SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013460322.1 NCBI__GCF_000183725.1:WP_013460322.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P80040 Malate dehydrogenase; EC 1.1.1.37 from Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (see 2 papers)
53% identity, 96% coverage: 5:311/319 of query aligns to 3:308/309 of P80040

query
sites
P80040
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
I
V
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
N
x
F
V
|
V
G
|
G
S
 
S
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
H
S
 
W
L
 
L
A
 
A
M
 
A
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
I
I
 
V
L
 
L
R
 
L
D
|
D
N
 
F
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
V
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
Y
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
I
V
 
E
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
V
I
 
R
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
N
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
N
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
A
P
 
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
M
 
K
I
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
R
E
 
A
V
 
C
I
 
I
E
 
S
G
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
P
Y
 
L
S
 
S
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
V
V
 
I
I
 
I
M
 
M
V
|
V
S
x
N
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
A
R
 
E
E
 
V
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
R
M
 
Y
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
A
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
R
 
R
Y
 
F
S
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
S
D
 
E
V
 
F
L
 
I
T
 
A
H
 
P
E
 
D
E
 
R
I
 
L
D
 
A
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
Q
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
M
P
 
P
C
 
V
A
 
A
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
L
N
 
N
D
 
D
V
 
I
V
 
Y
S
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
E
V
 
L
T
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
M
A
 
A
M
 
L
F
 
L
A
 
N
A
 
A
S
 
S
C
 
A
K
 
K
S
 
A
V
 
V
Q
 
R
G
 
A
L
 
T
I
 
L
D
 
D
T
 
T
L
 
L
N
 
K
A
 
S

1uxgA Large improvement in the thermal stability of a tetrameric malate dehydrogenase by single point mutations at the dimer-dimer interface. (see paper)
53% identity, 96% coverage: 5:311/319 of query aligns to 2:307/308 of 1uxgA

query
sites
1uxgA
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
V
|
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
H
S
 
W
L
 
L
A
 
A
M
 
A
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
I
I
 
V
L
 
L
R
 
L
D
|
D
N
 
I
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
V
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
Y
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
I
V
 
E
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
V
I
 
R
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
N
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
N
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
I
 
V
T
|
T
A
x
S
G
|
G
S
x
A
P
|
P
R
|
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
M
 
K
I
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
D
V
 
I
T
 
T
R
 
R
E
 
A
V
x
C
I
 
I
E
 
S
G
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
P
Y
 
L
S
 
S
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
V
V
 
I
I
 
I
M
 
M
V
|
V
S
 
N
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
A
R
 
E
E
 
V
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
x
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
A
A
 
A
R
|
R
M
 
Y
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
A
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
R
 
R
Y
 
F
S
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
S
D
 
E
V
 
F
L
 
I
T
 
A
H
 
P
E
 
D
E
 
R
I
 
L
D
 
A
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
|
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
Q
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
M
P
 
P
C
 
V
A
 
A
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
L
N
 
N
D
 
D
V
 
I
V
 
Y
S
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
E
V
 
L
T
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
M
A
 
A
M
 
L
F
 
L
A
 
N
A
 
A
S
 
S
C
 
A
K
 
K
S
 
A
V
 
V
Q
 
R
G
 
A
L
 
T
I
 
L
D
 
D
T
 
T
L
 
L
N
 
K
A
 
S

7byaA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and adenosine 5'- diphosphoribose (apr) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 2:309/319 of query aligns to 2:310/311 of 7byaA

query
sites
7byaA
V
 
M
K
 
K
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
V
x
T
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
Q
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
V
D
|
D
-
x
I
N
 
P
K
 
Q
I
 
L
E
 
E
-
 
N
I
 
P
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
L
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
N
V
 
I
T
 
I
V
 
G
A
 
T
E
 
S
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
D
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
 
I
P
 
A
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
M
 
T
I
 
T
N
 
N
A
 
Q
K
 
K
V
 
I
T
 
M
R
 
K
E
 
Q
V
 
V
I
 
T
E
 
K
G
 
E
V
 
V
A
 
V
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
N
 
N
A
 
C
I
 
Y
V
 
I
I
 
I
M
 
V
V
x
L
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
T
A
 
V
L
 
F
R
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
V
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
L
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
G
 
V
G
 
K
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
G
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
V
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
D
 
K
V
 
L
L
 
I
T
 
P
H
 
K
E
 
D
E
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
L
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
K
 
R
Q
 
R
I
 
I
H
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
Y
N
 
E
D
 
G
V
 
I
V
 
Y
S
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
L
 
V
I
 
M
D
 
R
T
 
M
L
 
L

7by9A Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 2:309/319 of query aligns to 2:310/311 of 7by9A

query
sites
7by9A
V
 
M
K
 
K
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
V
V
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
V
x
T
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
Q
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
V
D
|
D
-
x
I
N
 
P
K
 
Q
I
 
L
E
 
E
-
 
N
I
 
P
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
L
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
N
V
 
I
T
 
I
V
 
G
A
 
T
E
 
S
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
D
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
 
G
S
 
I
P
 
A
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
M
 
T
I
 
T
N
 
N
A
 
Q
K
 
K
V
x
I
T
 
M
R
 
K
E
x
Q
V
|
V
I
 
T
E
 
K
G
 
E
V
 
V
A
 
V
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
N
 
N
A
 
C
I
 
Y
V
 
I
I
 
I
M
 
V
V
x
L
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
x
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
T
A
 
V
L
 
F
R
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
V
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
L
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
G
 
V
G
 
K
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
G
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
V
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
D
 
K
V
 
L
L
 
I
T
 
P
H
 
K
E
 
D
E
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
L
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
K
 
R
Q
 
R
I
 
I
H
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
Y
N
 
E
D
 
G
V
 
I
V
 
Y
S
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
L
 
V
I
 
M
D
 
R
T
 
M
L
 
L

7f8dA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) g218y mutant (see paper)
49% identity, 97% coverage: 2:309/319 of query aligns to 4:312/313 of 7f8dA

query
sites
7f8dA
V
 
M
K
 
K
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
V
x
T
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
Q
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
V
D
|
D
-
x
I
N
 
P
K
 
Q
I
x
L
E
 
E
-
 
N
I
 
P
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
L
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
N
V
 
I
T
 
I
V
 
G
A
 
T
E
 
S
S
 
D
M
x
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
D
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
 
I
P
 
A
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
M
 
T
I
 
T
N
 
N
A
 
Q
K
 
K
V
 
I
T
 
M
R
 
K
E
 
Q
V
 
V
I
 
T
E
 
K
G
 
E
V
 
V
A
 
V
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
N
 
N
A
 
C
I
 
Y
V
 
I
I
 
I
M
 
V
V
x
L
S
x
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
T
A
 
V
L
 
F
R
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
x
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
V
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
L
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
G
 
V
G
 
K
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
G
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
V
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
D
 
K
V
 
L
L
 
I
T
 
P
H
 
K
E
 
D
E
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
Y
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
L
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
K
 
R
Q
 
R
I
 
I
H
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
Y
N
 
E
D
 
G
V
 
I
V
 
Y
S
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
L
 
V
I
 
M
D
 
R
T
 
M
L
 
L

4plyA Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with malate. (see paper)
49% identity, 96% coverage: 5:309/319 of query aligns to 3:316/318 of 4plyA

query
sites
4plyA
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
L
L
 
I
A
 
A
M
 
Q
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
I
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
M
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
A
 
P
A
 
I
V
 
M
R
 
G
S
 
S
H
 
N
S
 
V
I
 
K
V
 
I
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
N
M
x
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
I
T
 
K
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
I
P
|
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
S
I
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
M
R
 
K
E
 
D
V
 
V
I
 
A
E
 
E
G
 
N
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
|
V
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
T
 
V
Y
 
Y
V
 
V
A
 
L
L
 
H
R
 
K
E
 
Y
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
H
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
Y
F
 
F
I
 
L
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
P
G
 
N
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
C
T
 
T
V
 
V
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
E
V
 
F
L
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
 
I
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
A
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
E
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
I
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
N
 
K
D
 
D
V
 
L
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
K
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
Q
A
 
E
M
 
M
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
R
G
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
E
T
 
T
L
 
V

1guzA Structural basis for thermophilic protein stability: structures of thermophilic and mesophilic malate dehydrogenases (see paper)
50% identity, 93% coverage: 6:302/319 of query aligns to 2:298/305 of 1guzA

query
sites
1guzA
R
 
K
V
 
I
G
 
T
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
V
|
V
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
E
L
 
K
G
 
Q
S
 
L
C
 
A
H
 
R
E
 
E
I
 
L
I
 
V
L
 
L
R
 
L
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
I
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
A
 
P
A
 
V
V
 
G
R
 
L
S
 
F
H
 
D
S
 
T
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
S
E
 
N
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
N
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
 
A
G
|
G
S
x
L
P
|
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
T
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
M
I
 
K
N
 
N
A
 
A
K
 
G
V
x
I
T
 
V
R
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
D
G
 
N
V
 
I
A
 
M
K
 
K
Y
 
H
S
 
S
P
 
K
N
 
N
A
 
P
I
 
I
V
 
I
I
 
I
M
 
V
V
|
V
S
 
S
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
I
M
 
M
T
 
T
Y
 
H
V
 
V
A
 
A
L
 
W
R
 
V
E
 
R
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
A
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
S
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
M
G
 
Q
Q
 
D
I
 
I
R
 
N
A
 
A
S
 
C
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
P
 
V
R
 
K
Y
 
Y
S
 
T
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
I
S
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
L
T
 
P
H
 
A
E
 
E
E
 
T
I
 
I
D
 
D
E
 
K
I
 
L
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
L
 
H
L
 
L
Q
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
S
A
 
S
T
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
S
I
 
I
L
 
V
K
 
L
D
 
D
T
 
R
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
A
V
 
V
Y
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
N
 
D
D
 
K
V
 
T
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
R
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
Q
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
V
 
I
T
 
N
L
 
L
N
 
D
E
 
Q
T
 
A
E
 
D
K
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
A
 
Q
A
 
K
S
 
S
C
 
A
K
 
K
S
 
I
V
 
V

4pltB Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with oxamate. (see paper)
49% identity, 96% coverage: 5:309/319 of query aligns to 4:317/319 of 4pltB

query
sites
4pltB
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
L
L
 
I
A
 
A
M
 
Q
L
 
-
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
x
F
D
|
D
N
x
I
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
M
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
A
 
P
A
 
I
V
 
M
R
 
G
S
 
S
H
 
N
S
 
V
I
 
K
V
 
I
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
N
M
 
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
I
T
 
K
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
I
P
|
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
 
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
S
I
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
M
R
 
K
E
 
D
V
 
V
I
 
A
E
 
E
G
 
N
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
|
V
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
T
 
V
Y
 
Y
V
 
V
A
 
L
L
 
H
R
 
K
E
 
Y
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
H
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
Y
F
 
F
I
 
L
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
P
G
 
N
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
C
T
 
T
V
 
V
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
E
V
 
F
L
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
 
I
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
E
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
I
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
N
 
K
D
 
D
V
 
L
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
K
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
K
 
Q
A
 
E
M
 
M
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
R
G
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
E
T
 
T
L
 
V

4rosA Crystal structure of methylobacterium extorquens malate dehydrogenase complexed with oxaloacetate and adenosine-5-diphosphoribose
48% identity, 95% coverage: 6:307/319 of query aligns to 4:309/318 of 4rosA

query
sites
4rosA
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
Q
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
-
L
 
L
A
 
A
M
 
G
L
 
L
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
I
K
 
V
I
 
D
E
 
G
I
 
V
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
A
 
P
A
 
V
V
 
D
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
K
V
 
Y
T
 
S
V
 
G
A
 
A
E
 
S
S
 
D
M
 
Y
A
 
S
D
 
A
M
 
I
T
 
A
D
 
G
C
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
V
P
|
P
R
|
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
I
M
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
L
K
 
K
V
|
V
T
 
M
R
 
E
E
 
A
V
 
V
I
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
K
K
 
E
Y
 
H
S
 
A
P
 
P
N
 
D
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
C
V
 
I
S
x
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
V
Y
 
W
V
 
A
A
 
L
L
 
Q
R
 
K
E
 
F
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
T
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
H
F
 
F
I
 
L
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
F
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
A
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
D
V
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
W
-
 
T
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
K
I
 
L
D
 
D
E
 
A
I
 
M
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
A
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
R
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
A
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
N
 
D
D
 
G
V
 
L
V
 
Y
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
V
T
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
D
T
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
M
F
 
F
A
 
E
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
N
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
E

5ujkA Malate dehydrogenase from methylobacterium extorquens, complexed with NAD (see paper)
48% identity, 95% coverage: 6:307/319 of query aligns to 4:309/315 of 5ujkA

query
sites
5ujkA
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
Q
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
-
L
 
L
A
 
A
M
 
G
L
 
L
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
I
K
 
V
I
 
D
E
 
G
I
 
V
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
A
 
P
A
 
V
V
 
D
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
K
V
 
Y
T
 
S
V
 
G
A
 
A
E
 
S
S
 
D
M
 
Y
A
 
S
D
 
A
M
 
I
T
 
A
D
 
G
C
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
 
V
P
 
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
I
M
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
L
K
 
K
V
|
V
T
 
M
R
 
E
E
 
A
V
 
V
I
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
K
K
 
E
Y
 
H
S
 
A
P
 
P
N
 
D
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
C
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
V
Y
 
W
V
 
A
A
 
L
L
 
Q
R
 
K
E
 
F
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
T
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
H
F
 
F
I
 
L
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
F
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
A
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
D
V
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
W
-
 
T
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
K
I
 
L
D
 
D
E
 
A
I
 
M
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
A
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
R
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
A
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
N
 
D
D
 
G
V
 
L
V
 
Y
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
V
T
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
D
T
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
M
F
 
F
A
 
E
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
N
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
E

P49814 Malate dehydrogenase; Vegetative protein 69; VEG69; EC 1.1.1.37 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
47% identity, 96% coverage: 5:310/319 of query aligns to 6:312/312 of P49814

query
sites
P49814
K
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
N
 
F
V
 
T
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
L
L
 
I
A
 
A
M
 
Q
L
 
K
G
 
E
S
 
L
C
 
A
H
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
L
L
 
V
R
 
D
D
 
I
N
 
P
K
 
Q
I
 
L
E
 
E
-
 
N
I
 
P
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
Q
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
K
V
 
I
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
S
S
 
N
M
 
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
I
P
 
A
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
M
 
S
I
 
T
N
 
N
A
 
E
K
 
K
V
 
I
T
 
M
R
 
R
E
 
S
V
 
V
I
 
T
E
 
Q
G
 
E
V
 
I
A
 
V
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
N
 
D
A
 
S
I
 
I
V
 
I
I
 
V
M
 
V
V
 
L
S
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
V
 
A
A
 
V
L
 
Y
R
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
x
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
A
 
R
A
 
T
F
 
F
I
 
V
Q
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
L
G
 
N
Y
 
L
G
 
S
G
 
V
G
 
K
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
G
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
D
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
V
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
D
 
T
V
 
L
L
 
I
T
 
P
H
 
K
E
 
E
E
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
L
A
 
T
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
K
 
R
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
T
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
Y
N
 
E
D
 
G
V
 
I
V
 
Y
S
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
E
 
E
K
 
Q
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
D
T
 
Y
E
 
E
K
 
R
A
 
A
M
 
Q
F
 
L
A
 
N
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
L
 
V
I
 
M
D
 
K
T
 
V
L
 
L
N
 
S

Sites not aligning to the query:

P80039 Malate dehydrogenase; EC 1.1.1.37 from Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (Chlorobium tepidum) (see paper)
47% identity, 97% coverage: 6:313/319 of query aligns to 2:309/310 of P80039

query
sites
P80039
R
 
K
V
 
I
G
 
T
I
 
V
V
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
N
|
N
V
|
V
G
|
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
E
L
 
K
G
 
Q
S
 
L
C
 
A
H
 
R
E
 
E
I
 
L
I
 
V
L
 
L
R
 
L
D
|
D
N
 
V
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
I
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
A
 
P
A
 
V
V
 
G
R
 
L
S
 
F
H
 
D
S
 
T
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
S
E
 
N
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
N
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
L
P
 
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
T
R
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
S
I
 
M
N
|
N
A
 
A
K
 
G
V
 
I
T
 
V
R
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
G
G
 
R
V
 
I
A
 
M
K
 
E
Y
 
H
S
 
S
P
 
K
N
 
N
A
 
P
I
 
I
V
 
I
I
 
V
M
 
V
V
|
V
S
|
S
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
I
M
 
M
T
 
T
Y
 
H
V
 
V
A
 
A
L
 
W
R
 
Q
E
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
S
A
 
A
R
 
R
M
 
F
A
 
R
A
 
S
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
M
G
 
Q
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
A
S
 
C
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
D
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
P
 
V
R
 
K
Y
 
Y
S
 
T
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
L
L
 
I
T
 
S
H
 
A
E
 
E
E
 
R
I
 
I
D
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
H
L
 
L
Q
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
T
A
 
S
T
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
S
I
 
I
L
 
V
K
 
L
D
 
D
T
 
R
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
T
C
 
C
A
 
A
V
 
V
Y
 
S
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
N
 
D
D
 
G
V
 
T
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
K
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
H
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
V
 
I
T
 
K
L
 
L
N
 
D
E
 
Q
T
 
S
E
 
D
K
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
A
 
Q
A
 
K
S
 
S
C
 
A
K
 
K
S
 
I
V
 
V
Q
 
D
G
 
E
L
 
N
I
 
C
D
 
K
T
 
M
L
 
L
N
 
D
A
 
A
N
 
S
K
 
Q

4plfB Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with lactate. (see paper)
46% identity, 97% coverage: 1:311/319 of query aligns to 1:320/330 of 4plfB

query
sites
4plfB
M
 
M
V
 
T
K
 
K
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
S
 
-
L
 
L
A
 
C
M
 
A
L
 
Q
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
x
F
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
K
E
 
N
I
 
M
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
A
 
S
A
 
I
V
 
A
R
 
D
S
 
T
H
 
N
S
 
V
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
S
M
 
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
I
T
 
K
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
L
P
x
T
R
 
K
L
 
A
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
P
I
 
F
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
M
R
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
G
E
 
E
G
 
N
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
T
 
V
Y
 
K
V
 
V
A
 
L
L
 
H
R
 
E
E
 
H
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
H
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
P
G
 
R
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
K
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
D
 
E
V
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
R
L
 
I
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
K
 
N
G
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
E
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
V
C
 
C
A
 
S
V
 
C
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
H
N
 
K
D
 
D
V
 
M
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
A
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
E
M
 
L
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
E
V
 
V
Q
 
R
G
 
K
L
 
L
I
 
Q
D
 
K
T
 
A
L
 
I
N
 
K
A
 
A

4plcA Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with malate. (see paper)
46% identity, 97% coverage: 1:311/319 of query aligns to 1:320/324 of 4plcA

query
sites
4plcA
M
 
M
V
 
T
K
 
K
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
S
 
-
L
 
L
A
 
C
M
 
A
L
 
Q
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
K
E
 
N
I
 
M
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
A
 
S
A
 
I
V
 
A
R
 
D
S
 
T
H
 
N
S
 
V
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
S
M
 
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
I
T
 
K
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
L
P
x
T
R
 
K
L
 
A
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
P
I
 
F
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
 
I
T
 
M
R
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
G
E
 
E
G
 
N
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
T
 
V
Y
 
K
V
 
V
A
 
L
L
 
H
R
 
E
E
 
H
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
H
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
P
G
 
R
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
K
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
T
R
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
D
 
E
V
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
R
L
 
I
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
K
 
N
G
 
A
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
E
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
V
C
 
C
A
 
S
V
 
C
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
H
N
 
K
D
 
D
V
 
M
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
A
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
E
M
 
L
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
E
S
 
E
V
 
V
Q
 
R
G
 
K
L
 
L
I
 
Q
D
 
K
T
 
A
L
 
I
N
 
K
A
 
A

3gvhA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis
47% identity, 95% coverage: 6:307/319 of query aligns to 4:309/318 of 3gvhA

query
sites
3gvhA
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
 
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
-
L
 
L
A
 
A
M
 
G
L
 
L
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
I
K
 
A
I
 
E
E
 
G
I
 
T
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
D
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
K
V
 
F
T
 
T
V
 
G
A
 
A
E
 
N
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
A
M
 
I
T
 
E
D
 
G
C
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
 
G
S
 
V
P
 
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
L
K
 
K
V
 
V
T
 
M
R
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
A
P
 
P
N
 
E
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
C
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
V
Y
 
W
V
 
A
A
 
L
L
 
Q
R
 
K
E
 
F
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
A
S
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
Y
F
 
F
I
 
L
Q
 
S
E
 
E
K
 
E
L
 
F
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
V
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
S
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
A
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
P
D
 
D
V
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
M
-
 
G
-
 
W
-
 
T
T
 
S
H
 
Q
E
 
D
E
 
K
I
 
L
D
 
D
E
 
K
I
 
I
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
Q
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
V
A
 
A
V
 
A
Y
 
Q
L
 
L
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
N
 
K
D
 
D
V
 
M
V
 
Y
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
I
T
 
D
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
Q
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
A
S
 
S
V
 
V
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
C
D
 
E

6vdjA Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate and nadh4.
47% identity, 97% coverage: 3:311/319 of query aligns to 1:306/308 of 6vdjA

query
sites
6vdjA
K
 
K
G
 
R
K
 
P
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
S
 
-
L
 
L
A
 
C
M
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
K
E
 
N
I
 
M
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
L
S
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
T
A
 
S
A
 
V
V
 
A
R
 
D
S
 
T
H
 
N
S
 
V
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
T
E
 
N
S
 
S
M
 
Y
A
 
E
D
 
D
M
 
I
T
 
K
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
 
T
A
|
A
G
 
G
S
 
L
P
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
T
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
P
I
 
I
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
M
R
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
G
E
 
E
G
 
N
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
C
V
x
I
S
x
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
T
 
V
Y
 
K
V
 
V
A
 
L
L
 
Q
R
 
E
E
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
H
S
 
N
R
 
K
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
S
A
 
S
R
 
R
M
 
F
A
 
R
A
 
Y
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
P
G
 
R
Q
 
D
I
 
V
R
 
Q
A
 
A
S
 
M
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
N
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
D
 
E
V
 
F
L
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
W
-
 
I
T
 
T
H
 
Q
E
 
E
E
 
E
I
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
A
G
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
A
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
C
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
N
 
K
D
 
D
V
 
L
V
 
Y
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
T
 
E
E
 
E
K
 
K
A
 
E
M
 
M
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
I
K
 
E
S
 
E
V
 
V
Q
 
R
G
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
K
T
 
A
L
 
L
N
 
E
A
 
A

1gv0A Structural basis for thermophilic protein stability: structures of thermophilic and mesophilic malate dehydrogenases (see paper)
47% identity, 93% coverage: 6:302/319 of query aligns to 2:294/301 of 1gv0A

query
sites
1gv0A
R
 
K
V
 
I
G
 
T
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
V
|
V
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
T
A
 
A
Y
 
F
S
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
E
L
 
K
G
 
Q
S
 
L
C
 
A
H
 
R
E
 
E
I
 
L
I
 
V
L
 
L
R
 
L
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
E
E
 
G
I
 
I
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
S
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
A
 
P
A
 
V
V
 
G
R
 
L
S
 
F
H
 
D
S
 
T
I
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
S
E
 
N
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
D
M
 
T
T
 
A
D
 
N
C
 
S
D
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
L
P
|
P
R
 
R
L
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
T
R
 
-
D
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
L
M
 
S
I
 
M
N
 
N
A
 
A
K
 
G
V
 
I
T
 
V
R
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
G
G
 
R
V
 
I
A
 
M
K
 
E
Y
 
H
S
 
S
P
 
K
N
 
N
A
 
P
I
 
I
V
 
I
I
 
V
M
 
V
V
|
V
S
 
S
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
I
M
 
M
T
 
T
Y
 
H
V
 
V
A
 
A
L
 
W
R
 
Q
E
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
S
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
G
 
S
G
 
M
G
 
Q
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
A
S
 
C
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
P
 
V
R
 
K
Y
 
Y
S
 
T
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
L
L
 
I
T
 
S
H
 
A
E
 
E
E
 
R
I
 
I
D
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
L
 
H
L
 
L
Q
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
S
P
|
P
A
 
A
K
 
T
A
 
S
T
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
S
I
 
I
L
 
V
K
 
L
D
 
D
T
 
R
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
T
C
 
C
A
 
A
V
 
V
Y
 
S
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
N
 
D
D
 
G
V
 
T
V
 
F
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
K
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
H
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
V
 
I
T
 
K
L
 
L
N
 
D
E
 
Q
T
 
S
E
 
D
K
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
A
 
Q
A
 
K
S
 
S
C
 
A
K
 
K
S
 
I
V
 
V

3gviA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis in complex with adp
45% identity, 95% coverage: 6:307/319 of query aligns to 4:304/314 of 3gviA

query
sites
3gviA
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
A
Y
 
H
S
 
-
L
 
L
A
 
A
M
 
G
L
 
L
G
 
K
S
 
E
C
 
L
H
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
I
K
 
A
I
 
E
E
 
G
I
 
T
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
D
M
 
I
S
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
S
A
 
P
A
 
V
V
 
D
R
 
G
S
 
F
H
 
D
S
 
A
I
 
K
V
 
F
T
 
T
V
 
G
A
 
A
E
 
N
S
 
D
M
 
Y
A
 
A
D
 
A
M
 
I
T
 
E
D
 
G
C
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
 
T
A
|
A
G
|
G
S
 
V
P
 
P
R
 
R
L
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
K
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
L
K
 
K
V
 
V
T
 
M
R
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
A
P
 
P
N
 
E
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
C
V
 
I
S
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
T
 
V
Y
 
W
V
 
A
A
 
L
L
 
Q
R
 
K
E
 
F
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
A
S
 
H
R
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
Y
F
 
F
I
 
L
Q
 
S
E
 
E
K
 
E
L
 
F
G
 
N
Y
 
V
G
 
S
G
 
V
G
 
E
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
V
S
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
S
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
A
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
P
D
 
D
V
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
M
-
 
G
-
 
W
-
 
T
T
 
S
H
 
Q
E
 
D
E
 
K
I
 
L
D
 
D
E
 
K
I
 
I
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
A
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
Q
M
 
M
V
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
V
A
 
A
V
 
A
Y
 
Q
L
 
L
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
N
 
K
D
 
D
V
 
M
V
 
Y
S
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
V
E
 
E
K
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
I
T
 
D
L
 
L
N
 
D
E
 
K
T
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
Q
F
 
F
A
 
D
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
A
S
 
S
V
 
V
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
C
D
 
E

1sowA T. Gondii bradyzoite-specific ldh (ldh2) in complex with NAD and oxalate
43% identity, 97% coverage: 3:311/319 of query aligns to 4:321/322 of 1sowA

query
sites
1sowA
K
 
R
G
 
R
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
M
A
 
G
Y
 
Y
S
 
-
L
 
L
A
 
C
M
 
V
L
 
L
G
 
R
S
 
E
C
 
L
H
 
A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
T
E
 
G
I
 
M
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
D
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
T
A
 
S
A
 
I
V
 
A
R
 
D
S
 
T
H
 
N
S
 
V
I
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
A
E
 
N
S
 
Q
M
 
Y
A
 
E
D
 
K
M
 
I
T
 
A
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
L
P
x
T
R
 
K
L
 
V
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
N
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
P
I
 
F
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
I
R
 
R
E
|
E
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
L
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
|
V
S
x
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
C
M
 
M
T
 
V
Y
 
K
V
 
C
A
 
F
L
 
H
R
 
E
E
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
M
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
N
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
R
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
D
K
 
Q
L
 
L
G
 
E
Y
 
I
G
 
S
G
 
P
G
 
R
Q
 
D
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
S
 
T
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
T
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
H
M
 
M
V
 
L
P
 
P
L
 
L
P
 
A
R
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
F
P
 
P
L
 
L
S
 
R
D
 
E
V
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
K
L
 
M
T
 
T
H
 
E
E
 
A
E
 
K
I
 
L
D
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
K
 
K
G
 
A
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
|
P
A
 
A
K
 
L
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
T
M
 
M
V
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
F
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
E
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
V
Y
 
Y
L
 
C
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
L
N
 
H
D
 
D
V
 
M
V
 
F
S
 
I
G
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
A
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
G
N
 
G
G
 
G
A
 
I
E
 
E
K
 
Q
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
H
T
 
E
E
 
E
K
 
Q
A
 
E
M
 
C
F
 
F
A
 
R
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
D
S
 
D
V
 
V
Q
 
V
G
 
E
L
 
L
I
 
N
D
 
K
T
 
S
L
 
L
N
 
A
A
 
A

3czmB T. Gondii bradyzoite-specific ldh (ldh2) in complex with NAD and oxq
44% identity, 96% coverage: 5:311/319 of query aligns to 7:322/323 of 3czmB

query
sites
3czmB
K
 
K
R
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
V
x
I
G
 
G
S
 
G
T
 
T
I
 
M
A
 
G
Y
 
Y
S
 
-
L
 
L
A
 
C
M
 
V
L
 
L
G
 
R
S
 
E
C
 
L
H
 
A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
F
D
|
D
N
x
V
K
 
V
I
 
T
E
 
G
I
 
M
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
D
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
T
A
 
S
A
 
I
V
 
A
R
 
D
S
 
T
H
 
N
S
 
V
I
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
S
A
 
A
E
 
N
S
 
Q
M
 
Y
A
 
E
D
 
K
M
 
I
T
 
A
D
 
G
C
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
S
x
L
P
x
T
R
 
K
L
 
V
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
N
D
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
P
I
 
F
N
 
N
A
 
A
K
 
K
V
x
I
T
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
I
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
K
K
 
K
Y
 
Y
S
 
C
P
 
P
N
 
L
A
 
A
I
 
F
V
 
V
I
 
I
M
 
V
V
|
V
S
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
C
M
 
M
T
 
V
Y
 
K
V
 
C
A
 
F
L
 
H
R
 
E
E
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
P
R
 
K
S
 
N
R
 
M
V
 
V
I
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
N
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
A
 
R
A
 
R
F
 
F
I
 
I
Q
 
A
E
 
D
K
 
Q
L
 
L
G
 
E
Y
 
I
G
 
S
G
 
P
G
 
R
Q
 
D
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
S
 
T
V
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
T
H
|
H
G
 
G
D
 
D
D
 
H
M
 
M
V
 
L
P
 
P
L
 
L
P
 
A
R
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
F
P
 
P
L
 
L
S
 
R
D
 
E
V
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
K
L
 
M
T
 
T
H
 
E
E
 
A
E
 
K
I
 
L
D
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
K
 
K
G
 
A
G
|
G
A
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
|
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
K
 
L
A
 
S
T
 
A
A
 
I
I
 
T
M
 
M
V
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
F
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
E
K
 
K
Q
 
R
I
 
V
H
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
V
 
V
Y
 
Y
L
 
C
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
F
 
L
N
 
H
D
 
D
V
 
M
V
 
F
S
 
I
G
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
A
M
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
G
N
 
G
G
 
G
A
 
I
E
 
E
K
 
Q
I
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
L
T
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
H
T
 
E
E
 
E
K
 
Q
A
 
E
M
 
C
F
 
F
A
 
R
A
 
K
S
 
S
C
 
V
K
 
D
S
 
D
V
 
V
Q
 
V
G
 
E
L
 
L
I
 
N
D
 
K
T
 
S
L
 
L
N
 
A
A
 
A

Query Sequence

>WP_013460322.1 NCBI__GCF_000183725.1:WP_013460322.1
MVKGKRVGIVGAGNVGSTIAYSLAMLGSCHEIILRDNKIEIAKGKALDMSQAAAAVRSHS
IVTVAESMADMTDCDVVVITAGSPRLPGMSRDDLLMINAKVTREVIEGVAKYSPNAIVIM
VSNPLDAMTYVALRESGFDRSRVIGMAGVLDSARMAAFIQEKLGYGGGQIRASVMGGHGD
DMVPLPRYSTVAGVPLSDVLTHEEIDEIVQRTRKGGAEIVALLQTGSAYYAPAKATAIMV
EAILKDTKQIHPCAVYLEGEYGFNDVVSGVPVMLGANGAEKIIEVTLNETEKAMFAASCK
SVQGLIDTLNANKFFEGAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory