SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_015738359.1 NCBI__GCF_000024605.1:WP_015738359.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

6j2lA Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
37% identity, 98% coverage: 5:240/242 of query aligns to 9:200/200 of 6j2lA

query
sites
6j2lA
L
 
L
D
 
D
R
 
W
F
 
E
K
 
K
F
 
T
D
 
D
A
 
-
Q
 
-
G
 
G
L
 
L
I
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
D
 
H
S
 
A
R
 
V
T
 
S
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
K
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
T
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
T
 
V
W
 
T
F
 
F
Y
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
H
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
F
Q
 
L
E
 
N
V
 
V
D
 
V
E
 
S
V
 
I
Y
 
A
F
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
K
 
L
V
 
A
R
 
N
Q
 
P
H
 
I
G
 
G
A
 
P
A
 
T
C
|
C
H
 
H
E
 
K
G
 
G
Y
 
T
K
 
S
S
 
S
C
|
C
F
 
F
H
 
-
Y
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
G
 
G
Q
 
N
P
 
T
A
 
A
F
 
H
D
 
Q
P
 
W
A
 
L
D
 
F
V
 
L
Y
 
Y
G
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
K
 
-
E
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
C
 
-
I
 
-
C
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
Q
V
 
L
F
 
E
D
 
Q
V
 
L
V
 
L
L
 
A
D
 
E
R
 
R
K
 
K
R
 
Y
N
 
A
R
 
D
P
 
P
P
 
E
G
 
T
A
 
S
Y
 
Y
T
 
T
T
 
A
Y
 
K
L
 
L
F
 
Y
D
 
A
K
 
S
G
 
G
L
 
T
D
 
K
T
 
R
I
 
I
L
 
A
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
S
 
G
E
 
E
E
|
E
A
 
G
M
 
V
E
 
E
V
 
T
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
T
N
 
V
H
 
H
R
 
D
H
 
R
E
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
T
K
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
I
 
M
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
A
 
D
E
 
Q
G
 
D
V
 
L
G
 
D
I
 
L
H
 
T
E
 
T
V
 
V
F
 
I
E
 
E
E
 
N
L
 
L
R
 
H
E
 
K
R
 
R

7bgmA Crystal structure of mthisn2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
33% identity, 98% coverage: 5:240/242 of query aligns to 8:212/213 of 7bgmA

query
sites
7bgmA
L
 
L
D
 
D
R
 
S
F
 
V
K
 
K
F
 
W
D
 
D
A
 
N
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
A
Q
 
Q
D
 
N
S
 
V
R
 
D
T
 
T
N
 
G
E
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
A
 
G
Y
 
F
M
 
A
N
 
N
K
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
T
 
S
S
 
S
G
 
R
Q
 
K
T
 
A
W
 
T
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
 
W
H
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
N
N
 
N
I
 
F
Q
 
I
E
 
N
V
 
V
D
 
H
E
 
D
V
 
V
Y
 
F
F
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
I
 
Y
K
 
L
V
 
G
R
 
K
Q
 
P
H
 
D
G
 
G
A
 
P
A
 
T
C
|
C
H
 
H
E
 
T
G
 
G
Y
 
A
K
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
H
 
Y
Y
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
G
 
-
Q
 
T
P
 
P
A
 
V
F
 
F
D
 
D
P
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
L
 
L
P
 
L
P
 
K
K
 
E
K
 
E
E
 
E
P
 
V
E
 
E
E
 
G
R
 
N
P
 
K
V
 
L
C
 
A
I
 
L
C
 
T
S
 
S
S
 
L
S
 
Y
I
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
S
V
 
-
F
 
-
D
 
-
V
 
T
V
 
I
L
 
S
D
 
Q
R
 
R
K
 
K
R
 
A
N
 
E
R
 
V
P
 
V
P
 
S
G
 
W
A
 
T
Y
 
K
T
 
R
T
 
L
Y
 
L
L
 
L
F
 
N
D
 
D
K
 
K
G
 
L
L
 
L
D
 
C
T
 
S
I
 
K
L
 
I
R
 
R
K
 
E
V
x
E
S
 
A
E
 
N
E
 
E
A
 
L
M
 
C
E
 
E
V
 
T
I
 
L
L
 
-
A
 
-
A
 
E
K
 
N
N
 
N
H
 
E
R
 
D
H
 
K
E
 
S
E
 
R
V
 
T
V
 
A
K
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
I
 
L
Y
 
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
E
 
K
G
 
D
V
 
V
G
 
K
I
 
V
H
 
E
E
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
Q
E
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
R
 
R

7bgnA Crystal structure of mthisn2-amp complex, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
31% identity, 98% coverage: 5:240/242 of query aligns to 6:203/204 of 7bgnA

query
sites
7bgnA
L
 
L
D
 
D
R
 
S
F
 
V
K
 
K
F
 
W
D
 
D
A
 
N
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
A
Q
 
Q
D
 
N
S
 
V
R
 
D
T
 
T
N
 
G
E
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
A
 
G
Y
 
F
M
 
A
N
 
N
K
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
T
 
S
S
 
S
G
 
R
Q
 
K
T
 
A
W
 
T
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
|
W
H
 
T
K
|
K
G
|
G
E
 
E
T
|
T
S
|
S
G
 
N
N
 
N
I
 
F
Q
 
I
E
 
N
V
 
V
D
 
H
E
 
D
V
 
V
Y
 
F
F
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
I
 
Y
K
 
L
V
 
G
R
 
K
Q
 
P
H
 
D
G
 
G
A
 
P
A
x
T
C
|
C
H
|
H
E
 
T
G
 
G
Y
 
A
K
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
H
 
Y
Y
 
T
R
 
P
I
 
V
E
 
F
P
 
D
D
 
L
G
 
N
R
 
K
V
 
L
A
 
A
L
 
L
V
 
T
G
 
S
Q
 
L
P
 
Y
A
 
A
F
x
L
D
 
E
P
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
K
 
-
E
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
C
 
-
I
 
-
C
 
-
S
 
-
S
 
S
S
 
T
I
 
I
L
 
S
E
 
Q
E
x
R
V
 
K
F
 
A
D
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
-
D
 
-
R
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
P
P
x
S
G
x
W
A
x
T
Y
 
K
T
 
R
T
 
L
Y
 
L
L
 
L
F
 
N
D
 
D
K
 
K
G
 
L
L
 
L
D
 
C
T
 
S
I
 
K
L
 
I
R
 
R
K
 
E
V
x
E
S
 
A
E
 
N
E
 
E
A
 
L
M
 
C
E
 
E
V
 
T
I
 
L
L
 
-
A
 
-
A
 
E
K
 
N
N
 
N
H
 
E
R
 
D
H
 
K
E
 
S
E
 
R
V
 
T
V
 
A
K
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
I
 
L
Y
|
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
L
E
 
K
G
 
D
V
 
V
G
 
K
I
 
V
H
 
E
E
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
Q
E
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
R
|
R

Sites not aligning to the query:

6j2lB Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
34% identity, 98% coverage: 5:240/242 of query aligns to 8:185/185 of 6j2lB

query
sites
6j2lB
L
 
L
D
 
D
R
 
W
F
 
E
K
 
K
F
 
T
D
 
D
A
 
-
Q
 
-
G
 
G
L
 
L
I
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
I
 
V
Q
 
Q
D
 
H
S
 
A
R
 
V
T
 
S
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
K
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
T
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
T
 
V
W
 
T
F
 
F
Y
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
H
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
F
Q
 
L
E
 
N
V
 
V
D
 
V
E
 
S
V
 
I
Y
 
A
F
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
K
 
L
V
 
A
R
 
N
Q
 
P
H
 
I
G
 
G
A
 
P
A
 
S
C
 
-
H
 
-
E
 
-
G
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
S
C
 
C
F
 
F
H
 
-
Y
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
G
R
 
N
V
 
T
A
 
A
L
 
H
V
 
Q
G
 
W
Q
 
L
P
 
F
A
 
L
F
 
Y
D
 
Q
P
 
L
A
 
E
D
 
Q
V
 
L
Y
 
L
G
 
A
D
 
E
R
 
R
R
 
K
P
 
Y
P
 
A
D
 
D
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
K
 
-
E
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
C
 
-
I
 
-
C
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
D
 
-
V
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
Y
 
-
L
 
L
F
 
Y
D
 
A
K
 
S
G
 
G
L
 
T
D
 
K
T
 
R
I
 
I
L
 
A
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
S
 
G
E
 
E
E
|
E
A
 
G
M
 
V
E
|
E
V
 
T
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
T
N
 
V
H
 
H
R
 
D
H
 
R
E
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
T
K
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
I
 
M
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
A
 
D
E
 
Q
G
 
D
V
 
L
G
 
D
I
 
L
H
 
T
E
 
T
V
 
V
F
 
I
E
 
E
E
 
N
L
 
L
R
 
H
E
 
K
R
 
R

Query Sequence

>WP_015738359.1 NCBI__GCF_000024605.1:WP_015738359.1
MAFNLDRFKFDAQGLIPAIIQDSRTNEVLMLAYMNKEALAKTLTSGQTWFYSRSRQRLWH
KGETSGNIQEVDEVYFDCDADALLIKVRQHGAACHEGYKSCFHYRIEPDGRVALVGQPAF
DPADVYGDRRPPDQLPPKKEPEERPVCICSSSILEEVFDVVLDRKRNRPPGAYTTYLFDK
GLDTILRKVSEEAMEVILAAKNHRHEEVVKEAADLIYHLLVLLAAEGVGIHEVFEELRER
RK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory