SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013531359.1 NCBI__GCF_000185905.1:WP_013531359.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2cjfA Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
57% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 8:146/149 of 2cjfA

query
sites
2cjfA
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
A
x
L
L
|
L
G
 
G
K
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
Y
 
Y
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

2bt4A Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
57% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 8:146/149 of 2bt4A

query
sites
2bt4A
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
x
L
L
 
L
G
 
G
K
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
Y
 
Y
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

1gu1A Crystal structure of type ii dehydroquinase from streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid (see paper)
57% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 8:146/149 of 1gu1A

query
sites
1gu1A
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
A
 
L
L
|
L
G
 
G
K
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
Y
 
Y
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

P15474 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see 2 papers)
57% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 10:148/157 of P15474

query
sites
P15474
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
A
 
L
L
 
L
G
 
G
K
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
A
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
H
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
I
S
 
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
 
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1v1jA Crystal structure of type ii dehydroquintae dehydratase from streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro (see paper)
57% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 9:147/150 of 1v1jA

query
sites
1v1jA
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
L
L
 
L
G
 
G
K
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
Y
 
Y
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

1gtzA Structure of streptomyces coelicolor type ii dehydroquinase r23a mutant in complex with dehydroshikimate (see paper)
56% identity, 97% coverage: 4:142/144 of query aligns to 8:146/149 of 1gtzA

query
sites
1gtzA
V
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
L
L
 
L
G
 
G
K
 
Q
R
x
A
E
 
Q
P
 
P
G
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
G
 
S
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
D
 
L
C
 
C
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
A
T
 
A
A
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
E
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
R
D
 
L
K
 
N
A
 
H
V
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
x
A
A
|
A
Y
 
Y
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
C
A
 
D
P
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
P
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
V
A
 
S
P
 
Q
V
 
R
A
 
A
V
 
D
G
 
G
M
 
V
I
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
P
 
V
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
49% identity, 96% coverage: 4:141/144 of query aligns to 4:140/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
V
 
I
F
 
L
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
K
R
 
R
E
 
E
P
 
P
G
 
D
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
G
 
H
K
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
A
 
D
I
 
V
A
 
V
D
 
A
D
 
L
C
 
A
K
 
T
Q
 
A
A
 
E
G
 
A
T
 
A
A
 
K
L
 
H
G
 
G
F
 
L
E
 
E
I
 
V
D
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
H
 
H
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
L
V
 
I
D
 
D
W
 
A
I
 
L
Q
 
H
E
 
N
A
 
A
G
 
R
D
 
G
K
 
T
A
 
H
V
 
I
G
 
G
I
 
C
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
 
G
Y
 
L
S
 
T
H
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
L
H
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
V
R
 
K
A
 
A
V
 
-
A
 
S
P
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
T
A
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
 
R
H
 
H
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
I
A
 
S
P
 
L
V
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
S
M
 
V
I
 
I
C
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
R
L
 
F
A
 
A
L
 
V
Q
 
D
A
 
I
L
 
L
A
 
A

Q48255 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/167 of Q48255

query
sites
Q48255
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
 
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
|
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
 
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
 
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

4b6sA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/158 of 4b6sA

query
sites
4b6sA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
|
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

2xb9A Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2r)-2-(4-methoxybenzyl)-3-dehydroquinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/158 of 2xb9A

query
sites
2xb9A
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
 
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

1j2yA Crystal structure of the type ii 3-dehydroquinase (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/158 of 1j2yA

query
sites
1j2yA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

4b6rA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/157 of 4b6rA

query
sites
4b6rA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
|
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
x
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

2c4wA Type ii dehydroquinase from h. Pylori in complex with ah9095 (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 12:150/168 of 2c4wA

query
sites
2c4wA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
A
 
M
L
|
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
x
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
D
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
E
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
|
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

2xd9A Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (4r,6r,7s)-4,6,7-trihydroxy-2-((e)-prop-1- enyl)-4,5,6,7-tetrahydrobenzo(b)thiophene-4-carboxylic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/153 of 2xd9A

query
sites
2xd9A
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
A
 
M
L
|
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

2wksA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase with a new carbasugar-thiophene inhibitor. (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/153 of 2wksA

query
sites
2wksA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
A
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
D
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
|
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

2xdaA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (4r,6r,7s)-2-(2-cyclopropyl)ethyl-4,6,7- trihydroxy-4,5,6,7-tetrahydrobenzo(b)thiophene-4-carboxylic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:140/144 of query aligns to 3:141/150 of 2xdaA

query
sites
2xdaA
V
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
A
x
M
L
 
L
G
 
G
K
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
G
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
G
 
M
K
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
D
 
I
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
F
C
 
V
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
T
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
S
 
T
N
 
N
H
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
V
 
I
D
 
D
W
 
K
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
G
 
G
D
 
S
K
 
D
A
 
Y
V
 
E
G
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
G
 
G
A
|
A
Y
 
F
S
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
R
 
-
A
 
M
V
 
L
A
 
A
P
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
x
T
N
 
N
I
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
K
V
 
N
S
 
S
M
 
Y
V
 
T
A
 
G
P
 
A
V
 
A
A
 
C
V
 
G
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
L
 
M
A
 
A
L
 
L
Q
 
M
A
 
A
L
 
M

4cl0A Structure of the mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by a 3-dehydroquinic acid derivative
46% identity, 96% coverage: 4:141/144 of query aligns to 3:139/140 of 4cl0A

query
sites
4cl0A
V
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
A
 
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
G
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
G
 
G
K
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
A
 
E
I
 
L
A
 
V
D
 
A
D
 
L
C
 
I
K
 
E
Q
 
R
A
 
E
G
 
A
T
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
E
 
K
I
 
A
D
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
V
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
A
A
 
A
V
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
Y
 
L
S
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
L
H
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
C
R
 
A
A
 
E
V
 
L
A
 
S
P
 
A
L
 
-
P
 
P
V
 
L
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
L
A
 
S
P
 
P
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
A
 
A

4b6pA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
46% identity, 96% coverage: 4:141/144 of query aligns to 3:139/142 of 4b6pA

query
sites
4b6pA
V
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
A
 
R
L
|
L
G
 
G
K
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
G
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
G
 
G
K
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
A
 
E
I
 
L
A
 
V
D
 
A
D
 
L
C
 
I
K
 
E
Q
 
R
A
 
E
G
 
A
T
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
E
 
K
I
 
A
D
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
V
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
A
A
 
A
V
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
Y
 
L
S
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
L
H
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
C
R
 
A
A
 
E
V
 
L
A
 
S
P
 
A
L
 
-
P
 
P
V
 
L
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
L
A
 
S
P
 
P
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
A
 
A

3n8kM Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid (see paper)
46% identity, 96% coverage: 4:141/144 of query aligns to 12:148/151 of 3n8kM

query
sites
3n8kM
V
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
A
 
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
G
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
G
 
G
K
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
A
 
E
I
 
L
A
 
V
D
 
A
D
 
L
C
 
I
K
 
E
Q
 
R
A
 
E
G
 
A
T
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
E
 
K
I
 
A
D
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
V
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
A
A
 
A
V
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
Y
 
L
S
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
L
H
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
C
R
 
A
A
 
E
V
 
L
A
 
S
P
 
A
L
 
-
P
 
P
V
 
L
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
L
A
 
S
P
 
P
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
A
 
A

3n76A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5 (see paper)
46% identity, 96% coverage: 4:141/144 of query aligns to 4:140/143 of 3n76A

query
sites
3n76A
V
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
A
x
R
L
 
L
G
 
G
K
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
G
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
G
 
G
K
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
A
 
E
I
 
L
A
 
V
D
 
A
D
 
L
C
 
I
K
 
E
Q
 
R
A
 
E
G
 
A
T
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
E
 
K
I
 
A
D
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
N
 
D
H
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
V
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
A
A
 
A
V
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
G
|
G
A
x
G
Y
 
L
S
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
I
 
L
H
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
C
R
 
A
A
 
E
V
 
L
A
 
S
P
 
A
L
 
-
P
 
P
V
 
L
A
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
I
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
P
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
V
 
H
S
 
S
M
 
Y
V
 
L
A
 
S
P
 
P
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
M
 
V
I
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
P
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
T
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
Y
L
 
L
A
 
A

Query Sequence

>WP_013531359.1 NCBI__GCF_000185905.1:WP_013531359.1
MKTVFVLNGPNLNALGKREPGIYGGKTLAAIADDCKQAGTALGFEIDFRQSNHEGDLVDW
IQEAGDKAVGIVINPGAYSHTSIAIHDAIRAVAPLPVAEVHLSNIHAREPFRHVSMVAPV
AVGMICGFGPLGYTLALQALAARL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory