SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012972939.1 NCBI__GCF_000010725.1:WP_012972939.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

1rkvA Structure of phosphate complex of thrh from pseudomonas aeruginosa (see paper)
33% identity, 90% coverage: 9:201/215 of query aligns to 5:196/206 of 1rkvA

query
sites
1rkvA
A
 
A
F
 
C
V
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
M
 
I
W
 
W
P
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
R
 
K
F
 
T
A
 
G
L
 
I
P
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
E
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
D
T
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
V
 
D
A
 
V
L
 
L
M
 
M
D
 
K
K
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
R
A
 
I
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
G
 
H
G
 
G
I
 
L
G
 
K
I
 
L
Q
 
G
P
 
D
I
 
I
L
 
Q
T
 
E
E
 
V
L
 
I
R
 
A
R
 
T
L
 
L
A
 
K
P
 
P
L
 
L
P
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
V
D
 
E
F
 
F
V
 
V
R
 
D
D
 
W
L
 
L
K
 
R
R
 
E
R
 
R
G
 
F
T
 
Q
V
 
V
V
 
V
L
 
I
V
 
L
S
|
S
D
|
D
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
P
 
E
M
 
F
N
 
S
S
 
Q
D
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
R
R
 
Q
F
 
L
D
 
G
L
 
F
D
 
P
R
 
T
I
 
L
I
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
F
 
L
L
 
E
I
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
S
G
 
D
M
 
R
I
 
V
A
 
V
G
 
G
C
 
Y
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
-
 
K
D
 
D
P
 
P
W
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
-
G
 
-
K
|
K
H
 
R
L
 
Q
C
 
S
Y
 
V
D
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
S
S
 
L
G
 
Y
G
 
Y
F
 
R
A
 
V
F
 
I
A
 
A
V
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
S
L
 
Y
N
 
N
D
 
D
V
 
T
E
 
T
M
 
M
L
 
L
R
 
S
R
 
E
A
 
A
T
 
H
R
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
L
F
 
F
R
 
H
P
 
A
S
 
P
A
 
E
K
 
N
T
 
V
R
 
I
S
 
R
S
 
E
A
 
F
P
 
P
D
 
Q
L
 
F
S
 
P
V
 
A
A
 
V
T
 
H
E
 
T
Y
 
Y
G
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
R
A
 
E
F
 
F

1rkuA Crystal structure of thrh gene product of pseudomonas aeruginosa (see paper)
33% identity, 90% coverage: 9:201/215 of query aligns to 5:196/206 of 1rkuA

query
sites
1rkuA
A
 
A
F
 
C
V
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
M
 
I
W
 
W
P
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
R
 
K
F
 
T
A
 
G
L
 
I
P
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
E
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
D
T
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
V
 
D
A
 
V
L
 
L
M
 
M
D
 
K
K
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
R
A
 
I
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
G
 
H
G
 
G
I
 
L
G
 
K
I
 
L
Q
 
G
P
 
D
I
 
I
L
 
Q
T
 
E
E
 
V
L
 
I
R
 
A
R
 
T
L
 
L
A
 
K
P
 
P
L
 
L
P
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
V
D
 
E
F
 
F
V
 
V
R
 
D
D
 
W
L
 
L
K
 
R
R
 
E
R
 
R
G
 
F
T
 
Q
V
 
V
V
 
V
L
 
I
V
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
P
 
E
M
 
F
N
 
S
S
 
Q
D
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
R
R
 
Q
F
 
L
D
 
G
L
 
F
D
 
P
R
 
T
I
 
L
I
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
F
 
L
L
 
E
I
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
S
G
 
D
M
 
R
I
 
V
A
 
V
G
 
G
C
 
Y
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
-
 
K
D
 
D
P
 
P
W
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
K
H
 
R
L
 
Q
C
 
S
Y
 
V
D
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
S
S
 
L
G
 
Y
G
 
Y
F
 
R
A
 
V
F
 
I
A
 
A
V
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
S
L
 
Y
N
 
N
D
 
D
V
 
T
E
 
T
M
 
M
L
 
L
R
 
S
R
 
E
A
 
A
T
 
H
R
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
L
F
 
F
R
 
H
P
 
A
S
 
P
A
 
E
K
 
N
T
 
V
R
 
I
S
 
R
S
 
E
A
 
F
P
 
P
D
 
Q
L
 
F
S
 
P
V
 
A
A
 
V
T
 
H
E
 
T
Y
 
Y
G
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
R
A
 
E
F
 
F

Q9I2Y2 Phosphoserine phosphatase ThrH; PSP; PSPase; EC 3.1.3.3 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
33% identity, 90% coverage: 9:201/215 of query aligns to 4:195/205 of Q9I2Y2

query
sites
Q9I2Y2
A
 
A
F
 
C
V
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
M
 
I
W
 
W
P
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
R
 
K
F
 
T
A
 
G
L
 
I
P
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
K
E
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
D
T
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
V
 
D
A
 
V
L
 
L
M
 
M
D
 
K
K
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
R
A
 
I
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
G
 
H
G
 
G
I
 
L
G
 
K
I
 
L
Q
 
G
P
 
D
I
 
I
L
 
Q
T
 
E
E
 
V
L
 
I
R
 
A
R
 
T
L
 
L
A
 
K
P
 
P
L
 
L
P
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
V
D
 
E
F
 
F
V
 
V
R
 
D
D
 
W
L
 
L
K
 
R
R
 
E
R
 
R
G
 
F
T
 
Q
V
 
V
V
 
V
L
 
I
V
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
P
 
E
M
 
F
N
 
S
S
 
Q
D
 
P
L
 
L
V
 
M
G
 
R
R
 
Q
F
 
L
D
 
G
L
 
F
D
 
P
R
 
T
I
 
L
I
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
F
 
L
L
 
E
I
 
I
D
 
D
G
 
D
D
 
S
G
 
D
M
 
R
I
 
V
A
 
V
G
 
G
C
 
Y
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
-
 
K
D
 
D
P
 
P
W
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
K
H
 
R
L
 
Q
C
 
S
Y
 
V
D
 
I
L
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
S
S
 
L
G
 
Y
G
 
Y
F
 
R
A
 
V
F
 
I
A
 
A
V
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
S
L
 
Y
N
 
N
D
 
D
V
 
T
E
 
T
M
 
M
L
 
L
R
 
S
R
 
E
A
 
A
T
 
H
R
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
L
F
 
F
R
 
H
P
 
A
S
 
P
A
 
E
K
 
N
T
 
V
R
 
I
S
 
R
S
 
E
A
 
F
P
 
P
D
 
Q
L
 
F
S
 
P
V
 
A
A
 
V
T
 
H
E
 
T
Y
 
Y
G
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
R
A
 
E
F
 
F

1l7oA Crystal structure of phosphoserine phosphatase in apo form (see paper)
24% identity, 73% coverage: 27:183/215 of query aligns to 20:183/200 of 1l7oA

query
sites
1l7oA
D
 
D
R
 
E
F
 
I
A
 
A
L
 
R
P
 
E
A
 
A
-
 
G
L
 
V
R
 
E
E
 
E
T
 
E
T
 
V
R
 
K
E
 
K
T
 
I
P
 
T
D
 
N
Y
 
F
V
 
E
A
 
Q
L
 
S
M
 
L
D
 
R
K
 
K
R
 
R
I
 
V
A
 
S
A
 
L
L
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
-
G
 
-
I
 
L
G
 
P
I
 
I
Q
 
E
P
 
K
I
 
V
L
 
E
T
 
K
E
 
A
L
 
I
R
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
T
P
 
P
L
 
T
P
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
E
D
 
E
F
 
T
V
 
I
R
 
K
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
N
R
 
R
G
 
G
T
 
Y
V
 
V
V
 
V
-
 
A
L
 
V
V
 
V
S
 
S
D
 
G
S
 
G
F
 
F
G
 
D
P
 
I
M
 
A
N
 
V
S
 
N
D
 
K
L
 
I
V
 
K
G
 
E
R
 
K
F
 
L
D
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
Y
I
 
A
I
 
F
C
 
A
H
 
N
R
 
R
F
 
L
L
 
I
I
 
V
D
 
K
G
 
-
D
 
D
G
 
G
M
 
K
I
 
L
A
 
T
G
 
G
C
 
D
D
 
V
P
 
E
W
 
G
N
 
E
G
 
V
F
 
L
R
 
K
-
 
E
-
 
N
G
 
A
K
 
K
H
 
G
L
 
E
C
 
I
Y
 
L
D
 
E
L
 
K
F
 
I
P
 
A
R
 
K
S
 
I
G
 
E
G
 
G
F
 
I
A
 
N
F
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
T
-
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
G
L
 
A
N
 
N
D
 
D
V
 
I
E
 
S
M
 
M
L
 
F
R
 
K
R
 
K
A
 
A
T
 
G
R
 
L
G
 
K
V
 
I
L
 
A
F
 
F
-
 
C
-
 
A
R
 
K
P
 
P
S
 
I
A
 
L
K
 
K
T
 
E
R
 
K
S
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012972939.1 NCBI__GCF_000010725.1:WP_012972939.1
MTTPVPSTAFVDLEGVLVPEMWPFLADRFALPALRETTRETPDYVALMDKRIAALRQGGI
GIQPILTELRRLAPLPGAIDFVRDLKRRGTVVLVSDSFGPMNSDLVGRFDLDRIICHRFL
IDGDGMIAGCDPWNGFRGKHLCYDLFPRSGGFAFAVGDALNDVEMLRRATRGVLFRPSAK
TRSSAPDLSVATEYGELLAAFDSSYRRHQGGGQEG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory