SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013537849.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537849.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

3zyyX Reductive activator for corrinoid,iron-sulfur protein (see paper)
29% identity, 81% coverage: 84:469/474 of query aligns to 205:612/628 of 3zyyX

query
sites
3zyyX
F
 
F
G
 
G
V
 
L
A
 
A
L
 
I
D
 
D
V
 
I
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
T
V
 
V
E
 
V
A
 
V
A
 
Q
L
 
L
F
 
V
E
 
D
L
 
L
C
 
V
S
 
S
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
K
 
G
S
 
T
V
 
K
K
 
G
G
 
N
V
 
Y
N
 
N
L
 
K
Q
 
Q
A
 
A
S
 
A
F
 
F
G
 
G
A
 
D
D
 
D
I
 
V
V
 
I
T
 
S
R
 
R
V
 
I
E
 
I
L
 
Y
A
 
V
R
 
D
E
 
E
H
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
G
Y
 
A
G
 
E
K
 
K
Q
 
L
R
 
R
E
 
K
L
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
S
T
 
T
V
 
I
E
 
N
L
 
E
L
 
L
L
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
L
-
 
C
K
 
K
E
 
E
L
 
H
P
 
G
A
 
V
K
 
E
P
 
K
T
 
K
E
 
E
V
 
I
V
 
M
A
 
A
V
 
A
C
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
G
N
 
N
S
 
T
V
 
T
I
 
M
H
 
T
H
 
H
F
 
L
L
 
F
L
 
L
G
 
E
L
 
I
P
 
D
V
 
P
S
 
R
G
 
Y
F
 
I
E
 
R
R
 
L
Y
 
E
P
 
P
F
 
Y
K
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
A
L
 
L
Y
 
F
E
 
-
R
 
I
E
 
P
P
 
P
V
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
T
G
 
E
R
 
A
E
 
K
L
 
I
G
 
E
L
 
M
D
 
N
G
 
-
F
 
-
P
 
P
S
 
K
T
 
G
K
 
F
F
 
V
I
 
Y
L
 
I
P
 
M
P
 
P
P
 
N
L
 
V
E
 
A
S
 
S
F
x
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
G
D
 
D
L
 
I
L
 
T
A
 
S
N
 
G
L
 
V
H
 
L
Y
 
Y
L
 
T
T
 
G
A
 
L
E
 
A
G
 
N
R
 
S
T
 
D
N
 
E
F
 
I
T
 
T
V
 
L
-
 
F
A
 
I
D
 
D
L
 
I
G
 
G
T
 
T
N
 
N
A
 
G
E
 
E
I
 
M
A
 
V
R
 
L
W
 
G
E
 
N
K
 
K
G
 
D
E
 
W
G
 
L
V
 
V
A
 
T
T
 
C
S
 
A
V
 
C
P
 
S
A
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
A
F
 
F
E
 
E
G
 
G
V
 
S
G
 
G
L
 
I
F
 
K
S
 
H
G
 
G
M
 
M
R
 
R
A
 
A
V
 
M
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Y
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
S
F
 
I
D
 
S
-
 
E
-
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
K
F
 
V
R
 
K
F
 
Y
L
 
Q
T
 
T
I
 
V
G
 
G
N
 
G
R
 
I
K
 
P
P
 
P
E
 
V
G
 
G
I
 
I
C
 
C
A
 
G
S
 
S
G
 
G
Y
 
L
F
 
I
D
 
D
L
 
L
I
 
L
Y
 
A
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
R
F
 
A
R
 
G
A
 
I
L
 
I
N
 
D
S
 
R
E
 
S
G
 
G
T
 
K
F
 
I
T
 
D
E
 
R
E
 
T
A
 
V
P
 
N
P
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
K
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
G
N
 
E
G
 
D
E
 
G
K
 
L
A
 
E
F
 
F
L
 
V
L
 
L
Y
 
A
-
 
W
-
 
A
-
 
N
-
 
E
S
 
S
D
 
G
P
 
N
E
 
N
R
 
K
E
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
I
T
 
T
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
I
 
I
R
 
Q
K
 
N
F
 
L
M
 
I
L
 
R
A
 
A
K
 
K
A
 
A
G
 
A
V
 
I
Y
 
F
G
 
A
A
 
G
L
 
V
K
 
R
T
 
T
L
 
M
T
 
L
E
 
A
G
 
M
T
 
V
P
 
D
-
 
L
P
 
P
K
 
L
E
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
R
L
 
V
I
 
I
F
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
G
F
 
F
G
 
G
S
 
K
H
 
Y
L
 
L
S
 
N
E
 
I
R
 
K
S
 
D
V
 
A
K
 
I
G
 
T
V
 
I
K
 
G
L
 
L
I
 
L
P
 
P
S
 
D
-
 
I
Q
 
D
L
 
I
P
 
N
P
 
K
P
 
F
E
 
S
P
 
Y
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
S
A
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
A
 
A
-
 
R
-
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
L
L
 
S
S
 
R
T
 
K
G
 
A
V
 
C
E
 
A
P
 
E
F
 
V
K
 
K
K
 
E
L
 
I
K
 
A
E
 
R
K
 
K
L
 
M
S
 
T
H
 
Y
V
 
L
E
|
E
L
 
L
A
 
S
G
 
V
N
 
G
K
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
M
K
 
D
A
 
E
Y
 
F
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4c1nI Corrinoid protein reactivation complex with activator (see paper)
29% identity, 81% coverage: 84:469/474 of query aligns to 86:493/509 of 4c1nI

query
sites
4c1nI
F
 
F
G
 
G
V
 
L
A
 
A
L
 
I
D
 
D
V
 
I
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
T
V
 
V
E
 
V
A
 
V
A
 
Q
L
 
L
F
 
V
E
 
D
L
 
L
C
 
V
S
 
S
G
 
G
K
 
K
F
 
V
V
 
L
K
 
G
S
 
T
V
 
K
K
 
G
G
 
N
V
 
Y
N
 
N
L
 
K
Q
 
Q
A
 
A
S
 
A
F
 
F
G
 
G
A
 
D
D
|
D
I
 
V
V
x
I
T
 
S
R
 
R
V
 
I
E
 
I
L
 
Y
A
 
V
R
 
D
E
 
E
H
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
G
Y
 
A
G
 
E
K
 
K
Q
 
L
R
 
R
E
 
K
L
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
S
T
 
T
V
 
I
E
 
N
L
 
E
L
 
L
L
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
L
-
 
C
K
 
K
E
 
E
L
 
H
P
 
G
A
 
V
K
 
E
P
 
K
T
 
K
E
 
E
V
 
I
V
 
M
A
 
A
V
 
A
C
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
G
N
 
N
S
 
T
V
 
T
I
 
M
H
 
T
H
 
H
F
 
L
L
 
F
L
 
L
G
 
E
L
 
I
P
 
D
V
 
P
S
 
R
G
 
Y
F
 
I
E
 
R
R
 
L
Y
 
E
P
 
P
F
x
Y
K
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
A
L
 
L
Y
 
F
E
 
-
R
 
I
E
 
P
P
 
P
V
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
T
G
 
E
R
 
A
E
 
K
L
 
I
G
 
E
L
 
M
D
 
N
G
 
-
F
 
-
P
 
P
S
 
K
T
 
G
K
 
F
F
 
V
I
 
Y
L
 
I
P
 
M
P
 
P
P
 
N
L
 
V
E
 
A
S
 
S
F
x
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
G
D
 
D
L
 
I
L
 
T
A
 
S
N
 
G
L
 
V
H
 
L
Y
 
Y
L
 
T
T
 
G
A
 
L
E
 
A
G
 
N
R
 
S
T
 
D
N
 
E
F
 
I
T
 
T
V
 
L
-
 
F
A
 
I
D
 
D
L
 
I
G
 
G
T
 
T
N
|
N
A
 
G
E
 
E
I
 
M
A
 
V
R
 
L
W
 
G
E
 
N
K
 
K
G
 
D
E
 
W
G
 
L
V
 
V
A
 
T
T
 
C
S
 
A
V
 
C
P
x
S
A
|
A
G
 
G
P
 
P
A
 
A
F
 
F
E
 
E
G
 
G
V
 
S
G
 
G
L
 
I
F
 
K
S
 
H
G
 
G
M
 
M
R
 
R
A
 
A
V
 
M
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Y
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
S
F
 
I
D
 
S
-
 
E
-
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
K
F
 
V
R
 
K
F
 
Y
L
 
Q
T
 
T
I
 
V
G
 
G
N
 
G
R
 
I
K
 
P
P
 
P
E
 
V
G
 
G
I
 
I
C
 
C
A
 
G
S
 
S
G
 
G
Y
 
L
F
 
I
D
 
D
L
 
L
I
 
L
Y
 
A
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
R
F
 
A
R
 
G
A
 
I
L
 
I
N
 
D
S
 
R
E
 
S
G
 
G
T
 
K
F
 
I
T
 
D
E
 
R
E
 
T
A
 
V
P
 
N
P
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
K
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
G
N
 
E
G
 
D
E
 
G
K
 
L
A
 
E
F
 
F
L
 
V
L
 
L
Y
 
A
-
 
W
-
 
A
-
 
N
-
 
E
S
 
S
D
 
G
P
 
N
E
 
N
R
 
K
E
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
I
T
 
T
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
I
 
I
R
 
Q
K
x
N
F
 
L
M
 
I
L
x
R
A
 
A
K
 
K
A
 
A
G
 
A
V
 
I
Y
 
F
G
 
A
A
 
G
L
 
V
K
 
R
T
 
T
L
 
M
T
 
L
E
 
A
G
 
M
T
 
V
P
 
D
-
 
L
P
 
P
K
 
L
E
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
R
L
 
V
I
 
I
F
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
G
F
 
F
G
 
G
S
 
K
H
 
Y
L
 
L
S
 
N
E
 
I
R
 
K
S
 
D
V
 
A
K
 
I
G
 
T
V
 
I
K
 
G
L
 
L
I
 
L
P
 
P
S
 
D
-
 
I
Q
 
D
L
 
I
P
 
N
P
 
K
P
 
F
E
 
S
P
 
Y
A
 
V
G
 
G
N
 
N
L
 
S
A
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
A
 
A
-
 
R
-
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
L
L
 
S
S
 
R
T
 
K
G
 
A
V
 
C
E
 
A
P
 
E
F
 
V
K
 
K
K
 
E
L
 
I
K
 
A
E
 
R
K
 
K
L
 
M
S
 
T
H
 
Y
V
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
S
G
 
V
N
 
G
K
 
T
T
 
T
F
|
F
E
x
M
K
 
D
A
 
E
Y
x
F
V
 
V

Query Sequence

>WP_013537849.1 NCBI__GCF_000185805.1:WP_013537849.1
MKVEVSVPEGKSLYQVLREEGLIKSAYCGGRGICGKCRVRLGGKEELACLVFGPFEGEVE
IEEELLTAPGENLPPIPPTGKSGFGVALDVGTTGVEAALFELCSGKFVKSVKGVNLQASF
GADIVTRVELAREHYGKQRELLLKTVELLLKELPAKPTEVVAVCNSVIHHFLLGLPVSGF
ERYPFKLYEREPVETTGRELGLDGFPSTKFILPPPLESFVGSDLLANLHYLTAEGRTNFT
VADLGTNAEIARWEKGEGVATSVPAGPAFEGVGLFSGMRAVEGAVYKVFFDGRSFRFLTI
GNRKPEGICASGYFDLIYLLKSFRALNSEGTFTEEAPPLIRERIREINGEKAFLLYSDPE
REVALTQSDIRKFMLAKAGVYGALKTLTEGTPPKELIFSGAFGSHLSERSVKGVKLIPSQ
LPPPEPAGNLALKGAALTLSTGVEPFKKLKEKLSHVELAGNKTFEKAYVEGLEL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory