SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013707456.1 NCBI__GCF_000195295.1:WP_013707456.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

C8WR67 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)); KARI; Acetohydroxy-acid isomeroreductase; AHIR; Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase; Ketol-acid reductoisomerase type 1; Ketol-acid reductoisomerase type I; EC 1.1.1.86 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain ATCC 27009 / DSM 446 / BCRC 14685 / JCM 5260 / KCTC 1825 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-IA) (Bacillus acidocaldarius) (see paper)
63% identity, 100% coverage: 2:330/330 of query aligns to 3:330/344 of C8WR67

query
sites
C8WR67
Q
 
K
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
D
 
D
A
 
I
D
 
S
L
 
I
K
 
Q
V
 
P
L
 
L
Q
 
A
G
 
D
K
 
K
K
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
Q
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
F
D
 
D
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
x
R
P
 
P
N
 
G
T
 
S
P
 
-
N
x
S
Y
 
W
E
 
A
L
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
A
Y
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
R
P
 
V
I
 
M
G
 
A
A
 
V
A
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
V
Q
 
E
Q
 
E
A
 
S
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
L
Q
 
P
D
|
D
H
x
E
V
x
R
Q
|
Q
S
 
P
M
 
A
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
R
E
 
E
L
 
I
R
 
R
P
 
P
Q
 
Y
M
 
L
G
 
T
P
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
F
G
 
S
Q
 
Q
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
D
 
P
S
 
K
R
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
F
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
G
P
 
P
G
|
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
V
Y
 
Y
E
 
E
K
 
A
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
A
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
V
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
S
G
 
G
N
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
D
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
G
R
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
L
A
 
T
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
R
E
 
E
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
|
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
E
Y
 
Y
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
Q
Y
 
W
G
 
G
D
 
D
Y
 
F
T
 
T
R
 
S
G
 
G
R
 
P
R
 
R
I
 
I
V
 
I
T
 
N
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
E
M
 
M
A
 
R
Q
 
R
I
 
I
L
 
L
Y
 
A
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
A
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
S
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
K
 
N
R
 
R
P
 
P
M
 
M
F
 
F
N
 
N
A
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
R
Q
 
R
E
 
E
A
 
L
E
 
E
H
 
H
P
 
P
I
 
I
E
 
E
E
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
R
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
F
L
 
I
Q
 
K
R
 
A
K
 
K

4tskA Ketol-acid reductoisomerase from alicyclobacillus acidocaldarius (see paper)
63% identity, 100% coverage: 2:330/330 of query aligns to 2:329/333 of 4tskA

query
sites
4tskA
Q
 
K
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
D
 
D
A
 
I
D
 
S
L
 
I
K
 
Q
V
 
P
L
 
L
Q
 
A
G
 
D
K
 
K
K
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
Q
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
F
D
 
D
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
G
E
x
L
I
x
R
P
 
P
N
 
G
T
 
S
P
 
-
N
x
S
Y
 
W
E
 
A
L
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
A
Y
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
R
P
 
V
I
 
M
G
 
A
A
 
V
A
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
V
Q
 
E
Q
 
E
A
 
S
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
|
L
T
x
L
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
 
R
Q
 
Q
S
 
P
M
 
A
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
R
E
 
E
L
 
I
R
 
R
P
 
P
Q
 
Y
M
 
L
G
 
T
P
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
|
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
F
G
 
S
Q
 
Q
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
D
 
P
S
 
K
R
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
F
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
|
K
G
 
G
P
|
P
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
V
Y
 
Y
E
 
E
K
 
A
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
A
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
V
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
S
G
 
G
N
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
D
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
G
R
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
L
A
 
T
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
R
E
 
E
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
E
Y
 
Y
M
 
M
R
|
R
Y
|
Y
S
 
S
V
x
I
S
 
S
D
|
D
T
 
T
A
 
A
E
x
Q
Y
 
W
G
 
G
D
 
D
Y
 
F
T
 
T
R
 
S
G
 
G
R
 
P
R
 
R
I
 
I
V
 
I
T
 
N
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
E
M
 
M
A
 
R
Q
 
R
I
 
I
L
 
L
Y
 
A
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
A
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
S
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
K
 
N
R
 
R
P
 
P
M
 
M
F
 
F
N
 
N
A
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
R
Q
 
R
E
 
E
A
 
L
E
 
E
H
 
H
P
 
P
I
 
I
E
 
E
E
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
R
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
F
L
 
I
Q
 
K
R
 
A
K
 
K

8ep7C Crystal structure of the ketol-acid reductoisomerase from bacillus anthracis in complex with NADP
63% identity, 99% coverage: 1:328/330 of query aligns to 1:327/328 of 8ep7C

query
sites
8ep7C
M
 
M
Q
 
K
I
 
T
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
A
 
Q
D
 
D
A
 
A
D
 
N
L
 
V
K
 
G
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
V
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
E
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
G
E
 
V
I
x
R
P
 
P
N
 
G
T
 
-
P
 
K
N
x
S
Y
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
V
 
K
K
 
A
Y
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
V
Q
 
R
Q
 
T
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
I
 
V
Q
 
Q
I
 
M
L
|
L
T
x
L
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
x
Q
Q
 
Q
S
 
A
M
 
H
L
x
V
Y
 
Y
E
 
K
N
 
A
E
 
E
L
 
V
R
 
E
P
 
E
Q
 
N
M
 
L
G
 
R
P
 
E
G
 
G
K
 
Q
T
 
M
L
 
L
V
 
L
F
 
F
S
 
S
H
|
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
N
P
 
P
D
 
P
S
 
S
R
 
Y
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
S
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
V
Y
 
F
E
 
Q
K
 
E
G
 
G
A
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
V
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
H
T
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
G
A
 
C
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
 
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
T
E
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
T
E
 
E
A
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
M
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
T
Y
 
N
M
 
M
R
 
R
Y
 
H
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
V
R
 
T
G
 
G
R
 
S
R
 
R
I
 
I
V
 
V
T
 
T
E
 
D
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
E
M
 
M
A
 
K
Q
 
R
I
 
V
L
 
L
Y
 
T
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
K
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
K
 
G
R
 
R
P
 
P
M
 
T
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
L
 
M
R
 
K
K
 
K
Q
 
A
E
 
E
A
 
Q
E
 
N
H
 
H
P
 
Q
I
 
L
E
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
E
K
 
E
L
 
L
R
 
R
S
 
E
M
 
M
M
 
M
G
 
S
W
 
W
L
 
I
Q
 
H

C1DFH7 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)); KARI; Acetohydroxy-acid isomeroreductase; AHIR; Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase; Ketol-acid reductoisomerase type 1; Ketol-acid reductoisomerase type I; EC 1.1.1.86 from Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (see paper)
55% identity, 99% coverage: 1:327/330 of query aligns to 1:327/338 of C1DFH7

query
sites
C1DFH7
M
 
M
Q
 
K
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
S
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
K
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
S
 
G
E
 
L
I
 
R
P
 
A
N
 
G
T
 
S
P
 
A
N
 
S
Y
 
V
E
 
A
L
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
A
Y
 
H
G
 
G
F
 
L
A
 
T
P
 
V
I
 
K
G
 
S
A
 
V
A
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
V
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
V
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
T
Q
 
P
D
 
D
H
 
E
V
 
F
Q
 
Q
S
 
G
M
 
R
L
 
L
Y
 
Y
E
 
K
N
 
D
E
 
E
L
 
I
R
 
E
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
K
P
 
K
G
 
G
K
 
A
T
 
T
L
 
L
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
S
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
N
Q
 
Q
I
 
V
T
 
V
P
 
P
D
 
R
S
 
A
R
 
D
V
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
S
E
 
E
Y
 
F
E
 
V
K
 
R
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
V
H
 
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
C
G
 
G
I
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
D
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
C
S
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
A
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
|
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
|
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
M
Y
 
F
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
N
M
 
M
R
 
N
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
N
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
E
Y
 
Y
T
 
V
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
N
E
 
E
E
 
Q
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
A
M
 
M
A
 
R
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
Y
 
K
E
 
R
I
 
I
Q
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
E
 
M
W
 
F
I
 
I
L
 
T
E
 
E
N
 
G
Q
 
A
A
 
A
K
 
N
R
 
Y
P
 
P
M
 
S
F
 
M
N
 
T
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
K
 
R
Q
 
N
E
 
N
A
 
A
E
 
A
H
 
H
P
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
E
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
T
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I

4xiyA Crystal structure of ketol-acid reductoisomerase from azotobacter (see paper)
55% identity, 99% coverage: 1:327/330 of query aligns to 1:327/328 of 4xiyA

query
sites
4xiyA
M
 
M
Q
 
K
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
S
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
K
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
Y
V
 
V
S
 
G
E
 
L
I
 
R
P
 
A
N
 
G
T
 
S
P
 
A
N
 
S
Y
 
V
E
 
A
L
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
A
Y
 
H
G
 
G
F
 
L
A
 
T
P
 
V
I
 
K
G
 
S
A
 
V
A
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
V
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
V
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
T
Q
 
P
D
 
D
H
 
E
V
 
F
Q
 
Q
S
 
G
M
 
R
L
 
L
Y
 
Y
E
 
K
N
 
D
E
 
E
L
 
I
R
 
E
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
K
P
 
K
G
 
G
K
 
A
T
 
T
L
 
L
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
S
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
N
Q
 
Q
I
 
V
T
 
V
P
 
P
D
 
R
S
 
A
R
 
D
V
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
|
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
S
E
 
E
Y
 
F
E
 
V
K
 
R
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
V
H
 
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
C
G
 
G
I
 
V
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
D
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
C
S
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
A
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
|
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
|
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
M
Y
 
F
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
N
M
 
M
R
 
N
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
N
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
E
Y
 
Y
T
 
V
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
E
I
 
V
V
 
I
T
 
N
E
 
E
E
 
Q
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
A
M
 
M
A
 
R
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
Y
 
K
E
 
R
I
 
I
Q
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
E
 
M
W
 
F
I
 
I
L
 
T
E
 
E
N
 
G
Q
 
A
A
 
A
K
 
N
R
 
Y
P
 
P
M
 
S
F
 
M
N
 
T
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
K
 
R
Q
 
N
E
 
N
A
 
A
E
 
A
H
 
H
P
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
E
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
T
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I

8upqB Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with 2,3- dihydroxy-3-isovalerate.
55% identity, 100% coverage: 1:330/330 of query aligns to 2:331/342 of 8upqB

query
sites
8upqB
M
 
I
Q
 
T
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
 
R
P
 
E
N
 
G
T
 
S
P
 
V
N
 
S
Y
 
A
E
 
V
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
N
Y
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
A
Q
 
P
D
 
D
H
 
E
V
 
I
Q
 
Q
S
 
A
M
 
D
L
 
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
x
A
P
|
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
F
E
 
T
K
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
|
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
|
S
D
 
N
T
 
T
A
|
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I
Q
 
S
R
 
A
K
 
K

7rduA Crystal structure of campylobacter jejuni keto said reductoisomerase in complex with magnesium and oxidixized and reduced NADPH
55% identity, 99% coverage: 1:328/330 of query aligns to 2:329/329 of 7rduA

query
sites
7rduA
M
 
I
Q
 
T
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
|
G
F
|
F
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
x
R
P
 
E
N
 
G
T
x
S
P
 
V
N
x
S
Y
 
A
E
 
V
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
N
Y
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
|
L
T
x
A
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
 
I
Q
 
Q
S
 
A
M
 
D
L
x
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
x
A
H
|
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
|
P
K
|
K
G
x
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
F
E
 
T
K
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
 
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I
Q
 
S

8uppA Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with NADPH and hoe704
55% identity, 99% coverage: 1:327/330 of query aligns to 1:327/327 of 8uppA

query
sites
8uppA
M
 
I
Q
 
T
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
|
F
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
x
R
P
 
E
N
 
G
T
x
S
P
 
V
N
 
S
Y
 
A
E
 
V
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
N
Y
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
|
L
T
 
A
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
x
I
Q
|
Q
S
 
A
M
 
D
L
x
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
|
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
x
A
P
|
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
F
E
 
T
K
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
|
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
x
I
S
|
S
D
 
N
T
 
T
A
|
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I

8sxdA Campylobacter jejuni keto-acid reductoisomerase in complex with intermediate and NADP+
55% identity, 99% coverage: 1:327/330 of query aligns to 1:327/327 of 8sxdA

query
sites
8sxdA
M
 
I
Q
 
T
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
|
G
F
|
F
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
 
R
P
 
E
N
 
G
T
x
S
P
 
V
N
x
S
Y
 
A
E
 
V
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
N
Y
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
|
L
T
x
A
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
 
I
Q
 
Q
S
 
A
M
 
D
L
 
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
|
P
K
 
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
F
E
 
T
K
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I

8swmA Crystal structure of campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase in complex with 2-acetolactate
55% identity, 98% coverage: 4:326/330 of query aligns to 1:323/323 of 8swmA

query
sites
8swmA
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
L
I
 
R
P
 
E
N
 
G
T
 
S
P
 
V
N
 
S
Y
 
A
E
 
V
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
N
Y
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
A
Q
 
P
D
 
D
H
 
E
V
 
I
Q
 
Q
S
 
A
M
 
D
L
 
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
F
E
 
T
K
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W

7q03A Ketol-acid reductoisomerase from methanothermococcus thermolithotrophicus in the close state with NADP and mg2+ (see paper)
55% identity, 100% coverage: 1:329/330 of query aligns to 1:328/328 of 7q03A

query
sites
7q03A
M
 
M
Q
 
K
I
 
V
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
S
D
 
D
A
 
T
D
 
T
L
 
F
K
 
D
V
 
A
L
 
V
Q
 
K
G
 
D
K
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
S
|
S
Q
|
Q
G
 
G
H
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
N
 
N
L
 
M
R
 
K
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
G
E
 
L
I
x
R
P
 
P
N
 
N
T
 
G
P
 
A
N
x
S
Y
 
W
E
 
N
L
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
E
Y
 
D
G
 
G
F
 
H
A
 
E
P
 
V
I
 
L
G
 
S
A
 
I
A
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
Q
 
K
A
 
A
Q
 
D
V
 
I
I
 
I
Q
 
H
I
 
I
L
|
L
T
x
I
Q
x
P
D
|
D
H
 
E
V
x
I
Q
 
Q
S
 
G
M
 
D
L
 
V
Y
 
Y
E
 
N
N
 
K
E
 
Q
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
Y
M
 
L
G
 
K
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
V
 
S
F
 
F
S
 
S
H
|
H
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Y
I
 
I
T
 
V
P
 
P
D
 
P
S
 
E
R
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
S
P
|
P
G
 
G
H
 
A
L
 
M
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
T
Y
 
Y
E
 
E
K
 
E
G
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
C
I
 
V
H
 
E
Q
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
D
T
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
G
Y
 
M
A
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
G
A
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
Q
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
R
E
 
E
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
T
E
 
E
L
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
S
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
T
L
 
C
H
 
H
E
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
I
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
K
G
 
G
I
 
F
S
 
A
Y
 
G
M
 
M
R
 
W
Y
 
N
S
 
D
V
 
V
S
 
S
D
 
N
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
G
Y
 
L
T
 
T
R
 
R
G
 
R
R
 
S
R
 
R
I
 
V
V
 
I
T
 
N
E
 
E
E
 
Q
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
E
 
E
M
 
M
A
 
R
Q
 
K
I
 
I
L
 
L
Y
 
K
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
R
F
 
F
A
 
T
R
 
K
E
 
E
W
 
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
I
A
 
S
K
 
G
R
 
K
P
 
A
M
 
H
F
 
L
N
 
N
A
 
S
L
 
M
R
 
R
K
 
R
Q
 
I
E
 
E
A
 
S
E
 
E
H
 
L
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
E
V
 
V
G
 
G
K
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
K
M
 
M
M
 
C
G
 
G
W
 
-
L
 
L
Q
 
Q
R
 
K

8cy8A Apo form cryo-em structure of campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by glutaraldehyde
54% identity, 99% coverage: 1:328/330 of query aligns to 1:312/312 of 8cy8A

query
sites
8cy8A
M
 
I
Q
 
T
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
A
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
K
 
N
V
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
S
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
N
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
I
S
 
G
E
 
-
I
 
L
P
 
R
N
 
N
T
 
A
P
 
-
N
 
-
Y
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
G
F
 
F
A
 
E
P
 
V
I
 
M
G
 
S
A
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
K
Q
 
I
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
M
I
 
I
L
 
L
T
 
A
Q
 
P
D
 
D
H
 
E
V
 
I
Q
 
Q
S
 
A
M
 
D
L
 
I
Y
 
F
E
 
N
N
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
K
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
S
P
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
I
V
 
A
F
 
F
S
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
N
 
N
I
 
I
H
 
H
F
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
T
 
V
P
 
V
D
 
P
S
 
K
R
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
M
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
N
E
 
E
Y
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
T
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
D
 
D
A
 
E
S
 
S
G
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
K
A
 
N
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
S
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
G
R
 
R
A
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
A
V
 
V
L
|
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
L
S
 
S
E
 
A
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
P
 
P
E
 
E
I
 
M
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
C
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
L
 
M
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
A
Y
 
D
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
S
 
S
D
 
N
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
T
 
I
R
 
T
G
 
G
R
 
P
R
 
K
I
 
I
V
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
S
 
T
R
 
K
E
 
K
E
 
A
M
 
M
A
 
K
Q
 
G
I
 
V
L
 
L
Y
 
K
E
 
D
I
 
I
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
K
E
 
D
W
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
E
N
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
R
 
F
P
 
A
M
 
R
F
 
M
N
 
H
A
 
A
L
 
E
R
 
R
K
 
K
Q
 
N
E
 
M
A
 
N
E
 
D
H
 
S
P
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
R
K
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
P
W
 
W
L
 
I
Q
 
S

P9WKJ7 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)); KARI; Acetohydroxy-acid isomeroreductase; AHIR; Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase; Ketol-acid reductoisomerase type 1; Ketol-acid reductoisomerase type I; EC 1.1.1.86 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
54% identity, 100% coverage: 1:329/330 of query aligns to 3:331/337 of P9WKJ7

query
sites
P9WKJ7
M
 
L
Q
 
E
I
 
M
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
D
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
S
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
K
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
S
L
 
L
N
 
S
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
Q
V
 
V
L
 
R
V
 
V
S
 
G
E
 
L
I
 
K
P
 
Q
N
 
G
T
 
S
P
 
R
N
 
S
Y
 
R
E
 
P
L
 
K
A
 
V
V
 
E
K
 
E
Y
 
Q
G
 
G
F
 
L
A
 
D
P
 
V
I
 
D
G
 
T
A
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
W
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
V
Q
 
M
I
 
V
L
 
L
T
 
A
Q
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
M
 
E
L
 
I
Y
 
F
E
 
A
N
 
G
E
 
D
L
 
I
R
 
E
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
D
T
 
A
L
 
L
V
 
F
F
 
F
S
 
G
H
 
H
G
 
G
F
 
L
N
 
N
I
 
V
H
 
H
F
 
F
G
 
G
Q
 
L
I
 
I
T
 
K
P
 
P
D
 
P
S
 
A
R
 
D
V
 
V
D
 
A
V
 
V
V
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
K
G
 
G
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
Q
Y
 
F
E
 
V
K
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
V
H
 
E
Q
 
Q
D
 
D
A
 
P
S
 
R
G
 
G
N
 
D
A
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
G
T
 
T
R
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
F
E
 
K
E
 
D
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
T
D
|
D
L
 
L
F
 
F
G
 
G
E
|
E
Q
 
Q
C
 
T
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
G
 
G
V
 
T
S
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
V
L
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
P
P
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
|
E
C
 
V
L
 
L
H
 
H
E
|
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
M
Y
 
Y
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
A
Y
 
R
M
 
M
R
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
S
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
D
 
G
Y
 
Y
T
 
L
R
 
S
G
 
G
R
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
T
 
D
E
 
A
E
 
G
S
 
T
R
 
K
E
 
E
E
 
R
M
 
M
A
 
R
Q
 
D
I
 
I
L
 
L
Y
 
R
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
S
F
 
F
A
 
V
R
 
H
E
 
K
W
 
L
I
 
V
L
 
A
E
 
D
N
 
V
Q
 
E
A
 
G
K
 
G
R
 
N
P
 
K
M
 
Q
F
 
L
N
 
E
A
 
E
L
 
L
R
 
R
K
 
R
Q
 
Q
E
 
N
A
 
A
E
 
E
H
 
H
P
 
P
I
 
I
E
 
E
E
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
D
M
 
L
M
 
M
G
 
S
W
 
W
L
 
V
Q
 
D
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4ypoA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ketol-acid reductoisomerase in complex with mg2+ (see paper)
54% identity, 98% coverage: 3:327/330 of query aligns to 1:325/325 of 4ypoA

query
sites
4ypoA
I
 
M
Y
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
D
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
S
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
K
 
R
K
 
K
V
 
V
A
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
A
Q
 
H
A
 
S
L
 
L
N
 
S
L
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
Q
V
 
V
L
 
R
V
 
V
S
 
G
E
 
L
I
 
K
P
 
Q
N
 
G
T
 
S
P
 
R
N
 
S
Y
 
R
E
 
P
L
 
K
A
 
V
V
 
E
K
 
E
Y
 
Q
G
 
G
F
 
L
A
 
D
P
 
V
I
 
D
G
 
T
A
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
W
A
 
A
Q
 
D
V
 
V
I
 
V
Q
 
M
I
 
V
L
 
L
T
 
A
Q
 
P
D
 
D
H
 
T
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
M
 
E
L
 
I
Y
 
F
E
 
A
N
 
G
E
 
D
L
 
I
R
 
E
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
G
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
D
T
 
A
L
 
L
V
 
F
F
 
F
S
 
G
H
 
H
G
 
G
F
 
L
N
 
N
I
 
V
H
 
H
F
 
F
G
 
G
Q
 
L
I
 
I
T
 
K
P
 
P
D
 
P
S
 
A
R
 
D
V
 
V
D
 
A
V
 
V
V
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
K
|
K
G
 
G
P
 
P
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
S
 
R
E
 
Q
Y
 
F
E
 
V
K
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
C
L
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
V
H
 
E
Q
 
Q
D
 
D
A
 
P
S
 
R
G
 
G
N
 
D
A
 
G
L
 
L
A
 
A
T