SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013537413.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537413.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1nsjA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase from thermotoga maritima (see paper)
48% identity, 98% coverage: 1:206/210 of query aligns to 2:203/205 of 1nsjA

query
sites
1nsjA
M
 
V
K
 
R
V
 
V
K
 
K
V
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
T
 
T
N
 
N
L
 
L
T
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
F
A
 
S
V
 
V
G
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
I
 
F
Y
 
Y
K
 
P
G
 
K
S
 
S
K
 
K
R
 
R
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
A
 
P
K
 
E
E
 
D
V
 
A
R
 
R
S
 
R
I
 
I
T
 
S
A
 
V
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
V
T
 
F
K
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
N
 
N
E
 
E
D
 
E
P
 
P
R
 
E
S
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
D
I
 
V
L
 
A
S
 
S
Y
 
Y
A
 
V
H
 
Q
L
 
L
D
 
N
F
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
E
E
 
E
T
 
P
P
 
I
E
 
E
D
 
L
C
 
C
D
 
R
Y
 
K
V
 
I
G
 
A
P
 
E
N
 
R
-
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
F
 
V
R
 
G
F
 
V
R
 
S
S
 
N
K
 
E
E
 
R
E
 
D
I
 
M
S
 
E
A
 
R
V
 
A
E
 
L
P
 
N
Y
 
Y
I
 
-
G
 
-
K
 
R
V
 
E
R
 
F
A
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
|
D
T
 
T
Y
 
-
D
 
K
T
 
T
K
 
P
V
 
E
Y
 
Y
G
|
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
K
 
K
P
 
T
F
 
F
N
 
D
W
 
W
E
 
S
I
 
L
A
 
I
V
 
L
A
 
P
V
 
Y
K
 
R
E
 
D
R
 
R
Y
 
F
P
 
R
E
 
Y
L
 
-
P
 
-
L
 
L
I
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
L
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
R
D
 
S
A
 
A
V
 
I
E
 
D
T
 
V
V
 
V
N
 
R
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
D
 
D
V
|
V
C
x
S
S
|
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E
L
 
A
S
 
F
P
 
P
G
 
G
R
 
K
K
 
K
D
 
D
P
 
H
G
 
D
K
 
S
V
 
I
E
 
K
E
 
M
F
 
F
I
 
I
R
 
K
R
 
N
A
 
A
K
 
K

1lbmA Crystal structure of phosphoribosyl anthranilate isomerase (prai) in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5- phosphate (rcdrp) (see paper)
45% identity, 98% coverage: 1:206/210 of query aligns to 2:192/194 of 1lbmA

query
sites
1lbmA
M
 
V
K
 
R
V
 
V
K
 
K
V
 
I
C
|
C
G
 
G
I
 
I
T
 
T
N
 
N
L
 
L
T
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
F
A
 
S
V
 
V
G
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
I
 
F
Y
 
Y
K
 
P
G
 
K
S
|
S
K
 
K
R
|
R
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
A
 
P
K
 
E
E
 
D
V
 
A
R
 
R
S
 
R
I
 
I
T
 
S
A
 
V
Q
 
E
L
 
L
P
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
V
T
 
F
K
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
N
 
N
E
 
E
D
 
E
P
 
P
R
 
E
S
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
D
I
 
V
L
 
A
S
 
S
Y
 
Y
A
 
V
H
 
Q
L
 
L
D
 
N
F
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
|
H
G
 
G
D
 
E
E
 
E
T
 
P
P
 
I
E
 
E
D
 
L
C
 
C
D
 
R
Y
 
K
V
 
I
G
 
A
P
 
E
N
 
R
-
 
I
R
 
L
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
A
F
 
V
R
 
G
F
 
V
R
 
S
S
 
N
K
 
E
E
 
R
E
 
D
I
 
M
S
 
E
A
 
R
V
 
A
E
 
L
P
 
N
Y
 
Y
I
 
-
G
 
-
K
 
R
V
 
E
R
 
F
A
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
|
D
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
T
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
K
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
-
W
 
W
E
 
S
I
 
L
A
 
I
V
 
L
A
 
P
V
 
Y
K
 
R
E
 
D
R
 
R
Y
 
F
P
 
R
E
 
Y
L
 
-
P
 
-
L
 
L
I
 
V
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
L
 
L
N
 
N
P
 
P
L
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
R
D
 
S
A
 
A
V
 
I
E
 
D
T
 
V
V
 
V
N
 
R
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
D
|
D
V
 
V
C
x
S
S
|
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E
L
 
A
S
 
F
P
 
P
G
 
G
R
 
K
K
 
K
D
 
D
P
 
H
G
 
D
K
 
S
V
 
I
E
 
K
E
 
M
F
 
F
I
 
I
R
 
K
R
 
N
A
 
A
K
 
K

1piiA Three-dimensional structure of the bifunctional enzyme phosphoribosylanthranilate isomerase: indoleglycerolphosphate synthase from escherichia coli refined at 2.0 angstroms resolution (see paper)
29% identity, 91% coverage: 4:194/210 of query aligns to 258:438/452 of 1piiA

query
sites
1piiA
K
 
K
V
 
V
C
|
C
G
 
G
I
 
L
T
 
T
N
 
R
L
 
G
T
 
Q
D
 
D
A
 
A
L
 
K
S
 
A
A
 
A
V
 
Y
G
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
I
A
 
Y
V
 
G
G
 
G
F
 
L
I
 
I
I
 
F
Y
 
V
K
 
A
G
 
T
S
 
S
K
 
P
R
 
R
Y
 
C
V
 
V
S
 
N
A
 
V
K
 
E
E
 
Q
V
 
A
R
 
Q
S
 
E
I
 
V
T
 
M
A
 
A
Q
 
A
L
 
A
P
 
P
P
 
-
F
 
-
V
 
L
T
 
Q
K
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
R
N
 
N
E
 
H
D
 
D
P
 
I
R
 
A
S
 
D
I
 
V
L
 
V
E
 
D
I
 
K
L
 
A
S
 
K
Y
 
V
A
 
L
H
 
S
L
 
L
D
 
A
F
 
A
A
 
V
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
E
P
 
Q
E
 
L
D
 
Y
C
 
I
D
 
D
-
 
T
-
 
L
-
 
R
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
A
Y
 
H
V
 
V
G
 
A
P
 
I
N
 
W
R
 
K
V
 
A
I
 
L
K
 
S
V
 
V
F
 
G
R
 
E
F
 
T
R
 
L
S
 
P
K
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
F
S
 
Q
A
 
H
V
 
V
E
 
D
P
 
K
Y
 
Y
I
 
V
G
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
L
D
|
D
T
 
N
Y
 
G
D
 
Q
T
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
|
G
K
 
Q
P
 
R
F
 
F
N
 
D
W
 
W
E
 
S
I
 
L
A
 
L
V
 
N
A
 
G
V
 
Q
K
 
S
E
 
L
R
 
G
Y
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
N
L
 
V
I
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
G
|
G
L
 
L
N
 
G
P
 
A
L
 
D
N
 
N
V
 
C
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
Q
T
 
T
V
 
-
N
 
G
P
 
C
Y
 
A
A
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
F
C
x
N
S
|
S
G
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
S
S
 
Q
P
 
P
G
 
G
R
 
I
K
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_013537413.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537413.1
MKVKVCGITNLTDALSAVGSGADAVGFIIYKGSKRYVSAKEVRSITAQLPPFVTKVGVFV
NEDPRSILEILSYAHLDFAQLHGDETPEDCDYVGPNRVIKVFRFRSKEEISAVEPYIGKV
RAILLDTYDTKVYGGTGKPFNWEIAVAVKERYPELPLILSGGLNPLNVVDAVETVNPYAV
DVCSGVELSPGRKDPGKVEEFIRRAKCSCK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory