SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_013011218.1 NCBI__GCF_000025725.1:WP_013011218.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6yu6B Crystal structure of mhst in complex with l-leucine (see paper)
45% identity, 100% coverage: 2:444/445 of query aligns to 2:444/446 of 6yu6B

query
sites
6yu6B

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binding leucine: S18 (= S18), A19 (= A19), G21 (= G21), G23 (= G23), F223 (= F222), T224 (= T223), S226 (= S225), M229 (= M228), L321 (≠ I320)

6yu5A Crystal structure of mhst in complex with l-valine (see paper)
45% identity, 98% coverage: 2:439/445 of query aligns to 2:439/441 of 6yu5A

query
sites
6yu5A

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binding valine: S18 (= S18), A19 (= A19), G23 (= G23), Y101 (= Y101), F223 (= F222), T224 (= T223), S226 (= S225), S317 (= S316)

6yu3A Crystal structure of mhst in complex with l-phenylalanine (see paper)
45% identity, 98% coverage: 2:439/445 of query aligns to 2:439/441 of 6yu3A

query
sites
6yu3A

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6yu2A Crystal structure of mhst in complex with l-isoleucine (see paper)
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6yu2A

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4us3A Crystal structure of the bacterial nss member mhst in an occluded inward-facing state (see paper)
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4us3A

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binding sodium ion: G17 (= G17), A19 (= A19), V20 (= V20), V20 (= V20), G21 (= G21), N24 (= N24), T224 (= T223), D256 (= D255), A313 (= A312), S316 (= S315), S317 (= S316)
binding tryptophan: S18 (= S18), A19 (= A19), L22 (= L22), G23 (= G23), Y101 (= Y101), F223 (= F222), T224 (= T223), S226 (= S225), M229 (= M228), S320 (= S319), L321 (≠ I320)

6yu7A Crystal structure of mhst in complex with l-tyrosine (see paper)
45% identity, 98% coverage: 2:439/445 of query aligns to 2:439/442 of 6yu7A

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sites
6yu7A

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binding tyrosine: S18 (= S18), A19 (= A19), G21 (= G21), G23 (= G23), Y101 (= Y101), F223 (= F222), T224 (= T223), S226 (= S225), M229 (= M228), L321 (≠ I320)

6yu4A Crystal structure of mhst in complex with l-4f-phenylalanine (see paper)
45% identity, 98% coverage: 2:439/445 of query aligns to 2:439/442 of 6yu4A

query
sites
6yu4A

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binding 4-fluoro-l-phenylalanine: S18 (= S18), A19 (= A19), G21 (= G21), L22 (= L22), G23 (= G23), Y101 (= Y101), F223 (= F222), T224 (= T223), S226 (= S225), M229 (= M228), L321 (≠ I320)

4us4A Crystal structure of the bacterial nss member mhst in an occluded inward-facing state (lipidic cubic phase form) (see paper)
45% identity, 97% coverage: 10:439/445 of query aligns to 1:430/433 of 4us4A

query
sites
4us4A

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binding (2s)-2,3-dihydroxypropyl(7z)-pentadec-7-enoate: A173 (≠ I182), T180 (= T189), I287 (= I295), R288 (≠ P296), L289 (≠ F297)
binding sodium ion: G8 (= G17), S9 (= S18), A10 (= A19), V11 (= V20), V11 (= V20), N15 (= N24), T215 (= T223), D247 (= D255), A304 (= A312), S307 (= S315), S308 (= S316)
binding tryptophan: S9 (= S18), A10 (= A19), G12 (= G21), G14 (= G23), Y92 (= Y101), F214 (= F222), T215 (= T223), S217 (= S225), M220 (= M228), L312 (≠ I320)

3gwwA Leucine transporter leut in complex with s-fluoxetine (see paper)
29% identity, 96% coverage: 2:430/445 of query aligns to 1:448/501 of 3gwwA

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sites
3gwwA

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binding leucine: A18 (= A19), G20 (= G21), G22 (= G23), F246 (= F222), T247 (= T223), S249 (= S225), F252 (≠ M228)
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binding sodium ion: G16 (= G17), N17 (≠ S18), A18 (= A19), V19 (= V20), V19 (= V20), G20 (= G21), N23 (= N24), T247 (= T223), N279 (≠ D255), A344 (= A312), T347 (≠ S315), S348 (= S316)
binding tryptophan: R7 (≠ Q8), A18 (= A19), G20 (= G21), L21 (= L22), G22 (= G23), R26 (≠ K27), Y104 (= Y101), G242 (= G218), F246 (= F222), F246 (= F222), T247 (= T223), S249 (= S225), F252 (≠ M228), D265 (≠ K241), Q266 (≠ E242), D267 (≠ S243), F299 (= F267), N303 (≠ F271), A306 (≠ G274), I307 (≠ L275), A310 (= A278), N314 (≠ G282), S348 (= S316), I352 (= I320), D397 (= D376), G401 (≠ S380), T402 (≠ N381), G432 (≠ D412)

3mpnA F177r1 mutant of leut (see paper)
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3mpnA

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binding leucine: N17 (≠ S18), A18 (= A19), G20 (= G21), L21 (= L22), G22 (= G23), Y104 (= Y101), F247 (= F222), T248 (= T223), S250 (= S225), F253 (≠ M228), S349 (= S316)
binding S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate: C171 (≠ I151), A377 (≠ G344)

2q6hA Crystal structure analysis of leut complexed with l-leucine, sodium, and clomipramine (see paper)
29% identity, 96% coverage: 2:430/445 of query aligns to 3:453/512 of 2q6hA

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2q6hA

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binding 3-(3-chloro-5h-dibenzo[b,f]azepin-5-yl)-n,n-dimethylpropan-1-amine: R28 (≠ K27), Q32 (≠ I31), R189 (= R167), F190 (≠ W168), I193 (= I171), F316 (≠ P281), F346 (= F311), L396 (= L372), D397 (= D373)
binding leucine: A20 (= A19), G22 (= G21), G24 (= G23), Y106 (= Y101), F249 (= F222), T250 (= T223), S252 (= S225), F255 (≠ M228)
binding sodium ion: G18 (= G17), A20 (= A19), V21 (= V20), V21 (= V20), G22 (= G21), N25 (= N24), T250 (= T223), N282 (≠ D255), A347 (= A312), T350 (≠ S315), S351 (= S316)

3gwvA Leucine transporter leut in complex with r-fluoxetine (see paper)
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3uspA Crystal structure of leut in heptyl-beta-d-selenoglucoside (see paper)
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binding heptyl 1-seleno-beta-D-glucopyranoside: K117 (= K114), L122 (≠ S119), E153 (vs. gap), I155 (vs. gap), K157 (vs. gap), P158 (vs. gap), F161 (vs. gap), Y163 (vs. gap), H385 (≠ D363), H385 (≠ D363), L386 (≠ F364), F389 (≠ I367), F389 (≠ I367), L394 (= L372), D395 (= D373), D398 (= D376), P439 (≠ F418), Y442 (≠ W421)
binding leucine: A18 (= A19), G20 (= G21), G22 (= G23), F247 (= F222), T248 (= T223), S250 (= S225), F253 (≠ M228)
binding sodium ion: G16 (= G17), A18 (= A19), V19 (= V20), V19 (= V20), G20 (= G21), N23 (= N24), T248 (= T223), N280 (≠ D255), A345 (= A312), T348 (≠ S315), S349 (= S316)

2qb4A Crystal structure analysis of leut complexed with l-leucine, sodium and desipramine (see paper)
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binding 3-(10,11-dihydro-5h-dibenzo[b,f]azepin-5-yl)-n-methylpropan-1-amine: R26 (≠ K27), V29 (≠ Y30), Q30 (≠ I31), I107 (≠ V104), R187 (= R167), F188 (≠ W168), I191 (= I171), A313 (≠ G280), F314 (≠ P281), F344 (= F311), D395 (= D373)
binding leucine: A18 (= A19), G20 (= G21), L21 (= L22), G22 (= G23), Y104 (= Y101), F247 (= F222), T248 (= T223), S250 (= S225), F253 (≠ M228)
binding sodium ion: G16 (= G17), A18 (= A19), V19 (= V20), V19 (= V20), G20 (= G21), N23 (= N24), T248 (= T223), N280 (≠ D255), A345 (= A312), T348 (≠ S315), S349 (= S316)

2qeiA Crystal structure analysis of leut complexed with l-alanine, sodium, and clomipramine (see paper)
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binding alanine: A19 (= A19), G21 (= G21), G23 (= G23), Y105 (= Y101), F248 (= F222), T249 (= T223), S251 (= S225)
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2q72A Crystal structure analysis of leut complexed with l-leucine, sodium, and imipramine (see paper)
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binding 3-(5h-dibenzo[b,f]azepin-5-yl)-n,n-dimethylpropan-1-amine: R27 (≠ K27), V30 (≠ Y30), Q31 (≠ I31), R188 (= R167), F189 (≠ W168), I192 (= I171), A314 (≠ G280), F315 (≠ P281), F345 (= F311), D396 (= D373)
binding leucine: A19 (= A19), G21 (= G21), L22 (= L22), G23 (= G23), Y105 (= Y101), F248 (= F222), T249 (= T223), S251 (= S225), F254 (≠ M228)
binding sodium ion: G17 (= G17), A19 (= A19), V20 (= V20), V20 (= V20), G21 (= G21), N24 (= N24), T249 (= T223), N281 (≠ D255), A346 (= A312), T349 (≠ S315), S350 (= S316)

3gwuA Leucine transporter leut in complex with sertraline (see paper)
29% identity, 96% coverage: 2:430/445 of query aligns to 1:451/509 of 3gwuA

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3gwuA

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binding leucine: A18 (= A19), G20 (= G21), G22 (= G23), Y104 (= Y101), F247 (= F222), T248 (= T223), S250 (= S225), F253 (≠ M228)
binding (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine: L25 (≠ W26), R26 (≠ K27), Y104 (= Y101), F247 (= F222), A313 (≠ G280), D395 (= D373), D398 (= D376)

Query Sequence

>WP_013011218.1 NCBI__GCF_000025725.1:WP_013011218.1
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WFFLIRFVTPVTIFIVFLNKIGLFG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory