SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013532995.1 NCBI__GCF_000185905.1:WP_013532995.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 98% coverage: 5:233/234 of query aligns to 4:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
A
 
T
E
 
E
N
 
N
V
 
I
G
 
V
I
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
L
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
A
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
R
 
N
D
 
K
K
 
G
E
 
D
L
 
V
C
 
T
C
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
T
 
F
L
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
L
 
E
G
 
N
H
 
K
D
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
L
 
P
H
 
A
R
 
E
I
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
P
 
P
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
S
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
K
 
L
V
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
W
 
W
-
 
I
-
 
P
G
 
K
A
 
E
P
 
E
S
 
E
P
 
M
V
 
V
R
 
E
P
 
K
V
 
A
G
 
F
E
 
K
L
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
F
V
 
L
A
 
K
L
 
L
S
 
S
N
 
H
R
 
L
A
 
Y
A
 
D
T
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
W
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
I
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
A
P
 
P
Q
 
G
E
 
L
T
 
A
L
 
H
A
 
D
T
 
I
A
 
F
D
 
N
M
 
H
L
 
V
L
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
K
G
 
A
E
 
K
-
 
G
F
 
I
S
 
T
I
 
F
V
 
L
A
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
R
 
D
F
 
I
V
 
V
R
 
L
A
 
N
L
 
Y
N
 
I
C
 
D
E
 
H
T
 
L
L
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
L
 
I
R
 
A
S
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
P
 
E
F
 
I
H
 
K
D
 
N
I
 
V
E
 
L
T
 
S
D
 
D
E
 
P
M
 
K
V
 
V
R
 
V
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
R
 
E

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:232/234 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
A
 
T
E
 
E
N
 
N
V
 
I
G
 
V
I
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
L
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
A
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
R
 
C
D
 
K
K
 
G
E
 
D
L
 
V
C
 
T
C
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
T
 
F
L
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
L
 
E
G
 
N
H
 
K
D
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
L
 
P
H
 
A
R
 
E
I
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
P
 
P
S
 
Q
V
 
P
F
 
L
P
 
K
S
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
K
 
L
V
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
W
 
W
-
 
I
-
 
P
G
 
K
A
 
E
P
 
E
S
 
E
P
 
M
V
 
V
R
 
E
P
 
K
V
 
A
G
 
F
E
 
K
L
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
F
V
 
L
A
 
K
L
 
L
S
 
S
N
 
H
R
 
L
A
 
Y
A
 
D
T
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
W
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
I
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
A
P
 
P
Q
 
G
E
 
L
T
 
A
L
 
H
A
 
D
T
 
I
A
 
F
D
 
N
M
 
H
L
 
V
L
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
K
G
 
A
E
 
K
-
 
G
F
 
I
S
 
T
I
 
F
V
 
L
A
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
R
 
D
F
 
I
V
 
V
R
 
L
A
 
N
L
 
Y
N
 
I
C
 
D
E
 
H
T
 
L
L
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
L
 
I
R
 
A
S
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
P
 
E
F
 
I
H
 
K
D
 
N
I
 
V
E
 
L
T
 
S
D
 
D
E
 
P
M
 
K
V
 
V
R
 
V
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
30% identity, 99% coverage: 1:232/234 of query aligns to 2:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
S
 
S
D
 
D
I
 
I
L
 
V
L
 
L
Q
 
E
A
 
V
E
 
Q
N
 
S
V
 
L
G
 
H
I
 
V
R
 
Y
F
x
Y
G
 
G
G
 
A
L
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
D
L
 
L
T
 
K
V
 
V
R
 
P
D
 
R
K
 
G
E
 
Q
L
 
I
C
 
V
C
 
T
I
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
L
N
 
S
V
 
A
L
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
V
R
 
R
P
 
A
T
 
Q
S
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
I
R
 
I
F
 
F
L
 
N
G
 
G
H
 
Q
D
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
P
L
 
A
H
 
H
R
 
V
I
 
I
A
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
L
K
 
V
F
 
P
Q
x
E
I
 
G
P
 
R
S
 
R
V
 
I
F
 
F
P
 
P
S
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
M
A
 
G
R
 
A
W
 
Y
G
 
N
A
 
R
P
 
K
S
 
D
P
 
K
V
 
-
R
 
E
P
 
G
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
D
L
 
L
E
 
E
L
 
W
V
 
I
-
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
P
A
 
R
L
 
L
S
 
K
N
 
E
R
 
R
A
 
L
A
 
K
T
 
Q
P
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
T
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
M
L
 
L
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
I
 
S
E
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
A
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
A
P
 
P
Q
 
I
E
 
L
T
 
V
L
 
S
A
 
E
T
 
V
A
 
F
D
 
E
M
 
V
L
 
I
L
 
Q
R
 
K
L
 
I
K
 
N
G
 
Q
E
 
E
-
 
G
F
 
T
S
 
T
I
 
I
V
 
L
A
 
L
V
 
V
E
 
E
H
 
Q
D
 
N
I
 
A
R
 
L
F
 
G
V
 
A
R
 
L
A
 
K
L
 
V
N
 
A
C
 
H
E
 
Y
T
 
G
L
 
Y
V
 
V
L
 
L
H
 
E
Q
 
T
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
L
 
V
R
 
L
S
 
E
G
 
G
P
 
K
F
 
A
H
 
S
D
 
E
I
 
L
E
 
L
T
 
D
D
 
N
E
 
E
M
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
K
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
28% identity, 98% coverage: 5:234/234 of query aligns to 2:237/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
E
 
Q
N
 
H
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
S
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
L
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
E
 
S
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
R
 
E
D
 
S
K
 
G
E
 
Q
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
F
 
S
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
I
T
 
V
G
 
G
T
 
L
L
 
V
R
 
A
P
 
R
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
T
V
 
I
R
 
T
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
N
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
I
L
 
L
P
 
P
L
 
M
H
 
H
R
 
S
I
 
R
A
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
S
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
E
D
 
D
N
 
N
V
 
I
K
 
M
V
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
A
 
T
R
 
R
W
 
E
G
 
E
A
 
L
P
 
T
S
 
H
P
x
E
V
 
E
R
 
R
-
 
Q
-
x
D
P
 
K
V
 
L
G
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
Q
N
 
H
R
 
I
A
 
R
A
 
K
T
 
S
P
 
A
A
 
G
G
 
M
E
 
A
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
K
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
R
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
D
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
Q
D
 
D
I
 
V
E
 
L
T
 
N
D
 
N
E
 
E
M
 
Q
V
 
V
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
E
R
 
Q

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 97% coverage: 6:232/234 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
S
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
x
S
L
 
L
A
x
S
H
x
G
G
|
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 97% coverage: 6:232/234 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
x
R
S
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
x
M
A
x
G
G
x
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 97% coverage: 6:232/234 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
S
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
x
S
L
 
L
A
x
S
H
 
G
G
 
G
Q
x
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
30% identity, 97% coverage: 6:232/234 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
S
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
30% identity, 88% coverage: 15:220/234 of query aligns to 13:225/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
F
|
F
G
 
G
G
 
S
L
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
T
 
H
V
 
I
R
 
R
D
 
E
K
 
G
E
 
E
L
 
V
C
 
V
C
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
F
L
 
L
N
 
R
V
 
C
L
 
L
T
 
N
G
 
L
T
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
G
H
 
I
D
 
N
I
 
L
A
 
K
G
 
A
-
 
K
-
 
D
L
 
T
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
M
K
 
K
V
 
V
A
 
R
R
 
K
W
 
W
G
 
P
A
 
R
P
 
E
S
 
K
P
 
A
V
 
E
R
 
A
P
 
K
V
 
A
G
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
S
 
K
N
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
T
 
A
P
 
Y
A
 
P
G
 
D
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
S
M
 
V
L
 
M
L
 
K
R
 
Q
L
 
L
K
 
A
G
 
N
E
 
E
-
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
L
 
I
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
F
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
30% identity, 88% coverage: 15:220/234 of query aligns to 13:225/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
F
|
F
G
 
G
G
 
S
L
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
T
 
H
V
 
I
R
 
R
D
 
E
K
 
G
E
 
E
L
 
V
C
 
V
C
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
F
L
 
L
N
 
R
V
 
C
L
 
L
T
 
N
G
 
L
T
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
G
H
 
I
D
 
N
I
 
L
A
 
K
G
 
A
-
 
K
-
 
D
L
 
T
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
M
K
 
K
V
 
V
A
 
R
R
 
K
W
 
W
G
 
P
A
 
R
P
 
E
S
 
K
P
 
A
V
 
E
R
 
A
P
 
K
V
 
A
G
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
S
 
K
N
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
T
 
A
P
 
Y
A
 
P
G
 
D
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
S
M
 
V
L
 
M
L
 
K
R
 
Q
L
 
L
K
 
A
G
 
N
E
 
E
-
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
L
 
I
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
F
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
30% identity, 88% coverage: 15:220/234 of query aligns to 13:225/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
F
|
F
G
 
G
G
 
S
L
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
T
 
H
V
 
I
R
 
R
D
 
E
K
 
G
E
 
E
L
 
V
C
 
V
C
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
F
L
 
L
N
 
R
V
 
C
L
 
L
T
 
N
G
 
L
T
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
G
H
 
I
D
 
N
I
 
L
A
 
K
G
 
A
-
 
K
-
 
D
L
 
T
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
M
K
 
K
V
 
V
A
 
R
R
 
K
W
 
W
G
 
P
A
 
R
P
 
E
S
 
K
P
 
A
V
 
E
R
 
A
P
 
K
V
 
A
G
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
S
 
K
N
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
T
 
A
P
 
Y
A
 
P
G
 
D
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
S
M
 
V
L
 
M
L
 
K
R
 
Q
L
 
L
K
 
A
G
 
N
E
 
E
-
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
L
 
I
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
F
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
30% identity, 88% coverage: 15:220/234 of query aligns to 13:225/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
F
|
F
G
 
G
G
 
S
L
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
N
L
 
V
T
 
H
V
 
I
R
 
R
D
 
E
K
 
G
E
 
E
L
 
V
C
 
V
C
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
F
L
 
L
N
 
R
V
 
C
L
 
L
T
 
N
G
 
L
T
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
G
H
 
I
D
 
N
I
 
L
A
 
K
G
 
A
-
 
K
-
 
D
L
 
T
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
V
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
M
K
 
K
V
 
V
A
 
R
R
 
K
W
 
W
G
 
P
A
 
R
P
 
E
S
 
K
P
 
A
V
 
E
R
 
A
P
 
K
V
 
A
G
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
S
 
K
N
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
T
 
A
P
 
Y
A
 
P
G
 
D
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
S
M
 
V
L
 
M
L
 
K
R
 
Q
L
 
L
K
 
A
G
 
N
E
 
E
-
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
L
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
L
 
I
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
K
F
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
31% identity, 97% coverage: 6:231/234 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
|
L
H
|
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
x
P
Q
|
Q
I
 
E
P
x
A
S
|
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
S
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
x
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
x
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
x
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
31% identity, 97% coverage: 6:231/234 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
F
P
 
R
S
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
30% identity, 96% coverage: 6:230/234 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
G
 
A
I
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
R
 
N
D
 
S
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
L
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
H
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
H
 
H
R
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
I
F
|
F
P
x
R
S
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
M
V
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
W
 
L
G
 
S
A
 
A
P
 
E
S
 
Q
P
 
R
V
 
E
R
 
D
P
 
R
V
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
L
 
E
V
 
F
A
 
H
L
 
I
S
 
E
N
 
H
R
 
L
A
 
R
A
 
D
T
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
L
 
I
A
 
D
T
 
I
A
 
K
D
 
R
M
 
I
L
 
I
L
 
E
R
 
H
L
 
L
K
 
R
G
 
D
E
 
S
-
 
G
F
 
L
S
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
R
 
R
F
 
E
V
 
T
R
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
C
C
 
E
E
 
R
T
 
A
L
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
R
 
L
L
 
I
R
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
T
D
 
E
I
 
I
E
 
L
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
M
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
V
Y
 
Y

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
29% identity, 90% coverage: 6:215/234 of query aligns to 7:211/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
L
 
V
Q
 
K
A
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
G
 
T
I
 
K
R
 
R
F
|
F
G
 
G
G
 
N
L
x
F
Q
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
N
A
 
K
L
 
L
N
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
I
R
 
K
D
 
D
K
 
G
E
 
E
L
 
F
C
 
L
C
 
V
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
L
N
 
R
V
 
M
L
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
E
R
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
I
R
 
Y
F
 
F
L
 
G
G
 
D
H
 
R
D
 
D
I
 
V
A
 
T
G
 
Y
L
 
L
P
 
P
L
 
-
H
 
-
R
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
A
 
P
R
 
K
K
 
D
F
 
R
Q
 
N
I
 
I
P
 
S
S
 
M
V
 
V
F
 
F
P
 
Q
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
I
K
 
A
V
 
F
A
 
P
R
 
L
W
 
K
G
 
K
A
 
F
P
 
P
S
 
K
P
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
K
-
 
R
V
 
V
R
 
R
P
 
W
V
 
A
G
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
I
V
 
E
A
 
E
L
 
L
S
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
Y
A
 
-
T
 
-
P
 
P
A
 
A
G
 
-
E
 
Q
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
V
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
I
 
V
E
 
E
P
 
P
R
 
D
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
D
P
 
A
Q
 
K
E
 
L
T
 
R
L
 
V
A
 
A
T
 
M
A
 
R
D
 
A
M
 
E
L
 
I
L
 
K
R
 
K
L
 
L
K
 
Q
G
 
Q
E
 
K
F
 
L
S
 
K
I
 
V
-
 
T
-
 
T
V
 
I
A
 
Y
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
R
 
V
F
 
E
V
 
A
R
 
M
A
 
T
L
 
M
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
I
L
 
A
V
 
V
L
 
M
H
 
N
Q
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
L
L
 
L
R
 
Q
S
 
I
G
 
G

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 93% coverage: 5:222/234 of query aligns to 2:225/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
L
 
I
Q
 
R
A
 
I
E
 
R
N
 
N
V
 
L
G
 
H
I
 
K
R
 
W
F
|
F
G
 
G
G
 
P
L
 
L
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
H
L
 
L
T
 
E
V
 
V
R
 
A
D
 
P
K
 
G
E
 
E
L
 
K
C
 
L
C
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
L
L
 
I
N
 
R
V
 
T
L
 
I
T
 
N
G
 
R
T
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
Q
S
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
V
R
 
V
F
 
V
L
 
D
G
 
G
H
 
L
D
 
S
I
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
D
P
 
R
L
 
A
H
 
L
R
 
R
I
 
E
A
 
I
R
 
R
L
 
R
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
M
K
 
R
V
 
V
A
 
R
R
 
R
W
 
W
G
 
P
A
 
R
P
 
E
S
 
K
P
 
A
V
 
E
R
 
K
P
 
K
V
 
A
G
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
I
S
 
L
N
 
D
R
 
Q
A
 
A
A
 
R
T
 
K
P
 
Y
A
 
P
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
G
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
D
M
 
V
L
 
M
L
 
R
R
 
D
L
 
L
-
 
A
K
 
Q
G
 
G
E
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
A
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
V
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
L
 
V
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
R
F
 
P
H
 
E
D
 
E
I
 
I
E
 
F
T
 
T

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
32% identity, 80% coverage: 1:187/234 of query aligns to 1:188/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
M
 
M
S
 
E
D
 
D
I
 
I
L
 
I
L
 
V
Q
 
-
A
 
V
E
 
E
N
 
N
V
 
L
G
 
V
I
 
K
R
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
D
L
x
F
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
K
A
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
F
T
 
S
V
 
V
R
 
K
D
 
K
K
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
F
C
 
A
I
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
F
 
T
L
 
I
N
 
H
V
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
T
T
 
L
L
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
A
R
 
W
F
 
V
L
 
A
G
 
G
H
 
H
D
 
D
I
 
V
A
 
L
G
 
K
L
 
E
P
 
P
L
 
R
H
 
E
R
 
V
I
 
R
A
 
R
R
 
K
L
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
-
K
 
-
F
 
F
Q
 
Q
I
 
D
P
 
Q
S
 
S
V
 
L
F
 
D
P
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
A
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
M
-
 
Y
-
 
I
-
 
H
-
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
Y
R
 
G
W
 
Y
G
 
G
A
 
G
P
 
E
S
 
K
P
 
L
V
 
K
R
 
K
P
 
R
V
 
I
G
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
F
V
 
V
A
 
E
L
 
L
S
 
L
N
 
E
R
 
F
A
 
K
A
 
D
T
 
K
P
 
P
A
 
V
G
 
K
E
x
T
L
x
F
A
x
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
A
Q
 
R
W
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
S
L
 
L
A
 
I
I
 
H
E
 
E
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
I
G
 
G
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
H
E
 
T
T
 
R
L
 
A
A
 
H
T
 
M
A
 
W
D
 
E
M
 
Y
L
 
I
L
 
S
R
 
K
L
 
M
K
 
K
G
 
K
E
 
E
F
 
H
S
 
N
I
 
M
V
 
T

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 92% coverage: 5:220/234 of query aligns to 1:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
M
L
 
I
Q
 
F
A
 
V
E
 
N
N
 
D
V
 
V
G
 
Y
I
 
K
R
 
N
F
|
F
G
 
G
G
 
S
L
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
V
N
 
T
L
 
L
T
 
K
V
 
V
R
 
N
D
 
K
K
 
G
E
 
E
L
 
V
C
 
V
C
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
C
L
 
I
T
 
N
G
 
L
T
 
L
L
 
E
R
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
K
G
 
G
S
 
E
V
 
V
R
 
F
F
 
I
L
 
D
G
 
G
H
 
V
D
 
K
I
 
I
A
 
N
G
 
N
-
 
G
-
 
K
L
 
V
P
 
N
L
 
I
H
 
N
R
 
K
I
 
V
A
 
-
R
 
R
L
 
Q
G
 
K
I
 
V
A
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
P
 
F
S
 
N
V
 
L
F
 
F
P
 
P
S
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
E
 
I
D
 
E
N
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
V
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
K
R
 
K
W
 
M
G
 
N
A
 
K
P
 
K
S
 
E
P
 
A
V
 
E
R
 
E
P
 
L
V
 
A
G
 
V
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
A
L
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
S
 
L
N
 
D
R
 
K
A
 
K
A
 
D
T
 
Q
P
 
Y
A
 
P
G
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
W
 
R
L
 
L
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
E
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
L
 
K
A
 
E
T
 
V
A
 
L
D
 
N
M
 
V
L
 
M
L
 
K
R
 
Q
L
 
L
K
 
A
G
 
N
E
 
E
-
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
V
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
E
I
 
M
R
 
G
F
 
F
V
 
A
R
 
R
A
 
E
L
 
V
N
 
G
C
 
D
E
 
R
T
 
V
L
 
I
V
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
R
 
I
L
 
V
R
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
T
F
 
P
H
 
E
D
 
E
I
 
I

2pclA Crystal structure of abc transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus vf5
33% identity, 88% coverage: 5:210/234 of query aligns to 3:215/223 of 2pclA

query
sites
2pclA
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
G
 
K
I
 
K
R
 
V
F
 
I
G
 
R
G
 
G
L
 
Y
Q
 
E
A
 
I
L
 
L
E
 
K
A
 
G
L
 
I
N
 
S
L
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
K
D
 
K
K
 
G
E
 
E
L
 
F
C
 
V
C
 
S
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
Y
V
 
I
L
 
L
T
 
G
G
 
L
T
 
L
L
 
D
R
 
A
P
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
K
V
 
V
R
 
F
F
 
L
L
 
E
G
 
G
H
 
K
D
 
E
I
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
N
-
 
E
A
 
K
G
 
E
L
 
L
P
 
S
L
 
L
H
 
L
R
 
R
I
 
N
A
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
F
A
 
V
R
 
-
K
 
-
F
 
F
Q
 
Q
I
 
F
P
 
H
S
 
Y
V
 
L
F
 
I
P
 
P
S
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
A
E
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
K
 
I
V
 
V
A
 
P
R
 
M
W
 
L
G
 
K
A
 
M
P
 
G
S
 
K
P
 
P
V
 
K
R
 
K
P
 
E
V
 
A
G
 
K
E
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
S
L
 
E
V
 
L
A
 
G
L
 
L
S
 
G
N
 
D
R
 
K
A
 
L
A
 
S
T
 
R
P
 
K
A
 
P
G
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
N
E
 
E
P
 
P
R
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
F
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
|
P
T
|
T
A
 
G
G
 
N
M
 
L
T
 
D
P
 
S
Q
 
A
E
 
N
T
 
T
L
 
K
A
 
R
T
 
V
A
 
M
D
 
D
M
 
I
L
 
F
L
 
L
R
 
K
L
 
I
-
 
N
K
 
E
G
 
G
E
 
G
F
 
T
S
 
S
I
 
I
V
 
V
A
 
M
V
 
V
E
x
T
H
 
H
D
 
E
I
 
-
R
 
R
F
 
E
V
 
L
R
 
A
A
 
E
L
 
L
N
 
T
C
 
H
E
 
R
T
 
T
L
 
L
V
 
E
L
 
M
H
 
K
Q
 
D
G
 
G
R
 
K

Query Sequence

>WP_013532995.1 NCBI__GCF_000185905.1:WP_013532995.1
MSDILLQAENVGIRFGGLQALEALNLTVRDKELCCIIGPNGAGKSTFLNVLTGTLRPTSG
SVRFLGHDIAGLPLHRIARLGIARKFQIPSVFPSLSVEDNVKVARWGAPSPVRPVGELLE
LVALSNRAATPAGELAHGQKQWLEIGMALAIEPRLLLLDEPTAGMTPQETLATADMLLRL
KGEFSIVAVEHDIRFVRALNCETLVLHQGRRLRSGPFHDIETDEMVRDVYLGRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory