SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_013835779.1 NCBI__GCF_000214825.1:WP_013835779.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ic9C The structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from colwellia psychrerythraea 34h.
37% identity, 95% coverage: 6:446/462 of query aligns to 4:462/483 of 3ic9C

query
sites
3ic9C
K
 
K
I
 
V
R
 
I
K
 
N
V
 
V
K
 
D
Y
 
V
A
 
A
I
 
I
I
|
I
G
|
G
A
 
T
G
|
G
S
x
T
A
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
G
A
 
A
W
 
Y
S
 
R
E
 
A
I
 
A
K
 
K
K
 
K
H
 
H
T
 
T
E
 
D
D
 
K
Y
 
V
I
 
V
L
 
L
V
 
I
D
x
E
S
x
G
G
 
G
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
T
 
T
T
|
T
C
|
C
A
 
A
R
 
R
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
M
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
L
L
 
L
I
 
I
H
 
A
I
 
A
A
 
A
E
 
D
H
 
A
Y
 
S
Q
 
Y
A
 
H
W
 
A
Q
 
S
N
 
Q
A
 
T
E
 
D
S
 
L
L
 
F
G
 
G
I
 
I
N
 
Q
L
 
V
P
 
D
C
 
R
L
 
I
P
 
S
E
 
-
L
 
V
D
 
N
E
 
G
A
 
K
K
 
A
V
 
V
M
 
M
Q
 
K
R
 
R
V
 
I
R
 
Q
R
 
T
F
 
E
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
T
 
V
S
 
-
G
 
G
L
 
F
I
 
V
A
 
V
S
 
E
T
 
S
T
 
V
G
 
E
G
 
S
L
 
F
T
 
D
D
 
E
Q
 
Q
H
 
D
F
 
K
I
 
I
S
 
R
G
 
G
R
x
F
A
|
A
K
 
K
V
 
F
Y
 
L
P
 
D
D
 
E
G
 
H
K
 
T
L
 
L
V
 
Q
V
 
V
A
 
D
D
 
D
-
 
H
K
 
S
M
 
Q
F
 
V
E
 
I
A
 
A
E
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
V
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
I
 
N
V
 
Y
P
 
P
A
 
-
D
 
E
W
 
F
Q
 
L
K
 
A
E
 
A
L
 
A
G
 
G
E
 
S
L
 
R
A
 
L
L
 
L
T
 
T
S
x
N
D
 
D
D
 
N
V
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
N
T
 
D
L
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
S
L
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
F
G
 
G
L
 
P
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
S
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
I
V
 
V
I
 
K
G
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
R
Q
 
S
A
 
G
Q
 
S
I
 
V
G
 
A
G
 
N
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
S
 
E
Y
 
E
C
 
M
N
 
K
E
 
R
F
 
Y
M
 
A
L
 
E
E
 
K
Q
 
T
I
 
F
Q
 
N
K
 
E
H
 
E
F
 
F
P
 
Y
I
 
F
H
 
D
I
 
A
N
 
K
Q
 
A
Q
 
R
V
 
V
V
 
I
P
 
S
-
 
T
F
 
I
R
 
E
D
 
K
R
 
E
N
 
D
Q
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
V
T
 
I
Y
 
Y
Q
 
F
D
 
D
S
 
K
D
 
S
W
 
-
V
 
-
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
-
 
T
-
 
T
-
 
E
-
 
S
-
 
F
-
 
Q
-
 
Y
V
 
V
L
 
L
L
 
A
T
 
A
L
 
T
G
 
G
R
|
R
R
 
K
P
 
A
N
 
N
D
 
V
D
 
D
W
 
K
R
 
L
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
N
Q
 
T
G
 
S
L
 
I
A
 
E
I
 
L
D
 
D
P
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
E
V
 
L
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
L
 
T
G
 
S
D
 
V
L
 
D
P
 
H
I
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
A
G
|
G
D
|
D
A
 
A
S
 
N
G
 
N
F
 
T
H
 
L
G
x
T
I
x
L
L
|
L
H
 
H
E
 
E
A
 
A
N
 
A
R
 
D
E
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
G
Q
 
T
N
 
N
A
 
A
I
 
G
H
 
A
Y
 
Y
T
 
P
H
 
V
L
 
I
R
 
A
G
 
Q
S
 
G
D
 
Q
Y
 
R
L
 
R
C
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
S
I
 
V
V
 
V
F
 
F
S
 
T
D
 
E
P
 
P
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
G
C
 
L
E
 
S
-
 
L
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
L
Y
 
Y
N
 
A
E
 
D
L
 
Q
D
 
D
K
 
A
N
 
A
T
 
N
T
 
Y
L
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
Q
F
 
V
D
 
S
L
 
F
N
 
E
C
 
-
N
 
G
N
 
Q
G
 
G
R
 
R
A
 
S
I
 
R
V
 
V
M
 
M
D
 
G
Q
 
K
D
 
N
Y
 
K
G
 
G
R
 
L
M
 
L
R
 
N
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
T
T
 
S
G
 
G
R
 
E
L
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
A
E
 
E
L
 
M
A
 
F
M
 
G
P
 
P
N
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
H
L
 
I
G
 
G
H
 
H
L
 
L
L
 
L
A
 
A
W
 
W
S
 
A
V
 
R
Q
 
Q
M
 
Q
G
 
Q
L
 
M
T
 
T
L
 
V
Q
 
Q
D
 
A
L
 
M
S
 
L
T
 
T
M
 
M
P
 
P
Y
 
F
Y
 
Y
H
|
H
P
 
P
V
 
V
L
 
I
E
 
E
E
|
E
A
 
G
L
 
L
Q
 
R
N
 
T
V
 
A
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P11959 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of pyruvate complex; EC 1.8.1.4 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see paper)
28% identity, 92% coverage: 14:440/462 of query aligns to 14:451/470 of P11959

query
sites
P11959
I
 
V
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
Q
D
 
K
Y
 
V
I
 
T
L
 
I
V
 
V
D
x
E
S
x
K
G
|
G
P
x
N
L
|
L
G
|
G
T
x
G
T
x
V
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
 
G
C
 
C
M
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
S
I
 
A
A
 
S
E
 
H
H
 
R
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
Q
W
 
A
Q
 
K
N
 
H
A
 
S
E
 
E
S
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
I
N
 
K
L
 
A
P
 
E
C
 
N
L
 
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
F
A
 
A
K
 
K
V
 
V
M
 
Q
Q
 
E
R
 
W
V
 
K
R
 
A
R
 
S
F
 
V
R
 
V
D
 
K
R
 
K
F
 
L
T
 
T
S
 
G
G
 
G
L
 
V
I
 
E
A
 
G
S
 
L
T
 
L
T
 
K
G
 
G
G
 
N
L
 
K
T
 
V
D
 
E
Q
 
-
H
 
-
F
 
I
I
 
V
S
 
K
G
 
G
R
 
E
A
 
A
K
 
Y
V
 
F
Y
 
V
P
 
D
D
 
A
G
 
N
K
 
T
L
 
V
V
 
R
V
 
V
A
 
V
D
 
N
-
 
G
-
 
D
-
 
S
-
 
A
K
 
Q
M
 
T
F
 
Y
E
 
T
A
 
F
E
 
K
R
 
N
I
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
E
P
 
L
A
 
P
D
 
N
W
 
F
Q
 
K
K
 
-
E
 
-
L
 
F
G
 
S
E
 
N
L
 
R
A
 
I
L
 
L
T
 
D
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
N
L
 
L
E
 
G
T
 
E
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
S
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
T
A
 
A
L
 
Y
S
 
A
K
 
N
L
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
T
G
 
I
F
 
L
D
 
E
A
 
G
Q
 
A
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
-
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
F
Q
 
E
D
 
K
S
 
Q
Y
 
M
C
 
A
N
 
A
E
 
I
F
 
I
M
 
K
L
 
K
E
 
R
Q
 
L
I
 
K
Q
 
K
K
 
K
H
 
G
F
 
V
P
 
E
I
 
V
H
 
V
I
 
T
N
 
N
Q
 
A
Q
 
L
V
 
A
V
 
K
P
 
G
F
 
A
R
 
E
D
 
E
R
 
R
-
 
E
N
 
D
Q
 
G
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
D
 
A
S
 
N
D
 
G
W
 
E
V
 
T
-
 
K
-
 
T
-
 
I
-
 
D
G
 
A
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
P
N
 
N
D
 
T
D
 
D
W
 
E
R
 
L
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
Q
Q
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
K
I
 
M
D
 
T
P
 
N
V
 
R
T
 
G
L
 
L
Q
 
I
L
 
E
G
 
V
D
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
C
-
 
R
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
N
I
 
I
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
I
S
 
V
G
 
P
F
 
G
H
 
P
G
 
A
I
 
L
L
x
A
H
 
H
E
 
K
A
 
A
N
 
S
R
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
A
I
 
I
H
 
A
Y
 
-
T
 
G
H
 
H
L
 
P
R
 
S
G
 
A
S
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
V
C
 
A
P
 
I
L
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
V
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
C
A
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
G
-
 
Y
C
 
F
E
 
E
Y
 
Q
N
 
Q
E
 
A
L
 
K
D
 
D
K
 
E
N
 
G
T
 
I
T
 
D
L
 
V
I
 
I
G
 
A
S
 
A
F
 
K
D
 
F
L
 
P
N
 
F
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
M
 
L
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
D
G
 
G
R
 
F
M
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
V
A
 
V
D
 
R
R
 
K
A
 
E
T
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
I
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
N
A
 
A
E
 
S
H
 
D
L
 
M
G
 
I
H
 
A
L
 
E
L
 
L
A
 
G
W
 
L
S
 
A
V
 
I
Q
 
E
M
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
T
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
A
T
 
L
M
 
T
P
 
I
Y
 
H
Y
 
A
H
 
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
 
E

1ebdA Dihydrolipoamide dehydrogenase complexed with the binding domain of the dihydrolipoamide acetylase (see paper)
28% identity, 92% coverage: 14:440/462 of query aligns to 8:445/455 of 1ebdA

query
sites
1ebdA
I
 
V
I
 
V
G
|
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
 
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
Q
D
 
K
Y
 
V
I
 
T
L
 
I
V
|
V
D
x
E
S
x
K
G
 
G
P
 
N
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
x
V
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
S
I
 
A
A
 
S
E
 
H
H
 
R
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
Q
W
 
A
Q
 
K
N
 
H
A
 
S
E
 
E
S
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
I
N
 
K
L
 
A
P
 
E
C
x
N
L
x
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
F
A
 
A
K
 
K
V
 
V
M
 
Q
Q
 
E
R
 
W
V
 
K
R
 
A
R
 
S
F
 
V
R
 
V
D
 
K
R
 
K
F
 
L
T
 
T
S
 
G
G
 
G
L
 
V
I
 
E
A
 
G
S
 
L
T
 
L
T
 
K
G
 
G
G
 
N
L
 
K
T
 
V
D
 
E
Q
 
-
H
 
-
F
 
I
I
 
V
S
 
K
G
 
G
R
x
E
A
|
A
K
 
Y
V
 
F
Y
 
V
P
 
D
D
 
A
G
 
N
K
 
T
L
 
V
V
 
R
V
 
V
A
 
V
D
 
N
-
 
G
-
 
D
-
 
S
-
 
A
K
 
Q
M
 
T
F
 
Y
E
 
T
A
 
F
E
 
K
R
 
N
I
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
E
P
 
L
A
 
P
D
 
N
W
 
F
Q
 
K
K
 
-
E
 
-
L
 
F
G
 
S
E
 
N
L
 
R
A
 
I
L
 
L
T
 
D
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
N
L
 
L
E
 
G
T
 
E
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
S
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
V
x
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
I
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
T
A
 
A
L
 
Y
S
 
A
K
 
N
L
 
F
G
 
G
V
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
T
G
 
I
F
 
L
D
 
E
A
 
G
Q
 
A
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
-
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
F
Q
 
E
D
 
K
S
 
Q
Y
 
M
C
 
A
N
 
A
E
 
I
F
 
I
M
 
K
L
 
K
E
 
R
Q
 
L
I
 
K
Q
 
K
K
 
K
H
 
G
F
 
V
P
 
E
I
 
V
H
 
V
I
 
T
N
 
N
Q
 
A
Q
 
L
V
 
A
V
 
K
P
 
G
F
 
A
R
 
E
D
 
E
R
 
R
-
 
E
N
 
D
Q
 
G
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
D
 
A
S
 
N
D
 
G
W
 
E
V
 
T
-
 
K
-
 
T
-
 
I
-
 
D
G
 
A
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
T
L
 
V
G
 
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
N
D
 
T
D
 
D
W
 
E
R
 
L
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
Q
Q
 
I
G
 
G
L
 
I
A
 
K
I
 
M
D
 
T
P
 
N
V
 
R
T
 
G
L
 
L
Q
 
I
L
 
E
G
 
V
D
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
C
-
 
R
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
N
I
 
I
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
I
S
 
V
G
 
P
F
 
G
H
 
P
G
x
A
I
x
L
L
x
A
H
 
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
A
I
 
I
H
 
A
Y
 
-
T
 
G
H
 
H
L
 
P
R
 
S
G
 
A
S
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
V
C
 
A
P
 
I
L
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
V
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
C
A
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
G
-
 
Y
C
 
F
E
 
E
Y
 
Q
N
 
Q
E
 
A
L
 
K
D
 
D
K
 
E
N
 
G
T
 
I
T
 
D
L
 
V
I
 
I
G
 
A
S
 
A
F
 
K
D
 
F
L
 
P
N
 
F
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
M
 
L
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
D
G
 
G
R
 
F
M
 
L
R
 
K
L
 
L
Y
 
V
A
 
V
D
 
R
R
 
K
A
 
E
T
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
I
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
N
A
 
A
E
 
S
H
 
D
L
 
M
G
 
I
H
 
A
L
 
E
L
 
L
A
 
G
W
 
L
S
 
A
V
 
I
Q
 
E
M
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
T
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
A
T
 
L
M
 
T
P
 
I
Y
x
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
|
E

8qcjA Crystal structure of mycothiol disulfide reductase mtr from rhodococcus erythropolis (see paper)
26% identity, 94% coverage: 13:446/462 of query aligns to 7:453/458 of 8qcjA

query
sites
8qcjA
A
 
A
I
 
I
I
 
I
G
|
G
A
 
S
G
|
G
S
 
S
A
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
N
A
 
S
W
 
L
S
 
P
E
 
D
I
 
E
K
 
R
K
 
F
H
 
D
T
 
G
E
 
K
D
 
K
Y
 
I
I
 
A
L
 
I
V
x
L
D
x
E
S
x
E
G
 
G
P
 
T
L
 
F
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
 
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
 
C
M
 
I
P
 
P
S
 
T
K
 
K
A
 
M
L
 
F
I
 
V
H
 
Y
I
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
V
Y
 
A
Q
 
R
A
 
T
W
 
I
Q
 
T
N
 
T
A
 
A
E
 
E
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
I
 
V
N
 
D
L
 
-
P
 
-
C
 
-
L
 
-
P
 
A
E
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
G
A
 
V
K
 
R
V
 
W
M
 
S
Q
 
D
R
 
I
V
 
V
R
 
K
R
 
R
F
 
V
R
 
F
D
 
G
R
 
R
F
 
I
T
 
D
S
 
P
G
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
I
T
 
S
T
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
E
T
 
R
D
 
Y
Q
 
R
H
 
S
F
 
E
I
 
D
S
 
S
G
 
P
R
 
N
A
 
T
K
 
T
V
 
V
Y
 
Y
P
 
R
D
 
G
G
 
H
K
x
A
L
 
T
V
 
F
V
 
T
A
 
G
D
 
D
K
 
K
M
 
T
F
 
I
E
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
T
A
 
A
E
 
D
R
 
Q
I
 
V
I
 
V
V
 
I
A
 
A
V
x
A
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
I
P
 
P
A
 
E
D
 
E
W
 
I
Q
 
A
K
 
S
E
 
S
L
 
-
G
 
G
E
 
V
L
 
K
A
 
Y
L
 
Y
T
 
T
S
x
N
D
 
E
D
 
D
V
 
I
F
 
M
E
 
R
L
 
L
E
 
P
T
 
E
L
 
L
P
 
P
K
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
V
V
 
I
I
 
V
G
 
G
L
 
S
G
 
G
V
x
F
I
|
I
G
 
A
L
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
A
Q
 
H
A
 
V
L
 
F
S
 
S
K
 
A
L
 
L
G
 
G
-
 
S
-
 
R
V
 
V
E
 
S
V
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
-
D
 
R
A
 
S
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
L
I
 
L
G
 
R
G
 
H
L
 
L
Q
 
D
D
 
D
S
 
E
Y
 
I
C
 
S
N
 
E
E
 
R
F
 
F
M
 
T
L
 
-
E
 
E
Q
 
L
I
 
A
Q
 
E
K
 
Q
H
 
K
F
 
W
P
 
D
I
 
V
H
 
H
I
 
L
N
 
G
Q
 
S
Q
 
P
V
 
L
V
 
T
P
 
S
F
 
V
R
 
R
-
 
G
D
 
D
R
 
G
N
 
D
Q
 
N
V
 
I
K
 
A
I
 
V
T
 
E
Y
 
L
Q
 
A
D
 
N
S
 
G
D
 
T
W
 
V
V
 
V
-
 
S
G
 
G
D
 
D
K
 
V
V
 
L
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
N
 
N
D
 
G
D
 
D
W
 
L
R
 
L
T
 
G
P
 
L
E
 
D
L
 
K
Q
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
E
I
 
L
D
 
D
P
 
D
V
 
K
T
 
G
L
 
S
Q
 
V
L
 
V
G
 
V
D
 
D
-
 
E
-
 
Y
-
 
Q
-
 
R
-
 
T
-
 
T
-
 
A
L
 
E
P
 
G
I
 
V
F
 
F
V
 
A
A
 
L
G
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
S
G
 
S
F
 
P
H
 
Y
G
x
Q
I
x
L
L
x
K
H
|
H
E
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
H
E
 
E
G
 
A
K
 
R
T
 
V
A
 
V
A
 
Q
Q
 
H
N
 
N
A
 
L
I
 
L
H
 
Q
-
 
D
-
 
A
-
 
W
-
 
K
-
 
D
Y
 
T
T
 
S
H
 
G
L
 
L
R
 
R
G
 
S
S
 
T
D
 
D
Y
 
H
L
 
R
C
 
F
P
 
V
L
 
P
A
 
A
I
 
A
V
 
V
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
R
 
D
I
 
V
G
 
G
-
 
M
C
 
T
E
 
E
Y
 
K
N
 
Q
E
 
A
L
 
R
D
 
D
K
 
A
N
 
G
T
 
L
T
 
D
L
 
I
I
 
T
G
 
V
S
 
K
F
 
V
D
 
Q
L
 
A
N
 
Y
C
 
G
N
 
D
N
 
V
G
 
A
R
 
Y
A
 
G
I
 
W
V
 
A
M
 
M
D
 
E
Q
 
D
D
 
Q
Y
 
E
G
 
G
R
 
I
M
 
C
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
E
R
 
R
A
 
G
T
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
A
E
 
H
L
 
V
A
 
M
M
 
G
P
 
T
N
 
Q
A
 
A
E
 
P
H
 
T
L
 
V
G
 
I
H
 
Q
L
 
P
L
 
L
A
 
I
W
 
Q
S
 
A
V
 
M
Q
 
S
M
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
S
L
 
A
Q
 
Q
D
 
D
L
 
M
S
 
A
T
 
R
M
 
G
P
 
Q
Y
 
Y
Y
 
W
-
 
I
H
 
H
P
 
P
V
 
A
L
 
L
E
 
A
E
 
E
A
 
V
L
 
V
Q
 
E
N
 
N
V
 
A
I
 
L

P09063 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex; LPD-Val; EC 1.8.1.4 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see paper)
29% identity, 89% coverage: 36:444/462 of query aligns to 33:447/459 of P09063

query
sites
P09063
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
x
E
S
x
G
G
x
Q
P
x
A
L
|
L
G
|
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
I
G
 
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
I
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
Q
Y
 
F
-
 
H
Q
 
Q
A
 
A
W
 
S
Q
 
R
N
 
F
A
 
T
E
 
E
-
 
P
-
 
S
S
 
P
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
S
L
 
V
P
 
A
C
 
S
L
 
-
P
 
P
E
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
I
A
 
G
K
 
Q
V
 
S
M
 
V
Q
 
A
R
 
W
V
 
K
R
 
D
R
 
G
F
 
I
R
 
V
D
 
D
R
 
R
F
 
L
T
 
T
S
 
T
G
 
G
L
 
V
I
 
A
A
 
A
S
 
-
T
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
L
T
 
L
D
 
K
Q
 
K
H
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
K
F
 
V
I
 
V
S
 
H
G
 
G
R
 
W
A
|
A
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
P
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
Q
V
 
V
V
 
E
A
 
V
D
 
D
-
 
G
K
 
Q
M
 
R
F
 
I
E
 
Q
A
 
C
E
 
E
R
 
H
I
 
L
I
 
L
V
 
L
A
|
A
V
 
T
G
 
G
S
 
S
T
 
S
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
L
P
 
P
I
 
M
V
 
L
P
 
P
A
 
-
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
G
E
 
G
L
 
P
A
 
V
L
 
I
T
 
S
S
 
S
D
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
A
L
 
P
E
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
R
 
H
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
|
G
L
x
G
G
|
G
V
x
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
I
A
 
A
L
 
Y
S
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
Q
V
 
V
I
 
S
G
 
V
F
 
V
D
x
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
E
Q
 
R
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
T
Q
 
Y
D
 
D
S
 
S
Y
 
E
C
 
L
N
 
T
E
 
A
F
 
P
M
 
V
L
 
A
E
 
E
Q
 
S
I
 
L
Q
 
K
K
 
K
-
 
L
H
 
G
F
 
I
P
 
A
I
 
L
H
 
H
I
 
L
N
 
G
Q
 
H
Q
 
S
V
|
V
V
 
E
P
 
G
F
 
Y
R
 
E
D
 
N
R
 
G
N
 
C
Q
 
L
V
 
L
K
 
A
I
 
N
T
 
D
Y
 
G
Q
 
K
D
 
G
S
 
G
D
 
Q
W
 
L
V
 
R
-
 
L
-
 
E
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
x
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
R
D
 
T
D
 
K
W
 
G
R
 
F
T
 
N
P
 
L
E
 
E
L
 
C
Q
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
K
I
 
M
D
 
N
P
 
G
V
 
A
T
 
A
L
 
I
Q
 
A
L
 
I
G
 
D
D
 
E
L
 
R
-
 
C
-
 
Q
-
 
T
-
 
S
-
 
M
-
 
H
P
 
N
I
 
V
F
 
W
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
E
H
 
P
G
x
M
I
 
L
L
x
A
H
 
H
E
 
R
A
 
A
N
 
M
R
 
A
E
 
Q
G
 
G
K
 
E
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
I
H
 
I
Y
 
A
T
 
G
H
 
K
L
 
A
R
 
R
G
 
R
S
 
F
D
 
E
Y
 
P
L
 
A
C
 
A
P
 
I
L
 
A
A
 
A
I
 
V
V
 
C
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
A
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
P
N
 
E
E
 
Q
L
 
A
D
 
S
K
 
Q
N
 
Q
-
 
G
-
 
L
T
 
D
T
 
C
L
 
I
I
 
V
G
 
A
S
 
Q
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
S
M
 
L
D
 
E
Q
 
S
D
 
K
Y
 
S
G
 
G
R
 
F
M
 
V
R
 
R
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
D
 
R
R
 
R
A
 
D
T
 
N
G
 
H
R
 
L
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
W
E
 
Q
L
 
A
A
 
V
M
 
G
P
 
V
N
 
A
A
 
V
E
 
S
H
 
E
L
 
L
G
 
S
H
 
T
L
 
A
L
 
F
A
 
A
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
A
T
 
C
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
V
S
 
A
T
 
G
M
 
T
P
 
I
Y
 
H
Y
 
A
H
 
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
Q
N
 
E

1lvlA The refined structure of pseudomonas putida lipoamide dehydrogenase complexed with NAD+ at 2.45 angstroms resolution (see paper)
29% identity, 89% coverage: 36:444/462 of query aligns to 32:446/458 of 1lvlA

query
sites
1lvlA
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
x
E
S
x
G
G
 
Q
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
I
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
I
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
Q
Y
 
F
-
 
H
Q
 
Q
A
 
A
W
 
S
Q
 
R
N
 
F
A
 
T
E
 
E
-
 
P
-
 
S
S
 
P
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
S
L
 
V
P
 
A
C
x
S
L
 
-
P
|
P
E
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
I
A
 
G
K
 
Q
V
 
S
M
 
V
Q
 
A
R
 
W
V
 
K
R
 
D
R
 
G
F
 
I
R
 
V
D
 
D
R
 
R
F
 
L
T
 
T
S
 
T
G
 
G
L
 
V
I
 
A
A
 
A
S
 
-
T
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
L
T
 
L
D
 
K
Q
 
K
H
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
K
F
 
V
I
 
V
S
 
H
G
 
G
R
x
W
A
|
A
K
 
K
V
 
V
Y
 
L
P
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
Q
V
 
V
V
 
E
A
 
V
D
 
D
-
 
G
K
 
Q
M
 
R
F
 
I
E
 
Q
A
 
C
E
 
E
R
 
H
I
 
L
I
 
L
V
 
L
A
|
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
S
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
L
P
 
P
I
 
M
V
 
L
P
 
P
A
 
-
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
G
E
 
G
L
 
P
A
 
V
L
 
I
T
 
S
S
 
S
D
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
A
L
 
P
E
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
R
 
H
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
x
V
G
|
G
L
 
G
G
 
G
V
x
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
I
A
 
A
L
 
Y
S
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
Q
V
 
V
I
 
S
G
 
V
F
 
V
D
x
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
E
Q
 
R
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
T
Q
 
Y
D
 
D
S
 
S
Y
 
E
C
 
L
N
 
T
E
 
A
F
 
P
M
 
V
L
 
A
E
 
E
Q
 
S
I
 
L
Q
 
K
K
 
K
-
 
L
H
 
G
F
 
I
P
 
A
I
 
L
H
 
H
I
 
L
N
 
G
Q
 
H
Q
 
S
V
 
V
V
 
E
P
 
G
F
 
Y
R
 
E
D
 
N
R
 
G
N
 
C
Q
 
L
V
 
L
K
 
A
I
 
N
T
 
D
Y
 
G
Q
 
K
D
 
G
S
 
G
D
 
Q
W
 
L
V
 
R
-
 
L
-
 
E
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
x
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
x
R
D
 
T
D
 
K
W
 
G
R
 
F
T
 
N
P
 
L
E
 
E
L
 
C
Q
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
K
I
 
M
D
 
N
P
 
G
V
 
A
T
 
A
L
 
I
Q
 
A
L
 
I
G
 
D
D
 
E
L
 
R
-
 
C
-
 
Q
-
 
T
-
 
S
-
 
M
-
 
H
P
 
N
I
 
V
F
 
W
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
A
G
 
G
F
x
E
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
R
A
 
A
N
x
M
R
 
A
E
 
Q
G
 
G
K
 
E
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
I
H
 
I
Y
 
A
T
 
G
H
 
K
L
 
A
R
 
R
G
 
R
S
 
F
D
 
E
Y
 
P
L
 
A
C
 
A
P
 
I
L
 
A
A
 
A
I
 
V
V
 
C
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
A
 
V
R
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
P
N
 
E
E
 
Q
L
 
A
D
 
S
K
 
Q
N
 
Q
-
 
G
-
 
L
T
 
D
T
 
C
L
 
I
I
 
V
G
 
A
S
 
Q
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
S
M
 
L
D
 
E
Q
 
S
D
 
K
Y
 
S
G
 
G
R
 
F
M
 
V
R
 
R
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
D
 
R
R
 
R
A
 
D
T
 
N
G
 
H
R
 
L
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
W
E
 
Q
L
 
A
A
 
V
M
 
G
P
 
V
N
 
A
A
 
V
E
 
S
H
 
E
L
 
L
G
 
S
H
 
T
L
 
A
L
 
F
A
 
A
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
A
T
 
C
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
V
S
 
A
T
 
G
M
 
T
P
 
I
Y
x
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
|
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
Q
N
 
E

Sites not aligning to the query:

6awaA 1.83 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from pseudomonas putida in complex with fad and adenosine-5'-monophosphate.
27% identity, 94% coverage: 8:443/462 of query aligns to 3:459/475 of 6awaA

query
sites
6awaA
R
 
Q
K
 
K
V
 
F
K
 
D
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
C
I
 
I
K
x
E
K
|
K
H
 
Y
T
 
T
E
 
D
D
 
A
Y
 
E
I
 
G
L
 
K
V
 
L
D
 
-
S
 
-
G
 
-
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
 
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
I
 
S
A
 
S
E
 
W
H
 
K
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
-
W
 
-
Q
 
E
N
 
A
A
 
K
E
 
E
S
 
S
L
 
F
G
 
N
I
 
V
N
 
H
L
 
G
P
 
I
C
 
S
L
 
T
P
 
G
E
 
E
-
 
V
-
 
K
L
 
M
D
 
D
E
 
V
A
 
A
K
 
A
V
 
M
M
 
V
Q
 
G
R
 
R
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
T
 
K
S
 
A
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
K
S
 
N
T
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
V
T
 
A
D
 
T
Q
 
L
H
 
F
F
 
K
I
 
A
S
 
N
G
 
G
R
 
V
A
 
T
K
 
S
V
 
I
Y
 
Q
P
 
G
D
x
H
G
|
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
V
 
A
A
 
G
D
 
K
K
 
K
M
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
T
-
 
E
-
 
V
F
 
I
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
I
 
V
I
 
I
V
 
L
A
 
A
V
x
S
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
I
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
P
-
 
P
V
 
A
P
 
P
A
 
V
D
 
D
W
 
Q
Q
 
N
K
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
V
A
 
I
L
 
V
T
 
D
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
F
E
 
Q
T
 
A
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
G
V
 
V
I
|
I
G
 
G
L
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
 
L
D
x
E
A
|
A
Q
x
L
A
 
D
Q
 
T
I
 
F
G
 
L
G
 
M
L
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
T
Y
 
A
C
 
V
N
 
S
E
 
K
F
 
E
M
 
A
L
 
Q
E
 
K
Q
 
T
I
 
L
Q
 
T
K
 
K
H
 
Q
-
 
G
F
 
L
P
 
D
I
 
I
H
 
K
I
 
L
N
 
G
Q
 
A
Q
 
R
V
|
V
V
 
T
P
 
G
F
 
S
R
 
K
-
 
V
D
 
N
R
 
G
N
 
N
Q
 
E
V
 
V
K
 
E
I
 
V
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
T
D
 
N
S
 
A
D
 
E
W
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
I
V
 
T
G
 
F
D
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
L
 
V
T
 
A
L
x
V
G
 
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
V
D
 
T
D
 
T
W
 
D
R
 
L
T
 
L
P
 
A
E
 
S
L
 
D
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
I
 
I
D
 
D
P
 
E
V
 
R
T
 
G
L
 
Y
Q
 
I
L
 
F
G
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
Y
-
 
C
-
 
A
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
V
F
 
Y
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
M
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
 
H
E
 
K
A
 
A
N
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
I
T
 
M
A
 
V
A
 
V
Q
 
E
N
 
R
A
 
I
I
 
-
H
 
-
Y
 
K
T
 
G
H
 
H
L
 
K
R
 
A
G
 
Q
S
 
M
D
 
N
Y
 
Y
L
 
D
C
 
L
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
 
V
V
 
I
F
x
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
W
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
E
N
 
Q
E
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
E
-
 
G
-
 
V
T
 
E
T
 
V
L
 
N
I
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
A
M
 
A
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
G
G
 
G
R
 
F
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
V
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
E
 
A
H
 
E
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
L
 
Q
L
 
G
A
 
A
W
 
I
S
 
A
V
 
M
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
M
M
 
M
P
 
V
Y
x
F
Y
 
S
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

2eq6A Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
28% identity, 94% coverage: 14:449/462 of query aligns to 8:451/460 of 2eq6A

query
sites
2eq6A
I
 
V
I
|
I
G
|
G
A
 
T
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
H
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
L
D
 
K
Y
 
V
I
 
L
L
 
A
V
 
V
D
x
E
S
x
A
G
 
G
P
 
E
L
x
V
G
 
G
T
x
G
T
x
V
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
x
T
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
H
I
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
T
Y
 
L
Q
 
H
A
 
H
W
 
L
Q
 
K
N
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
F
N
 
G
L
 
L
P
 
K
C
 
A
L
 
K
P
 
P
E
 
E
L
 
L
D
 
D
E
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
M
 
L
Q
 
K
R
 
K
V
 
L
R
 
G
R
 
G
F
 
W
R
 
R
D
 
D
R
 
Q
F
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
L
 
V
I
 
V
A
 
K
S
 
K
T
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
G
T
 
N
D
 
G
Q
 
V
H
 
E
F
 
L
I
 
L
S
 
R
G
 
G
R
x
F
A
|
A
K
 
R
V
 
L
Y
 
V
P
 
G
D
 
P
G
 
K
K
 
E
L
 
V
V
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
G
K
 
E
M
 
R
F
 
Y
E
 
G
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
L
I
 
I
V
 
L
A
|
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
E
P
 
P
I
 
L
V
 
E
P
 
L
A
 
K
D
 
G
W
 
F
Q
 
P
K
 
-
E
 
-
L
 
F
G
 
G
E
 
E
L
 
D
A
 
V
L
 
W
T
 
D
S
|
S
D
 
T
D
 
R
V
 
A
F
 
L
E
 
K
L
 
V
E
 
E
T
 
E
-
 
G
L
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
L
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
V
x
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
L
 
Y
S
 
R
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
L
F
 
I
D
 
E
A
 
Y
Q
 
M
A
 
P
Q
 
E
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
Q
Q
 
G
D
 
D
S
 
P
Y
 
E
C
 
T
N
 
A
E
 
A
F
 
L
M
 
L
L
 
R
E
 
R
Q
 
A
I
 
L
Q
 
E
K
 
K
H
 
E
-
 
G
F
 
I
P
 
R
I
 
V
H
 
R
I
 
T
N
 
K
Q
 
T
Q
 
K
V
 
A
V
 
V
P
 
G
F
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
K
R
 
K
D
 
D
R
 
G
N
 
L
Q
 
H
V
 
V
K
 
R
I
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
E
T
 
G
Y
 
G
Q
 
E
D
 
G
S
 
E
D
 
E
W
 
V
V
 
V
G
 
V
D
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
K
P
 
P
N
x
R
D
 
T
D
 
E
W
 
G
R
 
L
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
K
Q
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
K
I
 
V
D
 
D
P
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
F
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
N
V
 
A
T
 
R
L
 
M
Q
 
E
L
 
T
G
 
S
D
 
V
L
 
P
P
 
G
I
 
V
F
 
Y
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
A
S
 
A
G
 
R
F
 
P
H
 
P
G
x
L
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
 
M
R
 
R
E
 
E
G
 
G
K
 
L
T
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
N
 
N
A
 
A
I
 
A
H
 
G
Y
 
K
T
 
D
H
 
S
L
 
-
R
 
-
G
 
A
S
 
F
D
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
C
 
V
P
 
P
L
 
-
A
 
S
I
 
V
V
 
V
F
x
Y
S
 
T
D
 
S
P
 
P
Q
 
E
I
 
W
A
 
A
R
 
G
I
 
V
G
 
G
C
 
L
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
E
L
 
A
D
 
K
K
 
R
N
 
A
-
 
G
-
 
Y
T
 
K
T
 
V
L
 
K
I
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
D
 
P
L
 
L
N
 
A
C
 
A
N
 
S
N
 
-
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
T
M
 
L
D
 
G
Q
 
G
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
R
 
M
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
E
A
 
E
T
 
T
G
 
D
R
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
F
L
 
I
A
 
V
M
 
G
P
 
P
N
 
Q
A
 
A
E
 
G
H
 
E
L
 
L
G
 
I
H
 
A
L
 
E
L
 
A
A
 
A
W
 
L
S
 
A
V
 
L
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
L
Q
 
T
D
 
D
L
 
L
S
 
A
T
 
L
M
 
T
P
 
V
Y
x
H
Y
 
P
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
M
N
 
E
V
 
A
I
 
A
D
 
E
A
 
A
M
 
F

Sites not aligning to the query:

6cmzA 2.3 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from burkholderia cenocepacia in complex with fad and NAD
29% identity, 93% coverage: 14:444/462 of query aligns to 9:450/462 of 6cmzA

query
sites
6cmzA
I
 
V
I
 
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
S
x
P
A
 
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
G
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
I
D
 
P
Y
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
x
E
S
x
R
G
 
D
P
 
R
L
 
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
I
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
I
 
V
A
 
A
E
 
D
H
 
A
Y
 
F
-
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
 
C
Q
 
G
N
 
H
A
 
A
E
 
G
-
 
E
-
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
R
L
 
V
P
 
R
C
 
A
L
 
-
P
 
P
E
 
E
L
 
I
D
 
D
E
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
S
M
 
V
Q
 
A
R
 
W
V
 
K
R
 
D
R
 
G
F
 
I
R
 
V
D
 
D
R
 
R
F
 
L
T
 
T
S
 
R
G
 
G
L
 
V
I
 
G
A
 
A
S
 
L
T
 
L
T
 
K
G
 
K
G
 
-
L
 
-
T
 
S
D
 
G
Q
 
V
H
 
R
F
 
V
I
 
L
S
 
H
G
 
G
R
x
E
A
|
A
K
 
R
V
 
V
Y
 
I
P
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
T
V
 
V
V
 
E
A
 
V
D
 
V
K
 
S
M
 
A
F
 
G
E
 
H
A
 
A
E
 
V
R
 
R
I
 
I
-
 
G
-
 
C
-
 
E
-
 
H
-
 
L
I
 
L
V
 
L
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
E
P
 
P
I
 
V
-
 
E
V
x
L
P
|
P
A
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
K
 
M
E
 
P
L
 
F
G
 
G
E
 
G
L
 
H
A
 
V
L
 
V
T
 
S
S
 
S
D
 
T
D
 
D
V
 
A
F
 
L
E
 
S
L
 
P
E
 
A
T
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
x
V
G
|
G
L
 
A
G
 
G
V
x
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
I
A
 
V
L
 
Y
S
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
V
 
V
I
 
S
G
 
V
F
 
V
D
x
E
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
Q
 
R
I
 
V
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
Y
D
 
D
S
 
A
Y
 
E
C
 
L
N
 
V
E
 
R
F
 
P
M
 
V
L
 
A
E
 
D
Q
 
S
I
 
L
Q
 
A
K
 
R
-
 
L
H
 
G
F
 
V
P
 
R
I
 
L
H
 
W
I
 
L
N
 
G
Q
 
H
Q
 
K
V
 
V
V
 
L
P
 
G
F
 
L
R
 
D
D
 
K
R
 
H
N
 
G
Q
 
A
V
 
V
K
 
R
I
 
V
T
 
Q
Y
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
D
 
T
W
 
L
V
 
P
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
x
V
G
 
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
x
R
D
 
V
D
 
D
W
 
G
R
x
F
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
T
Q
 
L
G
 
M
L
 
L
A
 
D
I
 
R
D
 
N
P
 
G
V
x
R
T
 
A
L
 
L
Q
 
R
L
 
I
G
 
D
D
 
D
L
 
T
-
 
C
-
 
R
-
 
T
-
 
S
-
 
M
-
 
R
P
 
N
I
 
V
F
 
W
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
E
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
R
A
 
A
N
 
M
R
 
A
E
 
Q
G
 
G
K
 
E
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
L
I
 
I
H
 
A
Y
 
G
T
 
R
H
 
R
L
 
R
R
 
Q
G
 
F
S
 
M
D
 
P
Y
 
A
L
 
A
C
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
A
I
 
V
V
 
C
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
V
R
 
T
I
 
A
G
 
G
C
 
W
E
 
S
Y
 
P
N
 
D
E
 
D
L
 
A
D
 
H
K
 
A
N
 
A
T
 
G
T
 
V
-
 
D
-
 
C
L
 
L
I
 
S
G
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
T
M
 
L
D
 
Q
Q
 
A
D
 
T
Y
 
D
G
 
G
R
 
F
M
 
V
R
 
R
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
D
 
R
R
 
R
A
 
D
T
 
N
G
 
H
R
 
L
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
W
E
 
Q
L
 
A
A
 
V
M
 
G
P
 
R
N
 
G
A
 
V
E
 
S
H
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
A
L
 
A
L
 
F
A
 
S
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
A
T
 
R
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
G
T
 
G
M
 
T
P
 
I
Y
 
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
N
 
E

6cmzB 2.3 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from burkholderia cenocepacia in complex with fad and NAD
29% identity, 93% coverage: 14:444/462 of query aligns to 9:450/459 of 6cmzB

query
sites
6cmzB
I
 
V
I
 
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
S
x
P
A
 
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
G
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
I
D
 
P
Y
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
x
E
S
x
R
G
 
D
P
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
I
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
I
 
V
A
 
A
E
 
D
H
 
A
Y
 
F
-
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
 
C
Q
 
G
N
 
H
A
 
A
E
 
G
-
 
E
-
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
R
L
 
V
P
 
R
C
 
A
L
 
-
P
 
P
E
 
E
L
 
I
D
 
D
E
 
I
A
 
A
K
 
K
V
 
S
M
 
V
Q
 
A
R
 
W
V
 
K
R
 
D
R
 
G
F
 
I
R
 
V
D
 
D
R
 
R
F
 
L
T
 
T
S
 
R
G
 
G
L
 
V
I
 
G
A
 
A
S
 
L
T
 
L
T
 
K
G
 
K
G
 
-
L
 
-
T
 
S
D
 
G
Q
 
V
H
 
R
F
 
V
I
 
L
S
 
H
G
 
G
R
x
E
A
|
A
K
 
R
V
 
V
Y
 
I
P
 
-
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
T
V
 
V
V
 
E
A
 
V
D
 
V
K
 
S
M
 
A
F
 
G
E
 
H
A
 
A
E
 
V
R
 
R
I
 
I
-
 
G
-
 
C
-
 
E
-
 
H
-
 
L
I
 
L
V
 
L
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
E
P
 
P
I
x
V
-
 
E
V
x
L
P
 
P
A
 
S
D
 
-
W
 
-
Q
 
-
K
 
M
E
 
P
L
 
F
G
 
G
E
 
G
L
 
H
A
 
V
L
 
V
T
 
S
S
|
S
D
 
T
D
 
D
V
 
A
F
 
L
E
 
S
L
 
P
E
 
A
T
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
|
G
L
 
A
G
|
G
V
x
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
I
A
 
V
L
 
Y
S
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
D
V
 
V
I
 
S
G
 
V
F
 
V
D
 
E
A
|
A
Q
 
A
A
 
E
Q
 
R
I
 
V
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
Y
D
 
D
S
 
A
Y
 
E
C
 
L
N
 
V
E
 
R
F
 
P
M
 
V
L
 
A
E
 
D
Q
 
S
I
 
L
Q
 
A
K
 
R
-
 
L
H
 
G
F
 
V
P
 
R
I
 
L
H
 
W
I
 
L
N
 
G
Q
 
H
Q
 
K
V
 
V
V
 
L
P
 
G
F
 
L
R
 
D
D
 
K
R
 
H
N
 
G
Q
 
A
V
 
V
K
 
R
I
 
V
T
 
Q
Y
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
D
 
T
W
 
L
V
 
P
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
R
D
 
V
D
 
D
W
 
G
R
x
F
T
 
G
P
 
L
E
 
E
L
 
T
Q
 
L
G
 
M
L
 
L
A
 
D
I
 
R
D
 
N
P
 
G
V
 
R
T
 
A
L
 
L
Q
 
R
L
 
I
G
 
D
D
 
D
L
 
T
-
 
C
-
 
R
-
 
T
-
 
S
-
 
M
-
 
R
P
 
N
I
 
V
F
 
W
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
A
G
 
G
F
 
E
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
R
A
 
A
N
 
M
R
 
A
E
 
Q
G
 
G
K
 
E
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
-
A
 
L
I
 
I
H
 
A
Y
 
G
T
 
R
H
 
R
L
 
R
R
 
Q
G
 
F
S
 
M
D
 
P
Y
 
A
L
 
A
C
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
A
I
 
V
V
 
C
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
V
R
 
T
I
 
A
G
 
G
C
 
W
E
 
S
Y
 
P
N
 
D
E
 
D
L
 
A
D
 
H
K
 
A
N
 
A
T
 
G
T
 
V
-
 
D
-
 
C
L
 
L
I
 
S
G
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
T
M
 
L
D
 
Q
Q
 
A
D
 
T
Y
 
D
G
 
G
R
 
F
M
 
V
R
 
R
L
 
V
Y
 
V
A
 
A
D
 
R
R
 
R
A
 
D
T
 
N
G
 
H
R
 
L
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
W
E
 
Q
L
 
A
A
 
V
M
 
G
P
 
R
N
 
G
A
 
V
E
 
S
H
 
E
L
 
L
G
 
A
H
 
A
L
 
A
L
 
F
A
 
S
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
A
T
 
R
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
G
T
 
G
M
 
T
P
 
I
Y
 
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
G
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
N
 
E

P14218 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex; EC 1.8.1.4 from Pseudomonas fluorescens (see 2 papers)
27% identity, 94% coverage: 8:443/462 of query aligns to 3:459/478 of P14218

query
sites
P14218
R
 
Q
K
 
K
V
 
F
K
 
D
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
-
 
I
-
 
R
-
 
A
S
 
A
E
 
Q
I
 
L
K
 
G
K
 
L
H
 
K
T
 
T
-
 
A
-
 
C
-
 
I
E
|
E
D
x
K
Y
|
Y
I
|
I
L
x
G
V
x
K
D
x
E
S
x
G
G
x
K
-
x
V
P
x
A
L
|
L
G
|
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
 
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
I
 
S
A
 
S
E
 
Y
H
 
K
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
E
W
 
A
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
E
 
F
S
 
K
L
 
V
-
 
H
G
 
G
I
 
I
N
 
E
L
 
A
P
 
K
C
 
G
L
 
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
V
A
 
P
K
 
A
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
R
 
R
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
T
 
K
S
 
A
G
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
K
S
 
N
T
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
I
T
 
A
D
 
T
Q
 
L
H
 
F
F
 
K
I
 
A
S
 
N
G
 
G
R
 
V
A
 
T
K
 
S
V
 
F
Y
 
E
P
 
G
D
 
H
G
|
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
V
 
A
-
 
N
-
 
K
-
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
G
A
 
K
D
 
T
K
 
Q
M
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
I
 
V
I
 
I
V
 
I
A
 
A
V
 
S
G
 
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
-
 
V
-
 
E
I
 
I
V
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
P
W
 
L
Q
 
S
K
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
I
L
 
V
T
 
D
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
F
E
 
Q
T
 
A
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
 
L
D
 
E
A
 
A
Q
 
L
A
 
D
Q
 
K
I
 
F
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
E
Y
 
Q
C
 
I
N
 
A
E
 
K
F
 
E
M
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
V
I
 
L
Q
 
T
K
 
K
H
 
Q
-
 
G
F
 
L
P
 
N
I
 
I
H
 
R
I
 
L
N
 
G
Q
 
A
Q
 
R
V
 
V
V
 
T
P
 
A
F
 
S
R
 
E
-
 
V
D
 
K
R
 
K
N
 
K
Q
 
Q
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
F
Q
 
T
D
 
D
S
 
A
D
 
N
W
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
E
V
 
T
G
 
F
D
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
P
N
 
V
D
 
T
D
 
T
W
 
D
R
 
L
T
 
L
P
 
A
E
 
A
L
 
D
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
I
 
L
D
 
D
P
 
E
V
 
R
T
 
G
L
 
F
Q
 
I
L
 
Y
G
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
H
-
 
C
-
 
K
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
V
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
A
G
 
M
I
 
L
L
x
A
H
 
H
E
 
K
A
 
A
N
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
R
-
 
I
A
 
A
I
 
G
H
 
H
Y
 
K
T
 
A
H
 
Q
L
 
M
R
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
N
Y
 
Y
L
 
D
C
 
L
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
 
V
V
 
I
F
 
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
W
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
E
N
 
Q
E
 
T
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
E
-
 
G
-
 
V
T
 
E
T
 
V
L
 
N
I
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
A
M
 
A
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
V
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
E
 
A
H
 
E
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
L
 
Q
L
 
G
A
 
A
W
 
I
S
 
G
V
 
M
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
M
M
 
M
P
 
V
Y
 
F
Y
 
S
H
 
H
P
 
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

5u8vA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to NAD+ (see paper)
27% identity, 94% coverage: 8:443/462 of query aligns to 1:457/472 of 5u8vA

query
sites
5u8vA
R
 
Q
K
 
K
V
 
F
K
 
D
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
-
 
I
-
 
R
-
 
A
S
 
A
E
 
Q
I
 
L
K
 
G
K
 
L
H
 
K
T
 
T
-
 
A
-
 
C
-
 
I
E
|
E
D
 
K
Y
 
Y
I
 
I
L
 
G
V
 
K
D
 
E
S
 
G
G
 
K
-
 
V
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
I
 
S
A
 
S
E
 
Y
H
 
K
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
E
W
 
A
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
E
 
F
S
 
K
L
 
V
-
 
H
G
 
G
I
 
I
N
 
E
L
 
A
P
 
K
C
x
G
L
x
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
V
A
 
P
K
 
A
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
R
 
R
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
T
 
K
S
 
A
G
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
K
S
 
N
T
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
I
T
 
A
D
 
T
Q
 
L
H
 
F
F
 
K
I
 
A
S
 
N
G
 
G
R
 
V
A
 
T
K
 
S
V
 
F
Y
 
E
P
 
G
D
x
H
G
|
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
V
 
A
-
 
N
-
 
K
-
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
G
A
 
K
D
 
T
K
 
Q
M
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
I
 
V
I
 
I
V
 
I
A
|
A
V
x
S
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
-
 
V
-
 
E
I
 
I
V
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
P
W
 
L
Q
 
T
K
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
I
L
 
V
T
 
D
S
|
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
F
E
 
Q
T
 
A
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
V
I
|
I
G
|
G
L
 
A
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
x
L
D
x
E
A
|
A
Q
 
L
A
 
D
Q
 
K
I
 
F
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
E
Y
 
Q
C
 
I
N
 
A
E
 
K
F
 
E
M
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
V
I
 
L
Q
 
T
K
 
K
H
 
Q
-
 
G
F
 
L
P
 
N
I
 
I
H
 
R
I
 
L
N
 
G
Q
 
A
Q
 
R
V
|
V
V
 
T
P
 
A
F
 
S
R
 
E
-
 
V
D
 
K
R
 
K
N
 
K
Q
 
Q
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
F
Q
 
T
D
 
D
S
 
A
D
 
N
W
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
E
V
 
T
G
 
F
D
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
L
 
V
T
 
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
V
D
 
T
D
 
T
W
 
D
R
 
L
T
 
L
P
 
A
E
 
A
L
 
D
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
I
 
L
D
 
D
P
 
E
V
 
R
T
 
G
L
 
F
Q
 
I
L
 
Y
G
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
H
-
 
C
-
 
K
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
V
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
A
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
R
A
 
I
I
 
A
H
 
G
Y
 
H
T
 
K
H
 
A
L
 
Q
R
 
M
G
 
N
S
 
Y
D
 
D
Y
 
-
L
 
L
C
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
S
I
 
V
V
 
I
F
 
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
W
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
E
N
 
Q
E
 
T
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
E
-
 
G
-
 
V
T
 
E
T
 
V
L
 
N
I
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
A
M
 
A
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
V
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
E
 
A
H
 
E
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
L
 
Q
L
 
G
A
 
A
W
 
I
S
 
G
V
 
M
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
M
M
 
M
P
 
V
Y
x
F
Y
 
S
H
|
H
P
|
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

5u8uD Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa (see paper)
28% identity, 94% coverage: 8:443/462 of query aligns to 5:461/477 of 5u8uD

query
sites
5u8uD
R
 
Q
K
 
K
V
 
F
K
 
D
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
-
 
I
-
 
R
-
 
A
S
 
A
E
 
Q
I
 
L
K
 
G
K
 
L
H
 
K
T
 
T
-
 
A
-
 
C
-
 
I
E
|
E
D
x
K
Y
 
Y
I
 
I
L
 
G
V
 
K
D
 
E
S
 
G
G
 
K
-
 
V
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
I
 
S
A
 
S
E
 
Y
H
 
K
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
E
W
 
A
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
E
 
F
S
 
K
L
 
V
-
 
H
G
 
G
I
 
I
N
 
E
L
 
A
P
 
K
C
x
G
L
x
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
V
A
 
P
K
 
A
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
R
 
R
V
 
K
R
 
A
R
 
N
F
 
I
R
 
V
D
 
K
R
 
N
F
 
L
T
 
T
S
 
G
G
 
G
L
 
I
I
 
A
A
 
T
-
 
L
S
 
F
T
 
K
T
 
A
G
 
N
G
 
G
L
 
V
T
 
T
D
 
S
Q
 
-
H
 
-
F
 
-
I
 
F
S
 
E
G
 
G
R
x
H
A
x
G
K
 
K
V
 
L
Y
 
L
P
 
A
D
 
N
G
 
K
K
 
Q
L
 
V
V
 
E
V
 
V
A
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
K
D
 
T
K
 
Q
M
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
I
 
V
I
 
I
V
 
I
A
|
A
V
x
S
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
-
 
V
-
 
E
I
 
I
V
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
P
W
 
L
Q
 
T
K
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
I
L
 
V
T
 
D
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
F
E
 
Q
T
 
A
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
A
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
 
L
D
 
E
A
 
A
Q
 
L
A
 
D
Q
 
K
I
 
F
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
E
Y
 
Q
C
 
I
N
 
A
E
 
K
F
 
E
M
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
V
I
 
L
Q
 
T
K
 
K
H
 
Q
-
 
G
F
 
L
P
 
N
I
 
I
H
 
R
I
 
L
N
 
G
Q
 
A
Q
 
R
V
 
V
V
 
T
P
 
A
F
 
S
R
 
E
-
 
V
D
 
K
R
 
K
N
 
K
Q
 
Q
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
F
Q
 
T
D
 
D
S
 
A
D
 
N
W
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
E
V
 
T
G
 
F
D
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
V
D
 
T
D
 
T
W
 
D
R
 
L
T
 
L
P
 
A
E
 
A
L
 
D
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
I
 
L
D
 
D
P
 
E
V
 
R
T
 
G
L
 
F
Q
 
I
L
 
Y
G
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
H
-
 
C
-
 
K
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
V
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
A
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
R
-
 
I
A
 
A
I
 
G
H
 
H
Y
 
K
T
 
A
H
 
Q
L
 
M
R
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
N
Y
 
Y
L
 
D
C
 
L
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
 
V
V
 
I
F
 
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
W
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
E
N
 
Q
E
 
T
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
E
-
 
G
-
 
V
T
 
E
T
 
V
L
 
N
I
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
A
M
 
A
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
V
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
E
 
A
H
 
E
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
L
 
Q
L
 
G
A
 
A
W
 
I
S
 
G
V
 
M
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
M
M
 
M
P
 
V
Y
x
F
Y
 
S
H
|
H
P
|
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

5u8wA Dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdg) from pseudomonas aeruginosa bound to nadh (see paper)
28% identity, 94% coverage: 8:443/462 of query aligns to 2:458/473 of 5u8wA

query
sites
5u8wA
R
 
Q
K
 
K
V
 
F
K
 
D
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
-
 
I
-
 
R
-
 
A
S
 
A
E
 
Q
I
 
L
K
 
G
K
 
L
H
 
K
T
 
T
-
 
A
-
 
C
-
 
I
E
|
E
D
x
K
Y
 
Y
I
 
I
L
 
G
V
 
K
D
 
E
S
 
G
G
 
K
-
 
V
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
I
 
S
A
 
S
E
 
Y
H
 
K
Y
 
Y
Q
 
H
A
 
E
W
 
A
Q
 
K
N
 
E
A
 
A
E
 
F
S
 
K
L
 
V
-
 
H
G
 
G
I
 
I
N
 
E
L
 
A
P
 
K
C
x
G
L
x
V
P
 
T
E
 
-
L
 
I
D
 
D
E
 
V
A
 
P
K
 
A
V
 
M
M
 
V
Q
 
A
R
 
R
V
 
K
R
 
A
R
 
N
F
 
I
R
 
V
D
 
K
R
 
N
F
 
L
T
 
T
S
 
G
G
 
G
L
 
I
I
 
A
A
 
T
-
 
L
S
 
F
T
 
K
T
 
A
G
 
N
G
 
G
L
 
V
T
 
T
D
 
S
Q
 
-
H
 
-
F
 
-
I
 
F
S
 
E
G
 
G
R
x
H
A
x
G
K
 
K
V
 
L
Y
 
L
P
 
A
D
 
N
G
 
K
K
 
Q
L
 
V
V
 
E
V
 
V
A
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
K
D
 
T
K
 
Q
M
 
V
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
I
 
V
I
 
I
V
 
I
A
|
A
V
x
S
G
|
G
S
 
S
T
 
R
P
 
P
-
 
V
-
 
E
I
 
I
V
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
P
W
 
L
Q
 
T
K
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
I
L
 
V
T
 
D
S
|
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
E
L
 
F
E
 
Q
T
 
A
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
V
I
|
I
G
 
G
L
 
A
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
 
L
D
x
E
A
|
A
Q
x
L
A
 
D
Q
 
K
I
 
F
G
 
L
G
 
P
L
 
A
Q
 
A
D
 
D
S
 
E
Y
 
Q
C
 
I
N
 
A
E
 
K
F
 
E
M
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
V
I
 
L
Q
 
T
K
 
K
H
 
Q
-
 
G
F
 
L
P
 
N
I
 
I
H
 
R
I
 
L
N
 
G
Q
 
A
Q
 
R
V
 
V
V
 
T
P
 
A
F
 
S
R
 
E
-
 
V
D
 
K
R
 
K
N
 
K
Q
 
Q
V
 
V
K
 
T
I
 
V
T
 
T
Y
 
F
Q
 
T
D
 
D
S
 
A
D
 
N
W
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
E
V
 
T
G
 
F
D
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
L
 
V
T
x
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
 
V
D
 
T
D
 
T
W
 
D
R
 
L
T
 
L
P
 
A
E
 
A
L
 
D
Q
 
S
G
 
G
L
 
V
A
 
T
I
 
L
D
 
D
P
 
E
V
 
R
T
 
G
L
 
F
Q
 
I
L
 
Y
G
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
H
-
 
C
-
 
K
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
P
-
 
G
I
 
V
F
 
F
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
A
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
M
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
N
 
R
A
 
I
I
 
A
H
 
G
Y
 
H
T
 
K
H
 
A
L
 
Q
R
 
M
G
 
N
S
 
Y
D
 
D
Y
 
-
L
 
L
C
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
S
I
x
V
V
 
I
F
x
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
W
I
 
V
G
 
G
C
 
K
E
 
T
Y
 
E
N
 
Q
E
 
T
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
E
-
 
G
-
 
V
T
 
E
T
 
V
L
 
N
I
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
-
C
 
A
N
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
M
V
 
A
M
 
A
D
 
N
Q
 
D
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
M
 
V
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
V
A
 
I
M
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
E
 
A
H
 
E
L
 
L
G
 
V
H
 
Q
L
 
Q
L
 
G
A
 
A
W
 
I
S
 
G
V
 
M
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
L
 
T
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
M
M
 
M
P
 
V
Y
x
F
Y
 
S
H
|
H
P
|
P
V
 
T
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
H

Sites not aligning to the query:

2eq7A Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 with psbdo
29% identity, 93% coverage: 14:444/462 of query aligns to 6:443/452 of 2eq7A

query
sites
2eq7A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
M
D
 
K
Y
 
V
I
 
G
L
 
V
V
 
V
D
x
E
S
x
K
-
 
E
G
 
K
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
|
R
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
E
I
 
T
A
 
T
E
 
E
H
 
R
-
 
I
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
A
W
 
K
Q
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
A
N
 
K
A
 
V
E
 
K
S
x
G
L
x
V
G
 
E
I
 
L
N
 
D
L
 
L
P
 
P
C
 
A
L
 
L
P
 
M
E
 
A
L
 
H
D
 
K
E
 
D
A
 
K
K
 
V
V
 
V
M
 
Q
Q
 
A
R
 
N
V
 
T
R
 
Q
R
 
G
F
 
V
R
 
E
D
 
F
R
 
L
F
 
F
T
 
K
S
 
K
G
 
N
L
 
G
I
 
I
A
 
A
S
 
R
T
 
H
T
 
Q
G
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
x
T
Q
x
A
H
 
R
F
 
F
I
 
L
S
 
S
G
 
E
R
 
R
A
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
V
V
 
L
V
 
V
A
 
E
D
 
E
-
 
T
-
 
G
K
 
E
M
 
E
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
R
R
 
Y
I
 
I
I
 
L
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
A
P
 
P
I
 
L
V
 
I
P
 
P
A
 
-
D
 
P
W
|
W
Q
 
A
K
 
Q
E
 
V
L
 
D
G
 
Y
E
 
E
L
 
R
A
 
V
L
 
V
T
 
T
S
|
S
D
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
S
L
 
F
E
 
P
T
 
E
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
|
G
L
 
G
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
A
 
V
L
 
W
S
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
G
 
V
F
 
L
D
x
E
A
x
Y
Q
 
M
A
 
D
Q
 
R
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
T
Q
 
M
D
 
D
S
 
L
Y
 
E
C
 
V
N
 
S
E
 
R
F
 
-
M
 
A
L
 
A
E
 
E
Q
 
R
I
 
V
Q
 
F
K
 
K
H
 
K
F
 
Q
P
 
G
I
 
L
H
 
T
I
 
I
N
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
x
V
Q
 
T
Q
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
P
F
 
-
R
 
-
D
 
E
R
 
A
N
 
K
Q
 
G
V
 
A
K
 
R
I
 
V
T
 
E
Y
 
L
Q
 
E
D
 
G
S
 
G
D
 
E
W
 
V
V
 
L
-
 
E
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
x
V
G
|
G
R
|
R
R
 
R
P
 
P
N
x
Y
D
 
T
D
 
E
W
 
G
R
 
L
T
 
S
P
 
L
E
 
E
L
 
N
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
I
 
T
D
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
L
 
E
Q
 
H
L
 
L
-
 
R
G
 
T
D
 
R
L
 
V
P
 
P
-
 
H
I
 
I
F
 
Y
V
 
A
A
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
I
T
 
A
A
 
A
A
 
V
Q
 
E
N
 
H
A
 
M
I
 
V
H
 
R
-
 
G
Y
 
F
T
 
G
H
 
H
L
 
V
R
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
C
 
A
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
x
V
V
 
V
F
x
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
A
I
 
V
G
 
G
C
 
Y
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
E
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
Q
T
 
G
T
 
I
-
 
P
-
 
Y
L
 
K
I
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
D
 
P
L
 
Y
N
 
S
C
 
A
N
 
-
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
R
V
 
A
M
 
M
D
 
G
Q
 
E
D
 
T
Y
 
E
G
 
G
R
 
F
M
 
I
R
 
K
L
 
V
Y
 
L
A
 
A
D
 
H
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
V
M
 
H
P
 
G
N
 
I
A
 
G
E
 
A
H
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
A
A
 
A
W
 
L
S
 
A
V
 
L
Q
 
F
M
 
F
G
 
K
L
 
A
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
R
M
 
A
P
 
P
Y
x
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
S
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
I
L
 
L
Q
 
K
N
 
E

2yquB Crystal structures and evolutionary relationship of two different lipoamide dehydrogenase(e3s) from thermus thermophilus
29% identity, 93% coverage: 14:444/462 of query aligns to 6:443/455 of 2yquB

query
sites
2yquB
I
 
V
I
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
M
D
 
K
Y
 
V
I
 
G
L
 
V
V
 
V
D
x
E
S
x
K
-
 
E
G
 
K
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
|
R
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
E
I
 
T
A
 
T
E
 
E
H
 
R
-
 
I
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
A
W
 
K
Q
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
A
N
 
K
A
 
V
E
 
K
S
x
G
L
x
V
G
 
E
I
 
L
N
 
D
L
 
L
P
 
P
C
 
A
L
 
L
P
 
M
E
 
A
L
 
H
D
 
K
E
 
D
A
 
K
K
 
V
V
 
V
M
 
Q
Q
 
A
R
 
N
V
 
T
R
 
Q
R
 
G
F
 
V
R
 
E
D
 
F
R
 
L
F
 
F
T
 
K
S
 
K
G
 
N
L
 
G
I
 
I
A
 
A
S
 
R
T
 
H
T
 
Q
G
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
x
T
Q
x
A
H
 
R
F
 
F
I
 
L
S
 
S
G
 
E
R
 
R
A
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
V
V
 
L
V
 
V
A
 
E
D
 
E
-
 
T
-
 
G
K
 
E
M
 
E
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
R
R
 
Y
I
 
I
I
 
L
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
A
P
 
P
I
 
L
V
 
I
P
 
P
A
 
-
D
 
P
W
 
W
Q
 
A
K
 
Q
E
 
V
L
 
D
G
 
Y
E
 
E
L
 
R
A
 
V
L
 
V
T
 
T
S
 
S
D
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
S
L
 
F
E
 
P
T
 
E
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
L
 
G
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
A
 
V
L
 
W
S
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
G
 
V
F
 
L
D
 
E
A
 
Y
Q
 
M
A
 
D
Q
 
R
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
T
Q
 
M
D
 
D
S
 
L
Y
 
E
C
 
V
N
 
S
E
 
R
F
 
-
M
 
A
L
 
A
E
 
E
Q
 
R
I
 
V
Q
 
F
K
 
K
H
 
K
F
 
Q
P
 
G
I
 
L
H
 
T
I
 
I
N
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
V
Q
 
T
Q
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
P
F
 
-
R
 
-
D
 
E
R
 
A
N
 
K
Q
 
G
V
 
A
K
 
R
I
 
V
T
 
E
Y
 
L
Q
 
E
D
 
G
S
 
G
D
 
E
W
 
V
V
 
L
-
 
E
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
P
N
x
Y
D
 
T
D
 
E
W
 
G
R
 
L
T
 
S
P
 
L
E
 
E
L
 
N
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
I
 
T
D
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
L
 
E
Q
 
H
L
 
L
-
 
R
G
 
T
D
 
R
L
 
V
P
 
P
-
 
H
I
 
I
F
 
Y
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
I
T
 
A
A
 
A
A
 
V
Q
 
E
N
 
H
A
 
M
I
 
V
H
 
R
-
 
G
Y
 
F
T
 
G
H
 
H
L
 
V
R
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
C
 
A
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
 
V
V
 
V
F
 
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
A
I
 
V
G
 
G
C
 
Y
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
E
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
Q
T
 
G
T
 
I
-
 
P
-
 
Y
L
 
K
I
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
D
 
P
L
 
Y
N
 
S
C
 
A
N
 
-
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
R
V
 
A
M
 
M
D
 
G
Q
 
E
D
 
T
Y
 
E
G
 
G
R
 
F
M
 
I
R
 
K
L
 
V
Y
 
L
A
 
A
D
 
H
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
V
M
 
H
P
 
G
N
 
I
A
 
G
E
 
A
H
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
A
A
 
A
W
 
L
S
 
A
V
 
L
Q
 
F
M
 
F
G
 
K
L
 
A
T
x
S
L
 
A
Q
 
E
D
|
D
L
 
L
S
 
G
T
 
R
M
 
A
P
 
P
Y
x
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
S
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
I
L
 
L
Q
 
K
N
 
E

2yquA Crystal structures and evolutionary relationship of two different lipoamide dehydrogenase(e3s) from thermus thermophilus
29% identity, 93% coverage: 14:444/462 of query aligns to 6:443/455 of 2yquA

query
sites
2yquA
I
 
V
I
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
S
x
P
A
x
G
G
 
G
L
 
Y
T
 
V
A
 
A
W
 
A
S
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
A
K
 
Q
H
 
L
T
 
G
E
 
M
D
 
K
Y
 
V
I
 
G
L
 
V
V
 
V
D
x
E
S
x
K
-
 
E
G
 
K
P
 
A
L
|
L
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
|
R
V
 
V
G
|
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
E
I
 
T
A
 
T
E
 
E
H
 
R
-
 
I
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
A
W
 
K
Q
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
A
N
 
K
A
 
V
E
 
K
S
x
G
L
x
V
G
 
E
I
 
L
N
 
D
L
 
L
P
 
P
C
 
A
L
 
L
P
 
M
E
 
A
L
 
H
D
 
K
E
 
D
A
 
K
K
 
V
V
 
V
M
 
Q
Q
 
A
R
 
N
V
 
T
R
 
Q
R
 
G
F
 
V
R
 
E
D
 
F
R
 
L
F
 
F
T
 
K
S
 
K
G
 
N
L
 
G
I
 
I
A
 
A
S
 
R
T
 
H
T
 
Q
G
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
x
T
Q
x
A
H
 
R
F
 
F
I
 
L
S
 
S
G
 
E
R
 
R
A
 
-
K
 
-
V
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
V
V
 
L
V
 
V
A
 
E
D
 
E
-
 
T
-
 
G
K
 
E
M
 
E
F
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
R
R
 
Y
I
 
I
I
 
L
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
S
T
 
A
P
 
P
I
 
L
V
 
I
P
 
P
A
 
-
D
 
P
W
 
W
Q
 
A
K
 
Q
E
 
V
L
 
D
G
 
Y
E
 
E
L
 
R
A
 
V
L
 
V
T
 
T
S
|
S
D
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
S
L
 
F
E
 
P
T
 
E
L
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
L
 
G
G
 
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
A
 
V
L
 
W
S
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
G
 
V
F
 
L
D
 
E
A
 
Y
Q
 
M
A
 
D
Q
 
R
I
 
I
G
 
L
G
 
P
L
 
T
Q
 
M
D
 
D
S
 
L
Y
 
E
C
 
V
N
 
S
E
 
R
F
 
-
M
 
A
L
 
A
E
 
E
Q
 
R
I
 
V
Q
 
F
K
 
K
H
 
K
F
 
Q
P
 
G
I
 
L
H
 
T
I
 
I
N
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
V
Q
 
T
Q
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
P
F
 
-
R
 
-
D
 
E
R
 
A
N
 
K
Q
 
G
V
 
A
K
 
R
I
 
V
T
 
E
Y
 
L
Q
 
E
D
 
G
S
 
G
D
 
E
W
 
V
V
 
L
-
 
E
G
 
A
D
 
D
K
 
R
V
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
V
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
P
N
x
Y
D
 
T
D
 
E
W
 
G
R
 
L
T
 
S
P
 
L
E
 
E
L
 
N
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
I
 
T
D
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
L
 
E
Q
 
H
L
 
L
-
 
R
G
 
T
D
 
R
L
 
V
P
 
P
-
 
H
I
 
I
F
 
Y
V
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
V
G
 
R
F
 
G
H
 
P
G
x
M
I
x
L
L
x
A
H
 
H
E
 
K
A
 
A
N
x
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
I
T
 
A
A
 
A
A
 
V
Q
 
E
N
 
H
A
 
M
I
 
V
H
 
R
-
 
G
Y
 
F
T
 
G
H
 
H
L
 
V
R
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
D
Y
 
Y
L
 
Q
C
 
A
P
 
I
L
 
P
A
 
S
I
 
V
V
 
V
F
 
Y
S
 
T
D
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
A
I
 
V
G
 
G
C
 
Y
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
E
L
 
L
D
 
K
K
 
A
N
 
Q
T
 
G
T
 
I
-
 
P
-
 
Y
L
 
K
I
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
D
 
P
L
 
Y
N
 
S
C
 
A
N
 
-
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
R
V
 
A
M
 
M
D
 
G
Q
 
E
D
 
T
Y
 
E
G
 
G
R
 
F
M
 
I
R
 
K
L
 
V
Y
 
L
A
 
A
D
 
H
R
 
A
A
 
K
T
 
T
G
 
D
R
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
V
M
 
H
P
 
G
N
 
I
A
 
G
E
 
A
H
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
D
L
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
A
A
 
A
W
 
L
S
 
A
V
 
L
Q
 
F
M
 
F
G
 
K
L
 
A
T
 
S
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
G
T
 
R
M
 
A
P
 
P
Y
x
H
Y
 
A
H
|
H
P
 
P
V
 
S
L
 
L
E
 
S
E
|
E
A
 
I
L
 
L
Q
 
K
N
 
E

5x1yB Structure of mercuric reductase from lysinibacillus sphaericus (see paper)
26% identity, 93% coverage: 14:443/462 of query aligns to 8:447/454 of 5x1yB

query
sites
5x1yB
I
 
I
I
|
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
S
x
A
A
 
A
G
 
A
L
 
F
T
 
S
A
 
S
W
 
A
S
 
I
E
 
K
I
 
A
K
 
I
K
 
E
H
 
Y
T
 
G
E
 
A
D
 
K
Y
 
V
I
 
G
L
 
M
V
x
I
D
x
E
S
x
R
G
 
G
P
 
T
L
x
V
G
 
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
V
R
 
N
V
 
I
G
|
G
C
|
C
M
 
V
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
T
L
 
L
I
 
L
H
 
R
I
 
A
A
 
G
E
 
E
H
 
I
Y
 
I
Q
 
H
A
 
L
W
 
S
Q
 
K
N
 
D
A
 
N
E
 
P
S
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
Q
L
 
T
P
 
S
C
x
A
L
 
-
P
x
G
E
 
E
L
 
V
D
 
D
E
 
L
A
 
A
K
 
S
V
 
L
M
 
I
Q
 
T
R
 
Q
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
K
D
 
D
R
 
K
F
 
L
T
 
V
S
 
S
G
 
E
L
 
L
I
 
R
A
 
N
S
 
Q
T
 
K
T
 
Y
G
 
M
G
 
D
L
 
L
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
H
 
Y
-
 
N
-
 
F
-
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
G
R
 
E
A
|
A
K
 
K
V
 
F
Y
 
V
P
 
D
D
 
A
G
 
S
K
 
T
L
 
V
V
 
E
V
 
V
A
 
N
D
 
G
K
 
A
M
 
K
F
 
L
E
 
S
A
 
A
E
 
K
R
 
R
I
 
F
I
 
L
V
 
I
A
 
A
V
x
T
G
|
G
S
 
A
T
 
S
P
 
P
I
 
S
V
 
L
P
 
P
A
 
Q
D
 
I
W
 
S
Q
 
G
K
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
M
E
 
D
L
 
Y
A
 
-
L
 
L
T
 
T
S
 
S
D
 
T
D
 
T
V
 
L
F
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
K
L
 
I
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
S
G
 
G
V
x
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
M
E
|
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
L
L
 
F
S
 
H
K
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
G
 
L
F
 
M
D
 
Q
A
 
R
Q
 
S
A
 
E
Q
 
R
I
 
L
G
 
L
G
 
K
L
 
E
Q
 
Y
D
 
D
S
 
P
Y
 
E
C
 
I
N
 
S
E
 
E
F
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
M
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
G
Q
 
I
K
 
N
H
 
L
F
 
V
P
 
K
I
 
G
H
 
A
I
 
T
N
 
F
Q
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
E
P
 
Q
F
 
S
R
 
G
D
 
E
R
 
I
N
 
K
Q
 
R
V
 
V
K
 
Y
I
 
V
T
 
T
Y
 
V
Q
 
N
D
 
G
S
 
S
D
 
R
W
 
E
V
 
V
-
 
I
-
 
E
G
 
S
D
 
D
K
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
T
G
 
G
R
|
R
R
 
K
P
 
P
N
 
N
D
 
T
D
 
D
W
 
S
R
 
L
T
 
N
P
 
L
E
 
S
L
 
A
Q
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
E
I
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
N
D
 
N
P
 
E
V
 
I
T
 
L
L
 
I
-
 
N
-
 
D
-
 
F
-
 
G
Q
 
Q
L
 
T
G
 
S
D
 
N
L
 
E
P
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
A
 
V
S
 
T
G
 
L
F
 
G
H
 
P
G
 
Q
I
x
F
L
x
V
H
 
Y
E
 
V
A
|
A
N
x
A
R
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
G
T
 
I
A
 
I
A
 
T
Q
 
D
N
 
N
A
 
A
I
 
I
H
 
G
Y
 
G
T
 
L
H
 
N
L
 
K
R
 
K
G
 
I
S
 
D
D
 
L
Y
 
S
L
 
V
C
 
V
P
 
P
L
 
-
A
 
A
I
 
V
V
 
T
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
T
I
 
V
A
 
A
R
 
T
I
 
V
G
 
G
C
 
L
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
Q
L
 
A
D
 
K
K
 
E
N
 
K
T
 
G
T
 
Y
L
 
D
I
 
V
G
 
K
S
 
T
F
 
S
D
 
V
L
 
L
N
 
P
C
 
L
N
 
D
N
 
A
-
 
V
G
 
P
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
M
 
N
D
 
R
Q
 
E
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
V
M
 
F
R
 
K
L
 
L
Y
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
E
T
 
T
G
 
L
R
 
K
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
I
A
 
V
M
 
S
P
 
E
N
 
N
A
 
A
E
 
G
H
 
D
L
 
V
G
 
I
H
 
Y
L
 
A
L
 
A
A
 
S
W
 
L
S
 
A
V
 
V
Q
 
K
M
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
T
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
T
T
 
E
M
 
T
P
 
L
Y
x
A
Y
 
P
H
x
Y
P
 
L
V
 
T
L
 
M
E
 
A
E
|
E
A
 
G
L
 
L
Q
 
K

D9J041 Mercuric reductase; Hg(II) reductase; EC 1.16.1.1 from Lysinibacillus sphaericus (Bacillus sphaericus) (see paper)
26% identity, 93% coverage: 14:443/462 of query aligns to 89:528/546 of D9J041

query
sites
D9J041
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
 
G
S
 
A
A
 
A
G
 
A
L
 
F
T
 
S
A
 
S
W
 
A
S
 
I
E
 
K
I
 
A
K
 
I
K
 
E
H
 
Y
T
 
G
E
 
A
D
 
K
Y
 
V
I
 
G
L
 
M
V
 
I
D
 
E
S
 
R
G
 
G
P
 
T
L
 
V
G
 
G
T
 
G
T
 
T
C
|
C
A
 
V
R
 
N
V
 
I
G
 
G
C
|
C
M
 
V
P
 
P
S
 
S
K
 
K
A
 
T
L
 
L
I
 
L
H
 
R
I
 
A
A
 
G
E
 
E
H
 
I
Y
 
I
Q
 
H
A
 
L
W
 
S
Q
 
K
N
 
D
A
 
N
E
 
P
S
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
Q
L
 
T
P
 
S
C
 
A
L
 
-
P
 
G
E
 
E
L
 
V
D
 
D
E
 
L
A
 
A
K
 
S
V
 
L
M
 
I
Q
 
T
R
 
Q
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
K
D
 
D
R
 
K
F
 
L
T
 
V
S
 
S
G
 
E
L
 
L
I
 
R
A
 
N
S
 
Q
T
 
K
T
 
Y
G
 
M
G
 
D
L
 
L
T
 
I
D
 
D
Q
 
E
H
 
Y
-
 
N
-
 
F
-
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
G
R
 
E
A
 
A
K
 
K
V
 
F
Y
 
V
P
 
D
D
 
A
G
 
S
K
 
T
L
 
V
V
 
E
V
 
V
A
 
N
D
 
G
K
 
A
M
 
K
F
 
L
E
 
S
A
 
A
E
 
K
R
 
R
I
 
F
I
 
L
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
A
T
 
S
P
 
P
I
 
S
V
 
L
P
 
P
A
 
Q
D
 
I
W
 
S
Q
 
G
K
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
M
E
 
D
L
 
Y
A
 
-
L
 
L
T
 
T
S
 
S
D
 
T
D
 
T
V
 
L
F
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
K
L
 
I
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
S
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
M
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
L
L
 
F
S
 
H
K
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
G
 
L
F
 
M
D
 
Q
A
 
R
Q
 
S
A
 
E
Q
 
R
I
 
L
G
 
L
G
 
K
L
 
E
Q
 
Y
D
 
D
S
 
P
Y
 
E
C
 
I
N
 
S
E
 
E
F
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
M
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
G
Q
 
I
K
 
N
H
 
L
F
 
V
P
 
K
I
 
G
H
 
A
I
 
T
N
 
F
Q
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
E
P
 
Q
F
 
S
R
 
G
D
 
E
R
 
I
N
 
K
Q
 
R
V
 
V
K
 
Y
I
 
V
T
 
T
Y
 
V
Q
 
N
D
 
G
S
 
S
D
 
R
W
 
E
V
 
V
-
 
I
-
 
E
G
 
S
D
 
D
K
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
T
G
 
G
R
 
R
R
 
K
P
 
P
N
 
N
D
 
T
D
 
D
W
 
S
R
 
L
T
 
N
P
 
L
E
 
S
L
 
A
Q
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
E
I
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
N
D
 
N
P
 
E
V
 
I
T
 
L
L
 
I
-
 
N
-
 
D
-
 
F
-
 
G
Q
 
Q
L
 
T
G
 
S
D
 
N
L
 
E
P
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
V
S
 
T
G
 
L
F
 
G
H
 
P
G
 
Q
I
 
F
L
 
V
H
 
Y
E
 
V
A
 
A
N
 
A
R
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
G
T
 
I
A
 
I
A
 
T
Q
 
D
N
 
N
A
 
A
I
 
I
H
 
G
Y
 
G
T
 
L
H
 
N
L
 
K
R
 
K
G
 
I
S
 
D
D
 
L
Y
 
S
L
 
V
C
 
V
P
 
P
L
 
-
A
 
A
I
 
V
V
 
T
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
T
I
 
V
A
 
A
R
 
T
I
 
V
G
 
G
C
 
L
E
 
T
Y
 
E
N
 
E
E
 
Q
L
 
A
D
 
K
K
 
E
N
 
K
T
 
G
T
 
Y
L
 
D
I
 
V
G
 
K
S
 
T
F
 
S
D
 
V
L
 
L
N
 
P
C
 
L
N
 
D
N
 
A
-
 
V
G
 
P
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
M
 
N
D
 
R
Q
 
E
D
 
T
Y
 
T
G
 
G
R
 
V
M
 
F
R
 
K
L
 
L
Y
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
A
A
 
E
T
 
T
G
 
L
R
 
K
L
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
I
A
 
V
M
 
S
P
 
E
N
 
N
A
 
A
E
 
G
H
 
D
L
 
V
G
 
I
H
 
Y
L
 
A
L
 
A
A
 
S
W
 
L
S
 
A
V
 
V
Q
 
K
M
 
F
G
 
G
L
 
L
T
 
T
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
T
T
 
E
M
 
T
P
 
L
Y
 
A
Y
 
P
H
 
Y
P
 
L
V
 
T
L
 
M
E
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
L
Q
 
K

P31023 Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial; Dihydrolipoamide dehydrogenase; Glycine cleavage system L protein; Pyruvate dehydrogenase complex E3 subunit; E3; PDC-E3; EC 1.8.1.4 from Pisum sativum (Garden pea) (Lathyrus oleraceus) (see 2 papers)
26% identity, 90% coverage: 41:454/462 of query aligns to 70:496/501 of P31023

query
sites
P31023
G
|
G
P
x
A
L
|
L
G
|
G
T
x
G
T
|
T
C
|
C
A
 
L
R
 
N
V
 
V
G
 
G
C
|
C
M
 
I
P
 
P
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
H
I
 
S
A
 
S
E
 
H
H
 
M
Y
 
Y
-
 
H
Q
 
E
A
 
A
W
 
K
Q
 
H
N
 
S
A
 
F
E
 
A
S
 
N
L
 
H
G
 
G
I
 
V
N
 
K
L
 
V
P
 
S
C
 
N
L
 
V
P
 
-
E
 
E
L
 
I
D
 
D
E
 
L
A
 
A
K
 
A
V
 
M
M
 
M
Q
 
G
R
 
Q
V
 
-
R
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
K
D
 
D
R
 
K
F
 
A
T
 
V
S
 
S
G
 
N
L
 
L
I
 
T
A
 
R
S
 
G
T
 
I
T
 
E
G
 
G
G
 
L
L
 
F
T
 
K
D
 
K
Q
 
N
H
 
K
-
 
V
-
 
T
F
 
Y
I
 
V
S
 
K
G
 
G
R
 
Y
A
x
G
K
 
K
V
 
F
Y
 
V
P
 
S
D
 
P
G
 
S
K
 
E
L
 
I
V
 
S
V
 
V
-
 
D
-
 
T
-
 
I
-
 
E
-
 
G
A
 
E
D
 
N
K
 
T
M
 
V
F
 
V
E
 
K
A
 
G
E
 
K
R
 
H
I
 
I
I
 
I
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
S
T
 
D
-
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
L
P
 
P
I
 
G
V
 
V
P
 
T
A
 
I
D
 
D
W
 
E
Q
 
K
K
 
K
E
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
I
L
 
V
T
 
S
S
 
S
D
 
T
D
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
E
L
 
I
P
 
P
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
S
A
 
V
L
 
W
S
 
G
K
 
R
L
 
I
G
 
G
V
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
T
G
 
V
F
 
V
D
 
E
A
 
F
Q
 
A
A
 
S
Q
 
E
I
 
I
G
 
V
G
 
P
L
 
T
Q
 
M
D
 
D
S
 
A
Y
 
-
C
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
-
M
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
E
I
 
I
Q
 
R
K
 
K
H
 
Q
F
 
F
P
 
Q
I
 
R
H
 
S
I
 
L
N
 
E
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
G
V
 
M
P
 
K
F
 
F
R
 
K
D
 
L
R
 
K
N
 
T
Q
 
K
V
 
V
K
 
-
I
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
V
D
 
G
S
 
V
D
 
D
W
 
T
V
 
S
G
 
G
D
 
D
K
 
G
V
 
V
L
 
K
L
 
L
T
 
T
L
 
V
G
 
E
R
 
P
R
 
S
P
 
A
N
 
G
D
 
G
D
 
E
W
 
Q
-
 
T
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
V
-
 
L
-
 
V
-
 
S
-
 
A
-
 
G
R
 
R
T
 
T
P
 
P
E
 
F
L
 
T
Q
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
N
I
 
L
D
 
D
P
 
K
V
 
I
T
 
G
L
 
V
Q
 
E
L
 
T
G
 
D
D
 
K
L
 
L
-
 
G
P
 
R
I
 
I
F
 
L
V
 
V
-
 
N
-
 
E
-
 
R
-
 
F
A
 
S
G
 
T
D
 
N
A
 
V
S
 
S
G
 
G
F
 
V
H
 
Y
G
 
A
I
 
I
-
 
G
-
x
D
-
 
V
-
 
I
-
 
P
-
 
G
-
 
P
-
x
M
-
x
L
L
x
A
H
|
H
E
 
K
A
 
A
N
 
E
R
 
E
E
 
D
G
 
G
K
 
V
T
 
A
A
 
C
A
 
V
Q
 
E
N
 
-
A
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
-
T
 
-
H
 
Y
L
 
L
R
 
A
G
 
G
S
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
H
-
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
D
C
 
K
P
 
V
L
 
P
A
 
G
I
 
V
V
 
V
F
 
Y
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
A
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
G
C
 
-
E
 
K
Y
 
T
N
 
E
E
 
E
L
 
Q
D
 
V
K
 
K
N
 
E
T
 
T
T
 
G
L
 
V
-
 
E
-
 
Y
-
 
R
I
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
D
 
P
L
 
F
N
 
M
C
 
A
N
 
N
N
 
S
G
 
-
R
 
R
A
 
A
I
 
K
V
 
A
M
 
I
D
 
D
Q
 
N
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
R
 
L
M
 
V
R
 
K
L
 
I
Y
 
I
A
 
A
D
 
E
R
 
K
A
 
E
T
 
T
G
 
D
R
 
K
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
V
E
 
H
L
 
I
A
 
M
M
 
A
P
 
P
N
 
N
A
 
A
E
 
G
H
 
E
L
 
L
G
 
I
H
 
H
L
 
E
L
 
A
A
 
A
W
 
I
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
M
 
Y
G
 
D
L
 
A
T
 
S
L
 
S
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
A
T
 
R
M
 
V
P
 
C
Y
 
H
Y
 
A
H
 
H
P
 
P
V
 
T
L
 
M
E
 
S
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
N
 
-
V
 
-
I
 
-
D
 
E
A
 
A
M
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
T
Y
 
Y
N
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_013835779.1 NCBI__GCF_000214825.1:WP_013835779.1
MQAHPKIRKVKYAIIGAGSAGLTAWSEIKKHTEDYILVDSGPLGTTCARVGCMPSKALIH
IAEHYQAWQNAESLGINLPCLPELDEAKVMQRVRRFRDRFTSGLIASTTGGLTDQHFISG
RAKVYPDGKLVVADKMFEAERIIVAVGSTPIVPADWQKELGELALTSDDVFELETLPKRL
AVIGLGVIGLELGQALSKLGVEVIGFDAQAQIGGLQDSYCNEFMLEQIQKHFPIHINQQV
VPFRDRNQVKITYQDSDWVGDKVLLTLGRRPNDDWRTPELQGLAIDPVTLQLGDLPIFVA
GDASGFHGILHEANREGKTAAQNAIHYTHLRGSDYLCPLAIVFSDPQIARIGCEYNELDK
NTTLIGSFDLNCNNGRAIVMDQDYGRMRLYADRATGRLLGGELAMPNAEHLGHLLAWSVQ
MGLTLQDLSTMPYYHPVLEEALQNVIDAMLAEYNALKGLTKN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory