5:413/416 of 6hl2B

query
sites
6hl2B
I
 
I
P
 
P
F
 
R
L
 
I
K
 
Y
N
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
T
L
 
L
T
 
N
F
 
M
A
 
L
R
 
L
C
 
K
G
 
R
V
 
A
T
 
K
D
 
K
P
 
P
L
 
R
-
 
V
-
 
H
S
 
S
L
 
I
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
R
 
L
G
 
K
H
 
D
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
M
A
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
D
E
 
W
V
 
V
T
 
D
E
 
K
S
 
S
G
 
T
L
 
L
R
 
R
G
|
G
R
 
R
G
|
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
K
K
|
K
W
 
W
K
 
K
T
 
F
V
 
A
L
 
V
E
 
Q
A
 
N
Q
 
P
G
 
G
A
 
P
Q
 
-
K
 
R
Y
 
Y
I
 
F
V
 
I
C
 
C
N
|
N
A
 
A
D
 
D
E
|
E
G
 
S
D
 
E
S
 
P
G
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
I
M
 
I
E
 
E
G
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
A
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
T
 
I
R
 
R
S
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
A
 
G
I
 
Y
A
 
Y
A
 
I
M
 
L
S
 
R
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
K
S
 
N
V
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
G
H
 
F
A
 
D
F
 
L
D
 
E
M
 
I
E
 
Y
V
 
V
R
 
A
T
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
G
|
G
E
|
E
E
|
E
T
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
H
V
x
P
R
 
R
A
 
L
K
 
K
P
 
P
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
A
 
V
H
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
W
D
 
G
C
 
K
P
 
P
T
 
T
V
 
V
I
x
V
N
|
N
N
|
N
V
 
V
I
 
E
S
x
T
L
 
I
A
 
A
S
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
F
I
 
I
M
 
I
D
 
S
K
 
M
G
 
G
A
 
W
A
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
R
 
R
D
 
Y
F
 
I
G
 
G
M
 
P
G
 
S
R
 
D
S
 
Y
R
 
A
G
 
G
T
 
P
I
 
K
P
 
L
I
 
F
Q
 
P
I
 
V
A
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
K
H
 
K
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
T
 
L
A
 
P
F
 
M
G
 
N
L
 
T
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
I
D
 
F
K
 
K
I
 
Y
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
S
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
-
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
G
 
D
A
 
C
Y
 
F
F
 
S
P
 
S
R
 
E
S
 
E
L
 
L
F
 
-
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
M
D
 
D
Y
 
Y
E
 
S
A
 
P
F
 
L
A
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
G
G
 
G
H
 
T
A
 
G
G
 
T
L
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
T
D
 
E
T
 
E
A
 
D
D
 
D
M
 
I
L
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
F
 
K
A
 
I
M
 
A
E
 
E
F
 
F
C
 
Y
A
 
E
V
 
H
E
 
E
S
x
T
C
|
C
G
|
G
K
x
Q
C
|
C
T
 
T
P
 
P
C
|
C
R
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
C
T
 
Y
R
 
E
G
 
Q
V
 
A
E
 
N
V
 
L
A
 
L
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
E
E
 
A
P
 
T
E
 
E
K
 
Q
N
 
D
R
 
W
E
 
E
L
 
G
L
 
F
A
 
D
D
 
F
L
 
V
C
 
N
N
 
R
T
 
N
M
 
I
K
 
Q
F
 
P
G
 
T
S
|
S
L
x
I
C
|
C
A
 
G
L
 
L
G
|
G
G
 
A
F
 
V
T
 
A
P
 
G
Y
 
R
P
 
L
V
 
I
T
 
R
S
 
Q
A
 
T
M
 
L
T
 
E
H
 
K
F
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
E
F
 
W
S
 
E

Query Sequence

>WP_012709577.1 NCBI__GCF_000018545.1:WP_012709577.1
MTVKIYVPRDAAAIALGAEKVATAMAEAIAARGLDAAIIRNGSRGMHWLEPLVEVETAAG
RIAYGPVKARDVATLLEAGLLSGAAHPLCLGKTEEIPFLKNQTRLTFARCGVTDPLSLDD
YRGHGGLRGLEKAVSMAPAAIVAEVTESGLRGRGGAGFPTGIKWKTVLEAQGAQKYIVCN
ADEGDSGTFADRMIMEGDPFVLIEGMAIAGIATGATKGYVYTRSEYPHAIAAMSAAIEIA
RAAGVLGTSVLGSAHAFDMEVRTGAGAYVCGEETSLLNSLEGKRGLVRAKPPLPAHKGLF
DCPTVINNVISLASVPVIMDKGAAYYRDFGMGRSRGTIPIQIAGNVKHGGLYETAFGLTL
GEIVDKIGGGTASGRPVKAVQVGGPLGAYFPRSLFDTPFDYEAFAAKDGLIGHAGLVVFD
DTADMLKQARFAMEFCAVESCGKCTPCRIGSTRGVEVADRIAAGIEPEKNRELLADLCNT
MKFGSLCALGGFTPYPVTSAMTHFPEDFSPAPVVEAAE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory