SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013706967.1 NCBI__GCF_000195295.1:WP_013706967.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

2zktB Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
31% identity, 100% coverage: 2:399/400 of query aligns to 5:371/381 of 2zktB

query
sites
2zktB
K
 
K
Y
 
G
V
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
L
D
|
D
G
 
G
M
 
L
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
P
 
P
I
 
I
P
 
K
E
 
E
L
 
L
D
 
N
N
 
G
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
L
T
 
E
A
 
Y
A
 
A
R
 
N
T
 
T
P
 
P
N
 
N
M
 
M
D
 
D
F
 
K
L
 
L
A
 
A
T
x
E
E
 
I
G
 
G
E
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
Q
A
 
Q
R
 
D
T
 
P
V
 
I
P
 
K
E
 
P
G
 
G
M
 
Q
E
 
P
P
 
A
G
 
G
S
|
S
D
 
D
V
 
T
A
 
A
N
 
H
L
 
L
S
 
S
I
 
I
M
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
A
 
Y
R
 
E
Y
 
T
H
 
Y
T
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
G
P
 
F
L
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
L
S
 
G
M
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
D
L
 
L
E
 
S
M
 
K
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
A
F
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
V
 
A
T
 
T
L
 
L
R
 
E
H
 
N
E
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
F
 
-
M
 
-
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
-
S
 
A
S
 
R
A
 
A
E
 
I
A
 
Q
K
 
E
E
 
E
I
 
V
I
 
D
I
 
I
S
 
G
I
 
V
N
 
D
Q
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
G
 
-
S
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
F
Y
 
I
P
 
F
G
 
K
V
 
T
S
 
G
Y
 
H
R
 
R
H
 
A
L
 
V
L
 
L
V
 
V
W
 
L
R
 
K
D
 
G
G
 
M
Q
 
S
D
 
R
D
 
G
W
 
Y
R
 
K
T
 
V
-
 
G
-
 
D
F
 
N
P
 
D
P
 
P
H
 
H
D
 
E
L
 
A
T
 
G
G
 
K
Q
 
P
N
 
P
V
 
S
R
 
K
S
 
K
Y
 
V
L
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
A
K
 
E
P
 
I
L
 
L
L
 
E
E
 
E
L
 
F
M
 
V
R
 
K
S
 
K
S
 
A
W
 
Q
P
 
E
L
 
V
L
 
L
A
 
E
N
 
K
H
 
H
E
 
P
V
 
I
N
 
N
R
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
E
 
K
R
 
E
S
 
G
Q
 
K
K
 
P
P
 
I
A
 
A
T
 
N
S
 
Y
I
 
L
W
 
L
L
 
I
W
 
R
G
 
G
Q
 
A
G
 
G
R
 
T
A
 
Y
P
 
P
K
 
N
T
 
I
P
 
P
-
 
M
T
 
K
L
 
F
Q
 
T
E
 
E
L
 
Q
Y
 
W
G
 
K
L
 
V
T
 
K
G
 
A
A
 
A
V
 
G
I
 
V
S
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
M
 
V
R
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
A
I
 
R
Y
 
A
A
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
D
P
 
V
V
 
Y
I
 
T
V
 
P
P
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
E
L
 
Y
D
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
E
A
 
M
G
 
A
K
 
K
V
 
A
E
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
D
M
 
Y
D
 
D
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
L
 
L
H
 
H
V
 
F
E
 
K
A
 
P
P
 
T
D
|
D
E
 
A
A
 
A
G
 
G
H
|
H
T
 
D
G
 
N
E
 
K
L
 
P
K
 
K
N
 
L
K
 
K
L
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
R
F
 
A
D
 
D
Q
 
-
K
 
R
V
 
M
V
 
I
G
 
G
P
 
Y
M
 
I
L
 
L
R
 
D
G
 
H
L
 
V
R
 
D
L
 
L
L
 
E
G
 
E
A
 
V
H
 
-
R
 
V
I
 
I
L
 
A
L
 
I
M
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
R
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
C
C
 
E
L
 
V
K
 
M
T
 
N
H
|
H
S
 
S
P
 
G
E
 
D
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
L
V
 
L
L
 
I
Y
 
A
D
 
G
S
 
G
R
 
-
K
 
G
P
 
V
R
 
R
G
x
T
N
x
D
H
 
D
P
 
T
R
 
K
G
 
R
F
 
F
D
 
G
E
 
E
P
 
R
T
 
E
A
 
A
E
 
M
A
 
K
T
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
G
V
 
R
D
 
I
R
 
R
A
 
G
H
 
H
L
 
D
L
 
I
L
 
V
P
 
P
R
 
I
L
 
M
V
 
M
E
 
D

2zktA Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
44% identity, 29% coverage: 2:117/400 of query aligns to 6:121/330 of 2zktA

query
sites
2zktA
K
 
K
Y
 
G
V
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
L
D
|
D
G
 
G
M
 
L
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
P
 
P
I
 
I
P
 
K
E
 
E
L
 
L
D
 
N
N
 
G
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
L
T
 
E
A
 
Y
A
 
A
R
 
N
T
 
T
P
 
P
N
 
N
M
 
M
D
 
D
F
 
K
L
 
L
A
 
A
T
x
E
E
 
I
G
 
G
E
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
Q
A
 
Q
R
 
D
T
 
P
V
 
I
P
 
K
E
 
P
G
 
G
M
 
Q
E
 
P
P
 
A
G
 
G
S
|
S
D
 
D
V
 
T
A
 
A
N
 
H
L
 
L
S
 
S
I
 
I
M
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
A
 
Y
R
 
E
Y
 
T
H
 
Y
T
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
G
P
 
F
L
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
L
S
 
G
M
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
D
L
 
L
E
 
S
M
 
K
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
A
F
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
V
 
A
T
 
T
L
 
L
R
 
E
H
 
E
E
 
E
P
 
A
N
 
H
G
 
E
D
 
R
I
 
A
F
 
I
M
 
Q
E
 
E
D
 
E
Y
 
V
S
 
D
A
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_013706967.1 NCBI__GCF_000195295.1:WP_013706967.1
MKYVILIGDGMADYPIPELDNRTPLTAARTPNMDFLATEGELGLARTVPEGMEPGSDVAN
LSIMGYDPARYHTGRAPLEAASMGVALEMQDVAFRCNLVTLRHEPNGDIFMEDYSAGHIS
SAEAKEIIISINQNLGNGSRRFYPGVSYRHLLVWRDGQDDWRTFPPHDLTGQNVRSYLTG
GGREKPLLELMRSSWPLLANHEVNRRRRERSQKPATSIWLWGQGRAPKTPTLQELYGLTG
AVISAVDLMRGIGIYAGLTPVIVPGATGYLDTNYAGKVEAALEALKTMDFVYLHVEAPDE
AGHTGELKNKLQAIEDFDQKVVGPMLRGLRLLGAHRILLMPDHRTPLCLKTHSPEPVPFV
LYDSRKPRGNHPRGFDEPTAEATGLLVDRAHLLLPRLVER

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory