SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013260006.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013260006.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
34% identity, 89% coverage: 17:263/276 of query aligns to 16:256/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
A
 
V
R
 
K
K
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
V
M
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
Y
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
G
 
A
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
I
P
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
K
A
 
A
V
 
F
A
 
E
E
 
G
A
 
F
R
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
V
 
V
T
 
T
V
|
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
A
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
I
E
 
P
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
A
 
E
P
 
D
L
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
K
N
 
F
Q
 
E
G
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
I
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
W
G
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
S
G
 
L
G
 
I
F
 
P
N
 
E
P
 
V
S
 
K
G
 
E
K
 
K
T
 
S
A
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
I
W
 
Y
A
 
A
L
 
L
K
 
V
S
 
K
A
 
E
G
 
G
C
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
A
x
N
R
|
R
R
x
T
D
 
K
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
Q
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
D
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
Q
 
E
A
 
V
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
N
A
 
S
I
 
P
E
 
E
D
 
E
A
 
V
C
 
I
P
 
D
A
 
K
A
 
V
E
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
A
 
T
T
|
T
A
x
S
A
x
V
S
 
G
S
 
L
P
 
K
A
 
D
E
 
E
A
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
I
A
 
F
R
 
N
R
 
Y
I
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
P
 
K
A
 
K
G
 
D
G
 
H
L
 
V
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
 
I
N
 
I
Y
|
Y
G
 
K
R
 
E
A
 
T
D
 
K
N
 
L
F
 
L
W
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
K
A
 
-
L
 
-
A
 
E
R
 
K
D
 
G
R
 
A
A
 
K
F
 
L
S
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
P
M
 
M
L
|
L
A
 
L
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
I
R
 
E
S
 
A
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
I
 
V
P
 
P

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
34% identity, 89% coverage: 17:263/276 of query aligns to 16:256/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
A
 
V
R
 
K
K
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
V
M
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
Y
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
G
 
A
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
I
P
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
K
A
 
A
V
 
F
A
 
E
E
 
G
A
 
F
R
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
V
 
V
T
|
T
V
|
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
A
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
I
E
 
P
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
A
 
E
P
 
D
L
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
K
N
 
F
Q
 
E
G
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
I
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
W
G
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
S
G
 
L
G
 
I
F
 
P
N
 
E
P
 
V
S
 
K
G
 
E
K
 
K
T
 
S
A
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
I
W
 
Y
A
 
A
L
 
L
K
 
V
S
 
K
A
 
E
G
 
G
C
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
A
x
N
R
|
R
R
x
T
D
 
K
Q
 
E
A
x
K
A
 
A
Q
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
D
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
Q
 
E
A
 
V
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
N
A
 
S
I
 
P
E
 
E
D
 
E
A
 
V
C
 
I
P
 
D
A
 
K
A
 
V
E
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
A
 
T
T
|
T
A
x
S
A
x
V
S
 
G
S
 
L
P
 
K
A
 
D
E
 
E
A
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
I
A
 
F
R
 
N
R
 
Y
I
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
P
 
K
A
 
K
G
 
D
G
 
H
L
 
V
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
|
I
N
 
I
Y
|
Y
G
 
K
R
 
E
A
 
T
D
 
K
N
 
L
F
 
L
W
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
K
A
 
-
L
 
-
A
 
E
R
 
K
D
 
G
R
 
A
A
 
K
F
 
L
S
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
P
M
|
M
L
|
L
A
 
L
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
I
R
 
E
S
 
A
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
I
 
V
P
 
P

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
34% identity, 89% coverage: 17:263/276 of query aligns to 16:256/269 of O67049

query
sites
O67049
A
 
V
R
 
K
K
 
H
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
R
 
V
M
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
R
K
 
Y
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
G
 
A
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
I
P
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
K
A
 
A
V
 
F
A
 
E
E
 
G
A
 
F
R
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
K
-
 
V
-
 
K
G
 
G
L
 
I
N
 
N
V
 
V
T
 
T
V
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
A
 
E
A
 
E
V
 
I
I
 
I
E
 
P
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
A
 
E
P
x
D
L
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
K
N
 
F
Q
 
E
G
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
A
I
 
Y
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
W
G
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
S
G
 
L
G
 
I
F
 
P
N
 
E
P
 
V
S
 
K
G
 
E
K
 
K
T
 
S
A
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
I
W
 
Y
A
 
A
L
 
L
K
 
V
S
 
K
A
 
E
G
 
G
C
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
A
 
N
R
 
R
R
 
T
D
 
K
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
Q
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
D
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
Q
 
E
A
 
V
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
N
A
 
S
I
 
P
E
 
E
D
 
E
A
 
V
C
 
I
P
 
D
A
 
K
A
 
V
E
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
A
 
T
T
 
T
A
 
S
A
 
V
S
 
G
S
 
L
P
 
K
A
 
D
E
 
K
A
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
I
A
 
F
R
 
N
R
 
Y
I
 
D
L
 
L
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
P
 
K
A
 
K
G
 
D
G
 
H
L
 
V
T
 
V
L
 
V
D
 
D
I
|
I
N
 
I
Y
|
Y
G
 
K
R
 
E
A
 
T
D
 
K
N
 
L
F
 
L
W
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
K
A
 
-
L
 
-
A
 
E
R
 
K
D
 
G
R
 
A
A
 
K
F
 
L
S
 
F
D
 
D
G
|
G
L
 
L
T
 
P
M
 
M
L
 
L
A
 
L
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
I
R
 
E
S
 
A
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
I
 
V
P
 
P

2ev9B Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP(h) and shikimate (see paper)
43% identity, 92% coverage: 8:260/276 of query aligns to 3:246/263 of 2ev9B

query
sites
2ev9B
R
 
R
L
 
F
G
 
A
I
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
H
E
 
P
R
 
V
A
 
A
R
 
H
K
 
-
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
A
M
 
M
H
 
H
G
 
A
H
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
V
 
S
Y
 
Y
V
 
E
A
 
A
L
 
W
P
 
D
T
 
T
P
 
P
P
 
L
E
 
E
-
 
A
L
 
L
V
 
P
G
 
G
Q
 
R
A
 
L
V
 
K
A
 
E
E
 
V
A
 
R
R
 
R
A
 
A
M
 
F
D
 
R
G
 
G
L
 
V
N
|
N
V
 
L
T
|
T
V
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
A
 
E
A
 
A
V
 
A
I
 
L
E
 
A
F
 
H
L
 
L
D
 
D
E
 
W
L
 
V
A
 
S
P
 
P
L
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
L
N
 
Q
Q
 
V
G
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
I
N
 
-
P
 
P
S
 
L
G
 
K
K
 
G
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
A
W
 
F
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
E
A
 
A
G
 
G
C
 
L
A
 
-
R
 
E
V
 
V
L
 
W
L
 
V
S
 
W
A
 
N
R
 
R
R
 
T
D
 
P
Q
 
Q
A
 
R
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
D
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
P
I
 
L
E
 
E
D
 
K
A
 
A
C
 
R
P
 
-
A
 
E
A
 
A
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
A
 
R
A
 
V
-
 
G
-
 
L
S
 
E
S
 
D
P
 
P
A
 
S
E
 
A
A
 
S
P
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
L
L
 
P
A
 
A
L
 
E
P
 
L
L
 
F
P
 
P
A
 
E
G
 
E
G
 
G
L
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
D
I
 
L
N
 
V
Y
 
Y
G
 
R
R
 
P
A
 
L
D
 
W
N
 
T
F
 
R
W
 
F
K
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
G
R
 
L
A
 
K
F
 
V
S
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
P
M
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L

Q5SJF8 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
43% identity, 92% coverage: 8:260/276 of query aligns to 3:246/263 of Q5SJF8

query
sites
Q5SJF8
R
 
R
L
 
F
G
 
A
I
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
H
E
 
P
R
 
V
A
 
A
R
 
H
K
 
-
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
R
 
A
M
 
M
H
 
H
G
 
A
H
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
V
 
S
Y
 
Y
V
 
E
A
 
A
L
 
W
P
 
D
T
 
T
P
 
P
P
 
L
E
 
E
-
 
A
L
 
L
V
 
P
G
 
G
Q
 
R
A
 
L
V
 
K
A
 
E
E
 
V
A
 
R
R
 
R
A
 
A
M
 
F
D
 
R
G
 
G
L
 
V
N
 
N
V
 
L
T
|
T
V
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
A
 
E
A
 
A
V
 
A
I
 
L
E
 
A
F
 
H
L
 
L
D
 
D
E
 
W
L
 
V
A
 
S
P
 
P
L
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
L
N
 
Q
Q
 
V
G
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
I
N
 
-
P
 
P
S
 
L
G
 
K
K
 
G
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
A
W
 
F
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
E
A
 
A
G
 
G
C
 
L
A
 
-
R
 
E
V
 
V
L
 
W
L
 
V
S
 
W
A
x
N
R
|
R
R
x
T
D
x
P
Q
|
Q
A
x
R
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
D
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
P
I
 
L
E
 
E
D
 
K
A
 
A
C
 
R
P
 
-
A
 
E
A
 
A
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
A
 
R
A
 
V
-
 
G
-
 
L
S
 
E
S
 
D
P
 
P
A
 
S
E
 
A
A
 
S
P
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
L
L
 
P
A
 
A
L
 
E
P
 
L
L
 
F
P
 
P
A
 
E
G
 
E
G
 
G
L
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
D
I
x
L
N
 
V
Y
|
Y
G
 
R
R
 
P
A
 
L
D
 
W
N
 
T
F
 
R
W
 
F
K
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
G
R
 
L
A
 
K
F
 
V
S
 
Q
D
 
T
G
|
G
L
 
L
T
 
P
M
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L

2cy0A Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP (see paper)
43% identity, 92% coverage: 8:260/276 of query aligns to 3:246/262 of 2cy0A

query
sites
2cy0A
R
 
R
L
 
F
G
 
A
I
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
H
E
 
P
R
 
V
A
 
A
R
 
H
K
 
-
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
R
 
A
M
 
M
H
 
H
G
 
A
H
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
V
 
S
Y
 
Y
V
 
E
A
 
A
L
 
W
P
 
D
T
 
T
P
 
P
P
 
L
E
 
E
-
 
A
L
 
L
V
 
P
G
 
G
Q
 
R
A
 
L
V
 
K
A
 
E
E
 
V
A
 
R
R
 
R
A
 
A
M
 
F
D
 
R
G
 
G
L
 
V
N
 
N
V
 
L
T
 
T
V
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
A
 
E
A
 
A
V
 
A
I
 
L
E
 
A
F
 
H
L
 
L
D
 
D
E
 
W
L
 
V
A
 
S
P
 
P
L
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
I
 
V
I
 
L
N
 
Q
Q
 
V
G
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
F
G
 
G
D
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
I
N
 
-
P
 
P
S
 
L
G
 
K
K
 
G
T
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
S
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
A
W
 
F
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
E
A
 
A
G
 
G
C
 
L
A
 
-
R
 
E
V
 
V
L
 
W
L
 
V
S
 
W
A
x
N
R
|
R
R
x
T
D
 
P
Q
 
Q
A
x
R
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
D
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
P
I
 
L
E
 
E
D
 
K
A
 
A
C
 
R
P
 
-
A
 
E
A
 
A
E
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
|
T
A
x
R
A
x
V
-
 
G
-
 
L
S
 
E
S
 
D
P
 
P
A
 
S
E
 
A
A
 
S
P
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
L
L
 
P
A
 
A
L
 
E
P
 
L
L
 
F
P
 
P
A
 
E
G
 
E
G
 
G
L
 
A
T
 
A
L
 
V
D
 
D
I
x
L
N
 
V
Y
 
Y
G
 
R
R
 
P
A
 
L
D
 
W
N
 
T
F
 
R
W
 
F
K
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
G
R
 
L
A
 
K
F
 
V
S
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
T
 
P
M
 
M
L
|
L
A
 
A
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
33% identity, 89% coverage: 18:263/276 of query aligns to 12:270/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
R
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
R
 
E
M
 
M
H
 
Q
G
 
N
H
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
K
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
P
G
 
F
V
 
T
Y
 
Y
V
 
M
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
D
P
 
N
E
 
D
L
 
S
V
 
F
G
 
P
Q
 
G
A
 
A
V
 
I
A
 
E
-
 
G
-
 
L
E
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
K
M
 
M
D
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
A
 
Q
A
 
L
V
 
A
I
 
C
E
 
E
F
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
I
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
Y
L
 
L
I
 
R
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
D
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
K
H
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
F
N
 
D
P
 
I
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
G
W
 
A
A
 
Q
L
 
G
K
 
A
S
 
I
A
 
E
G
 
G
C
 
L
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
K
L
 
L
S
 
F
A
 
N
R
|
R
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
-
x
F
-
 
F
-
 
D
A
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
 
R
F
 
V
G
 
N
A
 
E
Q
 
N
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
V
A
 
V
A
 
T
I
 
V
E
 
T
D
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
F
-
 
A
-
 
E
A
 
A
C
 
L
P
 
A
A
 
S
A
 
A
E
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
A
 
G
T
 
T
A
x
K
A
x
V
S
 
G
-
x
M
S
 
K
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
N
P
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
V
R
 
N
R
 
D
I
 
I
L
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
L
L
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
L
G
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
E
D
x
C
I
 
V
N
x
Y
Y
 
N
G
 
P
R
 
H
A
 
M
D
 
T
N
 
K
F
 
L
W
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
A
A
 
Q
L
 
Q
A
 
A
R
 
G
D
 
C
R
 
K
A
 
T
F
 
I
S
 
-
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
T
 
G
M
|
M
L
|
L
A
 
L
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
Y
 
T
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
I
 
F
P
 
P

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
33% identity, 89% coverage: 18:263/276 of query aligns to 18:276/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
R
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
R
 
E
M
 
M
H
 
Q
G
 
N
H
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
K
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
P
G
 
F
V
 
T
Y
 
Y
V
 
M
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
D
P
 
N
E
 
D
L
 
S
V
 
F
G
 
P
Q
 
G
A
 
A
V
 
I
A
 
E
-
 
G
-
 
L
E
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
K
M
 
M
D
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
A
 
Q
A
 
L
V
 
A
I
 
C
E
 
E
F
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
I
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
Y
L
 
L
I
 
R
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
D
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
K
H
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
F
N
 
D
P
 
I
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
G
W
 
A
A
 
Q
L
 
G
K
 
A
S
 
I
A
 
E
G
 
G
C
 
L
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
K
L
 
L
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
 
R
D
|
D
Q
 
E
-
x
F
-
 
F
-
 
D
A
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
 
R
F
 
V
G
 
N
A
 
E
Q
 
N
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
V
A
 
V
A
 
T
I
 
V
E
 
T
D
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
F
-
 
A
-
 
E
A
 
A
C
 
L
P
 
A
A
 
S
A
 
A
E
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
A
 
G
T
|
T
A
x
K
A
x
V
S
 
G
-
x
M
S
 
K
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
N
P
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
V
R
 
N
R
 
D
I
 
I
L
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
L
L
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
L
G
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
E
D
x
C
I
 
V
N
 
Y
Y
 
N
G
 
P
R
 
H
A
 
M
D
 
T
N
 
K
F
 
L
W
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
A
A
 
Q
L
 
Q
A
 
A
R
 
G
D
 
C
R
 
K
A
 
T
F
 
I
S
 
-
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
T
 
G
M
|
M
L
|
L
A
 
L
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
Y
 
T
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
I
 
F
P
 
P

P0A6D5 Quinate/shikimate dehydrogenase; NAD-dependent shikimate 5-dehydrogenase; EC 1.1.1.282 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
33% identity, 89% coverage: 18:263/276 of query aligns to 18:276/288 of P0A6D5

query
sites
P0A6D5
R
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
E
M
 
M
H
 
Q
G
 
N
H
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
K
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
P
G
 
F
V
 
T
Y
|
Y
V
 
M
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
D
P
 
N
E
 
D
L
 
S
V
 
F
G
 
P
Q
 
G
A
 
A
V
 
I
A
 
E
-
 
G
-
 
L
E
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
K
M
 
M
D
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
V
 
V
T
x
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
A
 
Q
A
 
L
V
 
A
I
 
C
E
 
E
F
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
|
N
T
 
T
I
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
Y
L
 
L
I
 
R
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
|
T
D
|
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
D
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
K
H
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
F
N
 
D
P
 
I
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
G
W
 
A
A
 
Q
L
 
G
K
 
A
S
 
I
A
 
E
G
 
G
C
 
L
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
K
L
 
L
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
|
R
D
|
D
Q
 
E
-
 
F
-
 
F
-
 
D
A
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
 
R
F
 
V
G
 
N
A
 
E
Q
 
N
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
V
A
 
V
A
 
T
I
 
V
E
 
T
D
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
F
-
 
A
-
 
E
A
 
A
C
 
L
P
 
A
A
 
S
A
 
A
E
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
A
 
G
T
 
T
A
x
K
A
 
V
S
 
G
-
 
M
S
 
K
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
N
P
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
V
R
 
N
R
 
D
I
 
I
L
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
L
L
 
H
P
 
P
A
 
G
G
 
L
G
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
E
D
x
C
I
x
V
N
x
Y
Y
x
N
G
 
P
R
 
H
A
 
M
D
 
T
N
 
K
F
 
L
W
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
A
A
 
Q
L
 
Q
A
 
A
R
 
G
D
 
C
R
 
K
A
 
T
F
 
I
S
 
-
D
 
D
G
|
G
L
 
Y
T
 
G
M
 
M
L
 
L
A
 
L
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
Y
 
T
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
I
 
F
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
29% identity, 92% coverage: 18:271/276 of query aligns to 24:289/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
R
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
R
 
T
M
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
V
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
K
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
D
G
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
G
P
 
D
E
 
K
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
A
 
Q
E
 
G
A
 
F
R
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
N
-
 
L
-
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
A
 
T
A
 
N
V
 
I
I
 
H
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
I
 
V
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
I
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
D
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
E
G
 
A
G
 
G
F
 
H
N
 
D
P
 
I
S
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
M
L
 
T
V
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
C
W
 
I
A
 
Q
L
 
A
K
 
A
S
 
L
A
 
D
G
 
G
C
 
V
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
 
K
D
|
D
Q
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
A
 
N
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
A
 
E
D
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
K
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
E
 
F
D
 
D
A
 
I
C
 
E
P
 
D
A
 
H
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
A
 
A
T
|
T
A
x
G
A
x
V
S
 
G
-
x
M
S
 
K
P
 
P
A
x
F
E
 
E
A
 
G
P
 
E
E
 
T
L
 
L
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
S
G
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
I
T
 
V
L
 
S
D
 
D
I
x
V
N
 
V
Y
|
Y
G
 
K
R
 
P
A
 
T
D
 
K
N
 
T
F
 
R
W
 
L
K
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
L
 
E
A
 
E
R
 
Q
D
 
G
R
 
C
A
 
Q
F
 
T
S
 
L
D
 
N
G
|
G
L
 
L
T
 
G
M
|
M
L
x
M
A
 
L
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
K
S
 
A
F
 
F
Y
 
E
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
D
 
E
I
 
M
P
 
P
A
 
V
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
F
 
I
E
 
K
A
 
E
L
 
I

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
29% identity, 92% coverage: 18:271/276 of query aligns to 24:289/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
R
 
R
K
 
H
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
R
 
T
M
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
V
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
K
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
D
G
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
G
P
 
D
E
 
K
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
A
 
Q
E
 
G
A
 
F
R
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
N
-
 
L
-
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
A
 
T
A
 
N
V
 
I
I
 
H
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
I
 
V
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
I
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
D
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
E
G
 
A
G
 
G
F
 
H
N
 
D
P
 
I
S
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
M
L
 
T
V
 
I
L
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
C
W
 
I
A
 
Q
L
 
A
K
 
A
S
 
L
A
 
D
G
 
G
C
 
V
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
x
K
D
|
D
Q
 
D
-
 
F
-
 
Y
-
 
A
A
 
N
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
A
 
E
D
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
K
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
E
 
F
D
 
D
A
 
I
C
 
E
P
 
D
A
 
H
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
A
 
A
T
 
T
A
 
G
A
 
V
S
 
G
-
x
M
S
 
K
P
 
P
A
 
F
E
 
E
A
 
G
P
 
E
E
 
T
L
 
L
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
S
G
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
I
T
 
V
L
 
S
D
 
D
I
 
V
N
 
V
Y
 
Y
G
 
K
R
 
P
A
 
T
D
 
K
N
 
T
F
 
R
W
 
L
K
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
L
 
E
A
 
E
R
 
Q
D
 
G
R
 
C
A
 
Q
F
 
T
S
 
L
D
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
G
M
 
M
L
 
M
A
 
L
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
K
S
 
A
F
 
F
Y
 
E
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
D
 
E
I
 
M
P
 
P
A
 
V
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
F
 
I
E
 
K
A
 
E
L
 
I

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
29% identity, 92% coverage: 18:271/276 of query aligns to 21:286/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
R
 
R
K
 
H
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
T
M
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
V
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
K
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
D
G
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
G
P
 
D
E
 
K
L
 
E
V
 
L
G
 
K
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
A
 
Q
E
 
G
A
 
F
R
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
N
-
 
L
-
 
R
G
 
G
L
 
W
N
|
N
V
 
V
T
x
S
V
x
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
A
 
T
A
 
N
V
 
I
I
 
H
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
I
 
T
G
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
Y
L
 
M
D
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
H
 
E
G
 
A
G
 
G
F
 
H
N
 
D
P
 
I
S
 
I
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
M
L
 
T
V
 
I
L
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
C
W
 
I
A
 
Q
L
 
A
K
 
A
S
 
L
A
 
D
G
 
G
C
 
V
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
 
K
D
|
D
Q
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
A
 
N
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
A
 
E
D
 
K
F
 
I
G
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
T
L
 
D
A
 
C
W
 
K
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
E
 
F
D
 
D
A
 
I
C
 
E
P
 
D
A
 
H
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
A
 
A
T
|
T
A
 
G
A
x
V
S
 
G
-
x
M
S
 
K
P
 
P
A
x
F
E
 
E
A
 
G
P
 
E
E
 
T
L
 
L
A
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
L
P
 
P
A
 
S
G
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
I
T
 
V
L
 
S
D
 
D
I
x
V
N
 
V
Y
|
Y
G
 
K
R
 
P
A
 
T
D
 
K
N
 
T
F
 
R
W
 
L
K
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
L
 
E
A
 
E
R
 
Q
D
 
G
R
 
C
A
 
Q
F
 
T
S
 
L
D
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
G
M
|
M
L
x
M
A
 
L
L
 
W
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
K
S
 
A
F
 
F
Y
 
E
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
H
L
 
K
D
 
E
I
 
M
P
 
P
A
 
V
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
F
 
I
E
 
K
A
 
E
L
 
I

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
27% identity, 92% coverage: 8:261/276 of query aligns to 2:251/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
R
 
K
L
 
F
G
 
A
I
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
N
E
 
P
R
 
I
A
 
S
R
 
H
K
 
-
S
|
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
R
 
L
M
 
M
H
 
H
G
 
H
H
 
A
V
 
N
L
 
F
A
 
Q
K
 
S
H
 
L
G
 
N
L
 
L
Q
 
E
G
 
N
V
 
T
Y
 
Y
V
 
E
A
 
A
L
 
I
P
 
N
T
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
N
L
 
Q
V
 
F
G
 
Q
-
 
D
-
 
I
Q
 
K
A
 
K
V
 
I
A
 
I
E
 
S
A
 
E
R
 
K
A
 
S
M
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
F
N
 
N
V
 
V
T
|
T
V
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
A
 
E
A
 
R
V
 
I
I
 
I
E
 
P
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
N
P
 
E
L
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
W
I
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
G
G
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
D
 
N
A
 
G
L
 
L
A
 
K
H
 
Q
G
 
I
G
 
Y
F
 
E
N
 
G
P
 
I
S
 
E
G
 
D
K
 
A
T
 
Y
A
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
R
 
K
A
 
G
L
 
I
L
 
A
W
 
N
A
 
E
L
 
L
K
 
Y
S
 
K
A
 
I
G
 
V
C
 
R
A
 
P
R
 
T
V
 
L
L
 
T
L
 
V
S
 
A
A
 
N
R
 
R
R
 
T
D
 
M
Q
 
S
A
 
R
A
 
F
Q
 
N
A
 
N
L
 
W
A
 
S
A
 
L
D
 
N
F
 
I
G
 
N
A
 
K
Q
 
I
A
 
N
L
 
L
A
 
S
W
 
H
A
 
A
A
 
-
I
 
-
E
 
E
D
 
S
A
 
H
C
 
L
P
 
D
A
 
E
A
 
F
E
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
A
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
A
E
 
G
A
 
M
P
 
N
E
 
G
L
 
N
A
 
T
R
 
D
R
 
S
I
 
V
L
 
I
A
 
S
L
 
L
P
 
N
-
 
R
L
 
L
P
 
A
A
 
S
G
 
H
G
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
S
D
 
D
I
 
I
N
 
V
Y
|
Y
G
 
N
R
 
P
A
 
Y
D
 
K
N
 
T
F
 
P
W
 
I
K
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
E
A
 
Q
R
 
R
D
 
G
R
 
N
A
 
P
F
 
I
S
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
D
M
 
M
L
 
F
A
 
V
L
 
H
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
S
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
27% identity, 92% coverage: 8:261/276 of query aligns to 2:242/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
R
 
K
L
 
F
G
 
A
I
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
N
E
 
P
R
 
I
A
 
S
R
 
H
K
 
-
S
|
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
R
 
L
M
 
M
H
 
H
G
 
H
H
 
A
V
 
N
L
 
F
A
 
Q
K
 
S
H
 
L
G
 
N
L
 
L
Q
 
E
G
 
N
V
 
T
Y
 
Y
V
 
E
A
 
A
L
 
I
P
 
N
T
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
N
L
 
Q
V
 
F
G
 
Q
-
 
D
-
 
I
Q
 
K
A
 
K
V
 
I
A
 
I
E
 
S
A
 
E
R
 
K
A
 
S
M
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
F
N
|
N
V
 
V
T
|
T
V
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
A
 
E
A
 
R
V
 
I
I
 
I
E
 
P
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
N
P
 
E
L
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
V
I
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
W
I
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
G
G
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
D
 
N
A
 
G
L
 
L
A
 
K
H
 
Q
G
 
I
G
 
Y
F
 
E
N
 
G
P
 
I
S
 
E
G
 
D
K
 
A
T
 
Y
A
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
R
 
K
A
 
G
L
 
I
L
 
-
W
 
-
A
 
A
L
 
N
K
 
E
S
 
L
A
 
Y
G
 
K
C
 
I
A
 
V
R
 
R
V
 
P
L
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
V
R
 
A
R
 
N
D
 
R
Q
 
T
A
 
M
A
 
S
Q
 
R
A
 
F
L
 
N
A
 
N
A
 
W
D
 
S
F
 
L
G
 
N
A
 
I
Q
 
N
A
 
K
L
 
I
A
 
N
W
 
L
A
 
S
A
 
H
I
 
A
E
 
E
D
 
S
A
 
H
C
 
L
P
 
D
A
 
E
A
 
F
E
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
A
 
P
A
 
V
S
 
I
S
 
S
P
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
L
A
 
N
R
 
R
R
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
L
P
 
A
A
 
S
G
 
H
G
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
S
D
 
D
I
 
I
N
 
V
Y
 
Y
G
 
N
R
 
P
A
 
Y
D
 
K
N
 
T
F
 
P
W
 
I
K
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
E
A
 
Q
R
 
R
D
 
G
R
 
N
A
 
P
F
 
I
S
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
D
M
 
M
L
x
F
A
 
V
L
 
H
Q
|
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
S
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E

Q8ZPR4 Quinate/shikimate dehydrogenase; NAD-dependent shikimate 5-dehydrogenase; EC 1.1.1.282 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
31% identity, 94% coverage: 18:276/276 of query aligns to 18:288/288 of Q8ZPR4

query
sites
Q8ZPR4
R
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
R
 
E
M
 
M
H
 
Q
G
 
N
H
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
K
H
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
P
G
 
Y
V
 
T
Y
 
Y
V
 
M
A
 
A
L
 
F
P
 
E
T
 
V
P
 
D
P
 
N
E
 
T
L
 
T
V
 
F
G
 
A
Q
 
S
A
 
A
V
 
I
A
 
E
-
 
G
-
 
L
E
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
K
M
 
M
D
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
A
 
Q
A
 
L
V
 
A
I
 
C
E
 
E
F
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
P
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
I
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
G
 
G
R
 
Y
L
 
L
I
 
R
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
D
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
K
H
 
E
G
 
S
G
 
G
F
 
F
N
 
D
P
 
M
S
 
R
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
L
 
I
L
 
G
W
 
A
A
 
Q
L
 
A
K
 
A
S
 
I
A
 
E
G
 
G
C
 
I
A
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
K
L
 
L
S
 
F
A
x
N
R
|
R
R
x
K
D
|
D
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
F
G
 
F
A
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
V
A
 
A
W
 
F
A
 
A
-
 
K
-
 
R
-
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
H
A
 
A
I
 
F
E
 
T
D
 
E
A
 
A
C
 
L
P
 
A
A
 
S
A
 
A
E
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
A
 
G
T
 
T
A
x
K
A
 
V
S
 
G
-
 
M
S
 
K
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
N
P
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
I
R
 
G
R
 
D
I
 
V
L
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
L
L
 
R
P
 
P
A
 
E
G
 
L
G
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
E
D
x
C
I
x
V
N
x
Y
Y
x
N
G
 
P
R
 
H
A
 
M
D
 
T
N
 
K
F
 
L
W
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
A
A
 
Q
L
 
Q
A
 
A
R
 
G
D
 
C
R
 
K
A
 
T
F
 
I
S
 
-
D
 
D
G
|
G
L
 
Y
T
 
G
M
 
M
L
 
L
A
 
L
L
 
W
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
A
I
 
F
P
 
P
A
 
L
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
F
 
V
E
 
K
A
 
Q
L
 
V
E
 
M
D
 
G
Y
 
F
H
 
T
A
 
A

P56119 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori)
33% identity, 77% coverage: 59:271/276 of query aligns to 59:259/263 of P56119

query
sites
P56119
M
 
L
D
 
S
G
 
G
L
 
A
N
 
N
V
 
V
T
|
T
V
 
L
P
 
P
H
 
F
K
 
K
A
 
E
A
 
R
V
 
A
I
 
F
E
 
Q
F
 
V
L
 
C
D
 
D
E
 
K
L
 
I
A
 
K
P
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
I
 
C
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
L
I
 
V
N
 
L
Q
 
E
G
 
N
G
 
D
R
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
Y
D
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
Q
G
 
K
G
 
N
F
 
Y
N
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
Q
T
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
x
S
S
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
A
W
 
C
A
 
E
L
 
L
K
 
K
S
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
L
A
 
Q
R
 
V
V
 
S
L
 
V
L
 
L
-
 
N
-
 
R
S
 
S
A
 
S
R
 
R
R
 
G
D
 
L
Q
 
D
A
 
F
A
 
F
Q
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
C
D
 
D
F
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
C
A
 
F
I
 
M
E
 
E
D
 
P
A
 
P
C
 
K
P
 
S
A
 
A
A
 
F
E
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
A
x
S
A
 
A
S
 
S
S
 
L
P
 
H
A
 
N
E
 
E
A
 
L
P
 
P
E
 
-
L
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
E
I
 
V
L
 
L
A
 
K
L
 
G
P
 
Y
L
 
F
P
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
L
 
L
T
 
A
L
 
Y
D
 
D
I
 
L
N
 
A
Y
|
Y
G
 
G
R
 
F
A
 
L
D
 
T
N
 
P
F
 
F
W
 
L
K
 
S
A
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
T
R
 
-
A
 
P
F
 
F
S
 
Q
D
 
D
G
|
G
L
 
K
T
 
D
M
 
M
L
 
L
A
 
I
L
 
Y
Q
|
Q
A
 
A
R
 
A
R
 
L
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
K
W
 
F
T
 
S
G
 
A
L
 
S
D
 
Q
I
 
I
P
 
P
A
 
Y
G
 
S
D
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

3phiA Shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from helicobacter pylori in complex with shikimate and NADPH
33% identity, 77% coverage: 59:271/276 of query aligns to 59:256/259 of 3phiA

query
sites
3phiA
M
 
L
D
 
S
G
 
G
L
 
A
N
|
N
V
 
V
T
 
T
V
x
L
P
|
P
H
 
F
K
|
K
A
 
E
A
 
R
V
 
A
I
 
F
E
 
Q
F
 
V
L
 
C
D
 
D
E
 
K
L
 
I
A
 
K
P
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
I
 
C
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
L
I
 
V
N
 
L
Q
 
E
G
 
N
G
 
D
R
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
Y
D
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
Y
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
Q
T
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
x
S
S
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
A
W
 
C
A
 
E
L
 
L
K
 
K
S
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
L
A
 
Q
R
 
V
V
 
S
L
 
V
L
 
L
-
 
N
-
x
R
S
 
S
A
 
S
R
 
R
R
 
G
D
 
L
Q
 
D
A
 
F
A
 
F
Q
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
C
D
 
D
F
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
C
A
 
F
I
 
M
E
 
E
D
 
P
A
 
P
C
 
K
P
 
S
A
 
A
A
 
F
E
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
A
x
S
A
|
A
S
 
S
S
x
L
P
 
H
A
 
N
E
 
E
A
 
L
P
|
P
E
 
-
L
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
E
I
 
V
L
 
L
A
 
K
L
 
G
P
 
Y
L
 
F
P
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
L
 
L
T
 
A
L
 
Y
D
 
D
I
x
L
N
 
A
Y
|
Y
G
 
G
R
 
F
A
 
L
D
 
T
N
 
P
F
 
F
W
 
L
K
 
S
A
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
T
R
 
-
A
 
P
F
 
F
S
 
Q
D
 
D
G
|
G
L
 
K
T
 
D
M
|
M
L
|
L
A
 
I
L
 
Y
Q
|
Q
A
 
A
R
 
A
R
 
L
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
K
W
 
F
T
 
S
G
 
A
L
 
S
D
 
Q
I
 
I
P
 
P
A
 
Y
G
 
S
D
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

4fosA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe) q237a mutant from helicobacter pylori in complex with shikimate
33% identity, 77% coverage: 59:271/276 of query aligns to 59:259/263 of 4fosA

query
sites
4fosA
M
 
L
D
 
S
G
 
G
L
 
A
N
|
N
V
|
V
T
|
T
V
 
L
P
 
P
H
 
F
K
|
K
A
 
E
A
 
R
V
 
A
I
 
F
E
 
Q
F
 
V
L
 
C
D
 
D
E
 
K
L
 
I
A
 
K
P
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
I
 
C
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
I
 
L
I
 
V
N
 
L
Q
 
E
G
 
N
G
 
D
R
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
Y
D
 
L
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
Q
G
 
K
G
 
N
F
 
Y
N
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
Q
T
 
N
A
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
A
W
 
C
A
 
E
L
 
L
K
 
K
S
 
K
A
 
Q
G
 
G
C
 
L
A
 
Q
R
 
V
V
 
S
L
 
V
L
 
L
-
 
N
-
 
R
S
 
S
A
 
S
R
 
R
R
 
G
D
 
L
Q
 
D
A
 
F
A
 
F
Q
 
Q
A
 
R
L
 
L
A
 
G
A
 
C
D
 
D
F
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
C
A
 
F
I
 
M
E
 
E
D
 
P
A
 
P
C
 
K
P
 
S
A
 
A
A
 
F
E
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
L
P
 
H
A
 
N
E
 
E
A
 
L
P
 
P
E
 
-
L
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
E
I
 
V
L
 
L
A
 
K
L
 
G
P
 
Y
L
 
F
P
 
K
A
 
E
G
 
G
G
 
K
L
 
L
T
 
A
L
 
Y
D
 
D
I
 
L
N
 
A
Y
|
Y
G
 
G
R
 
F
A
 
L
D
 
T
N
 
P
F
 
F
W
 
L
K
 
S
A
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
T
R
 
-
A
 
P
F
 
F
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
D
M
 
M
L
|
L
A
 
I
L
 
Y
Q
 
A
A
 
A
R
 
A
R
 
L
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
K
W
 
F
T
 
S
G
 
A
L
 
S
D
 
Q
I
 
I
P
 
P
A
 
Y
G
 
S
D
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
30% identity, 92% coverage: 9:261/276 of query aligns to 9:266/282 of Q58484

query
sites
Q58484
L
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
I
G
 
G
D
 
-
E
 
H
R
 
P
A
 
V
R
 
E
K
 
H
S
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
R
 
I
M
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
A
V
 
A
L
 
F
A
 
K
K
 
D
H
 
K
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
G
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
L
 
F
P
 
D
T
 
V
P
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
N
V
 
L
G
 
K
Q
 
Y
A
 
V
V
 
I
A
 
D
E
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
G
-
 
I
-
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
V
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
A
 
I
A
 
E
V
 
I
I
 
M
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
A
 
D
P
 
K
L
 
D
A
 
A
Q
 
Q
A
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
I
 
I
I
 
K
N
 
I
Q
 
E
G
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
A
I
 
I
G
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
D
 
M
A
 
A
L
 
L
A
 
E
H
 
E
G
 
E
G
 
I
F
 
G
N
 
R
P
 
V
S
 
K
G
 
D
K
 
K
T
 
N
A
 
I
L
 
V
V
 
I
L
 
Y
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
A
W
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
-
S
 
-
A
 
A
G
 
K
C
 
D
A
 
N
R
 
N
V
 
I
L
 
I
L
 
I
S
 
A
A
x
N
R
|
R
R
x
T
D
x
V
Q
x
E
A
x
K
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
K
D
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
F
 
F
G
 
G
A
 
-
Q
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
K
W
 
F
A
 
S
A
 
G
I
 
L
E
 
D
D
 
V
A
 
D
C
 
L
P
 
D
A
 
G
A
 
V
E
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
A
 
P
A
 
I
S
 
G
S
x
M
P
 
Y
A
 
P
E
 
N
A
 
I
P
 
-
E
 
D
L
 
V
A
 
E
R
 
P
R
 
I
I
 
V
L
 
K
A
 
A
L
 
E
P
 
K
L
 
L
P
 
R
A
 
E
G
 
D
G
 
M
L
 
V
T
 
V
L
 
M
D
 
D
I
x
L
N
 
I
Y
 
Y
G
 
N
R
 
P
A
 
L
D
 
E
N
 
T
F
 
V
W
 
L
K
 
L
A
 
K
A
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
K
R
 
V
D
 
N
R
 
A
A
 
K
F
 
T
S
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
G
M
 
M
L
 
L
A
 
I
L
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
R
 
A
R
 
V
S
 
A
F
 
F
Y
 
K
L
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
E

P44774 Shikimate dehydrogenase-like protein HI_0607; SDH-L; EC 1.1.1.25 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see paper)
30% identity, 85% coverage: 25:258/276 of query aligns to 23:251/271 of P44774

query
sites
P44774
M
 
F
H
 
H
G
 
N
H
 
Y
V
 
L
L
 
Y
A
 
D
K
 
K
H
 
L
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
G
 
F
V
 
I
Y
 
Y
V
 
K
A
 
A
L
 
F
P
 
T
T
 
T
P
 
-
P
 
-
E
 
Q
L
 
D
V
 
I
G
 
E
Q
 
H
A
 
A
V
 
I
A
 
K
E
 
G
A
 
V
R
 
R
A
 
A
M
 
L
-
 
G
-
 
I
D
 
R
G
 
G
L
 
C
N
 
A
V
 
V
T
 
S
V
 
M
P
 
P
H
 
F
K
|
K
A
 
E
A
 
T
V
 
C
I
 
M
E
 
P
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
A
 
H
P
 
P
L
 
S
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
G
 
E
A
 
S
V
 
V
N
 
N
T
 
T
I
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
 
D
G
 
N
G
 
G
R
 
F
L
 
L
I
 
R
G
 
A
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
A
 
Y
G
 
I
G
 
A
F
 
I
L
 
V
D
 
K
A
 
L
L
 
I
A
 
E
H
 
K
G
 
Y
G
 
H
F
 
L
N
 
N
P
 
K
S
 
N
G
 
A
K
 
K
T
 
V
A
 
-
L
 
I
V
 
V
L
 
H
G
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
M
S
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
V
L
 
V
W
 
A
A
 
A
L
 
F
K
 
K
S
 
N
A
 
S
G
 
G
C
 
F
A
 
E
R
 
K
V
 
L
L
 
K
L
 
I
S
 
Y
A
 
A
R
 
R
R
 
N
D
 
V
Q
 
K
A
 
T
A
 
G
Q
 
Q
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
L
F
 
Y
G
 
G
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
W
 
Y
A
 
A
A
 
Y
I
 
I
E
 
N
D
 
S
-
 
L
A
 
E
C
 
N
P
 
Q
A
 
Q
A
 
A
E
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
A
 
V
T
 
T
A
 
S
A
 
I
S
 
G
S
 
M
P
 
K
A
 
G
E
 
G
A
 
K
P
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
D
R
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
L
A
 
A
L
 
F
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
F
L
 
I
P
 
D
A
 
N
G
 
A
G
 
S
L
 
V
T
 
A
L
 
F
D
 
D
I
 
V
N
 
V
Y
 
A
G
 
M
R
 
P
A
 
V
D
 
E
N
 
T
F
 
P
W
 
F
K
 
I
A
 
R
A
 
Y
A
 
A
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
D
 
G
R
 
K
A
 
Q
F
 
T
S
 
I
D
 
S
G
 
G
L
 
A
T
 
A
M
 
V
L
 
I
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
V
R
 
E
S
 
Q
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
W
 
Y
T
 
T

Query Sequence

>WP_013260006.1 NCBI__GCF_000143965.1:WP_013260006.1
MSAERFYRLGILGDERARKSLSPRMHGHVLAKHGLQGVYVALPTPPELVGQAVAEARAMD
GLNVTVPHKAAVIEFLDELAPLAQAIGAVNTIINQGGRLIGDNTDAGGFLDALAHGGFNP
SGKTALVLGAGGASRALLWALKSAGCARVLLSARRDQAAQALAADFGAQALAWAAIEDAC
PAAELLVNATAASSPAEAPELARRILALPLPAGGLTLDINYGRADNFWKAAALARDRAFS
DGLTMLALQARRSFYLWTGLDIPAGDYFEALEDYHA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory