SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013537761.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537761.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A8N5 Lysine--tRNA ligase, heat inducible; Lysyl-tRNA synthetase; LysRS; EC 6.1.1.6 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
50% identity, 96% coverage: 12:506/517 of query aligns to 19:505/505 of P0A8N5

query
sites
P0A8N5
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
|
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
|
K
W
 
F
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
 
E
W
 
L
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
G
N
 
N
A
 
G
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
Q
R
 
K

Sites not aligning to the query:

1bbuA Lysyl-tRNA synthetase (lyss) complexed with lysine (see paper)
50% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:486/486 of 1bbuA

query
sites
1bbuA
V
 
L
E
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
N
L
 
L
K
 
R
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
A
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
D
E
 
G
R
 
K
E
 
E
G
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
L
P
 
E
S
 
A
Q
 
L
-
 
N
-
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
D
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
E
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
A
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
S
N
 
N
P
 
D
E
 
E
V
 
S
R
 
R
E
 
N
V
 
T
F
 
F
R
 
K
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
Q
V
 
I
I
 
L
K
 
S
A
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
N
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
K
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
D
L
 
I
Y
 
L
G
 
G
P
 
K
G
 
-
V
 
-
R
 
T
E
 
E
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
D
T
 
V
K
 
T
I
 
L
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
H
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
L
Q
 
D
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
D
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e24A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and atp and mn2+ (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e24A

query
sites
1e24A
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e22A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and the non-hydrolysable atp analogue amp-pcp (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e22A

query
sites
1e22A
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e1tA Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with the lysyl_adenylate intermediate (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:485/485 of 1e1tA

query
sites
1e1tA
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

3e9iA Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with l-lysine hydroxamate-amp (see paper)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3e9iA

query
sites
3e9iA
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

3e9hA Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with l-lysylsulfamoyl adenosine (see paper)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3e9hA

query
sites
3e9hA
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
|
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

3a74A Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
51% identity, 95% coverage: 15:503/517 of query aligns to 9:483/484 of 3a74A

query
sites
3a74A
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
K
L
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
D
P
 
P
Y
 
F
A
 
G
Y
 
K
K
 
R
F
 
F
D
 
E
V
 
R
N
 
T
A
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
F
A
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
G
R
 
D
V
 
L
K
 
-
S
 
S
Q
 
K
E
 
E
E
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
E
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
S
 
T
M
 
K
R
 
R
V
 
G
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
G
F
 
F
F
 
A
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
Y
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
D
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
N
 
-
K
 
E
V
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
-
L
 
I
I
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
M
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
V
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
K
V
 
V
K
 
S
E
 
S
L
 
Y
T
 
E
P
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
K
 
K
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
I
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
K
E
 
K
V
 
T
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
I
 
M
R
 
R
E
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
S
R
 
H
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
A
I
 
V
A
 
A
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
T
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
I
E
|
E
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
V
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
L
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
N
L
 
L
F
 
I
E
 
A
F
 
H
L
 
I
L
 
A
D
 
T
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
L
I
 
V
S
 
D
F
 
L
K
 
T
R
 
P
P
 
E
F
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Y
 
M
L
 
V
E
 
D
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
E
K
 
Y
T
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
D
P
 
F
D
 
W
E
 
R
L
 
Q
L
 
M
H
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
K
 
-
V
 
A
L
 
R
Q
 
E
K
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
H
E
 
G
I
 
V
E
 
E
N
 
V
A
 
A
E
 
P
K
 
H
L
 
M
S
 
T
H
 
F
F
 
G
K
 
H
R
 
I
V
 
V
Q
 
N
E
 
E
L
 
F
F
 
F
E
|
E
K
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
|
E
P
 
D
E
 
K
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
Y
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
N
R
 
P
G
 
D
N
 
D
P
 
P
E
 
R
L
 
F
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
H
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
x
F
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
E
K
 
R
A
 
E
R
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
H
E
 
E
Y
 
M
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
F
V
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
V
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
P
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R

5yzxA Crystal structure of e.Coli lysu t146d mutant
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 7:484/484 of 5yzxA

query
sites
5yzxA
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
D
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
 
E
W
 
L
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
x
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

1e1oA Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form, complexed with lysine (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:504/517 of query aligns to 8:484/484 of 1e1oA

query
sites
1e1oA
V
 
L
E
 
R
Q
 
N
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
A
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
E
 
-
P
 
A
Y
 
F
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
D
A
 
H
K
 
T
A
 
S
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
I
 
H
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
D
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
E
 
N
R
 
Q
E
 
E
G
 
L
E
 
E
E
 
S
L
 
L
P
 
-
S
 
N
Q
 
I
E
 
E
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
T
M
 
R
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
V
H
 
T
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
E
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
Y
I
 
V
R
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
S
V
 
L
G
 
P
E
 
E
E
 
G
F
 
V
Y
 
Y
N
 
N
K
 
D
V
 
Q
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
T
 
T
R
 
Q
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
H
V
 
C
K
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
A
N
 
N
P
 
D
E
 
K
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
V
T
 
V
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
L
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
M
D
 
V
S
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
Q
P
 
V
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
-
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
F
 
T
L
 
L
L
 
A
D
 
Q
R
 
E
L
 
V
Y
 
L
G
 
G
P
 
-
G
 
-
V
 
T
R
 
T
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
Q
 
G
G
 
E
T
 
H
K
 
V
I
 
F
S
 
D
F
 
F
K
 
G
R
 
K
P
 
P
F
 
F
R
 
E
R
 
K
I
 
L
S
 
T
Y
 
M
L
 
R
E
 
E
E
 
A
L
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
Y
T
 
R
G
 
P
L
 
E
T
 
T
P
 
D
D
 
M
E
 
A
L
 
D
L
 
L
H
 
D
N
 
N
E
 
F
E
 
D
K
 
A
V
 
A
L
 
K
Q
 
A
K
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
G
I
 
I
E
 
T
N
 
V
A
 
E
E
 
K
K
 
S
L
 
W
S
 
G
H
 
L
F
 
G
K
 
R
R
 
I
V
 
V
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
D
K
 
E
L
 
V
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
K
 
A
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
R
K
 
N
R
 
D
G
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
G
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
A
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
N
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
D
 
D
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
N
K
 
S
D
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
R
P
 
P

4ex5A Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase lysrs from burkholderia thailandensis bound to lysine (see paper)
49% identity, 96% coverage: 8:503/517 of query aligns to 1:485/486 of 4ex5A

query
sites
4ex5A
E
 
E
H
 
N
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
A
Q
 
E
R
 
R
K
 
R
E
 
D
K
 
K
V
 
L
E
 
R
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
D
L
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
A
P
 
-
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
Q
V
 
P
N
 
T
A
 
H
K
 
H
A
 
A
G
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
Q
A
 
T
R
 
A
F
 
Y
G
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
S
 
A
Q
 
D
E
 
A
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
A
E
 
L
E
 
E
L
 
A
P
 
K
S
 
S
Q
 
L
E
 
E
F
 
V
S
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
M
V
 
M
S
 
L
M
 
K
R
 
R
V
 
V
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
A
H
 
T
I
 
V
Q
 
Q
D
 
D
E
 
G
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
C
 
F
Y
 
F
I
 
V
R
 
T
R
 
P
D
 
A
T
 
D
V
 
V
G
 
G
E
 
A
E
 
E
F
 
T
Y
 
Y
N
 
D
K
 
-
V
 
A
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
A
V
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
V
L
 
L
F
 
F
R
 
R
T
 
T
R
 
N
T
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
V
E
 
K
V
 
C
K
 
T
E
 
Q
L
 
L
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
N
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
T
R
 
R
E
 
T
V
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
A
R
 
R
T
 
T
E
 
K
V
 
A
I
 
I
K
 
A
A
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
K
F
 
F
L
 
M
D
 
G
S
 
D
R
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
L
Q
 
H
P
 
P
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
V
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
E
V
 
M
Y
 
F
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
V
S
 
S
T
 
P
R
|
R
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
T
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
R
D
 
W
L
 
L
M
 
M
E
 
D
M
 
F
T
 
T
E
 
E
E
 
R
L
 
L
F
 
I
-
 
R
E
 
Q
F
 
A
L
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
A
L
 
L
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
G
V
 
T
R
 
A
E
 
T
I
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
T
 
R
K
 
E
I
 
L
S
 
D
F
 
L
K
 
A
R
 
Q
P
 
P
F
 
F
R
 
H
R
 
R
I
 
L
S
 
T
Y
 
I
L
 
T
E
 
Q
E
 
A
L
 
I
S
 
Q
K
 
K
K
 
Y
T
 
A
G
 
P
L
 
S
T
 
Y
P
 
T
D
 
D
E
 
G
L
 
Q
L
 
L
H
 
S
N
 
D
E
 
D
E
 
A
K
 
F
V
 
L
L
 
R
Q
 
S
K
 
E
A
 
L
K
 
K
E
 
R
L
 
L
E
 
G
I
 
V
E
 
D
N
 
V
A
 
T
E
 
Q
K
 
P
L
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
N
S
 
A
H
 
G
F
 
I
K
 
G
R
 
A
V
 
L
Q
 
Q
-
 
L
E
 
A
L
 
L
F
 
F
E
 
E
K
 
E
L
 
T
V
 
A
E
 
E
P
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
W
Q
 
E
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
I
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
K
 
I
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
E
K
 
S
R
 
D
G
 
T
N
 
V
P
 
A
E
 
G
L
 
I
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
T
G
 
G
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
A
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
R
 
R
F
 
F
K
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
E
E
 
Q
K
 
K
A
 
D
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
T
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
|
G
E
 
C
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
P
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
H
L
 
L
R
 
R

6wbdB Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase from stenotrophomonas maltophilia with bound l-lysine
48% identity, 96% coverage: 8:504/517 of query aligns to 2:485/485 of 6wbdB

query
sites
6wbdB
E
 
E
H
 
N
K
 
K
I
 
L
V
 
I
E
 
A
Q
 
E
R
 
R
K
 
R
E
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
K
K
 
A
L
 
L
K
 
R
E
 
G
L
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
-
P
 
A
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
N
K
 
D
F
 
F
D
 
R
V
 
R
N
 
E
A
 
D
K
 
F
A
 
A
G
 
G
E
 
R
L
 
L
I
 
Q
A
 
E
R
 
E
F
 
F
G
 
A
R
 
D
V
 
A
K
 
E
S
 
T
Q
 
W
E
 
T
E
 
A
R
 
-
E
 
E
G
 
A
E
 
L
E
 
E
L
 
G
P
 
N
S
 
G
Q
 
R
E
 
Q
F
 
V
S
 
K
L
 
M
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
M
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
I
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
A
 
S
F
 
F
F
 
A
H
 
Q
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
E
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
C
 
L
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
R
 
G
D
 
A
T
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
D
E
 
A
F
 
Y
Y
 
-
N
 
-
K
 
T
V
 
A
F
 
F
K
 
K
R
 
G
L
 
W
I
 
-
D
 
D
I
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
A
V
 
V
K
 
E
G
 
G
T
 
G
L
 
L
F
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
V
E
 
K
V
 
A
K
 
E
E
 
S
L
 
I
T
 
R
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
D
 
D
T
 
V
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
N
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
R
E
 
A
V
 
V
F
 
F
R
 
I
T
 
K
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
R
A
 
A
I
 
M
R
 
R
E
 
A
F
 
W
L
 
L
D
 
D
S
 
N
R
 
R
G
 
D
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
H
P
 
Y
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
T
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
D
 
D
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
V
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
L
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
R
N
 
N
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
R
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
W
 
L
Y
|
Y
M
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
T
Y
 
Y
Y
 
N
D
 
E
L
 
I
M
 
M
E
 
D
M
 
L
T
 
T
E
 
E
E
 
G
L
 
V
F
 
I
E
 
R
F
 
D
L
 
V
L
 
A
D
 
K
R
 
A
L
 
V
Y
 
N
G
 
G
P
 
G
G
 
-
V
 
-
R
 
T
E
 
E
I
 
V
E
 
E
Y
 
W
Q
 
D
G
 
G
T
 
A
K
 
K
I
 
I
S
 
D
F
 
L
K
 
G
R
 
P
P
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
I
 
W
S
 
R
Y
 
M
L
 
D
E
 
E
E
 
A
L
 
V
S
 
R
K
 
H
K
 
H
T
 
N
G
 
P
L
 
E
T
 
I
P
 
S
D
 
A
E
 
A
L
 
D
L
 
C
H
 
T
N
 
D
E
 
R
E
 
D
K
 
A
V
 
L
L
 
L
Q
 
R
K
 
H
A
 
C
K
 
E
E
 
R
L
 
L
E
 
K
I
 
I
E
 
R
N
 
V
A
 
K
E
 
P
K
 
S
L
 
Y
S
 
G
H
 
W
F
 
G
K
 
K
R
 
L
V
 
L
Q
 
L
E
 
E
L
 
I
F
 
F
E
 
E
K
 
A
L
 
T
V
 
V
E
 
E
P
 
H
E
 
T
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
T
D
 
D
F
 
H
P
 
P
K
 
V
A
 
E
I
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
A
K
 
N
R
 
D
G
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
G
L
 
Y
V
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
V
Y
 
N
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
L
A
 
A
N
|
N
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
R
 
R
F
 
F
K
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
E
R
 
G
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
H
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
T
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
T
D
 
G
K
 
S
D
 
S
S
 
S
I
 
I
R
 
R
E
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
Y
L
 
M
R
 
R
P
 
P

4up7A Crystal structure of entamoeba histolytica lysyl-tRNA synthetase in complex with lysyl-adenylate (see paper)
46% identity, 98% coverage: 7:511/517 of query aligns to 8:514/529 of 4up7A

query
sites
4up7A
L
 
L
E
 
S
H
 
K
K
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
L
Q
 
N
R
 
R
K
 
C
E
 
K
K
 
D
V
 
V
E
 
E
K
 
E
L
 
Y
K
 
Q
E
 
K
L
 
A
G
 
G
Y
 
H
E
 
N
P
 
P
Y
 
W
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
N
V
 
V
N
 
S
A
 
I
K
 
T
A
 
V
G
 
P
E
 
E
L
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
G
V
 
L
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
G
 
K
E
 
S
E
 
Q
L
 
V
P
 
S
S
 
D
Q
 
D
E
 
I
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
L
S
 
S
M
 
K
R
 
R
V
 
S
M
 
S
G
 
S
K
 
S
A
 
A
-
 
L
A
 
M
F
 
F
F
 
I
H
 
D
I
 
L
Q
 
H
D
 
D
E
 
S
S
 
Q
G
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
M
I
 
L
R
 
N
R
 
K
D
 
S
T
 
A
V
 
Y
-
 
E
-
 
N
G
 
K
E
 
E
E
 
D
F
 
F
Y
 
V
N
 
S
K
 
-
V
 
-
F
 
L
K
 
T
R
 
K
L
 
M
I
 
I
D
 
Y
I
 
R
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
C
G
 
G
V
 
F
K
 
T
G
 
G
T
 
H
L
 
P
F
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
L
E
 
I
V
 
P
K
 
I
E
 
S
L
 
G
T
 
M
P
 
I
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
S
K
 
M
W
 
H
H
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
F
R
 
R
Q
 
K
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
V
E
 
K
V
 
N
F
 
F
R
 
V
T
 
L
R
 
R
T
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
D
R
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
Q
 
N
P
 
T
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
T
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
Q
V
 
M
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
N
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
L
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
Q
R
x
T
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
N
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
M
T
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
L
E
 
G
F
 
N
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
D
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
G
G
 
S
V
 
T
R
 
K
-
 
L
E
 
E
I
 
I
E
 
K
Y
 
F
Q
 
V
G
 
T
T
 
E
K
 
K
-
 
K
-
 
M
-
 
V
I
 
L
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
A
P
 
P
F
 
F
R
 
K
R
 
R
I
 
I
S
 
S
Y
 
Y
L
 
V
E
 
H
E
 
A
L
 
L
S
 
E
K
 
E
K
 
K
T
 
F
G
 
G
L
 
E
T
 
K
P
 
I
D
 
P
E
 
R
L
 
P
L
 
L
H
 
D
N
 
G
E
 
P
E
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
K
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
K
 
I
E
 
R
L
 
F
E
 
N
I
 
A
E
 
I
N
 
C
A
 
A
E
 
E
K
 
P
L
 
Q
S
 
T
H
 
T
F
 
A
K
 
R
R
 
V
V
 
M
Q
 
D
E
 
K
L
 
L
F
 
F
E
 
G
K
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
E
P
 
V
E
 
D
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
V
V
 
C
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
K
 
Q
A
 
L
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
Y
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
E
P
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
L
G
 
K
R
 
R
E
|
E
V
x
I
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
|
Y
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
N
P
 
P
E
 
I
E
 
V
Q
 
Q
A
 
R
R
 
S
R
 
N
F
 
F
K
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
Q
E
 
L
Y
 
V
D
 
D
A
 
E
D
 
V
F
 
F
V
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
Y
 
H
G
 
A
M
 
F
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
|
G
E
 
W
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
A
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
A
D
 
D
K
 
V
D
 
D
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
D
R
 
E
E
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K

4up9A Crystal structure of entamoeba histolytica lysyl-tRNA synthetase in complex with atp (see paper)
45% identity, 98% coverage: 7:511/517 of query aligns to 5:499/514 of 4up9A

query
sites
4up9A
L
 
L
E
 
S
H
 
K
K
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
L
Q
 
N
R
 
R
K
 
C
E
 
K
K
 
D
V
 
V
E
 
E
K
 
E
L
 
Y
K
 
Q
E
 
K
L
 
A
G
 
G
Y
 
H
E
 
N
P
 
P
Y
 
W
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
N
V
 
V
N
 
S
A
 
I
K
 
T
A
 
V
G
 
P
E
 
E
L
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
G
V
 
L
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
G
 
K
E
 
S
E
 
Q
L
 
V
P
 
S
S
 
D
Q
 
D
E
 
I
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
L
S
 
S
M
 
K
R
 
R
V
 
S
M
 
S
G
 
S
K
 
S
A
 
A
-
 
L
A
 
M
F
 
F
F
 
I
H
 
D
I
 
L
Q
 
H
D
 
D
E
 
S
S
 
Q
G
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
M
I
 
L
R
 
N
R
 
K
D
 
S
T
 
A
V
 
Y
-
 
E
-
 
N
G
 
K
E
 
E
E
 
D
F
 
F
Y
 
V
N
 
S
K
 
-
V
 
-
F
 
L
K
 
T
R
 
K
L
 
M
I
 
I
D
 
Y
I
 
R
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
C
G
 
G
V
 
F
K
 
T
G
 
G
T
 
H
L
 
P
F
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
L
E
 
I
V
 
P
K
 
I
E
 
S
L
 
G
T
 
M
P
 
I
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
S
K
 
M
W
 
H
H
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
F
R
 
R
Q
 
K
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
V
E
 
K
V
 
N
F
 
F
R
 
V
T
 
L
R
 
R
T
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
D
R
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
Q
 
N
P
 
T
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
T
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
Q
V
 
M
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
N
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
L
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
Q
R
x
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
 
E
W
 
F
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
N
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
M
T
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
L
E
 
G
F
 
N
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
D
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
-
G
 
G
V
 
S
R
 
T
E
 
K
I
 
L
E
 
E
Y
 
I
Q
 
K
G
 
K
T
 
M
K
 
V
I
 
L
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
A
P
 
P
F
 
F
R
 
K
R
 
R
I
 
I
S
 
S
Y
 
Y
L
 
V
E
 
H
E
 
A
L
 
L
S
 
E
K
 
E
K
 
K
T
 
F
G
 
G
L
 
E
T
 
K
P
 
I
D
 
P
E
 
R
L
 
P
L
 
L
H
 
D
N
 
G
E
 
P
E
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
K
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
K
 
I
E
 
R
L
 
F
E
 
N
I
 
A
E
 
I
N
 
C
A
 
A
E
 
E
K
 
P
L
 
Q
S
 
T
H
 
T
F
 
A
K
 
R
R
 
V
V
 
M
Q
 
D
E
 
K
L
 
L
F
 
F
E
 
G
K
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
E
P
 
V
E
 
D
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
V
V
 
C
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
K
 
Q
A
 
L
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
Y
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
E
P
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
L
G
 
K
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
 
Y
S
 
T
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
N
P
 
P
E
 
I
E
 
V
Q
 
Q
A
 
R
R
 
S
R
 
N
F
 
F
K
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
V
D
 
D
E
 
E
E
 
V
A
 
-
M
 
-
E
 
-
Y
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
F
V
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
Y
 
H
G
 
A
M
 
F
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
W
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
A
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
A
D
 
D
K
 
V
D
 
D
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
D
R
 
E
E
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K

4upaA Crystal structure of entamoeba histolytica lysyl-tRNA synthetase in complex with amppnp (see paper)
45% identity, 98% coverage: 7:511/517 of query aligns to 5:500/515 of 4upaA

query
sites
4upaA
L
 
L
E
 
S
H
 
K
K
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
L
Q
 
N
R
 
R
K
 
C
E
 
K
K
 
D
V
 
V
E
 
E
K
 
E
L
 
Y
K
 
Q
E
 
K
L
 
A
G
 
G
Y
 
H
E
 
N
P
 
P
Y
 
W
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
N
V
 
V
N
 
S
A
 
I
K
 
T
A
 
V
G
 
P
E
 
E
L
 
F
I
 
I
A
 
A
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
G
V
 
L
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
G
 
K
E
 
S
E
 
Q
L
 
V
P
 
S
S
 
D
Q
 
D
E
 
I
F
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
L
S
 
S
M
 
K
R
 
R
V
 
S
M
 
S
G
 
S
K
 
S
A
 
A
-
 
L
A
 
M
F
 
F
F
 
I
H
 
D
I
 
L
Q
 
H
D
 
D
E
 
S
S
 
Q
G
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
I
Y
 
M
I
 
L
R
 
N
R
 
K
D
 
S
T
 
A
V
 
Y
-
 
E
-
 
N
G
 
K
E
 
E
E
 
D
F
 
F
Y
 
V
N
 
S
K
 
-
V
 
-
F
 
L
K
 
T
R
 
K
L
 
M
I
 
I
D
 
Y
I
 
R
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
C
G
 
G
V
 
F
K
 
T
G
 
G
T
 
H
L
 
P
F
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
L
E
 
I
V
 
P
K
 
I
E
 
S
L
 
G
T
 
M
P
 
I
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
S
K
 
M
W
 
H
H
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
F
R
 
R
Q
 
K
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
E
 
E
V
 
S
R
 
V
E
 
K
V
 
N
F
 
F
R
 
V
T
 
L
R
 
R
T
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
S
 
D
R
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
Q
 
N
P
 
T
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
T
A
 
A
K
 
R
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
Q
V
 
M
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
N
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
L
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
Q
R
x
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
 
E
W
 
F
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
N
D
 
D
L
 
I
M
 
M
E
 
K
M
 
M
T
 
T
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
L
E
 
G
F
 
N
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
D
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
-
G
 
G
V
 
S
R
 
T
E
 
K
I
 
L
E
 
E
Y
 
I
Q
 
K
G
 
K
T
 
K
K
 
M
I
 
V
-
 
L
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
A
P
 
P
F
 
F
R
 
K
R
 
R
I
 
I
S
 
S
Y
 
Y
L
 
V
E
 
H
E
 
A
L
 
L
S
 
E
K
 
E
K
 
K
T
 
F
G
 
G
L
 
E
T
 
K
P
 
I
D
 
P
E
 
R
L
 
P
L
 
L
H
 
D
N
 
G
E
 
P
E
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
K
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
K
 
I
E
 
R
L
 
F
E
 
N
I
 
A
E
 
I
N
 
C
A
 
A
E
 
E
K
 
P
L
 
Q
S
 
T
H
 
T
F
 
A
K
 
R
R
 
V
V
 
M
Q
 
D
E
 
K
L
 
L
F
 
F
E
 
G
K
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
E
P
 
V
E
 
D
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
V
V
 
C
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
K
 
Q
A
 
L
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
Y
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
E
P
 
P
E
 
E
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
Y
 
L
G
 
K
R
 
R
E
|
E
V
 
I
A
 
A
N
|
N
A
 
A
Y
 
Y
S
 
T
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
N
P
 
P
E
 
I
E
 
V
Q
 
Q
A
 
R
R
 
S
R
 
N
F
 
F
K
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
L
G
 
V
D
 
D
E
 
E
E
 
V
A
 
-
M
 
-
E
 
-
Y
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
F
V
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
Y
 
H
G
 
A
M
 
F
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
W
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
L
V
 
A
M
 
M
L
 
L
F
 
L
T
 
A
D
 
D
K
 
V
D
 
D
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
T
L
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
D
R
 
E
E
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K

Q15046 Lysine--tRNA ligase; Lysyl-tRNA synthetase; LysRS; EC 2.7.7.-; EC 6.1.1.6 from Homo sapiens (Human) (see 16 papers)
44% identity, 96% coverage: 15:510/517 of query aligns to 80:581/597 of Q15046

query
sites
Q15046
R
|
R
K
 
S
E
 
Q
K
 
A
V
 
I
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
V
L
 
N
G
 
G
Y
 
E
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
H
V
|
V
N
 
D
A
 
I
K
 
S
A
x
L
G
 
T
E
 
D
L
 
F
I
 
I
A
 
Q
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
H
V
 
L
K
 
Q
S
 
P
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
E
 
D
E
 
H
L
 
L
P
 
T
S
 
D
Q
 
I
E
 
T
F
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
H
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
A
M
 
S
G
 
G
-
 
G
K
 
K
A
 
L
A
 
I
F
 
F
F
 
Y
H
 
D
I
 
L
Q
 
R
D
 
G
E
 
E
S
 
G
G
 
V
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
V
Y
 
M
I
 
A
R
 
N
-
 
S
R
 
R
D
 
N
T
 
Y
V
 
K
G
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
E
Y
 
F
N
 
I
K
 
H
V
 
I
F
 
N
K
 
N
R
 
K
L
 
L
I
 
R
D
 
R
I
 
-
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
L
 
P
F
x
G
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
I
V
x
P
K
 
Y
E
 
E
L
 
I
T
 
T
P
 
L
L
 
L
T
x
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
H
K
 
L
W
 
H
H
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
D
E
 
F
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
V
 
K
F
 
F
R
 
I
T
 
I
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
T
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
E
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
E
R
 
L
G
 
G
F
|
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
N
P
 
I
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
Y
Y
 
H
N
 
N
A
 
E
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
N
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
H
K
 
K
R
 
M
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
Q
F
 
F
R
|
R
N
|
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
L
R
 
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
|
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
|
L
M
 
M
E
 
E
M
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
L
 
M
F
 
V
E
 
S
F
 
G
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
H
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
S
G
 
-
V
 
-
R
 
Y
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
-
 
H
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
G
Q
 
Q
G
 
A
T
 
Y
K
 
D
I
 
V
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
P
P
|
P
F
 
F
R
 
R
R
 
R
I
 
I
S
 
N
Y
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
K
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
M
T
 
K
-
 
L
P
 
P
D
 
E
E
 
T
L
 
N
L
 
L
H
 
F
N
 
E
E
 
T
E
 
E
K
 
E
V
 
T
L
 
R
Q
 
K
K
 
I
A
 
L
K
 
D
E
 
D
L
 
I
E
 
C
I
 
V
E
 
A
N
 
K
A
 
A
E
 
V
K
 
E
L
 
C
S
 
P
H
 
P
F
 
P
K
x
R
R
 
T
V
 
T
Q
 
A
E
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
L
V
|
V
-
 
G
-
 
E
-
 
F
-
 
L
E
 
E
P
 
V
E
 
T
L
 
C
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
F
 
H
P
 
P
K
 
Q
A
 
I
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
W
K
 
H
R
|
R
G
 
S
N
 
K
P
 
E
E
 
G
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
V
Y
 
M
G
 
K
R
 
K
E
|
E
V
x
I
A
 
C
N
|
N
A
 
A
Y
 
Y
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
|
P
E
 
M
E
 
R
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
|
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
I
D
 
D
A
 
E
D
 
N
F
 
F
V
 
C
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
|
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
W
G
 
G
I
 
M
G
|
G
I
|
I
D
|
D
R
|
R
L
 
V
V
 
A
M
 
M
L
 
F
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
N
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
|
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
K
P
 
P
E
 
E
R
 
D
R
 
K
E
 
K
E
 
E
K
 
N

Sites not aligning to the query:

4ycuA Crystal structure of cladosporin in complex with human lysyl-tRNA synthetase (see paper)
44% identity, 95% coverage: 15:505/517 of query aligns to 9:505/505 of 4ycuA

query
sites
4ycuA
R
 
R
K
 
S
E
 
Q
K
 
A
V
 
I
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
V
L
 
N
G
 
G
Y
 
E
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
H
V
 
V
N
 
D
A
 
I
K
 
S
A
 
L
G
 
T
E
 
D
L
 
F
I
 
I
A
 
Q
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
H
V
 
L
K
 
Q
S
 
P
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
E
 
D
E
 
H
L
 
L
P
 
T
S
 
D
Q
 
I
E
 
T
F
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
H
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
A
M
 
S
G
 
G
-
 
G
K
 
K
A
 
L
A
 
I
F
 
F
F
 
Y
H
 
D
I
 
L
Q
 
R
D
 
G
E
 
E
S
 
G
G
 
V
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
V
Y
 
M
I
 
A
R
 
N
-
 
S
R
 
R
D
 
N
T
 
Y
V
 
K
G
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
E
Y
 
F
N
 
I
K
 
H
V
 
I
F
 
N
K
 
N
R
 
K
L
 
L
I
 
R
D
 
R
I
 
-
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
L
 
P
F
 
G
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
I
V
 
P
K
 
Y
E
 
E
L
 
I
T
 
T
P
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
H
K
 
L
W
 
H
H
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
D
E
 
F
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
V
 
K
F
 
F
R
 
I
T
 
I
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
T
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
E
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
E
R
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
N
P
 
I
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
Y
Y
 
H
N
 
N
A
 
E
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
N
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
H
K
 
K
R
 
M
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
Q
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
L
R
x
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
M
E
 
E
M
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
L
 
M
F
 
V
E
 
S
F
 
G
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
H
L
 
I
Y
 
-
G
 
-
P
 
T
G
 
G
V
 
S
R
 
Y
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
-
 
H
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
G
Q
 
Q
G
 
A
T
 
Y
K
 
D
I
 
V
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
P
P
 
P
F
 
F
R
 
R
R
 
R
I
 
I
S
 
N
Y
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
K
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
M
-
 
K
T
 
L
P
 
P
D
 
E
E
 
T
L
 
N
L
 
L
H
 
F
N
 
E
E
 
T
E
 
E
K
 
E
V
 
T
L
 
R
Q
 
K
K
 
I
A
 
L
K
 
D
E
 
D
L
 
I
E
 
C
I
 
V
E
 
A
N
 
K
A
 
A
E
 
V
K
 
E
L
 
C
S
 
P
H
 
P
F
 
P
K
 
R
R
 
T
V
 
T
Q
 
A
E
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
L
V
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
F
-
 
L
E
 
E
P
 
V
E
 
T
L
 
C
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
F
 
H
P
 
P
K
 
Q
A
 
I
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
W
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
K
P
 
E
E
 
G
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
V
Y
 
M
G
 
K
R
 
K
E
|
E
V
 
I
A
 
C
N
|
N
A
 
A
Y
|
Y
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
M
E
 
R
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
I
D
 
D
A
 
E
D
 
N
F
 
F
V
 
C
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
W
G
 
G
I
 
M
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
V
V
 
A
M
 
M
L
 
F
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
N
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
K
P
 
P
E
 
E

6chdA Crystal structure of human lysyl-tRNA synthetase complexed with l- lysylsulfamoyl adenosine
44% identity, 95% coverage: 15:505/517 of query aligns to 10:506/506 of 6chdA

query
sites
6chdA
R
 
R
K
 
S
E
 
Q
K
 
A
V
 
I
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
V
L
 
N
G
 
G
Y
 
E
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
H
V
 
V
N
 
D
A
 
I
K
 
S
A
 
L
G
 
T
E
 
D
L
 
F
I
 
I
A
 
Q
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
H
V
 
L
K
 
Q
S
 
P
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
E
 
D
E
 
H
L
 
L
P
 
T
S
 
D
Q
 
I
E
 
T
F
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
H
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
A
M
 
S
G
 
G
-
 
G
K
 
K
A
 
L
A
 
I
F
 
F
F
 
Y
H
 
D
I
 
L
Q
 
R
D
 
G
E
 
E
S
 
G
G
 
V
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
V
Y
 
M
I
 
A
R
 
N
-
 
S
R
 
R
D
 
N
T
 
Y
V
 
K
G
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
E
Y
 
F
N
 
I
K
 
H
V
 
I
F
 
N
K
 
N
R
 
K
L
 
L
I
 
R
D
 
R
I
 
-
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
L
 
P
F
 
G
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
I
V
 
P
K
 
Y
E
 
E
L
 
I
T
 
T
P
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
H
K
 
L
W
 
H
H
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
D
E
 
F
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
V
 
K
F
 
F
R
 
I
T
 
I
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
T
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
E
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
E
R
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
N
P
 
I
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
Y
Y
 
H
N
 
N
A
 
E
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
N
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
|
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
H
K
 
K
R
 
M
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
Q
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
L
R
 
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
M
E
 
E
M
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
L
 
M
F
 
V
E
 
S
F
 
G
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
H
L
 
I
Y
 
-
G
 
-
P
 
T
G
 
G
V
 
S
R
 
Y
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
-
 
H
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
G
Q
 
Q
G
 
A
T
 
Y
K
 
D
I
 
V
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
P
P
 
P
F
 
F
R
 
R
R
 
R
I
 
I
S
 
N
Y
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
K
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
M
-
 
K
T
 
L
P
 
P
D
 
E
E
 
T
L
 
N
L
 
L
H
 
F
N
 
E
E
 
T
E
 
E
K
 
E
V
 
T
L
 
R
Q
 
K
K
 
I
A
 
L
K
 
D
E
 
D
L
 
I
E
 
C
I
 
V
E
 
A
N
 
K
A
 
A
E
 
V
K
 
E
L
 
C
S
 
P
H
 
P
F
 
P
K
 
R
R
 
T
V
 
T
Q
 
A
E
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
L
V
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
F
-
 
L
E
 
E
P
 
V
E
 
T
L
 
C
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
F
 
H
P
 
P
K
 
Q
A
 
I
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
W
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
K
P
 
E
E
 
G
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
V
Y
 
M
G
 
K
R
 
K
E
|
E
V
x
I
A
 
C
N
|
N
A
 
A
Y
|
Y
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
M
E
 
R
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
I
D
 
D
A
 
E
D
 
N
F
 
F
V
 
C
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
W
G
|
G
I
 
M
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
V
V
 
A
M
 
M
L
 
F
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
N
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
K
P
 
P
E
 
E

P15180 Lysine--tRNA ligase, cytoplasmic; Lysyl-tRNA synthetase; LysRS; EC 6.1.1.6 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see 2 papers)
44% identity, 97% coverage: 13:513/517 of query aligns to 75:589/591 of P15180

query
sites
P15180
E
 
E
Q
 
T
R
 
R
K
 
S
E
 
R
K
 
Q
V
 
I
E
 
Q
K
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
K
L
 
T
G
 
H
Y
 
E
-
 
P
E
 
N
P
 
P
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
H
V
 
V
N
 
S
A
 
I
K
 
S
A
 
N
G
 
P
E
 
E
L
 
F
I
 
L
A
 
A
R
 
K
F
 
Y
G
 
A
R
 
H
V
 
L
K
 
K
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
K
G
 
G
E
 
E
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
E
Q
 
E
E
 
K
F
 
V
S
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
H
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
E
M
 
S
G
 
G
K
 
S
A
 
K
A
 
L
F
 
K
F
 
F
H
 
Y
I
 
V
Q
 
L
D
 
H
E
 
G
S
 
D
G
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
M
-
 
S
R
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
C
 
D
Y
 
Y
I
 
C
R
 
D
R
 
P
D
 
D
T
 
S
V
 
Y
G
 
E
E
 
K
E
 
D
F
 
-
Y
 
-
N
 
H
K
 
D
V
 
L
F
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
K
 
E
G
 
G
T
 
Y
L
 
V
F
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
Q
T
 
P
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
T
 
S
L
 
V
E
 
F
V
 
V
K
 
S
E
 
R
L
 
V
T
 
Q
P
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
A
K
 
D
W
 
H
H
 
F
G
 
G
L
 
F
K
 
K
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
K
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
M
N
 
N
P
 
K
E
 
D
V
 
A
R
 
R
E
 
N
V
 
R
F
 
F
R
 
I
T
 
T
R
 
R
T
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
I
K
 
R
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
E
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
Q
R
 
R
G
 
K
F
 
F
L
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
N
P
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
T
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
N
 
N
A
 
D
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
D
V
 
M
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
Y
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
Q
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
Q
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
M
R
 
T
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
 
E
W
 
F
Y
 
Y
M
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
V
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
M
 
M
E
 
D
M
 
M
T
 
T
E
 
E
E
 
L
L
 
M
F
 
F
E
 
S
F
 
E
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
E
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
S
G
 
Y
V
 
I
R
 
-
E
 
-
I
 
I
E
 
K
Y
 
Y
Q
 
H
G
 
P
T
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
L
K
 
E
I
 
L
S
 
N
F
 
F
K
 
S
R
 
R
P
 
P
F
 
W
R
 
K
R
 
R
I
 
I
S
 
N
Y
 
M
L
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
-
 
V
-
 
F
K
 
N
T
 
V
G
 
K
L
 
F
T
 
P
P
 
S
D
 
G
E
 
D
L
 
Q
L
 
L
H
 
H
N
 
T
E
 
A
E
 
E
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
K
 
K
V
 
I
L
 
L
Q
 
V
K
 
D
A
 
N
K
 
K
E
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
L
E
 
E
N
 
C
A
 
P
E
 
P
K
 
P
L
 
L
S
 
T
H
 
N
F
 
A
K
 
R
R
 
M
V
 
L
Q
 
D
E
 
K
L
 
L
F
 
V
E
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
-
E
 
E
P
 
D
E
 
T
L
 
C
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
F
D
 
G
F
 
H
P
 
P
K
 
Q
A
 
M
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
Y
K
 
S
R
 
R
G
 
D
N
 
Q
P
 
P
E
 
G
L
 
L
V
 
C
E
 
E
R
|
R
F
 
F
E
 
E
L
 
V
F
 
F
I
 
V
Y
 
A
G
 
T
R
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
C
N
 
N
A
 
A
Y
 
Y
S
 
T
E
 
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
F
E
 
D
Q
 
Q
A
 
R
R
 
A
R
 
R
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
R
E
 
Q
K
 
K
A
 
D
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
Q
E
 
L
Y
 
V
D
 
D
A
 
E
D
 
T
F
 
F
V
 
C
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
W
G
 
G
I
 
C
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
L
V
 
A
M
 
M
L
 
F
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
N
S
 
T
I
 
I
R
 
R
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
T
L
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
D
-
 
V
-
 
L
R
 
R
R
 
E
E
 
E
E
 
V
K
 
K
K
 
K
E
 
E
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3bjuA Crystal structure of tetrameric form of human lysyl-tRNA synthetase (see paper)
44% identity, 95% coverage: 15:505/517 of query aligns to 11:503/503 of 3bjuA

query
sites
3bjuA
R
 
R
K
 
S
E
 
Q
K
 
A
V
 
I
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
V
L
 
N
G
 
G
Y
 
E
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
A
 
P
Y
 
H
K
 
K
F
 
F
D
 
H
V
 
V
N
 
D
A
 
I
K
 
S
A
 
L
G
 
T
E
 
D
L
 
F
I
 
I
A
 
Q
R
 
K
F
 
Y
G
 
S
R
 
H
V
 
L
K
 
Q
S
 
P
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
E
 
D
E
 
H
L
 
L
P
 
T
S
 
D
Q
 
I
E
 
T
F
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
H
S
 
A
M
 
K
R
 
R
V
 
A
M
 
S
G
 
G
-
 
G
K
 
K
A
 
L
A
 
I
F
 
F
F
 
Y
H
 
D
I
 
L
Q
 
R
D
 
G
E
 
E
S
 
G
G
 
V
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
V
Y
 
M
I
 
A
R
 
N
-
 
S
R
 
R
D
 
N
T
 
Y
V
 
K
G
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
E
Y
 
F
N
 
I
K
 
H
V
 
I
F
 
N
K
 
N
R
 
K
L
 
L
I
 
R
D
 
R
I
 
-
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
L
 
P
F
 
G
R
 
K
T
 
T
R
 
K
T
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
S
L
 
I
E
 
I
V
 
P
K
 
Y
E
 
E
L
 
I
T
 
T
P
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
P
S
 
C
L
 
L
R
 
H
P
 
M
L
 
L
P
 
P
E
 
H
K
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
L
K
 
K
D
 
D
T
 
K
E
 
E
K
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
D
E
 
F
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
V
 
K
F
 
F
R
 
I
T
 
I
R
 
R
T
 
S
E
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
T
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
E
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
E
R
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
I
 
M
L
 
M
Q
 
N
P
 
I
I
 
I
A
 
P
S
 
G
G
|
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
K
P
 
P
F
 
F
I
 
I
T
 
T
H
 
Y
Y
 
H
N
 
N
A
 
E
L
 
L
D
 
D
I
 
M
D
 
N
V
 
L
Y
 
Y
L
 
M
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
Y
L
 
H
K
 
K
R
 
M
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
L
 
I
G
 
G
K
 
R
N
 
Q
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
I
 
I
S
 
D
T
 
L
R
x
T
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
 
T
V
 
C
E
|
E
W
 
F
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
M
E
 
E
M
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
L
 
M
F
 
V
E
 
S
F
 
G
L
 
M
L
 
V
D
 
K
R
 
H
L
 
I
Y
 
T
G
 
G
P
 
S
G
 
-
V
 
-
R
 
Y
E
 
K
I
 
V
E
 
T
Y
 
Y
-
 
H
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
G
Q
 
Q
G
 
A
T
 
Y
K
 
D
I
 
V
S
 
D
F
 
F
K
 
T
R
 
P
P
 
P
F
 
F
R
 
R
R
 
R
I
 
I
S
 
N
Y
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
K
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
M
-
 
K
T
 
L
P
 
P
D
 
E
E
 
T
L
 
N
L
 
L
H
 
F
N
 
E
E
 
T
E
 
E
K
 
E
V
 
T
L
 
R
Q
 
K
K
 
I
A
 
L
K
 
D
E
 
D
L
 
I
E
 
C
I
 
V
E
 
A
N
 
K
A
 
A
E
 
V
K
 
E
L
 
C
S
 
P
H
 
P
F
 
P
K
 
R
R
 
T
V
 
T
Q
 
A
E
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
L
V
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
F
-
 
L
E
 
E
P
 
V
E
 
T
L
 
C
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
T
 
T
F
 
F
V
 
I
V
 
C
D
 
D
F
 
H
P
 
P
K
 
Q
A
 
I
I
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
W
K
 
H
R
 
R
G
 
S
N
 
K
P
 
E
E
 
G
L
 
L
V
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
|
E
L
 
L
F
 
F
I
 
V
Y
 
M
G
 
K
R
 
K
E
|
E
V
 
I
A
 
C
N
|
N
A
 
A
Y
|
Y
S
 
T
E
|
E
L
 
L
N
 
N
N
 
D
P
 
P
E
 
M
E
 
R
Q
 
Q
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
F
 
F
K
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
K
E
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
E
 
F
Y
 
I
D
 
D
A
 
E
D
 
N
F
 
F
V
 
C
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
W
G
 
G
I
 
M
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
V
V
 
A
M
 
M
L
 
F
F
 
L
T
 
T
D
 
D
K
 
S
D
 
N
S
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
M
R
 
K
P
 
P
E
 
E

Query Sequence

>WP_013537761.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537761.1
MAEEKSLEHKIVEQRKEKVEKLKELGYEPYAYKFDVNAKAGELIARFGRVKSQEEREGEE
LPSQEFSLAGRIVSMRVMGKAAFFHIQDESGRLQCYIRRDTVGEEFYNKVFKRLIDIGDI
VGVKGTLFRTRTGELTLEVKELTPLTKSLRPLPEKWHGLKDTEKRYRQRYLDLIVNPEVR
EVFRTRTEVIKAIREFLDSRGFLEVETPILQPIASGAAAKPFITHYNALDIDVYLRIAPE
LYLKRLLVGGFERVYELGKNFRNEGISTRHNPEFTMVEWYMAYADYYDLMEMTEELFEFL
LDRLYGPGVREIEYQGTKISFKRPFRRISYLEELSKKTGLTPDELLHNEEKVLQKAKELE
IENAEKLSHFKRVQELFEKLVEPELIQPTFVVDFPKAISPLAKEKRGNPELVERFELFIY
GREVANAYSELNNPEEQARRFKQQLQEKARGDEEAMEYDADFVTALEYGMPPTAGEGIGI
DRLVMLFTDKDSIREVLLFPQLRPERREEKKEEVKES

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory