SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013459814.1 NCBI__GCF_000183725.1:WP_013459814.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
54% identity, 99% coverage: 4:240/240 of query aligns to 3:240/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
L
R
 
K
I
 
A
E
 
Q
N
 
H
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
S
I
 
Y
K
 
K
N
 
K
H
 
R
E
 
K
I
 
V
V
 
V
R
 
S
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
Q
L
 
V
R
 
E
T
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
I
C
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
R
T
 
D
G
 
E
G
 
G
K
 
T
V
 
I
Y
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
I
L
 
L
P
 
P
L
 
M
H
 
H
Q
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
M
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
 
R
D
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
T
G
 
R
K
 
E
-
 
E
L
 
L
D
 
T
Q
 
H
E
|
E
M
 
E
A
 
R
E
 
Q
K
x
D
R
 
K
I
 
L
E
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
Q
P
 
H
I
 
I
R
 
R
N
 
K
R
 
S
R
 
A
G
 
G
I
 
M
N
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
Q
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
K
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
R
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
D
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
R
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
Q
E
 
D
I
 
V
A
 
L
N
 
N
N
 
N
P
 
E
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
Q
 
Q
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
Q
F
 
F
K
 
R
F
 
L

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:240/240 of query aligns to 4:241/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
x
R
E
 
R
I
x
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
 
R
D
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
-
 
I
A
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
|
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
D
F
 
F
K
 
R
F
 
L

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
57% identity, 98% coverage: 4:238/240 of query aligns to 3:238/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
 
Y
K
 
K
N
 
G
H
 
R
E
 
R
I
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
x
R
D
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
-
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
x
M
G
|
G
I
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
D
F
 
F

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
57% identity, 98% coverage: 4:238/240 of query aligns to 3:238/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
x
R
E
 
R
I
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
 
R
D
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
-
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
D
F
 
F

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
57% identity, 97% coverage: 4:235/240 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
 
R
E
 
R
I
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
 
R
D
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
-
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
|
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
|
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
56% identity, 96% coverage: 4:234/240 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
x
R
E
 
R
I
x
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
|
L
H
|
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
|
P
Q
|
Q
E
 
E
A
|
A
S
|
S
I
 
I
F
|
F
K
x
R
D
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
x
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
-
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
56% identity, 96% coverage: 4:234/240 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
x
R
E
 
R
I
x
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
F
K
 
R
D
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
-
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
56% identity, 96% coverage: 4:233/240 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
K
T
 
A
I
x
Y
K
 
K
N
 
G
H
x
R
E
 
R
I
x
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
I
 
V
S
 
S
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
C
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
P
A
 
R
T
 
D
G
 
A
G
 
G
K
 
N
V
 
I
Y
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
Q
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
M
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
I
F
|
F
K
x
R
D
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
-
 
I
A
 
R
G
 
D
K
 
D
L
 
L
D
 
S
Q
 
A
E
 
E
M
 
Q
A
 
R
E
 
E
K
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
E
F
 
F
N
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
H
I
 
L
R
 
R
N
 
D
R
 
S
R
 
M
G
 
G
I
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
I
A
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
G
 
R
V
 
I
I
 
I
S
 
E
Q
 
H
L
 
L
V
 
R
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
D
 
D
H
 
H
N
 
N
V
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
I
 
V
K
 
S
S
 
Q
G
 
G
E
 
H
L
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
37% identity, 90% coverage: 19:235/240 of query aligns to 22:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
V
 
I
R
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
D
M
 
L
D
 
K
L
 
V
R
 
P
T
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
L
Y
 
S
M
 
A
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
R
A
 
A
T
 
Q
G
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
I
Y
 
I
I
 
F
D
 
N
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
P
L
 
A
H
 
H
Q
 
V
R
 
I
S
 
N
R
 
R
M
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
A
Y
 
L
L
 
V
P
 
P
Q
x
E
E
 
G
A
 
R
S
 
R
I
 
I
F
 
F
K
 
P
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
M
I
 
M
A
 
G
A
 
A
Q
 
Y
A
 
N
G
 
R
K
 
K
L
 
-
D
 
D
Q
 
K
E
 
E
M
 
G
A
 
I
E
 
K
K
 
R
R
 
D
I
 
L
E
 
E
E
 
W
L
 
I
L
 
F
E
 
S
M
 
L
F
 
F
-
 
P
N
 
R
I
 
L
E
 
K
P
 
E
I
 
R
R
 
L
N
 
K
R
 
Q
R
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
R
 
Q
R
 
M
A
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
N
 
S
K
 
R
P
 
P
R
 
K
F
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
L
D
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
L
V
 
V
M
 
S
D
 
E
I
 
V
Q
 
F
G
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
Q
Q
 
K
L
 
I
V
 
N
E
 
Q
Y
 
E
G
 
G
I
 
T
G
 
T
V
 
I
L
 
L
I
 
L
T
 
V
D
 
E
H
 
Q
N
 
N
V
 
A
R
 
L
E
 
G
T
 
A
L
 
L
A
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
H
R
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
I
 
L
K
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
L
 
V
A
 
L
S
 
E
G
 
G
S
 
K
S
 
A
D
 
S
E
 
E
I
 
L
A
 
L
N
 
D
N
 
N
P
 
E
D
 
M
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
H
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
37% identity, 91% coverage: 6:223/240 of query aligns to 7:223/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
I
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
K
I
x
F
K
 
G
N
 
D
H
x
F
E
 
E
I
 
A
V
 
V
R
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
S
M
 
F
D
 
S
L
 
V
R
 
K
T
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
I
Y
 
H
M
 
M
V
 
L
C
 
T
G
 
T
L
 
L
V
 
L
E
 
K
A
 
P
T
 
T
G
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
A
Y
 
W
I
 
V
D
 
A
G
 
G
E
 
H
D
 
D
V
 
V
S
 
L
G
 
K
L
 
E
P
 
P
L
 
R
H
 
E
Q
 
V
R
 
R
S
 
R
R
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
F
L
 
-
P
 
-
Q
 
Q
E
 
D
A
 
Q
S
 
S
I
 
L
F
 
D
K
 
R
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
Y
I
 
I
A
 
H
A
 
G
Q
 
K
A
 
I
G
 
Y
K
 
G
L
 
Y
D
 
G
Q
 
G
E
 
E
M
 
K
A
 
L
E
 
K
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
M
 
F
F
 
V
N
 
E
I
 
L
E
 
L
P
 
E
I
 
F
R
 
K
N
 
D
R
 
K
R
 
P
G
 
V
I
 
K
N
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
A
R
 
R
R
 
R
A
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
V
 
I
N
 
H
K
 
E
P
 
P
R
 
E
F
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
L
D
 
D
P
 
P
I
 
H
A
 
T
V
 
R
M
 
A
D
 
H
I
 
M
Q
 
W
G
 
E
V
 
Y
I
 
I
S
 
S
Q
 
K
L
 
M
-
 
K
V
 
K
E
 
E
Y
 
H
G
 
N
I
 
M
G
 
T
V
 
I
L
 
F
I
 
L
T
 
T
D
 
T
H
 
H
N
 
Y
V
 
M
R
 
D
E
 
E
T
 
A
L
 
E
A
 
Q
V
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
A
V
 
I
I
 
I
K
 
D
S
 
H
G
 
G
E
 
K
L
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
L
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
L

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
34% identity, 95% coverage: 1:228/240 of query aligns to 4:221/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
M
 
M
H
 
V
E
 
E
L
 
V
R
 
K
I
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
T
K
 
K
T
 
R
I
x
F
K
 
G
N
 
N
H
x
F
E
 
T
I
 
A
V
 
V
R
 
N
G
 
K
I
 
L
S
 
N
M
 
L
D
 
T
L
 
I
R
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
L
Y
 
R
M
 
M
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
E
A
 
P
T
 
T
G
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
I
 
F
D
 
G
G
 
D
E
 
R
D
 
D
V
 
V
S
 
T
G
 
Y
L
 
L
P
 
P
L
 
P
H
 
K
Q
 
D
R
 
R
S
 
N
R
 
I
M
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
-
Y
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
S
S
 
M
I
 
V
F
 
F
K
 
Q
D
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
-
I
 
-
I
 
I
A
 
A
A
 
F
Q
 
P
A
 
L
G
 
K
K
 
K
L
 
F
D
 
P
Q
 
K
E
 
D
M
 
E
A
 
I
E
 
D
K
 
K
R
 
R
I
 
V
E
 
R
E
 
W
L
 
A
L
 
A
E
 
E
M
 
L
F
 
L
N
 
Q
I
 
I
E
 
E
P
 
E
I
 
L
R
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
Y
G
 
P
I
 
A
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
N
 
V
K
 
E
P
 
P
R
 
D
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
G
 
N
V
 
L
D
 
D
P
 
A
I
 
K
A
 
L
V
 
R
M
 
V
D
 
A
I
 
M
Q
 
R
G
 
A
V
 
E
I
 
I
S
 
K
Q
 
K
L
 
L
V
 
Q
E
 
Q
-
 
K
Y
 
L
G
 
K
I
 
V
G
 
T
V
 
T
L
 
I
I
 
Y
T
 
V
D
 
T
H
 
H
N
 
D
V
 
Q
R
 
V
E
 
E
T
 
A
L
 
M
A
 
T
V
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
A
V
 
V
I
 
M
K
 
N
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
S
 
I
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
T
E
 
E
I
 
V
A
 
Y
N
 
L
N
 
R
P
 
P
D
 
N

Q9BZC7 ATP-binding cassette sub-family A member 2; ATP-binding cassette transporter 2; ATP-binding cassette 2; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see paper)
33% identity, 93% coverage: 4:225/240 of query aligns to 2050:2274/2435 of Q9BZC7

query
sites
Q9BZC7
L
 
V
R
 
K
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
T
K
 
K
T
 
V
I
 
Y
K
 
K
N
 
S
H
 
R
E
 
K
I
 
I
V
 
G
R
 
R
G
 
I
I
 
L
S
 
A
M
 
V
D
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
C
-
 
L
-
 
G
L
 
V
R
 
R
T
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
C
V
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
S
T
 
T
F
 
F
Y
 
K
M
 
M
V
 
L
C
 
T
G
 
G
L
 
D
V
 
E
E
 
S
A
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
A
Y
 
F
I
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
H
D
 
S
V
 
V
S
 
-
G
 
-
L
 
L
P
 
K
L
 
E
H
 
L
Q
 
L
R
 
Q
S
 
V
R
 
Q
M
 
Q
G
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
L
 
C
P
 
P
Q
 
Q
E
 
C
A
 
D
S
 
A
I
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
I
 
Q
I
 
L
A
 
Y
A
 
T
Q
 
R
A
 
L
G
 
R
K
 
G
L
 
I
D
 
S
Q
 
W
E
 
K
M
 
D
A
 
E
E
 
A
K
 
R
R
 
V
I
 
V
E
 
K
E
 
W
L
 
A
L
 
L
E
 
E
M
 
K
F
 
L
N
 
E
I
 
L
E
 
T
P
 
K
I
 
Y
R
 
A
N
 
D
R
 
K
R
 
P
G
 
A
I
 
G
N
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
R
 
K
R
 
R
R
 
K
A
 
L
E
 
S
I
 
T
A
 
A
R
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
I
N
 
G
K
 
Y
P
 
P
R
 
A
F
 
F
L
 
I
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
A
 
T
G
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
I
 
K
A
 
A
V
 
R
M
 
R
D
 
F
I
 
L
Q
 
W
G
 
N
V
 
L
I
 
I
S
 
L
Q
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
K
Y
 
T
G
 
G
I
 
R
G
 
S
V
 
V
L
 
V
I
 
L
T
 
T
D
 
S
H
 
H
N
 
S
V
 
M
R
 
E
E
 
E
T
 
C
L
 
E
A
 
A
V
 
L
C
 
C
D
 
T
R
 
R
A
 
L
Y
 
A
V
 
I
I
 
M
K
 
V
S
 
N
G
 
G
E
 
R
L
 
L
L
 
R
A
 
C
S
 
L
G
 
G
S
 
S
S
 
I
D
 
Q
E
 
H
I
 
L
A
 
K
N
 
N

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 98% coverage: 1:236/240 of query aligns to 2:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
M
H
 
E
E
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
E
 
E
N
 
N
L
 
I
V
 
V
K
 
K
T
 
Y
I
x
F
K
 
G
N
 
E
H
x
F
E
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
I
 
V
S
 
S
M
 
I
D
 
S
L
 
V
R
 
N
T
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
F
 
I
Y
 
N
M
 
V
V
 
I
C
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
E
 
K
A
 
A
T
 
D
G
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
I
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
L
 
P
H
 
A
Q
 
E
R
 
L
S
 
Y
R
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
L
 
T
P
 
F
Q
 
Q
E
 
T
A
 
P
S
 
Q
I
 
P
F
 
L
K
 
K
D
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
A
 
K
Q
 
K
A
 
W
G
 
I
K
 
P
L
 
K
D
 
E
Q
 
E
E
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
K
 
K
R
 
A
I
 
F
E
 
K
E
 
-
L
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
F
F
 
L
N
 
K
I
 
L
E
 
S
P
 
H
I
 
L
R
 
Y
N
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
I
 
G
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
R
 
K
R
 
L
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
N
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
A
P
 
P
I
 
G
A
 
L
V
 
A
M
 
H
D
 
D
I
 
I
Q
 
F
G
 
N
V
 
H
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
L
 
L
V
 
K
E
 
A
Y
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
T
V
 
F
L
 
L
I
 
I
T
 
I
D
 
E
H
 
H
N
 
R
V
 
L
R
 
D
E
 
I
T
 
V
L
 
L
A
 
N
V
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
I
 
M
K
 
F
S
 
N
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
R
S
 
G
D
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
I
 
V
A
 
L
N
 
S
N
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
R
 
V
Q
 
E
H
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
E
 
E

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
30% identity, 95% coverage: 1:227/240 of query aligns to 4:234/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
M
 
M
H
 
A
E
 
E
L
 
V
R
 
K
I
 
L
E
 
I
N
 
N
L
 
I
V
 
W
K
 
K
T
 
R
I
 
F
K
 
G
N
 
D
H
 
V
E
 
T
I
 
A
V
 
V
R
 
K
G
 
D
I
 
L
S
 
S
M
 
L
D
 
E
L
 
I
R
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
F
 
L
Y
 
R
M
 
M
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
E
A
 
P
T
 
T
G
 
R
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
Y
 
Y
I
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
A
D
 
D
G
 
P
E
 
E
D
 
K
V
 
G
S
 
V
G
 
F
L
 
V
P
 
P
L
 
P
H
 
K
Q
 
E
R
 
R
S
 
D
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
A
Y
 
M
L
 
V
P
 
F
Q
 
Q
E
 
S
A
 
Y
S
 
A
I
 
L
F
 
Y
K
 
P
D
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
I
 
A
I
 
F
A
 
P
A
 
L
Q
 
K
A
 
L
G
 
R
K
 
K
L
 
V
D
 
P
Q
 
K
E
 
Q
M
 
E
A
 
I
E
 
D
K
 
K
R
 
R
I
 
V
E
 
R
E
 
E
L
 
V
L
 
A
E
 
E
M
 
M
F
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
T
P
 
E
I
 
L
R
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
K
G
 
P
I
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
I
N
 
R
K
 
R
P
 
P
R
 
K
F
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
A
 
S
G
 
N
V
 
L
D
 
D
P
 
A
I
 
K
A
 
L
V
 
R
M
 
V
D
 
K
I
 
M
Q
 
R
G
 
A
V
 
E
I
 
L
S
 
K
Q
 
K
L
 
L
V
 
Q
-
 
R
E
 
Q
Y
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
T
V
 
T
L
 
I
I
 
Y
T
 
V
D
 
T
H
 
H
N
 
D
V
 
Q
R
 
V
E
 
E
T
 
A
L
 
M
A
 
T
V
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
A
V
 
V
I
 
M
K
 
N
S
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
Q
A
 
Q
S
 
V
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
D
E
 
E
I
 
V
A
 
Y
N
 
Y
N
 
K
P
 
P

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 98% coverage: 1:235/240 of query aligns to 2:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
M
H
 
E
E
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
E
 
E
N
 
N
L
 
I
V
 
V
K
 
K
T
 
Y
I
x
F
K
 
G
N
 
E
H
x
F
E
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
I
 
V
S
 
S
M
 
I
D
 
S
L
 
V
R
 
C
T
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
F
 
I
Y
 
N
M
 
V
V
 
I
C
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
E
 
K
A
 
A
T
 
D
G
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
I
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
L
 
P
H
 
A
Q
 
E
R
 
L
S
 
Y
R
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
L
 
T
P
 
F
Q
 
Q
E
 
T
A
 
P
S
 
Q
I
 
P
F
 
L
K
 
K
D
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
A
 
K
Q
 
K
A
 
W
G
 
I
K
 
P
L
 
K
D
 
E
Q
 
E
E
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
K
 
K
R
 
A
I
 
F
E
 
K
E
 
-
L
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
F
F
 
L
N
 
K
I
 
L
E
 
S
P
 
H
I
 
L
R
 
Y
N
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
I
 
G
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
R
 
K
R
 
L
A
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
N
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
A
P
 
P
I
 
G
A
 
L
V
 
A
M
 
H
D
 
D
I
 
I
Q
 
F
G
 
N
V
 
H
I
 
V
S
 
L
Q
 
E
L
 
L
V
 
K
E
 
A
Y
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
T
V
 
F
L
 
L
I
 
I
T
 
I
D
 
E
H
 
H
N
 
R
V
 
L
R
 
D
E
 
I
T
 
V
L
 
L
A
 
N
V
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
I
 
M
K
 
F
S
 
N
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
R
S
 
G
D
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
I
 
V
A
 
L
N
 
S
N
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
R
 
V
Q
 
E
H
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

8k1oB Mycobacterial efflux pump, amppnp bound state (see paper)
35% identity, 91% coverage: 2:219/240 of query aligns to 2:214/215 of 8k1oB

query
sites
8k1oB
H
 
H
E
 
Q
L
 
V
R
 
P
I
 
I
E
 
E
-
 
I
-
 
R
N
 
G
L
 
L
V
 
T
K
 
K
T
 
H
I
 
F
K
 
G
N
 
S
H
 
V
E
 
R
I
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
D
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
R
T
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
H
G
 
G
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
T
F
 
L
Y
 
R
M
 
I
V
 
L
C
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
K
A
 
A
T
 
D
G
 
G
G
 
G
K
 
S
V
 
V
Y
 
R
I
 
L
D
 
L
G
 
G
E
 
G
D
 
D
-
 
P
-
 
W
V
 
T
S
 
D
G
 
A
L
 
V
P
 
D
L
 
L
H
 
H
Q
 
R
R
 
H
S
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
I
G
 
A
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
E
 
D
A
 
V
S
 
T
I
 
L
F
 
W
K
 
P
D
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
E
 
G
E
 
E
N
 
T
L
 
I
-
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
R
Q
 
M
A
 
R
G
 
G
K
 
G
L
 
I
D
 
D
Q
 
N
E
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
A
R
 
R
I
 
R
E
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
I
E
 
E
M
 
R
F
 
F
N
 
G
I
 
L
E
 
D
P
 
P
I
 
T
R
 
K
N
 
K
R
 
A
R
 
R
G
 
-
I
 
-
N
x
T
L
 
Y
S
|
S
G
 
K
G
 
G
E
 
N
R
 
R
R
 
Q
R
 
K
A
 
V
E
 
S
I
 
L
A
 
I
R
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
S
N
 
S
K
 
H
P
 
A
R
 
T
F
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
S
A
 
S
G
 
G
V
 
L
D
 
D
P
 
P
I
 
L
A
 
M
V
 
E
M
 
N
D
 
V
I
 
F
Q
 
Q
G
 
Q
V
 
C
I
 
I
S
 
G
Q
 
E
L
 
A
V
 
R
E
 
Q
Y
 
R
G
 
G
I
 
V
G
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
L
T
 
S
D
 
S
H
 
H
N
 
I
V
 
L
R
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
E
A
 
A
V
 
L
C
 
C
D
 
E
R
 
K
A
 
V
Y
 
T
V
 
I
I
 
I
K
 
R
S
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
T
L
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
S
 
S

8k1pB Mycobacterial efflux pump, adp+vanadate bound state
34% identity, 90% coverage: 4:219/240 of query aligns to 4:212/213 of 8k1pB

query
sites
8k1pB
L
 
I
R
 
E
I
 
I
E
 
R
N
 
G
L
 
L
V
 
T
K
 
K
T
 
H
I
x
F
K
 
G
N
 
S
H
 
V
E
 
R
I
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
D
M
 
L
D
 
T
L
 
V
R
 
R
T
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
H
G
 
G
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
T
F
 
L
Y
 
R
M
 
I
V
 
L
C
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
K
A
 
A
T
 
D
G
 
G
G
 
G
K
 
S
V
 
V
Y
 
R
I
 
L
D
 
L
G
 
G
E
 
G
D
 
D
-
 
P
-
 
W
V
 
T
S
 
D
G
 
A
L
 
V
P
 
D
L
 
L
H
 
H
Q
 
R
R
 
H
S
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
I
G
 
A
Y
 
Y
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
E
 
D
A
 
V
S
 
T
I
 
L
F
 
W
K
 
P
D
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
E
 
G
E
 
E
N
 
T
L
 
I
-
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
R
Q
 
M
A
 
R
G
 
G
K
 
G
L
 
I
D
 
D
Q
 
N
E
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
A
R
 
R
I
 
R
E
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
I
E
 
E
M
 
R
F
 
F
N
 
G
I
 
L
E
 
D
P
 
P
I
 
T
R
 
K
N
 
K
R
 
A
R
 
R
G
 
-
I
 
-
N
x
T
L
 
Y
S
|
S
G
 
K
G
 
G
E
 
N
R
 
R
R
 
Q
R
 
K
A
 
V
E
 
S
I
 
L
A
 
I
R
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
S
N
 
S
K
 
H
P
 
A
R
 
T
F
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
S
A
 
S
G
 
G
V
 
L
D
 
D
P
 
P
I
 
L
A
 
M
V
 
E
M
 
N
D
 
V
I
 
F
Q
 
Q
G
 
Q
V
 
C
I
 
I
S
 
G
Q
 
E
L
 
A
V
 
R
E
 
Q
Y
 
R
G
 
G
I
 
V
G
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
L
T
 
S
D
 
S
H
 
H
N
 
I
V
 
L
R
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
E
A
 
A
V
 
L
C
 
C
D
 
E
R
 
K
A
 
V
Y
 
T
V
 
I
I
 
I
K
 
R
S
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
T
L
 
V
A
 
E
S
 
S
G
 
G
S
 
S

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 90% coverage: 11:227/240 of query aligns to 25:239/378 of P69874

query
sites
P69874
K
 
K
T
x
C
I
x
F
K
 
D
N
 
G
H
 
K
E
 
E
I
 
V
V
 
I
R
 
P
G
 
Q
I
 
L
S
 
D
M
 
L
D
 
T
L
 
I
R
 
N
T
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
G
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
V
F
x
L
Y
 
R
M
 
L
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
T
A
 
V
T
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Y
 
M
I
x
L
D
 
D
G
 
N
E
 
E
D
 
D
V
 
I
S
 
T
G
 
H
L
 
V
P
 
P
L
 
A
H
 
E
Q
 
N
R
 
R
S
 
Y
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
N
Y
 
T
L
 
V
P
 
F
Q
 
Q
E
 
S
A
 
Y
S
 
A
I
 
L
F
 
F
K
 
P
D
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
I
 
A
I
 
F
A
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
T
D
 
P
Q
 
A
E
 
A
M
 
E
A
 
I
E
 
T
K
 
P
R
 
R
I
 
V
E
 
M
E
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
R
M
 
M
F
x
V
N
 
Q
I
 
L
E
 
E
P
 
T
I
 
F
R
 
A
N
 
Q
R
 
R
R
 
K
G
 
P
I
 
H
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
N
 
N
K
 
K
P
 
P
R
 
R
F
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
P
 
Y
I
 
K
A
 
L
V
 
R
M
 
K
D
 
Q
I
 
M
Q
 
Q
G
 
N
V
 
E
I
 
L
S
 
K
Q
 
A
L
 
L
V
 
Q
-
 
R
E
 
K
Y
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
T
V
 
F
L
 
V
I
 
F
T
 
V
D
 
T
H
 
H
N
 
D
V
 
Q
R
 
E
E
 
E
T
 
A
L
 
L
A
 
T
V
 
M
C
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
I
 
M
K
 
R
S
 
D
G
 
G
E
 
R
L
 
I
L
 
E
A
 
Q
S
 
D
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
Y
N
 
E
N
 
E
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
31% identity, 90% coverage: 11:227/240 of query aligns to 10:224/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
K
 
K
T
 
C
I
x
F
K
 
D
N
 
G
H
x
K
E
 
E
I
 
V
V
 
I
R
 
P
G
 
Q
I
 
L
S
 
D
M
 
L
D
 
T
L
 
I
R
 
N
T
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
C
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
V
F
 
L
Y
 
R
M
 
L
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
T
A
 
V
T
 
D
G
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Y
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
N
E
 
E
D
 
D
V
 
I
S
 
T
G
 
H
L
 
V
P
 
P
L
 
A
H
 
E
Q
 
N
R
 
R
S
 
Y
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
N
Y
 
T
L
 
V
P
 
F
Q
 
Q
E
 
S
A
 
Y
S
 
A
I
 
L
F
 
F
K
 
P
D
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
I
 
A
I
 
F
A
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
T
D
 
P
Q
 
A
E
 
A
M
 
E
A
 
I
E
 
T
K
 
P
R
 
R
I
 
V
E
 
M
E
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
R
M
 
M
F
 
V
N
 
Q
I
 
L
E
 
E
P
 
T
I
 
F
R
 
A
N
 
Q
R
|
R
R
 
K
G
 
P
I
 
H
N
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
N
 
N
K
 
K
P
 
P
R
 
R
F
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
A
 
S
G
 
A
V
 
L
D
 
D
P
 
Y
I
 
K
A
 
L
V
 
R
M
 
K
D
 
Q
I
 
M
Q
 
Q
G
 
N
V
 
E
I
 
L
S
 
K
Q
 
A
L
 
L
V
 
Q
-
 
R
E
 
K
Y
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
T
V
 
F
L
 
V
I
 
F
T
 
V
D
 
T
H
 
H
N
 
D
V
 
Q
R
 
E
E
 
E
T
 
A
L
 
L
A
 
T
V
 
M
C
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
I
 
M
K
 
R
S
 
D
G
 
G
E
 
R
L
 
I
L
 
E
A
 
Q
S
 
D
G
 
G
S
 
T
S
 
P
D
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
Y
N
 
E
N
 
E
P
 
P

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
30% identity, 95% coverage: 1:227/240 of query aligns to 1:232/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
M
 
M
H
 
V
E
 
R
L
 
I
R
 
I
I
 
V
E
 
K
N
 
N
L
 
V
V
 
S
K
 
K
T
 
V
I
x
F
K
 
K
N
 
K
H
 
G
E
 
K
I
 
V
V
 
V
R
 
A
-
 
L
-
 
D
G
 
N
I
 
V
S
 
N
M
 
I
D
 
N
L
 
I
R
 
E
T
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
V
 
F
G
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
F
F
 
M
Y
 
R
M
 
I
V
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
E
 
V
A
 
P
T
 
S
G
 
T
G
 
G
K
 
E
V
 
L
Y
 
Y
I
 
F
D
 
D
G
 
D
E
 
R
D
 
L
V
 
V
S
 
A
G
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
L
 
V
P
 
P
L
 
P
H
 
E
Q
 
D
R
 
R
S
 
K
R
 
-
M
 
-
G
 
-
I
 
I
G
 
G
Y
 
M
L
 
V
P
 
F
Q
|
Q
E
 
T
A
 
W
S
 
A
I
 
L
F
 
Y
K
 
P
D
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
I
 
A
I
 
F
A
 
P
A
 
L
Q
 
T
A
 
N
G
 
M
K
 
K
L
 
M
D
 
S
Q
 
K
E
 
E
M
 
E
A
 
I
E
 
R
K
 
K
R
 
R
I
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
V
L
 
A
E
 
K
M
 
I
F
 
L
N
 
D
I
 
I
E
 
H
P
 
H
I
 
V
R
 
L
N
 
N
R
 
H
R
 
F
G
 
P
I
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
R
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
K
K
 
D
P
 
P
R
 
S
F
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
A
 
S
G
 
N
V
 
L
D
 
D
P
 
A
I
 
R
A
 
M
V
 
R
M
 
D
D
 
S
I
 
A
Q
 
R
G
 
A
V
 
L
I
 
V
S
 
K
Q
 
E
L
 
V
-
 
Q
V
 
S
E
 
R
Y
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
V
T
 
V
D
 
S
H
 
H
N
 
D
V
 
P
R
 
A
E
 
D
T
 
I
L
 
F
A
 
A
V
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
G
V
 
V
I
 
L
K
 
V
S
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
S
 
V
G
 
G
S
 
K
S
 
P
D
 
E
E
 
D
I
 
L
A
 
Y
N
 
D
N
 
N
P
 
P

Query Sequence

>WP_013459814.1 NCBI__GCF_000183725.1:WP_013459814.1
MHELRIENLVKTIKNHEIVRGISMDLRTGEVVGLLGPNGAGKTTTFYMVCGLVEATGGKV
YIDGEDVSGLPLHQRSRMGIGYLPQEASIFKDLTVEENLIIAAQAGKLDQEMAEKRIEEL
LEMFNIEPIRNRRGINLSGGERRRAEIARALVNKPRFLLLDEPFAGVDPIAVMDIQGVIS
QLVEYGIGVLITDHNVRETLAVCDRAYVIKSGELLASGSSDEIANNPDVRQHYLGESFKF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory