SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_014027080.1 NCBI__GCF_000223395.1:WP_014027080.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
43% identity, 99% coverage: 1:469/472 of query aligns to 1:466/469 of P0A9C5

query
sites
P0A9C5

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
Y398 (= Y401) modified: O-AMP-tyrosine

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
43% identity, 97% coverage: 10:469/472 of query aligns to 6:465/468 of 1fpyA

query
sites
1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G130), E129 (= E132), E207 (= E205), T223 (≠ F221), F225 (= F223), H271 (= H269), S273 (= S271), R355 (= R359), E357 (= E361)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E132), E131 (= E134), E212 (= E210), E220 (= E218), H269 (= H267), E357 (= E361)
binding phosphinothricin: E131 (= E134), E212 (= E210), G265 (= G263), H269 (= H267), R321 (= R323), E327 (= E329), R359 (= R363)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
43% identity, 97% coverage: 10:469/472 of query aligns to 6:465/468 of 1f1hA

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1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E132), E207 (= E205), H210 (= H208), E220 (= E218), T223 (≠ F221), F225 (= F223), H271 (= H269), S273 (= S271), R355 (= R359)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E132), E131 (= E134), E212 (= E210), E220 (= E218), H269 (= H267), E357 (= E361)

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
43% identity, 99% coverage: 1:469/472 of query aligns to 1:466/469 of P0A1P6

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sites
P0A1P6

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E130 (= E132) binding Mn(2+)
E132 (= E134) binding Mn(2+)
E208 (= E205) binding ATP
E213 (= E210) binding Mn(2+)
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NG 265:266 (= NG 262:263) binding L-glutamate
H270 (= H267) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HVS 269:271) binding ATP
R322 (= R323) binding L-glutamate
E358 (= E361) binding Mn(2+)
R360 (= R363) binding L-glutamate

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
42% identity, 97% coverage: 10:469/472 of query aligns to 10:475/478 of A0R079

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sites
A0R079

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K14 (≠ S14) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

8ooxB Glutamine synthetase (see paper)
45% identity, 94% coverage: 8:449/472 of query aligns to 5:414/438 of 8ooxB

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sites
8ooxB

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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