SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_014026888.1 NCBI__GCF_000223395.1:WP_014026888.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9UXR8 Glutamyl-tRNA reductase; GluTR; EC 1.2.1.70 from Methanopyrus kandleri (strain AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938) (see paper)
39% identity, 83% coverage: 44:390/419 of query aligns to 43:383/404 of Q9UXR8

query
sites
Q9UXR8
V
 
V
V
 
L
L
 
L
P
 
Q
T
 
T
C
|
C
N
 
N
R
 
R
F
 
V
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
M
 
-
V
 
-
R
 
-
G
 
A
N
 
S
G
 
G
C
 
A
S
 
R
M
 
D
C
 
R
I
 
A
E
 
E
E
 
E
V
 
L
L
 
G
R
 
D
F
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
-
H
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
D
K
 
D
P
 
A
R
 
W
V
 
V
L
 
K
R
 
R
G
 
G
V
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
V
R
 
R
H
|
H
L
 
L
F
 
F
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
C
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
S
M
 
M
V
 
M
L
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
Q
E
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
R
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
D
Y
 
R
A
 
A
L
 
A
K
 
R
R
 
L
A
 
G
Y
 
T
T
 
L
G
 
D
K
 
E
L
 
A
L
 
L
D
 
K
L
 
I
V
 
V
F
 
F
R
 
R
Y
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
N
T
 
L
G
 
G
K
 
K
R
 
R
V
 
A
R
 
R
S
 
E
E
 
E
T
 
T
G
 
R
I
 
I
G
 
S
K
 
E
G
 
G
S
 
A
I
 
V
G
 
S
I
 
I
P
 
G
G
 
S
A
 
A
A
 
A
V
 
V
I
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
R
K
 
E
L
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
L
K
 
H
D
 
D
K
 
K
I
 
T
V
 
V
G
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
A
 
M
G
 
G
S
 
K
I
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
K
L
 
S
A
 
L
A
 
V
K
 
D
K
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
R
K
 
A
I
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
T
F
 
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
V
S
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
R
S
 
D
L
 
L
G
 
G
E
 
-
I
 
-
A
 
G
E
 
E
P
 
A
V
 
V
E
 
R
W
 
F
G
 
D
L
 
E
L
 
L
E
 
V
R
 
D
L
 
H
M
 
L
T
 
A
E
 
R
S
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
F
 
V
A
 
S
A
 
A
I
 
T
T
 
A
V
 
A
D
 
P
R
 
H
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
H
A
 
V
S
 
D
V
 
D
S
 
V
R
 
R
S
 
E
A
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
R
R
 
R
R
 
S
G
 
P
L
 
I
V
 
L
V
 
I
I
 
I
D
 
D
I
 
I
S
 
A
N
 
N
V
 
P
-
 
R
P
 
D
V
 
V
F
 
E
E
 
E
S
 
G
L
 
V
P
 
E
-
 
N
-
 
I
E
 
E
W
 
D
V
 
V
E
 
E
Y
 
V
H
 
R
G
 
T
F
 
I
N
 
D
E
 
D
V
 
L
V
 
R
E
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
E
M
 
N
A
 
L
E
 
E
V
 
R
R
 
R
R
 
R
S
 
K
E
 
E
V
 
I
P
 
P
K
 
K
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
N
 
S
K
 
T
L
 
V
M
 
E
R
 
E
A
 
E
V
 
L
K
 
E
K
 
K
R
 
L
I
 
K
A
 
E
D
 
R
E
 
R
A
 
L
I
 
V
E
 
A
T
 
D
M
 
V
M
 
A
K
 
K
F
 
S
A
 
L
K
 
H
A
 
E
M
 
I
V
 
K
D
 
D
N
 
R
E
 
E
V
 
L
R
 
E
R
 
R
A
 
A
V
 
L
S
 
-
V
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
R
 
R
G
 
R
I
 
L
D
 
K
V
 
T
G
 
G
A
 
D
V
 
P
E
 
E
D
 
N
V
 
V
L
 
L
R
 
Q
D
 
D
L
 
F
A
 
A
W
 
E
S
 
A
S
 
Y
V
 
T
R
 
K
K
 
R
S
 
L
L
 
I
R
 
N
P
 
V
L
 
L
I
 
T
I
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
M
E
 
E

1gpjA Glutamyl-tRNA reductase from methanopyrus kandleri (see paper)
39% identity, 83% coverage: 44:390/419 of query aligns to 43:378/399 of 1gpjA

query
sites
1gpjA
V
 
V
V
 
L
L
 
L
P
 
Q
T
|
T
C
x
S
N
|
N
R
|
R
F
 
V
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
M
 
-
V
 
-
R
 
-
G
 
A
N
 
S
G
 
G
C
 
A
S
 
R
M
 
D
C
 
R
I
 
A
E
 
E
E
 
E
V
 
L
L
 
G
R
 
D
F
 
L
I
 
I
R
 
H
L
 
-
H
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
D
K
 
D
P
 
A
R
 
W
V
 
V
L
 
K
R
 
R
G
 
G
V
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
V
R
 
R
H
|
H
L
 
L
F
 
F
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
|
S
M
 
M
V
 
M
L
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
Q
E
|
E
I
|
I
L
 
L
G
 
R
Q
|
Q
V
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
D
Y
 
R
A
 
A
L
 
A
K
 
R
R
 
L
A
 
G
Y
 
T
T
 
L
G
 
D
K
 
E
L
 
A
L
 
L
D
 
K
L
 
I
V
 
V
F
 
F
R
 
R
Y
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
N
T
 
L
G
 
G
K
 
K
R
 
R
V
 
A
R
 
R
S
 
E
E
 
E
T
 
T
G
 
R
I
 
I
G
 
S
K
 
E
G
 
G
S
 
A
I
 
V
G
 
S
I
 
I
P
 
G
G
 
S
A
 
A
A
 
A
V
 
V
I
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
R
K
 
E
L
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
L
K
 
H
D
 
D
K
 
K
I
 
T
V
 
V
G
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
A
 
M
G
 
G
S
 
K
I
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
K
L
 
S
A
 
L
A
 
V
K
 
D
K
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
R
K
 
A
I
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
T
F
 
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
V
S
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
R
S
 
D
L
 
L
G
 
G
E
 
-
I
 
-
A
 
G
E
 
E
P
 
A
V
 
V
E
 
R
W
 
F
G
 
D
L
 
E
L
 
L
E
 
V
R
 
D
L
 
H
M
 
L
T
 
A
E
 
R
S
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
F
 
V
A
 
S
A
 
A
I
 
T
T
 
A
V
 
A
D
 
P
R
 
H
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
H
A
 
V
S
 
D
V
 
D
S
 
V
R
 
R
S
 
E
A
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
R
R
 
R
R
 
S
G
 
P
L
 
I
V
 
L
V
 
I
I
 
I
D
 
D
I
 
I
S
 
A
N
 
N
V
 
P
-
 
R
P
 
D
V
 
V
F
 
E
E
 
E
S
 
G
L
 
V
P
 
E
-
 
N
-
 
I
E
 
E
W
 
D
V
 
V
E
 
E
Y
 
V
H
 
R
G
 
T
F
 
I
N
 
D
E
 
D
V
 
L
V
 
R
E
 
V
V
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
E
M
 
N
A
 
L
E
 
E
V
 
R
R
 
R
R
 
R
S
 
K
E
 
E
V
 
I
P
 
P
K
 
K
A
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
L
I
 
I
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
N
 
S
K
 
T
L
 
V
M
 
E
R
 
E
A
 
E
V
 
L
K
 
E
K
 
K
R
 
L
I
 
K
A
 
E
D
 
R
E
 
R
A
 
L
I
 
V
E
 
A
T
 
D
M
 
V
M
 
A
K
 
K
F
 
S
A
 
L
K
 
H
A
 
E
M
 
I
V
 
K
D
 
D
N
 
R
E
 
E
V
 
L
R
 
E
R
 
R
A
 
A
V
 
L
S
 
R
V
 
R
L
 
L
R
 
K
G
 
T
R
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
V
 
V
L
 
L
R
 
Q
D
 
D
L
 
F
A
 
A
W
 
E
S
 
A
S
 
Y
V
 
T
R
 
K
K
 
R
S
 
L
L
 
I
R
 
N
P
 
V
L
 
L
I
 
T
I
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
M
E
 
E

P0A6X1 Glutamyl-tRNA reductase; GluTR; EC 1.2.1.70 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
29% identity, 86% coverage: 35:395/419 of query aligns to 36:403/418 of P0A6X1

query
sites
P0A6X1
L
 
L
L
 
A
Y
 
Q
P
 
P
H
 
M
V
 
V
D
 
Q
E
 
G
L
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
S
T
|
T
C
|
C
N
 
N
R
|
R
F
 
T
E
|
E
V
 
L
Y
 
Y
M
 
L
V
 
S
R
 
V
G
 
E
N
 
E
G
 
Q
C
 
D
S
 
N
M
 
L
C
 
Q
I
 
-
E
 
E
E
 
A
V
 
L
L
 
I
R
 
R
F
 
W
I
 
L
R
x
C
L
 
D
H
 
Y
V
 
H
G
 
N
V
 
L
E
 
N
K
 
E
P
 
E
R
 
D
V
 
L
L
 
R
R
 
K
G
 
S
V
 
L
-
 
Y
-
 
W
-
 
H
-
 
Q
-
 
D
-
 
N
E
 
D
A
 
A
A
 
V
R
 
S
H
|
H
L
 
L
F
 
M
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
S
G
|
G
L
 
L
E
 
D
S
|
S
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
E
|
E
P
 
P
E
x
Q
I
 
I
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
F
 
F
E
 
A
Y
 
D
A
 
S
L
 
Q
K
 
K
R
 
G
A
 
H
Y
 
M
T
 
K
G
 
A
K
 
S
L
 
E
L
 
L
D
 
E
L
 
R
V
 
M
F
 
F
R
 
Q
Y
 
K
A
x
S
I
 
F
K
 
S
T
 
V
G
 
A
K
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
T
E
 
E
T
 
T
G
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
A
G
 
S
S
 
A
I
 
V
G
 
S
I
 
V
P
 
A
G
 
F
A
 
A
A
 
A
V
x
C
I
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
R
E
 
Q
K
 
I
L
 
F
G
 
E
T
 
S
L
 
L
K
 
S
D
 
T
K
 
V
I
 
T
V
 
V
G
 
L
V
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
E
 
E
A
 
T
G
 
I
S
 
E
I
 
L
I
 
V
A
 
A
S
 
R
L
 
H
A
 
L
A
 
R
K
 
E
K
 
H
G
 
K
A
 
V
A
 
Q
K
 
K
I
 
M
L
 
I
I
 
I
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
T
F
 
R
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
S
 
I
L
 
L
A
 
A
K
 
D
S
 
E
L
 
V
G
 
G
E
 
-
I
 
-
A
 
A
E
 
E
P
 
V
V
 
I
E
 
A
W
 
L
G
 
S
L
 
D
L
 
I
E
 
D
R
 
E
L
 
R
M
 
L
T
 
R
E
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
I
F
 
I
A
 
S
A
 
S
I
 
T
T
 
A
V
 
S
D
 
P
R
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
-
 
G
P
 
K
A
 
G
S
 
M
V
 
V
S
 
E
R
 
R
S
 
A
-
 
L
-
 
K
A
 
S
R
 
R
R
 
R
G
 
N
-
 
Q
-
 
P
L
 
M
V
 
L
V
 
L
I
 
V
D
 
D
I
 
I
S
 
-
N
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
S
 
A
L
 
V
P
 
P
E
 
R
W
 
D
V
 
V
E
 
E
-
 
P
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
N
-
 
A
-
 
Y
Y
 
L
H
 
Y
G
 
S
F
 
V
N
 
D
E
 
D
V
 
L
V
 
Q
E
 
S
V
 
I
A
 
I
R
 
S
R
 
H
M
 
N
A
 
L
E
 
A
V
 
Q
R
|
R
R
 
K
S
 
A
E
 
A
V
 
A
P
 
V
K
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
I
 
V
E
 
A
E
 
Q
E
 
E
L
 
T
N
 
S
K
 
E
L
 
F
M
 
M
R
 
A
A
 
W
V
 
L
K
 
R
K
 
A
R
 
Q
I
 
S
A
 
A
D
 
S
E
 
E
A
 
T
I
 
I
E
 
R
T
 
E
M
 
Y
M
 
R
K
 
S
F
 
Q
A
 
A
K
 
E
A
 
Q
M
 
V
V
 
R
D
 
D
N
 
E
E
 
L
V
 
T
R
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
V
 
A
L
 
L
R
 
E
G
 
-
R
 
Q
G
 
G
I
 
G
D
 
D
V
 
A
G
 
Q
A
 
A
V
 
-
E
 
-
D
 
-
V
 
I
L
 
M
R
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
W
 
W
S
 
K
S
 
L
V
 
T
R
 
N
K
 
R
S
 
L
L
 
I
R
 
H
P
 
A
L
 
P
I
 
T
I
 
K
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
R
A
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5yjlB Crystal structure of arabidopsis glutamyl-tRNA reductase in complex with NADPH and gbp (see paper)
34% identity, 51% coverage: 39:253/419 of query aligns to 40:256/415 of 5yjlB

query
sites
5yjlB
H
 
H
V
 
I
D
 
E
E
 
E
L
 
A
V
 
A
V
 
V
L
 
L
P
 
S
T
 
T
C
|
C
N
 
N
R
 
R
F
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
M
 
V
V
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
Q
-
 
H
R
 
R
G
 
G
N
 
-
G
 
-
C
 
-
S
 
-
M
 
-
C
 
-
I
 
V
E
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
T
R
 
E
F
 
W
I
 
M
R
 
S
L
 
K
H
 
T
V
 
S
G
 
G
V
 
I
-
 
P
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
I
-
 
C
E
 
Q
K
 
H
P
 
R
R
 
F
V
 
L
L
 
L
R
 
Y
G
 
N
V
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
T
R
 
Q
H
|
H
L
 
I
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
D
S
 
S
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
E
 
E
P
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
A
 
V
F
 
V
E
 
K
Y
 
V
A
 
G
L
 
Q
K
 
G
R
 
V
A
 
N
Y
 
G
T
 
F
G
 
G
K
 
R
L
 
N
L
 
I
D
 
S
L
 
G
V
 
L
F
 
F
R
 
K
Y
 
H
A
 
A
I
 
I
K
 
T
T
 
V
G
 
G
K
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
R
S
 
T
E
 
E
T
 
T
G
 
N
I
 
I
G
 
A
K
 
S
G
 
G
S
x
A
I
 
V
G
 
S
I
 
V
P
 
S
G
 
S
A
 
A
A
 
A
V
 
V
I
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
L
E
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
P
T
 
A
L
 
R
K
 
-
D
 
-
K
 
-
I
 
-
V
 
M
G
 
C
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
E
x
K
A
x
M
G
 
G
S
 
K
I
 
L
I
 
V
A
 
I
S
 
K
L
 
H
A
 
L
A
 
M
K
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
C
A
 
T
K
 
K
I
 
V
L
 
V
I
 
V
A
 
V
N
|
N
R
|
R
S
|
S
F
 
E
E
 
E
R
|
R
A
 
V
R
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
R
K
 
E
S
 
E
L
 
M
G
 
P
E
 
G
I
 
I
A
 
-
E
 
E
P
 
I
V
 
I
E
 
Y
W
 
R
G
 
P
L
 
L
L
 
D
E
 
E
R
 
M
L
 
L
-
 
A
-
 
C
M
 
A
T
 
S
E
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
A
 
T
A
 
S
I
x
T
T
x
A
V
x
S
D
 
E
R
 
T
P
 
P
V
 
L
I
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_014026888.1 NCBI__GCF_000223395.1:WP_014026888.1
MKTLDSLYMVGVDWKMVDTAKLAVLEGRVDDVYELLYPHVDELVVLPTCNRFEVYMVRGN
GCSMCIEEVLRFIRLHVGVEKPRVLRGVEAARHLFRVASGLESMVLGEPEILGQVKRAFE
YALKRAYTGKLLDLVFRYAIKTGKRVRSETGIGKGSIGIPGAAVILAEEKLGTLKDKIVG
VIGAGEAGSIIASLAAKKGAAKILIANRSFERARSLAKSLGEIAEPVEWGLLERLMTESD
VVFAAITVDRPVIPASVSRSARRGLVVIDISNVPVFESLPEWVEYHGFNEVVEVARRMAE
VRRSEVPKAEKIIEEELNKLMRAVKKRIADEAIETMMKFAKAMVDNEVRRAVSVLRGRGI
DVGAVEDVLRDLAWSSVRKSLRPLIIALQEAAEAGRIRMLEEVRTVFEKEYAKVVAKID

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory