SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_015738682.1 NCBI__GCF_000024605.1:WP_015738682.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

P9WPY1 Chorismate synthase; CS; 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase; EC 4.2.3.5 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
53% identity, 99% coverage: 1:383/388 of query aligns to 1:389/401 of P9WPY1

query
sites
P9WPY1
M
 
M
L
 
L
R
 
R
Y
 
W
L
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
A
I
 
V
I
 
V
E
 
E
G
 
G
M
 
M
P
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
V
W
 
H
L
 
V
T
 
T
A
 
S
D
 
A
Y
 
D
I
 
I
D
 
A
R
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
R
R
|
R
Q
 
R
G
 
L
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
|
R
G
 
G
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
R
 
T
I
 
F
E
 
E
R
 
R
D
 
D
R
 
A
V
 
V
E
 
T
I
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
I
R
 
R
G
 
H
G
 
G
F
 
S
T
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
G
P
 
P
I
 
I
A
 
A
L
 
I
K
 
E
I
 
I
A
 
G
N
 
N
R
 
T
D
 
E
W
 
W
E
 
P
N
 
K
W
 
W
R
 
E
E
 
T
V
 
V
M
 
M
-
 
A
-
 
A
N
 
D
P
 
P
G
 
V
L
 
D
E
 
P
A
 
A
R
 
E
L
 
L
D
 
A
E
 
D
R
 
V
V
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
A
-
 
P
I
 
L
T
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
G
H
 
H
A
 
A
D
 
D
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
M
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
F
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
R
 
R
N
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
S
 
S
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
R
E
 
Q
-
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
V
A
 
L
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
V
 
I
Q
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
-
V
 
-
K
 
A
A
 
S
T
 
A
P
 
P
A
 
Y
E
 
E
G
 
G
T
 
P
P
 
P
-
 
P
-
 
R
E
 
A
E
 
E
I
 
D
R
 
L
S
 
P
Q
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
A
S
 
S
P
 
P
V
 
V
Y
 
R
C
 
A
P
 
Y
D
 
D
P
 
K
Q
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
A
A
 
D
M
 
M
V
 
I
E
 
A
A
 
Q
I
 
I
E
 
E
R
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
V
E
 
E
V
 
A
R
 
V
V
 
A
Y
 
L
G
 
G
V
 
L
P
 
P
P
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
V
 
T
H
 
S
W
 
G
D
 
D
R
 
H
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
S
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
L
 
V
M
 
M
S
 
G
I
 
I
P
x
Q
G
x
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
L
 
T
A
 
A
S
 
R
L
 
R
P
 
R
G
 
G
S
 
S
R
 
R
A
 
A
H
 
H
D
 
D
E
 
E
I
 
M
F
 
Y
Y
 
P
S
 
G
P
 
P
V
 
-
Q
 
D
G
 
G
Y
 
V
Y
 
V
R
 
R
V
 
S
T
 
T
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
L
V
 
R
V
 
V
R
 
R
A
 
A
V
 
A
M
 
M
K
|
K
P
|
P
I
|
I
P
x
S
T
|
T
L
 
V
R
 
P
K
 
R
P
 
A
L
 
L
R
 
A
S
 
T
V
 
V
D
 
D
M
 
L
F
 
A
T
 
T
K
 
G
E
 
D
P
 
E
V
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
I
Y
 
H
E
 
Q
R
|
R
A
 
S
D
 
D
I
 
V
C
 
C
A
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
C
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
V
E
 
E
A
 
T
V
 
M
V
 
V
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
R
A
 
A
C
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
G
D
 
D
T
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
T
K
 
Q
E
 
R
S
 
N
F
 
I
L
 
A
R
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
R
R
 
S
I
 
V

2qhfA Mycobacterium tuberculosis chorismate synthase in complex with nca
53% identity, 99% coverage: 1:383/388 of query aligns to 1:389/392 of 2qhfA

query
sites
2qhfA
M
 
M
L
 
L
R
 
R
Y
 
W
L
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
A
I
 
V
I
 
V
E
 
E
G
 
G
M
 
M
P
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
V
W
 
H
L
 
V
T
 
T
A
 
S
D
 
A
Y
 
D
I
 
I
D
 
A
R
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
G
 
L
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
|
R
G
 
G
A
 
A
R
 
R
Q
 
M
R
 
T
I
 
F
E
 
E
R
 
R
D
 
D
R
 
A
V
 
V
E
 
T
I
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
I
R
 
R
G
 
H
G
 
G
F
 
S
T
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
G
P
 
P
I
 
I
A
 
A
L
 
I
K
 
E
I
 
I
A
 
G
N
 
N
R
 
T
D
 
E
W
 
W
E
 
P
N
 
K
W
 
W
R
 
E
E
 
T
V
 
V
M
 
M
-
 
A
-
 
A
N
 
D
P
 
P
G
 
V
L
 
D
E
 
P
A
 
A
R
 
E
L
 
L
D
 
A
E
 
D
R
 
V
V
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
A
-
 
P
I
 
L
T
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
G
H
 
H
A
 
A
D
 
D
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
M
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
F
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
R
 
R
N
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
S
 
S
A
|
A
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
R
E
 
Q
-
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
V
A
 
L
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
V
 
I
Q
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
-
V
 
-
K
 
A
A
 
S
T
 
A
P
 
P
A
 
Y
E
 
E
G
 
G
T
 
P
P
 
P
-
 
P
-
 
R
E
 
A
E
 
E
I
 
D
R
 
L
S
 
P
Q
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
A
S
 
S
P
 
P
V
 
V
Y
 
R
C
 
A
P
 
Y
D
 
D
P
 
K
Q
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
A
A
 
D
M
 
M
V
 
I
E
 
A
A
 
Q
I
 
I
E
 
E
R
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
V
E
 
E
V
 
A
R
 
V
V
 
A
Y
 
L
G
 
G
V
 
L
P
 
P
P
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
V
 
T
H
 
S
W
 
G
D
 
D
R
 
H
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
S
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
L
 
V
M
 
M
S
 
G
I
|
I
P
x
Q
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
L
 
T
A
 
A
S
 
R
L
 
R
P
 
R
G
 
G
S
 
S
R
 
R
A
 
A
H
 
H
D
 
D
E
 
E
I
 
M
F
 
Y
Y
 
P
S
 
G
P
 
P
V
 
-
Q
 
D
G
 
G
Y
 
V
Y
 
V
R
 
R
V
 
S
T
 
T
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
L
V
 
R
V
 
V
R
 
R
A
 
A
V
 
A
M
|
M
K
 
K
P
 
P
I
|
I
P
 
S
T
 
T
L
 
V
R
 
P
K
 
R
P
 
A
L
 
L
R
 
A
S
 
T
V
 
V
D
 
D
M
 
L
F
 
A
T
 
T
K
 
G
E
 
D
P
 
E
V
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
I
Y
 
H
E
 
Q
R
|
R
A
 
S
D
 
D
I
 
V
C
 
C
A
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
C
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
V
E
 
E
A
 
T
V
 
M
V
 
V
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
R
A
 
A
C
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
G
D
 
D
T
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
T
K
 
Q
E
 
R
S
 
N
F
 
I
L
 
A
R
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
R
R
 
S
I
 
V

2o12A Mycobacterium tuberculosis chorismate synthase in complex with fmn
52% identity, 99% coverage: 1:383/388 of query aligns to 1:383/386 of 2o12A

query
sites
2o12A
M
 
M
L
 
L
R
 
R
Y
 
W
L
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
V
T
 
A
I
 
V
I
 
V
E
 
E
G
 
G
M
 
M
P
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
V
W
 
H
L
 
V
T
 
T
A
 
S
D
 
A
Y
 
D
I
 
I
D
 
A
R
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
G
 
L
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
E
R
 
R
D
 
D
R
 
A
V
 
V
E
 
T
I
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
I
R
 
R
G
 
H
G
 
G
F
 
S
T
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
G
P
 
P
I
 
I
A
 
A
L
 
I
K
 
E
I
 
I
A
 
G
N
 
N
R
 
T
D
 
E
W
 
W
E
 
P
N
 
K
W
 
W
R
 
E
E
 
T
V
 
V
M
 
M
-
 
A
-
 
A
N
 
D
P
 
P
G
 
V
L
 
D
E
 
P
A
 
A
R
 
E
L
 
L
D
 
A
E
 
D
R
 
V
V
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
A
-
 
P
I
 
L
T
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
G
H
|
H
A
 
A
D
 
D
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
M
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
F
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
R
 
R
N
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
S
 
S
A
|
A
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
R
E
 
Q
-
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
V
A
 
L
G
 
S
Q
 
H
V
 
V
V
 
I
Q
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
-
V
 
-
K
 
A
A
 
S
T
 
A
P
 
P
A
 
Y
E
 
E
G
 
G
T
 
P
P
 
P
-
 
P
-
 
R
E
 
A
E
 
E
I
 
D
R
 
L
S
 
P
Q
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
A
S
 
S
P
 
P
V
 
V
Y
 
R
C
 
A
P
 
Y
D
 
D
P
 
K
Q
 
A
A
 
A
S
 
E
A
 
A
A
 
D
M
 
M
V
 
I
E
 
A
A
 
Q
I
 
I
E
 
E
R
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
V
E
 
E
V
 
A
R
 
V
V
 
A
Y
 
L
G
 
G
V
 
L
P
 
P
P
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
V
 
T
H
 
S
W
 
G
D
 
D
R
 
H
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
S
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
L
 
V
M
 
M
S
 
G
I
 
I
P
x
Q
G
x
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
Q
L
 
T
A
 
A
S
 
R
L
 
R
P
 
R
G
 
G
S
 
S
R
 
R
A
 
A
H
 
H
D
 
D
E
 
E
I
 
M
F
 
Y
Y
 
P
S
 
G
P
 
P
V
 
-
Q
 
D
G
 
G
Y
 
V
Y
 
V
R
 
R
V
 
S
T
 
T
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
L
V
 
R
V
 
V
R
 
R
A
 
A
V
 
A
M
|
M
K
|
K
P
 
P
I
|
I
P
 
S
T
|
T
L
 
V
R
 
P
K
 
R
P
 
A
L
 
L
R
 
A
S
 
T
V
 
V
D
 
D
M
 
L
F
 
A
T
 
T
K
 
G
E
 
D
P
 
E
V
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
I
Y
 
H
E
 
Q
R
|
R
A
 
S
D
 
D
I
 
V
C
 
C
A
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
A
C
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
V
E
 
E
A
 
T
V
 
M
V
 
V
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
R
A
 
A
C
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
G
G
 
G
D
 
D
T
 
S
M
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
T
K
 
Q
E
 
R
S
 
N
F
 
I
L
 
A
R
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
R
R
 
S
I
 
V

1qxoA Crystal structure of chorismate synthase complexed with oxidized fmn and epsp (see paper)
54% identity, 98% coverage: 2:380/388 of query aligns to 1:382/388 of 1qxoA

query
sites
1qxoA
L
 
M
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
P
A
 
R
L
 
L
L
 
T
T
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
L
W
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
A
D
 
E
Y
 
D
I
 
I
D
 
N
R
 
E
Q
 
D
L
 
L
E
 
R
R
 
R
R
|
R
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
|
R
G
 
G
A
 
G
R
|
R
Q
x
M
R
 
K
I
 
I
E
 
E
R
 
N
D
 
D
R
 
Q
V
 
V
E
 
V
I
 
F
L
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
R
G
 
H
G
 
G
F
 
K
T
 
T
L
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
T
L
 
M
K
 
D
I
 
V
A
 
I
N
 
N
R
 
K
D
 
D
W
 
H
E
 
Q
N
 
K
W
 
W
R
 
L
E
 
D
V
 
I
M
 
M
N
 
S
-
 
A
P
 
E
G
 
D
L
 
I
E
 
E
A
 
D
R
 
R
L
 
L
-
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
V
 
K
I
 
I
T
 
T
R
 
H
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
G
H
|
H
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
I
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
F
 
F
Y
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
N
V
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
S
S
 
S
A
|
A
R
|
R
E
 
E
T
 
T
V
 
T
A
 
M
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
K
R
 
R
F
 
L
L
 
L
E
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
D
I
 
M
T
 
E
L
 
I
A
 
A
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
V
 
V
Q
 
V
I
 
F
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
E
V
 
I
K
 
D
A
 
V
T
 
-
P
 
P
A
 
E
E
 
N
G
 
L
T
 
T
P
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
K
S
 
Q
Q
 
R
A
 
A
D
 
A
A
 
Q
S
 
S
P
 
E
V
 
V
Y
 
S
C
 
I
P
 
V
D
 
N
P
 
Q
Q
 
E
A
 
R
S
 
E
A
 
Q
A
 
E
M
 
I
V
 
K
E
 
D
A
 
Y
I
 
I
E
 
D
R
 
Q
A
 
I
E
 
K
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
V
E
 
E
V
 
T
R
 
V
V
 
V
Y
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
H
 
Q
W
 
W
D
 
D
R
 
R
R
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
V
M
 
V
S
 
S
I
 
I
P
x
N
G
x
A
I
 
F
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
E
L
 
A
A
 
G
S
 
Y
L
 
R
P
 
K
G
 
G
S
 
S
R
 
Q
A
 
V
H
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
F
 
L
Y
 
W
S
 
S
P
 
K
V
 
E
Q
 
D
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
T
R
 
R
V
 
R
T
 
T
N
 
N
R
 
N
A
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
F
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
I
V
 
V
V
 
V
R
 
R
A
 
G
V
 
V
M
|
M
K
|
K
P
 
P
I
|
I
P
|
P
T
|
T
L
 
L
R
 
Y
K
 
K
P
 
P
L
 
L
R
 
M
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
I
F
 
E
T
 
T
K
 
H
E
 
E
P
 
P
V
 
Y
A
 
K
A
 
A
A
 
T
Y
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
S
D
 
D
I
 
P
C
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
C
 
G
V
 
M
I
 
V
G
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
W
 
T
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
E
C
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
S
G
 
S
D
 
D
T
 
N
M
 
L
A
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
E
S
 
A
F
 
V
L
 
A
R
 
K
Y
 
H
K
 
R

P0A2Y6 Chorismate synthase; CS; 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase; EC 4.2.3.5 from Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (see paper)
54% identity, 98% coverage: 2:380/388 of query aligns to 1:382/388 of P0A2Y6

query
sites
P0A2Y6
L
 
M
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
P
A
 
R
L
 
L
L
 
T
T
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
M
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
L
W
 
P
L
 
L
T
 
T
A
 
A
D
 
E
Y
 
D
I
 
I
D
 
N
R
 
E
Q
 
D
L
 
L
E
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
G
R
 
R
Q
 
M
R
 
K
I
 
I
E
 
E
R
 
N
D
 
D
R
 
Q
V
 
V
E
 
V
I
 
F
L
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
R
G
 
H
G
 
G
F
 
K
T
 
T
L
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
T
L
 
M
K
 
D
I
 
V
A
 
I
N
 
N
R
 
K
D
 
D
W
 
H
E
 
Q
N
 
K
W
 
W
R
 
L
E
 
D
V
 
I
M
 
M
N
 
S
-
 
A
P
 
E
G
 
D
L
 
I
E
 
E
A
 
D
R
 
R
L
 
L
-
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
V
 
K
I
 
I
T
 
T
R
 
H
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
G
H
 
H
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
I
K
 
K
Y
 
Y
A
 
R
F
 
F
Y
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
N
V
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
S
S
 
S
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
T
A
 
M
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
K
R
 
R
F
 
L
L
 
L
E
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
D
I
 
M
T
 
E
L
 
I
A
 
A
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
V
 
V
Q
 
V
I
 
F
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
E
V
 
I
K
 
D
A
 
V
T
 
-
P
 
P
A
 
E
E
 
N
G
 
L
T
 
T
P
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
K
S
 
Q
Q
 
R
A
 
A
D
 
A
A
 
Q
S
 
S
P
 
E
V
 
V
Y
 
S
C
 
I
P
 
V
D
 
N
P
 
Q
Q
 
E
A
 
R
S
 
E
A
 
Q
A
 
E
M
 
I
V
 
K
E
 
D
A
 
Y
I
 
I
E
 
D
R
 
Q
A
 
I
E
 
K
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
V
E
 
E
V
 
T
R
 
V
V
 
V
Y
 
G
G
 
G
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
H
 
Q
W
 
W
D
 
D
R
 
R
R
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
V
M
 
V
S
 
S
I
 
I
P
x
N
G
x
A
I
 
F
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
E
L
 
A
A
 
G
S
 
Y
L
 
R
P
 
K
G
 
G
S
 
S
R
 
Q
A
 
V
H
 
M
D
 
D
E
 
E
I
 
I
F
 
L
Y
 
W
S
 
S
P
 
K
V
 
E
Q
 
D
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
T
R
 
R
V
 
R
T
 
T
N
 
N
R
 
N
A
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
F
E
 
E
G
|
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
I
 
I
V
 
V
V
 
V
R
 
R
A
 
G
V
 
V
M
 
M
K
|
K
P
|
P
I
|
I
P
|
P
T
|
T
L
 
L
R
 
Y
K
 
K
P
 
P
L
 
L
R
 
M
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
I
F
 
E
T
 
T
K
 
H
E
 
E
P
 
P
V
 
Y
A
 
K
A
 
A
A
 
T
Y
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
S
D
 
D
I
 
P
C
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
C
 
G
V
 
M
I
 
V
G
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
W
 
T
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
E
C
 
I
L
 
L
E
 
E
K
 
K
F
 
F
G
 
S
G
 
S
D
 
D
T
 
N
M
 
L
A
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
E
S
 
A
F
 
V
L
 
A
R
 
K
Y
 
H
K
 
R

1um0A Crystal structure of chorismate synthase complexed with fmn (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:361/388 of query aligns to 7:348/365 of 1um0A

query
sites
1um0A
M
 
F
L
 
L
R
 
R
Y
 
L
L
 
T
T
 
T
A
 
F
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
G
T
 
G
I
 
V
I
 
L
E
 
D
G
 
G
M
 
M
P
 
P
A
 
S
G
 
G
L
 
I
W
 
K
L
 
I
T
 
D
A
 
Y
D
 
A
Y
 
L
I
 
L
D
 
E
R
 
N
Q
 
E
L
 
M
E
 
K
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
Y
 
R
G
 
N
R
 
V
G
 
F
A
 
I
R
 
T
Q
 
P
R
 
R
I
 
K
E
 
E
R
 
D
D
 
D
R
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
I
L
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
F
G
 
E
G
 
D
F
 
F
T
 
S
L
 
T
G
 
G
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
G
L
 
F
K
 
L
I
 
I
A
 
H
N
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
S
R
 
K
D
 
D
W
 
Y
E
 
D
N
 
N
W
 
I
R
 
K
E
 
N
V
 
L
M
 
F
N
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
I
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
P
G
 
S
H
|
H
A
 
A
D
 
D
L
 
F
A
 
T
G
 
Y
A
 
F
L
 
H
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
I
Y
 
R
D
 
D
L
 
F
R
 
R
N
 
G
V
 
G
L
 
-
E
 
G
R
|
R
A
 
S
S
|
S
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
S
V
 
A
A
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
F
A
 
A
R
 
K
R
 
M
F
 
L
L
 
L
E
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
V
L
 
C
A
 
E
G
 
S
Q
 
G
V
 
I
V
 
I
Q
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
K
P
 
N
A
 
Y
E
 
D
G
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
F
S
 
N
Q
 
H
A
 
A
D
 
L
A
 
K
S
 
S
P
 
E
V
 
I
Y
 
F
C
 
A
P
 
L
D
 
D
P
 
E
Q
 
E
A
 
Q
S
 
E
A
 
E
A
 
A
M
 
Q
V
 
K
E
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
R
 
N
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
N
G
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
A
E
 
L
V
 
I
R
 
R
V
 
A
Y
 
R
G
 
S
V
 
I
-
 
K
-
 
T
-
 
N
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
P
 
P
P
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
Q
Y
 
G
V
 
L
H
 
Y
W
 
A
D
 
-
R
 
-
R
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
M
 
M
S
 
G
I
 
L
P
x
N
G
|
G
I
 
V
K
 
K
G
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
K
G
 
G
F
 
V
A
 
E
L
 
S
A
 
S
S
 
L
L
 
L
P
 
K
G
 
G
S
 
S
R
 
E
A
 
Y
H
 
N
D
 
D
E
 
L
I
 
M
F
 
-
Y
 
-
S
 
-
P
 
D
V
 
Q
Q
 
K
G
 
G
Y
 
F
Y
 
-
R
 
-
V
 
L
T
 
S
N
 
N
R
 
R
A
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
V
E
x
L
G
|
G
G
 
G
V
 
M
T
 
S
N
 
N
G
 
G
E
 
E
P
 
E
I
 
I
V
 
I
V
 
V
R
 
R
A
 
V
V
 
H
M
 
F
K
|
K
P
 
P
I
x
T
P
|
P
T
x
S
L
 
I
R
 
F
K
 
Q
P
 
P
L
 
Q
R
 
R
S
 
T
V
 
I
D
 
D
M
 
I
F
 
N
T
 
G
K
 
N
E
 
E
P
 
C
V
 
E
A
 
C
A
 
L
A
 
L
Y
 
K
E
 
G
R
 
R
A
 
H
D
 
D
I
 
P
C
 
C
A
x
I
V
 
A
P
 
I
A
x
R
A
 
G
C
 
S
V
 
V
I
 
V
G
 
C
E
 
E
A
 
S
V
 
L
V
 
L
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
M
C
 
V
L
 
L

P56122 Chorismate synthase; CS; 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase; EC 4.2.3.5 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:361/388 of query aligns to 7:348/365 of P56122

query
sites
P56122
M
 
F
L
 
L
R
 
R
Y
 
L
L
 
T
T
 
T
A
 
F
G
 
G
E
 
E
S
 
S
H
 
H
G
 
G
Q
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
G
T
 
G
I
 
V
I
 
L
E
 
D
G
 
G
M
 
M
P
 
P
A
 
S
G
 
G
L
 
I
W
 
K
L
 
I
T
 
D
A
 
Y
D
 
A
Y
 
L
I
 
L
D
 
E
R
 
N
Q
 
E
L
 
M
E
 
K
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
Y
 
R
G
 
N
R
 
V
G
 
F
A
 
I
R
 
T
Q
 
P
R
 
R
I
 
K
E
 
E
R
 
D
D
 
D
R
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
I
L
 
T
S
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
F
G
 
E
G
 
D
F
 
F
T
 
S
L
 
T
G
 
G
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
G
L
 
F
K
 
L
I
 
I
A
 
H
N
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
S
R
 
K
D
 
D
W
 
Y
E
 
D
N
 
N
W
 
I
R
 
K
E
 
N
V
 
L
M
 
F
N
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
I
 
-
T
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
P
G
 
S
H
 
H
A
 
A
D
 
D
L
 
F
A
 
T
G
 
Y
A
 
F
L
 
H
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
I
Y
 
R
D
 
D
L
 
F
R
 
R
N
 
G
V
 
G
L
 
-
E
 
G
R
|
R
A
x
S
S
|
S
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
S
V
 
A
A
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
F
A
 
A
R
 
K
R
 
M
F
 
L
L
 
L
E
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
V
L
 
C
A
 
E
G
 
S
Q
 
G
V
 
I
V
 
I
Q
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
K
P
 
N
A
 
Y
E
 
D
G
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
F
S
 
N
Q
 
H
A
 
A
D
 
L
A
 
K
S
 
S
P
 
E
V
 
I
Y
 
F
C
 
A
P
 
L
D
 
D
P
 
E
Q
 
E
A
 
Q
S
 
E
A
 
E
A
 
A
M
 
Q
V
 
K
E
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
R
 
N
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
N
G
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
F
 
A
E
 
L
V
 
I
R
 
R
V
 
A
Y
 
R
G
 
S
V
 
I
-
 
K
-
 
T
-
 
N
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
P
 
P
P
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
Q
Y
 
G
V
 
L
H
 
Y
W
 
A
D
 
-
R
 
-
R
 
K
L
 
L
D
 
D
G
 
A
R
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
M
 
M
S
 
G
I
 
L
P
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
G
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
K
G
 
G
F
 
V
A
 
E
L
 
S
A
 
S
S
 
L
L
 
L
P
 
K
G
 
G
S
 
S
R
 
E
A
 
Y
H
 
N
D
 
D
E
 
L
I
 
M
F
 
-
Y
 
-
S
 
-
P
 
D
V
 
Q
Q
 
K
G
 
G
Y
 
F
Y
 
-
R
 
-
V
 
L
T
 
S
N
 
N
R
 
R
A
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
V
E
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
S
N
 
N
G
 
G
E
 
E
P
 
E
I
 
I
V
 
I
V
 
V
R
 
R
A
 
V
V
 
H
M
 
F
K
|
K
P
|
P
I
x
T
P
|
P
T
x
S
L
 
I
R
 
F
K
 
Q
P
 
P
L
 
Q
R
 
R
S
 
T
V
 
I
D
 
D
M
 
I
F
 
N
T
 
G
K
 
N
E
 
E
P
 
C
V
 
E
A
 
C
A
 
L
A
 
L
Y
 
K
E
 
G
R
 
R
A
 
H
D
 
D
I
 
P
C
 
C
A
 
I
V
 
A
P
 
I
A
 
R
A
 
G
C
 
S
V
 
V
I
 
V
G
 
C
E
 
E
A
 
S
V
 
L
V
 
L
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
M
C
 
V
L
 
L

Q12640 Chorismate synthase aro-2; 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase; EC 1.5.1.38; EC 4.2.3.5 from Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) (see 3 papers)
33% identity, 93% coverage: 2:363/388 of query aligns to 8:393/432 of Q12640

query
sites
Q12640
L
 
F
R
 
R
Y
 
V
L
 
T
T
 
T
A
 
Y
G
 
G
E
 
E
S
|
S
H
|
H
G
 
C
Q
 
K
A
 
S
L
 
V
L
 
G
T
 
C
I
 
I
I
 
V
E
 
D
G
 
G
M
 
V
P
 
P
A
 
P
G
 
G
L
 
M
W
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
E
D
 
D
Y
 
D
I
 
I
D
 
Q
R
 
P
Q
 
Q
L
 
M
E
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
G
 
P
G
 
G
Y
 
Q
G
 
S
R
 
A
G
 
I
A
 
T
R
 
T
Q
 
P
R
 
R
I
 
D
E
 
E
R
 
K
D
 
D
R
 
R
V
 
V
E
 
I
I
 
I
L
 
Q
S
 
S
G
 
G
V
 
T
R
 
E
G
 
F
G
 
G
F
 
V
T
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
G
L
 
M
K
 
L
I
 
V
A
 
M
N
 
N
R
 
E
D
 
D
W
 
-
E
 
Q
N
 
R
W
 
P
R
 
K
E
 
D
V
 
Y
M
 
G
N
 
N
P
 
K
G
 
T
L
 
M
E
 
D
A
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
-
I
 
-
T
 
I
R
 
Y
P
 
P
R
 
R
P
 
P
G
 
S
H
|
H
A
 
A
D
 
D
L
 
W
A
 
T
G
 
Y
A
 
L
L
 
E
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
F
 
V
Y
 
-
D
 
K
L
 
A
R
 
S
N
 
S
V
 
G
L
 
G
E
 
G
R
 
R
A
 
S
S
|
S
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
E
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
E
 
K
-
 
L
E
 
A
L
 
Y
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
I
A
 
V
G
 
A
Q
 
F
V
 
V
V
 
S
Q
 
S
I
 
V
G
 
G
E
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
L
-
 
F
-
 
P
-
 
P
V
 
T
K
 
A
A
 
E
T
 
H
P
 
P
A
 
S
E
 
P
G
 
S
T
 
T
P
 
N
E
 
P
E
 
E
I
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
I
-
 
T
R
 
R
S
 
E
Q
 
T
A
 
V
D
 
D
A
 
S
S
 
F
-
 
L
P
 
P
V
 
V
Y
 
R
C
 
C
P
 
P
D
 
D
P
 
A
Q
 
E
A
 
A
S
 
N
A
 
K
A
 
R
M
 
M
V
 
E
E
 
D
A
 
L
I
 
I
E
 
T
R
 
K
A
 
F
E
 
R
K
 
D
A
 
N
G
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
T
F
 
V
E
 
T
V
 
C
R
 
V
V
 
I
Y
 
R
G
 
N
V
 
V
P
 
P
P
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
E
Y
 
P
V
 
A
H
 
-
W
 
F
D
 
D
R
 
-
R
 
K
L
 
L
D
 
E
G
 
A
R
 
M
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
L
 
M
M
 
L
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
A
I
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
F
E
 
E
I
 
V
G
 
G
L
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
L
 
G
A
 
C
S
 
E
L
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
S
R
 
-
A
 
I
H
 
H
D
 
N
E
 
D
I
 
P
F
 
F
Y
 
V
S
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
G
-
 
I
P
 
P
V
 
R
Q
 
P
G
 
K
Y
 
L
Y
 
T
R
 
T
V
 
K
T
 
T
N
 
N
R
 
F
A
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
I
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
V
 
I
T
 
S
N
 
N
G
 
G
E
 
A
P
 
P
I
 
I
V
 
Y
V
 
F
R
 
R
A
 
V
V
 
G
M
 
F
K
 
K
P
 
P
I
 
A
P
 
A
T
 
T
L
 
I
R
 
G
K
 
Q
P
 
E
L
 
Q
R
 
T
S
 
T
V
 
A
D
 
T
M
 
Y
F
 
D
-
 
G
T
 
T
K
 
S
E
 
E
P
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
K
E
 
G
R
 
R
A
 
H
D
|
D
I
 
P
C
 
S
A
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
R
A
 
A
C
 
V
V
 
P
I
 
I
G
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
M
V
 
A
A
 
A
W
 
L
E
 
V
I
 
I
A
 
M
A
 
D
A
 
A
C
 
V
L
 
L
E
 
A
K
 
Q

Query Sequence

>WP_015738682.1 NCBI__GCF_000024605.1:WP_015738682.1
MLRYLTAGESHGQALLTIIEGMPAGLWLTADYIDRQLERRQGGYGRGARQRIERDRVEIL
SGVRGGFTLGSPIALKIANRDWENWREVMNPGLEARLDERVITRPRPGHADLAGALKYAF
YDLRNVLERASARETVARVAAGAVARRFLEELGITLAGQVVQIGEVKATPAEGTPEEIRS
QADASPVYCPDPQASAAMVEAIERAEKAGDTLGGIFEVRVYGVPPGLGSYVHWDRRLDGR
LAQALMSIPGIKGVEIGLGFALASLPGSRAHDEIFYSPVQGYYRVTNRAGGLEGGVTNGE
PIVVRAVMKPIPTLRKPLRSVDMFTKEPVAAAYERADICAVPAACVIGEAVVAWEIAAAC
LEKFGGDTMAELKESFLRYKTRIRRGER

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory