SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013092629.1 NCBI__GCF_000092885.1:WP_013092629.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5m3zA Crystal structure of citrobacter freundii methionine gamma-lyase with c115h replacement in the complex with l-norleucine (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 6:394/395 of 5m3zA

query
sites
5m3zA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
|
G
M
x
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
x
H
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
|
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
x
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

4omaA The crystal structure of methionine gamma-lyase from citrobacter freundii in complex with l-cycloserine pyridoxal-5'-phosphate (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 4omaA

query
sites
4omaA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
|
G
M
x
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
x
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

3jwbA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with norleucine (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 3jwbA

query
sites
3jwbA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
 
G
M
 
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
 
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

3jwaA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with methionine phosphinate (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 3jwaA

query
sites
3jwaA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
 
G
M
 
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
x
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

3jw9A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with s-ethyl-cysteine (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 3jw9A

query
sites
3jw9A
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
 
G
M
 
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
x
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

6egrA Crystal structure of citrobacter freundii methionine gamma-lyase with v358y replacement (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 6egrA

query
sites
6egrA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
 
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
|
G
M
x
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
|
T
I
x
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
 
V
G
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
Y
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

4hf8A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with glycine (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:395/396 of 4hf8A

query
sites
4hf8A
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
V
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
F
Q
 
-
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
 
Y
A
 
T
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
|
G
M
x
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
R
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
|
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
 
V
G
x
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

5dx5A Crystal structure of methionine gamma-lyase from clostridium sporogenes (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:411/413 of query aligns to 3:396/399 of 5dx5A

query
sites
5dx5A
M
 
I
D
 
K
K
 
K
Q
 
M
G
 
G
F
 
F
T
 
A
T
 
T
G
 
K
I
 
A
V
 
I
H
 
H
G
 
G
D
 
G
R
 
H
T
 
I
A
 
G
G
 
D
T
 
K
E
 
Q
H
 
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
R
 
A
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
Y
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
I
F
 
F
E
 
D
R
 
S
V
 
A
E
 
E
D
 
Q
L
 
G
I
 
G
G
 
R
V
 
R
F
 
F
Q
 
A
G
 
G
T
 
-
K
 
E
K
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
N
 
I
Y
|
Y
A
 
S
R
|
R
Q
 
L
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
S
A
 
T
A
 
E
L
 
V
E
 
E
R
 
N
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
L
L
 
L
E
 
E
E
 
G
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
A
V
 
V
C
 
V
F
 
A
S
 
A
T
x
S
G
|
G
M
|
M
A
 
G
G
 
A
I
 
I
T
 
A
A
 
A
T
 
S
F
 
L
L
 
W
T
 
S
L
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
S
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
V
V
 
V
S
 
A
S
 
S
R
 
D
Y
 
T
V
 
L
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
F
S
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
N
T
 
H
-
 
G
L
 
L
R
 
T
A
 
R
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
 
E
V
 
V
T
 
T
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
V
C
 
S
R
 
N
L
 
L
D
 
D
D
 
E
V
 
V
K
 
K
N
 
N
A
 
A
I
 
L
R
 
K
P
 
P
N
 
N
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
E
 
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
K
I
 
V
P
 
T
D
 
D
L
 
I
Q
 
R
G
 
K
I
 
I
G
 
S
D
 
N
V
 
M
C
 
V
R
 
H
E
 
E
-
 
S
-
 
N
R
 
K
G
 
E
I
 
C
A
 
F
Y
 
V
V
 
F
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
x
F
T
 
C
S
 
T
P
 
P
A
 
Y
L
 
I
F
 
Q
K
 
R
P
 
P
K
 
L
A
 
E
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
A
T
|
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
L
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
F
V
 
A
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
E
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
N
Q
 
Q
I
 
V
R
 
K
K
 
L
K
 
F
G
 
G
L
 
I
R
 
K
D
 
D
M
 
M
G
 
T
A
 
G
S
 
S
L
 
V
S
 
T
S
 
G
E
 
P
-
 
F
Q
 
E
A
 
S
H
 
F
S
 
L
I
 
I
A
 
I
M
 
R
G
 
G
A
 
M
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
K
S
 
H
S
 
C
D
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
M
A
 
E
L
 
V
A
 
A
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
S
H
 
H
E
 
P
A
 
A
I
 
V
G
 
E
K
 
K
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
E
S
 
S
H
 
F
P
 
K
Q
 
Y
Y
 
Y
D
 
Q
I
 
L
A
 
A
Q
 
R
T
 
E
L
 
Q
F
 
M
K
 
K
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
A
L
 
M
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
K
N
 
G
-
 
G
V
 
V
D
 
E
R
 
E
M
 
G
I
 
K
E
 
I
V
 
V
V
 
M
N
 
N
A
 
N
L
 
V
K
 
K
L
 
L
P
 
A
V
 
T
K
 
L
A
 
A
T
 
V
G
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
S
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
Y
G
 
T
P
 
A
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
K
A
 
A
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
S
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
A
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
D
D
 
D
F
 
L
A
 
K
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
D
L
 
L

3mkjA Methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with pyridoximine-5'- phosphate (see paper)
35% identity, 99% coverage: 5:412/413 of query aligns to 7:384/386 of 3mkjA

query
sites
3mkjA
G
 
G
F
 
F
T
 
N
T
 
T
G
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
A
D
 
G
R
 
Q
T
 
Q
A
 
P
G
 
D
T
 
P
E
 
S
H
 
T
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
S
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
F
T
 
Q
S
 
T
V
 
S
Q
 
T
Y
 
F
G
 
-
F
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
G
 
-
V
 
V
F
 
F
Q
 
D
G
 
S
T
 
A
K
 
E
K
 
Q
G
 
G
G
 
A
F
 
A
N
 
R
Y
 
F
A
 
L
R
 
-
Q
 
-
G
 
G
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
L
T
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
T
S
 
A
T
 
S
G
|
G
M
x
I
A
 
S
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
T
T
 
T
F
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
C
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
D
H
 
H
L
 
I
V
 
V
S
 
S
S
 
A
R
 
S
Y
 
A
V
 
I
F
x
Y
G
 
G
N
 
C
T
 
T
N
 
H
S
 
A
L
 
F
F
 
L
G
 
S
-
 
H
T
 
S
L
 
M
R
 
P
A
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
I
E
 
N
V
 
V
T
 
S
T
 
F
V
 
V
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
K
L
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
I
K
 
R
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
R
 
K
M
 
V
V
 
V
F
 
Y
V
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
T
T
 
L
Q
 
S
I
 
L
P
 
V
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
G
 
T
I
 
V
G
 
A
D
 
G
V
 
I
C
 
A
R
 
H
E
 
Q
R
 
Q
G
 
G
I
 
A
A
 
L
Y
 
L
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
x
F
T
 
M
S
 
S
P
 
P
A
 
Y
L
 
C
F
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
L
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
I
A
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
T
 
V
D
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
K
 
K
D
 
Q
Q
 
E
G
 
F
L
 
I
L
 
D
Q
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
F
K
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
I
-
 
T
G
 
G
A
 
G
S
 
C
L
 
M
S
 
S
S
 
P
E
 
F
Q
 
N
A
 
A
H
 
W
S
 
L
I
 
T
A
 
L
M
 
R
G
 
G
A
 
V
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
M
R
 
E
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
G
H
 
H
E
 
P
A
 
S
I
 
I
G
 
T
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
I
 
L
A
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
L
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
G
L
 
L
N
 
E
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
M
V
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
P
 
C
V
 
L
K
 
L
A
 
A
T
 
V
G
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
R
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
P
A
 
V
G
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
L
A
 
K
M
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
M
 
L
L
 
I
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
F
 
L
A
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
A

3vk3A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from pseudomonas putida c116h mutant complexed with l-methionine (see paper)
36% identity, 99% coverage: 5:413/413 of query aligns to 8:397/397 of 3vk3A

query
sites
3vk3A
G
 
G
F
 
F
T
 
A
T
 
T
G
 
R
I
 
A
V
 
I
H
 
H
G
 
H
D
 
G
R
 
Y
T
 
D
A
 
P
G
 
Q
T
 
D
E
 
H
H
 
G
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
V
Q
 
P
P
 
P
V
 
V
H
 
Y
T
 
Q
S
 
T
V
 
A
Q
 
T
Y
 
F
G
 
T
F
 
F
E
 
P
R
 
T
V
 
V
E
 
E
D
 
Y
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
C
F
 
F
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
K
 
Q
K
 
A
G
 
G
G
 
H
F
 
F
N
 
-
Y
 
Y
A
 
S
R
|
R
Q
 
I
G
 
S
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
A
 
N
A
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
R
I
 
M
T
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
G
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
L
S
 
A
T
 
S
G
 
G
M
 
M
A
 
G
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
S
T
 
T
F
 
L
L
 
W
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
H
 
E
L
 
V
V
 
L
S
 
L
S
 
G
R
 
N
Y
 
T
V
 
L
F
x
Y
G
 
G
N
 
H
T
 
T
N
 
F
S
 
A
-
 
F
L
 
L
F
 
H
G
 
H
T
 
G
L
 
I
R
 
G
A
 
E
L
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
K
V
 
L
T
 
R
T
 
H
V
 
V
D
 
D
A
 
M
C
 
A
R
 
D
L
 
L
D
 
Q
D
 
A
V
 
L
K
 
E
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
R
 
R
M
 
V
V
 
I
F
 
Y
V
 
F
E
 
E
T
 
S
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
N
T
 
M
Q
 
H
I
 
M
P
 
A
D
 
D
L
 
I
Q
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
A
D
 
K
V
 
I
C
 
A
R
 
R
E
 
K
R
 
H
G
 
G
I
 
A
A
 
T
Y
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
Y
T
 
C
S
 
T
P
 
P
A
 
Y
L
 
L
F
 
Q
K
 
R
P
 
P
K
 
L
A
 
E
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
 
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
L
A
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
I
L
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
T
 
V
D
 
G
T
 
S
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
L
 
V
-
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
K
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
M
-
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
V
L
 
L
S
 
S
S
 
P
E
 
H
Q
 
D
A
 
A
H
 
A
S
 
L
I
 
L
A
 
M
M
 
R
G
 
G
A
 
I
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
N
L
 
L
R
 
R
V
 
M
R
 
D
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
A
N
 
N
A
 
A
L
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
G
 
R
H
 
Q
E
 
P
A
 
Q
I
 
V
G
 
E
K
 
L
V
 
I
F
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
T
I
 
L
A
 
A
Q
 
R
T
 
Q
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
Q
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
M
L
 
I
S
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
G
L
 
I
N
 
G
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
F
V
 
M
N
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
P
 
F
V
 
S
K
 
R
A
 
A
T
x
V
G
x
S
L
|
L
G
 
G
D
 
D
T
 
A
R
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
S
A
 
Y
G
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
A
A
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
S
 
S
D
 
E
G
 
G
M
 
L
L
 
V
R
|
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
V
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
S
A
 
A

5x30C Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase c116h mutant with l-homocysteine intermediates. (see paper)
36% identity, 99% coverage: 5:413/413 of query aligns to 4:393/393 of 5x30C

query
sites
5x30C
G
 
G
F
 
F
T
 
A
T
 
T
G
 
R
I
 
A
V
 
I
H
 
H
G
 
H
D
 
G
R
 
Y
T
 
D
A
 
P
G
 
Q
T
 
D
E
 
H
H
 
G
G
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
V
Q
 
P
P
 
P
V
 
V
H
 
Y
T
 
Q
S
 
T
V
 
A
Q
 
T
Y
 
F
G
 
T
F
 
F
E
 
P
R
 
T
V
 
V
E
 
E
D
 
Y
L
 
G
I
 
A
G
 
A
V
 
C
F
 
F
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
K
 
Q
K
 
A
G
 
G
G
 
H
F
 
F
N
 
-
Y
|
Y
A
 
S
R
|
R
Q
 
I
G
 
S
T
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
A
 
N
A
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
R
I
 
M
T
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
G
G
 
G
V
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
L
C
 
A
F
 
L
S
 
A
T
 
S
G
 
G
M
 
M
A
 
G
G
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
S
T
 
T
F
 
L
L
 
W
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
D
H
 
E
L
 
V
V
 
L
S
 
L
S
 
G
R
 
N
Y
 
T
V
 
L
F
x
Y
G
 
G
N
 
H
T
 
T
N
 
F
S
 
A
-
 
F
L
 
L
F
 
H
G
 
H
T
 
G
L
 
I
R
 
G
A
 
E
L
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
K
V
 
L
T
 
R
T
 
H
V
 
V
D
 
D
A
 
M
C
 
A
R
 
D
L
 
L
D
 
Q
D
 
A
V
 
L
K
 
E
N
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
R
 
R
M
 
V
V
 
I
F
 
Y
V
 
F
E
 
E
T
 
S
I
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
P
G
 
N
T
 
M
Q
 
H
I
 
M
P
 
A
D
 
D
L
 
I
Q
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
A
D
 
K
V
 
I
C
 
A
R
 
R
E
 
K
R
 
H
G
 
G
I
 
A
A
 
T
Y
 
V
V
 
V
V
 
V
D
|
D
N
 
N
T
 
T
I
 
Y
T
 
C
S
 
T
P
 
P
A
 
Y
L
 
L
F
 
Q
K
 
R
P
 
P
K
 
L
A
 
E
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
N
 
H
S
 
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
T
 
Y
I
 
L
A
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
A
 
I
L
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
T
 
V
D
 
G
T
 
S
G
 
-
L
 
-
F
 
-
D
 
-
W
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
L
 
V
-
 
D
Q
 
R
I
 
I
R
 
R
K
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
D
M
 
M
-
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
V
L
 
L
S
 
S
S
 
P
E
 
H
Q
 
D
A
 
A
H
 
A
S
 
L
I
 
L
A
 
M
M
 
R
G
 
G
A
 
I
E
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
N
L
 
L
R
 
R
V
 
M
R
 
D
Q
 
R
S
 
H
S
 
C
D
 
A
N
 
N
A
 
A
L
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
G
 
R
H
 
Q
E
 
P
A
 
Q
I
 
V
G
 
E
K
 
L
V
 
I
F
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
T
I
 
L
A
 
A
Q
 
R
T
 
Q
L
 
Q
F
 
M
K
 
S
G
 
Q
A
 
P
S
 
G
W
 
G
L
 
M
L
 
I
S
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
G
L
 
I
N
 
G
V
 
A
D
 
G
R
 
R
M
 
-
I
 
-
E
 
R
V
 
F
V
 
M
N
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
P
 
F
V
 
S
K
 
R
A
 
A
T
 
V
G
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
A
R
 
E
T
 
S
L
 
L
I
 
A
I
 
Q
P
 
H
V
 
P
A
 
A
P
 
S
T
 
M
I
 
T
F
 
H
F
 
S
E
 
S
A
 
Y
G
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
E
R
 
R
K
 
A
A
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
S
 
S
D
 
E
G
 
G
M
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
V
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
V
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
S
A
 
A

7kb1C Complex of o-acety-l-homoserine aminocarboxypropyltransferase (mety) from thermotoga maritima and a key reaction intermediate (see paper)
33% identity, 99% coverage: 3:410/413 of query aligns to 4:424/428 of 7kb1C

query
sites
7kb1C
K
 
K
Q
 
Y
G
 
G
F
 
Y
T
 
N
T
 
T
G
 
R
I
 
A
V
 
L
H
 
H
-
 
A
G
 
G
D
 
Y
R
 
E
T
 
P
A
 
P
G
 
E
T
 
Q
E
 
A
H
 
T
G
 
G
A
 
S
L
 
R
R
 
A
Q
 
V
P
 
P
V
 
I
H
 
Y
T
 
Q
S
 
T
V
 
T
Q
 
S
Y
 
Y
G
 
V
F
 
F
E
 
-
R
 
R
V
 
D
E
 
S
D
 
D
L
 
H
I
 
A
G
 
A
V
 
R
F
 
L
Q
 
F
G
 
A
T
 
L
K
 
E
K
&n