SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013258699.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013258699.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3pg9A Thermotoga maritima dah7p synthase in complex with inhibitor (see paper)
45% identity, 89% coverage: 33:336/343 of query aligns to 30:329/338 of 3pg9A

query
sites
3pg9A
I
 
I
S
|
S
R
 
K
G
|
G
D
x
Q
T
x
E
F
x
R
I
 
T
L
x
V
V
 
I
G
|
G
L
x
I
K
x
I
G
|
G
D
 
D
T
 
D
R
 
R
A
 
Y
I
 
V
D
 
V
E
 
A
G
 
D
A
 
K
Y
 
F
R
 
E
A
 
S
L
 
L
D
 
D
Y
 
C
V
 
V
L
 
E
D
 
S
V
 
V
I
 
V
R
 
R
I
 
V
S
x
L
D
 
K
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
E
 
L
L
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
E
F
 
F
H
 
H
P
 
P
R
 
E
P
 
D
S
 
T
I
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
V
R
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
N
D
 
G
-
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
S
I
 
V
E
 
E
S
 
G
R
 
R
D
 
E
Q
 
M
L
 
L
M
 
M
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
H
L
 
F
V
 
L
V
 
S
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
I
 
M
P
 
Y
V
 
V
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
A
M
 
L
D
 
G
A
 
E
R
 
D
D
 
D
I
 
L
H
 
P
L
 
K
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
-
I
 
A
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
A
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
R
L
 
L
L
 
L
D
 
S
A
 
K
L
 
A
A
 
G
E
 
S
M
 
Y
K
 
N
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
D
 
F
H
 
M
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
L
G
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
E
R
 
Y
L
 
I
Y
 
A
D
 
N
-
 
S
G
 
G
N
 
N
T
 
T
K
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
K
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
I
K
 
R
K
 
K
R
 
E
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
L
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
G
 
S
T
 
G
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
D
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
S
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
H
G
 
G
L
 
I
M
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
G
A
 
K
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
F
K
 
E
K
 
L
L
 
F
T
 
K
P
 
E
L
 
L
V
 
V
R
 
Q
Q
 
E
V
 
M
F
 
K
E
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1rzmA Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahps) from thermotoga maritima complexed with cd2+, pep and e4p (see paper)
45% identity, 89% coverage: 33:336/343 of query aligns to 30:329/338 of 1rzmA

query
sites
1rzmA
I
 
I
S
 
S
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
T
 
E
F
 
R
I
 
T
L
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
I
K
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
D
R
 
R
A
 
Y
I
 
V
D
 
V
E
 
A
G
 
D
A
 
K
Y
 
F
R
 
E
A
 
S
L
 
L
D
 
D
Y
 
C
V
 
V
L
 
E
D
 
S
V
 
V
I
 
V
R
 
R
I
 
V
S
 
L
D
 
K
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
E
 
L
L
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
E
F
 
F
H
 
H
P
 
P
R
 
E
P
 
D
S
 
T
I
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
V
R
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
N
D
 
G
-
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
S
I
 
V
E
 
E
S
 
G
R
 
R
D
 
E
Q
 
M
L
 
L
M
 
M
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
H
L
 
F
V
 
L
V
 
S
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
K
|
K
P
|
P
R
|
R
T
|
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
I
 
M
P
 
Y
V
 
V
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
A
M
 
L
D
 
G
A
 
E
R
 
D
D
 
D
I
 
L
H
 
P
L
 
K
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
-
I
 
A
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
|
Q
V
 
I
G
|
G
A
|
A
R
|
R
N
 
N
C
 
A
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
R
L
 
L
L
 
L
D
 
S
A
 
K
L
 
A
A
 
G
E
 
S
M
 
Y
K
 
N
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
F
H
 
M
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
L
G
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
E
R
 
Y
L
 
I
Y
 
A
D
 
N
-
 
S
G
 
G
N
 
N
T
 
T
K
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
K
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
I
K
 
R
K
 
K
R
 
E
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
L
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
S
T
 
G
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
D
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
S
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
D
 
H
G
 
G
L
 
I
M
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
G
A
 
K
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
F
K
 
E
K
 
L
L
 
F
T
 
K
P
 
E
L
 
L
V
 
V
R
 
Q
Q
 
E
V
 
M
F
 
K
E
 
K
L
 
L

4grsA Crystal structure of a chimeric dah7ps (see paper)
45% identity, 85% coverage: 33:322/343 of query aligns to 30:317/333 of 4grsA

query
sites
4grsA
I
 
I
S
|
S
R
 
K
G
|
G
D
 
Q
T
x
E
F
x
R
I
 
T
L
x
V
V
 
I
G
|
G
L
x
I
K
x
I
G
|
G
D
 
D
T
x
D
R
 
R
A
 
Y
I
 
V
D
 
V
E
 
A
G
 
D
A
 
K
Y
 
F
R
 
E
A
 
S
L
 
L
D
 
D
Y
 
C
V
 
V
L
 
E
D
 
S
V
 
V
I
 
V
R
 
R
I
 
V
S
 
L
D
 
K
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
E
 
L
L
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
E
F
 
F
H
 
H
P
 
P
R
 
E
P
 
D
S
 
T
I
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
V
R
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
N
D
 
G
-
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
S
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
F
V
 
L
V
 
A
D
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
Y
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
H
I
 
V
H
 
E
L
 
L
F
 
V
V
 
A
E
 
K
Y
 
Y
D
 
S
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
L
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
S
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
G
E
 
K
M
 
V
K
 
E
N
 
N
P
 
-
K
 
-
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
D
 
M
H
 
G
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
-
 
Y
G
 
S
A
 
A
A
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
T
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
F
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
V
L
 
V
K
 
K
K
 
E
R
 
L
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
 
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
S
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
M
V
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
A
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4c1kA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
47% identity, 67% coverage: 92:322/343 of query aligns to 18:246/262 of 4c1kA

query
sites
4c1kA
L
 
V
R
 
K
I
 
F
G
 
G
K
 
E
D
 
G
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
S
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
F
V
 
L
V
 
A
D
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
Y
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
H
I
 
V
H
 
E
L
 
L
F
 
V
V
 
A
E
 
K
Y
 
Y
D
 
S
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
L
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
N
 
N
C
 
S
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
G
E
 
K
M
 
V
K
 
E
N
 
N
P
 
-
K
 
-
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
M
H
 
G
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
-
 
Y
G
 
S
A
 
A
A
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
T
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
F
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
V
L
 
V
K
 
K
K
 
E
R
 
L
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
S
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
M
V
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
A
 
F
D
 
D

1zcoB Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
46% identity, 67% coverage: 92:322/343 of query aligns to 18:246/262 of 1zcoB

query
sites
1zcoB
L
 
V
R
 
K
I
 
F
G
 
G
K
 
E
D
 
G
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
S
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
E
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
F
V
 
L
V
 
A
D
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
Y
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
H
I
 
V
H
 
E
L
 
L
F
 
V
V
 
A
E
 
K
Y
 
Y
D
 
S
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
L
Q
|
Q
V
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
C
 
S
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
G
E
 
K
M
 
V
K
 
E
N
 
N
P
 
-
K
 
-
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
M
H
 
G
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
-
 
Y
G
 
S
A
 
A
A
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
T
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
F
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
V
L
 
V
K
 
K
K
 
E
R
 
L
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
S
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
M
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
A
 
F
D
 
D

1zcoA Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase (see paper)
46% identity, 67% coverage: 92:322/343 of query aligns to 18:246/262 of 1zcoA

query
sites
1zcoA
L
 
V
R
 
K
I
 
F
G
 
G
K
 
E
D
 
G
L
 
F
A
 
T
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
S
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
E
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
F
V
 
L
V
 
A
D
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
V
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
Y
R
 
G
E
 
E
D
 
K
G
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
W
L
 
M
A
 
R
E
 
E
A
 
A
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
V
V
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
V
M
 
M
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
H
I
 
V
H
 
E
L
 
L
F
 
V
V
 
A
E
 
K
Y
 
Y
D
 
S
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
L
Q
|
Q
V
 
I
G
|
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
C
 
S
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
G
E
 
K
M
 
V
K
 
E
N
 
N
P
 
-
K
 
-
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
M
H
 
G
V
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
Q
E
 
E
F
 
L
L
 
L
-
 
Y
G
 
S
A
 
A
A
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
A
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
N
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
T
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
F
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
V
L
 
V
K
 
K
K
 
E
R
 
L
Y
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
S
I
 
L
V
 
V
P
 
I
D
 
P
M
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
M
V
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
A
 
F
D
 
D

5j6fA Crystal structure of dah7ps-cm complex from geobacillus sp. With prephenate (see paper)
43% identity, 75% coverage: 75:331/343 of query aligns to 94:349/352 of 5j6fA

query
sites
5j6fA
L
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
K
F
 
K
H
 
H
P
 
P
R
 
E
P
 
N
S
 
T
I
 
I
I
 
V
R
 
E
L
 
V
G
 
-
S
 
K
G
 
G
L
 
E
R
 
R
I
 
I
G
 
G
K
 
D
-
 
G
D
 
N
L
 
Q
A
 
Y
V
 
F
I
 
V
A
 
M
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
Y
D
 
E
Q
 
Q
L
 
V
M
 
A
K
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
A
V
 
V
V
 
K
D
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
E
 
R
A
 
I
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
F
G
 
D
I
 
L
P
 
A
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
R
 
A
D
 
D
I
 
I
H
 
E
L
 
I
F
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
Y
D
 
-
I
 
I
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
M
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
E
 
Q
M
 
V
K
 
N
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
D
 
L
H
 
A
V
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
I
G
 
N
A
 
A
A
 
A
-
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
G
K
 
Q
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
Y
D
 
E
P
 
R
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
E
Y
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
F
V
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
D
I
 
L
V
 
L
P
 
I
D
 
P
M
 
C
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
M
V
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
A
E
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
S
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
S
 
D
-
 
I
A
 
A
D
 
Q
F
 
F
K
 
N
K
 
E
L
 
F
T
 
M
P
 
E
L
 
E
V
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3tfcA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e in complex with phosphoenolpyruvate (see paper)
44% identity, 67% coverage: 91:319/343 of query aligns to 98:325/343 of 3tfcA

query
sites
3tfcA
G
 
G
L
 
L
R
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
N
D
 
G
L
 
E
A
 
P
V
 
V
-
 
F
I
 
V
A
 
F
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
S
I
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
Y
D
 
E
Q
 
Q
L
 
V
M
 
A
K
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
S
V
 
I
V
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
L
N
 
K
I
 
L
L
 
I
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
E
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
R
 
A
D
 
D
I
 
I
H
 
E
L
 
V
F
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
Y
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
|
Q
V
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
N
 
N
C
 
M
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
E
 
R
M
 
V
K
 
D
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
L
H
 
S
V
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
-
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
G
K
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
Y
D
 
E
P
 
K
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
E
Y
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
M
V
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
R
R
 
K
Q
 
D
I
 
L
V
 
L
P
 
L
D
 
P
M
 
C
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
M
V
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
A
E
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
S
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M

3nvtA 1.95 angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7- phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroa) from listeria monocytogenes egd-e (see paper)
44% identity, 67% coverage: 91:319/343 of query aligns to 99:326/345 of 3nvtA

query
sites
3nvtA
G
 
G
L
 
L
R
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
N
D
 
G
L
 
E
A
 
P
V
 
V
-
 
F
I
 
V
A
 
F
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
S
I
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
Y
D
 
E
Q
 
Q
L
 
V
M
 
A
K
 
A
T
 
V
A
 
A
K
 
E
L
 
S
V
 
I
V
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
L
N
 
K
I
 
L
L
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
K
E
 
R
A
 
V
R
 
S
E
 
D
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
P
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
R
 
A
D
 
D
I
 
I
H
 
E
L
 
V
F
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
Y
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
M
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
E
 
R
M
 
V
K
 
D
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
D
 
L
H
 
S
V
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
-
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
G
K
 
K
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
Y
D
 
E
P
 
K
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
R
 
E
Y
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
M
V
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
R
R
 
K
Q
 
D
I
 
L
V
 
L
P
 
L
D
 
P
M
 
C
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
M
V
 
A
E
|
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
A
E
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
S
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M

P39912 Protein AroA(G); EC 2.5.1.54; EC 5.4.99.5 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
43% identity, 75% coverage: 75:331/343 of query aligns to 96:355/358 of P39912

query
sites
P39912
L
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
K
F
 
K
H
 
K
P
 
P
R
 
E
P
 
D
S
 
T
I
 
I
I
 
V
R
 
D
L
 
I
G
 
-
S
 
K
G
 
G
L
 
E
R
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
D
-
 
G
D
 
Q
L
 
Q
A
 
R
V
 
F
I
 
I
A
 
V
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
A
I
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
Y
D
 
E
Q
 
Q
L
 
V
M
 
A
K
 
E
T
 
V
A
 
A
K
 
A
L
 
A
V
 
A
V
 
K
D
 
K
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
N
 
K
I
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
D
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
L
 
I
L
 
L
A
 
K
E
 
R
A
 
V
R
 
A
E
 
D
K
 
E
F
 
F
G
 
D
I
 
L
P
 
A
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
 
E
I
 
I
M
 
V
D
 
T
A
 
P
R
 
A
D
 
H
I
 
I
H
 
E
L
 
E
F
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
Y
D
 
-
I
 
I
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
M
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
E
 
A
M
 
V
K
 
K
N
 
-
P
 
-
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
 
K
R
 
R
G
 
G
D
 
L
H
 
A
V
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
S
E
 
E
F
 
F
L
 
I
G
 
N
A
 
A
A
 
A
-
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
M
Y
 
S
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
T
 
D
K
 
Q
V
 
I
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
 
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
Y
D
 
E
P
 
T
V
 
A
Y
 
T
R
 
R
N
 
N
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
I
N
 
S
N
 
A
V
 
V
A
 
P
W
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
R
 
E
Y
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
F
V
 
V
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
 
H
G
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
D
I
 
L
V
 
L
P
 
L
D
 
P
M
 
T
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
M
V
 
A
E
 
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
S
E
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
S
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
M
S
 
A
-
 
I
A
 
P
D
 
E
F
 
F
K
 
E
K
 
K
-
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
E
L
 
L
T
 
K
P
 
P
L
 
M
V
 
V
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1vs1D Crystal structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahp synthase) from aeropyrum pernix in complex with mn2+ and pep
51% identity, 69% coverage: 91:326/343 of query aligns to 26:261/271 of 1vs1D

query
sites
1vs1D
G
 
G
L
 
V
R
 
R
I
 
I
G
 
G
K
 
G
-
 
G
D
 
S
L
 
K
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
S
I
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
W
D
 
E
Q
 
Q
L
 
V
M
 
R
K
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
L
L
 
A
V
 
V
V
 
K
D
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
M
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
I
 
S
H
 
P
R
 
Y
S
 
S
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
G
E
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
R
A
 
A
R
 
G
E
 
D
K
 
E
F
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
T
 
T
E
 
E
I
 
V
M
 
L
D
 
D
A
 
P
R
 
R
D
 
H
I
 
V
H
 
E
L
 
T
F
 
V
V
 
S
E
 
R
Y
 
Y
D
 
-
I
 
A
D
 
D
I
 
M
W
 
L
Q
|
Q
V
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
N
 
N
C
 
M
L
 
Q
N
 
N
Y
 
F
T
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
E
 
-
M
 
-
K
 
R
N
 
S
P
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
L
K
|
K
R
 
R
G
 
G
D
 
F
H
 
G
V
 
N
S
 
T
I
 
V
S
 
E
E
 
E
F
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
A
-
 
E
L
 
Y
R
 
I
L
 
L
Y
 
L
D
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
W
K
 
Q
V
 
V
I
 
V
L
 
L
C
 
V
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
F
D
 
E
P
 
P
V
 
S
Y
 
T
R
 
R
N
 
F
V
 
T
L
 
L
N
 
D
L
 
V
N
 
A
N
 
A
V
 
V
A
 
A
W
 
V
L
 
L
K
 
K
K
 
E
R
 
A
Y
 
T
H
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
V
D
 
D
P
 
P
S
 
S
H
|
H
G
 
P
T
 
A
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
S
I
 
L
V
 
V
P
 
P
D
 
A
M
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
M
 
I
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
H
 
P
K
 
N
P
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
A
A
 
K
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
-
 
P
A
 
G
D
 
E
F
 
F
K
 
A
K
 
R
L
 
L

3undB Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei (see paper)
33% identity, 53% coverage: 137:319/343 of query aligns to 66:256/284 of 3undB

query
sites
3undB
T
 
S
I
 
I
H
 
H
R
 
-
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
L
 
V
R
 
G
-
 
L
E
 
D
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
I
L
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
A
K
 
R
F
 
F
G
 
G
I
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
T
 
T
E
 
D
I
 
V
M
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
E
D
 
Q
I
 
A
H
 
A
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
I
D
 
-
I
 
A
D
 
D
I
 
V
W
 
L
Q
|
Q
V
 
V
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
A
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
A
P
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
D
 
Q
H
 
F
V
 
M
S
 
S
I
 
P
S
 
T
E
 
Q
F
 
L
L
 
K
G
 
H
A
 
V
A
 
V
L
 
S
R
 
K
L
 
C
Y
 
G
D
 
E
-
 
V
G
 
G
N
 
N
T
 
D
K
 
R
V
 
V
I
 
M
L
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
S
K
 
S
-
 
F
T
 
G
V
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
L
Y
 
V
R
 
V
N
 
D
V
 
M
L
 
L
N
 
G
L
 
F
N
 
R
N
 
Q
V
 
M
A
 
A
W
 
-
L
 
-
K
 
E
K
 
T
R
 
T
Y
 
G
H
 
G
L
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
S
T
 
L
-
x
Q
-
 
C
-
x
R
-
 
D
-
 
P
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
x
A
-
x
S
-
 
G
G
 
G
V
 
R
R
 
R
Q
 
R
I
 
Q
V
 
V
P
 
L
D
 
D
M
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
I
D
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
L
E
 
E
V
 
A
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
D
E
 
R
A
 
A
L
 
R
C
|
C
D
|
D
G
 
G
A
 
P
Q
 
S
S
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1pcwA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor (see paper)
29% identity, 70% coverage: 100:340/343 of query aligns to 5:250/257 of 1pcwA

query
sites
1pcwA
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
M
 
L
K
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
E
V
 
I
V
 
K
D
 
R
A
 
L
G
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
K
-
 
E
A
 
V
N
 
E
I
 
F
L
 
V
R
 
F
G
 
K
G
 
S
A
 
S
F
 
F
K
 
D
P
x
K
-
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
L
 
H
-
 
G
R
 
L
E
 
E
D
 
Y
G
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
E
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
K
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
K
V
 
I
I
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
R
 
W
D
 
Q
I
 
A
H
 
E
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
V
D
 
A
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
 
Q
V
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
C
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
E
 
A
M
 
A
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
H
 
F
V
 
L
S
 
A
I
 
P
S
 
W
E
 
D
F
 
T
L
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
V
L
 
E
R
 
K
L
 
L
-
 
K
Y
 
F
D
 
G
G
 
G
N
 
A
T
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
T
K
 
T
T
 
F
V
 
G
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Y
 
Y
R
 
N
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
L
A
 
P
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
Q
R
 
-
Y
 
-
H
 
W
L
 
A
P
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
x
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
T
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
R
Q
 
E
I
 
F
V
 
I
P
 
F
D
 
P
M
 
L
A
 
I
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
F
V
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
A
A
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
S
K
 
Q
L
 
L
T
 
E
P
 
G
L
 
I
V
 
I
R
 
E
Q
 
A
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
I
R
 
R
R
 
E
Q
 
V
A
 
A

1x6uA Kdo8p synthase in it's binary complex with the product kdo8p (see paper)
28% identity, 73% coverage: 82:333/343 of query aligns to 2:255/272 of 1x6uA

query
sites
1x6uA
R
 
K
P
 
Q
S
 
K
I
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
I
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
K
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
P
V
 
F
I
 
V
-
 
L
-
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
A
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
L
L
 
A
M
 
M
K
 
R
T
 
I
A
 
C
K
 
E
L
 
H
V
 
Y
V
 
V
D
 
T
A
 
V
G
 
T
A
 
Q
N
 
K
I
 
L
L
 
G
R
 
I
G
 
P
G
 
Y
A
 
V
F
 
F
K
|
K
P
 
A
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
x
K
-
 
A
-
x
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
L
 
P
R
 
G
-
 
L
E
 
E
D
 
E
G
 
G
L
 
M
K
 
K
L
 
I
L
 
F
A
 
Q
E
 
E
A
 
L
R
 
K
E
 
Q
K
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
D
I
 
V
M
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
S
D
 
Q
I
 
A
H
 
Q
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
D
Y
 
V
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
|
Q
V
 
L
G
 
P
A
 
A
R
x
F
N
 
L
C
 
A
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
D
 
Q
H
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
P
S
 
G
E
 
Q
F
 
M
L
 
G
G
 
N
A
 
I
A
 
V
L
 
D
R
 
K
L
 
F
Y
 
K
D
 
E
G
 
G
-
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
D
R
 
R
G
 
G
D
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
A
D
 
N
P
 
F
V
 
G
Y
 
Y
R
 
D
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
M
N
 
L
N
 
G
V
 
F
A
 
S
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
K
-
 
V
R
 
S
Y
 
G
H
 
N
L
 
S
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
F
D
|
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
A
T
 
L
G
 
Q
V
 
-
R
 
R
Q
 
A
I
 
Q
V
 
V
P
 
A
D
 
E
M
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
A
G
 
G
L
 
L
M
x
F
V
 
I
E
|
E
V
 
A
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
H
A
 
A
L
 
K
C
 
C
D
|
D
G
 
G
A
x
P
Q
 
S
S
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
A
K
 
K
L
 
L
T
 
E
P
 
P
L
 
F
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
V
 
M

1phwA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p (see paper)
28% identity, 73% coverage: 82:333/343 of query aligns to 2:255/272 of 1phwA

query
sites
1phwA
R
 
K
P
 
Q
S
 
K
I
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
I
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
K
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
P
V
 
F
I
 
V
-
 
L
-
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
A
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
L
L
 
A
M
 
M
K
 
R
T
 
I
A
 
C
K
 
E
L
 
H
V
 
Y
V
 
V
D
 
T
A
 
V
G
 
T
A
 
Q
N
 
K
I
 
L
L
 
G
R
 
I
G
 
P
G
 
Y
A
 
V
F
 
F
K
 
K
P
 
A
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
x
K
-
 
A
-
 
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
L
 
P
R
 
G
-
 
L
E
 
E
D
 
E
G
 
G
L
 
M
K
 
K
L
 
I
L
 
F
A
 
Q
E
 
E
A
 
L
R
 
K
E
 
Q
K
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
D
I
 
V
M
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
S
D
 
Q
I
 
A
H
 
Q
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
D
Y
 
V
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
L
G
x
P
A
|
A
R
x
F
N
 
L
C
 
A
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
D
 
Q
H
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
P
S
 
G
E
 
Q
F
 
M
L
 
G
G
 
N
A
 
I
A
 
V
L
 
D
R
 
K
L
 
F
Y
 
K
D
 
E
G
 
G
-
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
D
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
A
D
 
N
P
 
F
V
 
G
Y
 
Y
R
 
D
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
M
N
 
L
N
 
G
V
 
F
A
 
S
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
K
-
 
V
R
 
S
Y
 
G
H
 
N
L
 
S
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
A
T
 
L
G
 
Q
V
 
-
R
 
R
Q
 
A
I
 
Q
V
 
V
P
 
A
D
 
E
M
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
A
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
H
A
 
A
L
 
K
C
 
C
D
|
D
G
 
G
A
 
P
Q
 
S
S
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
A
K
 
K
L
 
L
T
 
E
P
 
P
L
 
F
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
V
 
M

1phqA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
28% identity, 73% coverage: 82:333/343 of query aligns to 2:255/272 of 1phqA

query
sites
1phqA
R
 
K
P
 
Q
S
 
K
I
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
I
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
K
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
P
V
 
F
I
 
V
-
 
L
-
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
A
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
L
L
 
A
M
 
M
K
 
R
T
 
I
A
 
C
K
 
E
L
 
H
V
 
Y
V
 
V
D
 
T
A
 
V
G
 
T
A
 
Q
N
 
K
I
 
L
L
 
G
R
 
I
G
 
P
G
 
Y
A
 
V
F
 
F
K
 
K
P
 
A
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
x
K
-
 
A
-
 
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
L
 
P
R
 
G
-
 
L
E
 
E
D
 
E
G
 
G
L
 
M
K
 
K
L
 
I
L
 
F
A
 
Q
E
 
E
A
 
L
R
 
K
E
 
Q
K
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
D
I
 
V
M
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
S
D
 
Q
I
 
A
H
 
Q
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
D
Y
 
V
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
L
G
x
P
A
|
A
R
x
F
N
 
L
C
 
A
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
V
 
N
L
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
P
D
 
Q
H
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
P
S
 
G
E
 
Q
F
 
M
L
 
G
G
 
N
A
 
I
A
 
V
L
 
D
R
 
K
L
 
F
Y
 
K
D
 
E
G
 
G
-
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
D
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
A
D
 
N
P
 
F
V
 
G
Y
 
Y
R
 
D
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
M
N
 
L
N
 
G
V
 
F
A
 
S
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
K
-
 
V
R
 
S
Y
 
G
H
 
N
L
 
S
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
|
H
G
 
A
T
 
L
G
 
Q
V
 
-
R
 
R
Q
 
A
I
 
Q
V
 
V
P
 
A
D
 
E
M
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
A
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
H
A
 
A
L
 
K
C
 
C
D
|
D
G
 
G
A
 
P
Q
 
S
S
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
A
K
 
K
L
 
L
T
 
E
P
 
P
L
 
F
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
V
 
M

1gg0A Crystal structure analysis of kdop synthase at 3.0 a (see paper)
27% identity, 73% coverage: 82:333/343 of query aligns to 2:258/275 of 1gg0A

query
sites
1gg0A
R
 
K
P
 
Q
S
 
K
I
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
I
G
 
G
S
 
D
G
 
-
L
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
K
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
P
V
 
F
I
 
V
-
 
L
-
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
A
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
D
 
D
Q
 
L
L
 
A
M
 
M
K
 
R
T
 
I
A
 
C
K
 
E
L
 
H
V
 
Y
V
 
V
D
 
T
A
 
V
G
 
T
A
 
Q
N
 
K
I
 
L
L
 
G
R
 
I
G
 
P
G
 
Y
A
 
V
F
 
F
K
 
K
P
 
A
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
x
K
-
 
A
-
 
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
Q
 
R
G
 
G
L
 
P
R
 
G
-
 
L
E
 
E
D
 
E
G
 
G
L
 
M
K
 
K
L
 
I
L
 
F
A
 
Q
E
 
E
A
 
L
R
 
K
E
 
Q
K
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
T
E
 
D
I
 
V
M
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
S
D
 
Q
I
 
A
H
 
Q
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
D
Y
 
V
D
 
-
I
 
V
D
 
D
I
 
V
W
 
I
Q
 
Q
V
 
L
G
 
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
A
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
P
D
 
Q
H
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
P
S
 
G
E
 
Q
F
 
M
L
 
G
G
 
N
A
 
I
A
 
V
L
 
D
R
 
K
L
 
F
Y
 
K
D
 
E
G
 
G
-
 
G
N
 
N
T
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
D
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
A
D
 
N
P
 
F
V
 
G
Y
 
Y
R
 
D
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
M
N
 
L
N
 
G
V
 
F
A
 
S
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
K
-
 
V
R
 
S
Y
 
G
H
 
N
L
 
S
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
V
S
 
T
H
 
H
G
 
A
T
 
L
G
 
Q
V
 
C
R
 
R
Q
 
R
-
 
R
-
 
A
I
 
Q
V
 
V
P
 
A
D
 
E
M
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
A
H
 
H
H
 
P
K
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
H
A
 
A
L
 
K
C
 
C
D
|
D
G
 
G
A
 
P
Q
 
S
S
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
A
K
 
K
L
 
L
T
 
E
P
 
P
L
 
F
V
 
L
R
 
K
Q
 
Q
V
 
M

1pe1A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga (see paper)
29% identity, 70% coverage: 100:340/343 of query aligns to 6:251/258 of 1pe1A

query
sites
1pe1A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
M
 
L
K
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
E
V
 
I
V
 
K
D
 
R
A
 
L
G
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
K
-
 
E
A
 
V
N
 
E
I
 
F
L
 
V
R
 
F
G
x
K
G
 
S
A
 
S
F
 
F
K
 
D
P
 
K
-
 
A
-
 
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
L
 
H
-
 
G
R
 
L
E
 
E
D
 
Y
G
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
E
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
K
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
K
V
 
I
I
 
T
T
 
T
E
x
D
I
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
R
 
W
D
 
Q
I
 
A
H
 
E
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
V
D
 
A
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
|
Q
V
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
C
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
E
 
A
M
 
A
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
H
 
F
V
 
L
S
 
A
I
 
P
S
 
W
E
 
D
F
 
T
L
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
V
L
 
E
R
 
K
L
 
L
-
 
K
Y
 
F
D
 
G
G
 
G
N
 
A
T
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
T
K
 
T
T
 
F
V
 
G
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Y
 
Y
R
 
N
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
L
A
 
P
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
Q
R
 
-
Y
 
-
H
 
W
L
 
A
P
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
T
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
R
Q
 
E
I
 
F
V
 
I
P
 
F
D
 
P
M
 
L
A
 
I
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
F
V
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
A
A
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
S
K
 
Q
L
 
L
T
 
E
P
 
G
L
 
I
V
 
I
R
 
E
Q
 
A
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
I
R
 
R
R
 
E
Q
 
V
A
 
A

1pckA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep (see paper)
28% identity, 70% coverage: 100:340/343 of query aligns to 5:251/258 of 1pckA

query
sites
1pckA
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
A
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
M
 
L
K
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
E
V
 
I
V
 
K
D
 
R
A
 
L
G
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
K
-
 
E
A
 
V
N
 
E
I
 
F
L
 
V
R
 
F
G
x
K
G
 
S
A
 
S
F
 
F
K
 
D
P
x
K
-
 
A
-
x
N
R
 
R
T
 
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
L
 
H
-
 
G
R
 
L
E
 
E
D
 
Y
G
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
E
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
K
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
K
V
 
I
I
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
R
 
W
D
 
Q
I
 
A
H
 
E
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
V
D
 
A
I
 
-
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
|
Q
V
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
C
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
E
 
A
M
 
A
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
H
 
F
V
 
L
S
 
A
I
 
P
S
 
W
E
 
D
F
 
T
L
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
V
L
 
E
R
 
K
L
 
L
-
 
K
Y
 
F
D
 
G
G
 
G
N
 
A
T
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
T
K
 
T
T
 
F
V
 
G
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Y
 
Y
R
 
N
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
L
A
 
P
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
Q
R
 
-
Y
 
-
H
 
W
L
 
A
P
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
G
V
 
M
R
 
R
Q
 
E
I
 
F
V
 
I
P
 
F
D
 
P
M
 
L
A
 
I
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
F
V
 
M
E
 
E
V
 
T
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
 
D
G
 
A
A
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
S
K
 
Q
L
 
L
T
 
E
P
 
G
L
 
I
V
 
I
R
 
E
Q
 
A
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
I
R
 
R
R
 
E
Q
 
V
A
 
A

3e12A Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p (see paper)
28% identity, 70% coverage: 100:340/343 of query aligns to 5:251/258 of 3e12A

query
sites
3e12A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
A
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
M
 
L
K
 
K
T
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
E
V
 
I
V
 
K
D
 
R
A
 
L
G
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
K
-
 
E
A
 
V
N
 
E
I
 
F
L
 
V
R
 
F
G
x
K
G
 
S
A
 
S
F
 
F
K
 
D
P
x
K
-
 
A
-
x
N
R
|
R
T
x
S
I
 
S
H
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
L
 
H
-
 
G
R
 
L
E
 
E
D
 
Y
G
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
A
L
 
L
A
 
R
E
 
K
A
 
V
R
 
K
E
 
E
K
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
K
V
 
I
I
 
T
T
 
T
E
 
D
I
 
I
M
 
H
D
 
E
A
 
S
R
 
W
D
 
Q
I
 
A
H
 
E
L
 
P
F
 
V
V
 
A
E
 
E
Y
 
V
D
 
-
I
 
A
D
 
D
I
 
I
W
 
I
Q
|
Q
V
 
I
G
x
P
A
|
A
R
 
F
N
 
L
C
 
C
L
 
R
N
 
Q
Y
 
T
T
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
E
 
A
M
 
A
K
 
K
N
 
T
P
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
V
 
N
L
 
V
K
|
K
R
 
K
G
 
G
D
 
Q
H
 
F
V
 
L
S
 
A
I
 
P
S
 
W
E
 
D
F
 
T
L
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
V
L
 
E
R
 
K
L
 
L
-
 
K
Y
 
F
D
 
G
G
 
G
N
 
A
T
 
K
K
 
E
V
 
I
I
 
Y
L
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
D
 
T
K
 
T
T
 
F
V
 
G
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Y
 
Y
R
 
N
N
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
D
L
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
L
A
 
P
W
 
I
L
 
M
K
 
K
K
 
Q
R
 
-
Y
 
-
H
 
W
L
 
A
P
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
Y
D
 
D
P
 
A
S
 
T
H
|
H
-
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
G
G
 
G
T
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
R
Q
 
E
I
 
F
V
 
I
P
 
F
D
 
P
M
 
L
A
 
I
L
 
R
A
 
A
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
F
V
 
M
E
|
E
V
 
T
H
 
H
H
 
P
K
 
E
P
 
P
E
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
S
D
|
D
G
 
A
A
 
S
Q
 
T
S
 
Q
L
 
L
S
 
P
A
 
-
D
 
-
F
 
L
K
 
S
K
 
Q
L
 
L
T
 
E
P
 
G
L
 
I
V
 
I
R
 
E
Q
 
A
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
I
R
 
R
R
 
E
Q
 
V
A
 
A

Query Sequence

>WP_013258699.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013258699.1
MIIQMEAKAGEKQLERLVERLGNDGFPPEMLDISRGDTFILVGLKGDTRAIDEGAYRALD
YVLDVIRISDPCKELTRDFHPRPSIIRLGSGLRIGKDLAVIAGPCAIESRDQLMKTAKLV
VDAGANILRGGAFKPRTIHRSFQGLREDGLKLLAEAREKFGIPVITEIMDARDIHLFVEY
DIDIWQVGARNCLNYTLLDALAEMKNPKPVVLKRGDHVSISEFLGAALRLYDGNTKVILC
ERGDKTVDPVYRNVLNLNNVAWLKKRYHLPVLVDPSHGTGVRQIVPDMALAGIAAGADGL
MVEVHHKPEEALCDGAQSLSADFKKLTPLVRQVFELRRQAKML

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory