SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012759184.1 NCBI__GCF_000023185.1:WP_012759184.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

4wjiA Crystal structure of cyclohexadienyl dehydrogenase from sinorhizobium meliloti in complex with NADP and tyrosine
82% identity, 94% coverage: 4:293/307 of query aligns to 3:292/293 of 4wjiA

query
sites
4wjiA
Q
 
Q
F
 
F
D
 
Q
R
 
T
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
|
G
I
 
I
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
S
S
 
S
L
 
I
A
 
A
Y
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
R
 
E
L
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
G
E
 
T
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
T
T
|
T
R
|
R
S
|
S
P
 
E
D
 
A
T
|
T
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
E
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
T
 
T
T
 
L
S
 
S
S
 
A
Q
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
E
D
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
V
 
V
S
|
S
V
|
V
P
|
P
V
 
V
G
 
G
A
|
A
S
 
S
E
 
G
S
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
A
E
 
E
I
 
I
S
 
A
A
 
A
S
 
H
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
A
 
G
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
M
 
M
L
 
A
P
 
P
H
 
H
M
 
L
P
 
P
D
 
K
N
 
D
V
 
V
H
 
H
F
 
F
I
 
V
P
 
P
G
 
G
H
|
H
P
 
P
L
 
I
A
|
A
G
 
G
T
|
T
E
 
E
K
 
H
S
|
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
R
G
 
G
R
 
R
W
 
W
C
 
C
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
P
A
 
A
D
 
G
T
 
T
D
 
D
E
 
E
T
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
R
S
 
L
F
 
F
W
 
W
E
 
E
A
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
S
K
 
M
V
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
M
D
 
D
A
 
P
E
 
K
H
 
H
H
 
H
D
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
E
T
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
|
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
T
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
V
C
 
C
L
 
L
H
 
H
N
 
N
R
 
K
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
S
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
A
Y
 
S
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
W
 
W
G
 
G
E
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
K
I
 
L
F
 
F
E
 
D
L
 
L
F
 
F
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
R
 
R
S
 
S
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D

3ggpA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus in complex with hydroxyphenyl propionate and NAD+ (see paper)
35% identity, 93% coverage: 2:287/307 of query aligns to 2:285/286 of 3ggpA

query
sites
3ggpA
S
 
S
V
 
L
Q
 
S
F
 
M
D
 
Q
R
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
Y
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
R
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
F
A
 
K
R
 
G
E
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
A
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
P
 
P
D
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
E
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
I
Q
 
A
D
 
-
A
 
K
V
 
V
K
 
E
D
 
D
-
 
F
-
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
 
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
E
 
R
S
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
I
 
L
S
 
S
A
 
Y
S
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
A
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
L
 
-
P
 
-
H
 
-
M
 
-
P
 
-
D
 
E
N
 
N
V
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
K
H
 
R
F
 
F
I
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
P
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
T
A
 
K
D
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
T
 
K
A
 
R
L
 
L
K
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
S
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
A
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
K
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
 
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
R
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
Y
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
E
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
I
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

3ggoA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus with hpp and nadh (see paper)
35% identity, 93% coverage: 2:287/307 of query aligns to 2:285/285 of 3ggoA

query
sites
3ggoA
S
 
S
V
 
L
Q
 
S
F
 
M
D
 
Q
R
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
Y
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
R
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
F
A
 
K
R
 
G
E
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
A
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
P
 
P
D
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
E
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
I
Q
 
A
D
 
-
A
 
K
V
 
V
K
 
E
D
 
D
-
 
F
-
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
 
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
E
 
R
S
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
I
 
L
S
 
S
A
 
Y
S
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
A
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
L
 
-
P
 
-
H
 
-
M
 
-
P
 
-
D
 
E
N
 
N
V
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
K
H
 
R
F
 
F
I
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
I
A
|
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
P
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
T
A
 
K
D
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
T
 
K
A
 
R
L
 
L
K
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
S
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
A
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
K
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
R
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
Y
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
E
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
I
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

3gggD The crystal structure of a. Aeolicus prephenate dehydrogenase in complex with tyrosine and NAD+ (see paper)
35% identity, 93% coverage: 2:287/307 of query aligns to 10:293/293 of 3gggD

query
sites
3gggD
S
 
S
V
 
L
Q
 
S
F
 
M
D
 
Q
R
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
F
A
 
A
Y
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
R
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
F
A
 
K
R
 
G
E
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
A
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
P
 
P
D
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
E
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
I
Q
 
A
D
 
-
A
 
K
V
 
V
K
 
E
D
 
D
-
 
F
-
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
|
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
E
 
R
S
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
I
 
L
S
 
S
A
 
Y
S
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
A
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
L
 
-
P
 
-
H
 
-
M
 
-
P
 
-
D
 
E
N
 
N
V
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
K
H
 
R
F
 
F
I
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
I
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
P
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
T
A
 
K
D
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
T
 
K
A
 
R
L
 
L
K
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
S
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
A
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
K
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
A
 
P
E
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
 
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
R
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
Y
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
E
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
I
 
L
F
 
V
E
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

5uyyA Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with l-tyrosine (see paper)
30% identity, 92% coverage: 7:287/307 of query aligns to 11:290/373 of 5uyyA

query
sites
5uyyA
R
 
K
I
 
V
A
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
T
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
Y
 
L
D
 
A
I
 
I
R
 
K
R
 
K
L
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
D
R
 
H
E
 
D
I
 
V
V
 
T
V
 
I
A
 
T
T
 
G
R
 
Y
S
 
D
-
 
I
-
 
F
P
 
Q
D
 
E
T
 
Q
L
 
V
K
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
I
T
 
A
T
 
V
S
 
D
S
 
L
Q
 
Q
D
 
H
A
 
A
V
 
C
K
 
E
D
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
I
 
V
V
 
F
S
 
A
V
 
S
P
 
P
V
 
V
G
 
E
A
 
E
S
 
T
E
 
K
S
 
K
V
 
L
A
 
L
K
 
H
E
 
K
I
 
L
S
 
A
A
 
S
-
 
F
S
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
K
 
K
A
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
M
A
 
N
Q
 
E
M
 
A
L
 
E
P
 
A
H
 
L
M
 
F
P
 
S
D
 
K
N
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
I
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
K
 
K
S
 
T
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
P
 
A
G
 
H
L
 
L
F
 
F
E
 
E
G
x
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
H
D
 
H
T
 
V
D
 
P
E
 
N
T
 
E
A
 
H
L
 
V
K
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
K
S
 
D
F
 
W
W
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
H
V
 
F
D
 
L
E
 
V
M
 
L
D
 
N
A
 
T
E
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
A
N
 
G
I
 
L
V
 
V
G
 
K
T
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
-
L
 
-
E
 
K
T
 
H
V
 
A
T
 
G
E
 
D
S
 
N
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
H
K
 
Q
Y
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
T
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
V
 
I
C
 
V
L
 
K
H
 
Q
N
 
N
R
 
R
D
 
E
A
 
H
I
 
L
L
 
M
E
 
V
M
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
E
F
 
W
S
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
A
 
E
Y
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
E
 
D
G
 
A
D
 
G
K
 
E
I
 
I
F
 
Q
E
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
A
 
E
I
 
Y
R
 
R
R
 
D
S
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

6u60B Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with NAD and l-tyrosine (see paper)
30% identity, 92% coverage: 7:287/307 of query aligns to 3:282/365 of 6u60B

query
sites
6u60B
R
 
K
I
 
V
A
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
T
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
Y
 
L
D
 
A
I
 
I
R
 
K
R
 
K
L
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
D
R
 
H
E
 
D
I
 
V
V
 
T
V
 
I
A
 
T
T
 
G
R
 
Y
S
x
D
-
x
I
-
 
F
P
 
Q
D
 
E
T
 
Q
L
 
V
K
 
E
R
 
R
A
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
I
T
 
A
T
 
V
S
 
D
S
 
L
Q
 
Q
D
 
H
A
 
A
V
 
C
K
 
E
D
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
I
 
V
V
 
F
S
x
A
V
 
S
P
|
P
V
 
V
G
 
E
A
x
E
S
 
T
E
 
K
S
 
K
V
 
L
A
 
L
K
 
H
E
 
K
I
 
L
S
 
A
A
 
S
-
 
F
S
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
A
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
M
A
 
N
Q
 
E
M
 
A
L
 
E
P
 
A
H
 
L
M
 
F
P
 
S
D
 
K
N
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
I
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
K
|
K
S
 
T
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
P
 
A
G
 
H
L
 
L
F
 
F
E
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
H
D
 
H
T
 
V
D
 
P
E
 
N
T
 
E
A
 
H
L
 
V
K
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
K
S
 
D
F
 
W
W
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
H
V
 
F
D
 
L
E
 
V
M
 
L
D
 
N
A
 
T
E
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
A
N
 
G
I
 
L
V
 
V
G
 
K
T
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
-
L
 
-
E
 
K
T
 
H
V
 
A
T
 
G
E
 
D
S
 
N
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
H
K
 
Q
Y
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
T
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
V
 
I
C
 
V
L
 
K
H
 
Q
N
 
N
R
 
R
D
 
E
A
 
H
I
 
L
L
 
M
E
 
V
M
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
E
F
 
W
S
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
A
 
E
Y
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
E
 
D
G
 
A
D
 
G
K
 
E
I
 
I
F
 
Q
E
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
A
 
E
I
 
Y
R
 
R
R
 
D
S
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3b1fA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from streptococcus mutans (see paper)
33% identity, 91% coverage: 8:287/307 of query aligns to 9:285/286 of 3b1fA

query
sites
3b1fA
I
 
I
A
 
Y
L
 
I
I
 
A
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
Y
 
L
D
 
G
I
 
I
R
 
K
R
 
R
L
 
D
G
 
H
L
 
P
A
 
H
R
 
Y
E
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
G
A
 
Y
T
x
N
R
|
R
S
 
S
P
 
D
D
 
R
T
 
S
L
 
R
K
 
D
R
 
I
A
 
A
E
 
L
E
 
E
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
A
T
 
T
T
 
A
S
 
D
S
 
F
Q
 
K
D
 
V
A
 
F
V
 
A
K
 
A
D
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
I
V
 
L
S
 
A
V
 
V
P
|
P
V
 
I
G
 
K
A
x
K
S
 
T
E
 
I
S
 
D
V
 
F
A
 
I
K
 
K
E
 
I
I
 
L
S
 
A
-
 
D
A
 
L
S
 
D
L
 
L
K
 
K
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
I
T
 
T
D
 
D
V
x
A
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
A
 
Y
S
 
E
V
 
I
I
 
V
A
 
R
Q
 
A
M
 
A
L
 
E
P
 
Y
H
 
Y
M
 
L
P
 
K
D
 
D
N
 
K
-
 
P
V
 
V
H
 
Q
F
 
F
I
 
V
P
 
G
G
 
S
H
 
H
P
 
P
L
 
M
A
 
A
G
 
-
T
 
-
E
 
-
K
 
-
S
 
S
G
 
G
P
 
A
D
 
V
A
 
A
G
 
A
F
 
N
P
 
V
G
 
N
L
 
L
F
 
F
E
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
Y
C
 
Y
I
 
I
F
 
F
T
 
S
P
 
P
V
 
S
A
 
C
D
 
L
T
 
T
D
 
K
E
 
P
T
 
N
A
 
T
L
 
I
K
 
P
R
 
A
L
 
L
R
 
Q
S
 
D
F
 
L
W
 
L
E
 
S
A
 
G
L
 
L
G
 
H
S
 
A
K
 
R
V
 
Y
D
 
V
E
 
E
M
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
A
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
C
V
 
V
L
 
T
A
 
S
I
 
Q
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
S
N
 
S
I
 
L
V
 
M
G
 
K
T
 
Q
A
 
A
D
 
G
D
 
D
L
 
F
E
 
S
T
 
E
V
 
S
T
 
H
E
 
E
S
 
M
E
 
-
V
 
T
I
 
K
K
 
H
Y
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
M
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
E
S
 
S
D
 
E
P
 
P
T
 
G
M
|
M
W
 
W
R
 
T
D
 
S
V
 
I
C
 
L
L
 
L
H
 
T
N
 
N
R
 
Q
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
D
M
 
R
L
 
I
A
 
E
R
 
N
F
 
F
S
 
K
E
 
Q
D
 
R
L
 
L
A
 
D
Y
 
E
L
 
V
Q
 
S
R
 
N
A
 
L
I
 
I
R
 
K
W
 
A
G
 
R
E
 
D
G
 
E
D
 
N
K
 
A
I
 
I
F
 
W
E
 
A
L
 
F
F
 
F
T
 
N
R
 
Q
T
 
S
R
 
R
A
 
Q
I
 
I
R
 
R
R
 
K
S
 
N
I
 
M

2f1kA Crystal structure of synechocystis arogenate dehydrogenase (see paper)
30% identity, 92% coverage: 7:289/307 of query aligns to 2:279/279 of 2f1kA

query
sites
2f1kA
R
 
K
I
 
I
A
 
G
L
 
V
I
 
V
G
|
G
I
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
Y
 
G
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
-
A
 
-
R
 
H
E
 
Y
I
 
L
V
 
I
V
 
G
A
 
V
T
x
S
R
|
R
S
x
Q
P
 
Q
D
 
S
T
|
T
L
 
C
K
 
E
R
 
K
A
 
A
E
 
V
E
 
E
L
 
R
G
 
Q
L
 
L
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
S
 
A
S
 
G
Q
 
Q
D
 
D
A
 
L
-
 
S
-
 
L
V
 
L
K
 
Q
D
 
T
A
 
A
D
 
K
L
 
I
V
 
I
I
 
F
V
 
L
S
 
C
V
x
T
P
|
P
V
 
I
G
 
Q
A
 
L
S
 
I
E
 
L
S
 
P
V
 
T
A
 
L
K
 
E
E
 
K
I
 
L
S
 
I
A
 
P
S
 
H
L
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
T
A
 
A
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
x
A
S
|
S
T
 
V
K
 
K
A
 
T
S
 
A
V
 
I
I
 
A
A
 
E
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
P
 
P
H
 
A
M
 
S
P
 
Q
D
 
L
N
 
W
V
 
S
H
 
G
F
 
F
I
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
M
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
A
K
 
A
S
x
Q
G
|
G
P
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
A
F
 
E
P
 
E
G
 
N
L
 
L
F
 
F
E
 
V
G
 
N
R
 
A
W
 
P
C
 
Y
I
 
V
F
 
L
T
 
T
P
 
P
V
 
T
A
 
E
D
 
Y
T
 
T
D
 
D
E
 
P
T
 
E
A
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
C
L
 
L
R
 
R
S
 
S
F
 
V
W
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
L
G
 
G
S
 
V
K
 
K
V
 
I
D
 
Y
E
 
L
M
 
C
D
 
T
A
 
P
E
 
A
H
 
D
H
 
H
D
 
D
K
 
Q
V
 
A
L
 
V
A
 
A
I
 
W
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
V
I
 
M
I
 
V
A
 
S
Y
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
-
 
C
-
 
A
G
 
G
T
 
E
A
 
K
D
 
D
-
 
G
D
 
D
L
 
I
E
 
L
T
 
K
V
 
L
T
 
A
E
 
Q
S
 
N
E
 
-
V
 
-
I
 
-
K
 
-
Y
 
L
S
 
A
A
 
S
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
T
T
 
S
R
 
R
L
 
V
A
 
G
A
 
G
S
 
G
D
 
N
P
 
P
T
 
E
M
 
L
W
 
G
R
 
T
D
 
M
V
 
M
C
 
A
L
 
T
H
 
Y
N
 
N
R
 
Q
D
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
K
M
 
S
L
 
L
A
 
Q
R
 
D
F
 
Y
S
 
R
E
 
Q
D
 
H
L
 
L
A
 
D
Y
 
Q
L
 
L
Q
 
I
R
 
T
A
 
L
I
 
I
R
 
S
W
 
N
G
 
Q
E
 
Q
G
 
W
D
 
P
K
 
E
I
 
L
F
 
H
E
 
R
L
 
L
F
 
L
T
 
Q
R
 
Q
T
 
T
R
 
N
A
 
G
I
 
D
R
 
R
R
 
D
S
 
K
I
 
Y
V
 
V
Q
 
E

5t57A Crystal structure of a semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein from cupriavidus necator in complex with calcium and NAD
31% identity, 42% coverage: 6:135/307 of query aligns to 3:129/276 of 5t57A

query
sites
5t57A
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
F
G
|
G
I
 
A
G
 
G
-
x
G
L
x
K
I
x
M
G
 
G
S
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
Y
 
K
D
 
N
I
 
L
R
 
L
R
 
K
L
 
S
G
 
D
L
 
Y
-
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
H
I
 
V
V
x
E
V
|
V
A
 
S
T
 
E
R
 
V
S
 
G
P
 
K
D
 
K
T
 
R
L
 
L
K
 
K
R
 
-
A
 
-
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
E
T
 
C
T
 
V
S
 
S
S
 
T
Q
 
E
D
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
D
D
 
N
A
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
S
x
A
V
|
V
P
 
P
V
x
D
G
 
T
A
 
I
S
 
I
E
 
G
S
 
K
V
 
I
A
 
A
K
 
A
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
T
I
 
M
V
 
V
T
 
M
D
 
T
V
 
L
G
x
D
S
 
A
T
 
-
K
 
-
A
 
A
S
 
A
V
 
P
I
 
F
A
 
A
Q
 
G
M
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
D
M
 
R
P
 
P
D
 
D
N
 
L
V
 
T
H
 
Y
F
 
F
I
 
V
-
 
A
-
x
H
P
 
P
G
 
C
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
I
G
 
F
T
 
N
E
 
D
K
 
E
S
 
T
G
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
A

Sites not aligning to the query:

F8GV06 D-apionate oxidoisomerase; EC 1.1.1.421 from Cupriavidus necator (strain ATCC 43291 / DSM 13513 / CCUG 52238 / LMG 8453 / N-1) (Ralstonia eutropha)
31% identity, 42% coverage: 6:135/307 of query aligns to 3:129/276 of F8GV06

query
sites
F8GV06
D
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
F
G
 
G
I
 
A
G
 
G
-
x
G
L
x
K
I
x
M
G
 
G
S
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
Y
 
K
D
 
N
I
 
L
R
 
L
R
 
K
L
 
S
G
 
D
L
 
Y
-
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
H
I
 
V
V
x
E
V
 
V
A
 
S
T
 
E
R
 
V
S
 
G
P
 
K
D
 
K
T
 
R
L
 
L
K
 
K
R
 
-
A
 
-
E
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
E
T
 
C
T
 
V
S
 
S
S
 
T
Q
 
E
D
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
D
D
 
N
A
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
A
V
 
V
P
 
P
V
x
D
G
 
T
A
 
I
S
 
I
E
 
G
S
 
K
V
 
I
A
 
A
K
 
A
E
 
Q
I
 
I
S
 
A
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
T
I
 
M
V
 
V
T
 
M
D
 
T
V
 
L
G
 
D
S
 
A
T
 
-
K
 
-
A
 
A
S
 
A
V
 
P
I
 
F
A
 
A
Q
 
G
M
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
D
M
 
R
P
 
P
D
 
D
N
 
L
V
 
T
H
 
Y
F
 
F
I
 
V
-
 
A
-
x
H
P
 
P
G
 
C
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
I
G
 
F
T
 
N
E
 
D
K
 
E
S
 
T
G
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5t9fB Prephenate dehydrogenase n222d mutant from soybean (see paper)
24% identity, 76% coverage: 7:238/307 of query aligns to 4:215/253 of 5t9fB

query
sites
5t9fB
R
 
K
I
 
I
A
 
G
L
 
I
I
 
V
G
|
G
I
 
F
G
|
G
L
x
N
I
x
F
G
 
G
S
 
Q
S
 
F
L
 
L
A
 
A
Y
 
K
D
 
T
I
 
M
R
 
I
R
 
K
L
 
Q
G
 
G
L
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
H
I
 
T
V
 
L
V
 
T
A
 
A
T
 
T
R
x
S
S
x
R
P
x
S
D
 
D
T
x
Y
L
 
S
K
 
E
R
 
L
A
 
C
E
 
L
E
 
Q
L
 
M
G
 
G
L
 
I
G
 
-
D
 
H
R
 
F
Y
 
F
T
 
R
T
 
D
S
 
V
S
 
S
Q
 
A
D
 
F
A
 
L
V
 
T
K
 
A
D
 
D
A
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
V
V
 
L
S
x
C
V
x
T
P
x
S
V
x
I
-
 
L
G
x
S
A
 
L
S
 
S
E
 
E
S
 
V
V
 
V
A
 
G
K
 
S
E
 
M
I
 
P
S
 
L
A
 
T
S
 
S
L
 
L
K
 
K
P
 
R
G
 
P
A
 
T
I
 
L
V
 
F
T
 
V
D
 
D
V
|
V
G
x
L
S
|
S
T
 
V
K
 
K
A
 
E
S
 
H
V
 
P
I
 
R
A
 
E
Q
 
L
M
 
L
L
 
L
P
 
R
H
 
E
M
 
L
P
 
P
D
 
E
N
 
D
V
 
S
H
 
D
F
 
I
I
 
L
P
 
C
G
 
T
H
|
H
P
 
P
L
 
M
A
 
F
G
|
G
-
x
P
-
x
Q
T
|
T
E
 
A
K
 
K
S
 
N
G
 
G
-
 
W
P
 
T
D
 
D
A
 
H
G
 
T
F
 
F
P
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
W
 
-
C
 
-
I
 
M
F
 
Y
T
 
D
P
 
K
V
 
V
A
 
R
D
 
I
T
 
R
D
 
D
E
 
E
T
 
V
A
 
I
L
 
C
K
 
S
R
 
N
L
 
F
R
 
I
S
 
Q
F
 
I
W
 
F
E
 
A
A
 
T
L
 
E
G
 
G
S
 
C
K
 
K
V
 
M
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
D
 
S
A
 
C
E
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
K
V
 
S
S
x
Q
H
 
F
L
 
I
P
 
T
H
 
H
I
 
T
I
 
I
A
 
G
Y
 
R
N
 
T
I
 
L
V
 
-
G
 
G
T
 
E
A
 
M
D
 
D
D
 
I
L
 
Q
E
 
S
T
 
T
V
 
P
T
 
I
E
 
D
S
 
T
E
 
K
V
 
-
I
 
-
K
 
-
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
G
F
 
F
R
 
E
D
 
T
F
 
L
T
 
V
R
 
K
L
 
L
A
 
K
A
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
E
T
 
T
M
 
M
W
 
M
R
 
R
D
|
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012759184.1 NCBI__GCF_000023185.1:WP_012759184.1
MSVQFDRIALIGIGLIGSSLAYDIRRLGLAREIVVATRSPDTLKRAEELGLGDRYTTSSQ
DAVKDADLVIVSVPVGASESVAKEISASLKPGAIVTDVGSTKASVIAQMLPHMPDNVHFI
PGHPLAGTEKSGPDAGFPGLFEGRWCIFTPVADTDETALKRLRSFWEALGSKVDEMDAEH
HDKVLAIVSHLPHIIAYNIVGTADDLETVTESEVIKYSASGFRDFTRLAASDPTMWRDVC
LHNRDAILEMLARFSEDLAYLQRAIRWGEGDKIFELFTRTRAIRRSIVQAGQDVDAPDFG
RHALDKK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory