SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013258465.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013258465.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
54% identity, 98% coverage: 2:229/233 of query aligns to 2:226/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
E
 
S
L
 
L
R
 
K
E
 
N
I
 
I
T
 
F
K
 
R
T
 
S
Y
 
Y
N
 
R
L
 
N
G
 
G
E
 
D
V
 
Q
Q
 
E
V
 
L
P
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
I
S
 
N
L
 
L
G
 
E
V
 
V
A
 
N
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
M
 
M
N
 
N
I
 
T
M
 
I
G
 
G
C
 
M
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
L
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
E
D
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
V
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
F
 
F
S
 
F
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
K
T
 
L
S
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
A
 
E
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
D
 
V
Q
 
S
P
 
S
G
 
S
D
 
K
R
 
R
Q
 
-
A
 
-
R
 
R
K
 
K
R
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
E
M
 
Y
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
E
R
 
R
M
 
S
H
 
H
H
 
H
E
 
L
P
 
P
N
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
S
L
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
T
K
 
K
T
 
T
S
 
G
Q
 
N
E
 
Q
V
 
I
L
 
M
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
V
K
 
D
L
 
L
N
 
N
E
 
K
E
 
E
D
 
-
G
 
G
I
 
K
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
A
 
P
E
 
E
V
 
I
A
 
A
R
 
A
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
R
 
R
T
 
Q
I
 
I
A
 
V
I
 
I
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
S
A
 
S
D
 
D
G
 
S
A
 
A
E
 
Q

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
52% identity, 94% coverage: 3:221/233 of query aligns to 1:221/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
K
E
 
N
I
 
V
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
|
Y
N
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
I
V
 
I
P
 
Y
V
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
L
G
 
N
V
 
I
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
M
 
L
N
 
N
I
 
I
M
 
I
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
K
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
V
L
 
Y
L
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
I
D
 
K
V
 
T
A
 
N
G
 
D
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
I
R
 
R
N
 
R
R
 
D
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
R
 
L
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
E
M
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
I
-
 
F
A
 
K
Y
 
Y
A
 
R
A
 
G
D
 
A
Q
 
M
P
 
S
G
 
G
D
 
E
R
 
-
Q
 
E
A
 
R
R
 
R
K
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
C
L
 
L
E
 
K
R
 
M
V
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
F
-
 
A
H
 
N
H
 
H
E
 
K
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
P
L
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
K
T
 
T
S
 
G
Q
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
N
E
 
E
E
 
E
D
 
D
G
 
G
I
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
I
E
 
N
V
 
V
A
 
A
R
 
R
H
 
F
A
 
G
K
 
E
R
 
R
T
 
I
I
 
I
A
 
Y
I
 
L
S
 
K
D
 
D
G
 
G

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
51% identity, 94% coverage: 3:221/233 of query aligns to 1:221/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
K
E
 
N
I
 
V
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
|
Y
N
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
V
 
E
Q
 
I
V
 
I
P
 
Y
V
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
V
S
 
N
L
 
L
G
 
N
V
 
I
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
M
 
L
N
 
N
I
 
I
M
 
I
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
K
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
V
L
 
Y
L
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
I
D
 
K
V
 
T
A
 
N
G
 
D
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
I
R
 
R
N
 
R
R
 
D
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
R
 
L
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
E
M
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
I
-
 
F
A
 
K
Y
 
Y
A
 
R
A
 
G
D
 
A
Q
 
M
P
 
S
G
 
G
D
 
E
R
 
-
Q
 
E
A
 
R
R
 
R
K
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
C
L
 
L
E
 
K
R
 
M
V
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
x
F
-
 
A
H
 
N
H
 
H
E
 
K
P
 
P
N
 
N
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
P
L
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
K
T
 
T
S
 
G
Q
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
N
E
 
E
E
 
E
D
 
D
G
 
G
I
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
A
 
I
E
 
N
V
 
V
A
 
A
R
 
R
H
 
F
A
 
G
K
 
E
R
 
R
T
 
I
I
 
I
A
 
Y
I
 
L
S
 
K
D
 
D
G
 
G

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 1:226/233 of query aligns to 1:223/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
M
 
M
Q
 
N
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
I
R
 
K
E
 
Q
I
 
L
T
 
N
K
 
R
T
 
Y
Y
x
F
N
 
G
L
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
N
Q
 
R
V
 
V
P
 
H
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
D
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
S
V
 
I
A
 
E
Q
 
R
G
 
G
E
 
D
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
M
N
 
N
I
 
I
M
 
I
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
A
S
 
T
A
 
G
G
 
G
Q
 
S
Y
 
S
L
 
K
L
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
T
A
 
I
G
 
E
F
 
L
S
 
T
A
 
N
D
 
D
Q
 
Q
R
 
L
A
 
S
R
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
S
R
 
Q
K
 
K
I
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
|
Q
N
 
R
F
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
D
 
-
Q
 
M
P
 
P
G
 
-
D
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
A
 
R
R
 
L
K
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
Q
M
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
x
K
M
 
W
H
 
Q
H
 
N
E
 
K
P
 
P
N
 
N
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
M
N
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
Q
 
E
E
 
N
V
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
I
F
 
L
A
 
R
K
 
Q
L
 
L
N
 
H
E
 
E
E
 
E
D
 
-
G
 
G
I
 
H
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
K
E
 
H
V
 
I
A
 
A
R
 
A
H
 
S
A
 
A
K
 
N
R
 
R
T
 
I
I
 
I
A
 
E
I
 
I
S
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
S
D
 
D

5lj7A Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atp (p21) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 1:226/233 of query aligns to 1:223/592 of 5lj7A

query
sites
5lj7A
M
 
M
Q
 
N
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
I
R
 
K
E
 
Q
I
 
L
T
 
N
K
 
R
T
 
Y
Y
 
F
N
 
G
L
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
N
Q
 
R
V
 
V
P
 
H
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
D
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
S
V
 
I
A
 
E
Q
 
R
G
 
G
E
 
D
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
M
N
 
N
I
 
I
M
 
I
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
A
S
 
T
A
 
G
G
 
G
Q
 
S
Y
 
S
L
 
K
L
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
T
A
 
I
G
 
E
F
 
L
S
 
T
A
 
N
D
 
D
Q
 
Q
R
 
L
A
 
S
R
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
S
R
 
Q
K
 
K
I
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
|
Q
N
 
R
F
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
D
 
-
Q
 
M
P
 
P
G
 
-
D
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
A
 
R
R
 
L
K
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
Q
M
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
x
K
M
 
W
H
 
Q
H
 
N
E
 
K
P
 
P
N
 
N
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
M
N
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
Q
 
E
E
 
N
V
 
V
L
 
M
Q
 
E
M
 
I
F
 
L
A
 
R
K
 
Q
L
 
L
N
 
H
E
 
E
E
 
E
D
 
-
G
 
G
I
 
H
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
K
E
 
H
V
 
I
A
 
A
R
 
A
H
 
S
A
 
A
K
 
N
R
 
R
T
 
I
I
 
I
A
 
E
I
 
I
S
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
S
D
 
D

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
50% identity, 96% coverage: 3:226/233 of query aligns to 4:224/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
L
 
L
I
 
L
E
 
E
L
 
V
R
 
S
E
 
N
I
 
L
T
 
V
K
 
R
T
 
E
Y
 
F
N
 
P
L
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
S
Q
 
T
V
 
I
P
 
Q
V
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
G
 
T
V
 
I
A
 
Y
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
M
 
M
N
 
N
I
 
I
M
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
S
Y
 
Y
L
 
K
L
 
V
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
T
A
 
G
G
 
K
F
 
L
S
 
E
A
 
P
D
 
D
Q
 
Q
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
R
 
R
N
 
R
R
 
E
K
 
Y
I
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
F
 
Y
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
G
R
 
D
T
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
E
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
E
M
 
V
P
 
P
L
 
A
A
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
D
 
V
Q
 
T
P
 
P
G
 
A
D
 
D
R
 
R
Q
 
-
A
 
-
R
 
K
K
 
Q
R
 
R
A
 
A
A
 
T
E
 
A
M
 
L
L
 
L
E
 
T
R
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
T
R
 
K
M
 
T
H
 
Q
H
 
N
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
M
N
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
D
L
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
Q
 
V
E
 
E
V
 
V
L
 
M
Q
 
R
M
 
I
F
 
L
A
 
R
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
A
E
 
A
D
 
-
G
 
G
I
 
H
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
M
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
K
H
 
N
A
 
A
K
 
T
R
 
R
T
 
I
I
 
I
A
 
E
I
 
I
S
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
S
D
 
D

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
51% identity, 95% coverage: 3:224/233 of query aligns to 4:222/648 of P75831

query
sites
P75831
L
 
L
I
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
K
E
 
D
I
 
I
T
 
R
K
 
R
T
 
S
Y
 
Y
N
 
P
L
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
E
Q
 
Q
V
 
V
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
D
V
 
I
A
 
Y
Q
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
M
N
 
N
I
 
I
M
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
L
D
 
D
R
 
K
P
 
A
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
L
 
R
L
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
D
 
D
V
 
V
A
 
A
G
 
T
F
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
D
Q
 
A
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
R
 
R
N
 
R
R
 
E
K
 
H
I
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
F
 
Y
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
H
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
E
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
A
 
E
M
 
V
P
 
P
L
 
A
A
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
G
D
 
L
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
R
R
 
K
Q
 
Q
A
 
R
R
 
L
K
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
M
 
T
H
 
E
H
 
Y
E
 
Y
P
 
P
N
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
M
N
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
Q
L
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
H
T
 
S
S
 
G
Q
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
M
Q
 
A
M
 
I
F
 
L
A
 
H
K
 
Q
L
 
L
N
 
R
E
 
D
E
 
R
D
 
-
G
 
G
I
 
H
T
 
T
I
 
V
I
 
I
L
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
P
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
A
H
 
Q
A
 
A
K
 
E
R
 
R
T
 
V
I
 
I
A
 
E
I
 
I
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
E
I
 
I
V
 
V

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
45% identity, 96% coverage: 3:226/233 of query aligns to 5:226/233 of P75957

query
sites
P75957
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
E
 
N
I
 
L
T
 
C
K
 
K
T
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
L
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
Q
V
 
T
P
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
G
 
S
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
|
G
A
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
N
 
H
I
 
L
M
 
L
G
 
G
C
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
D
Y
 
V
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
P
V
 
M
A
 
S
G
 
K
F
 
L
S
 
S
A
 
S
D
 
A
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
D
T
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
L
 
L
A
 
L
Y
 
I
A
 
G
A
 
K
D
 
K
Q
 
K
P
 
P
G
 
A
D
 
-
R
 
-
Q
 
E
A
 
I
R
 
N
K
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
K
R
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
Q
 
H
R
 
R
M
 
A
H
 
N
H
 
H
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
Q
 
D
E
 
S
V
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
G
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
R
E
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
T
T
 
A
I
 
F
I
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
L
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
H
 
R
A
 
M
K
 
S
R
 
R
T
 
Q
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
L
V
 
T
A
 
A
D
 
E

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
45% identity, 96% coverage: 3:226/233 of query aligns to 2:223/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
E
 
N
I
 
L
T
 
C
K
 
K
T
 
R
Y
|
Y
N
 
Q
L
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
Q
V
 
T
P
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
G
 
S
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
S
S
 
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
N
 
H
I
 
L
M
 
L
G
 
G
C
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
D
Y
 
V
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
P
V
 
M
A
 
S
G
 
K
F
 
L
S
 
S
A
 
S
D
 
A
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
Y
Q
|
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
D
T
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
L
 
L
A
 
L
Y
 
I
A
 
G
A
 
K
D
 
K
Q
 
K
P
 
P
G
 
A
D
 
-
R
 
-
Q
 
E
A
 
I
R
 
N
K
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
K
R
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
Q
 
H
R
 
R
M
 
A
H
 
N
H
|
H
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
|
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
Q
 
D
E
 
S
V
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
G
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
R
E
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
T
T
 
A
I
 
F
I
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
A
 
L
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
H
 
R
A
 
M
K
 
S
R
 
R
T
 
Q
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
L
V
 
T
A
 
A
D
 
E

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
45% identity, 96% coverage: 3:225/233 of query aligns to 2:222/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
E
 
N
I
 
L
T
 
C
K
 
K
T
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
L
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
Q
V
 
T
P
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
G
 
S
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
S
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
N
 
H
I
 
L
M
 
L
G
 
G
C
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
D
Y
 
V
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
P
V
 
M
A
 
S
G
 
K
F
 
L
S
 
S
A
 
S
D
 
A
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
D
T
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
L
 
L
A
 
L
Y
 
I
A
 
G
A
 
K
D
 
K
Q
 
K
P
 
P
G
 
A
D
 
-
R
 
-
Q
 
E
A
 
I
R
 
N
K
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
K
R
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
Q
 
H
R
 
R
M
 
A
H
 
N
H
 
H
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
Q
 
D
E
 
S
V
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
G
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
R
E
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
T
T
 
A
I
 
F
I
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
L
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
H
 
R
A
 
M
K
 
S
R
 
R
T
 
Q
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
L
V
 
T
A
 
A

9gvkD Cryo-em structure of endogenous atp-bound lolcde with lold-e171q mutations in nanodiscs (see paper)
45% identity, 96% coverage: 3:226/233 of query aligns to 3:224/226 of 9gvkD

query
sites
9gvkD
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
E
 
N
I
 
L
T
 
C
K
 
K
T
 
R
Y
|
Y
N
 
Q
L
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
Q
V
 
T
P
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
H
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
G
 
S
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
N
 
H
I
 
L
M
 
L
G
 
G
C
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
D
Y
 
V
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
P
V
 
M
A
 
S
G
 
K
F
 
L
S
 
S
A
 
S
D
 
A
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
Y
Q
|
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
D
T
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
L
 
L
A
 
L
Y
 
I
A
 
G
A
 
K
D
 
K
Q
 
K
P
 
P
G
 
A
D
 
-
R
 
-
Q
 
E
A
 
I
R
 
N
K
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
K
R
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
Q
 
H
R
|
R
M
 
A
H
 
N
H
|
H
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
x
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
Q
 
D
E
 
S
V
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
G
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
R
E
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
T
T
 
A
I
 
F
I
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
L
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
H
 
R
A
 
M
K
 
S
R
 
R
T
 
Q
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
L
V
 
T
A
 
A
D
 
E

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
45% identity, 96% coverage: 3:226/233 of query aligns to 4:225/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
C
R
 
D
E
 
N
I
 
L
T
 
C
K
 
K
T
 
R
Y
 
Y
N
 
Q
L
 
E
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
Q
V
 
T
P
 
D
V
|
V
L
 
L
K
 
H
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
G
 
S
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
N
 
H
I
 
L
M
 
L
G
 
G
C
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
T
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
G
Q
 
D
Y
 
V
L
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
P
V
 
M
A
 
S
G
 
K
F
 
L
S
 
S
A
 
S
D
 
A
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
Q
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
Y
Q
|
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
D
T
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
L
 
L
A
 
L
Y
 
I
A
 
G
A
 
K
D
 
K
Q
 
K
P
 
P
G
 
A
D
 
-
R
 
-
Q
 
E
A
 
I
R
 
N
K
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
K
R
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
D
Q
 
H
R
|
R
M
 
A
H
 
N
H
|
H
E
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
x
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
K
 
R
T
 
N
S
 
A
Q
 
D
E
 
S
V
 
I
L
 
F
Q
 
Q
M
 
L
F
 
L
A
 
G
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
R
E
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
T
T
 
A
I
 
F
I
 
L
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
A
 
L
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
H
 
R
A
 
M
K
 
S
R
 
R
T
 
Q
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
R
D
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
L
V
 
T
A
 
A
D
 
E

2pclA Crystal structure of abc transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus vf5
46% identity, 94% coverage: 8:226/233 of query aligns to 2:219/223 of 2pclA

query
sites
2pclA
E
 
E
I
 
I
T
 
L
K
 
R
T
 
A
Y
 
E
N
 
N
L
 
I
G
 
K
E
 
K
V
 
V
-
 
I
-
 
R
Q
 
G
V
 
Y
P
 
E
V
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
S
V
 
V
A
 
K
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
M
 
I
G
 
G
A
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
N
 
Y
I
 
I
M
 
L
G
 
G
C
 
L
L
 
L
D
 
D
R
 
A
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
K
Y
 
V
L
 
F
L
 
L
D
 
E
G
 
G
R
 
K
D
 
E
V
 
V
A
 
D
G
 
Y
F
 
T
S
 
N
A
 
E
D
 
K
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
L
L
 
L
R
 
R
N
 
N
R
 
R
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
F
F
 
H
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
P
 
P
R
 
E
T
 
L
S
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
I
M
 
V
P
 
P
L
 
M
A
 
-
Y
 
L
A
 
K
A
 
M
D
 
G
Q
 
K
P
 
P
G
 
-
D
 
K
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
E
R
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
Y
M
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
 
K
M
 
L
H
 
S
H
 
R
E
 
K
P
 
P
N
 
Y
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
E
P
 
P
E
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
F
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
|
P
T
|
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
A
T
 
N
S
 
T
Q
 
K
E
 
R
V
 
V
L
 
M
Q
 
D
M
 
I
F
 
F
A
 
L
K
 
K
L
 
I
N
 
N
E
 
-
E
 
E
D
 
G
G
 
G
I
 
T
T
 
S
I
 
I
I
 
V
L
 
M
V
 
V
T
|
T
H
 
H
D
 
E
A
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
E
H
 
L
A
 
T
K
 
H
R
 
R
T
 
T
I
 
L
A
 
E
I
 
M
S
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
G
D
 
E

8g4cB Bceabs atpgs high res tm (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:221/233 of query aligns to 3:219/248 of 8g4cB

query
sites
8g4cB
L
 
I
I
 
L
E
 
E
L
 
A
R
 
N
E
 
K
I
 
I
T
 
R
K
 
K
T
 
S
Y
|
Y
N
 
G
L
 
N
G
 
K
E
 
L
V
 
N
Q
 
K
V
 
Q
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
I
G
 
H
V
 
I
A
 
E
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
A
S
|
S
G
 
G
S
|
S
G
 
G
K
 
K
S
x
T
T
 
T
L
 
L
M
 
L
N
 
N
I
 
V
M
 
L
G
 
S
C
 
S
L
 
I
D
 
D
R
 
Q
P
 
V
S
 
S
A
 
H
G
 
G
Q
 
T
Y
 
I
L
 
H
L
 
I
D
 
N
G
 
G
R
 
N
D
 
D
V
 
M
A
 
T
G
 
A
F
 
M
S
 
K
A
 
E
D
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
F
R
 
R
N
 
K
R
 
Q
K
 
H
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
D
F
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
D
R
 
T
T
 
L
S
 
T
A
 
V
L
 
K
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
Y
 
I
A
 
T
A
 
-
D
 
-
Q
 
K
P
 
L
G
 
S
D
 
K
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
N
K
 
R
R
 
K
A
 
F
A
 
E
E
 
E
M
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
Y
Q
 
E
R
 
L
M
 
R
H
 
D
H
 
K
E
 
Y
P
 
P
N
 
N
Q
 
E
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
T
A
 
S
I
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
F
I
 
I
N
 
H
R
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
I
L
 
I
L
 
F
A
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
K
T
 
S
S
 
A
Q
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
L
Q
 
N
M
 
K
F
 
L
A
 
S
K
 
Q
L
 
L
N
 
N
E
 
Q
E
 
K
D
 
R
G
 
N
I
 
A
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
P
E
 
V
V
 
A
A
 
A
R
 
S
H
 
Y
A
 
C
K
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
I
A
 
F
I
 
I
S
 
K
D
 
D
G
 
G

7tchB Bceab e169q variant atp-bound conformation (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:221/233 of query aligns to 2:218/245 of 7tchB

query
sites
7tchB
L
 
I
I
 
L
E
 
E
L
 
A
R
 
N
E
 
K
I
 
I
T
 
R
K
 
K
T
 
S
Y
|
Y
N
 
G
L
 
N
G
 
K
E
 
L
V
 
N
Q
 
K
V
x
Q
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
I
G
 
H
V
 
I
A
 
E
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
M
 
M
G
 
G
A
 
A
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
 
T
L
 
L
M
 
L
N
 
N
I
 
V
M
 
L
G
 
S
C
 
S
L
 
I
D
 
D
R
 
Q
P
 
V
S
 
S
A
 
H
G
 
G
Q
 
T
Y
 
I
L
 
H
L
 
I
D
 
N
G
 
G
R
 
N
D
 
D
V
 
M
A
 
T
G
 
A
F
 
M
S
 
K
A
 
E
D
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
F
R
 
R
N
 
K
R
 
Q
K
 
H
I
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
D
F
 
Y
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
D
R
 
T
T
 
L
S
 
T
A
 
V
L
 
K
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
Y
 
I
A
 
T
A
 
-
D
 
-
Q
 
K
P
 
L
G
 
S
D
 
K
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
N
K
 
R
R
 
K
A
 
F
A
 
E
E
 
E
M
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
Y
Q
 
E
R
 
L
M
 
R
H
 
D
H
 
K
E
 
Y
P
 
P
N
 
N
Q
x
E
L
 
I
S
 
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
T
A
 
S
I
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
F
I
 
I
N
 
H
R
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
I
L
 
I
L
 
F
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
S
K
 
K
T
 
S
S
 
A
Q
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
L
Q
 
N
M
 
K
F
 
L
A
 
S
K
 
Q
L
 
L
N
 
N
E
 
Q
E
 
K
D
 
R
G
 
N
I
 
A
T
 
T
I
 
I
I
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
A
 
P
E
 
V
V
 
A
A
 
A
R
 
S
H
 
Y
A
 
C
K
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
I
A
 
F
I
 
I
S
 
K
D
 
D
G
 
G

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 95% coverage: 3:224/233 of query aligns to 1:220/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
K
T
 
V
Y
 
F
N
 
H
L
 
Q
G
 
G
E
 
T
V
 
R
Q
 
T
V
 
I
P
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
H
V
 
V
A
 
P
Q
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
M
 
I
G
 
G
A
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
N
 
R
I
 
C
M
 
V
G
 
N
C
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
A
 
T
G
 
T
F
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
S
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
N
 
-
R
 
R
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
R
S
 
T
A
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
E
Y
 
L
A
 
D
A
 
-
D
 
N
Q
 
T
P
 
P
G
 
K
D
 
D
R
 
-
Q
 
E
A
 
V
R
 
K
K
 
R
R
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
 
K
M
 
H
H
 
D
H
 
S
E
 
Y
P
 
P
N
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
K
 
A
T
 
T
S
 
T
Q
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
E
 
R
D
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
A
 
M
E
 
D
V
 
V
A
 
V
R
 
K
H
 
R
A
 
I
K
 
C
R
 
D
T
 
C
I
 
V
A
 
A
-
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
39% identity, 96% coverage: 2:224/233 of query aligns to 1:221/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
Q
 
H
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
K
T
 
V
Y
x
F
N
 
H
L
x
Q
G
 
G
E
 
T
V
 
R
Q
 
T
V
 
I
P
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
H
V
 
V
A
 
P
Q
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
M
 
I
G
 
G
A
 
A
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
N
 
R
I
 
C
M
 
V
G
 
N
C
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
A
 
T
G
 
T
F
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
S
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
N
 
-
R
 
R
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
R
S
 
T
A
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
E
Y
 
L
A
 
D
A
 
-
D
 
N
Q
 
T
P
 
P
G
 
K
D
 
D
R
 
-
Q
 
E
A
 
V
R
 
K
K
 
R
R
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
 
K
M
 
H
H
 
D
H
 
S
E
 
Y
P
 
P
N
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
K
 
A
T
 
T
S
 
T
Q
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
E
 
R
D
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
A
 
M
E
 
D
V
 
V
A
 
V
R
 
K
H
 
R
A
 
I
K
 
C
R
 
D
T
 
C
I
 
V
A
 
A
-
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
39% identity, 96% coverage: 2:224/233 of query aligns to 1:221/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
Q
 
H
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
K
T
 
V
Y
x
F
N
 
H
L
 
Q
G
 
G
E
 
T
V
 
R
Q
 
T
V
 
I
P
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
H
V
 
V
A
 
P
Q
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
M
 
I
G
 
G
A
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
N
 
R
I
 
C
M
 
V
G
 
N
C
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
A
 
T
G
 
T
F
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
S
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
N
 
-
R
 
R
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
R
S
 
T
A
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
E
Y
 
L
A
 
D
A
 
-
D
 
N
Q
 
T
P
 
P
G
 
K
D
 
D
R
 
-
Q
 
E
A
 
V
R
 
K
K
 
R
R
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
 
K
M
 
H
H
 
D
H
 
S
E
 
Y
P
 
P
N
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
K
 
A
T
 
T
S
 
T
Q
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
E
 
R
D
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
A
 
M
E
 
D
V
 
V
A
 
V
R
 
K
H
 
R
A
 
I
K
 
C
R
 
D
T
 
C
I
 
V
A
 
A
-
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
39% identity, 96% coverage: 2:224/233 of query aligns to 1:221/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
Q
 
H
L
 
M
I
 
I
E
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
K
T
 
V
Y
x
F
N
 
H
L
x
Q
G
 
G
E
 
T
V
 
R
Q
 
T
V
x
I
P
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
H
V
 
V
A
 
P
Q
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
M
 
I
G
 
G
A
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
N
 
R
I
 
C
M
 
V
G
 
N
C
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
E
G
 
G
Q
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
A
 
T
G
 
T
F
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
S
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
N
 
-
R
 
R
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
S
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
R
 
S
T
 
R
S
 
T
A
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
M
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
E
Y
 
L
A
 
D
A
 
-
D
 
N
Q
 
T
P
 
P
G
 
K
D
 
D
R
 
-
Q
 
E
A
 
V
R
 
K
K
 
R
R
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
D
R
 
K
M
 
H
H
 
D
H
 
S
E
 
Y
P
 
P
N
 
S
Q
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
K
 
A
T
 
T
S
 
T
Q
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
M
 
L
F
 
L
A
 
K
K
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
E
 
R
D
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
E
A
 
M
E
 
D
V
 
V
A
 
V
R
 
K
H
 
R
A
 
I
K
 
C
R
 
D
T
 
C
I
 
V
A
 
A
-
 
V
I
 
I
S
 
S
D
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
39% identity, 99% coverage: 1:231/233 of query aligns to 1:225/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
M
 
M
Q
 
S
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
M
R
 
R
E
 
D
I
 
V
T
 
V
K
 
K
T
 
K
Y
|
Y
N
 
D
L
 
N
G
 
G
E
x
T
V
 
T
Q
 
-
V
 
-
P
 
-
V
x
A
L
 
L
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
G
 
S
V
 
V
A
 
Q
Q
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
M
 
V
G
 
G
A
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
M
 
I
N
 
R
I
 
S
M
 
L
G
 
Y
C
 
R
L
 
E
D
 
V
R
 
K
P
 
I
S
 
D
A
 
K
G
 
G
Q
 
S
Y
 
L
L
 
S
L
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
F
D
 
N
V
 
L
A
 
V
G
 
K
F
 
I
S
 
K
A
 
K
D
 
K
Q
 
D
R
 
V
A
 
P
R
 
L
L
 
L
R
 
R
N
 
-
R
 
R
K
 
S
I
 
V
G
 
G
F
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
D
F
 
Y
S
 
K
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
K
T
 
K
S
 
T
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
M
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
-
Y
 
Y
A
 
A
A
 
M
D
 
E
Q
 
V
P
 
I
G
 
G
D
 
E
-
 
N
-
 
R
R
 
R
Q
 
N
A
 
I
R
 
K
K
 
R
R
 
R
A
 
V
A
 
M
E
 
E
M
 
V
L
 
L
E
 
D
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
Q
 
H
R
 
K
M
 
V
H
 
R
H
 
S
E
 
F
P
 
P
N
 
N
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
P
K
 
D
T
 
N
S
 
S
Q
 
W
E
 
E
V
 
I
L
 
M
Q
 
N
M
 
L
F
 
L
A
 
E
K
 
R
L
 
I
N
 
N
E
 
L
E
 
Q
D
 
-
G
 
G
I
 
T
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
M
V
 
A
T
 
T
H
 
H
D
 
N
A
 
S
E
 
Q
V
 
I
A
 
V
-
 
N
-
 
T
-
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
-
K
 
-
R
 
R
T
 
V
I
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
R
I
 
V
V
 
V
A
 
R
D
 
D
G
 
E
A
 
S
E
 
K
G
 
G
E
 
E

Query Sequence

>WP_013258465.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013258465.1
MQLIELREITKTYNLGEVQVPVLKGVSLGVAQGELVALMGASGSGKSTLMNIMGCLDRPS
AGQYLLDGRDVAGFSADQRARLRNRKIGFVFQNFSLLPRTSALENVAMPLAYAADQPGDR
QARKRAAEMLERVGLAQRMHHEPNQLSGGQQQRVAIARALINRPELLLADEPTGNLDSKT
SQEVLQMFAKLNEEDGITIILVTHDAEVARHAKRTIAISDGVIVADGAEGEAS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory