SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013450992.1 NCBI__GCF_000183405.1:WP_013450992.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

2zktB Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
32% identity, 94% coverage: 2:364/388 of query aligns to 5:350/381 of 2zktB

query
sites
2zktB
K
 
K
Y
 
G
F
 
L
V
 
L
L
 
I
L
 
I
C
 
L
D
|
D
G
 
G
M
 
L
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
E
 
P
I
 
I
P
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
N
N
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
P
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
N
 
N
T
 
T
S
 
P
N
 
N
F
 
M
D
 
D
L
 
K
I
 
L
A
 
A
K
x
E
D
 
I
G
 
G
C
 
I
C
 
L
G
 
G
F
 
Q
I
 
Q
K
 
D
T
 
P
T
 
I
P
 
K
D
 
P
G
 
G
M
 
Q
Y
 
P
P
 
A
G
 
G
S
|
S
D
 
D
I
 
T
C
 
A
N
 
H
L
 
L
S
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
P
 
P
A
 
Y
E
 
E
V
 
T
Y
 
Y
T
 
R
G
 
G
R
 
R
S
 
G
P
 
F
I
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
L
S
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
L
E
 
D
L
 
L
G
 
S
E
 
K
N
 
D
D
 
D
F
 
L
A
 
A
F
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
V
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
D
 
-
F
 
-
T
 
-
A
 
-
H
 
-
H
 
-
I
 
-
D
 
-
N
 
-
D
 
E
T
 
N
A
 
A
R
 
R
G
 
A
I
 
I
I
 
-
Y
 
-
K
 
-
L
 
-
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
F
 
V
K
 
-
D
 
D
D
 
I
S
 
G
I
 
V
E
 
D
F
 
F
Y
 
I
A
 
F
G
 
K
V
 
T
G
 
G
Y
 
H
R
 
R
N
 
A
L
 
V
M
 
L
V
 
V
I
 
L
R
 
K
N
 
G
A
 
M
D
 
S
-
 
R
-
 
G
F
 
Y
R
 
K
L
 
V
K
 
G
T
 
D
T
 
N
P
 
D
P
 
P
H
 
H
D
 
E
I
 
-
I
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
P
I
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
P
 
P
K
 
S
G
 
K
E
 
K
G
 
V
T
 
A
D
 
E
I
 
I
I
 
L
L
 
E
N
 
E
I
 
F
M
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
A
A
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
R
-
 
R
-
 
R
K
 
K
S
 
E
V
 
G
K
 
K
S
 
P
S
 
I
A
 
A
N
 
N
A
 
Y
I
 
L
W
 
L
L
 
I
W
 
R
G
 
G
E
 
A
G
 
G
K
 
T
K
 
Y
P
 
P
S
 
N
L
 
I
K
 
P
-
 
M
S
 
K
F
 
F
K
 
T
S
 
E
V
 
Q
Y
 
W
G
 
K
L
 
V
D
 
K
G
 
A
A
 
A
V
 
G
I
 
V
S
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
A
K
 
R
L
 
A
A
 
V
G
 
G
M
 
F
K
 
D
V
 
V
I
 
Y
D
 
T
V
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
E
I
 
Y
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
E
E
 
M
G
 
A
K
 
K
A
 
A
Q
 
K
Y
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
K
E
 
D
C
 
Y
D
 
D
Y
 
F
V
 
V
F
 
F
V
 
L
H
 
H
V
 
F
E
 
K
A
 
P
P
 
T
D
|
D
E
 
A
S
 
A
G
 
G
H
|
H
M
 
D
G
 
N
R
 
K
I
 
P
D
 
K
L
 
L
K
 
K
V
 
A
K
 
E
S
 
L
V
 
I
E
 
E
D
 
R
I
 
A
N
 
D
S
 
-
R
 
R
M
 
M
L
 
I
P
 
G
I
 
Y
I
 
I
M
 
L
E
 
D
G
 
H
L
 
V
K
 
-
S
 
D
F
 
L
G
 
E
D
 
E
Y
 
V
R
 
V
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
P
 
S
T
 
T
P
 
P
I
 
C
S
 
E
L
 
V
R
 
M
T
 
N
H
|
H
A
 
S
A
 
G
E
 
D
L
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
R
P
x
T
D
|
D
K
 
D
N
 
T
S
 
K
C
 
R
Y
 
F
N
 
G
E
 
E
K
 
R

2zktA Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
32% identity, 48% coverage: 179:364/388 of query aligns to 116:299/330 of 2zktA

query
sites
2zktA
E
 
E
G
 
E
T
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
G
L
 
V
N
 
D
I
 
F
M
 
I
K
 
F
R
 
K
G
 
G
A
 
L
E
 
-
V
 
V
V
 
L
K
 
K
S
 
G
V
 
M
K
 
S
S
 
K
S
 
V
A
 
G
N
 
D
A
 
N
I
 
D
W
 
L
L
 
I
W
 
R
G
 
G
E
 
A
G
 
G
K
 
T
K
 
Y
P
 
P
S
 
N
L
 
I
K
 
P
-
 
M
S
 
K
F
 
F
K
 
T
S
 
E
V
 
Q
Y
 
W
G
 
K
L
 
V
D
 
K
G
 
A
A
 
A
V
 
G
I
 
V
S
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
A
K
 
R
L
 
A
A
 
V
G
 
G
M
 
F
K
 
D
V
 
V
I
 
Y
D
 
T
V
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
E
I
 
Y
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
E
E
 
M
G
 
A
K
 
K
A
 
A
Q
 
K
Y
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
K
E
 
D
C
 
Y
D
 
D
Y
 
F
V
 
V
F
 
F
V
 
L
H
 
H
V
 
F
E
 
K
A
 
P
P
 
T
D
|
D
E
 
A
S
 
A
G
 
G
H
|
H
M
 
D
G
 
N
R
 
K
I
 
P
D
 
K
L
 
L
K
 
K
V
 
A
K
 
E
S
 
L
V
 
I
E
 
E
D
 
R
I
 
A
N
 
D
S
 
-
R
 
R
M
 
M
L
 
I
P
 
G
I
 
Y
I
 
I
M
 
L
E
 
D
G
 
H
L
 
V
K
 
-
S
 
D
F
 
L
G
 
E
D
 
E
Y
 
V
R
 
V
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
P
 
S
T
 
T
P
 
P
I
 
C
S
 
E
L
 
V
R
 
M
T
 
N
H
|
H
A
 
S
A
 
G
E
 
D
L
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
R
P
x
T
D
|
D
K
 
D
N
 
T
S
 
K
C
 
R
Y
 
F
N
 
G
E
 
E
K
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_013450992.1 NCBI__GCF_000183405.1:WP_013450992.1
MKYFVLLCDGMSDYEIPELGNKTILEFANTSNFDLIAKDGCCGFIKTTPDGMYPGSDICN
LSIFGYNPAEVYTGRSPIEAASIGVELGENDFAFRCNLVTLSDDGEVMEDFTAHHIDNDT
ARGIIYKLQEEFKDDSIEFYAGVGYRNLMVIRNADFRLKTTPPHDIIGKEIDDYLPKGEG
TDIILNIMKRGAEVVKSVKSSANAIWLWGEGKKPSLKSFKSVYGLDGAVISAVDLVRGIG
KLAGMKVIDVPGATGFIDTNYEGKAQYAIEALKECDYVFVHVEAPDESGHMGRIDLKVKS
VEDINSRMLPIIMEGLKSFGDYRILITPDHPTPISLRTHAAELVPAIIAGTGVVPDKNSC
YNEKLSPSFIINDGYKIAEYFIKSRSIG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory