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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_013010962.1 NCBI__GCF_000025725.1:WP_013010962.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
59% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 4:472/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E132) binding Mg(2+)
E215 (= E211) binding Mg(2+)
E223 (= E219) binding Mg(2+)
E361 (= E357) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
58% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 2:464/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ F126), E130 (= E130), K209 (≠ N207), I224 (≠ M222), F226 (= F224), H272 (= H270), S274 (= S272), R340 (= R338), R345 (= R343), R357 (= R355)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E130), E132 (= E132), E213 (= E211), E221 (= E219), H270 (= H268), E359 (= E357), R361 (= R359)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
55% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 5:477/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (≠ E11) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
55% identity, 100% coverage: 1:466/468 of query aligns to 1:467/469 of P0A9C5

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sites
P0A9C5

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
Y398 (= Y397) modified: O-AMP-tyrosine

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
55% identity, 99% coverage: 2:466/468 of query aligns to 1:466/468 of 1fpyA

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sites
1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G128), E129 (= E130), E207 (= E206), T223 (≠ M222), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), R355 (= R355), E357 (= E357)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E130), E131 (= E132), E212 (= E211), E220 (= E219), H269 (= H268), E357 (= E357)
binding phosphinothricin: E131 (= E132), E212 (= E211), G265 (= G264), H269 (= H268), R321 (= R320), E327 (= E326), R359 (= R359)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
55% identity, 99% coverage: 2:466/468 of query aligns to 1:466/468 of 1f1hA

query
sites
1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E130), E207 (= E206), H210 (= H209), E220 (= E219), T223 (≠ M222), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), R355 (= R355)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E130), E131 (= E132), E212 (= E211), E220 (= E219), H269 (= H268), E357 (= E357)

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
54% identity, 100% coverage: 1:466/468 of query aligns to 1:467/469 of P0A1P6

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P0A1P6

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E130 (= E130) binding Mn(2+)
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NG 265:266 (= NG 263:264) binding L-glutamate
H270 (= H268) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 270:272) binding ATP
R322 (= R320) binding L-glutamate
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R360 (= R359) binding L-glutamate

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
55% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 4:476/477 of 1htoA

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sites
1htoA

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active site: D53 (= D51), E132 (= E130), E134 (= E132), E218 (= E211), E226 (= E219), H275 (= H268), R346 (= R338), E365 (= E357), R367 (= R359)
binding adenosine monophosphate: Y128 (≠ F126), G130 (= G128), E132 (= E130), F231 (= F224), H277 (= H270), S279 (= S272), R363 (= R355)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E130), H275 (= H268), E365 (= E357)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
55% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 5:477/478 of P9WN39

query
sites
P9WN39

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E133 (= E130) binding Mg(2+)
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E227 (= E219) binding Mg(2+)
H276 (= H268) binding Mg(2+)
E366 (= E357) binding Mg(2+)
Y406 (= Y397) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
55% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 3:475/476 of 2whiA

query
sites
2whiA

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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y127 (≠ F126), G129 (= G128), F230 (= F224), H276 (= H270), S278 (= S272), W280 (= W274), K359 (= K352), R362 (= R355)
binding magnesium ion: E131 (= E130), E131 (= E130), E133 (= E132), E217 (= E211), E225 (= E219), E225 (= E219), H274 (= H268), E364 (= E357)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E131 (= E130), E133 (= E132), E217 (= E211), E225 (= E219), G270 (= G264), H274 (= H268), R327 (= R320), E333 (= E326), R345 (= R338), R366 (= R359)
binding phosphate ion: E131 (= E130), R350 (= R343), E364 (= E357)

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
55% identity, 100% coverage: 2:467/468 of query aligns to 2:474/475 of 4acfA

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4acfA

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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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2bvcA

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4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
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2wgsA

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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y122 (≠ F126), G124 (= G128), E126 (= E130), N222 (≠ D221), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), W275 (= W274), K354 (= K352), R357 (= R355)

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
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binding glutamic acid: E125 (= E132), N258 (= N263), G259 (= G264), G261 (= G266), H263 (= H268), R315 (= R320), R349 (= R359)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E130), E125 (= E132), E206 (= E211), E214 (= E219), H263 (= H268), E347 (= E357)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
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binding adenosine monophosphate: E201 (= E206), T217 (≠ M222), F219 (= F224), H265 (= H270), S267 (= S272), R345 (= R355)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E130), E125 (= E132), E206 (= E211), E214 (= E219), H263 (= H268), E347 (= E357)

4s17A The crystal structure of glutamine synthetase from bifidobacterium adolescentis atcc 15703
50% identity, 99% coverage: 2:466/468 of query aligns to 3:450/452 of 4s17A

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4s17A

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active site: D52 (= D51), E127 (= E130), E129 (= E132), E213 (= E211), E221 (= E219), H270 (= H268), R339 (= R338), E353 (= E357), R355 (= R359)
binding magnesium ion: E129 (= E132), E213 (= E211), E221 (= E219)

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
46% identity, 99% coverage: 4:466/468 of query aligns to 8:474/476 of 5zlpL

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sites
5zlpL

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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G128), E134 (= E130), F213 (≠ E206), F230 (= F224), H276 (= H270), S278 (= S272), R349 (= R343), R360 (= R355)
binding magnesium ion: E136 (= E132), E218 (= E211), E225 (= E219)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E132), E218 (= E211), G270 (= G264), H274 (= H268), E332 (= E326), R344 (= R338), R364 (= R359)

Query Sequence

>WP_013010962.1 NCBI__GCF_000025725.1:WP_013010962.1
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VKNTACKYGKSATFMPKPLFEDNGSGMHVHQSLWKDGQPLFAGEEYAGMSEMALYYIGGI
IKHAHTIAAFTNPTTNSYKRLVPGFEAPVSLAYSSRNRSASLRIPMYSPSPKAKRVEVRF
PDPMANPYLAFTVMMMAGLDGIQNKIDPGEPMDKNLYDLDPIELSSIPQMPSSLEQAINA
LEKDHDFLLKGDVFTEDVIASWVEWKRDEISGLNSRPHPYEFFMYYDN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory