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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_013074537.1 NCBI__GCF_000092905.1:WP_013074537.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
56% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 4:473/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E131) binding Mg(2+)
E215 (= E211) binding Mg(2+)
E223 (= E219) binding Mg(2+)
E361 (= E358) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
56% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 2:465/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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active site: D51 (= D51), E130 (= E129), E132 (= E131), E213 (= E211), E221 (= E219), H270 (= H268), R340 (= R339), E359 (= E358), R361 (= R360)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (= Y125), E130 (= E129), K209 (≠ R207), I224 (≠ F222), F226 (= F224), H272 (= H270), S274 (= S272), R340 (= R339), R345 (= R344), R357 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E129), E132 (= E131), E213 (= E211), E221 (= E219), H270 (= H268), E359 (= E358), R361 (= R360)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
55% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 5:478/478 of A0R079

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A0R079

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K14 (≠ R11) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
54% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 5:478/478 of P9WN39

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P9WN39

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Y406 (= Y402) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
54% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 2:475/475 of 4acfA

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sites
4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
54% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 2:475/475 of 3zxvA

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3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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binding magnesium ion: E131 (= E129), E131 (= E129), E133 (= E131), E217 (= E211), E225 (= E219), E225 (= E219), H274 (= H268), E364 (= E358)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E131 (= E129), E133 (= E131), E217 (= E211), E225 (= E219), G270 (= G264), H274 (= H268), R327 (= R321), E333 (= E327), R345 (= R339), R366 (= R360)
binding phosphate ion: E131 (= E129), R350 (= R344), E364 (= E358)

4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
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2wgsA

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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y122 (= Y125), G124 (= G127), E126 (= E129), N222 (= N221), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), W275 (≠ F274), K354 (= K353), R357 (= R356)

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
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1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G127), E129 (= E129), E207 (= E206), T223 (≠ F222), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), R355 (= R356), E357 (= E358)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E129), E131 (= E131), E212 (= E211), E220 (= E219), H269 (= H268), E357 (= E358)
binding phosphinothricin: E131 (= E131), E212 (= E211), G265 (= G264), H269 (= H268), R321 (= R321), E327 (= E327), R359 (= R360)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
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1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E129), E207 (= E206), H210 (= H209), E220 (= E219), T223 (≠ F222), F225 (= F224), H271 (= H270), S273 (= S272), R355 (= R356)
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P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
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P0A9C5

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
Y398 (= Y402) modified: O-AMP-tyrosine

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
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P0A1P6

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R322 (= R321) binding L-glutamate
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4s17A The crystal structure of glutamine synthetase from bifidobacterium adolescentis atcc 15703
50% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 3:452/452 of 4s17A

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4s17A

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binding magnesium ion: E129 (= E131), E213 (= E211), E221 (= E219)

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
50% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 1:445/445 of 2lgsA

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2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E131), N258 (= N263), G259 (= G264), G261 (= G266), H263 (= H268), R315 (= R321), R349 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E129), E125 (= E131), E206 (= E211), E214 (= E219), H263 (= H268), E347 (= E358)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
50% identity, 100% coverage: 2:474/474 of query aligns to 1:445/445 of 1lgrA

query
sites
1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E206), T217 (≠ F222), F219 (= F224), H265 (= H270), S267 (= S272), R345 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E129), E125 (= E131), E206 (= E211), E214 (= E219), H263 (= H268), E347 (= E358)

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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sites
5zlpL

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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G127), E134 (= E129), F213 (≠ E206), F230 (= F224), H276 (= H270), S278 (= S272), R349 (= R344), R360 (= R356)
binding magnesium ion: E136 (= E131), E218 (= E211), E225 (= E219)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E131), E218 (= E211), G270 (= G264), H274 (= H268), E332 (= E327), R344 (= R339), R364 (= R360)

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory