SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_013429643.1 NCBI__GCF_000166775.1:WP_013429643.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2f2hA Structure of the yici thiosugar michaelis complex (see paper)
53% identity, 99% coverage: 1:763/772 of query aligns to 1:773/773 of 2f2hA

query
sites
2f2hA

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binding 4-nitrophenyl 6-thio-6-s-alpha-d-xylopyranosyl-beta-d-glucopyranoside: D185 (= D184), F277 (= F276), D306 (= D305), K414 (= K413), R466 (= R465), W479 (= W478), D482 (= D481), F515 (= F514), H540 (= H539)

1xskA Structure of a family 31 alpha glycosidase glycosyl-enzyme intermediate (see paper)
53% identity, 99% coverage: 1:763/772 of query aligns to 1:773/773 of 1xskA

query
sites
1xskA

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binding 5(R)-fluoro-beta-D-xylopyranose: F277 (= F276), K414 (= K413), D416 (= D415), F417 (= F416), R466 (= R465), W479 (= W478), D482 (= D481), F515 (= F514), H540 (= H539)

P31434 Alpha-xylosidase; EC 3.2.1.177 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
53% identity, 99% coverage: 1:762/772 of query aligns to 1:772/772 of P31434

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sites
P31434

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CF 307:308 (= CF 306:307) mutation to ID: Converts the enzyme to have alpha-glucosidase activity.
D416 (= D415) active site, Nucleophile
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6jr7A Flavobacterium johnsoniae gh31 dextranase, fjdex31a, complexed with glucose (see paper)
29% identity, 67% coverage: 149:669/772 of query aligns to 120:663/812 of 6jr7A

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sites
6jr7A

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4kwuA 1.9 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo2446 from listeria monocytogenes egd-e in complex with alpha-d- glucose, beta-d-glucose, magnesium and calcium
26% identity, 87% coverage: 21:694/772 of query aligns to 110:821/1059 of 4kwuA

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4kwuA

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5hxmA Cycloalternan-forming enzyme from listeria monocytogenes in complex with panose (see paper)
26% identity, 87% coverage: 21:694/772 of query aligns to 111:822/1060 of 5hxmA

query
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5hxmA

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binding alpha-D-glucopyranose: D767 (≠ N636), H774 (≠ V643), Y782 (≠ E651), Y783 (≠ K652)
binding magnesium ion: E370 (≠ S279), D372 (= D281), D376 (≠ T284)

Sites not aligning to the query:

binding calcium ion: 939, 941, 958, 961, 1054
binding alpha-D-glucopyranose: 954, 967, 997, 1020, 1050, 1052

B3PEE6 Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase; Alpha-glucosidase 31B; CJAgd31B; EC 2.4.1.161 from Cellvibrio japonicus (strain Ueda107) (Pseudomonas fluorescens subsp. cellulosa) (see paper)
27% identity, 79% coverage: 101:708/772 of query aligns to 101:712/816 of B3PEE6

query
sites
B3PEE6

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D299 (= D305) binding acarbose
D412 (= D415) active site, Nucleophile
E417 (vs. gap) binding acarbose
R463 (= R465) binding acarbose
D480 (= D481) binding acarbose
H540 (= H539) binding acarbose

5i24A Crystal structure of agd31b, alpha-transglucosylase in glycoside hydrolase family 31, in complex with cyclophellitol aziridine probe cf021 (see paper)
26% identity, 79% coverage: 101:708/772 of query aligns to 67:674/779 of 5i24A

query
sites
5i24A

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5i23A Crystal structure of agd31b, alpha-transglucosylase in glycoside hydrolase family 31, in complex with cyclophellitol aziridine probe cf022 (see paper)
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8rw3A Crystal structure of agd31b, alpha-transglucosylase, complexed with a non-covalent 1,2- cyclophellitol aziridine (see paper)
26% identity, 79% coverage: 101:708/772 of query aligns to 67:676/781 of 8rw3A

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binding (1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},6~{S})-4-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3-diol: F235 (≠ S275), D263 (= D305), W374 (≠ K413), D376 (= D415), R427 (= R465), D444 (= D481), F477 (= F514), H504 (= H539)

4ba0A Crystal structure of agd31b, alpha-transglucosylase, complexed with 5f-alpha-glcf (see paper)
26% identity, 79% coverage: 101:708/772 of query aligns to 67:676/781 of 4ba0A

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4ba0A

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binding 5-fluoro-beta-D-glucopyranose: F235 (≠ S275), D263 (= D305), W374 (≠ K413), D376 (= D415), R427 (= R465), W441 (= W478), D444 (= D481), F477 (= F514), H504 (= H539)
binding arginine: R140 (≠ E183), H142 (≠ G185), Q151 (vs. gap)

7p4dAAA Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase (see paper)
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7p4dAAA

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binding oxalate ion: 727, 780

7p4cAAA Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase (see paper)
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7p4cAAA

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binding (3aR,4S,5S,6R,7R,7aS)-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3a,4,5,6,7,7a-hexahydro-3H-benzo[d][1,2,3]oxathiazole-4,5,6-triol: F234 (≠ S275), D262 (= D305), D375 (= D415), R426 (= R465), W440 (= W478), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)

Sites not aligning to the query:

binding oxalate ion: 727, 780

5npeA Crystal structure of cjagd31b (alpha-transglucosylase from glycoside hydrolase family 31) in complex with beta cyclophellitol aziridine probe ky358 (see paper)
27% identity, 72% coverage: 155:708/772 of query aligns to 111:675/780 of 5npeA

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sites
5npeA

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binding (1~{R},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol: F234 (≠ S275), D262 (= D305), W373 (≠ K413), D375 (= D415), R426 (= R465), W440 (= W478), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)
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5npbA Crystal structure of cjagd31b (alpha-transglucosylase from glycoside hydrolase family 31) in complex with alpha cyclophellitol cyclosulfate probe me647 (see paper)
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5npbA

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binding [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl] hydrogen sulfate: F234 (≠ S275), D262 (= D305), F340 (≠ Q380), W373 (≠ K413), D375 (= D415), R426 (= R465), W440 (= W478), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)
binding sulfate ion: R194 (≠ Y235)

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4b9zA Crystal structure of agd31b, alpha-transglucosylase, complexed with acarbose (see paper)
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binding 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose: F234 (≠ S275), D262 (= D305), L263 (≠ C306), Y339 (≠ W379), W373 (≠ K413), D375 (= D415), E380 (vs. gap), R426 (= R465), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)

Sites not aligning to the query:

binding oxalate ion: 727, 780

4b9yA Crystal structure of apo agd31b, alpha-transglucosylase in glycoside hydrolase family 31 (see paper)
27% identity, 72% coverage: 155:708/772 of query aligns to 111:675/780 of 4b9yA

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4b9yA

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5npdA Crystal structure of d412n nucleophile mutant cjagd31b (alpha- transglucosylase from glycoside hydrolase family 31) in complex with alpha cyclophellitol aziridine probe cf021 (see paper)
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5npdA

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binding (1~{S},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol: F234 (≠ S275), D262 (= D305), N375 (≠ D415), R426 (= R465), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)
binding sulfate ion: R194 (≠ Y235), N203 (≠ S244), S207 (≠ N248), N211 (= N252)

Sites not aligning to the query:

binding oxalate ion: 727, 780
binding sulfate ion: 24, 695, 697, 716, 770, 771

5npcA Crystal structure of d412n nucleophile mutant cjagd31b (alpha- transglucosylase from glycoside hydrolase family 31) in complex with unreacted alpha cyclophellitol cyclosulfate probe me647 (see paper)
27% identity, 72% coverage: 155:708/772 of query aligns to 111:675/780 of 5npcA

query
sites
5npcA

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binding (3~{a}~{R},4~{R},5~{S},6~{R},7~{R},7~{a}~{S})-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{a},4,5,6,7,7~{a}-hexahydrobenzo[d][1,3,2]dioxathiole-4,5,6-triol: F234 (≠ S275), D262 (= D305), W373 (≠ K413), N375 (≠ D415), R426 (= R465), D443 (= D481), F476 (= F514), H503 (= H539)
binding sulfate ion: R194 (≠ Y235), G202 (= G243), N203 (≠ S244), N211 (= N252)

Sites not aligning to the query:

binding oxalate ion: 727, 780
binding sulfate ion: 24, 63, 65, 66, 695, 697, 698, 716, 771, 772

5aedA A bacterial protein structure in glycoside hydrolase family 31 (see paper)
27% identity, 66% coverage: 141:647/772 of query aligns to 100:641/674 of 5aedA

query
sites
5aedA

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binding calcium ion: Q146 (vs. gap), G147 (vs. gap), D465 (= D481), D474 (≠ E487)

Query Sequence

>WP_013429643.1 NCBI__GCF_000166775.1:WP_013429643.1
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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory