SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013537761.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537761.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A8N5 Lysine--tRNA ligase, heat inducible; Lysyl-tRNA synthetase; LysRS; EC 6.1.1.6 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
50% identity, 96% coverage: 12:506/517 of query aligns to 19:505/505 of P0A8N5

query
sites
P0A8N5
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
|
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
|
K
W
 
F
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
 
E
W
 
L
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
G
N
 
N
A
 
G
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
Q
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1bbuA Lysyl-tRNA synthetase (lyss) complexed with lysine (see paper)
50% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:486/486 of 1bbuA

query
sites
1bbuA
V
 
L
E
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
N
L
 
L
K
 
R
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
A
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
D
E
 
G
R
 
K
E
 
E
G
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
L
P
 
E
S
 
A
Q
 
L
-
 
N
-
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
D
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
E
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
A
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
S
N
 
N
P
 
D
E
 
E
V
 
S
R
 
R
E
 
N
V
 
T
F
 
F
R
 
K
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
K
 
S
A
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
N
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
K
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
D
L
 
I
Y
 
L
G
 
G
P
 
K
G
 
-
V
 
-
R
 
T
E
 
E
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
D
T
 
V
K
 
T
I
 
L
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
H
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
L
Q
 
D
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
D
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e24A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and atp and mn2+ (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e24A

query
sites
1e24A
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e22A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and the non-hydrolysable atp analogue amp-pcp (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e22A

query
sites
1e22A
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e1tA Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with the lysyl_adenylate intermediate (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e1tA

query
sites
1e1tA
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

3e9iA Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with l-lysine hydroxamate-amp (see paper)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3e9iA

query
sites
3e9iA
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

3e9hA Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with l-lysylsulfamoyl adenosine (see paper)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3e9hA

query
sites
3e9hA
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
|
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

3a74A Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3a74A

query
sites
3a74A
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
|
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
|
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

5yzxA Crystal structure of e.Coli lysu t146d mutant
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 7:484/484 of 5yzxA

query
sites
5yzxA
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
D
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
 
E
W
 
L
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
x
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R