SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013403434.1 NCBI__GCF_000166355.1:WP_013403434.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
46% identity, 80% coverage: 3:226/279 of query aligns to 5:231/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
L
 
L
A
 
V
V
 
V
E
 
E
N
 
G
V
 
V
S
 
S
K
 
K
K
 
I
F
x
Y
L
 
P
S
 
T
K
 
P
N
 
E
K
 
G
E
 
P
I
x
Y
T
 
T
V
|
V
L
 
L
E
 
D
K
 
G
I
 
I
N
 
D
L
 
L
E
 
K
I
 
V
Q
 
R
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
C
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
M
I
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
F
E
 
N
K
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
F
 
L
L
 
L
N
 
Q
G
 
D
K
 
K
E
 
P
I
 
I
L
 
T
S
 
E
P
 
P
G
 
G
P
 
P
D
 
D
R
 
R
I
 
M
V
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
N
S
 
Y
A
 
C
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
K
 
N
V
 
V
I
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
Y
F
 
L
G
 
A
M
 
V
K
 
D
-
 
A
-
 
V
L
 
F
R
 
P
G
 
N
V
 
K
P
 
P
K
 
Q
K
 
A
E
 
E
R
 
K
Y
 
R
E
 
A
K
 
I
A
 
V
L
 
R
K
 
E
Y
 
H
L
 
L
K
 
A
M
 
M
V
 
V
H
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
E
F
 
A
K
 
A
D
 
E
A
 
K
Y
 
K
V
 
P
H
 
S
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
S
L
 
I
D
 
R
S
 
P
E
 
Q
V
 
V
M
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
I
T
 
T
K
 
K
N
 
E
I
 
E
L
 
L
L
 
Q
L
 
E
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
R
 
Q
I
 
I
W
 
W
W
 
S
E
 
D
T
 
H
K
 
Q
K
 
V
T
 
T
I
 
V
I
 
L
F
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
M
M
 
M
S
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
A
G
 
A
K
 
Q
I
 
I
K
 
G
K
 
E
V
 
I
F
 
L
E
 
D
I
 
I
R
 
P
L
 
F
A
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
45% identity, 80% coverage: 3:226/279 of query aligns to 3:229/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
L
 
L
A
 
V
V
 
V
E
 
E
N
 
G
V
 
V
S
 
S
K
 
K
K
 
I
F
x
Y
L
 
P
S
 
T
K
 
P
N
 
E
K
 
G
E
 
P
I
 
Y
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
G
I
 
I
N
 
D
L
 
L
E
 
K
I
 
V
Q
 
R
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
C
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
x
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
M
I
 
I
A
 
S
G
 
G
L
 
F
E
 
N
K
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
F
 
L
L
 
L
N
 
Q
G
 
D
K
 
K
E
 
P
I
 
I
L
 
T
S
 
E
P
 
P
G
 
G
P
 
P
D
 
D
R
 
R
I
 
M
V
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
N
S
 
Y
A
 
C
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
K
 
N
V
 
V
I
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
Y
F
 
L
G
 
A
M
 
V
K
 
D
-
 
A
-
 
V
L
 
F
R
 
P
G
 
N
V
 
K
P
 
P
K
 
Q
K
 
A
E
 
E
R
 
K
Y
 
R
E
 
A
K
 
I
A
 
V
L
 
R
K
 
E
Y
 
H
L
 
L
K
 
A
M
 
M
V
 
V
H
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
E
F
 
A
K
 
A
D
 
E
A
 
K
Y
 
K
V
 
P
H
 
S
Q
|
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
S
L
 
I
D
 
R
S
 
P
E
 
Q
V
 
V
M
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
I
T
 
T
K
 
K
N
 
E
I
 
E
L
 
L
L
 
Q
L
 
E
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
R
 
Q
I
 
I
W
 
W
W
 
S
E
 
D
T
 
H
K
 
Q
K
 
V
T
 
T
I
 
V
I
 
L
F
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
M
M
 
M
S
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
A
G
 
A
K
 
Q
I
 
I
K
 
G
K
 
E
V
 
I
F
 
L
E
 
D
I
 
I
R
 
P
L
 
F
A
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
43% identity, 80% coverage: 5:226/279 of query aligns to 5:230/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
V
 
I
E
 
D
N
 
H
V
 
V
S
 
D
K
 
R
K
 
I
F
|
F
-
 
D
L
 
L
S
 
P
K
 
N
N
 
G
K
 
G
E
 
R
I
x
Y
T
 
I
V
 
A
L
 
L
E
 
K
K
 
N
I
 
I
N
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
Q
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
S
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
D
K
 
R
P
 
A
S
 
S
E
 
I
G
 
G
K
 
G
V
 
V
F
 
T
L
 
L
N
 
E
G
 
G
K
 
R
E
 
E
I
 
I
L
 
R
S
 
E
P
 
P
G
 
S
P
 
P
D
 
D
R
 
R
I
 
M
V
 
V
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
N
S
 
Y
A
 
S
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
K
 
T
V
 
V
I
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
F
 
L
G
 
A
M
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
L
 
Y
R
 
Q
G
 
G
V
 
K
P
 
S
K
 
K
K
 
G
E
 
E
R
 
R
Y
 
R
E
 
A
K
 
I
A
 
I
L
 
E
K
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
D
M
 
M
V
 
V
H
 
G
L
 
L
T
 
R
K
 
L
F
 
A
K
 
A
D
 
N
A
 
K
Y
 
R
V
 
P
H
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
T
D
 
R
S
 
P
E
 
K
V
 
L
M
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
L
T
 
T
K
 
R
N
 
G
I
 
S
L
 
L
L
 
Q
L
 
E
E
 
Q
L
 
L
Q
 
M
R
 
K
I
 
I
W
 
C
W
 
N
E
 
E
T
 
H
K
 
Q
K
 
I
T
 
T
I
 
C
I
 
V
F
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
K
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
M
M
 
L
S
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
E
G
 
A
K
 
H
I
 
I
K
 
G
K
 
Q
V
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
V
R
 
P
L
 
I
A
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
43% identity, 80% coverage: 5:226/279 of query aligns to 5:230/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
V
 
I
E
 
D
N
 
H
V
 
V
S
 
D
K
 
R
K
 
I
F
|
F
-
 
D
L
 
L
S
 
P
K
 
N
N
 
G
K
 
G
E
 
R
I
x
Y
T
 
I
V
 
A
L
 
L
E
 
K
K
 
N
I
 
I
N
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
I
Q
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
S
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
D
K
 
R
P
 
A
S
 
S
E
 
I
G
 
G
K
 
G
V
 
V
F
 
T
L
 
L
N
 
E
G
 
G
K
 
R
E
 
E
I
 
I
L
 
R
S
 
E
P
 
P
G
 
S
P
 
P
D
 
D
R
 
R
I
 
M
V
 
V
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
N
S
 
Y
A
 
S
L
 
L
F
 
L
P
 
P
W
 
W
L
 
L
K
 
T
V
 
V
I
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
F
 
L
G
 
A
M
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
L
 
Y
R
 
Q
G
 
G
V
 
K
P
 
S
K
 
K
K
 
G
E
 
E
R
 
R
Y
 
R
E
 
A
K
 
I
A
 
I
L
 
E
K
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
D
M
 
M
V
 
V
H
 
G
L
 
L
T
 
R
K
 
L
F
 
A
K
 
A
D
 
N
A
x
K
Y
 
R
V
 
P
H
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
T
D
 
R
S
 
P
E
 
K
V
 
L
M
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
L
T
 
T
K
 
R
N
 
G
I
 
S
L
 
L
L
 
Q
L
 
E
E
 
Q
L
 
L
Q
 
M
R
 
K
I
 
I
W
 
C
W
 
N
E
 
E
T
 
H
K
 
Q
K
 
I
T
 
T
I
 
C
I
 
V
F
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
K
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
M
M
 
L
S
 
T
S
 
N
N
 
G
P
 
P
-
 
E
G
 
A
K
 
H
I
 
I
K
 
G
K
 
Q
V
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
V
R
 
P
L
 
I
A
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
40% identity, 69% coverage: 26:217/279 of query aligns to 46:244/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
N
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
I
Q
 
N
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
I
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
K
 
E
P
 
P
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
I
F
 
F
L
 
I
N
 
D
G
 
N
K
 
Q
E
 
D
I
 
V
L
 
A
S
 
T
P
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
E
R
 
D
I
 
L
V
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
-
 
S
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
N
S
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
K
 
T
V
 
I
I
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
F
 
Y
G
 
G
M
 
L
K
 
E
L
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
Y
 
A
L
 
L
K
 
D
M
 
N
V
 
A
H
 
N
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
V
 
P
H
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
N
D
 
D
S
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
L
L
 
L
M
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
Q
 
L
T
 
I
K
 
R
N
 
R
I
 
E
L
 
M
L
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
W
 
A
E
 
K
T
 
F
K
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
I
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
M
K
 
Q
V
 
I

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
40% identity, 69% coverage: 26:217/279 of query aligns to 46:244/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
N
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
I
Q
 
N
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
I
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
K
 
E
P
 
P
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
I
F
 
F
L
 
I
N
 
D
G
 
N
K
 
Q
E
 
D
I
 
V
L
 
A
S
 
T
P
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
E
R
 
D
I
 
L
V
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
-
 
S
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
N
S
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
K
 
T
V
 
I
I
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
F
 
Y
G
 
G
M
 
L
K
 
E
L
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
Y
 
A
L
 
L
K
 
D
M
 
N
V
 
A
H
 
N
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
V
 
P
H
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
N
D
 
D
S
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
Q
 
L
T
 
I
K
 
R
N
 
R
I
 
E
L
 
M
L
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
W
 
A
E
 
K
T
 
F
K
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
I
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
M
K
 
Q
V
 
I

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
40% identity, 70% coverage: 21:216/279 of query aligns to 32:228/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
V
L
 
I
E
 
P
K
 
Q
I
 
L
N
 
D
L
 
L
E
 
T
I
 
I
Q
 
N
K
 
N
G
 
G
E
 
E
F
|
F
I
 
L
C
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
N
 
R
I
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
V
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
I
F
 
M
L
|
L
N
 
D
G
 
N
K
 
E
E
 
D
I
 
I
L
 
T
S
 
H
-
 
V
P
 
P
G
 
A
P
 
E
D
 
N
R
 
R
I
 
Y
V
 
V
-
 
N
-
 
T
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
R
L
 
M
R
 
Q
G
 
K
V
 
T
P
 
P
K
 
A
K
 
A
E
 
E
R
 
I
Y
 
T
E
 
P
K
 
R
A
 
V
L
 
M
K
 
E
Y
 
A
L
 
L
K
 
R
M
 
M
V
|
V
H
 
Q
L
 
L
T
 
E
K
 
T
F
 
F
K
 
A
D
 
Q
A
 
R
Y
 
K
V
 
P
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
T
 
V
L
 
N
D
 
K
S
 
P
E
 
R
V
 
L
M
 
L
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
Y
Q
 
K
T
 
L
K
 
R
N
 
K
I
 
Q
L
 
M
L
 
Q
L
 
N
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
A
I
 
L
W
 
Q
W
 
R
E
 
K
T
 
L
K
 
G
K
 
I
T
 
T
I
 
F
I
 
V
F
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
M
S
 
R
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
E
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
40% identity, 69% coverage: 26:217/279 of query aligns to 46:244/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
N
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
I
Q
 
N
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
I
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
K
 
E
P
 
P
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
I
F
 
F
L
 
I
N
 
D
G
 
N
K
 
Q
E
 
D
I
 
V
L
 
A
S
 
T
P
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
E
R
 
D
I
 
L
V
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
-
 
S
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
N
S
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
R
K
 
T
V
 
I
I
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
F
 
Y
G
 
G
M
 
L
K
 
E
L
 
V
R
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
A
L
 
E
K
 
K
Y
 
A
L
 
L
K
 
D
M
 
N
V
 
A
H
 
N
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
V
 
P
H
x
K
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
N
D
 
D
S
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
P
Q
 
L
T
 
I
K
 
R
N
 
R
I
 
E
L
 
M
L
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
R
 
E
I
 
L
W
 
Q
W
 
A
E
 
K
T
 
F
K
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
I
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
N
 
D
I
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
M
K
 
Q
V
 
I

Sites not aligning to the query:

1g291 Malk (see paper)
39% identity, 72% coverage: 18:217/279 of query aligns to 15:221/372 of 1g291

query
sites
1g291
E
 
E
I
 
V
T
 
T
V
 
A
L
 
V
E
 
R
K
 
E
I
 
M
N
 
S
L
 
L
E
 
E
I
 
V
Q
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
M
C
 
I
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
E
P
 
P
S
 
S
E
 
R
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
F
 
Y
L
 
I
N
 
G
G
 
D
K
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
x
D
-
 
P
-
x
E
-
x
K
E
 
G
I
 
I
L
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
P
P
x
K
D
|
D
R
 
R
I
 
D
V
 
I
-
 
A
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
A
F
 
F
G
 
P
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
K
 
R
K
 
Q
E
 
E
R
 
I
Y
 
D
E
 
Q
K
 
R
A
 
V
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
L
 
A
K
 
E
M
 
L
V
 
L
H
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
E
F
 
L
K
 
L
D
 
N
A
 
R
Y
 
K
V
 
P
H
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
V
L
 
R
D
 
K
S
 
P
E
 
Q
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
K
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
R
L
 
M
L
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
W
 
R
E
 
Q
T
 
L
K
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
T
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
-
S
 
-
N
 
N
P
 
R
G
 
G
K
 
V
I
 
L
K
 
Q
K
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
40% identity, 70% coverage: 21:216/279 of query aligns to 17:213/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
V
 
V
L
 
I
E
 
P
K
 
Q
I
 
L
N
 
D
L
 
L
E
 
T
I
 
I
Q
 
N
K
 
N
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
L
C
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
C
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
N
 
R
I
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
V
S
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
I
F
 
M
L
 
L
N
 
D
G
 
N
K
 
E
E
 
D
I
 
I
L
 
T
S
 
H
-
 
V
P
 
P
G
 
A
P
 
E
D
 
N
R
 
R
I
 
Y
V
 
V
-
 
N
-
 
T
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
W
 
H
L
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
A
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
R
L
 
M
R
 
Q
G
 
K
V
 
T
P
 
P
K
 
A
K
 
A
E
 
E
R
 
I
Y
 
T
E
 
P
K
 
R
A
 
V
L
 
M
K
 
E
Y
 
A
L
 
L
K
 
R
M
 
M
V
 
V
H
 
Q
L
 
L
T
 
E
K
 
T
F
 
F
K
 
A
D
 
Q
A
x
R
Y
 
K
V
 
P
H
 
H
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
T
 
V
L
 
N
D
 
K
S
 
P
E
 
R
V
 
L
M
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
S
 
Y
Q
 
K
T
 
L
K
 
R
N
 
K
I
 
Q
L
 
M
L
 
Q
L
 
N
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
A
I
 
L
W
 
Q
W
 
R
E
 
K
T
 
L
K
 
G
K
 
I
T
 
T
I
 
F
I
 
V
F
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
L
L
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
M
S
 
R
S
 
D
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
E
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
38% identity, 76% coverage: 7:217/279 of query aligns to 11:224/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
N
 
N
V
 
I
S
 
W
K
 
K
K
 
R
F
 
F
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
A
L
 
V
E
 
K
K
 
D
I
 
L
N
 
S
L
 
L
E
 
E
I
 
I
Q
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
L
C
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
E
P
 
P
S
 
T
E
 
R
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
F
 
Y
L
 
I
N
 
E
G
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
E
K
 
K
E
 
G
I
 
V
L
 
F
S
 
V
P
 
P
G
 
P
P
 
K
D
 
E
R
 
R
I
 
D
V
 
V
-
 
A
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
A
F
 
F
G
 
P
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
R
 
I
Y
 
D
E
 
K
K
 
R
A
 
V
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
L
 
A
K
 
E
M
 
M
V
 
L
H
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
E
F
 
L
K
 
L
D
 
N
A
 
R
Y
 
K
V
 
P
H
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
I
L
 
R
D
 
R
S
 
P
E
 
K
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
K
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
K
L
 
M
L
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
W
 
R
E
 
Q
T
 
L
K
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
T
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
-
S
 
-
N
 
N
P
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
L
K
 
Q
K
 
Q
V
 
V

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 2:214/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
x
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
x
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
x
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 2:214/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
x
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
 
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
x
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 2:214/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
|
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
x
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
x
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
x
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 2:214/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
|
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
|
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
x
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
x
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
x
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 2:214/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
|
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
 
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
 
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
39% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 3:215/371 of P68187

query
sites
P68187
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
 
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
|
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
x
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
x
V
E
 
N
K
 
Q
A
x
V
L
 
A
K
x
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
x
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
 
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
 
A
V
 
-
H
 
-
Q
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
40% identity, 76% coverage: 5:217/279 of query aligns to 3:212/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
V
 
L
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
x
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
K
E
 
R
I
 
M
L
 
N
-
 
D
S
 
T
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
D
F
x
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
x
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
38% identity, 77% coverage: 2:217/279 of query aligns to 3:215/369 of P19566

query
sites
P19566
A
 
S
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
E
 
R
N
 
N
V
 
V
S
 
T
K
 
K
K
 
A
F
 
W
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
D
I
 
V
T
 
V
V
 
V
L
 
S
E
 
K
K
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
E
 
D
I
 
I
Q
 
H
K
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
T
P
 
I
S
 
T
E
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
L
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
E
K
 
T
E
 
R
I
 
M
L
 
N
S
 
D
-
 
I
P
 
P
G
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
G
V
 
V
-
 
G
-
 
M
M
 
V
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
S
 
Y
A
 
A
L
|
L
F
 
Y
P
 
P
W
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
E
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
K
K
 
K
K
 
E
-
 
V
-
 
M
-
 
N
E
 
Q
R
 
R
Y
 
V
E
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
A
K
 
E
Y
 
V
L
 
L
K
 
Q
M
 
L
V
 
A
H
 
H
L
 
L
T
 
L
K
 
E
F
 
R
K
 
K
D
 
P
A
 
K
Y
 
-
V
 
-
H
 
-
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
T
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
P
E
 
R
V
 
V
M
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
|
D
S
 
A
Q
 
A
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
Q
L
 
M
L
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
Q
 
S
R
 
R
I
 
L
W
 
H
W
 
K
E
 
R
T
 
L
K
 
G
K
 
R
T
 
T
I
 
M
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
S
 
A
N
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
37% identity, 73% coverage: 5:208/279 of query aligns to 9:203/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
V
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
S
 
T
K
 
K
K
 
R
F
|
F
L
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
K
 
G
E
 
N
I
x
F
T
 
T
V
 
A
L
 
V
E
 
N
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
L
E
 
T
I
 
I
Q
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
I
 
L
C
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
N
 
R
I
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
E
P
 
P
S
 
T
E
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
I
F
 
Y
L
 
F
N
 
G
G
 
D
K
 
R
E
 
D
I
 
V
L
 
T
S
 
Y
-
 
L
P
 
P
G
 
P
P
 
K
D
 
D
R
 
R
I
 
N
V
 
I
M
 
-
F
 
-
Q
 
-
E
 
-
S
 
S
A
 
M
L
 
V
F
 
F
P
 
Q
W
 
H
L
 
M
K
 
T
V
 
V
I
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
F
 
F
G
 
-
M
 
-
K
 
P
L
 
L
R
 
K
G
 
K
V
 
F
P
 
P
K
 
K
K
 
D
E
 
E
R
 
I
Y
 
D
E
 
K
K
 
R
A
 
V
L
 
R
K
 
W
Y
 
A
L
 
A
K
 
E
M
 
L
V
 
L
H
 
Q
L
 
I
T
 
E
K
 
E
F
 
L
K
 
L
D
 
N
A
 
R
Y
 
Y
V
 
P
H
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
T
 
V
L
 
V
D
 
E
S
 
P
E
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
A
Q
 
K
T
 
L
K
 
R
N
 
V
I
 
A
L
 
M
L
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
I
Q
 
K
R
 
K
I
 
L
W
 
Q
W
 
Q
E
 
K
T
 
L
K
 
K
K
 
V
T
 
T
I
 
T
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
I
 
Q
E
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
N

Query Sequence

>WP_013403434.1 NCBI__GCF_000166355.1:WP_013403434.1
MALAVENVSKKFLSKNKEITVLEKINLEIQKGEFICILGPSGCGKSTLLNIIAGLEKPSE
GKVFLNGKEILSPGPDRIVMFQESALFPWLKVIDNVEFGMKLRGVPKKERYEKALKYLKM
VHLTKFKDAYVHQLSGGMKQRVALARALTLDSEVMLMDEPFAALDSQTKNILLLELQRIW
WETKKTIIFVTHNIEEAVLLADKVVVMSSNPGKIKKVFEIRLARPRLIDNPDIVYMISAI
MKELKDEVEKIAKAEYDSDWSFEKDTVLYSSDSSLGIGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory