SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013430925.1 NCBI__GCF_000166775.1:WP_013430925.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1x9hA Crystal structure of phosphoglucose/phosphomannose isomerase from pyrobaculum aerophilum in complex with fructose 6-phosphate (see paper)
27% identity, 87% coverage: 41:349/354 of query aligns to 31:300/301 of 1x9hA

query
sites
1x9hA
V
 
V
K
 
R
A
 
I
E
 
E
D
 
A
I
 
M
D
 
P
K
 
R
V
 
L
V
 
Y
I
 
I
T
 
S
G
 
G
L
 
M
G
|
G
G
|
G
S
|
S
A
 
G
I
 
V
G
 
V
G
 
A
N
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
R
V
 
D
F
 
F
V
 
S
L
 
L
D
 
T
-
 
W
K
 
N
C
 
W
K
 
E
I
 
V
P
 
E
V
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
V
R
 
K
D
 
D
Y
 
Y
V
 
F
L
 
L
P
 
K
A
 
A
Y
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
R
K
 
D
T
 
G
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
V
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
G
 
G
N
 
N
T
|
T
E
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
T
Y
 
V
Q
 
E
D
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
R
K
 
R
G
 
R
A
 
I
K
 
P
I
 
A
I
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
F
 
M
A
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
P
V
 
T
I
 
V
T
 
I
I
 
V
P
 
P
S
 
K
G
 
A
L
 
S
Q
 
A
P
|
P
R
|
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
P
Y
 
Q
S
 
L
F
 
L
I
 
T
P
 
A
L
 
A
L
 
L
M
 
H
L
 
V
F
 
V
V
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
V
E
 
Y
P
 
G
V
 
I
D
 
D
D
 
V
Q
 
K
I
 
I
E
 
P
E
 
E
T
 
G
V
 
L
K
 
E
V
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
P
E
 
P
E
 
N
K
 
E
N
 
A
L
 
L
A
 
I
K
 
H
R
 
K
L
 
L
T
 
-
L
 
V
K
 
E
L
 
E
W
 
F
N
 
Q
K
 
K
L
 
R
P
 
P
I
 
T
I
 
I
Y
 
I
G
 
A
I
 
-
S
 
A
G
 
E
T
 
S
T
 
M
E
 
R
V
 
G
I
 
V
A
 
A
E
 
Y
R
 
R
W
 
V
K
 
K
G
 
N
Q
 
E
I
 
F
C
 
N
E
|
E
N
 
N
S
 
A
K
 
K
S
 
I
P
 
E
A
 
P
Y
 
S
F
 
V
N
 
E
V
 
I
F
 
L
S
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
H
H
|
H
N
 
N
E
 
W
I
 
I
V
 
E
G
 
G
T
 
S
E
 
E
S
 
R
P
 
-
K
 
-
H
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
A
L
 
V
F
 
V
E
 
A
I
 
L
V
 
T
M
 
S
L
 
P
H
 
H
D
 
I
T
 
P
E
 
K
D
 
E
H
 
H
K
 
Q
R
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
R
M
 
V
D
 
K
I
 
A
T
 
T
K
 
V
D
 
E
L
 
I
I
 
V
K
 
G
G
 
G
V
 
S
V
 
I
S
 
Y
G
 
A
V
 
V
N
 
-
D
 
E
I
 
M
Y
 
H
S
 
P
I
 
K
G
 
G
N
 
-
S
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
F
I
 
L
Y
 
R
L
 
D
G
 
V
D
 
G
Y
 
I
V
 
A
S
 
S
L
 
V
Y
 
K
L
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
I
Y
 
R
Q
 
G
N
 
V
D
 
N
P
 
P
T
 
L
P
 
A
V
 
T
K
 
P
K
 
R
I
 
I
D
 
D
I
 
A
L
 
L
K
|
K
N
 
R
K
 
R
L
 
L

1tzcA Crystal structure of phosphoglucose/phosphomannose isomerase from pyrobaculum aerophilum in complex with 5-phosphoarabinonate (see paper)
27% identity, 87% coverage: 41:349/354 of query aligns to 31:300/301 of 1tzcA

query
sites
1tzcA
V
 
V
K
 
R
A
 
I
E
 
E
D
 
A
I
 
M
D
 
P
K
 
R
V
 
L
V
 
Y
I
 
I
T
 
S
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
|
G
S
|
S
A
 
G
I
 
V
G
 
V
G
 
A
N
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
R
V
 
D
F
 
F
V
 
S
L
 
L
D
 
T
-
 
W
K
 
N
C
 
W
K
 
E
I
 
V
P
 
E
V
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
V
R
 
K
D
 
D
Y
 
Y
V
 
F
L
 
L
P
 
K
A
 
A
Y
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
R
K
 
D
T
 
G
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
V
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
G
 
G
N
 
N
T
|
T
E
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
T
Y
 
V
Q
 
E
D
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
R
K
 
R
G
 
R
A
 
I
K
 
P
I
 
A
I
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
F
 
M
A
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
P
V
 
T
I
 
V
T
 
I
I
 
V
P
 
P
S
 
K
G
 
A
L
 
S
Q
 
A
P
|
P
R
|
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
P
Y
 
Q
S
 
L
F
 
L
I
 
T
P
 
A
L
 
A
L
 
L
M
 
H
L
 
V
F
 
V
V
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
V
E
 
Y
P
 
G
V
 
I
D
 
D
D
 
V
Q
 
K
I
 
I
E
 
P
E
 
E
T
 
G
V
 
L
K
 
E
V
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
P
E
 
P
E
 
N
K
 
E
N
 
A
L
 
L
A
 
I
K
 
H
R
 
K
L
 
L
T
 
-
L
 
V
K
 
E
L
 
E
W
 
F
N
 
Q
K
 
K
L
 
R
P
 
P
I
 
T
I
 
I
Y
 
I
G
 
A
I
 
-
S
 
A
G
 
E
T
 
S
T
 
M
E
 
R
V
 
G
I
 
V
A
 
A
E
 
Y
R
 
R
W
 
V
K
 
K
G
 
N
Q
 
E
I
 
F
C
 
N
E
|
E
N
 
N
S
 
A
K
 
K
S
 
I
P
 
E
A
 
P
Y
 
S
F
 
V
N
 
E
V
 
I
F
 
L
S
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
H
H
|
H
N
 
N
E
 
W
I
 
I
V
 
E
G
 
G
T
 
S
E
 
E
S
 
R
P
 
-
K
 
-
H
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
A
L
 
V
F
 
V
E
 
A
I
 
L
V
 
T
M
 
S
L
 
P
H
 
H
D
 
I
T
 
P
E
 
K
D
 
E
H
 
H
K
 
Q
R
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
R
M
 
V
D
 
K
I
 
A
T
 
T
K
 
V
D
 
E
L
 
I
I
 
V
K
 
G
G
 
G
V
 
S
V
 
I
S
 
Y
G
 
A
V
 
V
N
 
-
D
 
E
I
 
M
Y
 
H
S
 
P
I
 
K
G
 
G
N
 
-
S
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
F
I
 
L
Y
 
R
L
 
D
G
 
V
D
 
G
Y
 
I
V
 
A
S
 
S
L
 
V
Y
 
K
L
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
I
Y
 
R
Q
 
G
N
 
V
D
 
N
P
 
P
T
 
L
P
 
A
V
 
T
K
 
P
K
 
R
I
 
I
D
 
D
I
 
A
L
 
L
K
|
K
N
 
R
K
 
R
L
 
L

1x9iA Crystal structure of crystal structure of phosphoglucose/phosphomannose phosphoglucose/phosphomannoseisomerase from pyrobaculum aerophilum in complex with glucose 6-phosphate (see paper)
27% identity, 87% coverage: 41:349/354 of query aligns to 31:300/300 of 1x9iA

query
sites
1x9iA
V
 
V
K
 
R
A
 
I
E
 
E
D
 
A
I
 
M
D
 
P
K
 
R
V
 
L
V
 
Y
I
 
I
T
 
S
G
 
G
L
 
M
G
|
G
G
|
G
S
|
S
A
 
G
I
 
V
G
 
V
G
 
A
N
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
R
V
 
D
F
 
F
V
 
S
L
 
L
D
 
T
-
 
W
K
 
N
C
 
W
K
 
E
I
 
V
P
 
E
V
 
V
I
 
I
V
 
A
N
 
V
R
 
K
D
 
D
Y
 
Y
V
 
F
L
 
L
P
 
K
A
 
A
Y
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
R
K
 
D
T
 
G
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
V
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
G
 
G
N
 
N
T
|
T
E
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
T
Y
 
V
Q
 
E
D
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
R
K
 
R
G
 
R
A
 
I
K
 
P
I
 
A
I
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
L
K
 
A
E
 
Q
F
 
M
A
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
P
V
 
T
I
 
V
T
 
I
I
 
V
P
 
P
S
 
K
G
 
A
L
 
S
Q
 
A
P
|
P
R
|
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
P
Y
 
Q
S
 
L
F
 
L
I
 
T
P
 
A
L
 
A
L
 
L
M
 
H
L
 
V
F
 
V
V
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
V
E
 
Y
P
 
G
V
 
I
D
 
D
D
 
V
Q
 
K
I
 
I
E
 
P
E
 
E
T
 
G
V
 
L
K
 
E
V
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
P
E
 
P
E
 
N
K
 
E
N
 
A
L
 
L
A
 
I
K
 
H
R
 
K
L
 
L
T
 
-
L
 
V
K
 
E
L
 
E
W
 
F
N
 
Q
K
 
K
L
 
R
P
 
P
I
 
T
I
 
I
Y
 
I
G
 
A
I
 
-
S
 
A
G
 
E
T
 
S
T
 
M
E
 
R
V
 
G
I
 
V
A
 
A
E
 
Y
R
 
R
W
 
V
K
 
K
G
 
N
Q
 
E
I
 
F
C
 
N
E
|
E
N
 
N
S
 
A
K
 
K
S
 
I
P
 
E
A
 
P
Y
 
S
F
 
V
N
 
E
V
 
I
F
 
L
S
 
P
E
 
E
L
 
A
N
 
H
H
|
H
N
 
N
E
 
W
I
 
I
V
 
E
G
 
G
T
 
S
E
 
E
S
 
R
P
 
-
K
 
-
H
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
A
L
 
V
F
 
V
E
 
A
I
 
L
V
 
T
M
 
S
L
 
P
H
 
H
D
 
I
T
 
P
E
 
K
D
 
E
H
 
H
K
 
Q
R
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
R
M
 
V
D
 
K
I
 
A
T
 
T
K
 
V
D
 
E
L
 
I
I
 
V
K
 
G
G
 
G
V
 
S
V
 
I
S
 
Y
G
 
A
V
 
V
N
 
-
D
 
E
I
 
M
Y
 
H
S
 
P
I
 
K
G
 
G
N
 
-
S
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
V
F
 
L
S
 
S
L
 
F
I
 
L
Y
 
R
L
 
D
G
 
V
D
 
G
Y
 
I
V
 
A
S
 
S
L
 
V
Y
 
K
L
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
I
Y
 
R
Q
 
G
N
 
V
D
 
N
P
 
P
T
 
L
P
 
A
V
 
T
K
 
P
K
 
R
I
 
I
D
 
D
I
 
A
L
 
L
K
|
K
N
 
R
K
 
R
L
 
L

Query Sequence

>WP_013430925.1 NCBI__GCF_000166775.1:WP_013430925.1
MLDNLETIAQNDPSGMFEAVYNLPEQIQKAYEIGKNISVNVKAEDIDKVVITGLGGSAIG
GNLLRVFVLDKCKIPVIVNRDYVLPAYVDSKTLVIASSYSGNTEETLSAYQDAKSKGAKI
IAITTGGKLKEFAEKDGFDVITIPSGLQPRAALGYSFIPLLMLFVKLGLIEPVDDQIEET
VKVLSDLRERYKPEVPEEKNLAKRLTLKLWNKLPIIYGISGTTEVIAERWKGQICENSKS
PAYFNVFSELNHNEIVGTESPKHILGLFEIVMLHDTEDHKRNAIRMDITKDLIKGVVSGV
NDIYSIGNSRLARMFSLIYLGDYVSLYLATLYQNDPTPVKKIDILKNKLAEIKD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory